Ce mémoire de recherche a pour objectif d’obtenir une mesure approximative de la mortalité des hommes médecins au Québec retenus dans l’étude. En plus d’analyser l’évolution de la mortalité de ces médecins pendant les périodes 1993-1998, 1999-2004 et 2005-2010, leur mortalité est comparée à celle de l’ensemble de la population masculine québécoise. Nous comparons également la mortalité des médecins omnipraticiens à celle des médecins spécialistes. Les données utilisées dans le cadre de ce mémoire proviennent d’un fichier administratif du Collège des médecins du Québec, qui contient des informations concernant un certain nombre de médecins qui ont obtenu un permis pour pratiquer la médecine au Québec, sans égard à leur statut au sein du Collège à la date de l’émission du fichier. Ces données n’ont pas été collectées à des fins statistiques et ainsi le fichier présente certaines limitations qui ont restreint nos analyses de mortalité, notamment le fait qu’elles ne nous fournissent pas la population à risque de décéder durant chacune des périodes étudiées. Cependant, même étant consciente que des biais se produiraient, nous avons calculé deux estimations de l’exposition au risque de mourir chez les médecins, en essayant de pallier le plus possible les limites du fichier. À partir de la première méthode de calcul, nous avons estimé les taux de mortalité par groupes quinquennaux d’âge entre 40 et 75 ans pour les médecins inscrits au tableau des membres. En contrepartie, à partir de la deuxième méthode de calcul, nous avons obtenu des taux de mortalité pour les mêmes groupes d’âge pour les médecins de tous statuts confondus et enregistrés dans le fichier de données. Nous croyons à des mesures acceptables de la mortalité des hommes médecins en autant qu’elle soit analysée en tenant compte de toutes les limites des données. Les résultats obtenus démontrent une diminution de la mortalité des hommes médecins d’une période à l’autre, mais les différences ne sont significatives que pour les groupes d’âge à partir d’environ 60 ans, surtout lorsque les taux des périodes 1993-1998 et 2005-2010 sont comparés. De plus, pour toutes les périodes analysées, la mortalité de l’ensemble de la population masculine québécoise s’avère plus élevée que celle des hommes médecins enregistrés dans le fichier de données et cela pour les deux méthodes de calcul de l’exposition au risque de décéder considérées. Finalement, cette étude ne montre pas de différence significative entre la mortalité des hommes médecins omnipraticiens et celle des hommes médecins spécialistes. / The goal of this research is to obtain an approximate measurement of the mortality of male physicians in the province of Quebec who are considered under this study. Physicians’ mortality rates were analyzed in terms of changes between the years 1993-1998, 1999-2004 and 2005-2010, as well as being compared with the mortality rates of Quebec men at large. In addition, the mortality rates of male general practitioners were compared to those of physicians practicing a medical specialty. The data used in the production of this paper is derived from an administrative file provided by the Collège des médecins du Québec, which contains information on a certain number of physicians who had previously obtained a permit to practice medicine in the province, irrespective of their status within the Collège at the time that the file was released. This data was not collected for statistical purposes and therefore, the file presents certain constraints that restrict our mortality analysis, in particular due to the absence of information regarding the population at risk of death in each of the periods studied here. That said, while we were conscious of the bias that could result from this, we have produced two estimates of these physicians' exposure to risk of death, in order to try to compensate for the file's limitations, in as much as possible. By using the first method of calculation, we have assessed mortality rates for quinquennial age groups of physicians between the ages of 40 and 75 that are currently part of the membership roll. Using the second method of calculation, we obtained mortality rates for physicians belonging to the same age groups, except that this time, registered physicians of all statuses were considered. We believe the mortality measurements for male physicians are acceptable as long as any analysis thereof doesn’t overlook the limitations of the data. The results obtained demonstrated a reduction in mortality among male physicians from one period to the next, but the differences were only significant for groups above the age of 60, especially upon comparing the periods of 1993-1998 and 2005-2010. In addition, during every period studied, mortality rates among the province's entire male population proved to be higher than the mortality rates among the registered male physicians present in the file; this result was obtained for both methods of calculation of the exposure to risk of death. Finally, this study did not demonstrate a significant difference between mortality among general practitioners and specialists.

Un effet fondateur survient lorsqu’un petit nombre d’immigrants forment une nouvelle population et qu’ainsi les descendants ont une majorité de gènes provenant de ces quelques ancêtres. L’effet fondateur québécois, qui résulte de l’établissement de quelques milliers d’immigrants français aux XVIIe et XVIIIe siècles, est bien documenté. Mais des effets fondateurs régionaux ont aussi été identifiés. Ce mémoire de maîtrise vise à déterminer si un effet fondateur régional est à l’oeuvre dans la région de Lotbinière (Chaudière-Appalaches), dont le peuplement initial remonte à la fin du XVIIe siècle. Le fichier BALSAC et le Registre de la population du Québec ancien ont permis de constituer deux groupes de descendants, 715 individus mariés à la fin du XVIIIe siècle, et 60 autres mariés à la fin du XXe siècle. Par généalogies ascendantes et descendantes, les fondateurs immigrants et régionaux de la région ont par la suite été identifiés. Les résultats indiquent que l’effet fondateur régional avait encore une forte empreinte chez le groupe de descendants du XVIIIe siècle, mais que l’impact s’atténue en ce qui concerne les descendants contemporains. L’homogénéité démontrée par les coefficients d’apparentement et l’indice de contribution génétique uniforme, le petit nombre de fondateurs régionaux et le fait que 65 % des gènes contemporains étaient déjà introduits en 1800 sont des signes qui pointent vers un effet fondateur régional. Par contre, le nonisolement de la région, la proportion modérée de gènes contemporains introduits par les premiers fondateurs régionaux et les niveaux de consanguinité semblables aux autres régions du centre du Québec, incitent à nuancer cette conclusion. En fait, il y a possiblement deux Lotbinière : le Lotbinière ancien, sur la rive et le Lotbinière nouveau, dans les terres; chacun ayant son pool génique et son historique de peuplement propre. / A founder effect occurs when a small number of immigrants form a new population and thus the descendants carry a majority of genes from these few ancestors. Québec’s founder effect, which resulted from the settlement of a few thousand French immigrants during the 17th and 18th centuries, is well documented. But regional founder effects have also been identified. This master’s thesis aims to determine whether a regional founder effect is at work in the Lotbinière region (Chaudière-Appalaches), where the initial settlement goes back to the 17th century. With the BALSAC database and the Registre de la population du Québec ancien, two groups of descendants have been set up: 715 individuals married during the late eighteenth century, and 60 others married during the late twentieth century. By reconstituting ascending and descending genealogies, immigrant founders and regional founders of the area have been identified. The results indicate that the regional founder effect still had a strong footprint among the group of eighteenth century descendants, but that this impact diminishes for the contemporary descendants. The homogeneity demonstrated by kinship coefficients and the founder’s uniform number, the small number of regional founders and the fact that 65 % of contemporary genes were already introduced in 1800 are signs that point to a regional founder effect. However, the nonisolation of the region, the moderate proportion of contemporary genes introduced by the first regional founders and inbreeding levels which are similar to other regions of central Quebec, suggest a less straightforward conclusion. In fact, there are possibly two Lotbinière: the old Lotbinière, on the river bank, and the new Lotbinière, inland, each one having its own gene pool and settlement history.

Confronté à sa propre violence, voire aux forces de la nature, l’homme n’a cessé d’exprimer un besoin, celui d’être rassuré et protégé. Ainsi le droit à la sécurité est dès la création des sociétés organisées un principe primordial de leur existence. Depuis les attentats du 11 septembre 2001 la question de la sécurité préoccupe fortement l’actualité politico-médiatique. La mise en place de politiques de sécurité performantes est un objectif qui excite les foules, un facteur qui renforce l’exécutif. Cet objectif est caractérisé comme « besoin social impérieux ». Toutefois sur le plan purement textuel le droit à la sécurité n’apparaît pas d’une façon explicite comme norme constitutionnelle. La sécurité usant des techniques les plus avancées exige, sur le plan juridique, une adaptation du droit à l’ère numérique. Les systèmes de vidéosurveillance, les téléphones portables, la toile et les fichiers automatisés constituent les nouvelles armes de l’appareil policier. A ce titre le traitement des données représente le noyau dur des nouvelles orientations de sécurité. Toutefois l’utilisation des nouvelles technologies pour des raisons liées au maintien du bon ordre nécessite également un autre devoir: le respect des libertés fondamentales préoccupation manifeste du droit. Pour autant, la surestimation des politiques de sécurité et la prolifération des mesures sécuritaires sont susceptibles d’entraîner une certaine dégradation ou un affaiblissement du droit à la protection des données principe fondamental du droit de l’UE dès l’adoption du traité de Lisbonne. Face à ce défi, le droit cherche un juste équilibre entre vie privée et sécurité. Certes, l’équation est ancienne, mais ses modes de résolutions évoluent en raison des innovations technologiques, qui se rient des frontières et mettent à mal le principe de souveraineté territorial inhérent à l’Etat. Les droits nationaux, supportent également mal cette abolition des frontières. La comparaison, des ordres juridiques grecs et français, avec certes leurs différences, en sont de belles illustrations notamment dans le cadre de l’UE où la sécurité nationale en demeurant de la seule responsabilité des Etats membres crée des disparités entre les législations nationales. Dans cet environnement les AAI de protection des données des pays comparés se trouvent à la marge, captives dans des cadres juridiques précis. Seule le juge reste pour faire le contrepoids face aux abus des services policiers. Dans l’état actuel des traités constitutifs, la protection des données traitées à des fins policières par la juridiction luxembourgeoise est impossible. Ainsi la Cour EDH constitue la seule juridiction européenne dotée d’opérer une conciliation des deux exigences fondamentales: maintien de l’ordre public et protection des données. En effet, elle n’exerce qu’un contrôle de proportionnalité des mesures appliquées. Ainsi, l’établissement d’un juste équilibre au moins au sein de l’UE conduit in fine le droit à s’orienter vers la mise en œuvre d’une approche unique des politiques de sécurité à travers d’une éventuelle révision des traités. / Confronted by his own violence and the forces of nature, man has consistently expressed the need to be protected. Since the creation of organized societies, the right of security has been a fundamental principle of his existence. Since the attacks of September 11th, 2001, the question of security is being brought up constantly in the media. The implementation of effective security policies is an exciting objective, a factor that strengthens the executive power. This objective has been characterized as a "pressing social need". However, in the purely textual level, the right of security does not appear explicitly as a constitutional norm. Security using the most advanced techniques requires, legally, the adaptation of law to the digital era. CCTV systems, mobile phones, the word-wide-web and automatic archiving constitute the new weapons of the police apparatus. As such, data processing forms the core of the new security guidelines. Nevertheless, using new technologies for reasons related to the maintenance of public order also requires another duty: respect for fundamental freedoms, law's obvious concern. However, the overestimation of security policies and the proliferation of security measures may cause some degradation and loss of the right of data protection, a fundamental principle of EU law since the adoption of the Lisbon Treaty. Faced with this challenge, law seeks the right balance between privacy and security. Of course, the equation is old, but the ways to solve it evolve due to technological advances that laugh at borders and undermine the state's inherent principle of territorial sovereignty. National laws also handle poorly the abolition of frontiers. Comparison between Greek and French legal systems, albeit with their differences, is a beautiful illustration of this fact, notably within the EU where national security, remaining the sole responsibility of the member states, creates disparities between national laws. In this environment the Independent Administrative Authorities of data protection of the compared countries remain at the margin, trapped in specific legal frameworks. Only the judge remains to the counterweight police abuse. In the current state of the constitutive treaties, protection of processed data for police purposes by the Luxembourg court is impossible. And the ECHR is the only european court capable of providing a balance between the two basic requirements: maintenance of public order and data protection. Indeed, it only exercises a proportionality test of the applied measures. Thus, establishment of a balance at least within the EU ultimately leads law towards the implementation of a unique approach to security policies through a possible revision of the Treaties.

L’objectif de cette thèse est de proposer un Alphabet Structural (AS) permettant une caractérisation fine et précise des structures tridimensionnelles (3D) des protéines, à l’aide des chaînes de Markov cachées (HMM) qui permettent de prendre en compte la logique issue de l’enchaînement des fragments structuraux en intégrant l’augmentation des conformations 3D des structures protéiques désormais disponibles dans la banque de données de la Protein Data Bank (PDB). Nous proposons dans cette thèse un nouvel alphabet, améliorant l’alphabet structural HMM-SA27,appelé SAFlex (Structural Alphabet Flexibility), dans le but de prendre en compte l’incertitude des données (données manquantes dans les fichiers PDB) et la redondance des structures protéiques. Le nouvel alphabet structural SAFlex obtenu propose donc un nouveau modèle d’encodage rigoureux et robuste. Cet encodage permet de prendre en compte l’incertitude des données en proposant trois options d’encodages : le Maximum a posteriori (MAP), la distribution marginale a posteriori (POST)et le nombre effectif de lettres à chaque position donnée (NEFF). SAFlex fournit également un encodage consensus à partir de différentes réplications (chaînes multiples, monomères et homomères) d’une même protéine. Il permet ainsi la détection de la variabilité structurale entre celles-ci. Les avancées méthodologiques ainsi que l’obtention de l’alphabet SAFlex constituent les contributions principales de ce travail de thèse. Nous présentons aussi le nouveau parser de la PDB (SAFlex-PDB) et nous démontrons que notre parser a un intérêt aussi bien sur le plan qualitatif (détection de diverses erreurs)que quantitatif (rapidité et parallélisation) en le comparant avec deux autres parsers très connus dans le domaine (Biopython et BioJava). Nous proposons également à la communauté scientifique un site web mettant en ligne ce nouvel alphabet structural SAFlex. Ce site web représente la contribution concrète de cette thèse alors que le parser SAFlex-PDB représente une contribution importante pour le fonctionnement du site web proposé. Cette caractérisation précise des conformations 3D et la prise en compte de la redondance des informations 3D disponibles, fournies par SAFlex, a en effet un impact très important pour la modélisation de la conformation et de la variabilité des structures 3D, des boucles protéiques et des régions d’interface avec différents partenaires, impliqués dans la fonction des protéines / The purpose of this PhD is to provide a Structural Alphabet (SA) for more accurate characterization of protein three-dimensional (3D) structures as well as integrating the increasing protein 3D structure information currently available in the Protein Data Bank (PDB). The SA also takes into consideration the logic behind the structural fragments sequence by using the hidden Markov Model (HMM). In this PhD, we describe a new structural alphabet, improving the existing HMM-SA27 structural alphabet, called SAFlex (Structural Alphabet Flexibility), in order to take into account the uncertainty of data (missing data in PDB files) and the redundancy of protein structures. The new SAFlex structural alphabet obtained therefore offers a new, rigorous and robust encoding model. This encoding takes into account the encoding uncertainty by providing three encoding options: the maximum a posteriori (MAP), the marginal posterior distribution (POST), and the effective number of letters at each given position (NEFF). SAFlex also provides and builds a consensus encoding from different replicates (multiple chains, monomers and several homomers) of a single protein. It thus allows the detection of structural variability between different chains. The methodological advances and the achievement of the SAFlex alphabet are the main contributions of this PhD. We also present the new PDB parser(SAFlex-PDB) and we demonstrate that our parser is therefore interesting both qualitative (detection of various errors) and quantitative terms (program optimization and parallelization) by comparing it with two other parsers well-known in the area of Bioinformatics (Biopython and BioJava). The SAFlex structural alphabet is being made available to the scientific community by providing a website. The SAFlex web server represents the concrete contribution of this PhD while the SAFlex-PDB parser represents an important contribution to the proper function of the proposed website. Here, we describe the functions and the interfaces of the SAFlex web server. The SAFlex can be used in various fashions for a protein tertiary structure of a given PDB format file; it can be used for encoding the 3D structure, identifying and predicting missing data. Hence, it is the only alphabet able to encode and predict the missing data in a 3D protein structure to date. Finally, these improvements; are promising to explore increasing protein redundancy data and obtain useful quantification of their flexibility

Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux protocoles pair-à-pair (P2P), qui représentent une solution prometteuse pour la diffusion et le partage de données à faible coût sur Internet. Nous avons mené, dans un premier temps, une étude comportementale de différents protocoles P2P pour le partage de fichier (distribution de contenus sans contrainte de temps) puis le live. Dans la première étude centréesur le partage de fichier, nous avons montré l’impact d’Hadopi sur le comportement des utilisateurs et discuté l’efficacité des protocoles en fonction du contenu et l’efficacité protocolaire, en se basant sur les choix des utilisateurs. BitTorrent s’est nettement démarqué au cours de cette étude, notamment pour les grands contenus. En ce qui concerne le live, nous nous sommes intéressés à la qualité de servicedu réseau de distribution live Sopcast, car plus de 60% des événements live diffusés en P2P le sont sur ce réseau. Notre analyse approfondie de ces deux modes de distribution nous a fait nous recentrer sur BitTorrent, qui est à la base de tous les protocoles P2P Live, et est efficace en partage de fichier et complètement open source. Dans la seconde partie de la thèse, nous avons proposé et implémenté dansun environnement contrôlé un nouveau protocole sur la base de BitTorrent avec des mécanismes protocolaires impliquant tous les pairs dans la gestion du réseau. Ces nouveaux mécanismes permettent d’augmenter l’efficacité du protocole via une meilleure diffusion, tant pour le live que le partage de fichier, de métadonnées (la pièce la plus rare) et via une méthode dite de push, par laquelle un client va envoyer du contenu aux pairs les plus dans le besoin / In this study, we focused on peer-to-peer protocols (P2P), which represent a promising solution for data dissemination and content delivery at low-cost in the Internet. We performed, initially, a behavioral study of various P2P protocols for file sharing (content distribution without time constraint) and live streaming. Concerning file sharing, we have shown the impact of Hadopi on users’ behavior and discussed the effectiveness of protocols according to content type, based on users’ choice. BitTorrent appeared as the most efficient approach during our study, especially when it comes to large content. As for streaming, we studied the quality of service of Sopcast, a live distribution network that accounts for more than 60% of P2P broadcast live events. Our in-depth analysis of these two distributionmodes led us to focus on the BitTorrent protocol because of its proven efficiency in file sharing and the fact that it is open source. In the second part of the thesis, we proposed and implemented a new protocol based on BitTorrent, in a controlled environment. The modifications that we proposed allow to increase the efficiency of the protocol through improved dissemination of metadata (the rarest piece), both for live and file sharing. An enhanced version is introduced with a push method, where nodes that lag behind receive an extra service so as to improve the overall performance