[Truncated abstract] This thesis investigates novel methods for the genetic association analysis of haplotype data in samples of unrelated individuals, and applies these methods to the analysis of coronary heart disease and related phenotypes. Determining the inheritance pattern of genetic variants in studies of unrelated individuals can be problematic because family members of the studied individuals are often not available. For the analysis of individual genetic loci, no problem arises because the unit of interest is the observed genotype. When the unit of interest is the linear combination of alleles along one chromosome, inherited together in a haplotype, it is not always possible to determine with certainty the inheritance pattern, and therefore statistical methods to infer these patterns must be adopted. Due to genotypic heterozygosity, mutliple possible haplotype configurations can often resolve an individual's genotype measures at multiple loci. When haplotypes are not known, but are inferred statistically, an element of uncertainty is thus inherent which, if not dealt with appropriately, can result in unreliable estimates of effect sizes in an association setting. The core aim of the research described in this thesis was to develop and implement a general method for haplotype-based association analysis using multiple imputation to appropriately deal with uncertainty haplotype assignment. Regression-based approaches to association analysis provide flexible methods to investigate the influence of a covariate on a response variable, adjusting for the effects of other variables including interaction terms. ... These methods are then applied to models accommodating binary, quantitative, longitudinal and survival data. The performance of the multiple imputation method implemented was assessed using simulated data under a range of haplotypic effect sizes and genetic inheritance patterns. The multiple imputation approach performed better, on average, than ignoring haplotypic uncertainty, and provided estimates that in most cases were similar to those observed when haplotypes were known. The haplotype association methods developed in this thesis were used to investigate the genetic epidemiology of cardiovascular disease, utilising data for the cholesteryl ester transfer protein gene (CETP), the hepatic lipase (LIPC) gene and the 15- lipoxygenase (ALOX15) gene on a total of 6,487 individuals from three Western Australian studies. Results of these analyses suggested single nucleotide polymorphisms (SNPs) and haplotypes in the CETP gene were associated with increased plasma high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C). SNPs in the LIPC gene were also associated with increased HDL-C and haplotypes in the ALOX15 gene were associated with risk of carotid plaque among individuals with premature CHD. The research presented in this thesis is both novel and important as it provides methods for the analysis of haplotypic associations with a range of response types, while incorporating information about haplotype uncertainty inherent in populationbased studies. These methods are shown to perform well for a range of simulated and real data situations, and have been written into a statistical analysis package that has been freely released to the research community.

Hemos analizado la variabilidad genética de una zona no codificante autosómica, el pseudogén homólogo al gen de la glucocerebrosidasa (psGBA). Parte del análisis se ha realizado desde la perspectiva de la genética de poblaciones humanas. Desde un punto de vista más genómico hemos establecido la dinámica de la región, a fin de entender las causas del espectro de variación. Hemos analizado el papel de la mutación, recombinación, conversión génica y, especialmente, selección. Por otra parte, psGBA es importante en la producción de alelos complejos GBA-psGBA, que provocan los tipos más severos de la enfermedad de Gaucher. Mostramos cómo el conocimiento de la variabilidad en psGBA ayuda al reconocimiento de estos alelos complejos. Finalmente, con los datos de variabilidad de dos regiones parálogas situadas en la misma región cromosómica (gen GBA / pseudogen psGBA) hemos comparado los patrones de mutación que presenta una misma secuencia bajo diferentes presiones selectivas. / We have analyzed the genetic variability in a non-coding autosomal region, the pseudogene homologous to the glucocerebrosidase gene (psGBA).Part of the analysis has been performed from the human populations point of view.From a more genomic perspective, we have established the region dynamics in order to understand the causes of the variability pattern. We have analyzed the role of mutation, recombination, gene conversion and, especially, selection.On the other hand, psGBA is important in the production of complex alleles GBA-psGBA, that lead to the most severe types of Gaucher disease. We show how the knowledge of psGBA variability helps to the identification of those complex alleles.Last, from the variability data from two paralogous regions located in the same chromosomal region (GBA gene /psGBA pseudogene) we have compared the mutation patterns shown by the same sequence under different selective pressures.

Les technologies actuelles permettent d'explorer le génome entier pour y découvrir des variants génétiques associés aux maladies. Cela implique des outils bioinformatiques adaptés à l'interface de l'informatique, des statistiques et de la biologie. Ma thèse a porté sur l'exploitation bioinformatique des données génomiques issues de la cohorte GRIV du SIDA et du projet international IHAC (International HIV Acquisition Consortium). Posant les prémices de l'imputation, j'ai d'abord développé le logiciel SUBHAP. Notre équipe a montré que la région HLA était essentielle dans la non progression et le contrôle de la charge virale et cela m'a conduit à étudier le phénotype non-progresseur non " elite ". J'ai ainsi révélé un variant du gène CXCR6 qui, en dehors du HLA, est le seul résultat identifié par approche génome-entier et répliqué. L'imputation des données du projet IHAC (10000 patients infectés et 15000 contrôles) a été réalisée et des premières associations sont en cours d'exploration.

Daktaro disertacijos „Nėštumo laukimo laiką prognozuojančių veiksnių tyrimas“ tikslas - įvertinti nėštumo laukimo laiko sąsajas su demografiniais, socialiniais, gyvensenos, darbo, aplinkos ir genetiniais veiksniais ir sudaryti prognostinius jų įtakos modelius. Tyrimo uždaviniai: 1.Įvertinti demografinių, socialinių, gyvensenos, darbo ir gyvena–mosios aplinkos veiksnių sąsajas su nėštumo laukimo laiku. 2.Sudaryti svarbiausių demografinių, socialinių, gyvensenos, darbo ir gyvenamosios aplinkos veiksnių, kurie nulemia 12 mėnesių ir ilgesnį nėštumo laukimo laiką, prognostinį įvertinimo modelį. 3.Įvertinti FSH receptoriaus geno polimorfizmo variantų įtaką nėš–tumo laukimo laikui. 4.Sudaryti FSH receptoriaus geno polimorfizmo įtakos svarbiausiems demografiniams, socialiniams, gyvensenos, darbo ir gyvenamosios aplinkos veiksniams, kurie nulemia 12 mėnesių ir ilgesnį nėštumo laukimo laiką, prognostinį modelį. Nustatėme, kad svarbiausi nepriklausomi 12 mėnesių ir ilgesnį nėštumo laukimo laiką nulemiantys prognostiniai veiksniai yra 30 metų ir vyresnis amžius, anksčiau gydyti vaisingumo sutrikimai, ginekologinės ligos, kontracepcijos priemonių naudojimas iki nėštumo planavimo pradžios ir FSH receptoriaus geno SER/SER variantas, kurie pastojimo po 12 ir daugiau mėnesių tikimybę didino, atitinkamai, 1,95, 1,57, 2,21, 1,87 ir 1,68 kartus. / “Study of time to pregnancy prognostic factors”. The aim of the study was to investigate the relation between various factors and female fecundity, which was expressed as time to pregnancy (TTP) and to create prognostic models. Tasks of the study were: 1.Estimate the relation between socioeconomic, demographic, life-style, environmental and job-related factors and time to pregnancy; 2.Create prognostic valuation model for the most important social, demographic, life-style, environmental and job-related factors what are associated with 12 month or longer time to pregnancy; 3.Estimate the impact of FSH receptor gene polymorphism variant on time to pregnancy; 4.Create prognostic model for the most important factors what are associated with 12 month or longer time to pregnancy under the influence of FSH receptor gene polymorphism. We established, that the most important independent risk factors prognoses time to pregnancy of 12 or more months in women analyzed for FSH receptor gene polymorphism group were older age, having gynecological diseases or fertility problems in the past, the use of contraception prior to conception and SER/SER polymorphism variant, what increased the probability of conceiving after 12 or more months 1.95, 1.57, 2.21, 1.87 and 1.68 times respectively.

Thesis (Ph.D. in Clinical Science) -- University of Colorado Denver, 2008. / Typescript. Includes bibliographical references (leaves 96-120). Free to UCD Anschutz Medical Campus. Online version available via ProQuest Digital Dissertations;

Submitted by CHERLYNN DANIELA DA SILVA ARCE null (cdprado@outlook.com) on 2018-04-03T20:24:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Cherlynn_Daniela_da_Silva_Arce.pdf: 1179630 bytes, checksum: c8a13228e501d97cb1dd118aca364265 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-04-04T13:21:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 arce_cds_me_jabo.pdf: 1179630 bytes, checksum: c8a13228e501d97cb1dd118aca364265 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-04T13:21:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arce_cds_me_jabo.pdf: 1179630 bytes, checksum: c8a13228e501d97cb1dd118aca364265 (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com o avanço dos estudos em genética e da tecnologia aplicada à genotipagem de marcadores moleculares, a identificação de polimorfismos associados às características de interesse econômico se tornou mais acessível, possibilitando a sua utilização aumentar a acurácia de modelos de predição do mérito genético dos animais. Esse avanço também possibilitou aumentar a acurácia dos estudos para identificação de QTLs para características de interesse econômico. Entretanto, os marcadores comumente utilizados para tal fim são os SNPs, que por serem bi-alélicos podem não ser muito eficientes na identificação dos QTLs. Os haplótipos, multi-alélicos, apresentam maior possibilidade de estarem em desequilíbrios de ligação (DL) com os QTLs. Dessa forma, objetivou-se no presente trabalho identificar o melhor método de construção de haplótipos para utilização em estudos de detecção de QTLs, a partir da comparação dos três métodos mais comumente utilizados para este fim. Foram utilizadas três populações simuladas representando características com três diferentes valores de herdabilidade, para as quais foram armazenados os dados fenotípicos, genotípicos e de pedigree dos 6.000 animais da população mais recente: Pop1 com herdabilidade baixa (0,10); Pop2 com herdabilidade moderada (0,25); e, Pop3 com herdabilidade alta (0,35). Os genomas simulados consistiram de 750.000 marcadores do tipo SNP, e 750 QTLs, com dois a quatro alelos, dispostos aleatoriamente em 29 cromossomos com tamanho total de 2.333 centimorgans (cM). A partir da simulação foram eliminados os SNPs cuja frequência do menor alelo foi menor que 0,1, restando 576.027, 577.189 e 576.675 marcadores para as populações Pop1, Pop2 e Pop3, respectivamente. A variação fenotípica foi de 1,0 e a variação dos QTLs foi de 50% das herdabilidades, para cada população. As médias dos DL para cada cromossomo, medidas pela estatística D', variaram de 0,20 até 0,30 para todas as populações, na última geração. Foram construídos haplótipos utilizando três métodos: Intervalo de Confiança (IC), Regra de Quatro Gametas (RQG) e Janelas Sobrepostas (JS). Para Pop1, no cromossomo 15, os métodos IC, RQG e JS identificaram cinco, oito e sete QTLs, respectivamente. Somente um QTL foi identificado nos cromossomos 19 e 29. Para a característica de herdabilidade alta, foi identificado um QTL no cromossomo 11. Em relação às análises de associação utilizando SNPs individuais, foram identificados quatro QTLs no cromossomo 15. Para a característica de herdabilidade moderada, não foram encontrados haplótipos ou SNPs isolados significativos. A metodologia de formação de haplótipos baseado na RQG foi considerada a mais eficiente para detecção de QTLs em relação aos métodos IC e JS, bem como ao uso dos SNPs isolados. / With the advancement of genetic studies and the technology applied to the genotyping of molecular markers, the identification of polymorphisms associated with the characteristics of economic interest became more accessible, allowing its use to increase the accuracy of prediction models of the genetic merit of the animals. This advance also made it possible to increase the accuracy of studies to identify QTLs for characteristics of economic interest. However, the commonly used markers for this purpose are SNPs, which because they are bi-allelic may not be very efficient in identifying QTLs. The haplotypes, multi-allelic, are more likely to be in linkage disequilibrium (LD) with QTLs. Thus, the objective of this work was to identify the best haplotype construction method for use in QTLs detection studies, by comparing the three methods most commonly used for this purpose. Three simulated populations representing characteristics with three different heritability values were used for which the phenotypic, genotypic and pedigree data of the 6,000 animals were stored: Pop1 with low heritability (0.10); Pop2 with moderate heritability (0.25); and, Pop3 with high heritability (0.35). The simulated genomes consisted of 750,000 SNP-type markers, and 750 QTLs, with two to four alleles, arranged randomly on 29 chromosomes with a total size of 2,333 centimorgans (cM). From the simulation the SNPs whose frequency of the lowest allele was less than 0.1 were eliminated, leaving 576,027, 577,189 and 576,675 markers for Pop1, Pop2 and Pop3 populations, respectively. The phenotypic variation was 1.0 and the variation of QTLs was 50% of the heritabilities, for each population. The mean LD for each chromosome, measured by the D' statistic, ranged from 0.20 to 0.30 for all populations in the last generation. Haplotypes were constructed using three methods: Confidence Interval (CI), Four Gametes Rule (FGR) and Sliding-Window (SW). For Pop1, on chromosome 15, CI, FGR and SW methods identified five, eight and seven QTLs, respectively. Only one QTL was identified on chromosomes 19 and 29. For the high heritability characteristic, a QTL was identified on chromosome 11. Regarding the association analyzes using individual SNPs, four QTLs were identified on chromosome 15. For the moderate heritability characteristic, no significant isolated haplotypes or SNPs were found. The methodology of haplotype formation based on the FGR was considered the most efficient for the detection of QTLs in relation to CI and SW methods, as well as to the use of isolated SNPs.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T20:46:00Z No. of bitstreams: 1 Joelma Figueiredo Menezes Estudo de polimorfismos....pdf: 11425878 bytes, checksum: 175372593b635c3bd50b3a10af52fc30 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T20:46:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joelma Figueiredo Menezes Estudo de polimorfismos....pdf: 11425878 bytes, checksum: 175372593b635c3bd50b3a10af52fc30 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Indivíduos com doença falciforme (DF) apresentam estresse oxidativo (EO) constante, que é decorrente da deficiência nos sistemas antioxidantes, caracterizados pela produção de espécies reativas do oxigênio (EROS) de origem multifatorial, principalmente geradas pelo processo hemolítico. Objetivo. Investigar polimorfismos relacionados ao estresse oxidativo nos genes HFE da hemocromatose hereditária (c.282C>Y, c.63H>D e c.65S>C); haptoglobina (HP), glutationa S-transferase (GST) (GSTT1 e GSTM1) e paraoxonase (PON1) (c.55L>M e c.192Q>R), associando-os aos dados hematológicos e bioquímicos, aos níveis séricos de vitamina C, paraoxonase 1 e receptor de transferrina e histórico clínico de pacientes com doença falciforme. Casuística e Métodos. A casuística foi composta por 153 indivíduos com DF (HbSS e HbSC) e 196 crianças saudáveis. O perfil de hemoglobinas foi determinado por HPLC. Os polimorfismos nos genes HFE, HP, GST, PON1, a presença da talassemia alfa 3,7Kb e 4,2Kb e dos haplótipos ligados ao grupo de genes da globina beta foram investigados por PCR e PCR-RFLP. A avaliação do perfil lipídico, hepático, função renal, inflamatório e metabolismo do ferro foram realizadas por técnicas espectrofotométricas. Os níveis séricos de vitamina C, receptor de transferrina solúvel e hemeoxigenase 1 total foram detectados por ELISA. Resultados. O estudo de polimorfismos no gene da GST demostrou que o genótipo Mu nulo foi o mais frequente em ambos os grupos estudados; a análise hematológica , nos indivíduos HbSS revelou diferença significante para os parâmetros de leucócitos (p=0,0452), de segmentados neutrófilos (p=0,0224) e o evento de STA (p=0,0423); nos indivíduos com DF foram encontradas diferenças para a uréia (p=0,0288) e ferritina (p=0,0316). No estudo do gene da Haptoglobina nos indivíduos com DF encontrou-se diferença significativa para contagem de reticulócitos (p=0,0167), ferritina sérica (p=0,0493); contagem de linfócitos típicos (p=0.0422) e LDH (p=0,0181); nos HbSS encontrou-se diferença para creatinina (p=0,0178) e ALT (p=0,0127). Para o gene HFE foi encontrada diferença significativa entre os alelos selvagem e mutante para o polimorfismo c.63H>D e contagem de plaquetas (p=0,0311) em indivíduos com DF; para o polimorfismo c.65S>C observou-se diferenças estatisticamente significativas para hemoglobina (p=0,0044) e hematócrito (p=0,0078). Nos HbSC para o polimorfismo c.63H>D observou-se entre os alelos selvagem e mutante diferenças significativas com o VCM (p=0,0032), HCM (p=0,0010) e linfócitos típicos (p=0,0242). Entre os indivíduos HbSS observou-se diferença significativa entre os alelos estudados e plaquetas (p=0,0078). Para a mutação c.65S>C observou-se diferenças significativas para os parâmetros de hemoglobina (p=0,0265) e hematócrito (p=0,0407) nos indivíduos HbSS e hemoglobina (p=0,0051) e hematócrito (p=0,0060) nos indivíduos HbSC. A análise do histórico clínico dos indivíduos com DF e o polimorfismo c.63H>D demonstrou diferença significativa para esplenomegalia, OR=3,38 (0,93 -12,22) e p=0,0402. Nos indivíduos HbSS foi encontrada diferença significativa entre os alelos c.63H>D e infecção, com OR=0,29 (0.07 -1,18) e p=0,0455. Para o gene PON1, a avaliação da atividade da PON1 nos indivíduos DF entre os alelos selvagem e mutante revelou diferença estatisticamente significativa, tendo o alelo selvagem maior atividade da PON1 que alelo mutante; para o polimorfismo PON1c.192Q>R observou-se entre os alelos selvagem e mutante diferenças significativas para as variáveis bioquímicas VLDL-C (p=0,0267) e triglicérides (p=0,0127). Nos HbSC verificou-se diferença estatística significativa para o PON1c.192Q>R e concentração de hemoglobina (p=0,0459), hematócrito (p=0,0225) e contagem de linfócitos típicos (p=0,0364). Para o PON1c.55L>M observou-se diferença significativa com a idade (p=0,0139), plaquetas (p=0,0109), creatinina (p=0,0329) e PCR (p=0,0141). Observou-se associação entre atividade da PON1 e esplenectomia (p=0,001); para hemeoxigenase e ferro sérico (p=0,023); e para vitamina C observamos correlação com colesterol HDL (p=0,037). Há correlação entre glutationa e vitamina C (p=0,035).Conclusões: Os polimorfismos estudados podem estar agindo sinergicamente com a hemoglobina variante S e assim influenciar na gravidade da doença, necessitando de outros estudos para validar estes resultados, uma vez que algumas destas investigações foram realizadas pela primeira vez neste grupo de indivíduos. / Patients with sickle cell disease (SCD) has continued oxidative stress (OS), which is resulting from ineffective antioxidant systems, characterized by production of reactive oxygen species (ROS) of multifactorial origin, mainly generated by the hemolytic process. Objective: To investigate polymorphism related to oxidative stress in hereditary hemochromatosis HFE gene (c.282C>Y, c.63H>D c.65S and D>C), haptoglobin (HP), glutathione S-transferase (GST) (GSTT1 and GSTM1) and paraoxonase (PON1) (c.55L>M and c.192Q>R), in association with the hematological and biochemical data, serum levels of vitamin C, paraoxonase 1, transferrin receptor and clinical manifestations of SCD patients. Methods. The sample included 153 individuals with SCD (HbSS and HbSC) and 196 healthy children. The profile of hemoglobin was determined by HPLC. The HFE gene polymorphisms, HP, GST, PON1, the presence of alpha thalassemia 3.7 Kb, 4.2 Kb and haplotypes of the beta gene cluster were investigated by PCR and PCR-RFLP. The lipid profile, liver, renal function, inflammation and iron metabolism was performed by spectrophotometric techniques. Serum levels of vitamin C, soluble transferrin receptor and total hemeoxigenase were investigated by ELISA. Results: The GST Mu null genotype was more frequent in both groups and both polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. In the HbSS observed significant differences in the parameters of leukocytes (p = 0.0452) and segmented neutrophils (p = 0.0224) and event STA (p = 0.0423). Individuals with SCD had differences for urea (p = 0.0288) and ferritin (p = 0.0316). Evaluating the Haptoglobin gene in individuals with SCD found a significant difference for reticulocyte count (p = 0.0167), serum ferritin (p = 0.0493); typical lymphocyte count (p = 0.0422) and LDH (p = 0.0181); in the HbSS were found differences for creatinine (p = 0.0178) and ALT (p = 0.0127). For the HFE gene was found significant differences were observed between wild and mutant alleles for the polymorphism c.63H> D and platelet count (p = 0.0311) in individuals with SCD; for polymorphism c.65S> C were differences were statistically significant for hemoglobin (p = 0.0044) and hematocrit (p = 0.0078). In the HBSC observed significant differences in MCV (p = 0.0032), MCH (p= 0.0010) and typical lymphocytes (p = 0.0242). Among subjects HbSS were observed significant differences between alleles and platelets (p = 0.0078). For mutation c.65S> C showed significant differences in the parameters of hemoglobin (p=0.0265) and hematocrit (p=0.0407) in HbSS individuals, and hemoglobin (p=0.0051) and hematocrit (p=0.0060) in subjects HbSC. The analysis of the clinical history of individuals with SCD and polymorphism c.63H> D there was a significant difference for splenomegaly, OR = 3.38 (0.93 -12.22) and p = 0.0402. In HbSS individuals significant difference was found between alleles c.63H> D and infection, with OR = 0.29 (0.07 -1.18) p = 0.0455. For the PON1 gene, The activity assessment of PON1 in the individuals DF with wild and mutant genotypes showed statistically significant differences, the wild-type allele showed higher PON1 activity than the mutant allele; for the biochemical parameters to polymorphism PON1c.192Q> R and the values of VLDL-C (p = 0.0267) and triglycerides (p = 0.0127). In HbSC there was a statistically significant difference for PON1c.192Q> R and hemoglobin (p = 0.0459), hematocrit (p = 0.0225) and typical lymphocyte count (p = 0.0364). For PON1c.55L> M there was significant difference with age (p = 0.0139), platelets (p = 0.0109), creatinine (p = 0.0329) and CRP (p= 0.0141). There was an association between PON1 activity and splenectomy (p = 0.001) for hemeoxigenase and serum iron (p = 0.023), and vitamin C showed a correlation with HDL cholesterol (p = 0.037). There is a correlation between glutathione and vitamin C (p=0.035) Conclusions: The polymorphisms could be acting synergistically with this hemoglobin variant S, and influence the severity of disease, have been necessary further studies to validate these results, since some of these investigations were performed for the first time in this group of individuals.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1356987 bytes, checksum: 030b61d243d62bcfe2b52e6110cb33b0 (MD5) Previous issue date: 2009-07-31 / The angular leaf spot, incited by the fungus Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & U. Braun is one of the major diseases that affect the culture of the bean, can be found in all producing regions, especially when the culture is subjected to condition of mild temperatures in irrigated crops. This condition coupled with the use of susceptible cultivars favors the occurrence of the disease causes losses in production reaching 80%. An option to control the disease is the use of resistant cultivars. However, the efficiency in the use of resistance depends on knowledge of pathogenic variability and geographical distribution of the pathogen. Several studies have shown the extensive pathogenic variability of P. griseola and their co-evolution with the Andean and Mesoamerican gene pools of common bean. By the process of co-evolution, populations of P. griseola can also be divided into two gene pools: Andean (P. griseola formae griseola) that had parallel evolution with varieties of Andean origin beans, being able to bring the disease only in Andean beans; and Mesoamerican (P. griseola formae mesoamericana) that had parallel evolution with varieties of Mesoamerican origin beans, being able of inciting disease in Mesoamerican beans and also in some Andean beans. The main objectives of this study were characterized isolates of P. griseola, from nine cities in three regions of Minas Gerais State - Brazil, using the differential varieties; evaluate sources of resistance to the pathogen used by the Beans Improvement Program of BIOAGRO/UFV against these isolates; and, through the ITS region (ITS1-5,8S-ITS2) of the rDNA gene cluster, to characterize the genetic diversity of 48 isolates of P. griseola, using the universal primers ITS1 and ITS4. With the support of differential varieties were characterized 31 isolates monosporic of P. griseola, obtaining 15 distinct pathotypes, which demonstrates the highvariability of this pathogen. The pathotype 63-63 was the most frequent with 12 of the 31 isolates characterized and was detected in seven of the nine cities visited. The pathotype 63-23 occurred in three cities with the frequency of three isolates, the pathotypes 63-7, 15-7 and 47-39 occurred in two cities each with a frequency of two isolates and the other occurred in a single city with the frequency of one isolate. The fact that several isolates were characterized as pathotype 63-63, in other words, which present reaction of compatibility with all differential varieties, suggests that the differential series needs to be revised, possibly with the inclusion of new varieties and/or exclusion of certain vatieties, in order to better discrimination in pathotypes. All isolates showed reaction compatibility with the of Andean and Mesoamerican varieties, which classifies them as belonging to the Mesoamerican group. Varieties Mexico 54, BAT 332, Cornell 49-242, AND 277 and MAR-2, used by the Beans Improvement Program of BIOAGRO/UFV, were resistant, respectively, 11, 10, 11, 10 and 8 of the 15 pathotypes characterized. Nevertheless, none of the sources used was resistant to pathotype 63-63 characterized from isolates identified as A18, A212, AJ12, B146, B750, C11, SM17, SM20 and SM211 showing the need to seek new access that offer resistance to angular leaf spot. Another finding is that some isolates characterized as the same pathotype provided differing responses when inoculated into sources of resistance, showing that there are differences in relation to pathogenicity. The analysis of the inoculations in this differential series also showed that the varieties Don Timoteo, G11796 and Bolón Bayo are not relevant in discrimination of pathotypes. These two findings provide, once again, support for the proposed revision of the genotypes used in the differential series of angular leaf spot. The genetic variability of P. griseola is also examined through several other types of analysis involving morphological and molecular characters. In this work, through analysis of the ITS region (ITS1-5,8S-ITS2) of rDNA, using the universal primers ITS1 and ITS4, held a study on the genetic diversity of isolates of P. griseola, obtained in the State of Minas Gerais (Brazil) and elsewhere in the world, showing the efficiency of the ITS region for this purpose. It was found that there are five different haplotypes, grouped by the existence of five mutations among the sequences studied. These haplotypes formed two haplogroups: one consisting by all isolates ofMesoamerican origin (three haplotypes) and other consisting by isolates of Andean origin and isolates that do not have information about the gene pool (two haplotypes). This result indicates that the isolates that lack the gene pool defined, possibly belonging to the collection of Andean P. griseola. The finding that all isolates obtained in State of Minas Gerais belong to the Mesoamerican gene pool proves the existence of co-evolution between Phaseolus vulgaris and Pseudocercospora griseola, since in Brazil predominate the cultivation of beans Mesoamerican gene pool. / A mancha angular, incitada pelo fungo Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & U. Braun é uma das principais doenças que acometem a cultura do feijoeiro, podendo ser encontrada em todas as regiões produtoras, principalmente quando a cultura é submetida à condição de temperaturas amenas em cultivos irrigados. Esta condição aliada ao uso de cultivares suscetíveis favorece a ocorrência da doença ocasionando perdas na produção que atingem 80%. Uma opção de controle da enfermidade é o uso de cultivares resistentes. No entanto, a eficiência no uso da resistência depende do conhecimento sobre a variabilidade patogênica e distribuição geográfica do patógeno. Diversos trabalhos têm mostrado a ampla variabilidade patogênica de P. griseola e a sua co-evolução com os pools gênicos Andino e Mesoamericano do feijoeiro. Pelo processo de co-evolução, populações de P. griseola também podem ser divididas em dois pools gênicos: Andino (P. griseola formae griseola) que tiveram evolução paralela com variedades de feijão de origem Andina, sendo capazes de incitar a doença apenas em feijões Andinos; e Mesoamericano (P. griseola formae mesoamericana) que tiveram evolução com variedades de feijão de origem Mesoamericana, sendo capazes de incitar a doença em feijões Mesoamericanos e também em alguns feijões Andinos. Os principais objetivos deste estudo foram: caracterizar isolados de P. griseola, provenientes de nove cidades de três regiões do Estado de Minas Gerais - Brasil, utilizando as variedades diferenciadoras da mancha angular; avaliar fontes de resistência ao patógeno utilizadas pelo Programa de Melhoramento do Feijoeiro do BIOAGRO/UFV frente a estes isolados; e através da região ITS (ITS1-5,8S-ITS2) do cluster gênico do rDNA caracterizar a diversidade genética de 48 isolados de P. griseola, utilizando os primers universais ITS1 e ITS4. Com o auxílio das variedades diferenciadoras, foramcaracterizados 31 isolados monospóricos de P. griseola, obtendo-se 15 patótipos distintos, o que demonstra a alta variabilidade deste patógeno. O patótipo 63-63 foi o mais frequente com 12 dos 31 isolados caracterizados e foi detectado em sete das nove cidades visitadas. O patótipo 63-23 ocorreu em três cidades com a frequência de três isolados; os patótipos 63-7, 47-39 e 15-7 ocorreram em duas cidades cada um, com a frequência de dois isolados e os demais patótipos ocorreram em uma única cidade com a frequência de um isolado. A constatação de que vários isolados foram caracterizados como patótipo 63-63, ou seja, apresentam reação de compatibilidade com todas as variedades diferenciadoras, sugere que a série diferenciadora necessita ser revista, possivelmente, com a inclusão de novas variedades e/ou exclusão de determinadas variedades, visando melhor discriminação em patótipos. Todos os isolados apresentaram reação de compatibilidade com as variedades Andinas e Mesoamericanas, o que os classifica como pertencentes ao grupo Mesoamericano. As variedades México 54, BAT 332, Cornell 49-242, AND 277 e MAR-2, utilizadas pelo Programa de Melhoramento do Feijoeiro do BIOAGRO/UFV, foram resistentes, respectivamente, a 11, 10, 11, 10 e 8 dos 15 patótipos caracterizados. Apesar disso, nenhuma das fontes utilizadas foi resistente ao patótipo 63-63 caracterizado a partir dos isolados identificados como A18, A212, AJ 12, B1 46, B7 50, C11, SM 17, SM 20 e SM211 evidenciando a necessidade de se buscar novos acessos que ofereçam resistência à mancha angular. Outra constatação é que alguns isolados caracterizados como um mesmo patótipo proporcionaram reações diferenciadas quando inoculados nas fontes de resistência, mostrando que existem diferenças em relação à patogenicidade. As análises das inoculações na série diferenciadora ainda evidenciaram que as variedades Don Timóteo, G11796 e Bolón Bayo não estão sendo relevantes na discriminação dos patótipos. Estas duas constatações oferecem, mais uma vez, suporte para a proposta de revisão dos genótipos utilizados na série diferenciadora da mancha angular. A variabilidade genética de P. griseola tem sido examinada também através de diversos outros tipos de análises envolvendo caracteres morfológicos e moleculares. Neste trabalho, através de análises da região ITS (ITS1-5,8S-ITS2) do rDNA, utilizando os primers universais ITS1 e ITS4, realizou-se um estudo acerca da diversidadegenética de isolados de P. griseola, obtidos no Estado de Minas Gerais (Brasil) e em outras localidades do mundo, evidenciando a eficiência da região ITS para este propósito. Verificou-se a existência de cinco haplótipos distintos, agrupados pela existência de cinco mutações entre as sequências estudadas. Estes haplótipos formaram dois haplogrupos: um constituído por todos os isolados de origem Mesoamericana (três haplótipos) e outro constituído por isolados de origem Andina e por isolados que não possuem informações acerca do pool gênico (dois haplótipos). Este resultado indica que os isolados que não possuem o pool gênico definido, possivelmente, pertencem ao acervo Andino de P. griseola. A constatação de que todos os isolados obtidos no Estado de Minas Gerais pertencem ao pool gênico Mesoamericano comprova a existência de co-evolução entre Phaseolus vulgaris e Pseudocercospora griseola, já que no Brasil predomina o cultivo de feijão do pool gênico Mesoamericano.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-11T20:37:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leandro Prado Felício - 2013.pdf: 4839350 bytes, checksum: 07898140311917429ab55aa63ad5324e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-11T20:38:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leandro Prado Felício - 2013.pdf: 4839350 bytes, checksum: 07898140311917429ab55aa63ad5324e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-11T20:38:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leandro Prado Felício - 2013.pdf: 4839350 bytes, checksum: 07898140311917429ab55aa63ad5324e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-01-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The HLA-E locus is a Human Major Histocompatibility Complex (MHC) gene associated with immune-modulation and suppression of the immune response by the interaction with specific NK and T cell receptors. The HLA-E gene is considered the most conserved locus in the human HLA; however, this low variability might be a consequence of the scarce number of studies focusing this subject. In this mastering thesis we assessed the HLA-E coding and 3’ untranslated region variability in a group of individuals from Brazil and the results were evaluated together with data from the 1000Genomes Consortium. Altogether, only 28 variation sites were found in approximately 2724 bp evaluated. These variation sites were arranged into 33 haplotypes, most of them (98.2%) encoding one of the two HLA-E molecules found worldwide, i.e., the molecules associated with the allele groups E*01:01 and E*01:03. Interestingly, 85% of all haplotypes were represented by only three different sequences, each of them associated with one of the main known HLA-E coding alleles, E*01:01:01, E*01:03:01 and E*01:03:02, all of them found worldwide. This phenomenon, together with the comparisons with other primate sequences, reveals that these two main allele groups (and molecules) arose early before human speciation, and indicates that E*01:03:01 might be the oldest allele. In addition, the low nucleotide diversity found for the HLA-E coding and 3’UTR in worldwide populations suggests that the HLA-E gene is in fact a conserved gene, which might be a consequence of its key role in the modulation of the immune system. / O loco HLA-E é um gene do Complexo Principal de Histocompatibilidade Humano (MHC), cujo produto está relacionado com a modulação e supressão da resposta imunitária por meio da interação com receptores específicos das células NK e linfócitos T. O gene HLA-E é considerado o loco menos polimórfico dos genes do complexo HLA, no entanto, esta baixa variabilidade pode ser uma consequência do pequeno número de estudos realizados sobre esse tema. No presente trabalho, a variabilidade das regiões codificadoras e 3’ não traduzida do gene HLA-E foi analisada em amostras brasileiras e os resultados foram comparados com dados obtidos pelo projeto 1000Genomes. Considerando todas as populações avaliadas, apenas 28 pontos de variação foram encontrados em uma região de aproximadamente 2724-pb. Estes pontos de variação estão arranjados em 33 haplótipos diferentes, a maioria deles (98%) codificando uma das duas moléculas HLA-E frequentemente encontradas, E*01:01 e E*01:03. Ainda, 85% dos haplótipos encontrados foram representados por apenas três sequências diferentes, cada uma deles associada a um dos principais alelos da região codificadora do gene HLA-E, E*01:01:01, E*01:03:01 e E*01:03:02. Todas essas sequências foram encontradas em todas as populações avaliadas. Este fenômeno, em conjunto com as comparações envolvendo sequências de primatas, sugere que estes dois grupos de alelos principais (e moléculas) surgiram antes da especiação e dispersão humana, além de indicar que o alelo E*01:03:01 pode ser o mais antigo dentre os demais. Ainda, a baixa diversidade nucleotídica encontrada para a região codificadora e 3' NT do gene HLA-E em populações de todo o mundo sugere que este gene é, de fato, bastante conservado, provavelmente devido ao seu papel chave na modulação das respostas imunes.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2017-09-13T17:35:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariana Paiva Lopes - 2014 .pdf: 2192084 bytes, checksum: e551c174d821b3b398247680a94c40cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-09-19T13:59:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariana Paiva Lopes - 2014 .pdf: 2192084 bytes, checksum: e551c174d821b3b398247680a94c40cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T13:59:44Z (GMT). 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Whereas the bladder urothelium can constantly be the target of inflammatory processes and as the main forms of treatment of bladder tumors are immunotherapy, the genetic profile of an individual can influence susceptibility to this type of injury. In this study, we analyzed the structure and variability of the regulatory region of the TNF gene in Brazilian samples and the results were compared with data obtained by 1000Genomes project. A study of association between polymorphisms of the promoter region of TNF and bladder carcinoma patients in the state of São Paulo in Ribeirão Preto, in our analysis was conducted there was no relationship of the data found with bladder carcinoma. In all evaluated populations we found 15 variation points, found in 11 Brazilian and 15 variation points found in the 1000Genomes data, these variation points are arranged in 20 different haplotypes. These haplotypes with comparisons involving primate sequences indicated that one allele arose before the main speciation and human dispersion. Two strains were defined by haplotype relationships and are probably very old in human evolutionary history, since all populations evaluated showed haplotypes belonging to each of these strains. The frequency of haplotype H01 is the highest among all populations evaluated. However, the haplotype H12, although at reduced frequency compared to H01 is probably the oldest haplotype in part by the second line being shared with other primates. / O gene do Fator de Necrose Tumoral (TNF) humano está localizado no MHC (Complexo Principal de Histocompatibilidade) central, região conhecida como classe III. Este gene codifica uma citocina pró-inflamatória importante, produzida principalmente por macrófagos, que tem sido relacionada com diversas doenças, como as autoimunes e as degenerativas. Estudos indicam que polimorfismos do TNF podem influenciar seu nível de expressão e atividade e, portanto, poderiam influenciar a susceptibilidade a tumores. Considerando que o urotélio vesical pode ser constantemente alvo de processos inflamatórios e que as principais formas de tratamento de tumores vesicais são imunoterápicos, o perfil genético de um indivíduo pode influenciar a susceptibilidade a esse tipo de lesão. Neste estudo analisamos a estrutura e a variabilidade da região regulatória do gene TNF em amostras brasileiras e os resultados foram comparados com dados obtidos pelo projeto 1000Genomes. Foi realizado um estudo de associação entre polimorfismos da região promotora do TNF e o carcinoma vesical em pacientes do estado de São Paulo da cidade de Ribeirão Preto, nas nossas análises não houve relação dos dados encontrados com o carcinoma vesical. Considerando todas as populações avaliadas foram encontrados 15 pontos de variação, 11 encontrados nas amostras brasileiras e 15 encontrados nos dados do projeto 1000Genomes, esses pontos de variação estão arranjados em 20 haplótipos diferentes. Esses haplótipos em conjunto com as comparações envolvendo sequências de primatas indicam que um alelo principal surgiu antes da especiação e dispersão humana. Duas linhagens foram definidas pelas relações haplotípicas e são, provavelmente, muito antigas na história evolutiva humana, já que todas as populações avaliadas apresentaram haplótipos pertencentes a cada uma destas linhagens. A frequência do haplótipo H01 é a mais alta entre todas as populações avaliadas. No entanto, o haplótipo H12, embora com frequência reduzida quando comparado com o H01, provavelmente é o haplótipo mais antigo em parte por esta segunda linhagem ser compartilhada com outros primatas.