Made available in DSpace on 2014-07-29T16:19:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ISRAEL ELIAS TRINDADE.pdf: 2584804 bytes, checksum: 86ea686cd763d328fe237d9d5213c940 (MD5) Previous issue date: 2009-08-24 / The phenomenon of monophthongization is characterized by the deletion of glides [j] and [w] in oral diphthongs and by denasalization [Ø] in nasal diphthongs, as a result of the deletion of the nasal segment [+nasal]. Preliminary studies on monophthongization in Brazilian Portuguese have revealed that its occurrence is determined by linguistic context. Thus, this phenomenon is restricted to falling, weak or true diphthongs − in which the glide is placed on the syllable coda − and it occurs frequently in spoken Portuguese. This study case aimed to investigate and describe monophthongization as a feature of the indigenous language of the community Tapuia do Carretão (GO), regarded as a variant of Brazilian Portuguese. In addition, this study shows how the community speakers regard their language. This indigenous group originated from a miscigenation process involving five indigenous nations (Xavante, Xerente, Javaé, Kaiapó do Sul, and Karajá) and non-indigenous races (black and white). The present findings reveal that monophthongization does in fact occur with greater frequency in falling diphthongs, but occurrences were also observed in rising diphthongs, in which the glide occupies the syllable s onset. In Tapuio Portuguese, this refutes the existence of strong and weak diphthongs because all diphthongs are susceptible to monophthongization. In addition, this study shows that monophthongization is a social phenomenon, and based on the study of networks by Milroy (1980), Bortoni-Ricardo (1985, 2005) and Rezende Santos (2008), this study shows that speakers of insulated networks tend to maintain their native language. Furthermore, the valorization of the monophthongized form was extended to all the community networks, which indicates an agreement among the speakers on this regard. The conscious use of the monophthongized form shows that the Tapuio community acknowledges this variant of Brazilian Portuguese as its indigenous language and that monophthongization is a dominant feature of Tapuio Portuguese / O fenômeno da monotongação se caracteriza pelo apagamento dos glides [j] e [w], em ditongos orais, e pela desnasalização [Ø], em ditongos nasais, decorrente do apagamento do segmento nasal [+nasal]. Estudos preliminares acerca do fenômeno da monotongação no português brasileiro revelaram que sua ocorrência é determinada pelo contexto linguístico: a monotongação é um fenômeno que se restringe aos ditongos decrescentes, fracos ou verdadeiros, ou seja, aqueles em que o glide está na posição de coda da sílaba. Trata-se de um fenômeno de alta ocorrência no Português falado. Nossa pesquisa consiste em um estudo de caso que buscou investigar e descrever a ocorrência desse fenômeno como característica da variante do português brasileiro como língua indígena na comunidade Tapuia do Carretão (GO), grupo indígena formado pelo resultado de um processo de miscigenação de cinco nações indígenas (Xavante, Xerente, Javaé, Kaiapó do Sul e Karajá) mais não-indígenas (negros e brancos), bem como a visão que os falantes têm de seu vernáculo. Este trabalho mostrou-nos que a monotongação é mesmo de ocorrência maior em ditongos decrescentes, mas não se limita a eles. Notamos ocorrências desse fenômeno em ditongos crescentes, ou seja, quando o glide ocupa a posição de ataque da sílaba. Isso refuta, no português Tapuio, a existência de ditongos leves e pesados, uma vez que todos são passíveis de ocorrência de monotongação. Referendamos também que a monotongação é influenciada por fatores sociais, e por meio de estudo de redes, baseado em Milroy (1980), Bortoni-Ricardo (1985, 2005) e Rezende Santos (2008), referendamos que falantes de rede insulada tendem a manter o vernáculo. Nossos estudos revelaram, ademais, que, nessa comunidade, a valorização da forma monotongada se estendeu a todas as redes, sinalizando o consenso entre os falantes acerca da valorização dessa característica. O uso consciente da forma monotongada mostrounos que os Tapuio reconhecem que essa variante do português brasileiro pode ser sim a sua língua indígena, e que a monotongação é uma característica marcante desse português Tapuio

Orientador: Marlies Sazima / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T01:09:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bugoni_Jeferson_M.pdf: 1779584 bytes, checksum: 28e75bbf88520708b08ce2dffeb7b431 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Neutralidade, complementaridade nos fenótipos das espécies e restrições filogenéticas são alguns dos principais determinantes da estrutura das redes de interações entre espécies. Embora diversos padrões estruturais das redes tenham sido descritos, a importância relativa dos mecanismos que os geram permanece em discussão. Neste estudo, investigamos a importância relativa da abundância (neutralidade) e da complementaridade fenológica e morfológica (interações permitidas ou proibidas) na estruturação de uma rede de interações planta-beija-flor na Floresta Atlântica (SE Brasil). Encontramos que fenologia e morfologia juntas compõem o modelo que melhor prediz a frequência de interações entre pares de espécies, entretanto os modelos não foram capazes de predizer acuradamente a maioria das métricas agregadoras de redes (aninhamento, conectância, equitabilidade e assimetria na força de interação). Em contraste com os estudos prévios, nossos resultados mostram que a importância das interações proibidas pode sobrepujar a importância da abundância na determinação de quais interações ocorrem na comunidade. Os estudos prévios podem ter subestimado a importância das interações proibidas em detrimento das abundâncias relativas (neutralidade) devido à insuficiência amostral. Adicionalmente, discutimos que as métricas de redes, ainda que sejam úteis para descrever padrões de interações em comunidades, podem ser pouco informativas sobre os mecanismos geradores da estrutura das redes de interações / Abstract: Neutrality and complementarity in the phenotypes of species as well as phylogenetic constraints are the main determinants of the structure of interaction networks. Although several structural patterns of the networks have been described, the relative importance of the mechanisms that generate them remains under discussion. In this study, we investigated the relative importance of abundance (neutrality) and phenological and morphological complementarity (forbidden links) in the structure of a plant-hummingbird network in the Atlantic Forest (SE Brazil). We found that the combination of phenological and morphological matches of interacting species represents the best model that predicts the frequency of interactions between pairs of species. Nevertheless, models were not able to accurately predict most of the network metrics - nestedness, connectance, and interaction evenness and interaction asymmetry. In contrast to previous studies, our results highlight the importance of forbidden links that may overcome the importance of relative abundances (neutrality) in the structure of the interactions at the community level. Previous studies could have underestimated the importance of complementarity in the species phenotypes due to insufficient sampling effort, while neutrality was likely overestimated. Finally, although network metrics have been useful for describing network structures, we argue that these metrics can tell us little about the mechanisms that generate the structure of networks / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientadores: Ricardo Ribeiro Rodrigues, Marco Aurélio Pizo Ferreira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T12:03:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_FernandaRibeiroda_D.pdf: 2601060 bytes, checksum: 638333ef8a36efaf997c27c9ecd0a5fb (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: As atividades humanas têm levado à perda de habitats e da biodiversidade na floresta Atlântica. A restauração ecológica é uma estratégia para a reconstrução desse bioma e deve incluir não só o restabelecimento das espécies, mas também das complexas interações e funções ecológicas que essas interações fornecem ao ecossistema. Um desses importantes processos é a dispersão de sementes realizada pelos animais frugívoros. A dispersão de sementes pode ser analisada numa abordagem de redes de interações, úteis no entendimento do funcionamento do ecossistema. Nós estudamos redes de dispersão de sementes em três áreas restauradas a 15, 25 e 57 anos atrás, escala temporal raramente estudada em estudos de restauração. Nós investigamos mudanças na estrutura das redes (aninhamento, modularidade e especialização da rede) em cada uma dessas comunidades ao longo do tempo de restauração. Embora o tamanho da rede e o número de interações tenham aumentado com a restauração, as espécies que compuseram a rede foram generalistas, sendo que os grandes frugívoros estiveram ausentes. Contrário a nossa expectativa, a riqueza de espécies foi maior na área de 25 anos, talvez devido ao plantio ter sido realizado com maior número de espécies. O aninhamento foi baixo nas três redes, sendo maior na área de idade intermediária. Entretanto a área mais antiga foi significativamente modular e apresentou alta especialização. Estes resultados sugerem que 57 anos após a restauração a complexidade das redes de interações mutualísticas aumentou, assim melhorando as funções ecossistêmicas na floresta Atlântica. Nós juntamos as três redes de dispersão de sementes restauradas em uma para identificar a contribuição individual das espécies na organização e funcionamento da rede, medidas pelo aninhamento, modularidade e força de interação. Através dessas abordagens apontamos as espécies e os grupos funcionais mais importantes para a resiliência e persistência das redes de dispersão de sementes e que devem ser priorizados nas ações de restauração da Mata Atlântica / Abstract: Human activities have lead to the loss of habitats and biodiversity in the Atlantic Rain Forest in Brazil. Ecological restoration aims to rebuild this biome and should include not only the reinstatement of species, but the reestablishment of complex ecological interactions and the ecological functions that they provide. One such function is seed dispersal, which is provided by the interactions between animal frugivores and plants. We studied seed dispersal networks in three different tropical forest sites restored 15, 25 and 57 years ago, temporal scales rarely observed in restoration studies. We investigated changes in network structure (nestedness, modularity and network specialization) in these communities over restoration time. Although network size and the number of interactions increased with time since restoration, the networks were composed of generalist birds, and the large frugivores remained absent. Contrary to our expectations though, species richness was highest in the 25 years old site maybe due the highest number of species used in the planting. Nestedness values were low in all three networks, but the highest nestedness was observed in the intermediate aged site. However, the oldest network was significantly modular and showed higher complementary specialization. These results suggest that, 57 years after restoration, the complexity of mutualistic interactions in seed dispersal networks has increased, this enhancing ecosystem function in the Atlantic forest. Furthermore, we merged all three networks in a big one to identify which are the most important species in terms of nerwork organization (modularity and nestedness) and interaction strength. Through this approach we point out species and their functional groups most important to persistence of seed dispersal networks. These species and their functional groups should be indicated to maximize the restoration in the Atlantic forest / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal

Premise of research. The duration and intensity of flowering overlap among plants are the first determiners of the potential for pollinator-mediated plant-plant interactions. Yet, our ability to describe community-wide patterns of coflowering, and thus understand its impact on the structure of plant-pollinator communities, is limited. Methodology. We present a conceptual framework for how network theory can reveal structural properties that are ecologically relevant in diverse coflowering communities. Coflowering modules, in particular, may suggest that groups of species coflower more strongly (clustering) with each other than with other species (over-dispersion) in the community. Such a finding would indicate that competitive and facilitative interactions do not act alone but instead act simultaneously to mediate the assembly of coflowering communities. We illustrate our conceptual framework in four diverse coflowering communities in the serpentine seeps in northern California. Pivotal results. Our coflowering networks vary in size and degree but not in overall connectance, suggesting that both intrinsic community features (species richness) and ecological constraints (length of flowering season) play a role in mediating coflowering community structure (distribution of frequency and intensity of flowering overlap among plant species). We show, for the first time, that groups of species tend to coflower more strongly with each other than with other species in a community, supporting the idea that competition and facilitation are not mutually exclusive processes mediating coflowering community assembly. Our results show that the degree of modularity is not sensitive to the number of coflowering species within each community, suggesting that ecological factors may be more important in driving this pattern. Conclusions. Coflowering networks have the potential to advance our understanding of the causes and consequences of flowering overlap in diverse plant communities by revealing a more in-depth and novel characterization of coflowering community structure. Such characterization will allow for a better understanding of the importance of coflowering patterns in mediating the structure of plant-pollinator interactions.

Premise of the Study: There is growing interest in understanding plant–plant interactions via pollen transfer at the community level. Studies on the structure and spatial variability of pollen transfer networks have been valuable to this understanding. However, there is high variability in the intensity of sampling used to characterize pollen transfer interactions, which could influence network structure. To date, there is no knowledge of how sampling effort influences the richness of pollen on stigmas and thereby transfer interactions observed, nor how this may vary across species and study sites. Methods: We use rarefaction curves on 16 species to characterize the relationship between sampling effort (number of stigmas analyzed) and the richness of pollen transfer interactions recorded. We further assess variability in this relationship among species, plant community types, and sites within a single plant community. Key Results: We show high among-species variation in the amount of sampling required to sufficiently characterize interspecific pollen transfer. We further reveal variability in the sampling effort-interaction richness relationship among different plant communities and even for the same species growing in different sites. Conclusions: The wide heterogeneity in the sampling effort required to accurately characterize pollen transfer interactions observed has the potential to influence the characterization of pollen transfer dynamics. Thus, sampling completeness should be considered in future studies to avoid overestimation of modularity and specialization in pollen transfer networks that may bias the predicted causes and expected consequences of such processes for plant–plant interactions.

No description available.

No description available.

Les protéines sont les macromolécules les plus polyvalentes de la cellule. Elles jouent un rôle fondamental dans la majorité des processus biologiques à travers la formation de complexes multi-protéiques. Durant la transcription, une multitude de facteurs sont impliquées dans le contrôle de l’activité des complexes ARN polymérases. Notre laboratoire s’est intéressé au réseau d’interaction de la machinerie de transcription des ARN polymérases nucléaires, dans le but de mieux comprendre leurs mécanismes de régulation. Pour ce faire, une procédure protéomique comprenant la purification de complexes protéiques par affinité couplée à la spectrométrie de masse et à l’analyse bioinformatique a été développée. La méthode de purification TAP (Tandem Affinity Purification) a été adaptée pour permettre la purification de complexes protéiques solubles assemblés in vivo à partir de cellules humaines. L’objectif de mon projet de maîtrise était de purifier le complexe de l’ARN Pol I ainsi que de poursuivre l’expansion du réseau d’interactions protéine-protéine de la machinerie de transcription de l’ARN Pol II humaine. À l’aide des protéines POLR1E, TWISTNB, POLR2E, PFDN4, MBD2, XPA, CAND1 et PDCD5 étiquetées (TAP-tag) exprimées dans des lignées cellulaires ECR-293, plusieurs complexes protéiques solubles ont été purifiés et analysés par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques ont été triées et validées bioinformatiquement pour donner en final une liste d’interactions ayant un haut degré de confiance à partir de laquelle des réseaux d’interactions protéine-protéine ont été créés. Le réseau créé au cours de ce projet connecte plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle tels que les ARN Pol I, II et III, les complexes RPAP3/R2TP/prefoldin-like, TRiC/CCT, Mi-2/NuRD et des facteurs de transcription et de réparation de l’ADN. Ce type d’analyse nous a permis d’identifier et de caractériser de nouveaux régulateurs de la machinerie de transcription de l’ARN Pol I et II et de mieux comprendre son fonctionnement. / Proteins are the most versatile macromolecules of the cell. They play a fundamental role in the majority of biological processes through the formation of multiprotein complexes. During transcription, a multitude of factors are involved in the control of activity of RNA polymerases. Our laboratory was interested in defining the nuclear RNA polymerases transcription machinery interaction network to better understand their regulatory mechanisms. To do so, a proteomic procedure that allows affinity purification of protein complexes coupled to mass spectrometry and computational data analysis was developed. The tandem affinity purification procedure has been adapted for the purification of soluble protein complexes as they likely exist in live mammalian cells. The aim of my master project was to purify the RNA Pol I complex as well as to further pursue the expansion of the protein-protein interaction network of the human RNA Pol II transcription machinery. By using POLR1E, TWISTNB, POLR2E, PFDN4, MBD2, XPA, CAND1 and PDCD5 TAP – tagged proteins expressed in EcR-293 cell lines, multiple soluble protein complexes were purified and analyzed by mass spectrometry. Protein interactions have been sorted and validated computationally. High-confidence dataset of interactions were used to build the protein-protein interaction networks. The network created for this project connects several components of the transcriptional machinery such as RNA Pol I, II and III, RPAP3/R2TP/prefoldin-like, TRiC/CTC, Mi-2/NuRD complexes and DNA repair and transcription factors. This type of analysis allowed us to identify and characterize new regulators of RNA Pol I and II transcription machinery and to better understand its functioning.

Diversos pesquisadores têm se utilizado do recurso de Redes de Interação na área de Biodiversidade para analisar o papel das espécies na estrutura da uma rede cujos fundamentos conceituais são os mesmos das Redes Sociais (como Facebook, LinkedIn, entre outras). Nesse sentido, algoritmos, métricas e recursos computacionais e estatísticos provenientes da área de Análise de Redes Sociais (Social Network Analysis SNA) são ferramentas importantes para endereçar/apoiar estudos com interações. Assim sendo, o objetivo desta tese é propor uma metodologia para aplicação das métricas de SNA em estudos com Redes de Interação biológicas no domínio da Informática para a Biodiversidade. A metodologia está formalizada por meio da Notação para Modelagem de Processos de Negócio (BPMN - Business Process Model and Notation) e estruturada em quatro etapas: (i) mapeamento dos tipos de dados e de interação disponíveis; (ii) definição das perguntas-chave a serem respondidas e das variáveis de análise; (iii) escolha das métricas de SNA adequadas ao contexto da pesquisa; e (iv) realização de análises biológicas com o apoio de SNA. Como recursos materiais foram utilizadas as métricas de SNA, bem como um conjunto de ferramentas computacionais (como os pacotes do R e os programas Dieta, Pajek e Ucinet) e de Análise Estatística (como a Análise Exploratória de Dados e a Análise Multivariada de Dados). Esta proposta nasceu de um processo de colaboração com pesquisadores de diversas áreas do conhecimento, a partir de projetos desenvolvidos no Núcleo de Pesquisa em Biodiversidade e Computação da USP (BioComp-USP), o que trouxe uma base de sustentação a esta metodologia. Para avaliar a adequação desta proposta a necessidades reais de pesquisa a metodologia foi aplicada a três estudos de caso com Redes de Interação microbiológicas. Os resultados mostram os benefícios que a disponibilização de um método sistematizado para guiar os passos de uma pesquisa pode trazer a um pesquisador seja em função do aporte de recursos recomendados, seja pelo processo de organização das atividades de pesquisa. Além disso, verifica-se a possibilidade de transposição desta proposta a outros domínios do conhecimento ainda não explorados, como em Agrobiodiversidade. / Several researchers have used Interaction Networks resources in the Biodiversity area for analyzing the role of species in network structure their conceptual foundations are the same as those in Social Networks (such as Facebook, LinkedIn, among others). Thus, algorithms, metrics, and statistical and computational resources from the Social Network Analysis (SNA) area are important tools for addressing this issue. Therefore, the aim of this thesis is to propose a methodology for applying SNA metrics to biological interaction network studies in the Biodiversity Informatics domain. The methodology is formalized by means of Business Process Model and Notation (BPMN) and structured in four steps: (i) mapping the data types and the interaction available; (ii) defining the key-questions to be answered and the analysis variable; (iii) choosing the SNA metrics appropriate to the context of the research; and (iv) performing the biological analysis with the support of SNA. As material resources, the SNA metrics were used, as well as a set of computational (such as R packages, Dieta, Pajek and Ucinet software) and Statistical Analysis (Exploratory Data Analysis and Multivariate Data Analysis) tools. This proposal generated a process collaboration with researchers from different knowledge areas, by means of projects developed at the Research Center on Biodiversity and Computing at USP (BioComp-USP), which provided a support base to this methodology. To assess the suitability of this proposal to the real research needs, it was applied to three case studies with microbiological Interaction Networks. The results show the benefits that providing a systematic method to guide the steps of one research can bring to a researcher be it due to the support of the resources recommended, be it by the organization of the research activities. In addition, there is the possibility of applying this methodology to unexplored knowledge fields, such as Agrobiodiversity.

Diversos pesquisadores têm se utilizado do recurso de Redes de Interação na área de Biodiversidade para analisar o papel das espécies na estrutura da uma rede cujos fundamentos conceituais são os mesmos das Redes Sociais (como Facebook, LinkedIn, entre outras). Nesse sentido, algoritmos, métricas e recursos computacionais e estatísticos provenientes da área de Análise de Redes Sociais (Social Network Analysis SNA) são ferramentas importantes para endereçar/apoiar estudos com interações. Assim sendo, o objetivo desta tese é propor uma metodologia para aplicação das métricas de SNA em estudos com Redes de Interação biológicas no domínio da Informática para a Biodiversidade. A metodologia está formalizada por meio da Notação para Modelagem de Processos de Negócio (BPMN - Business Process Model and Notation) e estruturada em quatro etapas: (i) mapeamento dos tipos de dados e de interação disponíveis; (ii) definição das perguntas-chave a serem respondidas e das variáveis de análise; (iii) escolha das métricas de SNA adequadas ao contexto da pesquisa; e (iv) realização de análises biológicas com o apoio de SNA. Como recursos materiais foram utilizadas as métricas de SNA, bem como um conjunto de ferramentas computacionais (como os pacotes do R e os programas Dieta, Pajek e Ucinet) e de Análise Estatística (como a Análise Exploratória de Dados e a Análise Multivariada de Dados). Esta proposta nasceu de um processo de colaboração com pesquisadores de diversas áreas do conhecimento, a partir de projetos desenvolvidos no Núcleo de Pesquisa em Biodiversidade e Computação da USP (BioComp-USP), o que trouxe uma base de sustentação a esta metodologia. Para avaliar a adequação desta proposta a necessidades reais de pesquisa a metodologia foi aplicada a três estudos de caso com Redes de Interação microbiológicas. Os resultados mostram os benefícios que a disponibilização de um método sistematizado para guiar os passos de uma pesquisa pode trazer a um pesquisador seja em função do aporte de recursos recomendados, seja pelo processo de organização das atividades de pesquisa. Além disso, verifica-se a possibilidade de transposição desta proposta a outros domínios do conhecimento ainda não explorados, como em Agrobiodiversidade. / Several researchers have used Interaction Networks resources in the Biodiversity area for analyzing the role of species in network structure their conceptual foundations are the same as those in Social Networks (such as Facebook, LinkedIn, among others). Thus, algorithms, metrics, and statistical and computational resources from the Social Network Analysis (SNA) area are important tools for addressing this issue. Therefore, the aim of this thesis is to propose a methodology for applying SNA metrics to biological interaction network studies in the Biodiversity Informatics domain. The methodology is formalized by means of Business Process Model and Notation (BPMN) and structured in four steps: (i) mapping the data types and the interaction available; (ii) defining the key-questions to be answered and the analysis variable; (iii) choosing the SNA metrics appropriate to the context of the research; and (iv) performing the biological analysis with the support of SNA. As material resources, the SNA metrics were used, as well as a set of computational (such as R packages, Dieta, Pajek and Ucinet software) and Statistical Analysis (Exploratory Data Analysis and Multivariate Data Analysis) tools. This proposal generated a process collaboration with researchers from different knowledge areas, by means of projects developed at the Research Center on Biodiversity and Computing at USP (BioComp-USP), which provided a support base to this methodology. To assess the suitability of this proposal to the real research needs, it was applied to three case studies with microbiological Interaction Networks. The results show the benefits that providing a systematic method to guide the steps of one research can bring to a researcher be it due to the support of the resources recommended, be it by the organization of the research activities. In addition, there is the possibility of applying this methodology to unexplored knowledge fields, such as Agrobiodiversity.