O milho é um planta anual cultivada em quase todo o mundo, consumida como ração para animais e na alimentação humana através de produtos industrializados e in natura. Existem diversos programas de melhoramento de milho no Brasil, mas no Sul são poucos os grupos que trabalham com este cereal. O desenvolvimento de populações tem sido efetuado por instituições de pesquisas, enquanto híbridos têm sido feito por companhias privadas. A variabilidade genética num programa de melhoramento assume uma grande importância, já que é o ponto de partida para o progresso genético. Em Algumas espécies, a variabilidade genética torna-se estreita a cada ciclo de seleção, diminuindo futuros progressos genéticos. Uma alternativa de ampliar a variabilidade é através de cruzamentos amplos com espécies silvestres. Estudos indicam que as espécies de teosinto são uma potencial fonte de variabilidade para importantes características agronômicas. Porém, o desenvolvimento de variedades de milho bem adaptadas, com boas características agronômicas e de rendimento, oriundas de cruzamentos com espécies silvestres necessita de um amplo estudo genético, molecular e citogenético. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética em genótipos de milho e teosinto através de marcadores moleculares e analisar a nível citogenético as populações de milho, teosinto e seus híbridos. Foi detectada variabilidade genética nas populações de milho e teosinto, sendo a população de teosinto a que apresentou maior variabilidade. Os genótipos de milho e teosinto apresentaram uma alta estabilidade meiótica, enquanto os híbridos entre milho e teosinto tiveram associações de univalentes, aderência de cromossomos, pontes e menor freqüência de quiasmas. Os resultados foram suficientes para indicar que é possível utilizar o teosinto como fonte genética em programas de melhoramento de milho.

A doença de Machado-Joseph (DMJ/SCA3) é uma doença neurodegenerativa causada pela expansão de poliglutaminas na proteína ataxina-3. O número de repetições CAG presentes no gene ATXN3 é inversamente correlacionado com a idade de início da doença, mas é responsável por somente 45-60% desta variação. O objetivo deste trabalho foi testar o efeito da metilação no promotor do gene ATXN3, de polimorfismos em genes candidatos e do alelo normal ATXN3 como modificadores do fenótipo da doença. A análise do padrão de metilação em seis sítios CpG através de um ensaio de amplificação multiplex dependente de sondas – específico para metilação foi realizada em amostras de 123 pacientes de 62 famílias. Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes BAX, CRYAB, GRIK2, IL1B, ITPR1, NEDD8, NEDD9 e CHIP foram analisados em 273 pacientes de 119 famílias. Os volumes cerebrais foram medidos através de ressonância magnética em 30 pacientes não relacionados. A gravidade foi medida pela Escala de Exame Neurológico para Ataxia Espinocerebelar (NESSCA) dividida pelo tempo de duração da doença. Uma correlação inversa significativa foi encontrada entre a idade de início e tamanho da repetição (r=-0,76, r2=0,58, p<0,001). Houve uma tendência de correlação direta entre o grau de metilação e a idade de início para um sítio CpG (p=0,055). Uma correlação significativa foi encontrada entre a gravidade e o tamanho da repetição CAG (r=0,48, r2=0,23, p=0,001). O SNP no gene IL1B (rs16944) apresentou um efeito significativo na idade de início de pacientes com SCA3 (p=0,042). Associação significativa foi observada entre o SNP no gene NEDD9 (rs760678) e a gravidade (p=0,003). SNPs nos genes GRIK2 (rs2227281) e NEDD8 (rs2144487) se relacionaram à medida do volume do cerebelo (p=0,006) e à medida do volume da ponte (p=0,023), respectivamente. Estes resultados sugerem que o controle epigenético no sítio CpG no promotor ATXN3 e que os SNPs nos genes GRIK2, IL1B, NEDD8 e NEDD9 podem contribuir para a variação fenotípica na SCA3. Ademais, os genótipos protetores dos genes GRIK2, IL1B e NEDD8 mostraram ter um efeito aditivo no adiamento do início da doença. O mecanismo exato pelo qual a mutação no gene ATXN3 causa a SCA3 ainda não foi determinado. A expansão da repetição CAG pode conferir uma função tóxica para a proteína, como acontece em outras doenças neurodegenerativas causadas por expansões de poliglutaminas. Considerando esta hipótese, uma maior metilação do promotor do gene ATXN3 pode se relacionar a sua menor expressão e a um menor acúmulo de poliglutaminas no neurônio. Ainda considerando esta hipótese, GRIK2, IL1B, NEDD8 e NEDD9 podem desempenhar um papel protetor, possivelmente por promover a sobrevivência de células neuronais em pacientes com SCA3. SNPs nestes genes poderiam modificar a expressão das proteínas, afetando a agregação de poliglutaminas no cérebro de tal forma que os indivíduos portadores de um genótipo de risco teriam significativamente maior perda gradual de neurônios e um início mais precoce dos sintomas. / Machado-Joseph disease (MJD/SCA3) is a neurodegenerative disease caused by expansion of a polyglutamine tract in ataxin-3. The CAG repeat number of ATXN3 gene is inversely correlated with disease age at onset (AO) but is responsible for only 45-60% of this variation in SCA3. In this study, we investigate if DNA methylation status of the ATXN3 promoter, if polymorphisms in candidate genes, and if normal ATXN3 allele are related to disease phenotype. We designed a methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) assay for quantitative analysis of methylation status at 6 CpG sites, located within the promoter region of the ATXN3 gene. We have applied this MSMLPA to 123 SCA3 Brazilian patients from 62 families. We investigated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes BAX, CRYAB, GRIK2, IL1B, ITPR1, NEDD8, NEDD9, and CHIP in 273 Brazilian SCA3 patients from 119 families. The brain volumetries were obtained from magnetic resonance imaging’s from 30 unrelated patients. The SCA3 severity degree was measured by Neurological Examination Score for Spinocerebellar Ataxia (NESSCA) divided by duration of disease. A significant inverse correlation was found between AO and repeat length (r=-0.76, r2=0.58, p<0.001). There was a trend toward direct correlation between methylation degree and AO for one CpG site in the SCA3 sample (p=0.055). A significant correlation was found between severity and CAG repeat length (r=0.483, r2=0.233, p=0.001). We have found significant associations between a GRIK2 SNP (rs2227281) and cerebellum volume (p=0.006), an IL1B SNP (rs16944) and AO (p=0.042), a NEDD8 SNP (rs2144487) and pons volume (p=0.023), and a NEDD9 SNP (rs760678) and disease severity (p=0.003). These results suggest that epigenetic control at ATXN3 CpG-site and that the SNPs in GRIK2, IL1B, NEDD8, and NEDD9 genes may contribute to the phenotypic expression of SCA3. Moreover, protective genotypes of GRIK2, IL1B, and NEDD8 genes shown to have an additive effect in delaying the onset of disease.The exact mechanism by which the mutation in the ATXN3 gene causes SCA3 has not been determined. The CAG repeat expansion may confer a novel toxic function onto the protein, as it does in other polyglutamine neurodegenerative disorders. Considering this hypothesis, increased methylation of ATXN3 gene promoter can relate to its lower expression and a smaller accumulation of polyglutamine in the neuron. Still considering this hypothesis, GRIK2, IL1B, NEDD8, and NEDD9 might play a protective role, possibly a survival promoting effect, for neuronal cells in SCA3 patients. These four SNPs could affect the protein expression and polyglutamine aggregation in the brain such that risk genotype carriers have a significantly higher gradual loss of neurons and an earlier onset of symptoms.

Nos parasitos do gênero Echinococcus observam-se grandes diferenças genéticas entre as espécies. Mais ainda, a espécie E. granulosus apresenta uma grande variação intraespecífica. Diversas variantes com características biológicas e epidemiológicas particulares, e adaptadas a hospedeiros intermediários diferentes, foram classificadas como linhagens. De fato, estas linhagens são muitas vezes tão divergentes geneticamente quanto as demais espécies do gênero. Isto tem gerado diversas discussões quanto seu status taxonômico. Os genes do antígeno B (AgB) de Echinococcus compõem uma família multigênica. A proteína secretada, um oligômero formado a partir de subunidades de 8 kDa, tem um papel importante no estabelecimento da infecção, modulando a resposta imune do hospedeiro. Estudos demonstraram que alguns genes desta família devem estar sob seleção positiva ou diversificadora. Inclusive, a quantidade de variantes encontradas é alta em um único parasito. Este trabalho analisa amostras de E. granulosus coletadas no Rio Grande do Sul e as compara a amostras de outra populações geográficas (Argentina, Argélia e Romênia) usando um marcador mitocondrial (cox1-391 pb) e duas seqüências nucleares. Uma delas corresponde a um fragmento que inclui majoritariamente o segundo íntron do gene de cópia única codificador da malato desidrogenase citosólica (mdh - 214 pb) e a outra trata-se da seqüência parcial do gene que codifica a subunidade 4 do AgB (AgB4 - 329-355 pb), incluindo aproximadamente 80 pb da região promotora do gene até em torno de 60 pb à montante do códon de parada da tradução. A análise do fragmento de mdh utilizou a técnica de PCR-SSCP, seguida de seqüenciamento, para discriminar os alelos das amostras de cada população, totalizando 259 indivíduos (isolados). Os achados confirmam a homogeneidade das populações geográficas de E. granulosus e a divergência dos parasitos das linhagens ovina e bovina (freqüentemente denominada E. ortleppi). Apesar da divergência entre as linhagens, são encontrados em baixa freqüência alelos característicos da linhagem bovina (haplótipo G5) em parasitos com haplótipo mitocondrial ovino (G1) e vice-versa. Tal situação poderia ser conseqüência do cruzamento entre parasitos destas linhagens quando em simpatria. A abordagem adotada na análise do gene AgB4 foi a amplificação por PCR seguida do seqüenciamento direto de 151 isolados. Os dados indicam a presença de mais de duas cópias do AgB4 no genoma, e que, dada a conservação na região codificante, seria provável que estes genes estejam evoluindo em concerto. Também encontramos alta divergência entre as seqüências dos isolados com haplótipos mitocondriais G1 (AgB4 tipo 1) e G5 (AgB4 tipo 2). A divergência é tão grande que acreditamos que na linhagem bovina o gene AgB4 tenha recombinado com AgB2. Uma seqüência idêntica a nossa depositada no GeneBank foi previamente sugerida como sendo uma variante não-funcional do AgB2. Assim como no caso do mdh alguns parasitos com haplótipos mitocondriais G5 (linhagem bovina) apresentaram em baixa freqüência seqüências de AgB4 do tipo 1 características da linhagem ovina. Este achado reforça a hipótese de fluxo gênico entre as linhagens de E. granulosus. / In the parasites belonging to the genus Echinococcus large differences between species are observed. Furthermore, the E. granulosus species shows a high intraspecific variability. Different variants with particular biologic and epidemiologic features, adapted to distinct intermediate hosts, were classified as strains. Indeed, the strains are frequently as genetically divergent as the other species within the genus. This has generated several discussions about their taxonomic status. The Echinococcus antigen B (AgB) genes belong to a multigene family. The secreted protein, an oligomer built by subunits of 8kDa, has an important role in the infection establishment, modulating the host immune response. Studies have demonstrated that some genes in this family might be under positive or diversifying selection. Moreover, the quantity of variants found is high, even in a single parasite. This study analyzes samples of E. granulosus collected in Rio Grande do Sul, and compares them to samples from other geographic regions (Argentina, Algeria and Romania) using a mitochondrial marker (cox1 – 391bp) and two nuclear sequences. One corresponds to a fragment including mostly the second intron of the cytosolic malate dehydrogenase single copy gene (mdh – 214bp) and the other is a partial gene sequence encoding the fourth subunit of AgB (AgB4 – 329-355bp), which includes approximately 80bp of the promoter region until around 60bp upstream to the stop codon. The analysis of the mdh fragment was based on the PCR-SSCP technique, followed by sequencing, to discriminate among alleles within samples of each population, totalizing 259 individuals (isolates). Our findings confirm the homogeneity within E. granulosus geographic populations and a high divergence between parasites from the ovine and bovine (frequently named E. ortleppi) strains. Despite the divergence between strains, bovine strain (haplotype G5) characteristic alleles are found in low frequency in parasites with the ovine mitochondrial haplotype (G1) and vice-versa. This situation could be a consequence of interbreeding between parasites from the different strains, when in simpatry. The approach used for the AgB4 gene analysis was the PCR amplification followed by direct sequencing of 151 isolates. The data indicate the presence of more than two AgB4 gene copies inside the genome; and that, considering the conservation of the coding region, it would be probable that these genes are evolving in concert. We also found a high divergence in AgB4 sequences between isolates with haplotypes G1 (AgB4 type 1) and G5 (AgB4 type 2). The divergence is so large, that we believe that in the bovine strain the AgB4 gene might have recombined with AgB2. As well as for the mdh gene, some parasites with the G5 mitochondrial haplotype (bovine strain) showed in low frequencies AgB4 type 1 sequences, characteristic of the ovine strain. This finding reinforces the hypothesis of gene flow between strains of E. granulosus.

O sucesso de um programa de melhoramento depende da qualidade do germoplasma utilizado para obter combinações de genes importantes. As combinações podem ser oriundas de hibridizações amplas, até mesmo entre espécies ancestrais. Entretanto, para a elevação constante do ganho genético em novas variedades, é fundamental que o trabalho produza continuamente populações com alta freqüência de genes de interesse agronômico. O Departamento de Plantas de Lavoura da Faculdade de Agronomia da Universidade Federal do Rio Grande de Sul iniciou um programa de melhoramento genético de milho comum em 1998 e, posteriormente de milho doce, os quais possuem resultados significativos em diversas áreas do conhecimento científico. Em função das mutações ocorridas, existem diferenças nas propriedades texturais, forma e quantidade de endosperma dos milhos atuais, classificando-os como milho comum, milho pipoca e milho doce. O teosinto por ser uma espécie botânica relacionada ao milho pode ser utilizado como fonte de importantes caracteres agronômicos em programas de melhoramento desse cereal, com possibilidades de hibridização e introgressão de genes. Os objetivos principais desse trabalho foram analisar citogeneticamente os genótipos de milho comum, milho doce, de teosinto e de híbridos oriundos de cruzamentos artificiais entre as populações originais, bem como, avaliar a variabilidade genética existente nessas populações e o relacionamento entre elas através da utilização de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR). De maneira geral, os dados apresentados nesse trabalho indicam que as populações apresentam comportamento meiótico regular. Os híbridos apresentam algumas anormalidades, como por exemplo, presença de univalentes, pontes e fragmentos cromossômicos sem, entretanto, prejudicar a viabilidade dos grãos de pólen. É possível afirmar que a variabilidade genética existente no teosinto é superior a apresentada pelos genótipos de milho, provavelmente, devido a sua origem silvestre. Esses resultados confirmam a semelhança entre as duas espécies e sugerem que é possível utilizar o teosinto como fonte genética de um programa de melhoramento de milho. / The success of a breeding program relies on the quality of the germplams used as a source for combination of important genes. Such combinations can derive from broad hybridization, even from ancient ancestors. However, for a constant increase in genetic gain in new varieties it is necessary to constantly generate populations with high frequency of agronomic trait genes. The Department of Crop Science of the College of Agronomy at the UFRGS (Universidade Federal do Rio Grande de Sul) started an ordinary maize-breeding program in 1998 and, latter on, a sweet maize program, which generated significant results at different scientific fields. Due to mutations, there have been found endosperm differences concerning textural properties, shape and amount in the current maize, so that they can be classified as ordinary, popcorn and sweet maize. As teosinte is a species related to maize, it can be used as source for important agronomical traits in this grainbreeding program, allowing hybridization and gene introgression. The objectives of this work were to cytogenetically analyze the genotypes of ordinary maize, popcorn, sweet maize, teosinte and hybrids derived from artificial crossings among original populations, as well as analyze genetic variability among these populations and the relationship within them by the use of microsatellite molecular markers (SSR). Generally, the data presented in this work indicate that the populations show a regular meiotic behavior. The hybrids present some anomalies, for example, presence of univalent, bridge and chromosomal fragments however, with no harm to grain pollen viability. It is possible to assure that the existing genetic variability in teosinte is superior to that found among the maize genotype, probable due to teosinte’s wild origin. These results confirm the close relation between the two species and suggest the possibility of using teosinte as source of genetic variability in a maize-breeding program.

O câncer de mama (CM) é o segundo tipo de câncer mais freqüente no mundo e o mais comum entre as mulheres. É uma doença multifatorial causada pela combinação de fatores de risco genéticos e não genéticos (ambientais). Polimorfismos genéticos de baixa penetrância têm sido associados ao CM em diversas populações. No presente estudo, determinamos a freqüência alélica e genotípica dos polimorfismos nulos de GSTM1, GSTT1 e do polimorfismo Ile105Val em GSTP1, e correlacionamos estas freqüências com fatores de risco para CM. A amostra estudada foi constituída de 750 mulheres (40-69 anos) sem câncer de mama recrutadas na Coorte Núcleo Mama Porto Alegre (NMPOA). As freqüências genotípicas e alélicas encontradas não diferem de outros estudos nacionais, mas diferem significativamente de algumas descritas em outras populações, reforçando a necessidade de estudos de populações específicas. A amostra como um todo não apresentou fatores de risco reprodutivos significativos para CM. O risco vital médio de desenvolver CM de acordo com o modelo de Gail na amostra foi de 7.8% e a grande maioria das pacientes (n= 731, 97.5%), como esperado para uma amostra de mulheres submetida a rastreamento mamográfico, apresentou achados mamográficos benignos (BIRADS 1 ou 2). A distribuição das mulheres de acordo com a densidade mamográfica demonstrou que apesar de 56% já estarem na pósmenopausa, a maioria (n= 682, 91.0%) ainda apresentava mamas moderadamente densas. Observou-se que 77.6% das mulheres incluídas no estudo tinham um IMC correspondente a sobrepeso ou obesidade. A análise da relação entre os polimorfismos GSTM1, GSTT1 e GSTP1 A/G e fatores de risco previamente estabelecidos para CM, demonstrou, em mulheres pré-menopáusicas, uma associação entre os genótipos GSTM1 e GSTT1 nulos e imagens mamográficas com classificação BIRADS 3 e 4 e, em mulheres pós-menopáusicas, uma associação com mamas moderadamente densas e densas. Isoladamente, o genótipo GSTT1 nulo também se mostrou associado a maior densidade mamográfica em mulheres pós-menopáusicas. Não houve associação entre os alelos e genótipos de GSTP1 e fatores de risco estabelecidos. Nossos dados sugerem que os genótipo nulos de GSTM1 e especialmente de GSTT1 podem estar fortemente associados a densidade mamográfica em mulheres pós-menopáusicas. A inclusão de análises genotípicas e fatores de risco especialmente prevalentes em uma determinada população poderia ser considerada para aprimorar a estimativa de risco de câncer de mama em populações específicas. No entanto, estudos adicionais do tipo caso-controle devem ser realizados para melhor determinar a relação de risco entre polimorfismos em genes de baixa penetrância, fatores de risco para câncer de mama e ocorrência de CM em si. / Breast cancer (BC) is the second most frequent malignant tumor in the world and the most frequent in women. It is a multifactorial disease caused by a combination of genetic and non-genetic risk factors. Polymorphisms in low penetrance genes have been associated to breast cancer risk in several populations. In the present study, we determine the allelic and genotypic frequencies of the GSTM1 and GSTT1 null polymorphisms and the GSTP1 Ile105Val polymorphism, and correlate these frequencies to breast cancer risk factors. The sample studied included 750 women (40-69 years) without cancer who participed in the mammographic screening program from the Núcleo Mama Porto Alegre Cohort (NMPOA). The allelic and genotypic frequencies observed did not differ from those reported in other studies with Brazilian samples, but differed significantly from those described in other countries, reinforcing the need for population-specific investigations of polymorphisms in low penetrance genes and their associations with cancer risk. Overall, the women included did not have significant reproductive risk factors for BC. The average lifetime risk of BC estimated according to the Gail model was 7.8% and most patients (n= 731, 97.5%), as expected for women submitted to routine mammographic screening, had benign mammographic findings (BIRADS 1 ou 2). Regarding breast density, although 56% of the women studied were postmenopausal, most (n= 682, 91.0%) still presented moderately dense breasts. We observed that 77.6% of the women included in the study had a body mass index (BMI) corresponding to overweight or obesity. Furthermore, an association between the combined GSTM1 and GSTT1 null genotypes and mammographic images classified as BIRADS 3 e 4 was observed in pre-menopausal women and an association between these genotypes and moderately dense or dense breasts was observed in post- menopausal women. When each genotype was analysed individually, GSTT1 null was also associated to increased mammographic density in post-menopausal women. There was no association between the alleles and/or genotypes GSTP1 and BC risk factors in this study. Our data suggest that the GSTM1 and especially GSTT1 null genotypes may be strongly related to mammographic density in post-menopausal women. The inclusion of genotypic analyses and frequent breast cancer risk factors for specific populations in risk models could be considered to improve breast cancer risk estimates in such populations. However, aditional case-control studies should be performed to better establish the relationship of the polymorphisms studied here with breast cancer risk factors and breast cancer itself.

OLIVEIRA, Vinícius José Barros de. Construção de molécula de RNA de interferência para silenciar genes que promovem a formação de biofilmes por bactérias do gênero Staphylococcus. 2017. 44 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia de Recursos Naturais)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Coordenação PPGBiotec (ppgbiotec@ufc.br) on 2017-10-18T12:56:38Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_vjboliveira.pdf: 1327735 bytes, checksum: 434b7c815c2f1a0ff4e63397e396cc07 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva Pereira (anderson.pereiraaa@gmail.com) on 2017-11-16T16:50:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_vjboliveira.pdf: 1327735 bytes, checksum: 434b7c815c2f1a0ff4e63397e396cc07 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-16T16:50:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_vjboliveira.pdf: 1327735 bytes, checksum: 434b7c815c2f1a0ff4e63397e396cc07 (MD5) Previous issue date: 2017 / Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis are causative agents of common infections in humans and are important pathogens responsible for nosocomial infections associated with the use of implantable devices. One of its main factors of virulence and biofilm. Biofilm formation is regulated by a complex genetic machine, with sarA, operon ica and agr genes being the most studied. The indiscriminate use of antibiotics over time has generated an explosion of "superbugs", especially bacteria of the genus Staphylococcus, multiresistant to various antibiotics. Currently, many studies have documented the strategy to combat mechanisms of resistance in microorganisms. Interference RNA is a biological process that causes silencing of specific mRNA molecules and has been used as a tool for both the study of gene functions and gene silencing. Despite the many barriers that prevent the application of the technique to clinical use, researchers have overcome some problems from the use of hybrid RNADNA molecules, called siHybrids. This work aimed to construct hybrid RNA-DNA molecules (siHybrids) to silence an action of the icaA gene and the agr gene, thus preventing a biofilm formation. The results showed that biofilm production systems as the new therapeutic strategy for the inhibition of biofilm formation. This study is a program of efficacy of RNA: DNA hybrids against Staphylococcus spp. / Staphylococcus aureus e Staphylococcus epidermidis são agentes causadores de infecções comuns em seres humanos e são importantes patógenos responsáveis por infecções nosocomiais associadas ao uso de dispositivos implantáveis. Um dos seus principais fatores de virulência é o biofilme. A formação do biofilme é regulada por uma maquinaria genética complexa, sendo os gene sarA, operon ica e agr, os mais estudados. O uso indiscriminado de antibióticos ao longo dos tempos tem gerado uma explosão de “superbactérias”, especialmente bactérias do gênero Staphylococcus, multirresistentes a diversos antibióticos. Atualmente, muitos estudos vêm documentando estratégias de combate aos mecanismos de resistência em microorganismos. RNA de interferência é um processo biológico que causa silenciamento de moléculas de mRNA específicas e tem sido utilizado como uma ferramenta tanto para o estudo das funções dos genes como para o silenciamento de genes. Apesar das várias barreiras que impedem a aplicação dessa técnica ao uso clínico, pesquisadores conseguiram superar alguns desses problemas a partir do uso de moléculas híbridas de RNA-DNA, chamadas siHybrids. Esse trabalho teve como objetivo a construção de moléculas híbridas de RNA-DNA (siHybrids) para silenciar a ação do gene icaA e do gene agr, impedindo assim a formação de biofilme. Os resultados mostraram que os siHybrids foram eficientes no silenciamento gênico pós-transcricional em variadas concentrações, portanto os siHybrids podem ser utilizados como uma nova estratégia terapêutica para a inibição da formação de biofilme. Este estudo é um dos primeiros a anunciar a eficácia de híbridos de RNA:DNA contra biofilmes de Staphylococus spp.

Um abortamento é a perda de uma gestação clínica intrauterina antes que o feto tenha atingido viabilidade até a 24a semana de gestação. A incidência de abortamentos clínicos espontâneos é cerca de 15 a 25% das gestações detectadas, e em 50% das concepções humanas. Os abortamentos são recorrentes em 3 a 5% dos casais em idade reprodutiva. As perdas gestacionais recorrentes ou abortamentos recorrentes (AR) são definidos como duas ou mais interrupções de gestações clínicas. A etiologia dos AR é extremamente diversa, incluindo anormalidades genéticas, imunológicas, anatômicas, endócrinas e uterinas. Em aproximadamente 50% dos AR, a etiologia não é encontrada, podendo ser chamada de idiopática. Alterações na implantação e placentação podem causar perdas gestacionais. Genes relacionados à inflamação, implantação, stress oxidativo e angiogênese poderiam estar envolvidos na etiologia dos AR. Variantes genéticas que alterem a expressão, função ou localização desses fatores poderiam afetar o risco de abortamentos recorrentes. Nesse trabalho foi investigado o efeito de variantes polimórficas nos genes VEGFA, PTGS2, NOS2, NOS3, TP53, TP63, TP73 e LIF como fator de risco para AR. Foram avaliadas 149 mulheres com AR e 208 mulheres férteis e sem perdas gestacionais como controles. A distribuição de frequências alélicas não foi diferente entre os grupos em nenhum dos polimorfismos avaliados. No entanto, portadoras do alelo polimórfico -1026A em iNOS apresentaram maior risco para AR (OR = 1,92; 95% IC: 1,18-3,11; p= 0,008). Além disso, pacientes que relataram histórico de consumo de álcool também mostram maior risco para AR (OR 2,075; IC 1,32-3,27; p = 0,002). O polimorfismo funcional -1026C/A na região promotora de iNOS provoca um aumento de 4,7 a 5,9 vezes em sua atividade promotora. O aumento da expressão de iNOS pode levar à produção excessiva de óxido nítrico (NO), estimulando a produção de peroxinitrito, um potente pró-oxidante. O stress oxidativo pode prejudicar a invasão embrionária e a proliferação placentária, e já foi associado a AR. Os achados deste trabalho reforçam a hipótese de que o NO e o stress oxidativo estão envolvidos na fisiopatologia dos AR. / A miscarriage is the unintentional termination of an intrauterine clinical pregnancy before viability is reached, before the gestational age of 24 weeks. Spontaneous clinical miscarriages occur in about 15 to 25% of clinically recognized pregnancies, and in approximately 50% of human conceptions. Miscarriages are recurrent in 3 to 5% of couples in reproductive age. Recurrent miscarriage (RM), or recurrent pregnancy loss (RPL), is defined as the loss of two or more clinical pregnancies. The etiology of RPL is diverse, including genetic, immunologic, anatomic, endocrine and uterine abnormalities. No underlying cause for RPL can be identified in approximately 50% of cases, and thus, these cases are considered unexplained RPL. Derangements in embryo implantation and placentation can cause pregnancy losses. Genes linked to inflammation, embryo implantation, oxidative stress and angiogenesis may be involved in the etiology of RPL. Genetic variants that can modify gene expression, function or location might alter the risk for RPL. In this study, the effect of genetic variants in the genes VEGFA, PTGS2, NOS2, NOS3, TP53, TP63, TP73 and LIF were investigated as a risk factor for RPL. We evaluated 149 RPL cases and 208 fertile women with no history of pregnancy loss as controls. Allele frequencies were not different between groups for the variants assessed, nonetheless, women carrying the iNOS -1026A variant presented a higher risk for RPL (OR = 1.92, 95% CI: 1.18-3.11; p= 0.008). Additionally, patients who reported a history of alcohol consumption also presented a higher risk for RPL (OR 2.075, CI 1.32-3.27; p = 0.002). The functional polymorphism -1026C/A in the iNOS promoter region is responsible for an increase of 4.7 to 5.9-fold in iNOS promoter activity. The rise in iNOS expression may lead to excessive nitric oxide (NO) production and, in turn, increase the production of peroxynitrite, a potent pro-oxidant. Oxidative stress can impair embryo implantation and placental proliferation, and it has been associated with RPL. The findings of this study support the hypothesis that NO and oxidative stress play a role in the pathophysiology of RPL.

CORREIA, José Walter. Polimorfismo -174g>C do gene de Interleucina-6 da tuberculose pulmonar. 2009. 109 f. : Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Pós-Graduação em Ciência Médicas, Fortaleza-CE, 2009. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-10-05T17:08:59Z No. of bitstreams: 1 2009_tese_jwcorreia.pdf: 13848321 bytes, checksum: ab9d1f058e82fc5f29360962aa096530 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2011-10-07T16:27:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_tese_jwcorreia.pdf: 13848321 bytes, checksum: ab9d1f058e82fc5f29360962aa096530 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-07T16:27:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_tese_jwcorreia.pdf: 13848321 bytes, checksum: ab9d1f058e82fc5f29360962aa096530 (MD5) Previous issue date: 2009 / The aim of this study was to investigate the profile of IL-6 production in patients with active pulmonary tuberculosis and to evaluate the functional role of polymorphism -174G>C in the systemic production of this cytokine. A total of 63 patients and 99 controls were studied. Among them 38 patients [25(65.8%) males] and 63 controls [51(81%) males] were studied for the IL-6 dosage. Moreover, 42 patients [25(60%) males] and 79 controls [62(78.5%) males] were studied for the -174G>C polymorphism. Patients were selected from Dona Libânia Center; Messejana Hospital, Maracanau Hospital and Dr. Cesar Cals General Hospital. The control group was selected from HEMOCE. An ELISA test was performed to measure IL-6 in peripheral blood. The genomic DNA was extracted from peripheral blood and IL-6 polymorphism was studied by polymerase chain reaction using sequence-specific primers. The IL-6 dosage showed an increase in patients with tuberculosis in relation to controls (An increase in IL6 dosage was found in patients with tuberculosis in relation to controls) (median= 4.3 pg/mL vs 0.5 pg/mL, p<0.001), but no difference was observed in drug-sensitive patients in comparison to drug-resistant ones. The genotype distribution showed no difference between patients and controls. In relation to the functional study, the IL-6 levels pointed out a significant increase in patients presenting GG genotype (median=4.1 pg/mL, range 0.5-12.0 pg/mL), in relation to GC and CC careers; these two latter genotypes presented similar IL-6 production as in healthy individuals with median=0.6 pg/mL, range 0.0-2.8 pg/mL, corroborating statistical significance with p=0.04. The relevance of this study is to show in vivo the functional role of IL-6 polymorphism in active pulmonary tuberculosis. Conclusion, the GG genotype in patients with pulmonary tuberculosis determines an increase in IL-6 systemic production. / o objetivo do estudo foi investigar o perfil de produção de IL-6 em pacientes com tuberculose pulmonar ativa e avaliar o papel funcional do polimorfismo -174G>C do gene de IL-6 na produção sistêmica desta citocina. Um total de 63 pacientes e 99 controles foi estudado, sendo 38 pacientes [25(65,8%) masculinos] e 63 controles [51 (81%) masculinos] para a dosagem de IL-6, enquanto, 42 pacientes [25 (60%) masculinos] e 79 controles [62(78,5%) masculinos] para o estudo do polimorfismo. Os pacientes foram selecionados dos centros de referência da rede estadual de saúde: Dona Libânia, Hospital de Messejana, Hospital de Maracanaú e Hospital Geral Dr. César Cals. O grupo controle foi selecionado no HEMOCE. Foi realizado teste de ELISA para a dosagem sérica de IL-6. O DNA genômico foi extraído de sangue periférico e o polimorfismo de IL-6 foi estudado por reação de polimerase em cadeia utilizando iniciadores seqüência específicos. A dosagem sérica de IL-6 se mostrou elevada nos pacientes portadores de tuberculose em relação aos controles (mediana = 4,3 pg/mL versus 0,5 pg/mL, p<0,001), porém não exibiu diferença entre os grupos de doentes sensíveis e os resistentes ao tratamento específico. Em relação ao estudo funcional do polimorismo de IL-6, foi observado um robusto aumento dos níveis de IL-6 nos doentes portadores do genótipo GG (mediana=4,1 pg/mL, variação 0,5-12,0 pg/mL), em relação aos portadores dos genótipos GC e CC, sendo que nestes se observou uma expressão de IL-6 semelhante a dos controles (mediana=0,6 pg/mL, variação 0,0-2,8 pg/mL), conferindo significância estatística com p=0,04. A relevância deste estudo é mostrar in vivo o papel funcional do polimorfismo de IL-6 na tuberculose. Em conclusão, o genótipo GG de pacientes com tuberculose pulmonar ativa determina produção aumentada de IL-6.

SAUNDERS, Ana Cecília de Brito. Polimorfismo e concentração sérica da interleucina-10 em hanseníase. 2010. 86 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-20T13:14:29Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_acbsaunders.pdf: 575148 bytes, checksum: b5dcc7ce476c099987fbbd9ef2503e42 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T13:56:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_acbsaunders.pdf: 575148 bytes, checksum: b5dcc7ce476c099987fbbd9ef2503e42 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T13:56:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_acbsaunders.pdf: 575148 bytes, checksum: b5dcc7ce476c099987fbbd9ef2503e42 (MD5) Previous issue date: 2010 / Leprosy is a world problem of health and Brazil has the second higher rates of new cases in the world. It is considered an endemic disease at Ceará and a total of 1,952 new cases were detected, reaching a detection rate of 22.8/100,000 inhabitants. The interaction between the M. leprae and different T cells stimulates the production of a Th1 or a Th2 pattern of cytokines, which are responsible for the different clinical forms of leprosy. Th1 cytokines (IL-2, IFN-γ and TNF-α) were found in tuberculoid skin lesions while Th2 cytokines (IL-4, IL-5 and IL-10) were found in lepromatoid lesions. Leprosy is influenced by many distinct factors, among them, genetic factors are the most studied at this moment. Cytokine genes seem to influence the interaction between the pathogen and the host and contribute to the development or not of the disease. The IL-10 is an antiinflammatory and immunomodulatory cytokine which has too much polymorphic promoter regions with microsatellites and SNPs. Different haplotypes are associated to distinct levels of cytokine production in vitro. Many studies reported associations between IL-10 polymorphisms and the risk or the protection against many diseases. However, the data reported have been contradictory and most of the associations between these polymorphisms and the production of IL-10 are showed in in vitro studies. The aim of this study was to evaluate how the promoter region polymorphisms of IL-10 influence the cytokine levels production in vivo, during the M. leprae infection. Serum levels of IL-10 were analyzed by ELISA in 181 individuals, 77 of them were leprosy cases, 74 household contacts and 30 healthy controls. Among them, 31 had IL-10 polymorphism typed in the case group, 33 in household contact group and 29 in healthy controls. Cases with polymorphism typed were stratified in low, medium and high levels of cytokine production. Differences in the IL-10 production were compared among leprosy cases (pauci and multibacillary), household contacts, healthy controls, genotypes and alleles distribution found in the groups. Kruskall-Wallis and Mann-Whitney tests were used to analyze mean values of IL-10 levels. No differences were observed between cases, contacts and controls (p=0.7450), pauci and multibacillary (p=0.7898), phenotypes of IL-10 production (low, medium or high) (p=0.4355). A significant difference in the IL-10 levels between cases and controls was found associated to the alleles -1082A,-819C and -592C (p<0.05) and between cases and contacts associated to the alleles -819C and -592C (p<0.05). No differences were found between contacts and controls (p>0.05). In conclusion, the -1082G>A, -819C>T and -592G>C IL-10 genotypes did not influence the IL-10 production or the M. leprae infection outcome. On the other hand, -1082A,-819C e -592C alleles determined a lower production of IL-10 in cases of leprosy. Keywords: Leprosy; Polymorphisms; IL-10; Serum levels; Contacts. / A hanseníase continua sendo um problema de saúde mundial, sendo o Brasil o segundo país em maior em número de casos novos. No Ceará a doença é considerada endêmica e em 2009 foram diagnosticados 1.952 casos novos, alcançando um coeficiente de detecção geral de 22,8/100.00 habitantes. A doença é causada pelo M. leprae, manifesta-se através de sinais e sintomas dermatoneurológicos e é transmitida de pessoa a pessoa através do convívio de indivíduos suscetíveis com doentes bacilíferos sem tratamento. A interação do M. leprae com os subtipos de células T produz citocinas do tipo Th1 e Th2, responsáveis pelas diferentes formas clínicas da doença. Padrões de citocinas Th1 (IL-2, IFN-γ e TNF-α) foram encontrados em lesões de pele das formas tuberculóides e padrões de citocinas Th2 (IL-4, IL-5 e IL-10) foram encontrados em lesões das formas virchovianas. A hanseníase é influenciada por vários fatores, sendo os genéticos os mais estudados no momento. Os genes das citocinas aparecem como fortes candidatos capazes de influenciar a interação patógeno- hospedeiro e favorecer ou não o desenvolvimento da doença. A IL-10 é uma citocina anti-inflamatória e imunomoduladora que possui regiões promotoras bastantes polimórficas, contendo regiões de microssatélites e SNPs que formam vários haplótipos que estão associados a diferentes níveis de produção de citocina in vitro. Vários estudos tentam reportar associações entre os polimorfismos de IL-10 e o risco ou proteção para diversas doenças. Contudo, os dados relatados tem sido contraditórios e a maioria das associações entre os polimorfismos e a produção dessa citocina são baseados em estudos in vitro. Dessa forma o presente estudo teve o objetivo de definir como os polimorfismos da região promotora da citocina afetam a produção in vivo frente à infecção pelo M. leprae. Foram quantificadas as concentrações séricas de IL-10 de 181 indivíduos, sendo 77 casos índices de hanseníase, 74 indivíduos contactantes e 30 controles saudáveis. Sendo que destes, 31 possuíam análise genotípica de IL-10 no grupo caso, 33 no grupo contactante e 29 no grupo controle. Os pacientes com análise genotípica foram estratificados em baixo, médio e alto produtor da citocina. As diferenças nos níveis da citocina foram comparadas entre os grupos dentro do espectro da hanseníase (paucibacilar e multibacilar), dos controles externos, dos controles internos, dos genótipos e alelos encontrados nos grupos. Foram realizados testes de Kruskall-Wallis e Mann-Whitney para análise das medianas de IL-10 em pg/mL. Não foi encontrada diferença significante entre os grupos caso, contactante e controle (p=0,7450), entre os indivíduos pauci e multibacilar (p=0,7898), entre os fenótipos de nível de produção de citocina (baixo, médio e alto) (p=0,4355). Foi encontrada diferença significante na produção de IL-10 entre os alelos -1082A,-819C e -592C do grupo caso em relação aos controles (p<0,05) e dos alelos -819C e -592C do grupo caso em relação aos contactantes (p<0,05). Não foi encontrada diferença significante entre os grupos contactante e controle (p>0,05). Em conclusão, os genótipos de IL-10, -1082G>A, -819C>T e -592G>C não influenciaram a produção e/ou o desfecho da infecção pelo M. leprae. Por outro lado, os alelos -1082A,-819C e -592C determinaram menor produção de IL-10 em indivíduos com hanseníase.

RODRIGUES, Aracélia Gurgel Rodrigues. Estudo do polimorfismo C2029T no gene do receptor toll-like tipo 2 e da resposta imune humoral em pacientes com hanseníase. 2008. 107 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-04T12:46:40Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_agrodrigues.pdf: 1543873 bytes, checksum: cc15995cd194663ae37b18efa7f121b4 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T16:08:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_agrodrigues.pdf: 1543873 bytes, checksum: cc15995cd194663ae37b18efa7f121b4 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T16:08:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_agrodrigues.pdf: 1543873 bytes, checksum: cc15995cd194663ae37b18efa7f121b4 (MD5) Previous issue date: 2008 / ] Although several efforts from Ministry of Health have been made in order to eliminate leprosy, Brazil is still the second country with the highest number of cases in world after India and is responsible for 80% of the cases in the American continent, the Ceara state situated in the Norheastern region is considered to have high incidence rates of leprosy cases. According to Ridley and Jopling classification, the clinical forms of leprosy can be divided in lepromatous leprosy, borderline lepromatous leprosy, borderline borderline leprosy, borderline tuberculoid leprosy, and tuberculoid leprosy. This work was done with 87 patients with leprosy, being 51.72 % of the female gender and 48.3% of the male gender; from the total of patients, 77.0% had been vaccinated with BCG once in life. All the patients enrolled in the study were not treated (n=23) or in treatment (n=64). Most of the patients had suffered from leprosy for the first time and some (n=11) had suffered from leprosy recidive. The anti-PGL1 serum IgG serology has been performed in 83 patients, and the most significant differences were found comparing the tuberculoid leprosy and borderline tuberculoid leprosy groups with the borderline lepromatous leprosy group. All DNA samples (n=87) were amplified in respect to the 171 bp highly conserved sequence of the aminoacids 671-692 from the C-terminal intra-cellular domain of Toll-like 2 receptor, and they were submitted to a Single Strain Conformation Polymorphism Technique (SSCP). The eletrophoretic profile found of the samples showed two and three bands, it is essential to the sequencing, this showed heterozygosis at position C2029T, and in addition two other sections of heterozygosity at positions C2006T (found in all four sequenced samples) and 2008 (sample 82). The work showed that the heterozygosity found in the gene exon 3 of the tool-like receptor type 2, unlike the one found by Kang and Chae (2001) which may mean that the susceptibility profile from our population is distinct from those found in India and Korea. / ] Apesar do empenho do Ministério da Saúde para a eliminação da hanseníase, o Brasil é o segundo país em número de casos no mundo, precedido pela Índia, e responsável por 80% dos casos no continente americano, sendo o Nordeste do país e, em especial, o Estado do Ceará considerado uma região de alta endemicidade. De acordo com a classificação de Ridley e Jopling, as formas clínicas dividem-se em virchowiana, dimorfa-virchowiana, dimorfa-dimorfa, dimorfa-tuberculóide e tuberculóide. O trabalho foi realizado com 87 pacientes com hanseníase, sendo 51,72% do sexo feminino e 48,3% do sexo masculino; destes 87 pacientes, 77,01% vacinados em algum período da vida entre a infância a adolescência. Os pacientes incluídos no estudo encontravam-se não tratados (n=23) ou em tratamento (n=64), apresentando a maioria dos pacientes a hanseníase pela primeira vez e alguns apresentavam recidiva (n=11). A sorologia de IgG sérica anti-PGL1 foi realizada em 83 pacientes, tendo sido as concentrações de maiores diferenças ocorridas entre os grupos com a forma tuberculóide e dimorfa-tuberculóide e o grupo com a forma dimorfa-virchowiana. As 87 amostras analisadas foram amplificadas quanto à seqüência de 171 pb de uma região altamente conservada dos aminoácidos 671-692 do C-terminal no domínio intracelular do receptor Toll-like 2 e foi aplicada a técnica de Análise do Polimorfismo Conformacional de Fita Única (SSCP). O perfil eletroforético das amostras testadas encontradas foram de duas e três bandas, mostrando-se necessário o sequenciamento,este apresentou heterozigose marcado pela presença das bases C e T na posição C2029T, e além de dois outros perfis de heterozigose nas posições C2006T (encontrado em todas as amostras sequenciadas) e T2008G (amostra 82). O trabalho sugere que houve heterozigose na região do éxon 3 do gene do receptor toll-like tipo 2, diferentemente do encontrado por Kang e Chae (2001) o que pode significar que o perfil de suscetibilidade em nossa população é distinta daqueles encontrados na Índia e na Coréia.