LIMA, Luana Nepomuceno Gondim Costa. Estudo do polimorfismo do genes das citocinas TNFa, IFNy, TGFß, IL-6, E IL-10 em hanseníase . 2009. 164 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2009. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-05T12:56:35Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_lngclima.pdf: 1702836 bytes, checksum: 54a1aa9b42b5683d9013d146e3e741d1 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:26:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_lngclima.pdf: 1702836 bytes, checksum: 54a1aa9b42b5683d9013d146e3e741d1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:26:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_lngclima.pdf: 1702836 bytes, checksum: 54a1aa9b42b5683d9013d146e3e741d1 (MD5) Previous issue date: 2009 / As citocinas desempenham um papel importante na resposta imune do hospedeiro contra o M. leprae. Polimorfismos de genes de citocinas têm sido implicados como um fator do hospedeiro influenciando a susceptibilidade para doenças infecciosas. O objetivo deste estudo foi verificar a relação entre a hanseníase e os polimorfismos dos genes TNFα (fator de necrose tumoral-α) -308 G→A; IFNγ (interferon-γ) +874 T→A; IL-6 (interleucina-6) -174 G→C; IL-10 -1082 A→T, -819 C→T, -592 A→C e TGFβ (fator de crescmento tumoral-β) códon 10 e códon 25. O estudo foi realizado com moradores do município de Sobral com 15 anos ou mais, no Estado do Ceará, durante o período de março de 2006 a julho de 2008. Os indivíduos foram divididos em três grupos. O grupo caso índice foi composto por 46 indivíduos com hanseníase. Controles internos foram 110 contactantes que residiam no domicílio do caso índice e os controles externos foram 83 indivíduos que não residiam no mesmo domicílio do caso índice. Desses indivíduos foram coletados 3ml para extração de DNA através do “Genomic Prep Blood DNA Isolation Kit” (GE Healthcare) e para tipificação dos polimorfismos dos genes das citocinas através do “kit” da “One-Lambda” (Canoga Park, CA, EUA). Também forma coletados 4,9ml de sangue para detecção de anticorpos IgM para PGL-I utilizando um teste ELISA. Os dados epidemiológicos e clínicos foram obtidos a partir de um questionário aplicado à todos participantes, padronizado para o projeto “Epidemiologia da hanseníase no Ceará: aprofundamento dos estudos imuno-epidemiológicos”, ao qual esse estudo está vinculado. Assim, não foram observadas associações significantes entre os polimorfismos dos genes das citocinas estudados e a susceptibilidade à hanseníase. Em relação ao gene IL-10, os indivíduos com o genótipo GCC/GCC apresentaram uma tendência a desenvolver a hanseníase mais precocemente. Em relação aos SNPs do gene IFNγ e TGFβ encontramos uma associação do genótipo T/T do IFNγ e do genótipo T/T G/G do TGFβ com uma predisposição à doença em indivíduos vacinados, podendo ser que indivíduos com esses genótipo não sejam beneficiados com a vacina. Em relação aos SNPs do gene IL-6 do grupo de controles internos foi observada uma associação entre um considerável aumento do genótipo C/C e a positividade para o anti-PGL-I. Dessa forma, o estudo do polimorfismo dos genes das citocinas traz um melhor esclarecimento da relação entre a genética do hospedeiro e a hanseníase, complementando estudos sobre a sua transmissão e fatores intra e extra-familiares em suas características imunológicas.

A malária é uma das doenças infecciosas mais graves que afligem a espécie humana, sendo endêmica na maioria das regiões tropicais e subtropicais do mundo. Em humanos, essa doença é causada pelos protozoários Plasmodium falciparum, Plasmodium malariae, Plasmodium ovale, Plasmodium vivax e Plasmodium knowlesi, que são transmitidos ao hospedeiro pela picada dos mosquitos do gênero Anopheles. No Brasil, 87% dos casos de malária ocorrem pela infecção por P. vivax e as infecções por P. falciparum e infecções mistas representam o restante. As infecções por P. vivax foram tradicionalmente relacionadas com casos mais brandos de malária e pesquisas sobre essas infecções foram por muito tempo negligenciadas pela comunidade científica e indústrias farmacêuticas. Atualmente, casos severos e mortes por essas infecções são cada vez mais frequentes, tornando essa espécie de Plasmodium um importante alvo para os programas de controle e erradicação da malária. Apesar das evidências mostrarem que há variabilidade entre os indivíduos na suscetibilidade e resposta ao tratamento da malária, estudos relacionados com a influência genética da resposta imunológica na suscetibilidade ou resistência nas infecções por P. vivax são escassos, e pesquisas sobre a variabilidade genética da resposta ao tratamento com os fármacos utilizados no tratamento dessas infecções são inexistentes. No presente trabalho, foram investigados a influência de 33 polimorfismos nos genes IL1B, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL8, IL10, IL12A, IL12B, IL12RB1, SP110, TNF, TNFRSF1A, IFNG, IFNGR1, VDR, PTPN22 e P2X7 na suscetibilidade à malária e na evolução clínica dessa doença. Também foram investigados 30 polimorfismos nos genes CYP1A2, CYP2C8, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3 e SLCO2B1 na resposta ao tratamento da malária. Entre os anos de 2002 e 2009, 216 pacientes naturais do estado do Pará diagnosticados com malária causada por P. vivax aceitaram participar do estudo. Todos os pacientes fizeram o tratamento padrão com cloroquina associada à primaquina. Desse grupo de pacientes, 167 foram avaliados clinicamente durante o período do tratamento e os níveis de parasitemia e gametocitemia foram estimados diariamente. Além dos genes em estudos, os pacientes também foram genotipados para a enzima G6PD. A ancestralidade genética desses pacientes foi estimada por um conjunto de 48 marcadores de ancestralidade. 10 O presente trabalho descreve a associação de polimorfismos nos genes IL1B, IL4R, IL12RB1 e TNF com a suscetibilidade à malária, e dos polimorfismos nos genes IL6, IL12B e VDR aos níveis de parasitemia e gametocitemia. Já as variantes nos genes IL6 e IL10 foram associadas à severidade dos sintomas nas infecções por P. vivax. Esse trabalho, também demonstra que alelos dos genes CYP2C8, ABCB1, SLCO1B1 e SLCO2B1 influenciam a resposta ao tratamento da malária. Variantes nesses genes estão associadas a uma resposta mais rápida à medicação fazendo com que seus portadores eliminem os parasitos e gametócitos em menor tempo. Esses resultados contribuem para a compreensão da malária e podem ajudar na obtenção de métodos de controle e esquemas terapêuticos mais eficientes para o controle dessa doença. / Malaria is a major infection disease that affects human species, and is spread in tropical and sub-tropical regions in different continents. This disease is caused by Plasmodium falciparum, Plasmodium malariae, Plasmodium ovale, Plasmodium vivax and Plasmodium knowlesi protozoan which are transmitted to humans by Anopheles mosquito bites. In Brazil, 87% of malaria infections result from P. vivax infections, P. falciparum and mixed infections represent all other cases. P. vivax infections were traditionally related to malaria milder symptoms therefore research in such infections was neglected by the scientific community and pharmaceutical industries. At present severe cases and deaths by these infections are more frequent and P. vivax become an important target for malaria control and elimination program. Despite evidences showing malaria susceptibility and treatment response variability, studies in immune system response related to P. vivax malaria susceptibility are scarce. In the present study 33 polymorphisms in IL1B, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL8, IL10, IL12A, IL12B, IL12RB1, SP110, TNF, TNFRSF1A, IFNG, IFNGR1, VDR, PTPN22 and P2X7 genes were investigated for association with malaria susceptibility, and its clinical aspects. Thirty polymorphisms in CYP1A2, CYP2C8, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3 and SLCO2B1 genes were investigated in relation to malaria treatment outcomes. Two hundred and sixteen (216) patients diagnosed with P. vivax malaria recruited during the period 2002-2009, who were born in Pará state, Brazil were enrolled in the study. All patients received chloroquine and primaquine standard treatment regimens. From these group of patients, 167 were clinically evaluated during treatment and have parasitemia and gametocytemia levels estimated daily. Besides the investigated genes, the patients were genotyped for G6PD. Genetic ancestry was estimated by a set of 48 ancestry markers. The present work reports that IL1B, IL4R, IL12RB1 and TNF gene polymorphisms were associated with malaria susceptibility, whereas IL6, IL12B and VDR gene polymorphisms were associated with parasitemia and gametocytemia levels. IL6 and IL10 genetic variants were associated with malaria symptoms intensity in P. vivax infections. The present work also reports the influence of CYP2C8, ABCB1, SLCO1B1 and SLCO2B1 alleles on malaria treatment response. Genetic variants in these genes were associated with a faster drug response and patients with these variants present parasites and gametocytes clearance in a shorter time. These results have a great value for malaria understanding and could help to improve disease control and therapeutic regimen to more efficient methods to control this disease.

A Nefropatia Diabética (ND) é uma complicação crônica do Diabetes Mellitus (DM) que atinge em torno de 30% destes indivíduos, sendo responsável por mais de um terço dos novos casos de insuficiência renal em indivíduos no início do programa de diálise. Esta complicação é também associada a um aumento significativo da mortalidade nesses pacientes. Estudos epidemiológicos e de agregação familial têm demonstrado que além dos conhecidos fatores ambientais, ND é uma doença multifatorial com um componente genético. Grandes esforços têm sido feitos para identificar estes genes, mas os resultados ainda são inconsistentes com diferentes genes associados a um efeito pequeno em populações específicas. A identificação de tais genes que permitem a detecção de indivíduos de alto risco para desenvolver ND pode permitir-nos ter uma melhor compreensão da sua fisiopatologia. A ENPP1 (ecto-nucleotide pyrophosphatase / phosphodiesterase 1) é uma proteína expressa na membrana celular de vários tecidos, incluindo os rins. Constatouse que níveis aumentados de expressão da ENPP1 inibem a atividade tirosina-quinase do receptor da insulina em vários tipos celulares, causando resistência à insulina. A expressão aumentada de ENPP1 inibe a sinalização da insulina em vários tipos celulares in vitro, parecendo estar fortemente associada ao receptor da insulina na superfície celular. O polimorfismo K121Q (A/C) do gene ENNP1 está associado com resistência à insulina e com o desenvolvimento da ND em diferentes populações. Apesar do papel da proteína ENPP1 na patogênese de DN ser de importância vital, ainda são desconhecidos os efeitos do polimorfismo K121Q na expressão deste gene em tecido de rim humano. No presente estudo, analisamos a expressão gênica e protéica da ENPP1 em biópsias de tecido renal humano de acordo com os diferentes genótipos do polimorfismo K121Q. Foram incluídos 107 pacientes submetidos à nefrectomia terapêutica para se obter a amostra esperada em cada grupo. Após os critérios de exclusão, 57 amostras (9 Q/Q, 27 Q/K, 20 K/K) foram elegíveis para o estudo e técnica de imunohistoquímica a fim de analisar a expressão protéica da ENPP1. Posteriormente foram selecionadas 34 amostras (9 Q/Q, 12 Q/K, 13 K/K) para investigar a expressão do gene ENPP1, através da técnica de PCR em tempo real. A expressão gênica da ENPP1 no rim não diferiu significativamente entre os portadores do alelo Q vs. K/K (QQ/KQ vs. K/K; 1.0 (0.1 – 1.6) vs. 0.72 (0.1 – 2.1) AU (unidades arbitrárias), respectivamente; P = 0.483). Da mesma forma, a expressão protéica da ENPP1 não diferiu em portadores (K/Q + Q/Q) quando comparados a não portadores (K/K) do genótipo de risco (2.86 ± 0.32 vs. 2.78 ± 0.35 AU; P = 0.417). Em conclusão, nosso resultado sugere que o polimorfismo K121Q não está associado a mudanças de expressão gênica ou protéica no rim humano.

A aveia nuda (Avena sativa L.) tem a capacidade de produzir grãos que se separam da casca durante o processo de trilha. No entanto, os mecanismos genéticos que controlam o caráter nuda em aveia hexaploide não são totalmente compreendidos. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a variabilidade da expressão fenotípica do caráter nuda e estimar o número de genes envolvidos no controle genético deste caráter em aveia. Uma população segregante derivada do cruzamento entre a linhagem ‘UFRGS 006131’ (nuda) e a linhagem ‘UFRGS 01B7114-1’ (com casca) foi empregada neste estudo. Linhagens parentais e população segregante nas gerações F2 e F3 foram avaliadas para presença e distribuição de grãos nudas em panículas de plantas individuais de aveia. Os experimentos foram conduzidos na Estação Experimental Agronômica da UFRGS, localizada no município de Eldorado do Sul, RS, nas estações de crescimento de 2010 e 2011. Para cada planta, um desenho da panícula principal foi desenvolvido, onde anotou-se a presença dos grãos com e sem casca para espiguetas individuais da panícula. A partir dos desenhos obtidos nas progênies da população F2, seis classes fenotípicas distintas foram produzidas, conforme a distribuição dos grãos nuda nas espiguetas das panículas. Diferentes modelos genéticos foram testados e a proporção fenotípica esperada de 3:9:4 (nuda:segregante:com casca) foi a que melhor se ajustou a proporção fenotípica observada pelo teste do Qui-quadrado. Embora, um número pequeno de panículas foram avaliadas na geração F3, os resultados demonstraram concordância com a hipótese proposta na geração F2. O caráter nuda em aveia é herdado por dois genes e a menor expressão deste caráter ocorre predominantemente nas ramificações intermediária e basal das panículas. A expressão do caráter nuda em panículas de aveia não é completa, mesmo em genótipos homozigotos. / Naked oat (Avena sativa L.) has the ability to produce grains that separate from the hull during the threshing process. However, the genetic mechanisms that control this character are not fully understood in hexaploid oat. The objectives of this study were to evaluate the phenotypic expression of naked grains and to estimate the number of loci controlling this character in oat. A segregating population developed from the cross UFRGS 0060131 (naked) and UFRGS 01B7114-1 (hulled) was analyzed in this study. Parental lines and a population segregating in the F2 and F3 generations were evaluated for the presence and distribution of naked grains in panicles of individual oat plants.The experiments were conducted in the Estação Experimental Agronômica at UFRGS, Eldorado do Sul, RS, in the growing seasons of 2010 and 2011. For each plant, a design of the main panicle was developed and the presence of naked and hulled grains for individual spikelet was recorded. From the designs made in the F2 progeny, six distinct phenotypic classes were produced according to the distribution of naked grains in the spikelet. Different genetic models were tested and the observed phenotypic ratio of 3:9:4 (naked:segregating:hulled) was the one that best fit the expected phenotypic ratio by Chi-square test. Although a small number of panicles in the F3 progeny were evaluated, the results demonstrated concordance with the genetic hypothesis observed in the F2 generation. Naked oat is inherited by two genes and the reduced expression of this character occurs mainly in the middle and basal branches of the panicles. The expression of naked grains in panicles of oat is not complete, even in homozygous genotypes.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-04-19T17:18:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1151212 bytes, checksum: 36f55e9aff974f5ee500779aa9f56c7a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-19T17:18:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1151212 bytes, checksum: 36f55e9aff974f5ee500779aa9f56c7a (MD5) Previous issue date: 2017-07-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A eficiência na escolha dos genitores que, ao serem cruzados, produzam híbridos e, posteriormente, populações segregantes promissoras, é fator determinante para o sucesso de um programa de melhoramento genético. Várias técnicas têm sido propostas com o intuito de aumentar a probabilidade de obtenção de populações segregantes superiores e os ganhos com a seleção nas primeiras etapas do programa de melhoramento. Diante do exposto, os objetivos do presente trabalho foram: I) Determinar a capacidade geral e específica de combinação de seis progenitores de soja, visando identificar aqueles promissores e suas melhores combinações para o desenvolvimento de linhagens superiores para precocidade e produção de grãos, bem como, a melhor época de avaliação; II) Estudar os aspectos genéticos relacionados à precocidade e produção de grãos em gerações iniciais de soja, durante duas épocas do ano; III) Avaliar a adequação da metodologia BLUP individual simulado (BLUPIS) na seleção dentro de populações segregantes de soja; e IV) Descrever novos índices de seleção que podem ser aplicados nas situações em que são avaliados, simultaneamente, populações F 2 e seus progenitores, e predizer o ganho genético pela seleção das melhores populações para precocidade e produção de grãos. Seis cultivares comerciais de soja ((MSOY6101, RSF6563IPRO, TMG123RR, SYN9078RR, TMG801 e MSOY9144RR) foram cruzadas em esquema de dialelo completo, sem recíprocos, obtendo-se assim 15 híbridos. Os seis progenitores e seus 15 híbridos (21 tratamentos) foram avaliados em casa de vegetação durante o inverno de 2014 e verão 2014/15. Um segundo experimento foi conduzido à campo, em Viçosa- MG, no ano agrícola 2014/2015, onde foram avaliados progenitores e suas populações segregantes (F 2 ), obtendo-se informações a nível de indivíduo. Na primeira parte do estudo observou-se que as interações capacidade geral de combinação x Época e capacidade específica de combinação x Época não podem ser desconsideradas na avaliação de cruzamentos dialélicos em soja. Os cruzamentos mais promissores para a extração de linhagens superiores são: RSF6563IPRO x MSOY9144RR e SYN9078RR x MSOY9144RR para dias para maturação, TMG123RR x MSOY9144RR e SYN9078RR x MSOY9144RR para número de dias para maturação, e RSF6563IPRO x SYN9078RR, MSOY6101 x MSOY9144RR e TMG123RR x TMG801 para produção de grãos. Na segunda parte foi constatado que os efeitos gênicos aditivos e de dominância foram importantes no controle genético do número de dias para florescimento e maturação, e produção de grãos por planta. O número de dias para florescimento e maturação, e produção de grãos nas gerações F 1 , no inverno e verão, e F 2 no verão são determinados por alelos dominantes. Constatou-se dominância parcial preponderante para todos os caracteres na geração F 1 e sobredominância na geração F 2 . A terceira parte demonstrou que houve concordância plena entre as metodologias BLUP individual simulado (BLUPIS) e BLUP individual (BLUPI) apenas para a produção de grãos. O BLUPIS apresentou melhor desempenho quando empregada na seleção de caracteres de controle genético quantitativo. Além disso, quando comparado ao BLUP individual (BLUPI), apresenta a vantagem de não selecionar indivíduos nas famílias que apresentaram desempenho inferior à média geral. O BLUPIS contribui para a seleção de indivíduos em números representativos das melhores populações, como consequência, pode proporcionar substancial ganho para programas de melhoramento genético da soja. Por fim, na quarta etapa do estudo a aplicação de índices de seleção mostrou-se mais eficiente que a seleção baseada nos valores genéticos aditivos de população. A inclusão da informação dos progenitores e a variância dentro de população aumentou a expectativa de ganhos para todos os caracteres estudados. Os ganhos genéticos para a produção de grãos podem alcançar até 12% e 32%, com a seleção entre e dentro da população, via índice com informação de variabilidade dentro de população. A seleção entre populações pode proporcionar ganhos genéticos da ordem de 12% para redução do tempo florescimento e 7% para redução do tempo para a maturação. O índice que inclui os valores genotípicos de progenitores e de populações F 2 foi a melhor estratégia para aumentar os ganhos com a seleção. / The efficiency in the choice of the parents whom, when crossed, produce hybrids and, later, promising segregating populations, is a determining factor for the success of a breeding program. Several techniques have been proposed with the aim of increasing the probability of obtaining superior segregating populations and the gains from selection in the first stages of the breeding program. In view of the above, the objectives of the present study were: I) To determine the general and specific combining ability of six soybean parents in order to identify those promising and their best combinations for the development of superior lines for precocity and grain production, as well as , the best time of evaluation; II) To study the genetic aspects related to the precocity and grain yield in initial generations of soybean, during two seasons of the year; III) To evaluate the suitability of the individual BLUP methodology (BLUPIS) in the selection within segregating soybean populations; and IV) To describe new selection indices that can be applied in the situations in which F2 populations and their progenitors are simultaneously evaluated, and to predict the genetic gain by selecting the best populations for precocity and grain yield. Six commercial soybean cultivars (MSOY6101, RSF6563IPRO, TMG123RR, SYN9078RR, TMG801 and MSOY9144RR) were crossed in complete, non-reciprocal diallel scheme, thereby obtaining 15 hybrids. The six parents and their 15 hybrids (21 treatments) were evaluated in a greenhouse during the winter of 2014 and summer of 2014/15. A second experiment was conducted in the field, in Viçosa-MG, in the crop season 2014/2015, where the parents and their segregating populations (F2) were evaluated, obtaining information at the individual level. In the first part of the study it was observed that the interactions general combining capacity x Time and specific capacity of combination x Epoch can not be disregarded in the evaluation of diallel crosses in soybean. The most promising crosses for the extraction of superior lines are: RSF6563IPRO x MSOY9144RR and SYN9078RR x MSOY9144RR for days for maturation, TMG123RR x MSOY9144RR and SYN9078RR x MSOY9144RR for number of days for maturation, and RSF6563IPRO x SYN9078RR, MSOY6101 x MSOY9144RR and TMG123RR x TMG801 for grain yield. In the second part, it was verified that the additive and dominance gene effects were important in the genetic control of the number of days for flowering and maturation, and grain yield per plant. The number of days for flowering and maturation, and grain yield in F1, in the winter and summer, and F2 in summer are determined by dominant alleles. The preponderant partial dominance was found for all traits in the F1 generation and overdominance in the F2 generation. The third part showed that there was full agreement between BLUP individual and BLUPI methodologies (BLUPI) only for grain yield. The BLUPIS presented better performance when used in the selection of quantitative genetic control characters. Moreover, when compared to individual BLUP (BLUPI), it has the advantage of not selecting individuals in the families that presented performed below the general average. BLUPIS contributes to the selection of individuals in representative numbers of the best populations, as a consequence, it can provide substantial gain for soybean breeding programs. Finally, in the fourth stage of the study, the application of selection indexes proved to be more efficient than the selection based on the genetic additive values of the population. The inclusion of the parents' information and the variance within the population increased the expectation of gains for all the traits studied. Genetic gains for grain yield can reach up to 12% and 32%, with selection between and within the population, via index with variability information within population. The selection among populations can provide genetic gains of the order of 12% to reduce flowering time and 7% to reduce the time to maturation. The index that includes the genotypic values of parents and F2 populations was the best strategy to increase the gains with the selection.

A Fissura oral (FO) é uma malformação craniofacial comum na espécie humana. Tem uma prevalência mundial de 1 a cada 600 nascidos vivos, sendo que esses dados variam segundo a região geográfica. Ocorrem devido à formação incompleta do lábio e/ou palato no processo da embriogênese facial. Crianças afetadas precisam de cuidados multidisciplinares. Clinicamente, os pacientes têm dificuldades na alimentação, fala, audição, deglutição, respiração e problemas odontológicos, além de sequelas sociais e psicológicas durante a vida adulta. A etiologia dessa malformação facial não está ainda totalmente esclarecida, em parte pela complexidade e diversidade dos mecanismos moleculares envolvidos durante o processo de embriogênese, além da influência dos fatores ambientais. Desde a década de 80 estudos moleculares têm sido realizados para testar o envolvimento de genes no crescimento dos processos faciais. Acredita-se que há interação, pelo menos parcial, dos seguintes genes: TGFA, TGFB 2 e 3 MSX1 e 2, BCL3, RARA, MTHFR, IFR6, BARX1, DLX SHH e TP63. TGFA foi um dos primeiros genes estudados, sendo que os resultados demonstraram associação entre dois RFLP do gene TGFA (alelo C2 no sítio de restrição da Taq I e o alelo A2 no sítio da BamHI). Sua relevância biológica como candidato para FO é amparada por seu padrão de expressão em tecidos palatinos, especialmente na junção mediana e mesênquima subjacente palatino, principalmente no momento da fusão dos tecidos, pois promove a síntese de matriz extracelular e migração de células mesenquimais. O gene TGFA parece ter um papel importante em alguns grupos, principalmente quando associado a fatores ambientais, principalmente uso de álcool e fumo durante idade gestacional. Este estudo teve como objetivo avaliar o papel do polimorfismo TGFA/ Taq I e fatores ambientais em fissuras orais não sindrômicas. Foram incluídos neste estudo 175 núcleos familiares sendo que 96 trios completos. Dos propósitos 52% eram homens. As Fissuras de lábio e/ou palato (FL/P) foram mais frequentes em homens (56,5%) enquanto que fissura de palato isolado (FPI) foi mais frequente em mulheres. Conforme dados observados na literatura. Foi também observada maior proporção de FL/P (147 casos) comparado com FPI (28 casos). Neste estudo nós não encontramos associação do polimorfismo TGFA/TaqI com fissuras orais, pois o TDT não foi estatisticamente significativo (p=0,335). Quando comparado os fatores ambientais (exposição ao álcool e ao fumo durante o período gestacional) com o genótipo e o fenótipo do propósito, nós também não encontramos diferença significativa entre os grupos de propósitos expostos e não expostos. A identificação de outros fatores genéticos envolvidos no desenvolvimento craniofacial poderá ajudar a entender os fatores genéticos envolvidos em fissuras orais. Nós também não encontramos evidência da exposição ao álcool e ao fumo em fissuras, entretanto a baixa prevalência desses fatores na nossa população poderia ter contribuído para este achado.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-02Bitstream added on 2014-06-13T21:03:44Z : No. of bitstreams: 1 hashimoto_dt_dr_botib.pdf: 2061965 bytes, checksum: c1eb35097c6e8f5b9f4aa42b8015d5d5 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Híbridos de peixes produzidos em pisciculturas são considerados eminentes ameaças biológicas às populações naturais e estoques cultivados. Podem apresentar fertilidade e contaminar geneticamente os estoques através de introgressão. Neste trabalho, estabelecemos e utilizamos marcadores de PCR-Multiplex e PCR-RFLP com genes nucleares e mitocondriais para a identificação de híbridos entre espécies Neotropicais atualmente produzidos nas pisciculturas brasileiras. Entre estes, estão cruzamentos envolvendo espécies de Anostomidae (Leporinus macrocephalus e L. elongatus), Serrasalmidae (Colossoma macropomum, Piaractus mesopotamicus e P. brachypomus) e Pimelodidae (Pseudoplatystoma reticulatum, P. corruscans, Phractocephalus hemioliopterus e Leiarius marmoratus). A identificação molecular foi realizada em 23 lotes de juvenis de peixes (cerca de 1850 amostras), comprados vivos (de 2 a 18 cm) em oito diferentes pisciculturas brasileiras. Foram adquiridos tanto indivíduos de espécies puras quanto produtos híbridos. Os resultados indicaram que 15 lotes apresentaram-se irregulares e não foram vendidos conforme especificado, pois não correspondiam ao que foi comercializado pelos produtores. Nestes lotes, amostras de diferentes híbridos e espécies estavam misturadas, com casos de até cinco diferentes produtos no mesmo estoque. Além disso, os lotes foram vendidos com rótulos inadequados, observando produtos híbridos comercializados como espécies puras de forma não discriminada. A situação é preocupante em relação aos híbridos provenientes de espécies de Serrasalmidae e Pimelodidae, pois foram comercializados erroneamente em alta proporção. Além do mais, quatro lotes foram identificados como linhagens pós-F1, provenientes de retrocruzamentos envolvendo... / Fish hybrids produced in fish farms are considered eminent biological threats to natural populations and cultivated stocks. If fertile, they can cause genetic contamination of the stocks through introgression. In this work, we established and used molecular markers of PCR-Multiplex and PCR-RFLP with nuclear and mitochondrial genes for the identification of hybrids between Neotropical species currently produced in fish farms in Brazil. The crosses were performed between species of Anostomidae (Leporinus macrocephalus and L. elongatus), Serrasalmidae (Colossoma macropomum, Piaractus mesopotamicus and P. brachypomus) and Pimelodidae (Pseudoplatystoma reticulatum, P. corruscans, Phractocephalus hemioliopterus and Leiarius marmoratus). Molecular identification was carried out in 23 stocks of juvenile fish (about 1850 samples), purchased live (2-18 cm) in eight different fish farms in Brazil. Both individuals of pure species and hybrid products were acquired. The results indicated that 15 stocks were irregular and mislabeled, because they did not correspond to what was marketed by the producers. In these stocks, samples of different hybrids and species were mixed, with cases up to five different products in the same stock. Furthermore, the stocks were sold with inadequate labels, with hybrids traded as pure species indiscriminately. Particular concerns are revealed in relation to hybrids from species of Pimelodidae and Serrasalmidae, because they were incorrectly commercialized in high proportion. Moreover, four stocks were identified as post-F1 lineages, resulting from backcrosses of the hybrid products “Patinga” and “Cachapinta”. These animals are fertile and can be found in natural environments, probably originated from escapes of farming systems. Additionally, the molecular analysis showed that fish hybrids are being... (Complete abstract click electronic access below)

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2010. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-04-16T10:33:50Z No. of bitstreams: 1 2010_NatáliaSilvaeLamas.pdf: 2960072 bytes, checksum: 6864e936d374f2b25fae278f040d7df8 (MD5) / Approved for entry into archive by Leila Fernandes (leilabiblio@yahoo.com.br) on 2012-04-16T13:02:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_NatáliaSilvaeLamas.pdf: 2960072 bytes, checksum: 6864e936d374f2b25fae278f040d7df8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-04-16T13:02:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_NatáliaSilvaeLamas.pdf: 2960072 bytes, checksum: 6864e936d374f2b25fae278f040d7df8 (MD5) / O cultivo do cajueiro é observado em quase todos os estados do Brasil. Contudo, adapta-se melhor ao ambiente do litoral nordestino. Essa cultura tem grande importância para a agroindústria dos Estados do Ceará, Piauí e Rio Grande do Norte, onde são colhidos 95% da produção brasileira e onde é feito todo o processamento da castanha. O agronegócio do cajueiro movimenta cerca de 157 milhões de dólares somente em exportações de amêndoas. Apesar da importância sócio-econômica da cajucultura, esta exploração, no entanto, ainda não é intensa em tecnologia. O uso de técnicas modernas de genética molecular no melhoramento genético do cajueiro pode ser decisivo para a mudança do atual perfil deste importante agronegócio pela possibilidade de aumento da produtividade e qualidade dos seus produtos. Até o presente, são poucas as informações sobre marcadores moleculares, genes e regiões cromossômicas que controlam caracteres de importância econômica no cajueiro. Este trabalho teve como objetivo desenvolver e caracterizar uma bateria de marcadores microssatélites de Anacardium occidentale a partir da construção de bibliotecas genômicas enriquecidas para seqüências repetitivas. Os marcadores desenvolvidos foram utilizados em estudos de vínculo genético entre amostras do banco de germoplasma. Foi desenvolvido um esforço de localização dos novos marcadores microssatélites nos mapas genéticos existentes da espécie. Dos 5.472 clones potencialmente contendo fragmentos repetitivos, 540 foram seqüenciados e analisados para a presença de microssatélites. Uma bateria de 117 sequências foi selecionada com base na qualidade das sequências microssatélites que cada clone apresentava, e submetida a desenho de iniciadores de PCR para a realização de testes genéticos. Deste total, cem novos pares de iniciadores foram sintetizados e otimizados para genotipagem através de eletroforese em gel de agarose a 3,5%. Quatorze novos marcadores microssatélites foram selecionados ao acaso e analisados em seqüenciador 377 ABI com base na genotipagem de 36 acessos do Banco de Germoplasma de Cajueiro. Esta análise permitiu a estimativa de parâmetros genéticos como Heterozigosidade observada (Ho), Heterozigosidade esperada (He), Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) e Poder de Exclusão (PE) de cada um dos quatorze marcadores microssatélites. O experimento permitiu detectar grande variabilidade de performance analítica entre os marcadores testados. O marcador AOBR 48, por exemplo, demonstrou ser o marcador com o maior Conteúdo de Informação Polimórfica, Heterozigosidade observada e Poder de Exclusão entre os marcadores testados. A análise de acessos do Banco de Germoplasma com os quatorze novos marcadores microssatélites indicou que os acessos de cajueiro comum e de cajueiro anão precoce formam grupos distintos com base nos valores de coeficiente de similaridade estimados em comparações par-a-par entre os 36 acessos de cajueiro estudados. Um acesso de A. microcarpum, utilizado como controle externo (outgroup), foi agrupado com acessos de cajueiro comum, chamando a atenção para a necessidade de aprofundamento no estudo das relações filogenéticas entre A. occidentale e A. microcarpum. Uma população F1 derivada do cruzamento entre cajueiro anão precoce (CCP1001) e cajueiro comum (CP 96) foi utilizada para mapear os novos marcadores microssatélites no genoma de cajueiro. Entre os cem novos marcadores desenvolvidos neste trabalho, 11 apresentaram segregação de alelos do genitor feminino (CCP 1001) na população F1, enquanto que 21 apresentaram segregação de alelos do genitor masculino (CP 96). Somente três dos 100 marcadores testados apresentaram segregação de alelos dos dois genitores na população F1, totalizando 29 marcadores passíveis de mapeamento nesta população. No total, 11 marcadores SSR desenvolvidos no atual trabalho foram incorporados aos mapas dos genitores masculino e feminino, sendo apenas um marcador comum aos dois genitores. O mapa genético do genitor masculino (acesso CP 96) apresentou o total de 106 marcadores distribuídos em 1.133,6 cM, e o mapa do genitor feminino (CCP 1001) apresentou um total de 99 marcadores distribuídos em 1.065,9 cM. Os novos marcadores estão sendo empregados na análise genética e no melhoramento do cajueiro. Neste trabalho, foram mapeados QTLs (Quantitative Trati Loci) de três características de importância econômica de cajueiro: resistência a mofo-preto (causado pelo fungo Pilgeriella anacardii), altura da planta e diâmetro da copa. No mapa do genitor feminino, foram detectados três QTLs para a altura da planta, um para a característica diâmetro da copa e um para resistência a mofo-preto. Já no mapa do genitor masculino, foram detectados três QTLs para a característica resistência a mofo-preto, dois para a característica altura da planta e dois para o diâmetro da copa. Os novos marcadores microssatélites de cajueiro enriquecem o conjunto de ferramentas genômicas que está sendo construído para apoiar e tornar mais eficiente o melhoramento genético da espécie. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The cashew tree is cultivated in almost all states of Brazil. However, it is better adapted to the environmental conditions of the Brazilian NorthEastern Coast. This crop is particularly important for the agricultural sector of the states of Ceará, Piauí and Rio Grande do Norte. These three states are together responsible for 95% of the Brazilian cashew production and virtually all cashew nut processing. The cashew agribusiness responds for approximately 157 million dollars per year only on cashew nut exports. Although cashew business is socially and economically important, cashew production is not intensive in technology use. The application of modern molecular genetics techniques in cashew breeding can be decisive to promote a change in the current production standards of this important agribusiness due to the possibility of increasing yields and promoting increments in fruit and nut quality. There is very limited information about cashew molecular markers, genes and genomic regions associated with economically important traits. The objectives of the present work were to develop and characterize a group of microsatellite markers for Anacardium occidentale based on the construction of repetitive DNA enriched genomic libraries. The molecular markers which were obtained were used to study the genetic relationships between cashew accessions of the Germplasm Bank. An attempt was also made to locate the new molecular markers on the genetic maps already developed for the species. A library of 5,472 DNA clones potentially rich on repetitive sequences was developed and used to select 540 clones for DNA sequencing. The sequences obtained were checked out for the presence of microsatellite sites. A total of 117 sequences were then selected based on quality criteria and submitted to primer designing for PCR validation. Validation of a set of one hundred new microsatellite markers was then conducted on 3.5% agarose gel electrophoresis. A subgroup of 14 new microsatellite markers was selected and used to genotype a collection of 36 cashew tree samples on a 377 ABI DNA sequencer. The data obtained allowed to estimate genetic parameters such as observed Heterozigosity (Ho), expected Heterozigosity (He), Polymorphism Information Content (PIC) and Power of Exclusion (PE) of each of the 14 microsatellite markers. A great diversity of analytical performance was observed among the tested markers. Marker AOBR 12 48, for example, presented the highest PIC, Ho and Power of Exclusion among the tested markers. The analysis of 36 accessions of cashew with the 14 new microsatellite markers indicated that the accessions of dwarfs and common types of cashew are clustered in distinct groups according to similarity coefficient values. An accession of A. microcarpum used as outgroup clustered with accessions of common cashew. This points out to the necessity of developing filogenetic studies between A. occidentale and A. microcarpum. An F1 population obtained upon crossing a dwarf tree (CCP1001) with a common type cashew tree (CP 96) was used to map the new developed markers. Among the 100 new microsatellite markers, 11 showed segregation for the female parent (CCP 1001) in the F1 populaiton, and 21 for the male parent (CP 96). Only three of the 100 markers showed segregation for the two parents in the F1 population. Eleven SSR markers developed in the current work have been located in the male and female linkage maps, but only one marker is common to both maps. The male parent genetic map (CP 96) includes 106 molecular markers covering 1,112.6 cM, while the female parent map (CCP 1001) includes 99 molecular markers covering 1,065.9 cM. The new markers are being used in cashew genetic analysis and breeding. In this work, a QTL analysis was performed for three traits of economic importance for cashew production: resistance to black mold, caused by the fungus Pilgeriella anacardii, plant height and canopy diameter. Three QTLs for plant height, as well as QTLs for canopy diameter and black mold have been located on the female parent map. Two QTLs for canopy diameter, two QTLs for plant height and three QTLs for resistance to black mold have been mapped on the male parent linkage map. The new cashew microsatellite markers enrich the group of genomic tools currently being developed to support and increase the efficiency of cashew breeding.

Nos parasitos do gênero Echinococcus observam-se grandes diferenças genéticas entre as espécies. Mais ainda, a espécie E. granulosus apresenta uma grande variação intraespecífica. Diversas variantes com características biológicas e epidemiológicas particulares, e adaptadas a hospedeiros intermediários diferentes, foram classificadas como linhagens. De fato, estas linhagens são muitas vezes tão divergentes geneticamente quanto as demais espécies do gênero. Isto tem gerado diversas discussões quanto seu status taxonômico. Os genes do antígeno B (AgB) de Echinococcus compõem uma família multigênica. A proteína secretada, um oligômero formado a partir de subunidades de 8 kDa, tem um papel importante no estabelecimento da infecção, modulando a resposta imune do hospedeiro. Estudos demonstraram que alguns genes desta família devem estar sob seleção positiva ou diversificadora. Inclusive, a quantidade de variantes encontradas é alta em um único parasito. Este trabalho analisa amostras de E. granulosus coletadas no Rio Grande do Sul e as compara a amostras de outra populações geográficas (Argentina, Argélia e Romênia) usando um marcador mitocondrial (cox1-391 pb) e duas seqüências nucleares. Uma delas corresponde a um fragmento que inclui majoritariamente o segundo íntron do gene de cópia única codificador da malato desidrogenase citosólica (mdh - 214 pb) e a outra trata-se da seqüência parcial do gene que codifica a subunidade 4 do AgB (AgB4 - 329-355 pb), incluindo aproximadamente 80 pb da região promotora do gene até em torno de 60 pb à montante do códon de parada da tradução. A análise do fragmento de mdh utilizou a técnica de PCR-SSCP, seguida de seqüenciamento, para discriminar os alelos das amostras de cada população, totalizando 259 indivíduos (isolados). Os achados confirmam a homogeneidade das populações geográficas de E. granulosus e a divergência dos parasitos das linhagens ovina e bovina (freqüentemente denominada E. ortleppi). Apesar da divergência entre as linhagens, são encontrados em baixa freqüência alelos característicos da linhagem bovina (haplótipo G5) em parasitos com haplótipo mitocondrial ovino (G1) e vice-versa. Tal situação poderia ser conseqüência do cruzamento entre parasitos destas linhagens quando em simpatria. A abordagem adotada na análise do gene AgB4 foi a amplificação por PCR seguida do seqüenciamento direto de 151 isolados. Os dados indicam a presença de mais de duas cópias do AgB4 no genoma, e que, dada a conservação na região codificante, seria provável que estes genes estejam evoluindo em concerto. Também encontramos alta divergência entre as seqüências dos isolados com haplótipos mitocondriais G1 (AgB4 tipo 1) e G5 (AgB4 tipo 2). A divergência é tão grande que acreditamos que na linhagem bovina o gene AgB4 tenha recombinado com AgB2. Uma seqüência idêntica a nossa depositada no GeneBank foi previamente sugerida como sendo uma variante não-funcional do AgB2. Assim como no caso do mdh alguns parasitos com haplótipos mitocondriais G5 (linhagem bovina) apresentaram em baixa freqüência seqüências de AgB4 do tipo 1 características da linhagem ovina. Este achado reforça a hipótese de fluxo gênico entre as linhagens de E. granulosus. / In the parasites belonging to the genus Echinococcus large differences between species are observed. Furthermore, the E. granulosus species shows a high intraspecific variability. Different variants with particular biologic and epidemiologic features, adapted to distinct intermediate hosts, were classified as strains. Indeed, the strains are frequently as genetically divergent as the other species within the genus. This has generated several discussions about their taxonomic status. The Echinococcus antigen B (AgB) genes belong to a multigene family. The secreted protein, an oligomer built by subunits of 8kDa, has an important role in the infection establishment, modulating the host immune response. Studies have demonstrated that some genes in this family might be under positive or diversifying selection. Moreover, the quantity of variants found is high, even in a single parasite. This study analyzes samples of E. granulosus collected in Rio Grande do Sul, and compares them to samples from other geographic regions (Argentina, Algeria and Romania) using a mitochondrial marker (cox1 – 391bp) and two nuclear sequences. One corresponds to a fragment including mostly the second intron of the cytosolic malate dehydrogenase single copy gene (mdh – 214bp) and the other is a partial gene sequence encoding the fourth subunit of AgB (AgB4 – 329-355bp), which includes approximately 80bp of the promoter region until around 60bp upstream to the stop codon. The analysis of the mdh fragment was based on the PCR-SSCP technique, followed by sequencing, to discriminate among alleles within samples of each population, totalizing 259 individuals (isolates). Our findings confirm the homogeneity within E. granulosus geographic populations and a high divergence between parasites from the ovine and bovine (frequently named E. ortleppi) strains. Despite the divergence between strains, bovine strain (haplotype G5) characteristic alleles are found in low frequency in parasites with the ovine mitochondrial haplotype (G1) and vice-versa. This situation could be a consequence of interbreeding between parasites from the different strains, when in simpatry. The approach used for the AgB4 gene analysis was the PCR amplification followed by direct sequencing of 151 isolates. The data indicate the presence of more than two AgB4 gene copies inside the genome; and that, considering the conservation of the coding region, it would be probable that these genes are evolving in concert. We also found a high divergence in AgB4 sequences between isolates with haplotypes G1 (AgB4 type 1) and G5 (AgB4 type 2). The divergence is so large, that we believe that in the bovine strain the AgB4 gene might have recombined with AgB2. As well as for the mdh gene, some parasites with the G5 mitochondrial haplotype (bovine strain) showed in low frequencies AgB4 type 1 sequences, characteristic of the ovine strain. This finding reinforces the hypothesis of gene flow between strains of E. granulosus.

O sucesso de um programa de melhoramento depende da qualidade do germoplasma utilizado para obter combinações de genes importantes. As combinações podem ser oriundas de hibridizações amplas, até mesmo entre espécies ancestrais. Entretanto, para a elevação constante do ganho genético em novas variedades, é fundamental que o trabalho produza continuamente populações com alta freqüência de genes de interesse agronômico. O Departamento de Plantas de Lavoura da Faculdade de Agronomia da Universidade Federal do Rio Grande de Sul iniciou um programa de melhoramento genético de milho comum em 1998 e, posteriormente de milho doce, os quais possuem resultados significativos em diversas áreas do conhecimento científico. Em função das mutações ocorridas, existem diferenças nas propriedades texturais, forma e quantidade de endosperma dos milhos atuais, classificando-os como milho comum, milho pipoca e milho doce. O teosinto por ser uma espécie botânica relacionada ao milho pode ser utilizado como fonte de importantes caracteres agronômicos em programas de melhoramento desse cereal, com possibilidades de hibridização e introgressão de genes. Os objetivos principais desse trabalho foram analisar citogeneticamente os genótipos de milho comum, milho doce, de teosinto e de híbridos oriundos de cruzamentos artificiais entre as populações originais, bem como, avaliar a variabilidade genética existente nessas populações e o relacionamento entre elas através da utilização de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR). De maneira geral, os dados apresentados nesse trabalho indicam que as populações apresentam comportamento meiótico regular. Os híbridos apresentam algumas anormalidades, como por exemplo, presença de univalentes, pontes e fragmentos cromossômicos sem, entretanto, prejudicar a viabilidade dos grãos de pólen. É possível afirmar que a variabilidade genética existente no teosinto é superior a apresentada pelos genótipos de milho, provavelmente, devido a sua origem silvestre. Esses resultados confirmam a semelhança entre as duas espécies e sugerem que é possível utilizar o teosinto como fonte genética de um programa de melhoramento de milho. / The success of a breeding program relies on the quality of the germplams used as a source for combination of important genes. Such combinations can derive from broad hybridization, even from ancient ancestors. However, for a constant increase in genetic gain in new varieties it is necessary to constantly generate populations with high frequency of agronomic trait genes. The Department of Crop Science of the College of Agronomy at the UFRGS (Universidade Federal do Rio Grande de Sul) started an ordinary maize-breeding program in 1998 and, latter on, a sweet maize program, which generated significant results at different scientific fields. Due to mutations, there have been found endosperm differences concerning textural properties, shape and amount in the current maize, so that they can be classified as ordinary, popcorn and sweet maize. As teosinte is a species related to maize, it can be used as source for important agronomical traits in this grainbreeding program, allowing hybridization and gene introgression. The objectives of this work were to cytogenetically analyze the genotypes of ordinary maize, popcorn, sweet maize, teosinte and hybrids derived from artificial crossings among original populations, as well as analyze genetic variability among these populations and the relationship within them by the use of microsatellite molecular markers (SSR). Generally, the data presented in this work indicate that the populations show a regular meiotic behavior. The hybrids present some anomalies, for example, presence of univalent, bridge and chromosomal fragments however, with no harm to grain pollen viability. It is possible to assure that the existing genetic variability in teosinte is superior to that found among the maize genotype, probable due to teosinte’s wild origin. These results confirm the close relation between the two species and suggest the possibility of using teosinte as source of genetic variability in a maize-breeding program.