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Common alleles of the SLAM/CD2 family are associated with murine lupus

Limaye, Nisha. January 2005 (has links) (PDF)
Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2005. / Vita. Bibliography: 169-215.
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Common alleles of the SLAM/CD2 family are associated with murine lupus

Limaye, Nisha. January 2005 (has links) (PDF)
Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2005. / Vita. Bibliography: 169-215.
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Investigação de polimorfismos no gene do receptor 2 da interleucina 8 em indivíduos com periodontite /

Viana, Aline Cavalcanti. January 2008 (has links)
Orientador: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Silvana Regina Perez Orrico / Banca: José Eduardo Tanus dos Santos / Resumo: Objetivo: O presente estudo foi realizado para investigar a associação entre polimorfismos +785(C/T), +1208(T/C) e +1440(G/A) no gene do receptor 2 da interleucina 8 (CXCR2), bem como de seus haplótipos, e a suscetibilidade à Periodontite em indivíduos brasileiros. Material e Método: Foram selecionados 500 indivíduos de ambos os gêneros (Grupo Controle: n = 224, idade média 35,3 anos; Grupo Periodontite [GP] n = 276, idade média 43,4 anos) que procuraram atendimento na Faculdade de Odontologia de Araraquara. A partir de células da mucosa bucal, o DNA foi extraído por uma solução de solventes orgânicos (fenol:clorofórmio:álcool isoamílico; - 25:24:1). Os polimorfismos +785 e +1208 foram investigados pela técnica SSP-PCR (Sequence Specific Primer - PCR) enquanto que o polimorfismo +1440 foi analisado por PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism). Os fragmentos obtidos por PCR-RFLP e os produtos obtidos por SSP-PCR foram submetidos à eletroforese vertical em gel de poliacrilamida a 10% (locus +785 e +1208) e 14% (locus +1440), sendo depois corados com nitrato de prata. Resultados: Considerando a frequência de alelos e genótipos de cada polimorfismo isoladamente, não foi encontrada diferença estatisticamente significante entre os grupos. Quando analisados em haplótipos, a freqüência do haplótipo TCG foi significativamente maior no Grupo Periodontite (p=0,005; odds ratio [OR] = 3,54) do que no Controle. O haplótipo heterozigoto TCG/CCA foi relacionado com um aumento de suscetibilidade à periodontite na população total (p=0,015; OR=3,22). Conclusão: Os resultados deste estudo sugerem que haplótipos no gene CXCR2 estão associados com suscetibilidade à periodontite em indivíduos brasileiros. / Abstract: Objective: This study investigated whether the +785(C/T), +1208(T/C) and +1440(G/A) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CXCR2 gene, as well as their haplotypes, would be associated with susceptibility to periodontitis in Brazilian individuals. Methods: Five hundred individuals in both genders (Control Group [CG] = 224, mean age 35.3 years; Periodontitis Group [PG] = 276, mean age 43.4 years) were recruited for this study from the patient pool of the School of Dentistry of Araraquara - FOAr/UNESP. DNA was extracted from buccal epithelial cells with a solution of organic solvents (phenol/chlorophorm/isoamilic alcohol, - 25:24:1). The +785 and +1208 SNPs were investigated using the Sequence Specific Primers Polymerase Chain Reaction method (SSP-PCR). The +1440 SNP was genotyped by the PCR-RFLP method (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). The SSP-PCR products and the RFLP fragments were submitted to polyacrylamide gel electrophoresis in a concentration of 10% and 14%, respectively, which were stained by silver staining method. Results: Considering each polymorphism allele and genotype frequency isolated, no differences were found between groups. The frequency of TCG haplotype was significantly higher in the Periodontitis group (p=0.005, odds ratio [OR] =3.54) than in the Controls. The heterozygous haplotype TCG/CCA was related to an increased susceptibility to Periodontitis in the total casuistic (p=0.015, OR=3.22). Conclusion: These data indicate that haplotypes in the CXCR2 gene were associated with susceptibility to periodontitis in brazilian individuals. / Mestre
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Investigação de polimorfismos no promotor do gene interleucina 8 em indivíduos com periodontite /

Kim, Yeon Jung. January 2008 (has links)
Orientador: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Sérgio Roberto Line / Banca: Joni Augusto Cirelli / Resumo: O estudo investigou se há associação individual dos polimorfismos -353(A/T), -738(T/A) e -845(T/C) na região promotora do gene interleucina 8 (IL8), bem como de seus haplótipos, com suscetibilidade à periodontite em indivíduos Brasileiros. Foram selecionados 500 indivíduos de ambos os gêneros (Grupo Controle n=224 e Grupo Periodontite n=276) que procuraram atendimento na Faculdade de Odontologia de Araraquara. A partir do DNA obtido de células da mucosa oral, os polimorfismos -738(T/A) e -845(T/C) foram analisados por PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), e o -353(A/T) por SSP-PCR (Sequence Specific Primer - PCR). Os fragmentos obtidos foram submetidos à eletroforese vertical em gel de poliacrilamida a 10%. Para analisar a freqüência dos genótipos e alelos foi utilizado o teste χ2, ou o programa CLUMP para os polimorfismos que mostraram alelos raros. Os haplótipos foram estimados pelo programa ARLEQUIN e a diferença na distribuição deles entre os grupos foi investigada por meio do programa CLUMP. Os resultados da análise individual dos polimorfismos não evidenciaram associação com a periodontite. Em relação aos haplótipos, as freqüências dos mesmos como alelos e/ou genótipos entre Grupo Controle e Grupo Periodontite apresentaram diferenças estatisticamente significantes considerando a população total e também a não fumante. Os indivíduos com o haplótipo CTA apresentaram-se 2,14 vezes mais susceptíveis à doença periodontal (p=0,0012, OR=2,14; 95% CI =1,6-3,38). Concluiu-se que houve associação dos haplótipos formados pelos polimorfismos -845(T/C), -738(T/A) e -353(A/T) no gene IL8 com a suscetibilidade a periodontite na população brasileira estudada. / Abstract: The purpose of this study was to investigate whether there is an individual association of the -845(T/C), -738(T/A) and -353(A/T) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IL8 gene, as well as their haplotypes with susceptibility to periodontitis in Brazilian population. DNA was extracted from buccal epithelial cells from 500 Brazilian individuals (Control group n = 224, Periodontitis group n = 276). The -845 and -738 SNPs were genotyped by PCR-RFLP method (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). The -353 SNP was investigated using the Sequence Specific Primers Polymerase Chain Reaction method (SSP-PCR). Differences of the allelic and genotypic frequencies were assessed by Chi-squared test or by using the CLUMP program for rare alleles. Haplotypes were estimated using the ARLEQUIN program. Differences in the haplotype frequencies between the studied groups were assessed by the CLUMP program. No differences were observed in the allelic and genotypic distribution of all the investigated SNPs between control and periodontitis groups when they were analysed individually. The haplotypes distribution in the periodontitis and controls groups was significantly different both considering the total casuistic or the non-smokers subgroup only. Individuals with CTA haplotype seemed to be over twice more likely to develop periodontitis than individuals with other haplotypes (OR=2.14, 95% CI =1.36-3.38). The analysis of haplotypes constructed from -845(T/C), - 738(T/A) and -353 (A/T) polymorphisms in the IL8 gene demonstrated association with susceptibility to periodontitis in Brazilian individuals. / Mestre
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Avaliação imunogenética dos genes dos receptores TOLL-LIKE 7, 8 e 9 em pacientes com lupus eritematoso sistêmico

Santos, Bruno Paiva dos January 2011 (has links)
O Lupus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença crônica auto-imune caracterizada pela alta produção de auto-anticorpos contra antígenos nucleares e pela formação de imunocomplexos que desencadeiam resposta citotóxica. As causas do LES são desconhecidas, porém se têm alguns indícios bem descritos que alterações genéticas, imunológicas e/ou ambientais podem desencadear processos autoimunes que levam ao LES. Esses fatores são, por exemplo, vírus e o mimetismo molecular causado por proteínas virais, ou genéticos que interfiram em rotas de processamento de imunocomplexos, produção de interferon (IFN) e transdução de sinal em linfócitos. Os receptores Toll-Like (TLR) são receptores de padrões moleculares de patógenos e estão envolvidos na produção de IFN, além de ser um elo importante entre a imunidade inata e a adquirida. Os TLR7/8/9 reconhecem ácidos nucléicos e são expressos em células dendríticas e células B, importantes na patogênese do LES. O objetivo do nosso trabalho foi avaliar a infuência dos polimorfismos genéticos potencialmente funcionais rs179008 no TLR7, rs3764880 no TLR8, rs5743836 e rs352140 no TLR9 em uma amostra de 370 pacientes com LES e em uma amostra de 415 indivíduos saudáveis provenientes do sul do Brasil. O polimorfismo rs5743836 foi genotipado através da técnica de PCR alelo específico BIPASA enquanto que os demais foram genotipados por PCR-RFLP. As freqüências genotípicas e haplotípicas foram comparadas usando o teste de Qui-Quadrado e as freqüências alélicas usando o teste Exato de Fisher. As comparações foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica e sexo. As freqüências genotípicas e alélicas diferiram para rs179008 (P=0,020 e P=0,003; OR para presença do alelo T: 1,74 CI 95% 1,12-2,70) e rs5743836 (P=0,045 e P=0,017; OR para presença do alelo C: 1,59 CI 95% 0,99-2,57) nas comparações entre mulheres eurodescendentes controles e pacientes. Houve uma tendência na presença do alelo C em pacientes com Anti-Ro/SS-A comparados com pacientes sem Anti-Ro/SS-A (P corrigido = 0,06). As análises com haplótipos ou genótipos combinados não apresentaram diferenças estatisticamente significativas. Nossos dados sugerem que os alelos T do rs179008 e o alelo C do rs5743836 estão envolvidos na suscetibilidade/patogênese do LES em mulheres Eurodescedentes do sul do Brasil. / Systemic Lupus Erythematosus (SLE) is an autoimmune chronic disease characterized by high autoantibody production against nuclear antigens and by immunocomplexes formation that lead to citotoxicity. Causes of SLE are unknown, however there are some factors suggested to trigger autoimmune processes and result in SLE phenotype. These can be environmental, such as virus and molecular mimicry caused by their proteins, or genetic factors mainly related to immunocomplexes processing, interferon (IFN) production and the signal transduction pathway in lymphocytes. Toll-Like receptors (TLR) are pattern-recognition receptors and they are involved in IFN production, besides to be a link between the innate and acquired immune system. TLR7/8/9 recognize nucleic acids and are expressed mainly in dendritic and B cells. Our study aims to evaluate the prevalence of TLR7 rs179008, TLR8 rs3764880, TLR9 rs5743836 and rs352140, potencially functional polymorphisms, in 370 SLE patients and 415 healthy blood-donnors from southern Brazil. Rs5743836 polymorphism was genotyped trough allele-specific PCR BIPASA and the rest were genotyped through PCR-RFLP. Genotypic and allelic frequencies were compared using chi-square and exact fisher test, respectively. OR was calculated and clinical characteristics were evaluated. All comparisons were carried out grouping individuals according ethnicity and gender. Genotypic and allelic frequencies were significantly different for rs179008 (P=0.020 and P=0.003, OR for T allele carriers: 1.74, CI 95% 1.12-2.70) and rs5743836 (P=0.045 and P=0.017, OR for C allele carriers: 1.59, CI 95% 0.99-2.57) comparing European-derived SLE and control women. A trend in Anti-Ro/SS-A presence was observed for rs5743836 C allele carriers (corrected P=0.06). There were no statistical differences when haplotypes and combined genotypes were analyzed. Our data suggest both TLR7 rs179008 T allele and TLR9 rs5743836 C allele involved in SLE susceptibility/pathogenesis in women European-derived.
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Anemia falciforme em Salvador-Bahia: caracterização fenotípica, molecular e de seqüências gênicas potencialmente importantes na expressão dos genes gama da hemoglobina fetal.

Adorno, Elisângela Vitória January 2005 (has links)
142f. / Submitted by Suelen Reis (suziy.ellen@gmail.com) on 2013-05-24T13:11:05Z No. of bitstreams: 1 Elisangela Adorno.pdf: 3379043 bytes, checksum: 972521d9aae8561da326946dd4da678a (MD5) / Approved for entry into archive by Flávia Ferreira(flaviaccf@yahoo.com.br) on 2013-05-30T00:18:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Elisangela Adorno.pdf: 3379043 bytes, checksum: 972521d9aae8561da326946dd4da678a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-30T00:18:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elisangela Adorno.pdf: 3379043 bytes, checksum: 972521d9aae8561da326946dd4da678a (MD5) Previous issue date: 2005 / Introdução. A hemoglobina S (HbS) resulta da troca de nucleotídeo (GAG GTG) no sexto codon do gene da globina beta, levando à substituição do ácido glutâmico por valina na cadeia da globina beta. A anemia falciforme ou a homozigose para a HbS, freqüentemente apresenta manifestações clínicas heterogêneas, fortemente relacionadas aos níveis de hemoglobina fetal (HbF). Objetivo. O presente estudo investigou as características fenopíticas e os marcadores moleculares presentes em portadores da anemia falciforme de Salvador-BA, identificando seqüências gênicas potencialmente importantes para a expressão dos genes gama. Métodos. O perfil de hemoglobinas e o nível de HbF foram determinados por cromatografia líquida de alta performance (HPLC). Informações sobre o perfil clínico dos pacientes foram obtidas através da análise de prontuários. A talassemia α2 3.7Kb foi investigada pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e os haplótipos ligados ao grupo de genes da globina berta S foram investigados por PCR e análise de sítios polimórficos utilizando endonucleases de restrição (RFLP). As regiões promotoras dos genes yG e γA e o HS2-LCR foram amplificados assimetricamente e seqüenciadas no ABI Prism 3100 prism DNA Sequencer. As análises estatísticas foram desenvolvidas no software EPI-INFO versão 6.04 e a significância foi estabelecida para p < 0.05. Resultados. Foram analisados 131 pacientes, dos quais 125 tiveram identificado o genótipo beta S, tendo sido encontrado 64 (51,2%) CAR/Ben; 36 (28,8%) Ben/Ben; 18 (14,4%) CAR/CAR; dois (1,6%) CAR/Aty;dois (1,6%) Ben/Cam; um (0,8%) CAR/Cam; um (0,8%) Car/Arabia-India e um (0,8%) Sen/Aty. A talassemia 2 3.7Kb foi estudada em 110 pacientes, onde 30 (27,3%) foram heterozigotos e dois (1,8%) homozigotos. O uso de transfusão sangüínea foi maior em pacientes com HbF menor que ou igual a 10,0% (p=0,009). Pacientes com genótipos α diferentes apresentaram diferenças para os valores de Hb (p=0,018); Ht (p=0,019); VCM (p=0,0004) e HCM (p=0,039). Os níveis de HbF foram maiores entre os pacientes Ben/Ben que entre os CAR/CAR (p=0,007) e CAR/Ben (p=0,013). A análise das seqüências do HS2-LCR de dez indivíduos demonstrou a substituição G A na posição ?10.677, presente apenas entre os portadores do haplótipo Ben com nível elevado de HbF, sugerindo uma possível associação entre este polimorfismo, a expressão dos genes γ e a síntese da HbF. A análise da região promotora do gene γG demonstrou a substituição T C na posição -157, que parece ser uma seqüência característica entre os pacientes estudados. Também foi encontrada a deleção de 4 pb na posição ?222 a ?225 no gene γG e relacionado ao haplótipo Cam. Conclusões. Os dados demonstraram um novo polimorfismo localizado no HS2-LCR e na região promotora do gene γG da globina, justificando a realização de estudos adicionais, associando os níveis de HbF, marcadores biológicos e mecanismos relacionados, visando esclarecer um possível papel no desenvolvimento do fenótipo da doença. / Salvador
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Investigação de polimorfismos no promotor do gene interleucina 8 em indivíduos com periodontite

Kim, Yeon Jung [UNESP] 20 March 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-20Bitstream added on 2014-06-13T19:36:31Z : No. of bitstreams: 1 kim_yj_me_arafo.pdf: 638831 bytes, checksum: f183603fe99b8b5a6225e19af91a60e9 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O estudo investigou se há associação individual dos polimorfismos –353(A/T), -738(T/A) e -845(T/C) na região promotora do gene interleucina 8 (IL8), bem como de seus haplótipos, com suscetibilidade à periodontite em indivíduos Brasileiros. Foram selecionados 500 indivíduos de ambos os gêneros (Grupo Controle n=224 e Grupo Periodontite n=276) que procuraram atendimento na Faculdade de Odontologia de Araraquara. A partir do DNA obtido de células da mucosa oral, os polimorfismos -738(T/A) e -845(T/C) foram analisados por PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism), e o -353(A/T) por SSP-PCR (Sequence Specific Primer – PCR). Os fragmentos obtidos foram submetidos à eletroforese vertical em gel de poliacrilamida a 10%. Para analisar a freqüência dos genótipos e alelos foi utilizado o teste χ2, ou o programa CLUMP para os polimorfismos que mostraram alelos raros. Os haplótipos foram estimados pelo programa ARLEQUIN e a diferença na distribuição deles entre os grupos foi investigada por meio do programa CLUMP. Os resultados da análise individual dos polimorfismos não evidenciaram associação com a periodontite. Em relação aos haplótipos, as freqüências dos mesmos como alelos e/ou genótipos entre Grupo Controle e Grupo Periodontite apresentaram diferenças estatisticamente significantes considerando a população total e também a não fumante. Os indivíduos com o haplótipo CTA apresentaram-se 2,14 vezes mais susceptíveis à doença periodontal (p=0,0012, OR=2,14; 95% CI =1,6-3,38). Concluiu-se que houve associação dos haplótipos formados pelos polimorfismos –845(T/C), –738(T/A) e –353(A/T) no gene IL8 com a suscetibilidade a periodontite na população brasileira estudada. / The purpose of this study was to investigate whether there is an individual association of the –845(T/C), –738(T/A) and –353(A/T) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IL8 gene, as well as their haplotypes with susceptibility to periodontitis in Brazilian population. DNA was extracted from buccal epithelial cells from 500 Brazilian individuals (Control group n = 224, Periodontitis group n = 276). The –845 and –738 SNPs were genotyped by PCR-RFLP method (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). The –353 SNP was investigated using the Sequence Specific Primers Polymerase Chain Reaction method (SSP-PCR). Differences of the allelic and genotypic frequencies were assessed by Chi-squared test or by using the CLUMP program for rare alleles. Haplotypes were estimated using the ARLEQUIN program. Differences in the haplotype frequencies between the studied groups were assessed by the CLUMP program. No differences were observed in the allelic and genotypic distribution of all the investigated SNPs between control and periodontitis groups when they were analysed individually. The haplotypes distribution in the periodontitis and controls groups was significantly different both considering the total casuistic or the non-smokers subgroup only. Individuals with CTA haplotype seemed to be over twice more likely to develop periodontitis than individuals with other haplotypes (OR=2.14, 95% CI =1.36-3.38). The analysis of haplotypes constructed from –845(T/C), – 738(T/A) and –353 (A/T) polymorphisms in the IL8 gene demonstrated association with susceptibility to periodontitis in Brazilian individuals.
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Investigação de polimorfismos no gene do receptor 2 da interleucina 8 em indivíduos com periodontite

Viana, Aline Cavalcanti [UNESP] 24 March 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-24Bitstream added on 2014-06-13T18:57:08Z : No. of bitstreams: 1 viana_ac_me_arafo.pdf: 2263466 bytes, checksum: 281fb30cdd901d18de3b37fae96ad857 (MD5) / Objetivo: O presente estudo foi realizado para investigar a associação entre polimorfismos +785(C/T), +1208(T/C) e +1440(G/A) no gene do receptor 2 da interleucina 8 (CXCR2), bem como de seus haplótipos, e a suscetibilidade à Periodontite em indivíduos brasileiros. Material e Método: Foram selecionados 500 indivíduos de ambos os gêneros (Grupo Controle: n = 224, idade média 35,3 anos; Grupo Periodontite [GP] n = 276, idade média 43,4 anos) que procuraram atendimento na Faculdade de Odontologia de Araraquara. A partir de células da mucosa bucal, o DNA foi extraído por uma solução de solventes orgânicos (fenol:clorofórmio:álcool isoamílico; - 25:24:1). Os polimorfismos +785 e +1208 foram investigados pela técnica SSP-PCR (Sequence Specific Primer – PCR) enquanto que o polimorfismo +1440 foi analisado por PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism). Os fragmentos obtidos por PCR-RFLP e os produtos obtidos por SSP-PCR foram submetidos à eletroforese vertical em gel de poliacrilamida a 10% (locus +785 e +1208) e 14% (locus +1440), sendo depois corados com nitrato de prata. Resultados: Considerando a frequência de alelos e genótipos de cada polimorfismo isoladamente, não foi encontrada diferença estatisticamente significante entre os grupos. Quando analisados em haplótipos, a freqüência do haplótipo TCG foi significativamente maior no Grupo Periodontite (p=0,005; odds ratio [OR] = 3,54) do que no Controle. O haplótipo heterozigoto TCG/CCA foi relacionado com um aumento de suscetibilidade à periodontite na população total (p=0,015; OR=3,22). Conclusão: Os resultados deste estudo sugerem que haplótipos no gene CXCR2 estão associados com suscetibilidade à periodontite em indivíduos brasileiros. / Objective: This study investigated whether the +785(C/T), +1208(T/C) and +1440(G/A) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CXCR2 gene, as well as their haplotypes, would be associated with susceptibility to periodontitis in Brazilian individuals. Methods: Five hundred individuals in both genders (Control Group [CG] = 224, mean age 35.3 years; Periodontitis Group [PG] = 276, mean age 43.4 years) were recruited for this study from the patient pool of the School of Dentistry of Araraquara – FOAr/UNESP. DNA was extracted from buccal epithelial cells with a solution of organic solvents (phenol/chlorophorm/isoamilic alcohol, - 25:24:1). The +785 and +1208 SNPs were investigated using the Sequence Specific Primers Polymerase Chain Reaction method (SSP-PCR). The +1440 SNP was genotyped by the PCR-RFLP method (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). The SSP-PCR products and the RFLP fragments were submitted to polyacrylamide gel electrophoresis in a concentration of 10% and 14%, respectively, which were stained by silver staining method. Results: Considering each polymorphism allele and genotype frequency isolated, no differences were found between groups. The frequency of TCG haplotype was significantly higher in the Periodontitis group (p=0.005, odds ratio [OR] =3.54) than in the Controls. The heterozygous haplotype TCG/CCA was related to an increased susceptibility to Periodontitis in the total casuistic (p=0.015, OR=3.22). Conclusion: These data indicate that haplotypes in the CXCR2 gene were associated with susceptibility to periodontitis in brazilian individuals.
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Genetická diverzita lipana podhorního (Thymallus thymallus) a její vztah ke stavu jeho populací v ČR / Genetic diversity of European greyling (Thymallus thymallus) in the Czech Republic based on mitochondrial DNA variation

HAVELKA, Miloš January 2009 (has links)
Goal of this Thesis is the comparison of the Grayling˘s genetic diversity. The complete mitochondrial DNA (mtDNA) control region (1083 base pairs) and gene for cytochrom B (1076 base pairs) were sequenced in 147 European grayling (Thymallus thymallus), from 21 populations in Czech Republic, Slovakia and Bosnia. In samples, 17 haplotypes were detected with average haplotype diversity Hd = 0,5480 and genic differentiation (FST) from 0,001 to the 0.9341. The most common haplotype TH1 was detected in 92 samples. An inferred intraspecific phylogenetic tree revealed three well-separated clades. One clade was represented by Danubian haplotypes from Slovakia. Second highly divergent clade contained individuals from river Vrbas in Bosnia, and the last biggest clade included haplotypes of all three sea basins from Czech Republic. We suppose that the gained results will be later utilized to the choice of suitable conservation measures that will lead to stabilization of the state of ancestral population of this ever more rare species in our region.
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Avaliação imunogenética dos genes dos receptores TOLL-LIKE 7, 8 e 9 em pacientes com lupus eritematoso sistêmico

Santos, Bruno Paiva dos January 2011 (has links)
O Lupus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença crônica auto-imune caracterizada pela alta produção de auto-anticorpos contra antígenos nucleares e pela formação de imunocomplexos que desencadeiam resposta citotóxica. As causas do LES são desconhecidas, porém se têm alguns indícios bem descritos que alterações genéticas, imunológicas e/ou ambientais podem desencadear processos autoimunes que levam ao LES. Esses fatores são, por exemplo, vírus e o mimetismo molecular causado por proteínas virais, ou genéticos que interfiram em rotas de processamento de imunocomplexos, produção de interferon (IFN) e transdução de sinal em linfócitos. Os receptores Toll-Like (TLR) são receptores de padrões moleculares de patógenos e estão envolvidos na produção de IFN, além de ser um elo importante entre a imunidade inata e a adquirida. Os TLR7/8/9 reconhecem ácidos nucléicos e são expressos em células dendríticas e células B, importantes na patogênese do LES. O objetivo do nosso trabalho foi avaliar a infuência dos polimorfismos genéticos potencialmente funcionais rs179008 no TLR7, rs3764880 no TLR8, rs5743836 e rs352140 no TLR9 em uma amostra de 370 pacientes com LES e em uma amostra de 415 indivíduos saudáveis provenientes do sul do Brasil. O polimorfismo rs5743836 foi genotipado através da técnica de PCR alelo específico BIPASA enquanto que os demais foram genotipados por PCR-RFLP. As freqüências genotípicas e haplotípicas foram comparadas usando o teste de Qui-Quadrado e as freqüências alélicas usando o teste Exato de Fisher. As comparações foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica e sexo. As freqüências genotípicas e alélicas diferiram para rs179008 (P=0,020 e P=0,003; OR para presença do alelo T: 1,74 CI 95% 1,12-2,70) e rs5743836 (P=0,045 e P=0,017; OR para presença do alelo C: 1,59 CI 95% 0,99-2,57) nas comparações entre mulheres eurodescendentes controles e pacientes. Houve uma tendência na presença do alelo C em pacientes com Anti-Ro/SS-A comparados com pacientes sem Anti-Ro/SS-A (P corrigido = 0,06). As análises com haplótipos ou genótipos combinados não apresentaram diferenças estatisticamente significativas. Nossos dados sugerem que os alelos T do rs179008 e o alelo C do rs5743836 estão envolvidos na suscetibilidade/patogênese do LES em mulheres Eurodescedentes do sul do Brasil. / Systemic Lupus Erythematosus (SLE) is an autoimmune chronic disease characterized by high autoantibody production against nuclear antigens and by immunocomplexes formation that lead to citotoxicity. Causes of SLE are unknown, however there are some factors suggested to trigger autoimmune processes and result in SLE phenotype. These can be environmental, such as virus and molecular mimicry caused by their proteins, or genetic factors mainly related to immunocomplexes processing, interferon (IFN) production and the signal transduction pathway in lymphocytes. Toll-Like receptors (TLR) are pattern-recognition receptors and they are involved in IFN production, besides to be a link between the innate and acquired immune system. TLR7/8/9 recognize nucleic acids and are expressed mainly in dendritic and B cells. Our study aims to evaluate the prevalence of TLR7 rs179008, TLR8 rs3764880, TLR9 rs5743836 and rs352140, potencially functional polymorphisms, in 370 SLE patients and 415 healthy blood-donnors from southern Brazil. Rs5743836 polymorphism was genotyped trough allele-specific PCR BIPASA and the rest were genotyped through PCR-RFLP. Genotypic and allelic frequencies were compared using chi-square and exact fisher test, respectively. OR was calculated and clinical characteristics were evaluated. All comparisons were carried out grouping individuals according ethnicity and gender. Genotypic and allelic frequencies were significantly different for rs179008 (P=0.020 and P=0.003, OR for T allele carriers: 1.74, CI 95% 1.12-2.70) and rs5743836 (P=0.045 and P=0.017, OR for C allele carriers: 1.59, CI 95% 0.99-2.57) comparing European-derived SLE and control women. A trend in Anti-Ro/SS-A presence was observed for rs5743836 C allele carriers (corrected P=0.06). There were no statistical differences when haplotypes and combined genotypes were analyzed. Our data suggest both TLR7 rs179008 T allele and TLR9 rs5743836 C allele involved in SLE susceptibility/pathogenesis in women European-derived.

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