Cette étude a pour objectif principal dinventorier les espèces de poissons de la partie congolaise de lInkisi et de contribuer à la connaissance de leur structure de peuplements. A partir des pêches expérimentales et artisanales effectuées entre octobre 2005 et octobre 2008 et des spécimens déposés antérieurement dans les musées, 61 espèces appartenant à 38 genres et 15 familles ont été répertoriées. Trente-sept de ces espèces nétaient pas encore connues du bassin de lInkisi ; huit espèces sont endémiques et sont localisées en amont de la chute de Zongo : Barbus vanderysti, Labeobarbus sp. inkisi, Varicorhinus robertsi (Cyprinidae), Nannopetersius mutambuei (Alestidae), Schilbe zairensis (Schilbeidae) Aphyosemion labarrei (Nothobranchiidae) et Haplochromis sp. snoeksi et Chetia sp. inkisi (Cichlidae). Deux nouvelles espèces ont été décrites, Nannopetersius mutambuei et Haplochromis sp. snoeksi et les descriptions de deux autres sont en préparation. En ce qui concerne les proportions, la famille des Cyprinidae est la plus diversifiée (15 espèces soit 24,6 %); puis viennent les Mormyridae (11 espèces soit 18,0 %), les Cichlidae (9 espèces soit 7,1 %), les Clariidae (7 espèces soit 11,5 %), les Schilbeidae (4 espèces soit 6,6 %), les Mochokidae et les Amphilidae (3 espèces chacune soit 4,9 %) et les Nothobranchiidae (2 espèces soit 3,3 %). La somme des autres familles, représentées par une seule espèce, vaut 6,4 %. Les peuplements des poissons ont été échantillonnés aux filets maillants dans dix stations en prenant en compte 21 variables environnementales. Des analyses canoniques de redondance ont permis de mettre en évidence cinq variables environnementales (la couverture de la canopée, la présence de gros blocs de roches, la largeur de la rivière, le plancher rocheux et le substrat vaseux) qui influent sur la distribution des poissons et un plan spatial de peuplement de cinq types dhabitats : trois sur les affluents (Nsoni, Ngeba et Nua-Luidi-Bongolo-Wungu) et deux sur le cours principal (amont de la chute de Zongo et aval de la chute de Zongo). Les espèces qui caractérisent Nsoni, habitat à canopée sont Parauchenoglanis balayi, en terme dabondance et Barbus vanderysti, en terme de présence. Dans Ngeba, habitat à substrat boueux, les espèces caractéristiques en terme de présence sont Parachanna obscura et Ctenopoma nigropannosum. Dans le complexe Nua-Luidi-Bongolo-Wungu il y a, en terme dabondance, Varicorhinus latirostris, Raiamas kheeli et Garra congensis. Sur le cours principal, en amont de chute Zongo, habitats larges à fond rocheux, on retrouve, en terme dabondance Varicorhinus macrolepidotus, Labeo macrostomus, Doumea alula, Barbus cf. argenteus, et Chetia sp. inkisi. Finalement, en aval de la chute Zongo, habitat à gros blocs de roches, il y a 14 espèces caractéristiques en terme de présence dont les plus abondantes sont Labeo nasus, Steatocranus casuarius, Labeo greeni, Campylomormyrus rhynchophorus et Schilbe grenfelli. Dans la partie congolaise de lInkisi le gradient longitudinal de peuplement nest pas perceptible : laugmentation de la richesse spécifique amont-aval napparaît pas mais la composition spécifique amont-aval est différente. Les indices de diversités (richesse spécifique et équitabilité) variées en fonction des stations ; les plus élevés sont dans la station aval de la chute Zongo et les plus faibles dans la station Nsoni (pour la richesse spécifique) et la station Nua (pour léquitabilité). Les peuplements ichtyologiques semblent équilibrés dans la partie située en aval de la chute Zongo. Des affluents tel que Wungu ont été perturbés suite à lutilisation des techniques destructives (ichtyotoxique). Une planification et une gestion rationnelle des ressources halieutiques dans ce bassin doivent sopérer et être effectives pour préserver sa biodiversité. The present study aimed making a species inventory and contributing to the knowledge of the fish community structure of the Congolese part of Inkisi basin. Based on fishes collected between October 2005 and October 2008 using gill nets and local fishing gear, and specimens previously deposited in musea, a total of 61 species belonging to 38 genera and 15 families have been surveyed. Thirty seven of these species are new citations for the Inkisi basin; eight species are endemic and are only found upstream from the Zongo fall: Barbus vanderysti, Labeobarbus sp. inkisi, Varicorhinus robertsi (Cyprinidae), Nannopetersius mutambuei (Alestidae), Schilbe zairensis (Schilbeidae) Aphyosemion labarrei (Nothobranchiidae) and Haplochromis sp. snoeksi, Chetia sp. inkisi (Cichlidae). Two new species were described, Nannopetersius mutambuei and Haplochromis sp. snoeksi and two others are currently under preparation. The family Cyprinidae is the most diversified (15 species, 24.6 %), followed by Mormyridae (11 species, 18.0 %), Cichlidae (9 species, 7.1 %), Clariidae (7 species, 11.5 %), Schilbeidae (4 species, 6.6 %), Mochokidae and Amphilidae (with 3 species each one), and Nothobranchiidae (2 species, 3.3 %). The remaining families have only one species each and constitute 6.4 %. The fish communities were sampled using gill nets in ten stations taking into account 21 environmental variables. The canonical redundancy analysis retained five important environmental variables (canopy cover, presence of big rock blocs, river width, rocky bottom and muddy bottom) explaining the distribution of the fish species and revealed a spatial plan of five habitat types: three patterns for the affluents (i.e. Nsoni, Ngeba and Nua-Luid-Bongolo-Wungu) and two for the main channel (i.e. upstream of the Zongo fall and downstream of the Zongo fall). For the Nsoni, station with canopy, the typical species are Parauchenoglanis balayi and Barbus vanderysti, respectively, in abundance, and presence. In the Ngeba, station with muddy bottom, the typical species, in abundance, are Parachanna obscura and Ctenopoma nigropannosum. For the Nua-Luidi-Bongolo-Wungu complex, the typical species, in abundance, are Varicorhinus latirostris, Raiamas kheeli and Garra congensis. For the main channel of the Inkisi course upstream of the Zongo fall, wide habitats with rocky bottom, the typical species, in abundance, are Varicorhinus macrolepidotus, Labeo macrostomus, Doumea alula, Barbus cf. argenteus, and Chetia sp. inkisi. Finally, for the Inkisi main channel downstream of the Zongo fall, the station with big rock blocs, 14 species are typical in term of presence, among them the most common are Labeo nasus, Steatocranus casuarius, Labeo greeni, Campylomormyrus rhynchophorus, and Schilbe grenfelli. For the Congolese part of Inkisi no longitudinal gradient of the fish community assemblages was observed along the river. Species richness did not increase from upstream to downstream although the species composition between both is certainly different. Diversity index (species richness and equitability) vary according to station with the highest indexes observed downstream of the Zongo fall and the lower ones at Nua (for the equitability) and Nsoni (for the species richness). Fish communities seem equilibrated downstream of the Zongo fall. On the contrary affluents like the Wungu are being disturbed mainly by bad fishing practice (use of ichthyotoxin). A planification and sustainable use of the natural resources of the Inkisi River must be applied and executed to protect its fish diversity.

La question de la pratique de la pêche et du rôle qu'elle a joué dans la subsistance humaine au cours de la transition Tardiglaciaire-Holocène a été abordée à l'aide de l'étude de restes d'ichtyofaunes. Les séries sont issues de sites localisés en bordure du Doubs dans le Jura: 1 série de la couche 3 de l'abri des Cabônes à Ranchot() 0 000 restes datés du Boréal), 5 séries datées de l'Epipaléolithique au Mésolithique de Rochedane à Villars-sous-Dampjoux, 2 séries mésolithiques de Gigot I à Bretonvillers et 2 séries mésolithiques de la Roche-aux-Pêcheurs à Villers-le-Lac. La méthodologie de travail a permis outre d'extraire des restes des informations archée-ichtyologiques origine du dépôt, identification, quantification, reconstitutions des tailles et des poids) de pouvoir exploiter ces données dans une optique économique, c'est-à-dire en terme de choix des espèces pêchées, des milieux exploités, des techniques de pêche employées ou de la saisonnalité d'exploitation des ressources. Les résultats démontrent que la pêche est une activité pratiquée tout au long de l'année et surtout au début de la bonne saison. Elle est réalisée essentiellement dans le milieu local et vise l'ensemble des ichtyofaunes. La ressource est prélevée dans des milieux intermédiaires de type berges ou bras secondaires le plus souvent à l'aide d'engins de piégeage comme la nasse. Le poisson est ensuite consommé sur place sans traitement préalable, puis les restes sont rejetés directement sur les sites ou dans certaines zones particulières. La pêche est une activité bien développée et maîtrisée. L'exploitation des ressources piscicoles semble optimisée et vise à obtenir un certain rendement de pêche en fournissant un effort réduit. / This dissertation focuses on understanding fishing practices and their role in human subsistence economies during the Late-Glacial/Earl Holocene transition, through the ichtyo-archaeological study of over 11,000 fish bone remains. The remains original from four archaeological sites of the Doubs hydrographical basin (Jura, France), namely the Cabônes rock-shelter in Ranchot ( 1 very large assemblage dating from the Boreal period),Rochedane in Villars-sous-Dampjoux (5 assemblages spanning the Epipaleolithic to the Mesolithic), Gigot in Bretonvillers (2 mesolithic assemblages) and Roche-aux-Pêcheurs in Villers-le-Lac (2 mesolithic assemblages). After an initial reassessment of the most common analytical tools used in ichtyo-archaeology, we developed a thorough protocol allowing bath the characterisation of our assemblages (origin of deposit, taxonomical identification, quantification, body-size and weight estimates and the economic analysis of fishing as a subsistence activity. Fishing appears to have been practiced year-round, with an increase in catch at the beginning of the warm season. The activity stayed very local, and targeted ail of the available species. Fishermen seem to have favoured intermediate river environments, such as shallow banks o side channels, most suitable for setting fish-traps. The prey was then consumed directly on site, apparently without any prior preparation, and the refuse was discarded in the immediate vicinity, often around healths. Late-Glacial and Early Holocene societies of France demonstrate an excellent command of the exploitation of fluvial resources, and fishing appears to have been optimized to maximise yield-to-effort ratios.

Les écosystèmes marins côtiers subissent de nombreuses perturbations naturelles et anthropiques. Dans le contexte socio-économique actuel, mieux comprendre le fonctionnement et transfert des contaminants dans ces écosystèmes est primordial. L’étude du transfert de la matière organique et des contaminants aux interfaces, constitue un enjeu crucial. Les principaux objectifs sont de caractériser l’ichtyofaune des herbiers de posidonie et comprendre les relations trophiques ; d’établir les niveaux et variabilité spatiale de la contamination en éléments traces ETs et polluants organiques persistants POPs dans les compartiments de l’écosystème ; et d’identifier les sources et les processus influençant les niveaux de contamination le long du réseau trophique à Marseille et Hyères. La caractérisation du peuplement de poissons et des relations trophiques au sein de l’écosystème est nécessaire pour comprendre les niveaux de contamination. Chez les poissons, le phénomène de bioaccumulation des ETs est difficile à mettre en évidence, excepté pour le mercure. L’influence du régime alimentaire, taille et besoins physiologiques et métaboliques est manifeste. La grande stabilité et la rémanence des POPs leur confèrent des propriétés de bioconcentration et de bioamplification importantes. Les concentrations en contaminants mesurées, ainsi que la détection de pesticides toxiques interdits, attestent de la nécessité de considérer cette pollution avec attention, plus forte à Marseille. / The marine ecosystems undergo frequent disturbances. In the current socio-economic context characterized by intensive urban development and industrialization, it is of primordial importance for the management of the environment to achieve a better understanding of the functioning and the transfer of contaminants within these ecosystems. The study of the transfer of organic matter and contaminants to the interfaces is thus a crucial issue. The main objectives are to characterize the fish fauna and to determine the food webs; to establish the levels and patterns of spatial variability of contamination by trace elements TEs and persistent organic pollutants POPs; and to identify the sources and the processes having an influence on the levels of contamination throughout the food webs. The characterization of the fish populations and the trophic relations between the compartments of the ecosystem is necessary in order to understand the levels of contamination in TEs and POPs. For the fishes, it is difficult to provide evidence of the phenomenon of bioaccumulation of TEs, except for mercury, but the influence of diet, size and physiological and metabolic requirements is obvious. The great stability, liposolubility and persistence of the POPs confer on them significant bioconcentration and bioamplification capabilities. The concentrations in TEs and POPs recorded, and the detection of banned toxic pesticides, attest to the necessity of paying close attention to this pollution.

Depuis de nombreuses années, les évaluations de la faune circulante au sein de l'estuaire de la Gironde s'appuient sur plusieurs dispositifs de suivis ichtyologiques, chroniques de pêches scientifiques et professionnelles. Cependant, ces approches conventionnelles nécessitent souvent un échantillonnage conséquent, restent ponctuelles dans le temps, spatialement limitées et destructrices. Tester la mise en œuvre d'un suivi acoustique prend ainsi toute son sens et son intérêt. Plus largement appliqué en milieux marin et lacustre, cette approche reste encore rarement utilisée en estuaires. En raison de l'extrême variabilité intrinsèque de ce type d'écosystème, la mise en œuvre de cet outil est un réel défi. En s'appuyant sur la connaissance préalablement acquise, une réflexion méthodologique approfondie a été menée pour définir des stratégies d'échantillonnage acoustiques afin d'optimiser la récolte de ce type de données. Plusieurs stratégies acoustiques ont d'abord été testées en tenant compte de la complexité et de la taille importante de l'écosystème étudié. La pertinence de ces données recueillies a ensuite été confrontée aux données des pêches scientifiques. Enfin, l'hydroacoustique a été mis à profit pour répondre à des questions sur la dynamique ichtyologique à des échelles spatiales et temporelles plus fines notamment pour étudier les influences tidales et nycthémérales. Ce travail démontre qu'il est possible de mettre en place un suivi acoustique des peuplements ichtyologiques pour un estuaire comme la Gironde. Comme outil complémentaire aux approches traditionnelles, l'hydroacoustique ouvre un large champ de possibilités pour appréhender la biocénose piscicole pour les milieux estuariens.

Depuis de nombreuses années, les évaluations de la faune circulante au sein de l’estuaire de la Gironde s’appuient sur plusieurs dispositifs de suivis ichtyologiques, chroniques de pêches scientifiques et professionnelles. Cependant, ces approches conventionnelles nécessitent souvent un échantillonnage conséquent, restent ponctuelles dans le temps, spatialement limitées et destructrices. Tester la mise en œuvre d’un suivi acoustique prend ainsi toute son sens et son intérêt. Plus largement appliqué en milieux marin et lacustre, cette approche reste encore rarement utilisée en estuaires. En raison de l’extrême variabilité intrinsèque de ce type d’écosystème, la mise en œuvre de cet outil est un réel défi. En s’appuyant sur la connaissance préalablement acquise, une réflexion méthodologique approfondie a été menée pour définir des stratégies d’échantillonnage acoustiques afin d’optimiser la récolte de ce type de données. Plusieurs stratégies acoustiques ont d’abord été testées en tenant compte de la complexité et de la taille importante de l’écosystème étudié. La pertinence de ces données recueillies a ensuite été confrontée aux données des pêches scientifiques. Enfin, l’hydroacoustique a été mis à profit pour répondre à des questions sur la dynamique ichtyologique à des échelles spatiales et temporelles plus fines notamment pour étudier les influences tidales et nycthémérales. Ce travail démontre qu’il est possible de mettre en place un suivi acoustique des peuplements ichtyologiques pour un estuaire comme la Gironde. Comme outil complémentaire aux approches traditionnelles, l’hydroacoustique ouvre un large champ de possibilités pour appréhender la biocénose piscicole pour les milieux estuariens. / For many years, assessments of fish densities within the Gironde estuary have been based on a number of different fish monitoring techniques, as well as professional and scientific surveys. However, these approaches are often destructive. They require substantial sampling, and are limited from the points of view of both time and space. With this in mind, the benefits of non-invasive acoustic monitoring are clear. While such methods are often used in lakes and other marine environments, they have yet to be widely applied to shallow-water areas, in particular estuaries. Applying an acoustic approach to this kind of intrinsically changeable environment represents a real challenge. In this research project, an in-depth methodological study was carried out to determine the optimum way of applying acoustic sampling. Several acoustic monitoring strategies were then tested, keeping in mind the size and complexity of the ecosystem under investigation. The results of these tests were then checked for relevance against data from scientific fisheries. Finally, hydroacoustics was used to examine fish dynamics at finer spatial and temporal scales, notably in the study of diurnal and tidal influences. The results of this study show that it is possible to use acoustic monitoring to complement traditional methods of estimating fish populations in estuarine areas, and that the use of such a combination opens up a broad range of new possibilities.

Cette thèse intègre l'analyse inédite de plus de 80 000 restes provenant des sites néolithiques d'Akab, de Dalma et de Marawah MR11 (Emirats Arabes Unis) – occupés entrela moitié du VIe et la fin du IVe millénaire av. n. è. Les résultats dévoilent des pêcheries déjà investies dans l'exploitation d'une grande variété de milieux marins. Les poissons capturés et consommés par ces pêcheurs incluent de nombreux sargues, pagres (Sparidae), empereurs (Lethrinidae) et petites aiguilles (Belonidae) qui témoignent avant tout de l'exploitation des eaux côtières peu profondes : le long des rivages ainsi que dans les zones d'herbiers et de récif frangeant. À Akab, la pêche dans la lagune et la mangrove est également reflétée par la présence de nombreux poissons‐chats marins (Ariidae) et mulets (Mugilidae) dans l'assemblage. Les techniques impliquées dans ce type de pêche sont peu sélectives et relativement simples : la prospection des petits fonds à l'aide de senne, la pose de filets calés, voire l'utilisation de barrages à poissons. À Dalma, des nasses étaient probablement déjà employées dans les zones de récifs moyennement profondes, pour la capture de mérous en particulier (Serranidae). Les mangroves et les zones de récifs sont des environnements très productifs auprès desquels les pêcheurs pouvaient vraisemblablement se fournir en poissons et en coquillages tout au long de l'année. En l'occurrence, ceux d'Akab connaissaient et exploitaient probablement déjà les grands rassemblements de becs‐decane (Lethrinus nebulosus) près de la lagune d'Umm al‐Quwain, au printemps et à l'occasion de leur frai. L'étude du matériel d'Akab et de Dalma révèle toutefois aussi l'existence d'expéditions de pêche en mer ouverte, impliquant l'usage de bateaux. Ces expéditions sont notamment conduites à la recherche des bancs de thonines (Scombridae) voire de carangues (Carangidae). Leur pêche n'impliquait pas seulement l'emploi de lignes munies d'hameçons en nacre mais aussi celui de filets tels que des sennes tournantes. Ces filets ont également permis aux pêcheurs de Dalma de capturer de grands requins et quelques dauphins plus occasionnellement. Bien que la pêche des bancs de pélagiques soit aujourd'hui considérée comme une activité hivernale dans les pêcheries du Golfe persique, l'existence d'un climat plus humide au Néolithique, alors soumis au régime de la mousson de l'Océan Indien, invite à nuancer nos modèles de saisonnalité.Au Néolithique, la pêche était ainsi pratiquée à la fois de manière généraliste et de manière spécialisée en faisant contribuer un large panel de techniques et de savoirs écologiques aux besoins d'une économie de subsistance reposant principalement sur l'exploitation des ressources marines. / This thesis presents the results of a study of more than 80,000 fish bones from the Neolithic settlement of Akab, Dalma and Marawah MR11 (United Arab Emirates) – inhabited from the mid‐6th to the end of the 4th millennia BC. The analysis has outlined that fishing was carried out in a wide range of marine habitats.The fish taxa caught and consumed by Neolithic fishermen include seabreams (Sparidae),emperors (Lethrinidae) and small needlefish (Belonidae) indicating the exploitation of coastal shallow waters : along the seashore, the beaches, over seagrass beds and fringingreefs. At Akab, the exploitation of the lagoon and the mangrove is also indicated by the occurrence of sea catfish (Ariidae) and mullets (Mugilidae) in the bone assemblage. The fishing techniques involved in such catches are non‐selective such as small seines, set nets or coastal barrier traps. At Dalma, the installation of baited cage traps in deeper reef areas isalso suggested by the importance of large groupers (Serranidae). Mangroves and reefs a reproductive marine environments which might have provided enough fish and shellfish allyear round for Neolithic coastal communities. Akab fishermen probably already knew and exploited the spawning phenomenon of the spangled emperor (Lethrinus nebulosus) in the vicinity of the Umm al‐Quwain lagoon.The exploitation of the open sea is documented as well at Akab and Dalma. Fishing expeditions in open sea however require the use of boats. Pelagic schools of kawakawas (little tuna ; Scombridae) and trevallies (Carangidae) were probably exploited not only withlines but also with fishing nets such as purse seines. At Dalma, large sharks and occasionally dolphins were also caught in this way. Despite that the fishing of pelagic schools is nowadays considered as a winter activity in the Persian Gulf, the existence of a wetter climate during Neolithic, affected by the Indian Ocean monsoon, leads us to temper our seasonal models. During the Neolithic, fishing was conducted both in non‐selective and specialised ways. Awide range of fishing techniques and ecological knowledges have contributed to the subsistence of coastal societies whose economies were primarily focused toward the exploitation of marine resources.