Introduction: Les efforts globaux pour contrôler la tuberculose sont présentement restreints par la prévalence croissante du VIH/SIDA. Quoique les éclosions de la tuberculose multi résistante (TB-MDR) soient fréquemment rapportées parmi les populations atteintes du SIDA, le lien entre VIH/SIDA et le développement de résistance n’est pas clair. Objectifs: Cette recherche visait à : (1) développer une base de connaissances concernant les facteurs associés à des éclosions de la TB-MDR parmi les patients atteints du VIH/SIDA; (2) utiliser ce cadre de connaissances pour accroître des mesures préliminaires pour mieux contrôler la tuberculose pulmonaire chez les patients atteints du VIH/SIDA; et (3) afin d’améliorer l’application des ces mesures, affiner les techniques bactériologiques existantes pour Mycobacterium tuberculosis. Méthodologie: Quatre études ont été réalisées : (1) Une étude longitudinale pour identifier les facteurs associés avec une éclosion de la TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu le traitement directement supervisé de courte durée (DOTS) pour la tuberculose pulmonaire au Lima et au Pérou entre 1999 et 2005; (2) Une étude transversale pour décrire différentes étapes de l’histoire naturelle de la tuberculose, la prévalence et les facteurs associés avec la mycobactérie qu’on retrouve dans les selles des patients atteints du SIDA; (3) Un projet pilote pour développer des stratégies de dépistage pour la tuberculose pulmonaire parmi les patients hospitalisés atteints du SIDA, en utilisant l’essaie Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS); et (4) Une étude laboratoire pour identifier les meilleures concentrations critiques pour détecter les souches MDR de M. tuberculosis en utilisant l’essaie MODS. Résultats : Étude 1 démontre qu’une épidémie de TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu DOTS pour la tuberculose pulmonaire ait été causée par la superinfection du clone de M. tuberculosis plutôt que le développement de la résistance secondaire. Bien que ce clone ait été plus commun parmi la cohorte de patients atteints du SIDA, il n’avait aucune différence de risque pour superinfection entre les patients avec ou sans SIDA. Ces résultats suggèrent qu’un autre facteur, possiblement associé à la diarrhée, peu contribuer à la prévalence élevée de ce clone chez les patients atteints du SIDA. Étude 2 suggère que chez la plupart des patients atteints du SIDA il a été retrouvé une mycobactérie dans leurs selles alors qu’ils étaient en phase terminale au niveau de la tuberculose pulmonaire. Or, les patients atteints du SIDA ayant été hospitalisés pendant les deux dernières années pour une autre condition médicale sont moins à risque de se retrouver avec une mycobactérie dans leurs selles. Étude 3 confirme que la tuberculose pulmonaire a été commune à tous les patients hospitalisés atteints du SIDA, mais diagnostiquée incorrectement en utilisant les critères cliniques présentement recommandés pour la tuberculose. Or, l’essaie MODS a détecté pour la plupart de ces cas. De plus, MODS a été également efficace quand la méthode a été dirigée aux patients soupçonnés d’avoir la tuberculose, à cause de leurs symptômes. Étude 4 démontre les difficultés de détecter les souches de M. tuberculosis avec une faible résistance contre ethambutol et streptomycine en utilisant l’essai MODS avec les concentrations de drogue présentement recommandées pour un milieu de culture. Cependant, l’utilité diagnostique de MODS peut être améliorée ; modifier les concentrations critiques et utiliser deux plaques et non une, pour des tests réguliers. Conclusion: Nos études soulèvent la nécessité d’améliorer le diagnostic et le traitement de la tuberculose parmi les patients atteints du SIDA, en particulier ceux qui vivent dans des régions avec moins de ressources. Par ailleurs, nos résultats font ressortir les effets indirects que les soins de santé ont sur les patients infectés par le VIH et qu’ils peuvent avoir sur le développement de la tuberculose. / Background: Global efforts to control tuberculosis are currently being hampered by a continuing rise in the prevalence of HIV/AIDS. Although outbreaks of multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) are commonly reported among AIDS populations, the link between HIV/AIDS and the development of drug-resistance remains unclear. Objectives: This thesis aimed to: (1) build a knowledge foundation regarding underlying factors associated with outbreaks of MDR-TB among HIV/AIDS patients; (2) use this knowledge framework to develop preliminary health measures for controlling pulmonary tuberculosis among HIV/AIDS patients; and (3) in an effort to better implement these health measures, refine existing culture-based diagnostics for Mycobacterium tuberculosis. Methods: Four studies were conducted: (1) a longitudinal study to identify the underlying factors associated with an epidemic of MDR-TB among AIDS patients receiving Directly- Observed Therapy Short-course (DOTS) for pulmonary tuberculosis in Lima, Peru between 1999 and 2005; (2) a cross-sectional study to characterize the prevalence and factors associated with gastrointestinal shedding with mycobacteria among AIDS patients at different stages in the natural history of tuberculosis; (3) a pilot study to develop screening strategies for pulmonary tuberculosis among hospitalized HIV/AIDS patients using the Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS) assay; and (4) a laboratory-based study to define the optimal critical concentrations needed for detecting drug resistance in M. tuberculosis using MODS. Results: Study 1 revealed that an epidemic of MDR-TB among AIDS patients receiving DOTS for pulmonary tuberculosis was due to super-infection with a specific clone of M. tuberculosis rather than the development of secondary drug-resistance. Although this epidemic clone was more common among patients in the AIDS cohort, risk of superinfection did not differ between AIDS and non-AIDS patients after adjusting for baseline risk of exposure, suggesting that another factor possibly associated with diarrhea may be contributing to the strain’s high prevalence among AIDS patients. Study 2 showed that the majority of AIDS patients in the later stages of pulmonary tuberculosis exhibited gastrointestinal shedding with mycobacteria. Stool shedding was rare in the absence of pulmonary tuberculosis. AIDS patients were also less likely to shed mycobacteria if they had been hospitalized during the previous two years for another medical condition. Study 3 confirmed that pulmonary tuberculosis was common among hospitalized AIDS patients but frequently misdiagnosed using currently recommended diagnostic algorithms. The MODS assay detected most cases and was equally effective when targeted to patients clinically suspicious for tuberculosis. Study 4 demonstrated that low grade drug resistance in M. tuberculosis to ethambutol and streptomycin was difficult to detect with MODS using currently recommended drug-concentration standards in broth. Its diagnostic utility could be improved by modifying drug-concentration standards, and including two versus one critical concentration well for standardized testing. Conclusion: Our studies underscore the need to improve the diagnosis and treatment of tuberculosis among AIDS patients living in resource-constrained settings, all in an effort to prevent morbidity, mortality and the transmission of drug-resistant strains. They also highlight the indirect effect that general health care among HIV-infected patients can have on the development of tuberculosis.

Introduction: Les efforts globaux pour contrôler la tuberculose sont présentement restreints par la prévalence croissante du VIH/SIDA. Quoique les éclosions de la tuberculose multi résistante (TB-MDR) soient fréquemment rapportées parmi les populations atteintes du SIDA, le lien entre VIH/SIDA et le développement de résistance n’est pas clair. Objectifs: Cette recherche visait à : (1) développer une base de connaissances concernant les facteurs associés à des éclosions de la TB-MDR parmi les patients atteints du VIH/SIDA; (2) utiliser ce cadre de connaissances pour accroître des mesures préliminaires pour mieux contrôler la tuberculose pulmonaire chez les patients atteints du VIH/SIDA; et (3) afin d’améliorer l’application des ces mesures, affiner les techniques bactériologiques existantes pour Mycobacterium tuberculosis. Méthodologie: Quatre études ont été réalisées : (1) Une étude longitudinale pour identifier les facteurs associés avec une éclosion de la TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu le traitement directement supervisé de courte durée (DOTS) pour la tuberculose pulmonaire au Lima et au Pérou entre 1999 et 2005; (2) Une étude transversale pour décrire différentes étapes de l’histoire naturelle de la tuberculose, la prévalence et les facteurs associés avec la mycobactérie qu’on retrouve dans les selles des patients atteints du SIDA; (3) Un projet pilote pour développer des stratégies de dépistage pour la tuberculose pulmonaire parmi les patients hospitalisés atteints du SIDA, en utilisant l’essaie Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS); et (4) Une étude laboratoire pour identifier les meilleures concentrations critiques pour détecter les souches MDR de M. tuberculosis en utilisant l’essaie MODS. Résultats : Étude 1 démontre qu’une épidémie de TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu DOTS pour la tuberculose pulmonaire ait été causée par la superinfection du clone de M. tuberculosis plutôt que le développement de la résistance secondaire. Bien que ce clone ait été plus commun parmi la cohorte de patients atteints du SIDA, il n’avait aucune différence de risque pour superinfection entre les patients avec ou sans SIDA. Ces résultats suggèrent qu’un autre facteur, possiblement associé à la diarrhée, peu contribuer à la prévalence élevée de ce clone chez les patients atteints du SIDA. Étude 2 suggère que chez la plupart des patients atteints du SIDA il a été retrouvé une mycobactérie dans leurs selles alors qu’ils étaient en phase terminale au niveau de la tuberculose pulmonaire. Or, les patients atteints du SIDA ayant été hospitalisés pendant les deux dernières années pour une autre condition médicale sont moins à risque de se retrouver avec une mycobactérie dans leurs selles. Étude 3 confirme que la tuberculose pulmonaire a été commune à tous les patients hospitalisés atteints du SIDA, mais diagnostiquée incorrectement en utilisant les critères cliniques présentement recommandés pour la tuberculose. Or, l’essaie MODS a détecté pour la plupart de ces cas. De plus, MODS a été également efficace quand la méthode a été dirigée aux patients soupçonnés d’avoir la tuberculose, à cause de leurs symptômes. Étude 4 démontre les difficultés de détecter les souches de M. tuberculosis avec une faible résistance contre ethambutol et streptomycine en utilisant l’essai MODS avec les concentrations de drogue présentement recommandées pour un milieu de culture. Cependant, l’utilité diagnostique de MODS peut être améliorée ; modifier les concentrations critiques et utiliser deux plaques et non une, pour des tests réguliers. Conclusion: Nos études soulèvent la nécessité d’améliorer le diagnostic et le traitement de la tuberculose parmi les patients atteints du SIDA, en particulier ceux qui vivent dans des régions avec moins de ressources. Par ailleurs, nos résultats font ressortir les effets indirects que les soins de santé ont sur les patients infectés par le VIH et qu’ils peuvent avoir sur le développement de la tuberculose. / Background: Global efforts to control tuberculosis are currently being hampered by a continuing rise in the prevalence of HIV/AIDS. Although outbreaks of multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) are commonly reported among AIDS populations, the link between HIV/AIDS and the development of drug-resistance remains unclear. Objectives: This thesis aimed to: (1) build a knowledge foundation regarding underlying factors associated with outbreaks of MDR-TB among HIV/AIDS patients; (2) use this knowledge framework to develop preliminary health measures for controlling pulmonary tuberculosis among HIV/AIDS patients; and (3) in an effort to better implement these health measures, refine existing culture-based diagnostics for Mycobacterium tuberculosis. Methods: Four studies were conducted: (1) a longitudinal study to identify the underlying factors associated with an epidemic of MDR-TB among AIDS patients receiving Directly- Observed Therapy Short-course (DOTS) for pulmonary tuberculosis in Lima, Peru between 1999 and 2005; (2) a cross-sectional study to characterize the prevalence and factors associated with gastrointestinal shedding with mycobacteria among AIDS patients at different stages in the natural history of tuberculosis; (3) a pilot study to develop screening strategies for pulmonary tuberculosis among hospitalized HIV/AIDS patients using the Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS) assay; and (4) a laboratory-based study to define the optimal critical concentrations needed for detecting drug resistance in M. tuberculosis using MODS. Results: Study 1 revealed that an epidemic of MDR-TB among AIDS patients receiving DOTS for pulmonary tuberculosis was due to super-infection with a specific clone of M. tuberculosis rather than the development of secondary drug-resistance. Although this epidemic clone was more common among patients in the AIDS cohort, risk of superinfection did not differ between AIDS and non-AIDS patients after adjusting for baseline risk of exposure, suggesting that another factor possibly associated with diarrhea may be contributing to the strain’s high prevalence among AIDS patients. Study 2 showed that the majority of AIDS patients in the later stages of pulmonary tuberculosis exhibited gastrointestinal shedding with mycobacteria. Stool shedding was rare in the absence of pulmonary tuberculosis. AIDS patients were also less likely to shed mycobacteria if they had been hospitalized during the previous two years for another medical condition. Study 3 confirmed that pulmonary tuberculosis was common among hospitalized AIDS patients but frequently misdiagnosed using currently recommended diagnostic algorithms. The MODS assay detected most cases and was equally effective when targeted to patients clinically suspicious for tuberculosis. Study 4 demonstrated that low grade drug resistance in M. tuberculosis to ethambutol and streptomycin was difficult to detect with MODS using currently recommended drug-concentration standards in broth. Its diagnostic utility could be improved by modifying drug-concentration standards, and including two versus one critical concentration well for standardized testing. Conclusion: Our studies underscore the need to improve the diagnosis and treatment of tuberculosis among AIDS patients living in resource-constrained settings, all in an effort to prevent morbidity, mortality and the transmission of drug-resistant strains. They also highlight the indirect effect that general health care among HIV-infected patients can have on the development of tuberculosis.

Objectifs : Évaluer l’incidence de la macrosomie fœtale en fonction des différentes définitions (poids de naissance >4000g, >4500g, ≥90ième percentile de Kramer) en vigueur et comparer la prévalence de la morbidité maternelle et périnatale associée à la macrosomie entre les populations Cris et les populations du Québec. Des courbes postnatales spécifiques aux Cris de l’Est de la Baie-James seront proposées. Devis : Comparaison de deux cohortes prospectives Cris et Québec. La cohorte des populations Cris de l’Est de la Baie-James, comporte 2546 femmes recrutées de 2000-2010, au cours de l’étude sur la macrosomie fœtale chez les Cris de l’Est de la Baie James. La cohorte du Québec est composée de 97475 femmes et provient de l’essai clinique randomisé multicentrique QUARISMA, 2008-2010, cette étude promulguant la réduction du taux d’accouchement par  césarienne. Méthodes : Les risques de macrosomie fœtale et de la morbidité maternelle et périnatale sont évalués par des modèles de régression logistique d’équations d'estimation généralisées (EEG) ajustés et comparés selon l’ethnicité, Cris et Québec. GEE. Le groupe de référence étant les femmes du Québec. Les courbes de croissance spécifiques aux Cris sont construites par régression quantile. Résultats : Plus du tiers, soit 36,76%, des Cris et 9,329% des nouveau-nés du Québec, ont un poids de naissance >4000g. Les résultats attestent montrent que 10,92% des Cris de l’Est de la Baie-James ont un poids de naissance de plus de 4500g, ce taux est de 1,23% au Québec. La définition de la macrosomie fœtale, par un poids néonatal ≥90ième percentile de Kramer, identifie 40,02% des bébés Cris, pour 8,83% des nourrissons du  Québec, comme macrosomes. Les Cris sont plus à risque de macrosomie fœtale, comparativement à la population générale du Québec, ces associations sont statistiquement significatives : RC=5,22; 95% IC (4,66-6,05,98), pour un poids de naissance >4000g, RC=8,10; 95% IC (6,22-10,77), pour un poids de naissance >4500g et RC=6,22; 95% IC (5,77-6,72), pour un poids de naissance ≥90ième percentile de Kramer. Le risque de la morbidité périnatale majeure, de la macrosomie fœtale, est généralement moins important pour les Cris que pour la population générale du Québec : 0,76; 95% IC 0,62-0,94. La macrosomie fœtale devrait être décrite par un poids de naissance≥95ième percentile de Kramer, pour les Cris, mais préférablement au 90ième percentile des courbes postnatales spécifiques aux Cris de l’Est de la Baie-James. Les poids de naissance diagnostique spécifiques aux Cris de l’Est de la Baie-James, au 90ième percentile de la 40ième semaine d’aménorrhée, sont de 4 417g pour les filles et 4 488g pour les garçons. Conclusions : Les courbes de Kramer diagnostiquent systématiquement plus de macrosomes chez les Cris que dans la population du Québec. Par contre, le risque de morbidité périnatale majeure est inférieur pour ces communautés autochtones, aux différents seuils décrivant la macrosomie fœtale, ce qui suggère l’utilisation de courbes spécifiques aux Cris et permettrait de diminuer les interventions obstétricales non nécessaires chez les gros bébés Cris, donc non-macrosomes. / Objective: Assess the impact of fetal macrosomia based on definitions (birth weight> 4000 g,> 4500g, ≥90ième percentile Kramer) currently used in Quebec and compare the prevalence of maternal and perinatal morbidity associated with macrosomia between the Cree populations of Eastern James Bay and the general population of Quebec. Specific postnatal curves for the Cree will be constructed. Design: Comparison of two prospective cohort Cree and Quebec. Cohort of Cree populations of eastern James Bay, has recruited 2546 women from 2000 to 2010, during the study of fetal macrosomia in the Cree of eastern James Bay. Quebec cohort consisted of 97,475 women and comes from the multicenter randomized clinical trial QUARISMA 2008-2010, this study promulgates the reduction of caesarean delivery rate. Methods: The risk of fetal macrosomia, maternal and perinatal morbidity, by ethnicity, Cree and Quebec, are evaluated by generalized estimating equations models (GEE). GEE models were adjusted to control for potentially confounding factors. The reference group is Quebec women. The specific growth curves of the Cree are built by quantile regression. Results: More than a third, 36.8%, of Cree populations of Eastern James Bay and 9.3% of newborns in Quebec have a birth weight> 4000g. For a birth weight> 4500g, the results show that 10.9% of the Cree, have a birth weight of more than 4500g, the rate is 1.2% in Quebec. The definition of fetal macrosomia by neonatal birth weight≥90th percentile of Kramer identifies 40.02% Cree’s for 8.8% of infants of Quebec as macrosomic. The Cree population are more at risk of fetal macrosomia, compared to the general population of Quebec, these associations were statistically significant: OR = 5.2; 95% CI (4.6 to 6.0) for birth weight> 4000g, OR = 8.1; 95% CI (6.2 to 10.7) for birth weight> 4500g and OR = 6.2; 95% CI (5.7 to 6.7) for birth weight percentile ≥90th Kramer. The risk of major perinatal morbidity associated with fetal macrosomia, is generally less important for the Cree than for the general population of Quebec: 0.76; 95% CI 0.62-0.94. Fetal macrosomia should be described by birth weight ≥95th percentile of Kramer, for the Cree, but preferably at the 90th percentile of the specific postnatal curves of Cree populations of Eastern James Bay. The specific Cree birth weight thresholds for diagnosing fetal macrosomia, at the 90th percentile of the 40th week of gestation, are 4 417g for the girls and 4 488g for the boys. Conclusion: Kramer’s curves diagnose systematically too much macrosomic Cree babies compare to the general population of Quebec. Futhermore, the risk of major maternal and perinatal morbidity is lower for these indigenous communities, at the different definitions of fetal macrosomia, suggesting the use of specific curves for the Cree, to reduce obstetrics interventions not required in large, but non macrosomic, Cree babies.