Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-31 / Os genes virais podem ter origens celulares ou não. Eles podem ter sido reunidos durante a evolução, sendo que cada um pode corresponder a uma origem distinta. A similaridade entre sequências genéticas sugerem homologia e, portanto, um parentesco evolutivo. O presente estudo tem como objetivo identificar regiões de similaridade, com suporte estatístico confiável, entre o genoma do HIV-1 e o genoma humano a partir da análise comparativa entre sequências de DNA, por meio do programa BLAST. Também é de nosso interesse desenvolver uma metodologia que permita comparar sequências genéticas de diversos organismos, de forma que a similaridade possa ser quantificada. Para realizar as comparações entre as sequências genéticas, é utilizada a ferramenta BLASTn (versão 2.2.20) e um banco de dados local composto pelos cromossomos humanos. Python (versão 5.1.30) é utilizada para o processamento das sequências, e a análise dos dados é feita utilizando a linguagem estruturada de consulta SQL (Structured Query Language). O genoma humano é comparado com: sequências dos genes do HIV-1, sequências de genes do vírus do mosaico do tabaco (controle negativo biológico), trechos de cromossomos da Macaca mulatta (controle positivo biológico) e sequências aleatórias (controle negativo não biológico). O presente estudo demonstra diferenças entre os genes do HIV-1 e a região LTR. Alguns genes demonstram maior similaridade com o genoma humano do que outros, de acordo com a análise da curva do fitting. Ao verificar a curva obtida a partir de E-values muito baixos, observa-se que todos os genes do HIV-1 apresentam curva não linear do tipo y = a0 . xa1, onde a0 e a1 são parâmetros obtidos a partir de ajuste numérico. O método é validado utilizando dados do genoma da Macaca mulatta, pelo qual é observada alta similaridade com o genoma humano. A partir desta validação é possível construir três diferentes grupos de genes do HIV-1 de acordo com o valor de a1, onde: os genes env, gag, nef, pol, rev, tat e vif apresentam valores de a1 idênticos, o gene vpr um valor mais baixo e o gene vpu um valor bem mais alto. / It is possible that viral genes have cellular origins. They may have been gathered during evolution, and each one may correspond to a distinct origin. The similarity between genetic sequences suggest homology and, therefore, an evolutive relationship. The present study aimed at identifying region with similarity, with significant statistic support, between the human and the HIV-1 genome through the comparative analysis between DNA sequences using the BLAST program. It is also our purpose to develop a methodology which allows the comparison between genetic sequences of diverse organisms, quantifying the similarity. Thus, to carry it through, we use the BLASTn software (2.2.20 version) and a local database of human chromosomes. Python (5.1.30 version) is used for sequence processing and the data analysis is made using the SQL (Structured Query Language). The human genome is compared to sequences from: HIV-1 genes, Tobbaco Mosaic Virus genes (negative non-biologic control), chromosomes motifs of Macaca mulatta (positive biologic control) and random sequences (negative non-biologic control). We find differences between all the HIV-1 genes and the LTR region. Some genes show more similarity with the human genome than others, according to the curve fitting analysis. When analyzing the curve obtained at very low E-values, it is observed that all HIV-1 genes are well represented by a non-linear curve fitting y = a0 . xa1 where a0 and a1 are parameters obtained numerically. As a result, the method is validated using the data from the genome of Macaca mulatta for which a high level of similarity with the human genome is observed. Based on this validation, it is possible to form three distinct groups of genes from HIV-1 according to the a1 value where: the env, gag, nef, pol, rev, tat and vif genes have identical a1 values; the vpr gene a very low a1 value; and the vpu a a1 higher value. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / No autorizada por el autor para ser publicada a texto completo / El tema de la patentabilidad de los descubrimientos genéticos plantea discusiones en aspectos de variada índole, algunos de los cuales están tratados en este trabajo, pero sin que se vislumbre hasta ahora cuál será la solución definitiva, debido a los intereses divergentes que inspiran a cada uno de los participantes de este debate. El desafío de conciliar las distintas posiciones queda a cargo del derecho, el que a través de una legislación clara, que ofrezca una solución justa, deberá cumplir con su función primaria de ordenar la convivencia del hombre en sociedad.

Memoria para optar al Título de Periodista / La ciencia y la tecnología han seguido avanzando vertiginosamente entre fines del siglo XX e inicios del siglo XXI. Frente al cúmulo de información, muchas veces compleja que se avecina, es fundamental reparar en la labor social de la prensa que debe mantener a la sociedad informada adecuadamente sobre las implicancias de las investigaciones que se llevan a cabo, tanto en Chile como en el extranjero, y que tendrán efectos directos para las personas en un futuro no muy lejano. La escasa cultura científica de la mayoría viene conformada por la insuficiente, parcial y sesgada información que suministran los medios, en particular la televisión. En la prensa casi nunca intervienen dos científicos con puntos de vista contrapuestos, y suele manejarse una única fuente. No se propician debates de calidad y mínimamente informados, y a menudo se explota el sensacionalismo y el alarmismo como recurso para captar audiencia. Una percepción distorsionada de los problemas que plantea el desarrollo científico-tecnológico puede llevar a actitudes irracionales ante la investigación en diversas áreas de conocimiento y a posicionamientos políticos muy influidos por esta percepción social negativa de riesgos. Estas razones motivaron el desarrollo de este reportaje de investigación que tiene como tema central el Proyecto Genoma Humano y sus implicancias médicas, sociales y éticas. Se trata de una investigación que además de informar pretende, de alguna manera, reivindicar al periodismo científico en medio de un entorno “farandulizado” en extremo. Para lograr un entendimiento global de los temas científicos es necesario partir por una definición clara y sencilla del problema. En este caso el primer capítulo abordará la interrogante respecto a qué es el Proyecto Genoma Humano (PGH) y todos los elementos que lo rodean, utilizando un lenguaje cercano y de fácil comprensión que ponga al lector en una posición cómoda y no confusa. Los datos teóricos entregan una base para seguir adelante con el segundo capítulo que trata las aplicaciones que tendrán los conocimientos derivados de la investigación desarrollada en torno al Proyecto Genoma Humano. El interés de quien lee aumentará si logra sentir la cercanía de los descubrimientos: saber que las enfermedades que ahora no tienen cura, quizás podrán tenerla o que será posible fabricar medicamentos específicos para cada persona. Las alternativas que se abren son muchas, pero si no existe un manejo adecuado de la información, se puede prestar para abusos y prácticas discriminativas. Es por eso que el tercer capítulo se hace cargo de una reflexión sobre los aspectos éticos que implica el Proyecto Genoma Humano. La posibilidad de alterar, manipular o modificar la carga genética de los individuos precisa de una reflexión profunda sobre el significado de estas posibilidades. Según Muin J. Khoury , abunda el entusiasmo por el progreso logrado en el Proyecto Genoma Humano tanto en la comunidad científica y de investigación como en la médica. Sin embargo, también abunda la confusión, mientras unos se preocupan por los aspectos sociales y éticos que rodean la genética, otros consideran que está ocurriendo una revolución en el campo de la medicina, una revolución que dará paso a una nueva era en la prevención y el tratamiento de enfermedades.

Doctora en Ciencias de la Ingeniería, Mención Química / Los vectores virales son un sistema de transferencia génica muy efectivo. Es por esto su amplio uso para terapia génica. Dentro del desarrollo de una terapia génica un punto muy importante a considerar es la producción y purificación de los vectores virales que transportarán dicha terapia. Su producción y purificación debe ser escalable para lograr su uso en las distintas fases de los ensayos clínicos y su posterior comercialización. El presente estudio aborda distintas etapas de la producción y purificación de vectores virales adenovirus y adenoasociados, centrándose en su uso para una terapia génica contra el alcoholismo. Se realizó la purificación de los vectores adenovirales rAd5V que contenían la secuencia de ARN antisentido de la enzima ALDH2, y se desarrolló un pre-diseño de la purificación como base para la producción de estos vectores a mayor escala para ensayos pre-clínicos. Se pudo concluir que la columna CIM QA1 tiene rendimientos tan buenos como la columna Q-Sepharose, la que ha sido muy usada para esta aplicación. Sin embargo, la columna CIM QA1 puede usar flujos hasta 10 veces mayores que la columna Q-Sepharose XL, manteniendo su rendimiento. Esto implica en una reducción del tiempo de la purificación en forma considerable. Además, se desarrolló la producción y purificación de un vector alternativo para la terapia contra el alcoholismo, el vector usado fue el vector viral Adenoasociado AAV para sus serotipos 2 y 8. Se realizó la producción de los vectores AAV2 y AAV8 y su purificación se realizó usando la columna monolítica CIM QA-1.Se pudo determinar la capacidad de la columna para cada uno de los serotipos de AAV, con una capacidad de 5,2x108 vg/ml para AAV2 y 1,8x1010vg/ml para AAV8. También se desarrolló un método simplificado para la producción de vectores AAV. El nuevo método simplificado utiliza una doble transfección en una línea celular recombinante de HEK293F, la que puede ser específica para cada terapia génica. Para este estudio, se desarrolló un prototipo del nuevo método utilizando el gen de la proteína GFP como gen de interés. Se logró desarrollar una línea celular HEK293F recombinante. Se logró producir vectores AAV2 y AAV8 con el nuevo método de doble transfección. Sin embargo, la producción fue 40 y 24 veces menor para AAV2 y AAV8 que el método convencional. A pesar que la visualización con TEM no entregó señales claras de problemas en la cápside, los vectores producidos con el nuevo método no fueron infectivos. Esto puede ser por una mala encapsidación de los vectores virales en el momento de la producción. Además, es necesario optimizar el método de producción con la proporción correcta de los tres elementos esenciales para la producción de AAV (ITR-Gen, Rep/Cap y genes ayudantes).

Doctor en Ciencias de la Ingeniería, Mención Ingeniería Química y Biotecnología / El alcoholismo es un grave problema socio-económico. El costo asociado al abuso del alcohol se ha estimado en 1.300 millones de dólares para la economía chilena y en 185 billones para Estados Unidos, costo que se debe principalmente a la perdida de la productividad, tratamientos médicos y costos sociales. El etanol es metabolizado en el hígado en dos pasos. El primero depende de la enzima Alcohol deshidrogenasa (ADH) y el segundo de la enzima Aldehído deshidrogenasa (ALDH2). En individuos de la población asiática existe una alta prevalencia de una mutación en el gen de la ALDH2, por lo que tienen una capacidad reducida para metabolizar el acetaldehído, produciendo fuertes efectos como mareos, hipotensión, palpitaciones, etc. Esto resulta en un rechazo al consumo de etanol y protección frente al alcoholismo. Este fenómeno sugiere que la modulación de la expresión de la ALDH2 mediante tecnologías genéticas puede resultar en un fenotipo similar. Por lo tanto, la terapia génica se presenta como una alternativa atractiva para el tratamiento del alcoholismo, simulando el fenotipo asiático, mediante la inhibición específica de la enzima ALDH2, utilizando vectores virales codificantes de un shRNA como herramienta silenciadora. Los virus adeno-asociados (AAV) han sido utilizados como poderosas herramientas para la transferencia de genes en estudios in vivo, en modelos animales y en ensayos clínicos en humanos, con resultados prometedores. La única terapia génica aprobada en el mundo occidental para comercialización es Glybera y está formulada con vectores AAV. En este trabajo se utilizaron vectores scAAV2 que codifican un ALDH2 shRNA, para silenciar la expresión del gen de ALDH2 en líneas celulares humanas. Las líneas celulares HEK-293 y HepG2 se infectaron con el virus scAAV2/shRNA resultando en una reducción de la expresión de ALDH2 a nivel de RNA y proteínas en las dos concentraciones virales probadas (1x104 y 1x105 vg/cel) cada una probada en dos periodos de tiempos. En ambas líneas celulares los niveles de RNA de ALDH2 se redujeron en un 90% y la expresión a nivel proteico se inhibió en un 90% y 52% respectivamente, cinco días después de la infección. Las células HepG2 VL17A (ADH+) tratadas y expuestas a etanol mostraron un aumento de hasta el 50% en los niveles de acetaldehído. Estos resultados sugieren que la terapia génica puede ser una herramienta útil para el tratamiento del alcoholismo, a través del silenciamiento de la expresión de ALDH2 utilizando tecnología shRNA entregada las células por vectores AAV.

En la actualidad, la humanidad se ve enfrentada a dilemas que plantea el avance científico, tecnológico, biomédico, que afectan de cierta manera los derechos del hombre, el ordenamiento jurídico y la concepción ética de la vida. En el ámbito de los derechos humanos, la posible clonación humana significaría una violación de los dos principios fundamentales en los que se basan todos los derechos del hombre: el principio de igualdad entre los seres humanos y el principio de no discriminación El reciente descubrimiento del Genoma Humano y la posibilidad de la Clonación nos lleva a la discusión a estar o no de acuerdo con estas prácticas, la razón del rechazo radica en la negación de la dignidad de la persona sujeta a clonación y en la negación misma de la dignidad de la procreación humana. La investigación científica en beneficio del hombre representa una esperanza para la humanidad, encomendada al genio y al trabajo de los científicos, cuando tiende a buscar remedio a las enfermedades, aliviar el sufrimiento, para hacer que la ciencia biomédica mantenga y refuerce su vínculo con el verdadero bien del hombre y de la sociedad. Existen dos posiciones o formas de clonación que se enfrentan una a la otra, por un lado están aquellas que tienen fines terapéuticos y las otras que el objetivo es crear seres genéticamente idénticos. Por lo que clonación es un procedimiento técnico, producto de avanzadas técnicas de Ingeniería Genética, mediante el cual se obtiene un nuevo individuo a partir de una célula extraída de otro individuo ya existente e introducida en un óvulo previamente enucleizado, de modo que los clonados son idénticos al original. Al presenciar el avance científico de la clonación, el objetivo principal será regular la misma a fin de que esta se realice con el propósito de utilizar para el beneficio de la salud en la humanidad y porque no hacerlo si en estos casos de manipulación genética de embriones de humanos, en las investigaciones se emplean embriones desechados en tratamientos de fertilización in vitro. En cuanto a la Regulación de la Clonación podríamos indicar que todos los países están en contra de la clonación reproductiva por diversos aspectos éticos, jurídicos, morales, fuera de éste ámbito se esta comenzando a hablar de lo que es la clonación terapéutica, aquella destinada a curar enfermedades, los embriones antes del estadio pre – implantatorio no son personas ni hay vida humana, y que a todos los efectos jurídicos se le aplican las disposiciones aplicables a las cosas. Asimismo, las declararía cosas fuera del comercio

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-11-19T12:07:48Z No. of bitstreams: 1 2012_CarlosFernandoRochaPimentel.pdf: 4136753 bytes, checksum: 3e1660d2869e3ec5c9235fa6a84074b5 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-11-21T14:25:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_CarlosFernandoRochaPimentel.pdf: 4136753 bytes, checksum: 3e1660d2869e3ec5c9235fa6a84074b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-21T14:25:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_CarlosFernandoRochaPimentel.pdf: 4136753 bytes, checksum: 3e1660d2869e3ec5c9235fa6a84074b5 (MD5) / Este estudo é parte de linha de pesquisa do Laboratório Multidisciplinar de Pesquisa em Doença de Chagas, na Faculdade de Medicina da Universidade de Brasília, que visa ao mapeamento das integrações de sequências de minicírculos de DNA mitocondrial (kDNA) de Trypanosoma cruzi em famílias de residentes em diferentes ecossistemas brasileiros. Nesta dissertação foram analisados sêmens de 53 adultos de dois municípios do Estado do Pará. O trabalho foi conduzido para identificar e caracterizar os sítios de integração das mutações de kDNA em células do sêmem e determinar a de presença do DNA nuclear (nDNA) do T. cruzi em adultos na idade reprodutiva. Foram analisadas amostras de DNA do sêmen de 53 homens. Os testes PCR mostraram que em 44 amostras (83%) havia nDNA. Em mais quatro amostras (48/53) os testes PCR revelaram amplicons de kDNA parasita. Estes quatro últimos sugerem que as sequências de minicírculos poderiam estar integradas ao genoma de pessoas sem a infecção ativa pelo T. cruzi. Então, a técnica tpTAIL-PCR foi usada para caracterizar as mutações de kDNA nos cromossomos das células analisadas. Foram encontradas 142 mutações no genoma de 38 indivíduos (72%) do estudo. Essas mutações foram localizadas (56,6%) em LINE-1 dispersos nos genomas. Ademais, verificou-se que 32,5% dessas mutações achavam-se no locus AL7313741.4 de LINE-1, no cromossomo X. Apenas nove eventos de integração de kDNA ocorreram em regiões codificadoras do genoma. Entre essas, encontram-se mutações em genes de quinases, receptor olfatório e em outros sítios não determinados. Em 24 casos (16,8%) o kDNA ligado ao LINE-1 estava acompanhado de fragmento de sequência de DNA retroviral, sugerindo recombinação e “hitchhiking’’. De grande interesse, os resultados sugerem a possibilidade de transmissão da infecção por 83% dos homens que tem o nDNA do T. cruzi no sêmen e, assim, a reprodução sexuada pode contribuir para transferência e herança das mutações de kDNA nas progênies das famílias do estudo. / This study stems for a research line that has been carried on the Chagas Disease Multidisciplinary Research Laboratory at the Faculty of Medicine, University of Brasilia, which aims at the mapping of the integrations of the mithocondrial minicircle sequences (kDNA) from Trypanosoma cruzi in members of familes living in different Brazilian ecosystems. Herein, we analysed samples of semen from 53 men from two counties at the State of Pará, Brazil. The research was conducted aiming at the identification and characterization of kDNA mutation hotspots in semen cells, so as to determine the rate of presence of the parasite nuclear DNA (nDNA) in adults at reproductive age. A total of 53 semen samples DNA were analysed. The PCR exams showed nDNA in 44 samples (83%), and further four samples (48/53) yielded kDNA amplicons. These results suggest that sequences of kDNA minicircles can integrate into the human genome in the absence of an active T. cruzi infection. Then, we used the tpTAIL-PCR technique to characterize the kDNA mutations on chromosomes of analyzed cells. A minimum of 142 mutations were disclosed in the genome of 38 family members (72%). These mutations were localized in LINE-1 (56.6%) disperse all through the genome. However, it was observed that 32.5% of such mutations were present in the locus AL7313741.4 of LINE-1, a chromosome X. Nine mutation events were found in coding regions of the genome. Among these, there were mutations in protein-kinase, and in the olfactory genes, and, also in undetermined sites. Further 24 mutations (16.8%) showed the kDNA covalently linked to LINE-1, and these chimeras were attached to fragments of retroviral DNA sequences, thus suggesting recombination and hitchhiking. Of great interest, the results suggest the possibility of transmission of the infections from 83% of men showing the DNA from T. cruzi in the semen, and, therefore, sexual reproduction may contribute to lateral transfer and inheritance of kDNA mutations in the progeny of the study families.

el genoma no cabe duda es el tema del presente siglo que iniciamos; en ese sentido, advertimos la presencia de un abanico de posibilidades, para el tratamiento y cura muchas enfermedades, que vienen diezmando apocalípticamente a nuestras sociedades,y la ciencia solo ha visto con resignación estoica, sin poder resolver de modo efectivo estos problemas. La construcción del mapa del genoma humano, de seguro habrá que traer resultados satisfactorios para que todas las enfermedades de origen genetico merezcan una pronta curación, en la misma forma se ha de pensar que las conductas criminógenas preexistentes también se harán reversibles. Dentro del enfoque jurídico conceptual, se propone las prohibiciones para la manipulación genética, cuando solo pretenda satisfacer curiosidades científicas que tengan un fin de experimentar técnicas científicas, sin una orientación específica que persiga un beneficio en provecho de las mayorías.

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Made available in DSpace on 2019-03-29T23:34:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-31 / Advances in biological research, especially in genetics, have a direct influence on medicine. The development of these surveys, especially those under the Human Genome Project, allows man can not only cure or prevent diseases through curative and preventive medicines, but also predict the disease, creating a predictive medicine, which generates information that may be used positively or negatively, with important repercussions in the legal universe. This study, entitled "Discrimination on grounds genetic" examines the consequences of using the so-called predictive medicine, having been developed through a literature review, aiming to identify the rights that may be effected by applying positive knowledge of human genetic data and rights that may be injured due to poor enforcement, seeking legal alternatives within the current legal system. Keywords: Genetic Discrimination, the Human Genome Project; Predictive Medicine; Biological determinism; Privacy genetics; Eugenia. / Os avanços das pesquisas biológicas, em especial da genética, têm influência direta na medicina. O desenvolvimento dessas pesquisas, principalmente as desenvolvidas no âmbito do Projeto Genoma Humano, permite que o homem possa não apenas curar ou prevenir doenças através das medicinas curativa e preventiva, mas também prever as doenças, criando a medicina preditiva, que gera informações que podem ser utilizadas de forma positiva ou negativa, com importantes repercussões no campo jurídico. O presente trabalho, intitulado O Papel dos Direitos de Personalidade no combate à Discriminação por Motivos Genéticos analisa as consequências da utilização da chamada medicina preditiva, tendo sido desenvolvido através de pesquisa bibliográfica, tendo como objetivos identificar os direitos que possam ser efetivados através da aplicação positiva do conhecimento dos dados genéticos humanos e os direitos que possam ser feridos em decorrência de sua má aplicação, buscando alternativas jurídicas dentro do ordenamento jurídico vigente. Palavras - chave: Discriminação genética; Projeto Genoma Humano; Medicina preditiva; Determinismo biológico; Privacidade genética; Eugenia.