La mise en évidence des mécanismes de sélection agissant sur les données génomiques structurées (ARN, Protéines, ADN...) nécessite l'élaboration de modèles de séquences. Une fois un tel modèle élaboré, il est possible, au prix d'une analyse mathématique parfois complexe ou par le biais de la<br />génération aléatoire, d'évaluer la significativité d'un phénomène observé. Tout d'abord, nous nous intéressons aux propriétés des grammaires pondérées, un formalisme particulièrement adapté à la modélisation de la structure des ARN, dérivant des algorithmes de génération aléatoire efficaces implémentés au sein du prototype GenRGenS. Nous abordons le calcul automatique des pondérations réalisant des valeurs observées pour les paramètres du modèle, ainsi qu'une implémentation basée sur une approche optimisation. Dans un second temps, nous abordons la modélisation de la structure secondaire d'ARN. Après quelques rappels de biologie moléculaire, nous proposons plusieurs modèles basés sur des grammaires pondérées permettant la génération de structures d'ARN réalistes. L'utilisation d'un algorithme d'optimisation permet le calculer des pondérations correspondant à certaines familles d'ARN. Nous proposons enfin un algorithme d'extraction de structure secondaire maximale dans une structure générale, qui permet de profiter des données récentes issues de la cristallographie. Le dernier chapitre de cette thèse s'intéresse à l'analyse d'un algorithme de recherche de similarité heuristique, dont la sensibilité s'avère étroitement liée à la probabilité de présence d'un motif au sein de marches aléatoires particulières, les chemins culminants. Ces marches restent positives, et atteignent une altitude maximale en leur dernier pas. Nous proposons un algorithme récursif de génération aléatoire pour ces chemins. En combinant des techniques issues de la combinatoire énumérative, l'analyse asymptotique et la théorie des langages, nous dérivons des algorithmes de génération aléatoire par rejet linéaires dans de nombreux cas.

Ce travail a pour objet la résolution d'un problème combinatoire posé dans le cadre de la régulation court terme (ou dynamique) du trafic aérien. On cherche à déterminer pour chaque vol régulable une trajectoire en 4 dimensions réalisable de manière à respecter les contraintes de capacité des secteurs tout en minimisant la somme des coûts des trajectoires choisies. Le problème est modélisé par un programme linéaire mixte. Une représentation ad hoc du système aérien sert de support à la modélisation fine des trajectoires. Un processus global de résolution basé sur la génération de colonnes couplée à la technique de branch-and-bound est détaillé. Les colonnes du problème représentant des trajectoires, la génération de colonnes par le sous problème de tarification se traduit par la recherche de chemins tridimensionnels sur un réseau continu et dynamique. Un algorithme spécifique basé sur les algorithmes de plus court chemin par marquage et sur la programmation dynamique est développé et testé. Toute la méthode est évaluée sur des instances réelles représentant l'espace aérien géré par la CFMU, l'organisme européen de gestion des flux de trafic aérien. Les résultats obtenus en un temps de calcul compatible avec le contexte opérationnel valident finalement la méthode

La complexité des systèmes sur puce s'accentue pour supporter les nouvelles applications dans le domaine des télécommunications et du multimédia. La tendance actuelle des nouvelles architectures matérielles converge vers des plateformes multi-cœurs à plusieurs unités de calcul (processeurs, DSP, IP) interconnectées par un réseau sur puce qui peut être configurable au niveau de ses interfaces réseau. Pour ce genre d'architectures, les environnements de génération de code classiques ne sont plus adaptés. Cette thèse propose un flot de génération de code de configuration pour le déploiement des applications de type flots de données sur les architectures à base d'IPs interconnectés à travers un réseau sur puce configurable. Le flot commence par un modèle de haut niveau de l'application et de l'architecture et propose une méthodologie de partitionnement des ressources. Le processus de génération de code passe par plusieurs étapes modélisées par diverses représentations intermédiaires du système. Le flot a été développé par la suite dans un environnement basé sur le standard IEEE 1685 (IP-XACT). Le flot proposé a été appliqué pour la génération et la validation du code de configuration en vue de déployer une application 3GPP-LTE de télécommunication sur la plateforme Magali. Le flot a ensuite été généralisé pour supporter, en plus de la génération du code de configuration, la génération du code logiciel exécutable par les processeurs.

Le développement des technologies optiques dans le domaine de la communication engendre un intérêt pour les matériaux présentant des propriétés non linéaires. Le matériau idéal doit combiner un coefficient non linéaire élevé, de bonnes propriétés optiques et un faible coût de fabrication. Les matériaux vitreux restent de bons candidats pour ce type d'application. La polarisation thermique permet de générer ce genre de propriétés dans les verres. En effet, à des températures de l'ordre de 300°C, l'application d'un champ électrique provoque la migration d'ions mobiles dans le matériau depuis l'anode vers la cathode. Une zone de déplétion en surface est ainsi créée donnant naissance à un champ électrique enterré. En combinant une technique de dépôt métallique, une irradiation laser et l'application d'un champ électrique (poling), il devient possible de réaliser des architectures complexes de migration et d'obtenir ainsi des propriétés optiques non linéaires structurées.

La génération d'harmoniques d'ordre élevé en milieu gazeux est un phénomène décrit par un modèle à trois étapes: sous l'effet d'un champ laser intense, un atome (ou une molécule) est ionisé par effet tunnel. L'électron éjecté est par la suite accéléré dans le champ laser, avant de se recombiner sur son ion parent en émettant un photon XUV. D'abord utilisée dans le but de développer des sources de rayonnement secondaire dans le domaine XUV, la génération d'harmoniques d'ordre élevé est également un bon candidat pour sonder la structure électronique des atomes ou des molécules, avec une résolution potentielle de l'ordre de l'attoseconde dans le domaine temporel (1 as=10-18 s) et sub-nanométrique dans le domaine spatial. Au cours des travaux réalisés pendant cette thèse, nous avons étudié la sensibilité des caractéristiques du rayonnement harmonique (amplitude, état de polarisation, phase) à la structure électronique du milieu de génération. Ces études ont été menées tout d'abord dans un milieu atomique couramment utilisé en génération d'harmonique, l'argon, puis dans des milieux moléculaires (N2, CO2, O2). La confrontation de ces mesures avec différentes simulations numériques montre la nécessité de modéliser de façon détaillée le processus de génération, dépassant certaines hypothèses généralement admises. Nous avons également montré la possibilité d'utiliser la spectroscopie d'harmoniques d'ordre élevé afin de mesurer des dynamiques moléculaires de systèmes complexes (notamment le dioxyde d'azote NO2), pour lesquelles les mesures harmoniques peuvent obtenir des résultats complémentaires aux autres techniques couramment utilisées. Dans le cas d'excitations moléculaires peu efficaces, nous avons pu adapter des techniques de spectroscopie optique conventionnelle au domaine spectral des harmoniques d'ordre élevé, améliorant de manière significative le rapport signal/bruit.

Cette thèse s'inscrit dans la problématique de la comparaison de graphes. Nous proposons dans la première partie de ce manuscrit plusieurs algorithmes de recherche de motifs similaires dans de grands graphes. La seconde partie de cette thèse traite de l'étude des arborescences de fichiers, structure de données pour laquelle la méthode initiale de reconnaissance de motifs a été développée. Nous présentons un modèle stochastique pour la génération aléatoire de structure arborescentes, basé sur les observations de l'étude statistique des données réelles. Enfin, nous détaillons deux adaptations de l'algorithme de reconnaissance de motifs similaires à des applications particulières. La première concerne la reconnaissance d'objets extraits de la video basse résolution pour l'indexation grossière. La deuxième application a été développée pour la visualisation de l'évolution de projets logiciels.

Depuis une vingtaine d'années, la physique et les applications des transitions intersousbandes ont connu un essor remarquable. Il reste aujourd'hui deux frontières à explorer : l'extension vers le THz et celle vers le proche infrarouge. Pour atteindre le domaine spectral des télécommunications par fibre optique, les puits et boîtes quantiques GaN/AlN étudiés dans cette thèse sont les candidats les plus sérieux car ils présentent une discontinuité de potentiel suffisamment élevée en bande de conduction (1,75 eV).<br />Je présente en premier lieu mes expériences à température ambiante portant sur les puits quantiques GaN/AlN épitaxiés par jets moléculaires sur substrat saphir (0001). Je montre l'amplification résonante de la génération de second harmonique à λ~1 µm mais aussi la première observation de la luminescence intersousbande à λ~2,1 µm sous pompage optique. <br />J'étudie ensuite le confinement quantique dans des structures à puits quantiques couplés GaN/AlN. Ces structures ont permis de mettre en évidence le transfert tunnel des électrons entre puits quantiques sous application d'une tension et de fabriquer un modulateur électro-optique rapide (3 GHz).<br />Finalement, j'étudie le confinement quantique dans les boîtes quantiques GaN/AlN. Dans ces nano-objets, je mets en évidence à température ambiante l'émission intrabande pz-s à λ~1,48 µm. Je déduis de ces mesures la largeur de raie intrabande d'une boîte unique. Je montre en outre que la durée de vie des électrons excités est ~160 fs via des expériences de pompe-sonde. A partir des mesures de saturation d'absorption et d'émission, j'estime le temps de cohérence des électrons entre les sous niveaux à T2~320 fs.

Un intranet permet de déployer les applications client-serveur sur l'ensemble des postes de l'entreprise. Il concerne cependant des centaines de personnes, peu familières des technologies et de l'approche hypertexte. Les problèmes de cohérence et de persistance des liens, des modèles de documents, des feuilles de style, d'administration et d'exploitation de l'ensemble, s'avèrent alors d'une acuité inconnue sur l'Internet. RICERCAR est un système réflexif qui modélise, grâce à des outils " standards ", les objets de l'utilisateur mais aussi les siens propres dans une fédération de bases de données réparties et synchronisées. Les identifiants de ces objets sont alors utilisés pour implémenter des URL stables qui assurent la cohérence globale de l'intranet. L'architecture modulaire du système offre une interface applicative permettant de l'étendre rapidement en y intégrant des données d'entreprise lesquelles, s'appuyant sur le noyau commun, bénéficient alors de la cohérence d'ensemble ainsi que des différents outils d'administration et de métrologie.

Les travaux de recherche présentés dans ce manuscrit décrivent plusieurs apports au thème de l'évaluation de la qualité d'images de documents numérisés. Pour cela nous proposons de nouveaux descripteurs permettant de quantifier les dégradations les plus couramment rencontrées sur les images de documents numérisés. Nous proposons également une méthodologie s'appuyant sur le calcul de ces descripteurs et permettant de prédire les performances d'algorithmes de traitement et d'analyse d'images de documents. Les descripteurs sont définis en analysant l'influence des dégradations sur les performances de différents algorithmes, puis utilisés pour créer des modèles de prédiction à l'aide de régresseurs statistiques. La pertinence, des descripteurs proposés et de la méthodologie de prédiction, est validée de plusieurs façons. Premièrement, par la prédiction des performances de onze algorithmes de binarisation. Deuxièmement par la création d'un processus automatique de sélection de l'algorithme de binarisation le plus performant pour chaque image. Puis pour finir, par la prédiction des performances de deux OCRs en fonction de l'importance du défaut de transparence (diffusion de l'encre du recto sur le verso d'un document). Ce travail sur la prédiction des performances d'algorithmes est aussi l'occasion d'aborder les problèmes scientifiques liés à la création de vérités-terrains et d'évaluation de performances.

Cette étude avait comme objectif d’évaluer la coagulation par l’utilisation de la thrombélastographie (TEG®) et de la génération de thrombine (GT) chez des beagles en santé recevant de la prednisone ainsi que chez des chiens atteints d’hyperadrénocorticisme (HAC). Dans un premier temps, six beagles adultes en santé ont été évalués dans une étude prospective longitudinale au courant de laquelle chaque individu recevait 1 mg/kg/jour de prednisone par la voie orale pendant 2 semaines. Après un arrêt de traitement d’une durée de 6 semaines, ils ont finalement reçu 4 mg/kg/jour de prednisone pour encore 2 semaines. Les tracés TEG® et les mesures de la GT ont été obtenus au temps 0, à la fin des 6 semaines d’interruption de traitement, ainsi qu’à la suite des 2 dosages de prednisone. Suite aux 2 traitements avec la prednisone, des résultats significatifs,lorsque comparés aux valeurs de base, ont été obtenus pour la cinétique du caillot (« clot kinetics » ou K), l’angle alpha (α) et l’amplitude maximale (« maximal amplitude » ou MA). La GT avait augmenté de manière significative mais seulement après la dose de 1 mg/kg/jour de prednisone. Dans un deuxième temps, 16 chiens atteints d’HAC ont été évalués avant l’initiation d’un traitement pour leur condition. Quinze chiens ont été évalués par TEG® et 15 par GT. Les données obtenues ont ensuite été comparées aux valeurs normales. L’analyse par TEG® a démontré que 12/15 chiens avaient au moins un paramètre suggérant un état d’hypercoagulabilité. L’analyse par GT a démontré que 4/15 chiens avaient des changements compatibles avec un état d’hypercoagulabilité. Un test t-pairé pour des valeurs de variance inégales a démontré que le groupe de chiens atteints d’HAC avait des tracés hypercoagulables et un potentiel endogène de thrombine (« endogenous thrombin potential » ou ETP) plus élevé, lorsque comparé à la population de référence. / The purpose of this study was to use thrombelastography (TEG®) and thrombin generation (TG) to evaluate coagulation in healthy beagles receiving oral prednisone as well as client-owned dogs diagnosed with hyperadrenocorticism (HAC).Six healthy adult beagles were used in a prospective ongitudinal study whereby all dogs received 1 mg/kg of prednisone orally once daily for two weeks, followed by a 6-week washout period and then 4 mg/kg of prednisone orally once daily for two weeks. TEG® tracings and TG measurements were obtained at baseline, at the end of the washout period and at the end of both corticosteroid trials. Significant results as compared to baseline were obtained for clot kinetics (K), alpha angle (α)and maximum amplitude (MA), with tracings compatible with a hypercoagulable profile following both corticosteroid trials. Thrombin generation resulted in a significant increase in endogenous thrombin potential (ETP) after the 1 mg/kg/day trial only. Secondly, sixteen dogs affected by HAC were evaluated. Fifteen dogs were evaluated by TEG® and 15 dogs were evaluated by TG before treatment and compared to the normal reference values. For the TEG® analysis, 12/15 dogs had at least one parameter that suggested hypercoagulability. A paired t test for values with unequal variance was used to compare the HAC dogs to the healthy dogs and found that HAC dogs have hypercoagulable TEG® tracings. The same results were found when TG was used with the ETP elevated in the HAC dogs. However, when dogs were evaluated individually, only 4/15 had hypercoagulable TG results.