Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2015-12-18T15:29:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertaçao_Arielli Fabrício Machado.pdf: 1670342 bytes, checksum: b9c2284ff1dbc504885975b0a32d93e2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T15:29:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertaçao_Arielli Fabrício Machado.pdf: 1670342 bytes, checksum: b9c2284ff1dbc504885975b0a32d93e2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Historical and ecological factors affect distribution and diversification of species. Hylaeamys megacephalus is a rodent from Amazonian forests and Cerrado, with distinctive lineages to the north and south of Amazonas River. Previous studies suggested allopatric divergence by the Amazonas River for northern Amazonia, and parapatric between southern Amazonia and Cerrado. We investigated the evolutionary history of the species integrating phylogeography and ecological niche models (ENMs). Through cytochrome b mitochondrial gene, we constructed a phylogenetic tree, haplotype network, estimating divergence time, historical demography, ancestor areas and dispersion and vicariance events. We ran ENMs of the species and its lineages, projecting it to the past. We analyzed niche similarity and habitat corridors. Our results show the three structured lineages, revealing sharing haplotypes only between south of the Amazon and Cerrado. All lineages diverged by vicariance in Pleistocene, however individuals with associated haplotypes diverged by dispersion and vicariance. We found low niche similarity between northern and southern Amazonia, but high between southern Amazonia and Cerrado. We corroborate vicariant diversification in northern Amazonia, associated with the establishment of Amazon river. However, due to the wide distribution of ancestral species, we suggest that environmental factors have also influenced this process, causing ecological variation between north and south of the Amazon before the rise of the barrier. About the lineages of the southern Amazon and Cerrado, previous studies have suggested diversification Parapatric, however, these lines showed high similarity ecological and model Parapatric Speciation requires selective variation. We suggest that these lineages diverged by the emergence of Xingu River, going through successive dispersion and vicariance events caused by change of the river’s water level during the Pleistocene. / Fatores históricos e ecológicos influenciam na distribuição e diversificação das espécies. Hylaeamys megacephalus é um roedor que apresenta linhagens divergentes entre o norte e sul do rio Amazonas e também no Cerrado. Estudos prévios sugeriram diversificação alopátrica entre o norte e sul do rio Amazonas e parapátrica entre o sul da Amazônia e Cerrado. Investigamos a história evolutiva da espécie e as hipóteses de diversificação sugeridas para suas linhagens, integrando filogeografia e modelos de nicho ecológico (ENMs). Utilizando um marcador mitocondrial, construímos uma árvore filogenética e uma rede de haplótipos, estimando tempo de divergência, demografia histórica, áreas de distribuição ancestral e eventos de dispersão e vicariância. Rodamos ENMs para a espécie e suas linhagens projetando-os para o passado. Avaliamos a similaridade de nicho ecológico e corredores de habitat entre as linhagens. Nossos resultados corroboram a existência das três linhagens e revelam compartilhamento de haplótipos apenas entre as linhagens do sul da Amazônia e do Cerrado. Todas as linhagens divergiram por vicariância durante o Pleistoceno, porém indivíduos com haplótipos relacionados divergiram por dispersão e vicariância. Houve baixa similaridade de nicho entre o norte e sul da Amazônia, mas alta entre sul e Cerrado. Corroboramos diversificação vicariante para o norte da Amazônia, associado ao estabelecimento do rio Amazonas. Porém, devido à ampla distribuição ancestral da espécie, sugerimos que fatores ecológicos também tenham influenciado neste processo, causando variação ecológica entre norte e sul da Amazônia antes do surgimento da barreira. Quanto às linhagens do sul da Amazônia e do Cerrado, estudos prévios sugeriram diversificação parapátrica, entretanto, estas linhagens apresentaram alta similaridade ecológica e o modelo de especiação parapátrica requer variação seletiva. Sugerimos que estas linhagens divergiram pelo surgimento do rio Xingu, passando por eventos sucessivos de dispersão e vicariância causados pela alteração do curso deste rio durante o Pleistoceno.

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2235639 bytes, checksum: 291aab03aba8f48238a6dd3742ae925c (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The genus Hylaeamys is considered one of the most complex and diverse of the Sigmodontinae sub-family. They inhabit in evergreen and semi-evergreen forest of cis- Andean tropical and subtropical lowlands and foot-hills from Venezuela and Guianas southward through the Amazonian and the Atlantic rain forest to Paraguay and northern Argentina. Actually seven species can be grouped within that genera but their number and distribuition remains uncertain, especially the number of species in the Atlantic Forest. Analysis of the geographic variation from this species is necessary and justify the relevance of this work. Qualitativy, quantitativy and phylogeographic analyses turn able to observe morphological and geographic variation patterns from different populations through the Atlantic forest. Morphological data corroborate the hypothesis that are two different species in this forest: H. oniscus at the São Francisco Northern bank and H. laticeps at the São Francisco southern bank from southern Bahia to Rio de Janeiro. This work shows that these species are phylogenetically closer to species from western Amazonian rain forest (H .acritus and H. perenensis) than the species that lives in the eastern Amazonian (H. yunganus), and the one living in the dry forests of Cerrado (H. megacephalus). For a better comprehension of the phylogenetically relations between Atlantic Forest species further investigation must be taken including a large number of specimens and collected localities. / O gênero Hylaeamys é considerado um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e se distribui nas florestas tropicais e semitropicais desde a Venezuela e as Guianas, passando pela Amazônia e pela Floresta Atlântica, até o Paraguai e norte da Argentina. Sete espécies se encontram inseridas nesse gênero, no entanto, as suas delimitações e respectivas distribuições permanecem incertas, principalmente no que diz respeito ao número de espécies que ocorrem na Floresta Atlântica. Uma análise da variação geográfica das diferentes populações do gênero, ao longo desse bioma, faz-se, então, necessária e justifica a relevância deste trabalho. Análises qualitativas e quantitativas das variações geográficas, bem como uma análise filogeográfica permitiram avaliar os padrões de variações morfológicas e biogeográficas das populações do gênero ao longo da Floresta Atl6antica. Através das análises morfológicas, foi possível corroborar a hipótese de que existem, efetivamente, duas espécies do gênero na Mata Atlântica: a H. oniscus, que ocorre ao norte da foz do rio São Francsico, e a H. laticeps, ao sul do rio São Francisco, desde o sul do estado da Bahia até o estado do Rio de Janeiro. O estudo permitiu verificar que essas espécies apresentaram-se filogeneticamente mais próximas das espécies da Floresta Amazônica ocidental (H. acritus e H. perenensis) e distintas das espécies que ocorrem na Floresta Amazônica oriental (H. yunganus) e nas Florestas Secas do Cerrado (H. megacephalus). No entanto, para uma melhor compreensão das relações filogeográficas entre as espécies inseridas no bioma Mata Atlântica, é preciso incluir um maior número de amostras oriundas de diversas localidades, entre elas, a região ao norte do rio São Francisco.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:35:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) Previous issue date: 2015-05-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ordem Rodentia representa a mais numerosa ordem de mamíferos, com cerca de 42% das espécies conhecidas atualmente. Os roedores apresentam 2.227 espécies, 468 gêneros e 33 famílias recentes, sendo este último elevado para 50 se forem consideradas as famílias extintas. A enorme variação na morfologia, na diversidade de habitats e climas e na alimentação são as causas desta Ordem ser mais numerosa e melhor sucedida evolutivamente entre as ordens de mamíferos. O gênero Oecomys pertence à subfamília Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) com aproximadamente 16 espécies descritas, distribuídas em floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Estudos citogenéticos prévios sugerem que o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. No presente trabalho foram analisados, por meio de técnicas citogenéticas convencionais e pintura cromossômica multidirecional (Sondas cromossômicas de Hylaeamys megacephalus – HME), foram analisados 18 exemplares de Oecomys, sendo quatro coletados na região metropolitana de Belém, Pará; dois no Município de Santa Bárbara, Pará; cinco na região de Carajás, Pará e 7 na região do Calha Norte, Pará. Os exemplares do Parque Ambiental de Belém apresentaram 2n=72 e NF=76; os exemplares de Santa Bárbara apresentaram 2n=70 e NF=74 e os de Carajás apresentaram 2n=70 e NF=72. Todos estes exemplares foram identificados como O. paricola. Os exemplares coletados do Calha Norte apresentaram 2n=62 e NF=80 e foram identificados como O. auyantepui. Os citótipos descritos para O. paricola apresentaram diferenças em 5 picos de HME hibridizados, evidenciando 3 associações para esta espécie. Para O. auyantepui foram identificados 5 associações. As diferenças cromossômicas encontradas para O. paricola de diferentes regiões geográficas sugerem que estes citótipos pertencem a espécies crípticas, o que é caracterizado. Nós sugerimos que as populações de O. paricola são um complexo de espécies onde já ocorreu a diferenciação cromossômica, mas não diferenciação morfológica e molecular. / The Order Rodentia represents the largest mammal order, with approximately 42% of species currently known. Rodents have 2,227 species, 468 genera and 33 families recent, the latter being raised to 50 if the extinct families are considered. Their huge variation in morphology, diversity of habitats and climates and food are the causes of this be most numerous and evolutionarily successful among mammalian orders. The Oecomys genus belongs to the subfamily Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) with approximately 16 described species, distributed in tropical and subtropical forest of Central and South America. Previous cytogenetic studies suggest that Oecomys features large karyotype diversity, with the diploid number ranging from 58 to 86. In this study were analyzed by conventional cytogenetic techniques and multidirectional chromosome painting (using whole chromosome probes of Hylaeamys megacephalus) 18 specimens of Oecomys were analyzed, four were collected in the metropolitan area of Belém, Pará; two in the city of Santa Barbara, Pará; five in the region of Carajás, Pará and 7 in Calha Norte region, Pará. Specimes from Belém Environmental Park had 2n = 72 and FN = 76; specimes from Santa Barbara had 2n = 70 and FN = 74; from Carajás presented 2n = 70 and FN = 72. All this sample was identified as O. paricola. Specimens collected from the Calha Norte region had 2n = 62 and NF = 80 and were identified as O. auyantepui. The cytotypes described for O. paricola showed differences in five HME peaks, indicating 3 associations for this species. O. auyantepui showed five associations. Chromosomal differences found for O. paricola from different geographic regions suggest that these cytotypes belong to cryptic species. We suggest that these populations of O. paricola are a complex of species where the chromosomal differentiation already happened but not the morphological and molecular ones.