La céréaliculture occupe une place importante dans l’agriculture mondiale et contribue à la sécurité alimentaire des populations. Pour assurer la production des céréales (orge, blé, avoine), il est nécessaire de lutter contre ses ravageurs, essentiellement les pucerons qui sont capables de transmettre plusieurs virus. L’analyse des génomes des pucerons tels que Rhopalosiphum padi, R. maidis, Sitobion avenae, Schizaphis graminum, de leur évolution et de leur relation avec les plantes hôtes (céréales) pourrait contribuer à la mise en place de moyens de lutte pour contrôler les populations de ces ravageurs. Dans ce contexte, cette étude s’est focalisée sur la recherche des éléments transposables des deux superfamilles Tc1-mariner-IS630 et des piggyBac. Les ETs, considérés comme des moteurs de la plasticité génomique et de l’évolution des espèces, sont utilisés en biotechnologie pour développer des outils de transfert de gènes. Dans un premier temps, nous avons recherché des éléments de la famille mariner, ou apparentés à cette famille, dans les génomes séquencés de trois espèces de pucerons : Acyrthosiphon pisum, Myzus persicae et Diuraphis noxia. Sur la base de similitude de séquences, nous avons pu caractériser 183 éléments répartis en trois clades. Le premier, commun aux trois espèces, correspond au clade de la sous-famille irritans DD34D. Il est subdivisé en trois tribus Macrosiphinimar, Batmar-like elements et Dnomar-like elements. Le deuxième comprend l’élément rosa DD41D qui appartient à une famille phylogénétiquement proche de mariner. Le troisième comprend des séquences avec de longues répétitions terminales inversées et inclut deux tribus DD40-41D. Ces deux derniers clades, plus répandus chez A. pisum, dérivent vraisemblablement d’un ancêtre commun et formeraient une nouvelle famille.Dans un deuxième temps, nous avons exploité les résultats de la recherche in silico pour identifier in vitro des éléments de la sous-famille irritans chez les pucerons des céréales et chez leur plante hôte. Deux types d’éléments délétées (MITEs) ont été identifiés chez les pucerons, l’un commun à toutes les espèces avec un pourcentage d’identité supérieur à 98% (Aphidmar) et l’autre spécifique à S. avenae (Samar2). Par ailleurs, les génomes des céréales (orge, blé, brachypodium, égilope) ont été analysés en utilisant comme requêtes des séquences d’éléments de la sous-famille irritans trouvés chez les aphides. Un seul contig de l’orge cultivar barke comprend un élément tronqué de 320 pb, flanqué par de l’ADN génomique de pucerons. La vérification in vitro de la présence de cette séquence chez plusieurs cultivars d’orge révèle deux types de séquences. Le premier est similaire à celui trouvé in silico chez l’orge, le second correspond à l’élément Samar2 délété de 7 nucléotides au niveau du point de cassure de la délétion initiale. Ceci suggère l’existence d’un transfert horizontal entre pucerons des céréales et l’orge. Enfin, l’abondance de données génomiques et la rareté des travaux approfondis portant sur les membres de la superfamille piggyBac, nous ont amenés à analyser in silico leurs caractéristiques, leur distribution et leur évolution. Un total de 117 séquences protéiques de PBLE (éléments autonomes) et de PGBD (éléments domestiqués), ont été utilisées comme requêtes. Quatre groupes structuraux de PBLE ont été définis en fonction de la présence ou absence de répétitions sub-terminales (directes/inversées). Toutefois, il n'existe aucune relation entre ces quatre groupes et la phylogénie des PBLE. Les PGBD soumis à une forte sélection purifiante, sont clairement structurés en neuf groupes dont un correspondant à un nouvel ensemble d’éléments domestiqués trouvé chez les Néopterygiens. L’analyse fine des PGBD révèle que le domaine catalytique de la transposase ancestrale n'est pas toujours conservé. La phylogénie générale des PBLE et des PGBD suggère des événements multiples de domestication des PGBD à partir de différents ancêtres PBLE. / Cereal farming plays an important role in world agriculture and contributes to the food security of the populations. To improve the production of cereals (barley, wheat, oats ...), it is necessary to fight against their pests, especially aphids, able to transmit several viruses. The analysis of aphid’s genomes such as Rhopalosiphum padi, R. maidis, Sitobions avenae and Schizaphis graminum, their evolution and their relationships with their host plants could contribute to define strategies against pest populations. In this context, this work focused on the analysis of transposable elements belonging to Tc1-mariner-IS630 and piggyBac superfamilies. Indeed, TEs are involved in genomic plasticity and evolution of species, and are also used in biotechnology to develop gene transfer tools. In the first chapter, we investigate three available genomes of aphids, namely Acyrthosiphon pisum, Myzus persicae and Diuraphis noxia, to search for elements of the mariner family or close to it. Based on sequence similarities, we were able to characterize 183 elements distributed in three clades. The first one, common to the three species, corresponds to the clade of irritans subfamily DD34D, and is subdivided into three tribes Macrosiphinimar, Batmar-like elements and Dnomar-like elements. The second one includes the rosa element DD41D belonging to a group close to the mariner family. The third one includes sequences with long Terminal Inverted Repeats and is subdivided into two DD40-41D tribes. These two latter clades, more common in A. pisum, likely derive from a common ancestor and would form a new family. In the second chapter, the results of in silico research were exploited, to identify in vitro, elements of the irritans subfamily in cereal aphids and in their host plants as well. Two types of deleted elements (MITEs) have been identified in aphids, one common to all species with a percentage of identity higher than 98% (Aphidmar) and the other one specific to S. avenae (Samar2). In addition, the genomes of cereals (barley, wheat, brachypodium, aegilops) were investigated using as queries sequences of irritans subfamily found in aphids. A single contig identified in Hordeum vulgare (cultivar barke) contains a 320 bp truncated element flanked by genomic DNA of aphids. The presence of this sequence was checked in several barley cultivars by an in vitro approach. Two types of sequences were found. The first one similar to that found in barley from the in silico approach, the second one corresponding to Samar2 element, lacking seven nucleotides at the breaking points of the initial deletion. This suggests a possible horizontal transfer between cereal aphids and barley. In the last chapter, the abundance of genomic data and the scarcity of in-depth research covering all members of the piggyBac superfamily led us to determine in silico their characteristic, their distribution and their evolution. A total of 117 proteic sequences of the PBLE (autonomous elements) and PGBD (domesticated elements) have been used as queries. Four structural groups of PBLE have been identified depending on the presence or absence of sub-terminal repeats (direct / inverted). However, there is no relationship between the structural groups and the phylogeny of these PBLE elements. PGBD are clearly structured into nine main groups including a new group of domesticated elements found in Neopterygii. The catalytic domain of the ancestral transposase is not always preserved, but all these domesticated elements are subjected to a strong purifying selection. The general phylogeny of PBLEs and PGBD suggests multiple and independent domestication events of PGBD from different PBLE ancestors.

L'accumulation de degrés-jours requise pour l'émergence printanière du charançon de la carotte a été calculée à partir de données sur les captures effectuées à la ferme expérimentale d'Agriculture et Agroalimentaire Canada à Sainte-Clotilde et s'étalant sur 25 ans. Il a été déterminé que 199, 319 et 561 degré-jours doivent être accumulés afin que l'émergence soit complétée à 5%, 50% et 95%, respectivement. La température de base de mouvement de l'insecte (3.43 ± 0.18 °C), utilisée comme température de base pour le calcul des degrés-jours, a été déterminée en laboratoire.Par la suite, un modèle de simulation numérique a été conçu à l'aide du logiciel MATLAB afin de suivre l'évolution de la population des charançons de la carotte sur toute une saison de croissance. La ponte, le développement physiologique des différents stades phénologiques ainsi que la mortalité de l'insecte ont été modélisés. De plus, afin de prendre en considération l'effet du stade de la carotte sur la ponte du charançon ainsi que l'effet d'Anaphes victus sur sa mortalité, les développements de ces deux organismes ont été intégrés au modèle.

Le virus de la fièvre catarrhale ovine (Bluetongue virus, BTV) est l’agent étiologique de la maladie du même nom, une arbovirose non contagieuse transmise aux ruminants domestiques et sauvages par l’intermédiaire de morsures de moucherons hématophages du genre Culicoides. Il existe actuellement 27 sérotypes décrits de BTV à travers le monde qui se distinguent par les pathologies qu’ils induisent et leur capacité à infecter et se propager chez leur(s) hôte(s) mammifère(s). Le premier objectif de mon projet de thèse visait à identifier les interactions cellulaires spécifiques des sérotypes 8 et 27 pour identifier des facteurs de pathogénicité/virulence et/ou de franchissement de barrière d’espèces. Pour atteindre cet objectif, l’ensemble des protéines virales du BTV a été criblé par la méthode du double-hybride en levure contre deux banques d’ADN complémentaires, l’une d’origine bovine et l’autre d’origine culicoïde. A l’issue de 70 cribles, une centaine de nouvelles interactions virus-hôtes a été mise en évidence et révèle un enrichissement pour quatre processus cellulaires : l’épissage des ARNm, les ribosomes, la SUMOylation et l’apoptose. Cette étude nous a ainsi permis de réaliser le premier interactome pour le BTV qui se poursuit au travers de multiples validations biochimiques et fonctionnelles des interactions identifiées. En parallèle de ce travail de protéomique, le second objectif de mon projet de thèse a été de déterminer l’impact du BTV sur la voie MAPK/ERK, une voie cellulaire essentielle à la prolifération et différenciation cellulaire et classiquement modulée lors d’infections virales. En plus de son rôle antagoniste sur la voie des interférons de type I, nous avons démontré la capacité de la protéine NS3 de BTV à activer la voie MAPK/ERK. En effet, nous avons démontré que NS3 a la capacité d’augmenter le niveau de phosphorylation des protéines kinases ERK1/2 mais également du facteur de traduction eIF4E. Cette fonction, qui semble être spécifique au BTV par rapport aux autres orbivirus, implique l’interaction de NS3 avec la protéine cellulaire BRAF, une protéine MAP3 kinase jouant un rôle majeur dans l’activation de la voie MAPK/ERK. L’activation cette voie par NS3 pourrait être un mécanisme de détournement de la traduction cellulaire au profit de celle du virus mais aussi constituer un élément de réponse pour expliquer l’hyper-inflammation observée dans le cas d’une infection par ce virus / Bluetongue virus (BTV) is the etiological agent of the bluetongue (BT) disease, a non-contagious arbovirus that affects a wide range of wild and domestic ruminants. It is transmitted by blood-feeding midges of the genus Culicoides. There are currently 27 serotypes described of BTV in the world that are distinguished by their differences in term of pathology/virulence and their capacity to infect and disseminate in their mammalian host(s). The first objective of my thesis project was to identify specific cellular interactions of serotype 8 and 27 to reveal new factors of pathogenicity/virulence and/or cross species barrier. To reach this goal, all the proteins encoded by BTV were used as baits to screen, by a high-throughput yeast two-hybrid (Y2H) approach, two complementary DNA libraries originating from hosts naturally infected by BTV : Culicoides and cattle. Therefore, 70 screens were performed to identify a hundred of new virus-host interactions and reveal an enrichment for four cellular processes : mRNA splicing, ribosomes, SUMOylation and apoptosis. This study allowed us to build the first interactome of BTV which continues through multiple biochemical and functional validations of the identified interactions. In parallel to this proteomics work, my second objective was to determine the impact of BTV on the MAPK/ERK pathway, a cellular pathway essential for cell proliferation and differentiation usually modulated during viral infections. In addition to its antagonist role on the type I interferon pathway, we have demonstrated the ability of BTV-NS3 to activate the MAPK/ERK pathway. Indeed, we have demonstrated that NS3 has the ability to increase the level of phosphorylation of ERK1/2 protein and the eIF4E translation factor. This function, which seems to be specific to BTV compared to other orbiviruses, involves the interaction of NS3 with BRAF cellular protein, a MAP3 kinase protein that plays a major role in the regulation of the MAPK/ERK pathway. These results could provide a better understanding of the molecular basis underlying the hijacking of the translation machinery to support virus replication but also constitute a hypothesis to explain the hyperinflammation observed in the BTV infection context

Le degré de spécialisation d'hôte des parasites peut considérablement modifier la nature des interactions interspécifiques. Lorsque les parasites sont également vecteurs, leur capacité d'adaptation et leur réponse aux changements dans la communauté d'hôtes aura des conséquences importantes sur la dynamique de leurs populations, mais aussi sur les microparasites qu'ils transmettent. Une première étape pour mieux appréhender l'importance de ce phénomène sur l'écologie et l'évolution des systèmes vectoriels est d'étudier la divergence génétique associée à l'hôte. Nous avons utilisé cette approche dans le système hôte-vecteur-pathogène impliquant la tique européenne Ixodes ricinus, ses différents hôtes vertébrés et les bactéries responsables de la maladie de Lyme (Borrelia burgdorferi sl). Ce travail a notamment consisté à tester si les communautés les plus anciennes montraient des divergences associées à l'hôte plus importantes que celles récemment colonisées. Nous avons combiné des échantillonnages de terrain sur un transect européen (comprenant la distribution historique d'I. ricinus et des zones nouvellement colonisées) et, des analyses moléculaires basés sur 14 marqueurs microsatellites (dont 9 nouvellement développés). Comme un obstacle majeur pour aborder la question de la spécificité d'hôte dans le système I. ricinus, ainsi que chez d'autres vecteurs, est de déterminer l'utilisation des hôtes, nous avons également testé expérimentalement les biais rencontrés lors de la détection moléculaire de l'hôte. Nos résultats révèlent un schéma complexe de l'adaptation des tiques à travers l'Europe ; la spécialisation d'hôte peut évoluer, mais l'âge de la communauté ne semble pas être un facteur décisif. Plus généralement, les résultats de cette thèse soulignent que l'écologie des vecteurs en eux-mêmes (et pas seulement les interactions hôtes-pathogènes) doit être considérée avec attention si on veut améliorer notre compréhension de ces systèmes. / The degree of host specialization in parasites can greatly modify the nature of interspecific interactions. When parasites are also vectors, their ability to adapt to new hosts and their response to changes in the host community will have important consequences for both their population dynamics and evolution, but may also cascade down to the microparasites they transmit. A first step to better apprehend the importance of this phenomenon for the evolution and ecology of vector-borne disease systems is to study patterns of host-associated genetic divergence across diverse vector populations. We used this approach in the host-vector-pathogen system involving the European tick Ixodes ricinus, its various vertebrate hosts and the bacteria responsible for Lyme disease Borrelia burgdorferi sl. We predicted that longer established interactions would show stronger patterns of host-associated divergence than more recently established ones. We tested this prediction by combining field samples from a European-wide transect (including both historical and newly colonized zones) and molecular analyses based on 14 microsatellite markers (9 newly developed). As a major obstacle for tackling the question of host associations in the I. ricinus system is determining local host use, we also experimentally tested for biases in molecular host detection. Our results reveal a complex pattern of tick adaptation across the European landscape; host specialization does evolve, but not in a predictable way in relation to the evolutionary age of the interaction. More generally, the results of this thesis highlight that vector ecology (and not just host-pathogen interactions) require careful consideration, if we are to improve our understanding of these systems.

La variation de la diversité des communautés d’hôtes réservoirs peut modifier le risque de maladies impliquant ces espèces. En particulier, l’introduction d’une espèce potentiellement réservoir est susceptible d’augmenter le risque de maladie, en agissant comme un réservoir supplémentaire et/ou en amplifiant la circulation des agents pathogènes chez les réservoirs autochtones. L’objectif du travail de thèse est de quantifier la contribution, d’une espèce introduite, le tamia de Sibérie (Tamias sibiricus barberi), au risque d’une maladie multi-hôtes, la borréliose de Lyme, due à des bactéries appartenant au complexe d’espèces Borrelia burgdorferi sensu lato et transmises par des tiques, principalement Ixodes ricinus en Europe. Dans un premier temps, nous avons testé si le tamia est un réservoir compétent pour la maladie de Lyme en milieu naturel, c'est-à-dire s’il est capable de transmettre B. burgdorferi sl aux tiques I. ricinus et de maintenir l’infection. Le tamia est fortement infesté par les tiques et infecté par les bactéries et il peut transmettre B. burgdorferi sl aux tiques. Nos résultats ne montrent pas clairement que le tamia peut maintenir l’infection. Une des deux composantes du risque de la maladie de Lyme pour l’homme est le risque acarologique, c'est-à-dire la densité de nymphes infectées en quête d’hôtes. Dans un deuxième temps, nous avons calculé la contribution du tamia au risque acarologique et l’avons comparé à celles du campagnol roussâtre (Myodes glareolus) et du mulot sylvestre (Apodemus sylvaticus), réservoirs avérés de B. burgdorferi sl. Puis, nous avons étudié la variation temporelle de la contribution du tamia et testé si sa présence influençait la contribution des réservoirs rongeurs natifs. Pour calculer la contribution au risque, nous avons utilisé deux approches, l’une basée sur des captures des rongeurs, et l’autre sur l’identification des espèces hôtes sur lesquelles se sont gorgées les tiques. Le tamia produit plus de nymphes infectées à l’affût que le campagnol et le mulot. La contribution du tamia varie entre années suivant la densité de tamias et intra-années suivant la disponibilité en tiques. Sa plus forte infestation par I. ricinus et infection par B. burgdorferi sl, que les rongeurs natifs, peuvent être expliquées par sa plus forte exposition aux tiques. En conclusion, le tamia semble un réservoir compétent pour B. burgdorferi sl, avec une forte contribution au risque acarologique et une amplification possible de la circulation des pathogènes dans les communautés natives. Sa présence peut augmenter le risque pour la borréliose de Lyme chez l’homme en augmentant la prévalence d’infection des nymphes, mais pas les densités de nymphes à l’affût. / The variation of the composition of host communities can modify the risk of diseases involving these species. In particular, the introduction of a potentially reservoir species may increase the disease risk, by acting as an additional reservoir or by amplifying the circulation of pathogens in the native reservoirs. We quantified the contribution of an introduced species, the Siberian chipmunk (Tamias sibiricus barberi), to the risk of a multi-host vector-borne disease, Lyme borreliosis (LB), due to bacteria that belong to the Borrelia burgdorferi sensu lato complex and transmitted by bites of hard ticks, especially by Ixodes ricinus ticks in Europe. First, we verified if the Siberian chipmunk is a competent reservoir host for LB in the field, by testing if chipmunks can transmit B. burgdorferi sl to I. ricinus ticks and maintain the infection. Chipmunks were highly infested by ticks and infected by B. burgdorferi sl, and they are able to transmit the bacteria to ticks. Our results did not show clear maintenance patterns. Second, one of the parameter of LB risk for human is the acarologic risk, which is the density of infected questing nymphs. We evaluated the contribution of chipmunks to this risk and compared it with the one of bank voles (Myodes glareolus) and wood mice (Apodemus sylvaticus), two known reservoir rodents. Moreover, we studied the variation of the contribution. We used two approaches, the one based on captures of rodents and the other one on host-blood meal analysis of questing nymphs. Chipmunks produced more infected nymphs than voles and mice. The contribution of chipmunks varies between years according to chipmunk density and during the year according to tick availability. The higher infestation by I. ricinus and infection by B. burgdorferi sl of chipmunks in comparison to native reservoir rodents, could be due to its higher exposition to ticks. As Siberian chipmunk seems to be a competent reservoir host for LB with strong contribution, they can “spillback” infection to native communities and increase the risk for LB to humans by increasing infection prevalence in nymphs, but not nymph density.

Si les parasites sont étudiés depuis très longtemps, la plupart des connaissances concernent des parasites présentant un intérêt médical ou vétérinaire. Ainsi, malgré leur omniprésence au sein du monde vivant, le rôle des infections parasitaires sur les populations naturelles est encore très mal maîtrisé. <br />Un objectif de ce travail était d'étudier la pathogénicité de deux groupes de parasites (tiques et Haemosporidae) au sein de populations de Merles noirs. Ces deux groupes de parasites se sont révélés associés aux indices de condition corporelle et de réponse immunitaire des individus. Cependant, l'étude d'une population urbaine ne nous a pas permis de confirmer un effet des Haemosporidae sur la survie et la dynamique de la population de Merles.<br />L'incidence du milieu de vie (structuration spatiale) sur le fonctionnement de la relation hôte-parasite a été également abordée. En effet, le Merle est une espèce ubiquiste. Nous avons montré que les populations de milieu urbanisé présentent des infections parasitaires plus faibles que celles vivant en milieu forestier. Ce résultat pourrait expliquer en partie les fortes densités de Merles en zones urbaines, même si d'autres interprétations restent bien sûr envisageables.<br />Enfin, divers travaux récents suggèrent le rôle des caroténoïdes comme lien entre l'immunité des mâles et l'intensité de leur signaux colorés. Cependant, ces études utilisent des mesures de l'immunité par challenge immunitaire pour « mimer » les infections parasitaires. Cette démarche a été récemment discutée car les challenges pourraient ne pas toujours refléter la résistance parasitaire. Nos résultats vont dans ce sens. De plus, nos travaux semblent montrer que le contexte social module la relation entre immunité et signaux colorés. Ceci pourrait remettre partiellement en cause l'idée selon laquelle les caroténoïdes constituent un mécanisme universel garant de l'honnêteté des signaux.

À différentes échelles de temps, le but de ma thèse a été de comprendre l'évolution des virus entomopathogènes à travers l’étude de la diversification et de l’adaptation génomique de grands virus à ADN d’insectes. Dans un premier temps, j’ai pu estimer les âges de diversifications des baculovirus et des nudivirus, et proposer un scénario de coévolution à long terme entre ces virus et leurs hôtes insectes. Puis, me plaçant sur une échelle de temps moindre, j’ai montré que les hôtes insectes sont le facteur principal de la diversification des baculovirus, et de façon surprenante, j’ai également observé que l'environnement biotique de ces virus, c’est-à-dire les plantes hôtes des insectes, joue un rôle central dans leur évolution. Dans un second temps, des mutations ponctuelles ont pu être reliées à l’adaptation locale de populations différentiées du baculovirus SeMNPV. Enfin, l’étude de l'adaptation génomique convergente entre les entomopoxvirus et les baculovirus a mis en évidence que les transferts horizontaux de gènes sont une source importante de variabilité pour les grands virus à ADN, pour l'adaptation aux mêmes niches écologiques. Les gènes et les mécanismes identifiés dans ce travail de thèse apportent des éléments nouveaux pour comprendre comment les génomes sont façonnés par l’écologie. / At different timescales, the purpose of my PhD was to understand insect virus evolution through the study of the genomic diversification and adaptation of insect large DNA viruses. Firstly, I was able to estimate the ages of baculovirus and nudivirus diversifications, and to propose a long-term coevolutionary scenario between these viruses and their insect hosts. Then, on a narrower timescale, I showed that insect hosts are the major factor in baculovirus diversification, and surprisingly, I also observed that the virus biotic environment, i.e. insect host plants, plays a central role in their evolution. Secondly, punctual mutations have been linked to the local adaptation of differentiated populations of the baculovirus SeMNPV. Finally, the study of convergent genomic adaptation between entomopoxviruses and baculoviruses highlighted that horizontal gene transfers are an important source of variability for large DNA viruses, for the adaption to the same ecological niches. Genes and mechanisms identified in this PhD work provide new insights to understand how genomes are shaped by ecology.

Le site de Teotihuacan, situé dans le bassin de Mexico et datant de 100 ANE à 650 DNE, s'impose aujourd’hui grâce à son architecture, ses pyramides de la Lune et du Soleil, son avenue des Morts, mais également ses nombreux complexes d'appartements, qui auraient pu contenir une population d'environ 150 000 habitants à son apogée. Outre cette architecture, Teotihuacan nous a laissé d’autres indices sur son histoire par le biais de son art : des murales, des sculptures, des encensoirs, des figurines d’argile entre autres, mais également des figures hôtes (host figures). L’étude présentée ici se concentre sur les figures hôtes. Ces dernières sont une classe de figurines d’argile creuses contenant une ou plusieurs petites figurines humaines en bas-relief. Bien que de nombreuses figures n’aient pas de provenance, certaines ont été retrouvées non seulement à Teotihuacan, mais également au Guatemala, au Michoacán et au Yucatán, mettant en avant les possibilités d'échanges culturels mésoaméricains et/ou d’implantations de colonies teotihuacanaises en Mésoamérique. Qu’elle était la signification de ces figures hôtes? À l’aide d’une description minutieuse de chaque figure, et malgré une large variabilité, il semblerait que les figures hôtes se divisent en deux groupes distincts. D’un côté, nous aurions les figures hôtes de style teotihuacanais possédant une ouverture simple sur le torse et contenant une ou deux figurines. De l’autre côté, nous aurions les figures hôtes de style maya-teotihuacanais, possédant une ouverture sur toute la longueur du corps et contenant de nombreuses figurines. La comparaison des figures hôtes avec d’autres artéfacts de Teotihuacan, tel les masques et autres figurines, indique que ces figures sont intimement liées à l’expression iconographique et stylistique de Teotihuacan. Pour ce qui est des figures hôtes de style teotihuacanais, leur fonction pourrait être reliée au culte des ancêtres. En revanche, les figures hôtes de style maya-teotihuacanais trouvées en dehors de Teotihuacan pourraient être associées à des rituels politiques de fondation qui est au cœur du pouvoir de l’État Maya. / Teotihuacan, dated between 100 BCE and 650 CE, is situated in the Basin of Mexico. It is known for its imposing monumental architecture, the Pyramid of the Moon, Pyramid of the Sun, and the Avenue of the Dead, but also for its many apartment compounds that could have contained a population of about 150 000 inhabitants at its peak. In addition to its architecture, Teotihuacan’s history can be understood through its art: murals, sculptures, masks, and ceramic figurines. This study concentrates on the latter with an emphasis on a rare figurine type known as host figurines. Host figures are a class of hollow figurines containing one or several small human figurines in bas-relief within its hollow cavity. Although many of these figurines are without provenience, some have been discovered not only in Teotihuacan, but also in Guatemala, in Michoacán and in Yucatán, pointing to the possibilities of Mesoamerican cultural exchanges and/or Teotihuacan colonies in Mesoamerica. What was the significance of these host figures? Through a meticulous description of every figurine, I find that the host figurines can be divided into two major style groups. One group is considered as a Teotihuacan style and is characterized with a simple opening on the torso, which contain one or two figurines. The other group is a Maya-Teotihuacan style and identified with an opening along the length of the body that contains numerous figurines. A comparison of the host figures with other artefacts from Teotihuacan, such as the masks and other figurines, indicate that these figurines are well-rooted within Teotihuacan iconographic and stylistic visual expression. The function of the Teotihuacan style host figurines seems to be connected with the cult of ancestors. In contrast, the Maya-Teotihuacan style figurines found outside Teotihuacan were likely associated with political rites of foundation central to the power of the Maya state.

Les maladies infectieuses sont une des causes les plus importantes de morbidité chez l'homme et l'animal avec des conséquences à la fois économiques, sanitaires et écologiques. L'étude de la diversité des pathogènes responsables et de leurs dynamiques de circulation au sein des communautés d'hôtes et de vecteurs, peut fournir des informations importantes pour la prévention et le contrôle de ces maladies. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à l'agent pathogène responsable de la maladie de Lyme. Cette maladie est causée par les bactéries du complexe d'espèces Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) transmises par les tiques lors de repas sanguins et sont capables d'infecter plusieurs espèces d'hôtes vertébrés. L'analyse de la diversité génétique de 63 souches de B. burgdorferi s.l., dont les génomes ont été séquencés, ont révélé un degré d'isolement génétique très important entre les différentes espèces du complexe. Les résultats obtenus suggèrent que les différents spectres d'hôtes des lignées de B. burgdorferi s.s. (principalement associées aux petits mammifères) et de B. garinii (normalement associées aux oiseaux) conduisent à des dynamiques de populations distinctes. De plus, grâce au séquençage haut-débit de deux marqueurs, nous avons pu démontrer qu'il existe, à une échelle intra-spécifique, des associations préférentielles des génotypes de B. burgdorferi avec différentes espèces de rongeurs. Enfin, en utilisant la diversité observée chez ces rongeurs et celle chez les tiques, nous avons estimé, via une approche de modélisation, que la contribution au risque de la maladie pour l'homme d'une espèce hôte introduite (tamia de Sibérie), pouvait être importante. / Infectious diseases are one of the major causes of human and animal morbidity, and they have impacts on the economy, public health, and the environment. By studying the diversity of the pathogens responsible for these diseases and their circulation within host communities and among vectors, we may glean valuable information that will aid prevention and control efforts. For these reasons, during my thesis, I became particularly interested in the pathogen(s) responsible for Lyme disease. This disease is caused by bacteria belonging to the Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) species complex that are transmitted by ticks (during their blood meals) and that can infect several vertebrate host species. When I analyzed the genetic diversity present in 63 B. burgdorferi s.l. strains, whose genomes had been sequenced, I found that there was a significant degree of genetic separation among the different genospecies making up the complex. My results suggest that the fact that these different bacterial groups infect different ranges of hosts B. burgdorferi s.s. is mainly a pathogen of small mammals and B. garinii is primarily associated with birds lead to distinct population dynamics. Moreover, thanks to the high-throughput sequencing of two genetic markers, I have been able to show that, at an intraspecific level, certain B. burgdorferi genotypes are associated with specific rodent species. Finally, using the pathogen diversity observed in rodents and ticks, I employed a modeling approach to estimate the human disease risks presented by an introduced host species (the Siberian chipmunk) and found that these risks could be significant.

La tuberculose bovine causée par Mycobacterium bovis (M. bovis) est une zoonose multi-hôtes. Outre les bovins, elle peut être transmise à des populations sauvages variées dont certaines peuvent entretenir l'infection et/ou la retransmettre aux bovins, pouvant empêcher leur assainissement. Les conditions de persistance de M. bovis dans les populations sauvages ont été étudiées dans différentes régions du monde, mettant en lumière des statuts épidémiologiques variables selon les espèces et les contextes géographiques, cynégétiques et zootechniques. Notre objectif était de déterminer le rôle des différentes populations-hôtes sauvages impliquées dans le système multi-hôtes de M. bovis en Côte d'Or où, en plus des bovins, la tuberculose bovine, circule chez le blaireau, le sanglier, le cerf et le renard. Pour cela, nous avons estimé les niveaux d'infection et d'excrétion, les niveaux de densité, et au moyen d'un suivi télémétrique et de dispositif de vidéosurveillance, nous avons estimé les contacts entre les populations sauvages et les bovins. Nos résultats suggèrent que les trois populations ayant le rôle le plus important et aptes à retransmettre l'infection aux bovins sont le blaireau, le sanglier et le cerf, mais d'autres études sont encore nécessaires pour confirmer ces hypothèses et savoir si certaines d'entre elles peuvent entretenir l'infection de façon autonome. Elles pourraient, également, conjointement, constituer une communauté d'hôtes réservoir. Enfin, nos résultats nous ont permis de caractériser le risque de transmission de tuberculose bovine de ces populations sauvages vers les bovins et de proposer des mesures de lutte visant à réduire ce risque / Bovine tuberculosis, caused by Mycobacterium bovis is a multi-host zoonosis. Besides cattle,it can be transmitted to various wild populations and some of them are able to maintain or to spillback the infection to cattle, thus hampering control strategies. The maintenance of M. bovis by wild populations is dependent on species, on geographical configurations, and on hunting and husbandry practices. Our objective was to investigate the role the different wild populations involved in the M. bovis multi-host system of Côte d’Or, where bTB has been reoccuring in cattle since 2002 and has also been found in badgers, wild boar, red deer and foxes. To do so, we have assessed different risk factors. These include infection rate, ability to 10 shed M. bovis, populations densities and level of indirect contact between wild populations and cattle. For the latter factor, we have tracked 11 wild boars and 10 badgers and used remote surveillance in cattle farms. Our results suggest that, in the study site, badgers, wild boar and red deer may be able to spillback the infection to cattle. Nevertheless, further studies are required to confirm these hypotheses and to investigate whether some of these wild populations can act, individually as reservoirs. It might also be the case that, taken jointly, these wild populations could constitute a maintenance community. On the basis of our results, we made recommandations aiming at reducing the risk of spillback transmission