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Coronavírus bovino (BCoV): ocorrência, diversidade molecular e padronização de PCR para diagnóstico a partir de amostras fecais de bezerros com e sem diarréia criados em municípios dos Estados de São Paulo e Minas Gerais, Brasil / Bovine coronavirus (BCoV): occurrence, molecular diversity and standardization of a PCR to diagnosis using stool samples of calves with and without diarrhea from municipalities of São Paulo and Minas Gerais States, Brazil

Paulo Eduardo Brandão 13 February 2004 (has links)
O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando diarréia em bezerros neonatos, processos respiratórios em bezerros não neonatos e disenteria em vacas adultas. No presente estudo, 203 amostras fecais de bezerros de 19 propriedades leiteiras nos Estados de São Paulo e Minas Gerais foram submetidas à prova de hemaglutinação/ inibição da hemaglutinação (HA/HI) para a detecção de coronavírus e a uma reação de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente dos coronavírus (PCR pol), sendo feita a comparação entre as duas técnicas através dos testes Kappa e J de Youden. Amostras positivas à PCR pol foram submetidas a uma reação de PCR para amplificação de um segmento de 488 pares de bases correspondentes à região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S, sendo os fragmentos submetidos a seqüenciamento de DNA para a reconstrução genealógica das amostras estudadas. Ainda, a presença de rotavírus foi pesquisada pela técnica de PAGE. Segundo a técnica de HA/ HI, 35,47% das amostras e 73,68% das propriedades rurais forma positivas para BCoV, enquanto que pela PCR pol 25,12% das amostras e 52,63% das propriedades rurais foram positivas para este vírus. A comparação entre as duas técnicas resultou valores de kappa de -0,048 para os resultados individuais e -0,08 em relação às propriedades rurais e J de Youden de -0,045 para os resultados individuais e -0,1 em relação às propriedades rurais, demonstrando baixa concordância entre as duas provas. A genealogia obtida por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico e baseada em seqüências da região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S de 15 amostras de campo aqui estudadas, da amostra Kakegawa de coronavírus bovino utilizada como controle positivo e de 10 seqüências recuperadas dos GenBank revelou a existência de dois genotipos dentro desta espécie viral, sendo os dois genotipos encontrados entre amostras brasileiras. A identidade média de nucleotídeos entre as 15 amostras brasileiras foi de 98,34%, com similaridade média de aminoácidos de 98%. Amostras pertencentes ao genotipo 2 apresentaram uma deleção de 18 nucleotídeos/ 6 aminoácidos dentro da região correspondente ao domínio II da proteína S. A árvore de máxima parcimônia enraizada tendo bredavírus como grupo externo revelou que esta deleção ocorreu em um único momento na genealogia dos coronavírus bovinos. Rotavírus foi encontrado em 12,6% das amostras fecais individuais e 28, 57% das propriedades rurais pesquisadas. Estes resultados são os primeiros baseados em amostras brasileiras de coronavírus bovino e contribuem para a caracterização molecular do BCoV, para a predição da eficiência de imunógenos e para o encontro de marcadores moleculares úteis para estudos epidemiológicos continuados em relação às diarréias neonatais em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) belongs to group 2 of the genus Coronavirus from the order Nidovirales, family Coronaviridae and causes diarrhea in newborn calves, respiratory diseases in non-newborn calves and dysentery in cows. In the present study, 203 stool samples of calves from 19 dairy farms from São Paulo and Minas Gerais States were submitted to hemagglutination/ hemagglutination inhibition test (HA/HI) to bovine coronavirus detection and a PCR assay targeted to the RNA-polymerase RNA-dependent gene of coronaviruses (PCR pol), the comparison between the two tests carried out with Kappa and Youden´s J tests. Samples positive to PCR pol were submitted to a PCR assay that amplifies a 488 base-pair fragment which corresponds to the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein; the amplified fragments were submitted to DNA sequencing aiming the genealogic reconstruction of the studied samples. Rotavirus was surveyed with the PAGE test. The HA/ HI test resulted 35.47% of samples and 73.68% of farms positive to BCoV, while, according to PCR pol, 25.12% of the samples and 52.63% of the farms were positive to this virus. The comparison between the two tests produced a kappa value of -0.048 to individual results and -0.08 to the farms and Youden´s J value of -0.045 to individual results and -0.1 to the farms, showing low agreement between the two tests. Maximum parsimony genealogy with an heuristic algorithm based on sequences of the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein from 15 field samples here studied, from the Kakegawa bovine coronavirus strain used as positive control and from 10 sequences retrieved from GenBank showed the existence of two genotypes in this viral species. Mean nucleotide identity between the 15 Brazilian samples was 98.34%, with mean amino acid similarity of 98%. Samples from genotype 2 showed a deletion of 18 nucleotides/ 6 amino acids inside the domain II region of the S protein. Rooted maximum parsimony tree with bredavirus as an outgroup revealed that this deletion has happened only once in bovine coronavirus genealogy. Rotavirus was found in 12.6 % of stool samples and 28.57% of the surveyed farms. These are the first results based on Brazilian strains of bovine coronavirus and contribute to molecular characterization of BCoV, to the prediction of the efficiency of immunogens and to the finding of molecular markers useful to continued epidemiologic surveys on newborn bovine diarrhea.
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Determinación del mapa epidemiológico de la infección por virus del papiloma humano en mujeres usuarias de los servicios sanitarios del Departamento de Salud de Torrevieja

Orviz Suarez, María Teresa 30 October 2020 (has links)
Introducción: el virus del papiloma humanos (VPH) representa una de las infecciones de transmisión sexual más comunes en la población. La infección persistente por el VPH, sobre todo los genotipos 16 y 18 es el factor de riesgo persistente para desarrollar un cáncer de cérvix por lo que resulta importante su detención precoz. Objetivo: nuestro objetivo principal ha sido conocer la prevalencia de los diferentes genotipos en las mujeres residentes en el departamento de salud de Torrevieja. Y conocer si la distribución es diferente en las distintas nacionalidades residentes en el departamento de salud. Material y método: Se trata de un estudio observacional, transversal y retrospectivo incluyendo a la población femenina mayores de 18 años, residentes en el departamento de salud de Torrevieja y usuarias de los servicios de sanidad pública. Para ello, se recogieron los resultados de las citologías con determinación de VPH de estas mujeres en el periodo entre el 2007 y 2015, realizando la técnica de PCR (CLART Papiloma humano 2) que detecta hasta 35 genotipos, 20 de alto riesgo y 15 de bajo riesgo. Resultados: La población a estudio fue de 15,709 mujeres con una media de edad de 45, 1, y 10, 2 años. Resultaron positivas un total de 3.572 (22,7 %) mujeres. Los genotipos más frecuentes encontrados fueron VPH16 con el 5,3%, seguido del VPH53 con el 3,1 % el VPH31, VPH51 y VPH66 con el 2,6%. Según los países de nacimiento de las mujeres existe una variación hasta de un 10% entre ellas, desde 18,6% de las pacientes de UK hasta el 29 % de las mujeres nacidas en Rumania. Conclusiones: La tasa de infección por virus del papiloma humano en mujeres residentes y usuarias de los servicios de salud pública del Departamento de Salud de Torrevieja fue del 22,7% que, en comparación con otras zonas de España, representa una tasa significativamente superior. Los genotipos VPH!& y VPH%·, ambos de Alto RIESGO (AR), son los más prevalentes para todos los grupos de edad estudiados. Reducir la infección por VPH en un departamento de prevalencia tan variable, pasa por elaborar estrategias orientadas a un cribado sistemático de los grupos de edad más vulnerables unido a actividades de educación para la salud, especialmente dirigidos a las mujeres extranjeras.
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Detección y caracterización de <i>Escherichia coli</i> O157 de ganado bovino faenado en frigoríficos de la Argentina

Del Castillo, Lourdes Leonor January 2015 (has links)
El principal objetivo fue estimar la prevalencia y caracterizar las <i>E. coli</i> O157 de ganado vacuno faenado en Argentina. Se recolectaron un total de 1622 muestras de heces y carcasas en 9 frigoríficos de exportación. Todas las muestras se sometieron a separación inmunomagnética y las cepas fueron identificadas por PCR múltiple (rfb<SUB>O157</SUB>, stx<SUB>1</SUB>, stx<SUB>2</SUB>). Se aislaron 54 STEC O157 y 48 <i>E. coli</i> O157 toxina Shiga negativas (EC O157 TSN), de las que se establecieron sus características fenotípicas, genotípicas y las variantes stx. La prevalencia promedio de STEC O157 en materia fecal fue de 4,1% y 2,6% en carcasa; mientras que para EC O157 TSN la incidencia fue de 4,7 y 2,6%; respectivamente. No se observaron diferencias significativas por el género o raza de los animales. Los terneros y vaquillonas presentaron mayores porcentajes de prevalencia de STEC O157 en heces (10,5 y 8,5%, respectivamente). Todas las STEC O157 aisladas albergaban los genes stx<SUB>2</SUB>, eae, ehxA, y fliC<SUB>H7</SUB> y sólo el 16,7% presentó el gen stx<SUB>1</SUB>. El genotipo prevalente fue el stx<SUB>2</SUB>/stx<SUB>2c(vh-a)</SUB>, que también es frecuente en los casos de SUH. Mediante XbaI-PFGE se obtuvieron 29 patrones diferentes y 11 clusters. En cinco oportunidades, las cepas de STEC O157 aisladas de las carcasas fueron idénticas a las cepas de materia fecal. También 7 cepas idénticas se aislaron de carcasas muestreadas en dos visitas consecutivas a dos frigoríficos. Cinco perfiles de fago tipo-PFGE-stx fueron coincidentes con perfiles de cepas recuperadas de SUH. Las técnicas de subtipificación molecular mostraron que las cepas EC O157 TSN presentan un origen filogenético diferente a STEC O157. Se cuantificó la resistencia ácida (RA) por 3 mecanismos y se determinó que el sistema Glutamato-dependiente proporciona mejor protección en desafío ácido. Las EC O157 TSN fueron, en promedio, más resistentes que las cepas STEC O157 por los sistemas descarboxilasa dependientes.

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