Orientador : William Jose da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T00:43:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Torreao_AnaBeatrizFerreira_M.pdf: 4175952 bytes, checksum: c725c04098d35a6c6c41b9c88f95fb80 (MD5) Previous issue date: 1991 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Establece la distribución de las frecuencias genotípica y alélicas del SNP rs17817449 en el gen FTO en diferentes subpoblaciones peruanas. Para el propósito, evalúa al SNP rs17817449 utilizando la técnica PCR-RFLP para 173 muestras de ADN genómico de las subpoblaciones de Lima ciudad (49,1 %), Huarochirí-Lima (9,8 %), Calca-Cusco (10, 4 %), y Puno (30,7 %). Las frecuencias genotípicas en la muestra global son: T/T = 87,9 %, G/T = 10,4% y G/G = 1,7 %. En las subpoblaciones los resultados son: Lima ciudad T/T = 81,2%, G/T = 16,5 % y G/G = 2,4 %; en Huarochirí-Lima T/T = 100 %; en Calca-Cusco T/T = 100 % y en Puno T/T = 90,6 %, G/T = 7,5% y G/G = 1,9 %. Las frecuencias genotípicas de la muestra global, Lima y Puno se encuentran en equilibrio Hardy – Weinberg. En la muestra total, las frecuencias de los alelos son: T = 93,1 % y G = 6,9 %. En las subpoblaciones los resultados son: Lima ciudad T = 89,4 % y G = 10,6 %; en Puno T =94,3 % y G = 5,7 %, en Huarochirí-Lima y Calca-Cusco T = 100 %. En general, no existen diferencias para el SNP rs17817449 del gen FTO en las subpoblaciones estudiadas, encontrándose una baja frecuencia de la variante G, asociada a la obesidad y masa grasa, y esto puede tener implicancias en la seguridad nutricional del país. / Tesis

Ingeniero Civil Mecánico / La presencia de una grieta en una estructura, no solo varía las propiedades mecánicas del material, sino que también influye sobre sus características dinámicas. Es por esa razón que el monitoreo de las vibraciones de una estructura es una técnica muy utilizada en ingeniería y permite la detección temprana del daño. Generalmente, la decisión del posicionamiento de sensores de monitoreo, pasa por el juicio y la experiencia del ingeniero a cargo; sin embargo, un error puede provocar que el daño no se detecte. Se han desarrollado variados métodos de optimización de posición de sensores que monitorean el comportamiento dinámico de la estructura. Sin embargo, hasta hoy no existe un procedimiento estándar que optimice la posición y el número de sensores a utilizar, enfocado en la identificación del daño. Se desea desarrollar una metodología para optimizar la posición y número de sensores de monitoreo dinámico en una estructura tipo viga, utilizando algoritmos genéticos paralelos. En particular, se desea encontrar la configuración óptima de sensores cuando se monitorean las frecuencias de anti-resonancia de la estructura. El algoritmo genético es un método de optimización basado en la teoría de la evolución de Darwin, el que ha cobrado una alta popularidad en todo el mundo durante los últimos años, debido a su robustez y a su independencia de la función objetivo. Es un algoritmo matemático que transforma un conjunto de objetos matemáticos usando operaciones modeladas de acuerdo al principio Darwiniano de reproducción y supervivencia del más apto. Dentro de estas operaciones genéticas destacan la mutación y la recombinación sexual. Cada uno de estos objetos matemáticos suele ser una cadena de caracteres (letras o números) de longitud fija denominado cromosoma. Cada gen dentro del cromosoma representa una variable a optimizar. La aptitud de cada cromosoma se mide evaluando en la función objetivo. V Para desarrollar esta metodología, primeramente se encontraron las frecuencias de anti-resonancia de la estructura y luego se determinó su sensibilidad al daño. Seguidamente, se define una función objetivo que relacione la información al daño y la ubicación de los sensores. Esta función es optimizada a través de la programación de algoritmos genéticos paralelos. Finalmente, se realiza una verificación experimental de la metodología creada, utilizando un algoritmo de detección de daño disponible y datos experimentales. Para la programación en elementos finitos y algoritmos genéticos, se utiliza el software MatLab y su extensión GAOT. Para la verificación experimental, se trabajará en el laboratorio de sólidos Mecesup ubicado en la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile. Este trabajo es parte del proyecto Fondecyt de iniciación Nº 11110446 desarrollado por la Dra. en Ingeniería Viviana Meruane, Profesora Guía de este Trabajo de Título.

Con la finalidad de contribuir a los programas de mejoramiento genético para camélidos sudamericanos, se buscó determinar la variabilidad genética y el nivel de endogamia de dos rebaños de reproducción de alpacas (Vicugna pacos) huacayas blancas de reciente formación, pertenecientes al Centro Piloto de Mejoramiento Genético Munay Paqocha y el Fundo Itita, de la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas y Llamas (SPAR)-Puno; así como realizar su genotipificación e identificación de marcadores STR útiles para la determinación de pruebas de paternidad y parentesco. Se evaluaron 10 marcadores STR a partir de sangre y folículos pilosos de 183 individuos colectados al azar. El total de la población presentó un alto nivel de variabilidad alélica, y alelos exclusivos entre poblaciones con frecuencias menores al 1,5%, en los loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 y YWLL08. En este estudio se propone el uso de tres marcadores adicionales, VOLP92, LCA94, LCA90, para los análisis de variabilidad genética en alpacas. Los valores de FIS (0,016), y FST (0,003) reflejaron bajo niveles de endogamia. El rebaño del Fundo Itita presentó una mayor Ho (0,858) respecto a la He (0,848), mientras que por el contrario el rebaño del Centro Munay Paqocha presentó un menor valor de la Ho (0,815) respecto a la He (0,848), con una tendencia al déficit de heterocigotos. Los 10 marcadores presentaron una probabilidad de exclusión de parentesco adecuada, con un valor superior al 99,9%, cuando se conoce el genotipo de ambos padres, y un poder de discriminación mayor a 0,90. Además, se alcanzó un valor PEC de 0,999 considerando solo los marcadores YWLL08, YWLL44, LCA37, YWLL36, LCA8; siendo YWLL08 el de mayor valor (0,885). La prueba de filiación permitió detectar mayores errores de asignación de maternidad (13,04%) y paternidad (30,4%) en el rebaño del Fundo Itita, respecto al Munay Paqocha con errores de designación de maternidad de 7,69% y de paternidad de 17,95%, concluyendo que este centro posee un mejor registro de empadres. Palabras clave: STR, camélidos sudamericanos, heterocigosidad, coeficiente de endogamia, probabilidad de exclusión

Bartonella bacilliformis, agente causal de la Enfermedad de Carrión transmitida por insectos flebotominos del género Lutzomyia y otros, es una endemia ancestral que afecta especialmente a la población más pobre de nuestros valles interandinos. En el Perú está presente en 12 de 25 departamentos. Es endémica en Ancash, Cajamarca, Amazonas, Cusco, La Libertad y Piura. Pocas son las investigaciones acerca de la susceptibilidad in vitro a antimicrobianos de Bartonella bacilliformis, no se cuenta con una prueba estandarizada de antibiograma para esta bacteria, como tampoco se conocen los mecanismos de resistencia ni las secuencias de los genes asociados a dicha resistencia. Por consiguiente, se ha planteado evaluar la resistencia antimicrobiana in vitro de cepas de Bartonella bacilliformis aisladas de zonas endémicas, mediante métodos convencionales y métodos moleculares, con la finalidad de conocer la resistencia a drogas de las cepas circulantes en las zonas endémicas. En el presente trabajo se obtuvieron muestras sanguíneas de 47 pacientes procedentes de Piura, Cusco y Ancash las cuales se sembraron en placas de agar sangre e incubaron a 30°C con 5% CO2. Se ha estandarizado un método de difusión por disco (para el antibiograma) y la prueba de Épsilon (para determinar la concentración mínima inhibitoria) para el estudio in vitro de la susceptibilidad antimicrobiana de B. bacilliformis, empleando los aislados clínicos y una cepa del Instituto Pasteur de Francia. Luego se procedió a extraer el DNA genómico, amplificar los genes mencionados, secuenciarlos y analizarlos mediante herramientas bioinformáticas. Se obtuvieron 3 cultivos positivos. Las cepas fueron sensibles a la ciprofloxacina, gentamicina, rifampicina, eritromicina, cloranfenicol, ceftriaxona y amoxicilina y resistentes al ácido nalidíxico. Del análisis de las secuencias aminoacídicas de las proteínas de GyrA, GyrB, ParC y ParE de B. bacilliformis, asociados a la resistencia de las quinolonas (ciprofloxacina, ácido nalidíxico) se concluye que presentan diferencias aminoacídicas de Ser por Ala, en comparación con las secuencias de las proteínas respectivas de E. coli K12 MG1655. Esta diferencia probablemente confiera resistencia al ácido nalidíxico pero no a la ciprofloxacina en B. bacilliformis. Se determinó que las QRDR de las proteínas GyrA, GyrB, ParC y ParE de B. bacilliformis están comprendidas entre los aminoácidos 74 a 124, 428 a 426, 67 a 118, y 473 a 530, respectivamente. Para el antibiótico rifampicina se determinó la RRDR en el gen rpoB comprendida entre los aminoácidos 521 a 547, y para el gen rplD de la proteína L4 relacionado con resistencia a eritromicina reportamos la ERDR nunca antes mencionado y comprende los aminoácidos 60 a 79, siendo el primer reporte para este gen en Bartonella bacilliformis. Finalmente en el modelamiento de las estructuras terciarias de las regiones determinantes de resistencia se apreciaron cambios en las posiciones de Ser por Ala, y estos cambios permiten una débil interacción con la droga. Al evaluar los perfiles de hidrofobicidad de los aminoácidos pertenecientes a la región determinante de resistencia, nos permitió inferir que los cambios de aminoácidos con propiedades diferentes como Ser por Ala contribuyen a la resistencia.

La papa, es el cultivo no cereal más importante del mundo con una producción mundial que ha alcanzado los 329 millones de toneladas anuales. A pesar de la enorme importancia de este cultivo, aún se desconocen aspectos sobre la genética de muchas de sus características cualitativas y cuantitativas. El mapa UHD (> 10 000 AFLPs) de Solanum tuberosum, ha sido una herramienta de gran utilidad para el proyecto de secuenciamiento del genoma de la papa, que se enfocó inicialmente en el individuo RH89-039-16. Sin embargo, debido a su heterocigocidad se optó por una línea doble monohaploide de la especie S. phureja (DM1-3516R44), para lo cual fue necesario la construcción de novo de un mapa genético. Con la finalidad de identificar cambios en la estructura genómica de estos dos individuos, se analizaron 74 marcadores microsatélites cartografiados previamente en DM1-3516R44, lográndose integrar 62 loci microsatélite en el mapa UHD de RH89-039-16. La comparación de los mapas genéticos de RH89-039-16 y DM1-3516R44 reveló la existencia de colinealidad en grandes fragmentos de los cromosomas II, V y VI, mientras que los cromosomas I, IV, X y XII presentan diferencias en cuanto al contenido de ciertos marcadores. Los cromosomas VII y IX muestran la presencia de rearreglos cromosómicos que podrían ser inversiones o translocaciones, además la presencia de loci duplicados en los cromosomas VIII, I y II, indicaría la ocurrencia de eventos de duplicación intra e intercromosómica. Sin embargo para verificar tales cambios es necesario cartografiar más microsatélites y saturar la zona cromosómica de interés. -- Palabras clave: Papa, marcador molecular, microsatélite, cartografía genética, mapa UHD, colinealidad. / -- Potato is the most important non-grain food crop in the world, with production in 2009 reaching 330 million tons. Despite the importance of the potato in the world, the genetics of many important qualitative and quantitative agronomic traits are poorly understood. The UHD map (>10 000 AFLP markers) of Solanum tuberosum, was a great tool for the Potato Genome Sequencing Project (clon RH89-039-16). However due to the high heterozygosity of RH89-039-16, it was decided to sequence the S.phureja doubled monoploid clone, DM1-3 516R44, for which it was necessary the de novo construction of a genetic map. Microsatellites markers mapped in DM was mapped in the UHD map, with two purposes, integrate microsatellites in the UHD map, and identify changes in the chromosomal organization of Solanum tuberosum (RH89-039-16) and Solanum phureja (DM1-3516R44), by comparison of their genetic maps. The aligment of microsatellites of RH89-039-16 and DM1-3516R44 maps along chromosomes has shown the existence of collinearity in the chromosomes II, V and VI, while the chromosomes I, IV, X and XII has shown differences in content of some markers. The chromosomes VII y IX has shown the presence of chromosomal rearrangements that could be inversions or translocations, further the presence of duplicated loci in chromosomes VIII, I and II might indicate that of intra- and interchromosomal duplications have occurred. However in order to verify these alterations would be necessary mapping more microsatellite markers and saturate the chromosomal region of interest. -- Key words: potato, molecular marker, microsatellite, genetic mapping, UHD map, collinearity

La merluza peruana Merluccius gayi peruanus es una especie demersal con una gran importancia económica, necesariamente se deben hacer investigaciones de este tipo con la finalidad de conocer mejor al recurso para poder así tener mejores parámetros y facilitar su mejor aprovechamiento. De la merluza peruana, se posee escasa información acerca del componente genético poblacional. Debido a la carencia de esta información, el objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente las poblacionales de Merluccius gayi peruanus (periodo mayo, 2002) usando marcadores nucleares intrónicos: AldoC1 (AldolasaC intron 1), CK7 (Creatin Kinasa intron 7), GH5 (Hormona de Crecimiento intron 5) y Microsatélites (Mmer-hk9b). Las estrategias que se emplearon fueron EPIC-PCR y amplificación cruzada. El análisis estadístico realizado en la presente investigación demostró que las poblaciones estudiadas, de merluza constituyen una sola unidad poblacional. Palabras Claves: Optimización, PCR, marcador microsatélite, marcador EPICs, Merluccius gayi peruanus. / ---Peruvian hake Merluccius gayi peruanus is a demersal species of great economic importance, necessarily must make such research in order to better understand the resource and to have better parameters and facilitate the best use. For the Peruvian hake, it has little information about the population genetic component. Due to the lack of this information, the purpose of this study was to characterize genetically the population of Merluccius gayi peruanus (period May, 2002) using intronic nuclear markers: AldoC1 (AldolasaC intron 1), CK7 (Creatine kinase intron 7), GH5 ( Growth hormone intron 5) and microsatellites (MMER-hk9b). The strategies used were EPIC-PCR and cross-amplification. The statistical analysis in this investigation showed that the populations studied, as a single hake population structure.

Este estudo teve como objetivo estimar parâmetros genéticos do teor de tanino em sorgo granífero em ensaios conduzidos em dois locais (Não Me Toque-RS e Capinópolis-MG). Os tratamentos originaram-se de um esquema de cruzamentos dialéticos parciais. O teor de tanino dos grãos foi estimado através do método da vanilina-HCL. Os teores de tanino, em equivalentes de catequina, variaram de 0,00 a 4,48 e.c. O alto conteúdo de tanino foi dominante sobre o baixo. Houve pronunciada heterose nos cruzamentos, com média de 1,33 e.c. ou de 249,60% em relação à média dos pais. Os componentes que mais contribuíram para a manifestação heterótica foram a heterose média e a heterose do conjunto 1. Verificou-se que o controle genético do tanino no grão diferiu daquele nas partes verdes da planta. Observou-se que a produtividade de grãos não foi influenciada pela presença de tanino. No local1 mediu-se o tanino em diferentes fases de desenvolvimento do grão, a saber: maturidade fisiológica, época da colheita e 30 dias após a colheita. O valor médio mais alto foi obtido na maturidade fisiológica (2, 27, e.c.), reduzindo nos dois estágios subsequentes (1, 53 e 1,27 e.c. respectivamente) / not available

Este trabajo trata sobre la aplicación de dos algoritmos de búsqueda a la selección de individuos óptimos en la población inicial de un algoritmo genético, y la consiguiente comparación entre ambos. El primero de ellos es el algoritmo meta-heurístico GRASP, y el segundo es el algoritmo cuántico de Grover. El algoritmo cuántico de Grover forma parte de una nueva generación en las ciencias de la computación: la computación cuántica. Y por tanto hace uso de conceptos matemáticos y físicos completamente distintos a los usados en la programación clásica. En esta tesis se presenta un análisis general de ambos algoritmos, siendo de especial mención el análisis del algoritmo cuántico de Grover, ya que incluye un modelo matemático del funcionamiento del mismo. Este modelo será de suma importancia para simular la ejecución del algoritmo de Grover en una computadora clásica, dada la carencia de una computadora cuántica sobre la cual realizar esto. Luego, se preparan dos procesos experimentales, los cuales se usarán para realizar la comparación de eficacia y eficiencia entre las ejecuciones de los dos algoritmos. Posteriormente, se presenta el diseño e implementación de los algoritmos, ambos aplicados a la selección de individuos de un algoritmo genético genérico. Una vez ambos algoritmos se encuentren correctamente implementados y funcionales, se ejecutarán las pruebas experimentales que permitan realizar la comparación entre ellos. Finalmente se realizan las conclusiones y observaciones del caso en base a los resultados numéricos obtenidos en la fase experimental. / Tesis

Made available in DSpace on 2019-03-30T00:02:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-08-08 / The Irregular Strip Packing Problem, also known as Nesting Problem, has been studied for several decades and constitutes a special class of cutting and packing problems, whose set of arbitrary shape items must be positioned on a container with variable length. In this thesis, presents a description of its particularities, highlighting the challenges and some industries with related applications, for example, the shipbuilding, clothing and leather. This is explained by literature review. We also consider geometric representations and methods of resolution with distinct strategies, aiming at the recognition of viable opportunities that can be approached in order to find effective solutions. In addition, we propose an approach (µ-BRKGA) composed by a parallel biased random-key genetic algorithm to find compact solutions in viable times. In order to evaluate the solutions, a positioning method based on the collision-free region is applied, forming satisfactory layouts. The entire process is divided into three stages: pre-processing, execution of the algorithm and choosing the best solution. With the purpose of evaluate the proposed (µ-BRKGA) algorithm, computational tests using benchmark problems, commonly used in the literature, were applied and the results obtained were analyzed and compared to other research of notable impact to solve the irregular strip packing problem. Keywords: irregular strip packing problem, genetic algorithms, random keys, collision-free region, no-fit polygon. / O problema de posicionamento de figuras irregulares, também conhecido como Nesting Problem, tem sido estudado por várias décadas e constitui uma classe especial dos problemas de corte e empacotamento, cujo conjunto de itens com formatos arbitrários devem ser posicionados em uma superfície de encaixe com comprimento variável. Nesta tese, apresenta-se uma descrição das suas particularidades, destacando os desafios e algumas indústrias com aplicações relacionadas, por exemplo, a indústria naval, a de confecções e de couro. Isto é explanado por meio de uma revisão da literatura. Consideram-se, ainda, representações geométricas e métodos de resolução com estratégias distintas, objetivando o reconhecimento de oportunidades viáveis que possam ser abordadas de forma a encontrar soluções eficazes. Ademais, propõe-se uma abordagem (µ-BRKGA) composta por um algoritmo genético paralelo de chaves aleatórias tendenciosas para encontrar soluções compactas em tempos viáveis. Com o intuito de avaliar as soluções, aplica-se um método de posicionamento fundamentado na região livre de colisão formando leiautes de encaixes satisfatórios. Todo o processo é divido em três etapas: pré-processamento, execução do algoritmo e escolha da melhor solução. Como forma de verificação da eficiência do µ-BRKGA, submeteu-se a abordagem sobre testes computacionais nas instâncias de referência, comumente utilizadas na literatura, e os resultados obtidos foram analisados e comparados a outras pesquisas de notório impacto para a resolução do problema de posicionamento de figuras irregulares. Palavras-chave: problema de posicionamento de figuras irregulares, algoritmos genéticos, chaves aleatórias, região livre de colisão, polígono de obstrução.