Fibropapillomatosis (FP) is a tumor-forming disease mainly found in juvenile green turtles (Chelonia mydas) inhabiting Florida's east coast. Despite increased research on the herpes virus that putatively causes it, long-term assessment is still needed of the distribution and severity of FP. Using the decades-long database compiled by the University of Central Florida Marine Turtle Research Group, I determined FP severity and distribution at three different sites: Indian River Lagoon (IRL), Sabellariid Worm Reef (SWR) and Trident Submarine Basin (TSB). Fibropapillomatosis occurred in > 50% of IRL turtles, 18% of SWR turtles and <1% of TSB turtles. Regression of FP tumors was correlated with its prevalence, i.e. when and where FP was common, tumor regression was common. The probability of a turtle being non-afflicted or mildly afflicted increased with both increasing straight-line carapace length (SCL) and increasing relative body condition (residuals of log body mass versus log SCL). Mean annual growth rates of IRL and SWR turtles did not vary with FP severity; however, mean annual growth rates in IRL (1.10 cm/y) were significantly higher than in SWR (1.05 cm/y) and TSB (1.04 cm/y). Annual apparent survival estimates for IRL and TSB turtles were 0.72 and 0.73, respectively, and were constant over time. Even with increased prevalence of FP, annual apparent survival estimates were constant and similar to survival estimates of juvenile green turtles in areas without FP. In IRL, survival rates among FP Categories 0, 1 and 2 were similar (0.74, 0.74 and 0.81 respectively) and lower only for FP Category 3 (0.63). Thus, while FP occurred in > 50% of turtles in some Florida east coast populations, their annual apparent survival only declined in advanced cases (FP Category 3). These data suggest 1) FP afflicts smaller or younger turtles, 2) larger juveniles, sub-adults and adults are either non-afflicted or possibly recover from this disease, and 3) annual apparent survival rates of green turtle populations are independent of FP prevalence except when tumor growth is extreme.

A Fibropapilomatose (FP) é uma neoplasia reportada em todas as espécies de tartarugas-marinhas. Dentre as espécies, a tartaruga-verde apresenta a maior prevalência da doença, sendo assim considerada uma doença panzoótica emergente. A associação do Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5) à tecidos tumorais, demonstrada por inúmeros estudos moleculares, descreve como agente etiológico da FP o ChHV5. Entretanto, há um consenso de que a doença possui caráter multifatorial e sua patogênese não é elucidada. A detecção de ChHV5 em diferentes tecidos permite o monitoramento do vírus na região e contribui para a compreensão da epidemiologia e patogênese deste agente, auxiliando na gestão e conservação da espécie. Dessa forma, o presente estudo teve por objetivo a detecção de ChHV5 em amostras de Chelonia mydas (tartaruga-verde), acometidas e não acometidas pela FP, provenientes do Litoral Norte do Estado de São Paulo, através de técnicas moleculares e avaliação histopatológica. Foram avaliadas amostras de tumores (42 externos e um interno), pele (n=50) e pulmões (n=27) procedentes de 53 espécimes. A prevalência de ChHV5 nos indivíduos foi de 94,33% (50/53), observando a presença do vírus em todos os tipos de tecidos avaliados, e em indivíduos acometidos e não acometidos pela doença. A avaliação histopatológica demonstrou uma maior frequência de tecidos tumorais caracterizados como fibropapilomas, seguido por papilomas, fibromas e papiloma/fibropapiloma, e observou-se corpúsculos de inclusão intranucleares e degeneração balonosa em 5,26% (2/38) das amostras. Os resultados permitiram a formulação de hipóteses que podem contribuir para a compreensão de aspectos relacionados à patogênese da doença, forneceram dados de prevalência, auxiliando no monitoramento do agente na região estudada, e demonstraram a presença do vírus em pulmões de indivíduos não acometidos pela FP, não descrita em literature. / Fibropapillomatosis (FP) is a neoplastic disease reported in all marine turtle species. However, green sea turtles (Chelonia mydas) present the highest prevalence of FP, which is considered an emergent panzootic disease. The association between Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5) and FP tumors, demonstrated by several studies, describes this virus as the primary etiological agent. However, there is a consensus that FP has multifactorial cause, and its pathogenesis is still unclear. The detection of ChHV5, in different types of samples, allows its monitoring in the environment, and contributes to knowledge about its epidemiology and pathogenesis providing skills for sea turtle conservation issues. The aims of this study were to characterize the FP tumors and detect ChHV5 in samples of C. mydas specimens with and without FP, from north coast of São Paulo State, through histopathological and molecular analyzes. Samples of FP tumor (42 external and one internal), skin (n = 50) and lung (n = 27) were obtained from 53 specimens. The prevalence of ChHV5 was 94.33% (50/53), and this virus was detected in all types of analyzed samples from tumored and non-tumored individuals. According to histopathological analysis, the most FP tumors was characterized as fibropapillomas, followed by papillomas, fibromas, and papilloma/fibropapilloma. Ballooning degeneration with intranuclear inclusion bodies were observed in 5.26% (2/38) of the samples. The data generated in this study allow the elaboration of hypothesis that can contribute to elucidate the pathogenesis of FP and provide prevalence information helping in the monitoring of this etiological agent in the studied area. In addition, the results revealed the presence of ChHV5 in lung samples from specimens without FP, findings not yet reported in previous studies.

Green sea turtles (Chelonia mydas) are an endangered species prone to a debilitating disease called fibropapillomatosis (FP). The aim of this study was to determine the influence of UV light on vitamin D levels and immune function in juvenile green sea turtles with FP. Phagocytosis, plasma vitamin D levels and viral load of ChHV5 were measured for FP- and FP+ turtles kept at the Gumbo Limbo Nature Center (GLNC) and for turtles caught at the St. Lucie power plant. Turtles kept at GLNC were housed in tanks exposed to varying amounts of UV light. Turtles brought into GLNC had lower phagocytosis compared to turtles at the St. Lucie power plant. Individuals exposed to greater UV light had higher plasma vitamin D levels and a more successful recovery. The results of this project will provide rehabilitation facilities with a mechanism to improve the recovery of animals with this disease. / Includes bibliography. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2020. / FAU Electronic Theses and Dissertations Collection

A fibropapilomatose é uma doença multifatorial em tartarugas marinhas caracterizada por tumores cutâneos benignos. O surgimento da doença é atribuído à associação do Chelonid herpesvirus 5 (ChHV-5), à genética e à fatores ambientais. A tartaruga-verde (Chelonia mydas) é a espécie mais acometida pela doença, sendo esta uma das maiores ameaças à sua sobrevivência. Este estudo teve por objetivo detectar e mensurar seis elementos químicos inorgânicos: Arsênio (As), Cádmio (Cd), Chumbo (Pb), Selênio (Se), Zinco (Zn) e Mercúrio (Hg) em sangue de tartarugas-verdes (Chelonia mydas) capturadas vivas e tecidos (baço, rins, fígado, glândula de sal, musculatura esquelética e tecido ósseo) de necropsias realizadas em indivíduos encontrados mortos. Quatro localidades da costa brasileira foram amostradas: Almofala CE; Fernando de Noronha PE; Vitória ES e Ubatuba SP. Foram colhidas 233 amostras de sangue e 488 amostras de tecido entre março de 2012 e outubro de 2015. As amostras foram analisadas em um espectrômetro de massas com plasma indutivamente acoplado (ICP-MS). Os resultados das análises de sangue apontaram Fernando de Noronha como um possível grupo controle para estudos desta ordem. As e Se foram encontrados em Fernando de Noronha em níveis séricos muito baixos. Tartarugas-verdes das outras três localidades estudadas apresentaram uma diminuição desses elementos quando com sinais de FP, ao mesmo tempo em que apresentaram concentrações maiores de algum elemento químico tóxico, como Pb e Hg. Quanto aos resultados obtidos com amostras teciduais, as tartarugas-verdes com sinais de FP apresentam menores concentrações de As e Se em todos os órgãos analisados, ao mesmo tempo que apresentam maior concentração de Pb em fígado, rins e ossos / Fibropapillomatosis is a multifactorial disease of sea turtles characterized by benign cutaneous tumors. The development of this disease is attributed to the association of Chelonid herpesvirus 5 (ChHV-5), to genetics and environmental factors. The green turtle (Chelonia mydas) is the species most affected by fibropapillomatosis, one of the biggest threats to the survival. The aim of this study was to detect and quantify six inorganic chemical elements: Arsenic (As), Cadmium (Cd), Lead (Pb), Selenium (Se), Zinc (Zn) and Mercury (Hg) in blood samples of green turtles trapped alive, and tissue samples (spleen, kidneys, liver, salt glands, skeletal muscles and bone tissue) collected during necropsies of carcasses. The samples was collected in four different locations of the Brazilian coast: Almofala Ceará; Fernando de Noronha Pernambuco; Vitória Espírito Santo e Ubatuba São Paulo. We collected 233 blood samples and 488 tissue samples between March 2012 and October 2015. Samples were analysed by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) techniques. The results of the blood analyses indicated Fernando de Noronha as a possible control group for studies of this nature. As and Se were observed in Pernambuco (Fernando de Noronha) in very low blood levels. Green turtles from the three other locations presented decreased levels of the same elements in cases with signs of FP, while presenting higher concentrations of some of the toxic chemical elements, such as Pb and Hg. The results obtained from tissue samples showed that green turtles with signs of FP present lower As and Se in all analysed organs, and higher [Pb] in liver, kidneys and bone tissues

Os herpesvírus são normalmente adaptados a um único grupo de hospedeiros, e esta associação parasita-hospedeiro está ligada à sua seleção e coevolução. Estes agentes podem causar infecções latentes, onde normalmente o vírus não se replica. Durante o ciclo lítico, no entanto, outras células são infectadas e liberam partículas virais capazes de infectar outros indivíduos. O CFPHV (Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus) tem sido apontado como principal agente infeccioso ligado a fibropapilomatose em tartarugas-marinhas. A doença caracteriza-se por uma proliferação cutânea benigna mas que, dependendo da sua severidade, pode comprometer a sobrevivência do indivíduo afetado, sendo por isso apontada como importante ameaça a conservação de tartarugas-marinhas, particularmente de tartarugas verdes (Chelonia mydas), a principal espécie acometida pela doença. Alguns aspectos da biologia do CFPHV e sua relação com as tartarugas verdes foram estudados no presente trabalho. Primeiramente, a capacidade deste agente em se disseminar pelo ambiente e infectar outros indivíduos, e as possíveis vias envolvidas nesta dispersão. Em seguida, avaliou-se os possíveis tecidos em que o herpesvírus pode estabelecer a infecção latente. Por fim, determinou-se a prevalência de indivíduos de Chelonia mydas infectados pelo CFPHV em duas áreas de alimentação (Ubatuba-SP e Vitória-ES) e em uma áreas mista - de alimentação e reprodução (Fernando de Noronha-PE). No primeiro estudo, observou-se que a prevalência de CFPHV nas amostras de secreções de Chelonia mydas variou entre 0%, no Espírito Santo, a 25%, em São Paulo. Os haplótipos afetados foram CMA-3 e CMA-8, e a variante viral encontrada não havia sido detectada anteriormente no Brasil, mas possui elevada similaridade com vírus provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico. Os resultados sugerem que estes vírus podem ser transmitidos por secreções e também circular entre diferentes regiões. No segundo estudo, detectou-se a presença de CFPHV no cérebro de 5 animais necropsiados e também na pele e em lesões fibropapilomatosas. Em um dos animais foi detectada a presença de uma única variante de CFPHV no cérebro, pele e tumores. Esta variante ainda não havia sido detectada no Brasil e apresentou 100% de identidade com a variante detectada nas secreções. Para avaliar a relação entre haplótipos e variantes virais, o terceiro estudo determinou a prevalência de CFPHV em pele e tumores de 136 indivíduos - 9,56% de indivíduos sadios apresentavam o agente em tecido epitelial e 45,58% dos animais foram positivos para CFPHV, quando considerados também animais com fibropapilomatose. Duas novas variantes de herpesvírus foram encontradas: Var. 7, em Ubatuba-SP e Vitória-ES e Var. 8, em Vitória-ES. Não houve associação entre uma variante viral e um haplótipo. Os resultados observados permitem apontar que o CFPHV pode estabelecer infecções latentes; o vírus pode \"migrar\" entre diferentes regiões, junto com seus hospedeiros; partículas virais podem ser liberadas por secreções; duas novas variantes foram identificadas. Altas taxas de substituição de nucleotídeos em CFPHV podem indicar o surgimento das variantes destas áreas, mas a alta similaridade entre as variantes detectadas e àquelas de Porto Rico e Golfo da Guiné sugerem também a entrada de novas variantes na costa brasileira. / Herpesviruses are usually adapted to a single group of hosts, and this host-parasite association is linked to its selection and co-evolution. These agents can cause latent infections, where the virus usually does not replicate. During the lytic cycle, however, other cells are infected and release viral particles capable of infecting other individuals.The CFPHV (Chelonid fibropapilloma-associated herpesviru) has been indicated as the main infectious agent linked to fibropapillomatosis on sea turtles. The disease is characterized by a benign skin proliferation, but, depending on its severity, can compromise the survival of the affected individual, therefore considered an important threat to the conservation of sea turtles, especially green turtles (Chelonia mydas), the main species affected by the disease. Some aspects of the CFPHV biology and its relation to green turtles were studied in this work. Firstly, the ability of this agent to spread in the environment and infect other individuals, and the possible pathways involved in this dispersion. Then, potential tissues wherein the herpesvirus can establish latent infection were assessed. Finally, we determined the prevalence of Chelonia mydas individuals infected by CFPHV in two feeding areas (Ubatuba-SP and Vitória-ES) and in a mixed area of feeding and reproduction (Fernando de Noronha-PE). In the first study, it was observed that the prevalence of CFPHV in samples of Chelonia mydas secretions ranged from 0% in Espírito Santo, to 25% in São Paulo. Affected haplotypes were CM-A3 and CM-A8, and viral variant found had not been previously detected in Brazil, but it is significantly similar to viruses found in the Gulf of Guinea and Puerto Rico. The results suggest that these viruses can be transmitted by secretions and can also circulate among different regions. Considering the low maintenance of the agent within the environment, they are probably brought by individuals with the latent virus, being capable of releasing viral particles during the herpesvirus replication cycle. In the second study, the presence of CFPHV was detected inside the brain of 5 necropsied animals, besides the detection of the virus on the skin and fibropapillomatosis lesions. In one of the animals, it was possible to characterize the CFPHV and the presence of a single viral variant inside the brain, tumors and on the skin of the same animal was detected. This variant had not yet been detected in Brazil and showed 100% identity with the variant detected in secretions. These results indicate that the virus may establish a latent infection in nerve tissue. To evaluate the relationship between haplotypes and viral variants, the third study determined the prevalence of CFPHV on skin and tumors of 136 individuals - 9.56% of healthy individuals showed the agent in epithelial tissue and 45.58% of the animals were positive for CFPHV, when also considered animals with fibropapillomatosis. Two new variants of the herpesvirus were found, Var. 7 in Ubatuba-SP and Vitória-ES and Var. 8 only in Vitória-ES. C. mydas individuals of different haplotypes were infected, and there was no association between a viral variant and a haplotype. The observed results permitted to point that CFPHV can establish latent infections in Chelonia mydas; the virus can \"migrate\" among different regions, along with its hosts; viral particles can be released by secretion; viral variants previously detected were not found in these areas, but two new variants were detected. The high nucleotide substitution rates observed in CFPHV may indicate the emergence of these variants in these areas, but the high similarity among the detected variants and those identified in Puerto Rico and Gulf of Guinea also suggest the entry of new variants into the Brazilian coast.

O aumento das intervenções antropogênicas, nos âmbitos marinho e costeiro representa grande risco aos ecossistemas de suporte de numerosas populações de animais como as tartarugas marinhas. Desequilíbrios no balanço ecológico desses habitats afetam negativamente a sobrevivência de quelônios de longa vida, como a Chelonia mydas, seriamente ameaçada de extinção. As ameaças à espécie incluem captura incidental por pesca, doenças e degradação dos habitats de alimentação e nidificação. Uma das principais doenças é a fibropapilomatose (FP) ou Green Turtle Fibropapiloma Disease (GTFD), afecção tumoral e de caráter infeccioso que acomete predominantemente espécimes juvenis. Numerosas hipóteses têm surgido a respeito da etiologia da doença, mas ainda nada é conclusivo. Contudo existe o consenso de que a etiologia da mesma seja \"multifatorial\" envolvendo um &#945;-herpesvírus como agente etiológico primário e a participação de diversos co-fatores genéticos, nutricionais e ambientais. No Brasil a prevalência média de FP en C. mydas varia conforme a região, existindo localidades nas quais não há registro da doença. O aumento da prevalência da FP tem sido implicada à degradação dos habitats marinhos, relacionado por sua vez a contaminantes ambientais como os organoclorados e seus metabólitos. Estes compostos caracterizam-se por serem altamente persistentes, bioacumulando e biomagnificando no ambiente marinho através do tempo. Além disso, são conhecidos por causarem inúmeros efeitos na saúde, interferindo na imunidade do indivíduo e favorecendo a manifestação de doenças, inclusive sendo apontados como agentes carcinogênicos. No presente trabalho foi desenvolvida uma técnica de extração e purificação baseada no método QuEChERS (Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe) para monitoramento pela cromatografia gasosa com captura de elétrons (GC-&mu;ECD) dos agrotóxicos clorados: &alpha;-BHC, &beta;-BHC, Heptacloro, Dicofol, &alpha;-Endosulfan, &beta;-endosulfan, Sulfato endosulfan, pp\' -DDD, op\' -DDD, pp\' -DDE, op\' -DDE e Mirex nos tecidos adiposo e hepático de 64 tartarugas-verdes juvenis (Cumprimento Curvo da Carapaça - CCC = 38,68±5,41cm) acometidas ou não pela FP (24 com FP vs. 40 sem FP), espécimes que vieram a óbito por captura incidental em redes de pesca ou foram encontradas encalhadas nas praias de Ubatuba/SP, Praia Grande/SP e Vitória/ES. Objetivou-se esclarecer possíveis correlações das suas concentrações com variáveis como sexo, tamanho (CCC), índice de condição corporal (ICC), severidade; índice de fibropapilomatose (FPI) e escore de fibropapilomatose (FPS) e ocorrência da doença em algumas localidades da região sudeste do país com diferentes taxas de prevalência da FP, na tentativa de inferir o papel dos mesmos na patogenia desta afecção. Foi observada correlação significativa entre a porcentagem lipídica entre as amostras dos tecidos adiposo e hepático, assim como entre a concentração total de organoclorados (&#931;OCS) nos tecidos adiposo e hepático. Embora observadas algumas diferenças na presença ou ausência de alguns contaminantes, estas foram dispersas e não determinantes, ou seja, não permitiram estabelecer um padrão em relação aos diferentes fatores do histórico individual. Não foram encontradas diferenças significativas entre a &#931;OCS para ambos os tecidos, em relação ao sexo do animal ou localidade, que permitissem inferir alguma relação entre o grau de contaminação e a variação regional da prevalência da FP. Também não foi possível identificar correlações significativas das concentrações dos poluentes em relação à presença da FP nem entre o FPI e o FPS e a &#931;OCS nos tecidos adiposo e hepático. Tampouco foi possível identificar correlações significativas entre o ICC ou CCC e a &#931;OCS. Os resultados deste trabalho apresentam um registro temporal do perfil de contaminação nas tartarugas-verdes de vida livre da costa sudeste, confirmando a biodisponibilidade de OCs nas diferentes regiões avaliadas. Embora não tenha sido encontrada uma correlação direta entre a concentração de OCs e a Fibropapilomatose, este estudo demonstra que as tartarugas verdes oriundas da costa sudeste do Brasil estão expostas a níveis significativos de pesticidas organoclorados os quais poderiam ter algum papel na etiologia multifatorial da doença. Estes contaminantes ambientais podem agir afetando a taxa de prevalência de FP, agindo possivelmente como agentes imunossupresores ou através da genotoxicidade e promoção tumoral. Estudos futuros serão desenvolvidos para melhor caracterizar a ação dessas substâncias e seus efeitos nas tartarugas marinhas e para esclarecer como outros fatores podem influenciar esses resultados. / The increase of anthropogenic impacts on both marine and coastal environments is threatening the ecosystems of numerous animal populations, including sea turtles. Disturbances in the ecological balance of these habitats negatively affect the survival of longlived chelonids such as green turtles (Chelonia mydas), which are already considered endangered. Threats to this species include incidental capture by fisheries, habitat degradation of nesting and feeding areas, and diseases. One of the most relevant diseases is fibropapillomatosis (FP) or Green Turtle Fibropapilloma Disease (GTFD), an infectious tumoral disease that predominantly affects juveniles. Numerous hypotheses have been proposed to explain this diseases aetiology, and while none has been conclusively demonstrated there is a consensus that it is multifactorial and involves a -herpesvirus as the primary etiologic agent along with genetic, nutritional and environmental cofactors. The prevalence of FP in C. mydas in Brazil varies among regions, with locations in which the disease remains unreported. Prevalence has been correlated to the degree of degradation of marine habitats, which in turn is related to the presence of environmental contaminants such as organochlorines and their metabolites. These compounds are difficult to break down and persist, bioaccumulate and biomagnify in marine environments over long periods of time. They are also known to produce numerous health effects in the organisms in which they accumulate, hampering immunity and favouring the manifestation of opportunistic disease, with some of these compounds being also carcinogens. In this study we developed extraction and purification technique based on the QuEChERS method (Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe) and used gas chromatography with electron capture (GC-&mu;ECD) to detect and quantify organochlorine (&alpha;-BHC, &beta;-BHC, Heptachlor, Dicofol, &alpha;-endosulfan, &beta;-endosulfan, Endosulfan sulphate, pp\' -DDD, op\' -DDD, pp\' -DDE, op\' -DDE, and Mirex) in adipose and hepatic tissue samples from 64 juvenile green sea turtles [Curved Carapace Length - CCL = 38.68 ± 5.41 cm] affected or not by FP (24 with FP vs. 40 without FP). These specimens died due to incidental capture by fishing nets or were found dead on beaches of Southeast Brazil: Ubatuba / SP, Praia Grande / SP and Vitória / ES. Aiming to clarify the role of the organochlorines in the pathogenesis of FP, we attempted to establish correlations between the concentration of these compounds and variables such as sex, size (CCL), Body Condition Index (BCI) and disease severity [fibropapillomatosis index (FPI) and fibropapillomatosis score (FPS)], and local FP prevalence. A significant correlation was observed between the lipid percentage of adipose and hepatic samples, as well as between adipose and hepatic organochlorine total concentrations (&#931;OCS). Although some differences were observed regarding the presence or absence of contaminants in relation to characteristics of the individual history, it was not possible to establish patterns that reflected biological significance. For both adipose and hepatic tissues, no significant differences were found in the &#931;OCS with regards to individual sex or capture locality that would allow inferring relationships between the individual contamination levels and the regional variation on the prevalence of FP. It was also not possible to identify significant relationships between each pollutant concentration in the adipose or hepatic tissue and the presence of FP. No correlation was observed between &#931;OCS in adipose or hepatic tissues and FPI, FPS, BCI and CCL. The results provide a contamination profile of free-ranging green turtles of the southeast coast during the study period, confirming the bioavailability of OCs in the different locations evaluated. Although a direct correlation between the concentration of OCs and fibropapillomatosis was not found, this study demonstrates that green turtles from the southeast coast of Brazil are exposed to significant levels of organochlorine pesticides that could play a role in the multifactorial etiology of the disease. These contaminants may affect the prevalence of FP, possibly acting as immunosuppressive agents or through genotoxicity and tumor promotion. Future studies will be conducted to better characterize the role of these substances and their effects on sea turtles and to clarify how other factors that may influence their impacts.

A fibropapilomatose é uma neoplasia caracterizada pela formação de múltiplos tumores que acomete, mais frequentemente, a espécie de tartaruga marinha Chelonia mydas. Estudos recentes apontam o Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) como o provável agente etiológico dessa doença, embora a associação com ambientes antropogenicamente alterados parecem contribuir para o desenvolvimento da doença. Nesse estudo, biópsias de tumores e secreções de tartarugas verdes capturadas no litoral do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a análises histológicas e moleculares visando detectar e caracterizar ChHV5. Em 45,5 % dos casos, os achados histopatológicos revelaram células epiteliais balonizantes com corpúsculos de inclusão intranucleares. ChHV5 foram detectados nas biópsias de pele e oculares dos animais e em secreções oculares e saliva por PCR. A análise das sequências parciais do gene da polimerase do ChHV5 detectadas revelou duas sequências gênicas distintas entre si. A análise filogenética indicou que as amostras brasileiras são similares às amostras de ChHV5 do grupo filogeográfico do Atlântico, compartilhando o mesmo clado que amostras provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico, sugerindo um possível fluxo dos vírus entre essas três regiões. / Fibropapillomatosis is a neoplastic disease characterized by the formation of multiple tumors affecting different species of sea turtles and, most often, Chelonia mydas. Recent studies indicate that Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) is the etiological agent of this disease, though its association with anthropogenically altered environments also appears to contribute to disease expression and tumor formation. In this study, tumor biopsy and secretions from green turtles captured off the coast of São Paulo State, Brazil, were used in histological and molecular analyses to detect and characterize ChHV5. In 45.5 % of cases, the tumor histopathological findings revealed ballooning degeneration with intranuclear inclusion bodies. ChHV5 was detected using polymerase chain reaction on the animals skin, ocular tumor biopsies, and ocular and oral secretions. The analysis of the detected ChHV5 sequences revealed two distinct genetic sequences together. Phylogenetic analysis indicated that Brazilian samples were similar to ChHV5 samples described for the Atlantic phylogeographic group and are therefore part of the same clade as the Gulf of Guinea and Puerto Rico samples. This similarity suggests a possible flow of the virus between these three regions.

Climate change is threatening biodiversity, causing populations and species to adapt, or otherwise, become extinct. Sea turtles have survived dramatic climate changes in the past, however, due to a history of intense human exploitation, and the current anthropogenic threats, their current resilience may be jeopardized. The main pursuits of this thesis were to i) evaluate the resistance of green turtles to predicted climate change impacts, using a globally significant rookery, in Poilão, Guinea-Bissau, as a case study; and ii) assess key population parameters to inform the conservation management of this resource. As the work developed I additionally had the opportunity to study the dynamics of an emerging disease in a juvenile foraging aggregation from Puerto Rico, which contributed to a broader understanding of resilience in this species. Specifically, I investigate the nest site selection behaviour of green turtles, their nesting environment, and the outcomes for their offspring, at Poilão, and apply this information to infer on the resilience of this population under future scenarios of climate change. I explore the connectivity established by the dispersal of post-hatchlings from Poilão, followed by their recruitment to foraging grounds, to set the geographical context of this major population. Lastly, I model the dynamics of Fibropapillomatosis, which affects juvenile green turtles globally, and examine the potential for disease recovery. The green turtle rookery in Poilão shows some resilience to expected climate change impacts. This significant population likely contributes to all juvenile foraging aggregations along the west coast of Africa, and to some extent to those in South America. Currently, green turtles are capable of recovery from Fibropapillomatosis, however, the incidence of disease may be enhanced by climate change.

O aumento das intervenções antropogênicas, nos âmbitos marinho e costeiro representa grande risco aos ecossistemas de suporte de numerosas populações de animais como as tartarugas marinhas. Desequilíbrios no balanço ecológico desses habitats afetam negativamente a sobrevivência de quelônios de longa vida, como a Chelonia mydas, seriamente ameaçada de extinção. As ameaças à espécie incluem captura incidental por pesca, doenças e degradação dos habitats de alimentação e nidificação. Uma das principais doenças é a fibropapilomatose (FP) ou Green Turtle Fibropapiloma Disease (GTFD), afecção tumoral e de caráter infeccioso que acomete predominantemente espécimes juvenis. Numerosas hipóteses têm surgido a respeito da etiologia da doença, mas ainda nada é conclusivo. Contudo existe o consenso de que a etiologia da mesma seja \"multifatorial\" envolvendo um &#945;-herpesvírus como agente etiológico primário e a participação de diversos co-fatores genéticos, nutricionais e ambientais. No Brasil a prevalência média de FP en C. mydas varia conforme a região, existindo localidades nas quais não há registro da doença. O aumento da prevalência da FP tem sido implicada à degradação dos habitats marinhos, relacionado por sua vez a contaminantes ambientais como os organoclorados e seus metabólitos. Estes compostos caracterizam-se por serem altamente persistentes, bioacumulando e biomagnificando no ambiente marinho através do tempo. Além disso, são conhecidos por causarem inúmeros efeitos na saúde, interferindo na imunidade do indivíduo e favorecendo a manifestação de doenças, inclusive sendo apontados como agentes carcinogênicos. No presente trabalho foi desenvolvida uma técnica de extração e purificação baseada no método QuEChERS (Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe) para monitoramento pela cromatografia gasosa com captura de elétrons (GC-&mu;ECD) dos agrotóxicos clorados: &alpha;-BHC, &beta;-BHC, Heptacloro, Dicofol, &alpha;-Endosulfan, &beta;-endosulfan, Sulfato endosulfan, pp\' -DDD, op\' -DDD, pp\' -DDE, op\' -DDE e Mirex nos tecidos adiposo e hepático de 64 tartarugas-verdes juvenis (Cumprimento Curvo da Carapaça - CCC = 38,68±5,41cm) acometidas ou não pela FP (24 com FP vs. 40 sem FP), espécimes que vieram a óbito por captura incidental em redes de pesca ou foram encontradas encalhadas nas praias de Ubatuba/SP, Praia Grande/SP e Vitória/ES. Objetivou-se esclarecer possíveis correlações das suas concentrações com variáveis como sexo, tamanho (CCC), índice de condição corporal (ICC), severidade; índice de fibropapilomatose (FPI) e escore de fibropapilomatose (FPS) e ocorrência da doença em algumas localidades da região sudeste do país com diferentes taxas de prevalência da FP, na tentativa de inferir o papel dos mesmos na patogenia desta afecção. Foi observada correlação significativa entre a porcentagem lipídica entre as amostras dos tecidos adiposo e hepático, assim como entre a concentração total de organoclorados (&#931;OCS) nos tecidos adiposo e hepático. Embora observadas algumas diferenças na presença ou ausência de alguns contaminantes, estas foram dispersas e não determinantes, ou seja, não permitiram estabelecer um padrão em relação aos diferentes fatores do histórico individual. Não foram encontradas diferenças significativas entre a &#931;OCS para ambos os tecidos, em relação ao sexo do animal ou localidade, que permitissem inferir alguma relação entre o grau de contaminação e a variação regional da prevalência da FP. Também não foi possível identificar correlações significativas das concentrações dos poluentes em relação à presença da FP nem entre o FPI e o FPS e a &#931;OCS nos tecidos adiposo e hepático. Tampouco foi possível identificar correlações significativas entre o ICC ou CCC e a &#931;OCS. Os resultados deste trabalho apresentam um registro temporal do perfil de contaminação nas tartarugas-verdes de vida livre da costa sudeste, confirmando a biodisponibilidade de OCs nas diferentes regiões avaliadas. Embora não tenha sido encontrada uma correlação direta entre a concentração de OCs e a Fibropapilomatose, este estudo demonstra que as tartarugas verdes oriundas da costa sudeste do Brasil estão expostas a níveis significativos de pesticidas organoclorados os quais poderiam ter algum papel na etiologia multifatorial da doença. Estes contaminantes ambientais podem agir afetando a taxa de prevalência de FP, agindo possivelmente como agentes imunossupresores ou através da genotoxicidade e promoção tumoral. Estudos futuros serão desenvolvidos para melhor caracterizar a ação dessas substâncias e seus efeitos nas tartarugas marinhas e para esclarecer como outros fatores podem influenciar esses resultados. / The increase of anthropogenic impacts on both marine and coastal environments is threatening the ecosystems of numerous animal populations, including sea turtles. Disturbances in the ecological balance of these habitats negatively affect the survival of longlived chelonids such as green turtles (Chelonia mydas), which are already considered endangered. Threats to this species include incidental capture by fisheries, habitat degradation of nesting and feeding areas, and diseases. One of the most relevant diseases is fibropapillomatosis (FP) or Green Turtle Fibropapilloma Disease (GTFD), an infectious tumoral disease that predominantly affects juveniles. Numerous hypotheses have been proposed to explain this diseases aetiology, and while none has been conclusively demonstrated there is a consensus that it is multifactorial and involves a -herpesvirus as the primary etiologic agent along with genetic, nutritional and environmental cofactors. The prevalence of FP in C. mydas in Brazil varies among regions, with locations in which the disease remains unreported. Prevalence has been correlated to the degree of degradation of marine habitats, which in turn is related to the presence of environmental contaminants such as organochlorines and their metabolites. These compounds are difficult to break down and persist, bioaccumulate and biomagnify in marine environments over long periods of time. They are also known to produce numerous health effects in the organisms in which they accumulate, hampering immunity and favouring the manifestation of opportunistic disease, with some of these compounds being also carcinogens. In this study we developed extraction and purification technique based on the QuEChERS method (Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe) and used gas chromatography with electron capture (GC-&mu;ECD) to detect and quantify organochlorine (&alpha;-BHC, &beta;-BHC, Heptachlor, Dicofol, &alpha;-endosulfan, &beta;-endosulfan, Endosulfan sulphate, pp\' -DDD, op\' -DDD, pp\' -DDE, op\' -DDE, and Mirex) in adipose and hepatic tissue samples from 64 juvenile green sea turtles [Curved Carapace Length - CCL = 38.68 ± 5.41 cm] affected or not by FP (24 with FP vs. 40 without FP). These specimens died due to incidental capture by fishing nets or were found dead on beaches of Southeast Brazil: Ubatuba / SP, Praia Grande / SP and Vitória / ES. Aiming to clarify the role of the organochlorines in the pathogenesis of FP, we attempted to establish correlations between the concentration of these compounds and variables such as sex, size (CCL), Body Condition Index (BCI) and disease severity [fibropapillomatosis index (FPI) and fibropapillomatosis score (FPS)], and local FP prevalence. A significant correlation was observed between the lipid percentage of adipose and hepatic samples, as well as between adipose and hepatic organochlorine total concentrations (&#931;OCS). Although some differences were observed regarding the presence or absence of contaminants in relation to characteristics of the individual history, it was not possible to establish patterns that reflected biological significance. For both adipose and hepatic tissues, no significant differences were found in the &#931;OCS with regards to individual sex or capture locality that would allow inferring relationships between the individual contamination levels and the regional variation on the prevalence of FP. It was also not possible to identify significant relationships between each pollutant concentration in the adipose or hepatic tissue and the presence of FP. No correlation was observed between &#931;OCS in adipose or hepatic tissues and FPI, FPS, BCI and CCL. The results provide a contamination profile of free-ranging green turtles of the southeast coast during the study period, confirming the bioavailability of OCs in the different locations evaluated. Although a direct correlation between the concentration of OCs and fibropapillomatosis was not found, this study demonstrates that green turtles from the southeast coast of Brazil are exposed to significant levels of organochlorine pesticides that could play a role in the multifactorial etiology of the disease. These contaminants may affect the prevalence of FP, possibly acting as immunosuppressive agents or through genotoxicity and tumor promotion. Future studies will be conducted to better characterize the role of these substances and their effects on sea turtles and to clarify how other factors that may influence their impacts.

A fibropapilomatose é uma doença multifatorial em tartarugas marinhas caracterizada por tumores cutâneos benignos. O surgimento da doença é atribuído à associação do Chelonid herpesvirus 5 (ChHV-5), à genética e à fatores ambientais. A tartaruga-verde (Chelonia mydas) é a espécie mais acometida pela doença, sendo esta uma das maiores ameaças à sua sobrevivência. Este estudo teve por objetivo detectar e mensurar seis elementos químicos inorgânicos: Arsênio (As), Cádmio (Cd), Chumbo (Pb), Selênio (Se), Zinco (Zn) e Mercúrio (Hg) em sangue de tartarugas-verdes (Chelonia mydas) capturadas vivas e tecidos (baço, rins, fígado, glândula de sal, musculatura esquelética e tecido ósseo) de necropsias realizadas em indivíduos encontrados mortos. Quatro localidades da costa brasileira foram amostradas: Almofala CE; Fernando de Noronha PE; Vitória ES e Ubatuba SP. Foram colhidas 233 amostras de sangue e 488 amostras de tecido entre março de 2012 e outubro de 2015. As amostras foram analisadas em um espectrômetro de massas com plasma indutivamente acoplado (ICP-MS). Os resultados das análises de sangue apontaram Fernando de Noronha como um possível grupo controle para estudos desta ordem. As e Se foram encontrados em Fernando de Noronha em níveis séricos muito baixos. Tartarugas-verdes das outras três localidades estudadas apresentaram uma diminuição desses elementos quando com sinais de FP, ao mesmo tempo em que apresentaram concentrações maiores de algum elemento químico tóxico, como Pb e Hg. Quanto aos resultados obtidos com amostras teciduais, as tartarugas-verdes com sinais de FP apresentam menores concentrações de As e Se em todos os órgãos analisados, ao mesmo tempo que apresentam maior concentração de Pb em fígado, rins e ossos / Fibropapillomatosis is a multifactorial disease of sea turtles characterized by benign cutaneous tumors. The development of this disease is attributed to the association of Chelonid herpesvirus 5 (ChHV-5), to genetics and environmental factors. The green turtle (Chelonia mydas) is the species most affected by fibropapillomatosis, one of the biggest threats to the survival. The aim of this study was to detect and quantify six inorganic chemical elements: Arsenic (As), Cadmium (Cd), Lead (Pb), Selenium (Se), Zinc (Zn) and Mercury (Hg) in blood samples of green turtles trapped alive, and tissue samples (spleen, kidneys, liver, salt glands, skeletal muscles and bone tissue) collected during necropsies of carcasses. The samples was collected in four different locations of the Brazilian coast: Almofala Ceará; Fernando de Noronha Pernambuco; Vitória Espírito Santo e Ubatuba São Paulo. We collected 233 blood samples and 488 tissue samples between March 2012 and October 2015. Samples were analysed by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) techniques. The results of the blood analyses indicated Fernando de Noronha as a possible control group for studies of this nature. As and Se were observed in Pernambuco (Fernando de Noronha) in very low blood levels. Green turtles from the three other locations presented decreased levels of the same elements in cases with signs of FP, while presenting higher concentrations of some of the toxic chemical elements, such as Pb and Hg. The results obtained from tissue samples showed that green turtles with signs of FP present lower As and Se in all analysed organs, and higher [Pb] in liver, kidneys and bone tissues