Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Coorientador: Danila Vedovello de Jesus / Banca: Erna Geessien Kroon / Banca: Fátima Pereira de Souza / Banca: Aripuanã Sakurada Aranha Watanabe / Banca: Sergio Moraes Aoki / Resumo: Dengue é a infecção por arbovírus mais comum em todo o mundo e é causada por quatro sorotipos distintos (DENV 1-4). No presente trabalho analisamos a transmissão do Dengue virus (DENV) em São José do Rio Preto (SP) no período entre 2011 e 2014. Foram utilizadas amostras de sangue de pacientes febris que procuraram o serviço de saúde do município. A pesquisa do DENV foi realizada através da técnica Multiplex RT-PCR utilizando primers que se ligam a regiões do gene da proteína não estrutural NS5 e da proteína estrutural C, seguido por Nested-PCR com iniciadores espécie-específicos. Foram analisadas 1.098 amostras no período entre agosto de 2011 a junho de 2014. Setecentos e noventa e oito amostras (798/1098, 72%) foram confirmadas como positivas por Multiplex-Nested-PCR. Os sorotipos de DENV encontrados foram: 65,41% (522/798) DENV-4, 22,56% (180/798) DENV-1, 11,28% (90/798) DENV-2 e 0,75% (6/798) co-infecção (DENV-1/DENV-4, DENV- 1/DENV-2), mostrando um padrão complexo de circulação dos sorotipos. Com a utilização de técnicas de geoestatística dos casos de dengue foi possível a detecção de áreas (zona Norte de São José do Rio Preto) com risco relativo elevado de ocorrência de DENV-4, áreas estas que foram priorizadas com relação ao emprego de medidas de vigilância e controle. Trinta e três amostras de DENV-4 foram submetidas ao sequenciamento do gene do envelope, assim como, à reconstrução filogenética. Dentre as 33 amostras, dez tiveram o genoma completo sequenciado, sendo filogeneticamente classificadas. As análises filogenéticas mostram que as amostras identificadas neste estudo foram agrupadas no genótipo Americano, que circula no Brasil. O genótipo Americano demonstrou apenas um clado agrupando todas as amostras de SJRP, indicando a circulação de uma única linhagem. A análise filogenética do genoma completo de DENV-4 mostra relação entre os isolados... / Abstract: Dengue is the most common arboviral infection worldwide and is caused by four distinct serotypes. In the present study we assessed the Dengue virus (DENV) transmission in São José do Rio Preto (SP) from 2011 to 2014. We analyzed blood samples from febrile patients who where attended at health care services in São José do Rio Preto. The DENV detection was performed with Multiplex RT-PCR using Flavivirus generic primers based on nonstructural protein (NS5) and structural protein (C), followed by Nested-PCR assay with species-specific primers. We analyzed 1098 samples from August 2011 to June 2014. Seventy two samples (798/1098, 72%) were confirmed as positive by multiplex RT-PCR. The DENV serotypes distribution were: 65.41% (522/798) DENV-4, 22.56% (180/798) DENV-1, 11.28% (90/798) DENV-2 and 0.75% (6/798) coinfection (DENV-1/DENV-4, DENV-1/DENV-2), showing a complex serotypes circulation pattern a of serotypes circulation. With the use of geostatistical techniques of dengue cases it was possible to detect areas (northern zone of São José do Rio Preto) with high relative risk of DENV-4 occurrence, these areas should be prioritized regarding the employment of surveillance and control measures. Thirty-three DENV-4 have been subjected to sequencing of the entire envelope gene and were used for phylogenetic reconstruction. Among the 33 samples ten had the full genome sequenced and were classified phylogenetically. The phylogenetic analyses showed that the samples identified in this study were grouped with American genotype that circulating in Brazil. The American genotype showed only one clade grouped with all SJRP samples, indicating the circulation of a single lineage. Phylogenetic analysis of DENV-4 complete genome shows a relationship between isolates from São José do Rio Preto with isolates found in northern region of south America. Amino acid substitutions were observed in the structural proteins (21%) and non-structural proteins... / Doutor

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:21Z : No. of bitstreams: 1 000846728.pdf: 2846465 bytes, checksum: 18af526d81e692060fa0256a7c869b01 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dengue é a infecção por arbovírus mais comum em todo o mundo e é causada por quatro sorotipos distintos (DENV 1-4). No presente trabalho analisamos a transmissão do Dengue virus (DENV) em São José do Rio Preto (SP) no período entre 2011 e 2014. Foram utilizadas amostras de sangue de pacientes febris que procuraram o serviço de saúde do município. A pesquisa do DENV foi realizada através da técnica Multiplex RT-PCR utilizando primers que se ligam a regiões do gene da proteína não estrutural NS5 e da proteína estrutural C, seguido por Nested-PCR com iniciadores espécie-específicos. Foram analisadas 1.098 amostras no período entre agosto de 2011 a junho de 2014. Setecentos e noventa e oito amostras (798/1098, 72%) foram confirmadas como positivas por Multiplex-Nested-PCR. Os sorotipos de DENV encontrados foram: 65,41% (522/798) DENV-4, 22,56% (180/798) DENV-1, 11,28% (90/798) DENV-2 e 0,75% (6/798) co-infecção (DENV-1/DENV-4, DENV- 1/DENV-2), mostrando um padrão complexo de circulação dos sorotipos. Com a utilização de técnicas de geoestatística dos casos de dengue foi possível a detecção de áreas (zona Norte de São José do Rio Preto) com risco relativo elevado de ocorrência de DENV-4, áreas estas que foram priorizadas com relação ao emprego de medidas de vigilância e controle. Trinta e três amostras de DENV-4 foram submetidas ao sequenciamento do gene do envelope, assim como, à reconstrução filogenética. Dentre as 33 amostras, dez tiveram o genoma completo sequenciado, sendo filogeneticamente classificadas. As análises filogenéticas mostram que as amostras identificadas neste estudo foram agrupadas no genótipo Americano, que circula no Brasil. O genótipo Americano demonstrou apenas um clado agrupando todas as amostras de SJRP, indicando a circulação de uma única linhagem. A análise filogenética do genoma completo de DENV-4 mostra relação entre os isolados... / Dengue is the most common arboviral infection worldwide and is caused by four distinct serotypes. In the present study we assessed the Dengue virus (DENV) transmission in São José do Rio Preto (SP) from 2011 to 2014. We analyzed blood samples from febrile patients who where attended at health care services in São José do Rio Preto. The DENV detection was performed with Multiplex RT-PCR using Flavivirus generic primers based on nonstructural protein (NS5) and structural protein (C), followed by Nested-PCR assay with species-specific primers. We analyzed 1098 samples from August 2011 to June 2014. Seventy two samples (798/1098, 72%) were confirmed as positive by multiplex RT-PCR. The DENV serotypes distribution were: 65.41% (522/798) DENV-4, 22.56% (180/798) DENV-1, 11.28% (90/798) DENV-2 and 0.75% (6/798) coinfection (DENV-1/DENV-4, DENV-1/DENV-2), showing a complex serotypes circulation pattern a of serotypes circulation. With the use of geostatistical techniques of dengue cases it was possible to detect areas (northern zone of São José do Rio Preto) with high relative risk of DENV-4 occurrence, these areas should be prioritized regarding the employment of surveillance and control measures. Thirty-three DENV-4 have been subjected to sequencing of the entire envelope gene and were used for phylogenetic reconstruction. Among the 33 samples ten had the full genome sequenced and were classified phylogenetically. The phylogenetic analyses showed that the samples identified in this study were grouped with American genotype that circulating in Brazil. The American genotype showed only one clade grouped with all SJRP samples, indicating the circulation of a single lineage. Phylogenetic analysis of DENV-4 complete genome shows a relationship between isolates from São José do Rio Preto with isolates found in northern region of south America. Amino acid substitutions were observed in the structural proteins (21%) and non-structural proteins...

Mestre -- Universidade de Sao Paulo. Faculdade de Saude Publica. Departamento de Epidemiologia, Sao Paulo, 2001.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 137.pdf: 1419630 bytes, checksum: 54d1c7a86a48a97123ef9cd42cad1034 (MD5) Previous issue date: 1999 / Na última década, em Porto Alegre, o aumento dos homicídios e dos acidentes de transporte tornaram as causas externas o principal grupo de causas de morte entre 5 e 34 anos de idade. A identificaçao de grupos expostos a fatores correlacionados à violência é fundamental para sua prevençao. O objetivo geral é analisar a distribuiçao espacial das residências das vítimas de homicídios no município de Porto Alegre, em 1996, visando identificar o seu contexto sócio-espacial. Foram utilizados indicadores demográficos e sócio-econômicos, provenientes do censo demográfico de 1991 e contagem populacional de 1996, para caracterizar os setores censitários que compoem o município, através de análise de aglomerados, pelo método K-means. A mortalidade por homicídios, acidentes de transporte e suicídios, proveniente do sistema de informaçoes sobre mortalidade de 1996, foi localizada pontualmente em malha digital de arruamento, através do sistema de informaçoes geográficas do município. A distribuiçao espacial dos óbitos e da populaçao foi analisada através de métodos de alisamento de kernel. A análise do índice de homicídios, construído através da razao entre estas distribuiçoes, permitiu a identificaçao de microáreas de diferentes índices de homicídios. Estas microáreas foram caracterizadas pelos indicadores sócio-econômicos e pela presença de escolas, serviços de saúde, delegacias e postos de polícia militar. Foram identificados quatro grupos que delimitaram microáreas sócio-econômicas, diferenciados com maior peso dos indicadores relacionados às condiçoes de moradia. As microáreas da periferia urbana, onde se concentram as favelas, com piores indicadores sócio-econômicos apresentaram maior índice de homicídios. Por outro lado, os dois grupos de melhor renda e escolaridade apresentaram índices de homicídios menores, mas com níveis de homicídios muito diferenciados entre si. Quando o município foi dividido em microáreas de três níveis de índices de homicídios, as médias dos indicadores que se diferenciaram entre os níveis foram: o número de habitantes por cômodo, renda, instruçao e medianas etárias, mas com grande variabilidade interna. A distribuiçao dos equipamentos públicos de segurança e educaçao, mostrou-se deficitária nas microáreas com alto índice de homicídios. A classificaçao de microáreas através de indicadores sócio-econômicos mostrou capacidade limitada para identificar populaçoes expostas aos homicídios. Pode-se inferir que as condiçoes sócio-econômicas nao determinaram, por si só, os comportamentos violentos. Esta determinaçao depende da combinaçao com outros fatores que têm participaçao importante no perfil de cada local. Sugere-se a busca de novos indicadores que sejam capazes de diferenciar os grupos vulneráveis, com maior precisao. Os métodos espacias utilizados permitiram a identificaçao de microáreas que concentram óbitos, cujas populaçoes devem ser enfocadas no planejamento de açoes de prevençao das mortes violentas. / During the last decade, violent causes of death became the main group of mortality among people between 5 and 34 years old in Porto Alegre City due to an increasing of homicides and traffic accidents. The identification of groups exposed to factors correlated to violence is a major task for its prevention. The general objective of this study is to analyze the spatial distribution of the victims' homicide residences in the municipality of Porto Alegre, in 1996, aiming to identify its social and spatial context. Demographic and socioeconomic indicators were used, based on data from the demographic census of 1991 and population counting of 1996, to characterize the municipal census tracts through cluster analysis, using the K-means method. The mortality by homicides, traffic accidents and suicides, from the mortality information system was located as points on the street digital map, through Geographic Information System. Spatial distribution of deaths and population were analyzed through Kernel smoothing method. Analysis of homicide index, calculated through the ratio between these distributions, allowed the identification of microareas with different homicide indexes. These microareas were characterized by socioeconomic indicators and by the presence of schools, health services and police stations. Four groups were identified defining socioeconomic microareas in which the dwelling condition indicators played a major role in their differentials. Urban peripheric microareas, where slums are concentrated, with worst socioeconomic indicators, presented higher homicide index. On the other hand, the two groups with better income and education levels presented lower homicide indexes, however, with very differentiated homicide levels between them. When analyzing the municipality by microareas of three homicide index levels, the indicators: household crowding, income, education and age, presented wider differences among microareas, although with large internal variability. Police stations and schools were unequally distributed throughout homicide index microareas. The microareas classification through socioeconomic indicators presented a limited capability to identify exposed groups. Socioeconomic conditions by themselves did not determine the violent behaviors. Other factors can have an important participation in the determination of violence depending on each local combination of factors. New indicators must be incorporated for the precise differentiation of vulnerable groups. The used spatial analysis methods allowed the identification of microareas that concentrate deaths. The target populations should be focused by actions aiming to prevent violent deaths.