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Fizzy: feature subset selection for metagenomics

Ditzler, Gregory, Morrison, J. Calvin, Lan, Yemin, Rosen, Gail L. January 2015 (has links)
BACKGROUND: Some of the current software tools for comparative metagenomics provide ecologists with the ability to investigate and explore bacterial communities using α- & β-diversity. Feature subset selection - a sub-field of machine learning - can also provide a unique insight into the differences between metagenomic or 16S phenotypes. In particular, feature subset selection methods can obtain the operational taxonomic units (OTUs), or functional features, that have a high-level of influence on the condition being studied. For example, in a previous study we have used information-theoretic feature selection to understand the differences between protein family abundances that best discriminate between age groups in the human gut microbiome. RESULTS: We have developed a new Python command line tool, which is compatible with the widely adopted BIOM format, for microbial ecologists that implements information-theoretic subset selection methods for biological data formats. We demonstrate the software tools capabilities on publicly available datasets. CONCLUSIONS: We have made the software implementation of Fizzy available to the public under the GNU GPL license. The standalone implementation can be found at http://github.com/EESI/Fizzy.
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"Abordagem genética para seleção de um conjunto reduzido de características para construção de ensembles de redes neurais: aplicação à língua eletrônica" / A genetic approach to feature subset selection for construction of neural network ensembles: an application to gustative sensors

Ferreira, Ednaldo José 10 August 2005 (has links)
As características irrelevantes, presentes em bases de dados de diversos domínios, deterioram a acurácia de predição de classificadores induzidos por algoritmos de aprendizado de máquina. As bases de dados geradas por uma língua eletrônica são exemplos típicos onde a demasiada quantidade de características irrelevantes e redundantes prejudicam a acurácia dos classificadores induzidos. Para lidar com este problema, duas abordagens podem ser utilizadas. A primeira é a utilização de métodos para seleção de subconjuntos de características. A segunda abordagem é por meio de ensemble de classificadores. Um ensemble deve ser constituído por classificadores diversos e acurados. Uma forma efetiva para construção de ensembles de classificadores é por meio de seleção de características. A seleção de características para ensemble tem o objetivo adicional de encontrar subconjuntos de características que promovam acurácia e diversidade de predição nos classificadores do ensemble. Algoritmos genéticos são técnicas promissoras para seleção de características para ensemble. No entanto, a busca genética, assim como outras estratégias de busca, geralmente visam somente a construção do ensemble, permitindo que todas as características (relevantes, irrelevantes e redundantes) sejam utilizadas. Este trabalho apresenta uma abordagem baseada em algoritmos genéticos para construção de ensembles de redes neurais artificiais com um conjunto reduzido das características totais. Para melhorar a acurácia dos ensembles, duas abordagens diferenciadas para treinamento de redes neurais foram utilizadas. A primeira baseada na interrupção precoce do treinamento com o algoritmo back-propagation e a segunda baseada em otimização multi-objetivo. Os resultados obtidos comprovam a eficácia do algoritmo proposto para construção de ensembles de redes neurais acurados. Também foi constatada sua eficiência na redução das características totais, comprovando que o algoritmo proposto é capaz de construir um ensemble utilizando um conjunto reduzido de características. / The irrelevant features in databases of some domains spoil the accuracy of the classifiers induced by machine learning algorithms. Databases generated by an electronic tongue are examples where the huge quantity of irrelevant and redundant features spoils the accuracy of classifiers. There are basically two approaches to deal with this problem: feature subset selection and ensemble of classifiers. A good ensemble is composed by accurate and diverse classifiers. An effective way to construct ensembles of classifiers is to make it through feature selection. The ensemble feature selection has an additional objective: to find feature subsets to promote accuracy and diversity in the ensemble of classifiers. Genetic algorithms are promising techniques for ensemble feature selection. However, genetic search, as well as other search strategies, only aims the ensemble construction, allowing the selection of all features (relevant, irrelevant and redundant). This work proposes an approach based on genetic algorithm to construct ensembles of neural networks using a reduced feature subset of totality. Two approaches were used to train neural networks to improve the ensembles accuracy. The first is based on early stopping with back-propagation algorithm and the second is based on multi-objective optimization. The results show the effectiveness and accuracy of the proposed algorithm to construct ensembles of neural networks, and also, its efficiency in the reduction of total features was evidenced, proving its capacity for constructing an ensemble using a reduced feature subset.
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Seleção de atributos relevantes para aprendizado de máquina utilizando a abordagem de Rough Sets. / Machine learning feature subset selection using Rough Sets approach.

Pila, Adriano Donizete 25 May 2001 (has links)
No Aprendizado de Máquina Supervisionado---AM---o algoritmo de indução trabalha com um conjunto de exemplos de treinamento, no qual cada exemplo é constituído de um vetor com os valores dos atributos e as classes, e tem como tarefa induzir um classificador capaz de predizer a qual classe pertence um novo exemplo. Em geral, os algoritmos de indução baseiam-se nos exemplos de treinamento para a construção do classificador, sendo que uma representação inadequada desses exemplos, bem como inconsistências nos mesmos podem tornar a tarefa de aprendizado difícil. Um dos problemas centrais de AM é a Seleção de um Subconjunto de Atributos---SSA---cujo objetivo é diminuir o número de atributos utilizados na representação dos exemplos. São três as principais razões para a realização de SSA. A primeira razão é que a maioria dos algoritmos de AM, computacionalmente viáveis, não trabalham bem na presença de vários atributos. A segunda razão é que, com um número menor de atributos, o conceito induzido através do classificador pode ser melhor compreendido. E, a terceira razão é o alto custo para coletar e processar grande quantidade de informações. Basicamente, são três as abordagens para a SSA: embedded, filtro e wrapper. A Teoria de Rough Sets---RS---é uma abordagem matemática criada no início da década de 80, cuja principal funcionalidade são os redutos, e será tratada neste trabalho. Segundo essa abordagem, os redutos são subconjuntos mínimos de atributos que possuem a propriedade de preservar o poder de descrição do conceito relacionado ao conjunto de todos os atributos. Neste trabalho o enfoque esta na abordagem filtro para a realização da SSA utilizando como filtro os redutos calculados através de RS. São descritos vários experimentos sobre nove conjuntos de dados naturais utilizando redutos, bem como outros filtros para SSA. Feito isso, os atributos selecionados foram submetidos a dois algoritmos simbólicos de AM. Para cada conjunto de dados e indutor, foram realizadas várias medidas, tais como número de atributos selecionados, precisão e números de regras induzidas. Também, é descrito um estudo de caso sobre um conjunto de dados do mundo real proveniente da área médica. O objetivo desse estudo pode ser dividido em dois focos: comparar a precisão dos algoritmos de indução e avaliar o conhecimento extraído com a ajuda do especialista. Embora o conhecimento extraído não apresente surpresa, pôde-se confirmar algumas hipóteses feitas anteriormente pelo especialista utilizando outros métodos. Isso mostra que o Aprendizado de Máquina também pode ser visto como uma contribuição para outros campos científicos. / In Supervised Machine Learning---ML---an induction algorithm is typically presented with a set of training examples, where each example is described by a vector of feature values and a class label. The task of the induction algorithm is to induce a classifier that will be useful in classifying new cases. In general, the inductive-learning algorithms rely on existing provided data to build their classifiers. Inadequate representation of the examples through the description language as well as inconsistencies in the training examples can make the learning task hard. One of the main problems in ML is the Feature Subset Selection---FSS---problem, i.e. the learning algorithm is faced with the problem of selecting some subset of feature upon which to focus its attention, while ignoring the rest. There are three main reasons that justify doing FSS. The first reason is that most ML algorithms, that are computationally feasible, do not work well in the presence of many features. The second reason is that FSS may improve comprehensibility, when using less features to induce symbolic concepts. And, the third reason for doing FSS is the high cost in some domains for collecting data. Basically, there are three approaches in ML for FSS: embedded, filter and wrapper. The Rough Sets Theory---RS---is a mathematical approach developed in the early 1980\'s whose main functionality are the reducts, and will be treated in this work. According to this approach, the reducts are minimal subsets of features capable to preserve the same concept description related to the entire set of features. In this work we focus on the filter approach for FSS using as filter the reducts obtained through the RS approach. We describe a series of FSS experiments on nine natural datasets using RS reducts as well as other filters. Afterwards we submit the selected features to two symbolic ML algorithms. For each dataset, various measures are taken to compare inducers performance, such as number of selected features, accuracy and number of induced rules. We also present a case study on a real world dataset from the medical area. The aim of this case study is twofold: comparing the induction algorithms performance as well as evaluating the extracted knowledge with the aid of the specialist. Although the induced knowledge lacks surprising, it allows us to confirm some hypothesis already made by the specialist using other methods. This shows that Machine Learning can also be viewed as a contribution to other scientific fields.
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"Abordagem genética para seleção de um conjunto reduzido de características para construção de ensembles de redes neurais: aplicação à língua eletrônica" / A genetic approach to feature subset selection for construction of neural network ensembles: an application to gustative sensors

Ednaldo José Ferreira 10 August 2005 (has links)
As características irrelevantes, presentes em bases de dados de diversos domínios, deterioram a acurácia de predição de classificadores induzidos por algoritmos de aprendizado de máquina. As bases de dados geradas por uma língua eletrônica são exemplos típicos onde a demasiada quantidade de características irrelevantes e redundantes prejudicam a acurácia dos classificadores induzidos. Para lidar com este problema, duas abordagens podem ser utilizadas. A primeira é a utilização de métodos para seleção de subconjuntos de características. A segunda abordagem é por meio de ensemble de classificadores. Um ensemble deve ser constituído por classificadores diversos e acurados. Uma forma efetiva para construção de ensembles de classificadores é por meio de seleção de características. A seleção de características para ensemble tem o objetivo adicional de encontrar subconjuntos de características que promovam acurácia e diversidade de predição nos classificadores do ensemble. Algoritmos genéticos são técnicas promissoras para seleção de características para ensemble. No entanto, a busca genética, assim como outras estratégias de busca, geralmente visam somente a construção do ensemble, permitindo que todas as características (relevantes, irrelevantes e redundantes) sejam utilizadas. Este trabalho apresenta uma abordagem baseada em algoritmos genéticos para construção de ensembles de redes neurais artificiais com um conjunto reduzido das características totais. Para melhorar a acurácia dos ensembles, duas abordagens diferenciadas para treinamento de redes neurais foram utilizadas. A primeira baseada na interrupção precoce do treinamento com o algoritmo back-propagation e a segunda baseada em otimização multi-objetivo. Os resultados obtidos comprovam a eficácia do algoritmo proposto para construção de ensembles de redes neurais acurados. Também foi constatada sua eficiência na redução das características totais, comprovando que o algoritmo proposto é capaz de construir um ensemble utilizando um conjunto reduzido de características. / The irrelevant features in databases of some domains spoil the accuracy of the classifiers induced by machine learning algorithms. Databases generated by an electronic tongue are examples where the huge quantity of irrelevant and redundant features spoils the accuracy of classifiers. There are basically two approaches to deal with this problem: feature subset selection and ensemble of classifiers. A good ensemble is composed by accurate and diverse classifiers. An effective way to construct ensembles of classifiers is to make it through feature selection. The ensemble feature selection has an additional objective: to find feature subsets to promote accuracy and diversity in the ensemble of classifiers. Genetic algorithms are promising techniques for ensemble feature selection. However, genetic search, as well as other search strategies, only aims the ensemble construction, allowing the selection of all features (relevant, irrelevant and redundant). This work proposes an approach based on genetic algorithm to construct ensembles of neural networks using a reduced feature subset of totality. Two approaches were used to train neural networks to improve the ensembles accuracy. The first is based on early stopping with back-propagation algorithm and the second is based on multi-objective optimization. The results show the effectiveness and accuracy of the proposed algorithm to construct ensembles of neural networks, and also, its efficiency in the reduction of total features was evidenced, proving its capacity for constructing an ensemble using a reduced feature subset.
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Seleção de atributos relevantes para aprendizado de máquina utilizando a abordagem de Rough Sets. / Machine learning feature subset selection using Rough Sets approach.

Adriano Donizete Pila 25 May 2001 (has links)
No Aprendizado de Máquina Supervisionado---AM---o algoritmo de indução trabalha com um conjunto de exemplos de treinamento, no qual cada exemplo é constituído de um vetor com os valores dos atributos e as classes, e tem como tarefa induzir um classificador capaz de predizer a qual classe pertence um novo exemplo. Em geral, os algoritmos de indução baseiam-se nos exemplos de treinamento para a construção do classificador, sendo que uma representação inadequada desses exemplos, bem como inconsistências nos mesmos podem tornar a tarefa de aprendizado difícil. Um dos problemas centrais de AM é a Seleção de um Subconjunto de Atributos---SSA---cujo objetivo é diminuir o número de atributos utilizados na representação dos exemplos. São três as principais razões para a realização de SSA. A primeira razão é que a maioria dos algoritmos de AM, computacionalmente viáveis, não trabalham bem na presença de vários atributos. A segunda razão é que, com um número menor de atributos, o conceito induzido através do classificador pode ser melhor compreendido. E, a terceira razão é o alto custo para coletar e processar grande quantidade de informações. Basicamente, são três as abordagens para a SSA: embedded, filtro e wrapper. A Teoria de Rough Sets---RS---é uma abordagem matemática criada no início da década de 80, cuja principal funcionalidade são os redutos, e será tratada neste trabalho. Segundo essa abordagem, os redutos são subconjuntos mínimos de atributos que possuem a propriedade de preservar o poder de descrição do conceito relacionado ao conjunto de todos os atributos. Neste trabalho o enfoque esta na abordagem filtro para a realização da SSA utilizando como filtro os redutos calculados através de RS. São descritos vários experimentos sobre nove conjuntos de dados naturais utilizando redutos, bem como outros filtros para SSA. Feito isso, os atributos selecionados foram submetidos a dois algoritmos simbólicos de AM. Para cada conjunto de dados e indutor, foram realizadas várias medidas, tais como número de atributos selecionados, precisão e números de regras induzidas. Também, é descrito um estudo de caso sobre um conjunto de dados do mundo real proveniente da área médica. O objetivo desse estudo pode ser dividido em dois focos: comparar a precisão dos algoritmos de indução e avaliar o conhecimento extraído com a ajuda do especialista. Embora o conhecimento extraído não apresente surpresa, pôde-se confirmar algumas hipóteses feitas anteriormente pelo especialista utilizando outros métodos. Isso mostra que o Aprendizado de Máquina também pode ser visto como uma contribuição para outros campos científicos. / In Supervised Machine Learning---ML---an induction algorithm is typically presented with a set of training examples, where each example is described by a vector of feature values and a class label. The task of the induction algorithm is to induce a classifier that will be useful in classifying new cases. In general, the inductive-learning algorithms rely on existing provided data to build their classifiers. Inadequate representation of the examples through the description language as well as inconsistencies in the training examples can make the learning task hard. One of the main problems in ML is the Feature Subset Selection---FSS---problem, i.e. the learning algorithm is faced with the problem of selecting some subset of feature upon which to focus its attention, while ignoring the rest. There are three main reasons that justify doing FSS. The first reason is that most ML algorithms, that are computationally feasible, do not work well in the presence of many features. The second reason is that FSS may improve comprehensibility, when using less features to induce symbolic concepts. And, the third reason for doing FSS is the high cost in some domains for collecting data. Basically, there are three approaches in ML for FSS: embedded, filter and wrapper. The Rough Sets Theory---RS---is a mathematical approach developed in the early 1980\'s whose main functionality are the reducts, and will be treated in this work. According to this approach, the reducts are minimal subsets of features capable to preserve the same concept description related to the entire set of features. In this work we focus on the filter approach for FSS using as filter the reducts obtained through the RS approach. We describe a series of FSS experiments on nine natural datasets using RS reducts as well as other filters. Afterwards we submit the selected features to two symbolic ML algorithms. For each dataset, various measures are taken to compare inducers performance, such as number of selected features, accuracy and number of induced rules. We also present a case study on a real world dataset from the medical area. The aim of this case study is twofold: comparing the induction algorithms performance as well as evaluating the extracted knowledge with the aid of the specialist. Although the induced knowledge lacks surprising, it allows us to confirm some hypothesis already made by the specialist using other methods. This shows that Machine Learning can also be viewed as a contribution to other scientific fields.
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An investigation of feature weighting algorithms and validation techniques using blind analysis for analogy-based estimation

Sigweni, Boyce B. January 2016 (has links)
Context: Software effort estimation is a very important component of the software development life cycle. It underpins activities such as planning, maintenance and bidding. Therefore, it has triggered much research over the past four decades, including many machine learning approaches. One popular approach, that has the benefit of accessible reasoning, is analogy-based estimation. Machine learning including analogy is known to significantly benefit from feature selection/weighting. Unfortunately feature weighting search is an NP hard problem, therefore computationally very demanding, if not intractable. Objective: Therefore, one objective of this research is to develop an effi cient and effective feature weighting algorithm for estimation by analogy. However, a major challenge for the effort estimation research community is that experimental results tend to be contradictory and also lack reliability. This has been paralleled by a recent awareness of how bias can impact research results. This is a contributory reason why software effort estimation is still an open problem. Consequently the second objective is to investigate research methods that might lead to more reliable results and focus on blinding methods to reduce researcher bias. Method: In order to build on the most promising feature weighting algorithms I conduct a systematic literature review. From this I develop a novel and e fficient feature weighting algorithm. This is experimentally evaluated, comparing three feature weighting approaches with a na ive benchmark using 2 industrial data sets. Using these experiments, I explore blind analysis as a technique to reduce bias. Results: The systematic literature review conducted identified 19 relevant primary studies. Results from the meta-analysis of selected studies using a one-sample sign test (p = 0.0003) shows a positive effect - to feature weighting in general compared with ordinary analogy-based estimation (ABE), that is, feature weighting is a worthwhile technique to improve ABE. Nevertheless the results remain imperfect so there is still much scope for improvement. My experience shows that blinding can be a relatively straightforward procedure. I also highlight various statistical analysis decisions which ought not be guided by the hunt for statistical significance and show that results can be inverted merely through a seemingly inconsequential statistical nicety. After analysing results from 483 software projects from two separate industrial data sets, I conclude that the proposed technique improves accuracy over the standard feature subset selection (FSS) and traditional case-based reasoning (CBR) when using pseudo time-series validation. Interestingly, there is no strong evidence for superior performance of the new technique when traditional validation techniques (jackknifing) are used but is more effi cient. Conclusion: There are two main findings: (i) Feature weighting techniques are promising for software effort estimation but they need to be tailored for target case for their potential to be adequately exploited. Despite the research findings showing that assuming weights differ in different parts of the instance space ('local' regions) may improve effort estimation results - majority of studies in software effort estimation (SEE) do not take this into consideration. This represents an improvement on other methods that do not take this into consideration. (ii) Whilst there are minor challenges and some limits to the degree of blinding possible, blind analysis is a very practical and an easy-to-implement method that supports more objective analysis of experimental results. Therefore I argue that blind analysis should be the norm for analysing software engineering experiments.
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A New Measure of Classifiability and its Applications

Dong, Ming 08 November 2001 (has links)
No description available.
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Seleção de atributos em agrupamento de dados utilizando algoritmos evolutivos / Feature subset selection in data clustering using evolutionary algorithm

Martarelli, Nádia Junqueira 03 August 2016 (has links)
Com o surgimento da tecnologia da informação, o processo de análise e interpretação de dados deixou de ser executado exclusivamente por seres humanos, passando a contar com auxílio computacional para a descoberta de conhecimento em grandes bancos de dados. Este auxílio exige uma organização e ordenação das atividades, antes manualmente exercidas, em um processo composto de três grandes etapas. A primeira etapa deste processo conta com uma tarefa de redução da dimensionalidade, que tem como objetivo a eliminação de atributos que não contribuem para a análise dos dados, resultando portanto, na seleção de um subconjunto dos atributos originais. A seleção de um subconjunto de atributos pode ser encarada como um problema de busca, já que há inúmeras possibilidades de combinação dos atributos originais em subconjuntos. Dessa forma, uma das estratégias de busca que pode ser adotada consiste na busca randômica, executada por um algoritmo genético ou pelas suas variações. Este trabalho propõe a aplicação de duas variações do algoritmo genético, Algoritmo Genético Construtivo e Algoritmo Genético Enviesado com Chave Aleatória, no problema de seleção de atributos em agrupamento de dados, já que estas duas variações ainda não foram aplicadas em tal problema. A fim de verificar o desempenho destas duas variações, comparou-se ambas com a abordagem tradicional do algoritmo genético. Efetuou-se também a comparação entre as duas variações. Para isto, foi utilizada três bases de dados retiradas do repositório UCI de aprendizado de máquinas. Os resultados obtidos mostraram que os desempenhos, em termos de qualidade da solução, dos algoritmos: genético construtivo e genético enviesado com chave aleatório foram melhores, de maneira geral, do que o desempenho da abordagem tradicional. Constatou-se também diferença significativa em termos de eficiência entre as duas variações e a abordagem tradicional. / With the advent of information technology, the process of analysis and interpretation of data left to be run exclusively by humans, going to rely on computational support for knowledge discovery in large databases. This aid requires an organization and sequencing of activities before manually performed in a compound of three major step process. The first step of this process has a reduced dimensionality task, which aims to eliminate attributes that do not contribute to the data analysis, resulting therefore, in selecting a subset of the original attributes. Selecting a subset of attributes can be viewed as a search problem, since there are numerous possible combinations of unique attributes into subsets. Thus, one search strategies that can be adopted is to randomly search, performed by a genetic algorithm or its variants. This paper proposes the application of two variations of the genetic algorithm, Constructive Genetic Algorithm and Biased Random Key Genetic Algorithm in the feature selection problem in data grouping, as these two variations have not been applied in such a problem. In order to verify the performance of the two variations, we compare them with the traditional algorithm, genetic algorithm. It was also executed the comparison between the two variations. For this, we used three databases removed from the UCI repository of machine learning. The results showed that the performance, in term of quality solution, of algorithms: genetic constructive and genetic biased with random key are better than the performance of the traditional approach. It was also observed a significant difference in efficiency between of the two variations and the traditional approach.
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Seleção de atributos em agrupamento de dados utilizando algoritmos evolutivos / Feature subset selection in data clustering using evolutionary algorithm

Nádia Junqueira Martarelli 03 August 2016 (has links)
Com o surgimento da tecnologia da informação, o processo de análise e interpretação de dados deixou de ser executado exclusivamente por seres humanos, passando a contar com auxílio computacional para a descoberta de conhecimento em grandes bancos de dados. Este auxílio exige uma organização e ordenação das atividades, antes manualmente exercidas, em um processo composto de três grandes etapas. A primeira etapa deste processo conta com uma tarefa de redução da dimensionalidade, que tem como objetivo a eliminação de atributos que não contribuem para a análise dos dados, resultando portanto, na seleção de um subconjunto dos atributos originais. A seleção de um subconjunto de atributos pode ser encarada como um problema de busca, já que há inúmeras possibilidades de combinação dos atributos originais em subconjuntos. Dessa forma, uma das estratégias de busca que pode ser adotada consiste na busca randômica, executada por um algoritmo genético ou pelas suas variações. Este trabalho propõe a aplicação de duas variações do algoritmo genético, Algoritmo Genético Construtivo e Algoritmo Genético Enviesado com Chave Aleatória, no problema de seleção de atributos em agrupamento de dados, já que estas duas variações ainda não foram aplicadas em tal problema. A fim de verificar o desempenho destas duas variações, comparou-se ambas com a abordagem tradicional do algoritmo genético. Efetuou-se também a comparação entre as duas variações. Para isto, foi utilizada três bases de dados retiradas do repositório UCI de aprendizado de máquinas. Os resultados obtidos mostraram que os desempenhos, em termos de qualidade da solução, dos algoritmos: genético construtivo e genético enviesado com chave aleatório foram melhores, de maneira geral, do que o desempenho da abordagem tradicional. Constatou-se também diferença significativa em termos de eficiência entre as duas variações e a abordagem tradicional. / With the advent of information technology, the process of analysis and interpretation of data left to be run exclusively by humans, going to rely on computational support for knowledge discovery in large databases. This aid requires an organization and sequencing of activities before manually performed in a compound of three major step process. The first step of this process has a reduced dimensionality task, which aims to eliminate attributes that do not contribute to the data analysis, resulting therefore, in selecting a subset of the original attributes. Selecting a subset of attributes can be viewed as a search problem, since there are numerous possible combinations of unique attributes into subsets. Thus, one search strategies that can be adopted is to randomly search, performed by a genetic algorithm or its variants. This paper proposes the application of two variations of the genetic algorithm, Constructive Genetic Algorithm and Biased Random Key Genetic Algorithm in the feature selection problem in data grouping, as these two variations have not been applied in such a problem. In order to verify the performance of the two variations, we compare them with the traditional algorithm, genetic algorithm. It was also executed the comparison between the two variations. For this, we used three databases removed from the UCI repository of machine learning. The results showed that the performance, in term of quality solution, of algorithms: genetic constructive and genetic biased with random key are better than the performance of the traditional approach. It was also observed a significant difference in efficiency between of the two variations and the traditional approach.
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Analysing and predicting differences between methylated and unmethylated DNA sequence features

Ali, Isse January 2015 (has links)
DNA methylation is involved in various biological phenomena, and its dysregulation has been demonstrated as being correlated with a number of human disease processes, including cancers, autism, and autoimmune, mental health and neuro-degenerative ones. It has become important and useful in characterising and modelling these biological phenomena in or-der to understand the mechanism of such occurrences, in relation to both health and disease. An attempt has previously been made to map DNA methylation across human tissues, however, the means of distinguishing between methylated, unmethylated and differentially-methylated groups using DNA sequence features remains unclear. The aim of this study is therefore to: firstly, investigate DNA methylation classes and predict these based on DNA sequence features; secondly, to further identify methylation-associated DNA sequence features, and distinguish methylation differences between males and females in relation to both healthy and diseased, sta-tuses. This research is conducted in relation to three samples within nine biological feature sub-sets extracted from DNA sequence patterns (Human genome database). Two samples contain classes (methylated, unmethy-lated and differentially-methylated) within a total of 642 samples with 3,809 attributes driven from four human chromosomes, i.e. chromosomes 6, 20, 21 and 22, and the third sample contains all human chromosomes, which encompasses 1628 individuals, and then 1,505 CpG loci (features) were extracted by using Hierarchical clustering (a process Heatmap), along with pair correlation distance and then applied feature selection methods. From this analysis, author extract 47 features associated with gender and age, with 17 revealing significant methylation differences between males and females. Methylation classes prediction were applied a K-nearest Neighbour classifier, combined with a ten-fold cross- validation, since to some data were severely imbalanced (i.e., existed in sub-classes), and it has been established that direct analysis in machine-learning is biased towards the majority class. Hence, author propose a Modified- Leave-One-Out (MLOO) cross-validation and AdaBoost methods to tackle these issues, with the aim of compositing a balanced outcome and limiting the bias in-terference from inter-differences of the classes involved, which has provided potential predictive accuracies between 75% and 100%, based on the DNA sequence context.

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