Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2018-05-23T14:34:39Z No. of bitstreams: 1 PDF - Fernando José König Clark.pdf: 28050270 bytes, checksum: 6d4e4eb2167c1e7ae74f3548b604008b (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2018-05-23T16:49:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Fernando José König Clark.pdf: 28050270 bytes, checksum: 6d4e4eb2167c1e7ae74f3548b604008b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-23T16:49:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Fernando José König Clark.pdf: 28050270 bytes, checksum: 6d4e4eb2167c1e7ae74f3548b604008b (MD5) Previous issue date: 2018-02-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The inner ear of teleostean fishes has internally hair cells which in contact with otoliths is responsible for orientation and balance and hearing, providing positioning and movement senses. The semicircular canals house the three otoliths suspended in liquid, connected to the optical membranes, being sagittae, used as chronological structure because they are not reabsorbed after their formation by the deposition of calcium carbonate, creating rings making the analysis of this structure on studies of aging and the use of the habitats in which they pass part of their life cycle. Dependent on genetic and environmental factors, the otolith forms are species specific, thus functioning as markers of both the different environmental conditions the fish are subjected to and the characteristic phylogenetic patterns found in the families to which each species belongs. For this, estuaries are important coastal environments for the initial stages of fish life, which provide them with better feeding conditions. However, fish are submitted to environmental factors governed in part by hydrological conditions, which influence salinity, temperature, turbidity and primary productivity. Therefore, the study of t he shape of otoliths is useful for the identification of Atherinella brasiliensis populations, a species with wide distribution in shallow water environments of the Brazilian coast, forming large schools, and important for the beginning of the trophic chains. Considering this, it was sought to understand how the development of otoliths in two distinct environments, mainly in relation to the salinity gradient, and between the juvenile and adult phases, comparing the populations of these environments and thus seeking a better ecological understanding for future projects. management. A total of 1,190 individuals (3,357 g) were captured, distributed between 633 to the Mamanguape estuary and 457 to the Tubarão estuary. The sagittae otoliths presented a general elliptic, concave-convex shape. The morphometric parameters were higher for the upper zones of the studied environments. The indices of ellipticity and shape factor were higher in the upper estuary and in the hypersaline estuary, and differences were observed only for juveniles and adults, with circularity and rectangular indexes being higher among juveniles. / O ouvido interno nos peixes teleósteos, responsável pela orientação e equilíbrio e audição, possui internamente grupos de células pilosas, que em contato com os otólitos, proporcionam funções de posicionamento e movimento. Os canais semicirculares alojam os três otólitos suspensos em líquido, ligados às membranas óticas, sendo o sagittae, usado como estrutura cronológica e para a audição dos peixes. Por não serem reabsorvidos após sua formação pela deposição de carbonato de cálcio, e com a criação de anéis, a analise dessa estrutura possibilita estudos sobre a idade e sobre a utilização dos habitats nos quais passam parte do seu ciclo de vida. Dependentes de fatores genéticos e ambientais, as formas dos otólitos são específicas de cada espécie, assim funcionando como marcadores tanto de condições ambientais diferentes as quais os peixes estão submetidos, quanto a padrões filogenéticos característicos encontrados nas famílias as quais cada espécie pertence. Para tal, os estuários são importantes ambientes costeiros para o ciclo de vida dos peixes, que lhes propiciam melhores condições de alimentação. Entretanto, os peixes são submetidos a fatores ambientais regidos em parte por condições hidrológicas, o que influencia na salinidade, temperatura, turbidez e produtividade primária. Assim sendo, o estudo da forma dos otólitos, é útil para identificação de populações de Atherinella brasiliensis, espécie com ampla distribuição em ambientes de águas rasas do litoral brasileiro, formadora de grandes cardumes, e importante para o início das cadeias tróficas. Visto isso, buscou-se entender como desenvolvimento dos otólitos frente a dois ambientes distintos, principalmente, quanto ao gradiente de salinidade, e entre as fases juvenil e adulta, comparando as populações desses ambientes e assim, buscando uma melhor compreensão ecológica para futuros projetos de manejo. Foram capturados 1.090 indivíduos (3.357g), distribuídos entre 633 para o estuário do rio Mamanguape, e 457 para o estuário rio Tubarão. Os otólitos sagittae apresentaram forma geral elíptica, côncavo-convexa. Os parâmetros morfométricos foram maiores para as zonas superiores dos ambientes estudados. Os índices de forma elipsidade e fator de forma foram maiores na zona superior do estuário positivo e no estuário hipersalino, e diferenças foram observadas apenas para juvenis e adultos, sendo os índices, de circularidade e retangularidade maiores entre os juvenis.

Submitted by UDENYS CABRAL MENDES (udenys-agro@hotmail.com) on 2018-07-26T20:09:50Z No. of bitstreams: 1 Tese_Udenys.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) / Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-07-27T14:04:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mendes_uc_dr_ilha.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T14:04:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mendes_uc_dr_ilha.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) Previous issue date: 2018-04-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O melhoramento genético de uma espécie alógama como o milho, pode ser dirigido essencialmente visando duas alternativas: a obtenção de populações melhoradas, ou a obtenção de uma geração F1 com vigor de híbrido. No caso de melhoramento de populações ocorre a oportunidade de incorporar novas fontes de germoplasma. de particular interesse por representar resultado de seleção específica para doenças foliares e outros caracteres.Germoplasma exótico (incluindo acessos do Brasil e de outros países) é aquele que não pertence à base genética comumente em uso no melhoramento, podendo assim contribuir com novos alelos que resultarão em aumento da variabilidade genética útil para o melhoramento. Os objetivos do trabalho foi verificar o valor genético-agronômico dos compostos recém sintetizados, o efeito depressivo da endogamia e inferir sobre a viabilidade de um programa de seleção recorrente visando o melhoramento intrapopulacional. Foram avaliadas as populações NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 e NAP-DB x HG-49, com dois níveis de endogamia (S0 e S1), no sistema de macroparcelas, e 100 progênies de irmãos germanos e 50 progênies endogâmicas S1 das populações NAP-FA x HG-71 e NAP-DB x HG-49. Nas duas situações os experimentos foram delineados em blocos casualizados com três repetições em três e dois locais respectivamente. Foram avaliados os caracteres florescimento masculino e feminino, altura da planta e da espiga, comprimento e diâmetro de espiga, resistência a doenças foliares, acamamento, quebramento, espigas gessadas e produtividade de grãos. Foram estimados os parâmetros herdabilidade no sentido amplo e restrito, ganho com a seleção e correlação genotípica e fenotípica entre os caracteres. As populações apresentam bom potencial de produtividade de grãos, valor para melhoramento visando a introgressão de diferentes fontes de germoplasma no sistema de melhoramento e possuem elevado valor genético, tanto para produtividade como para outros caracteres agronômicos de interesse. As progênies de irmãos germanos com produtividade de grãos de 67,4%, 61,7%, 51,3% e 84,65% em relação às testemunhas nas duas localidades respectivamente, indicam a viabilidade da introgressão de germoplasma no sistema de melhorameto. As progênies S1 apresentam variabilidade suficiente para serem exploradas em programas de seleção recorrente. Os resultados também indicaram a existência de progênies com menor depressão por endogamia, que podem ser exploradas em programas de seleção interpopulacional e para extração de linhagens. / Genetic improvement of an allogamous specie such as maize, can be directed essentially towards two alternatives: obtaining improved populations or obtaining an F1 generation with hybrid vigor. In the case of population improvement there is an opportunity to incorporate new sources of germplasm with particular interest because it represents a result of specific selection for foliar diseases and other characters. Exotic germplasm (including access from Brazil and other countries) is one that does not belong to the genetic base commonly used in breeding, thus contributing with new alleles that will result in increased genetic variability useful for breeding. The objectives of the study were to verify the genetic and agronomic value of the newly synthesized composites, the depressive effect of inbreeding and to infer about the viability of a recurrent selection program aiming at intrapopulation improvement. Were evaluated the populations NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 and [NAP-DB x HG-4], with two levels of inbreeding (S0 and S1) in macro plots system and 100 progenies of full-sibs and 50 endogamous progeny S1 from the NAP-FA x HG-71 and NAP-DB x HG-49 populations. In both situations, the experiments were in randomized blocks with three replicates in three and two locations respectively. The flowering characteristics of male and female, plant height, ear height, ear length, ear diameter, resistance to foliar diseases, lodging, breakage, ears bada granades and grain yield. Were estimates parameters heritability in the broad and restricted sense, gain with selection and genotypic and phenotypic correlation between the characters. The populations present good potential of grain yield, value for improvement aiming at the introgression of different sources of germplasm in breeding system and have high genetic value, both for productivity and for other agronomic traits of interest. The progenies of full-sibs with grain yield of 67,4%, 61,7%, 51,3% and 84,65% in relation to the check in two locations respectively, indicate the viability of the introgression of germplasm in the breeding system. The S1 progenies presented sufficient variability to be explored in recurrent selection programs. The results also indicated the existence of progenies with lower inbreeding depression, which can be explored in populations selection programs and and extraction of inbred lines.

Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Resumo: O melhoramento genético de uma espécie alógama como o milho, pode ser dirigido essencialmente visando duas alternativas: a obtenção de populações melhoradas, ou a obtenção de uma geração F1 com vigor de híbrido. No caso de melhoramento de populações ocorre a oportunidade de incorporar novas fontes de germoplasma. de particular interesse por representar resultado de seleção específica para doenças foliares e outros caracteres.Germoplasma exótico (incluindo acessos do Brasil e de outros países) é aquele que não pertence à base genética comumente em uso no melhoramento, podendo assim contribuir com novos alelos que resultarão em aumento da variabilidade genética útil para o melhoramento. Os objetivos do trabalho foi verificar o valor genético-agronômico dos compostos recém sintetizados, o efeito depressivo da endogamia e inferir sobre a viabilidade de um programa de seleção recorrente visando o melhoramento intrapopulacional. Foram avaliadas as populações NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 e NAP-DB x HG-49, com dois níveis de endogamia (S0 e S1), no sistema de macroparcelas, e 100 progênies de irmãos germanos e 50 progênies endogâmicas S1 das populações NAP-FA x HG-71 e NAP-DB x HG-49. Nas duas situações os experimentos foram delineados em blocos casualizados com três repetições em três e dois locais respectivamente. Foram avaliados os caracteres florescimento masculino e feminino, altura da planta e da espiga, comprimento e diâmetro de espiga, resistência a doenças ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic improvement of an allogamous specie such as maize, can be directed essentially towards two alternatives: obtaining improved populations or obtaining an F1 generation with hybrid vigor. In the case of population improvement there is an opportunity to incorporate new sources of germplasm with particular interest because it represents a result of specific selection for foliar diseases and other characters. Exotic germplasm (including access from Brazil and other countries) is one that does not belong to the genetic base commonly used in breeding, thus contributing with new alleles that will result in increased genetic variability useful for breeding. The objectives of the study were to verify the genetic and agronomic value of the newly synthesized composites, the depressive effect of inbreeding and to infer about the viability of a recurrent selection program aiming at intrapopulation improvement. Were evaluated the populations NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 and [NAP-DB x HG-4], with two levels of inbreeding (S0 and S1) in macro plots system and 100 progenies of full-sibs and 50 endogamous progeny S1 from the NAP-FA x HG-71 and NAP-DB x HG-49 populations. In both situations, the experiments were in randomized blocks with three replicates in three and two locations respectively. The flowering characteristics of male and female, plant height, ear height, ear length, ear diameter, resistance to foliar diseases, lodging, breakage, ears bada granades and grai... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientadores: Sergio Furtado dos Reis, Marcio Silva Araujo. / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T20:53:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_JoaoCarlosLopes_M.pdf: 677158 bytes, checksum: b1c8a350aeb6b46bf7f5c1573c624dec (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A dieta é um dos principais atributos do nicho ecológico de qualquer espécie animal. Geralmente nos estudos ecológicos os indivíduos de uma população são considerados ecologicamente equivalentes em relação ao uso de recurso. Contudo, esta abordagem tem se mostrada inadequada na descrição da utilização de recurso para várias espécies, como demonstrado por dados empíricos. A variação intrapopulacional pode ser ocasionada por fatores exógenos ou fenômenos endógenos ocasionados pelas diferenças sexuais e/ou ontogenéticas. Além disso, indivíduos pertencentes à mesma classe etária, ao mesmo sexo e dentro da mesma localidade podem também exibir variação no nicho. Esse fenômeno é denominado de "especialização individual" e sua ocorrência tem sido descrita para comunidades temperadas ou depauperadas até o presente momento. Para verificar quais fenômenos podem produzir a variação no nicho de lagartos tropicais foi utilizado como modelo Tropidurus hispidus. Os objetivos deste estudo foram: descrever a composição da dieta; investigar a existência de variação intrapopulacional no nicho trófico; determinar em que níveis essa variação se expressa; e testar se a morfologia é um mecanismo subjacente ao uso de recursos alimentares nesta espécie. Dentre os fenômenos analisados, a variação intrapopulacional parece ser ocasionada unicamente pela especialização individual. Os itens mais consumidos por T. hispidus, formigas, besouros e cupins, produzem uma variedade de substâncias químicas tóxicas que podem impor um alto custo para desintoxicação e gerar preferências alimentares individuais. Outra possível fonte de variação é a ocorrência de diferentes comportamentos de forrageio por indivíduos da mesma população. Este é o primeiro registro da ocorrência de especialização individual em lagartos tropicais e reforça a percepção de que esse fenômeno esta presente em comunidades tropicais de alta diversidade, contrariando o padrão estabelecido na literatura, relacionando à ocorrência da especialização individual a comunidades temperadas e depauperadas. / Abstract: The diet is one of the main atributes of the ecological niche of animal species. Generally, the individuals of a population are considered ecologically equivalent in ecological studies that focus on resource use. Nevertheless, this approach has been inadequate to correctly describe resource use by various species, as demonstrated by empirical data. Intrapopulation variation may be caused by exogenous factors or endogenous phenomena such as sexual and/or ontogenetic differences. Additionally, individuals belonging to the same age or sex, and within a single site or time can also show differences in niche. This phenomenon has been defined as "individual specialization" and its occurrence is related to temperate and/or depauperate communities. To verify which phenomena produce niche variation in tropical lizards, we used Tropidurus hispidus as a model system. The aims of this study were to describe the diet composition; to investigate the existence of intrapopulational variation in trophic niche; to determine at which levels this variation is expressed, and test if the morphology is an underlying mechanism in food resource use in this species. The intrapopulation variation seems to be caused uniquely by individual specialization. The most consumed items by T. hispidus, ants, beetles and termites, produce a variety of toxic chemical substances that can impose a high cost for desintoxication and generate individual alimentary preferences. Another possible source of variation is the occurrence of different forage behaviors by individuals of the same population. This is the first record of the occurrence of individual specialization in tropical lizards, which suggests the presence of this phenomenon in highly diverse tropical communities, contradicting the established literature relating the occurrence of individual specialization to temperate and depauperate communities. / Mestrado / Mestre em Ecologia

Body size is a fundamental structural characteristic of organisms, determining critical life history and physiological traits, and influencing population dynamics, community structure, and ecosystem function. For my dissertation, I focused on effects of body size on habitat use and diet of important coastal fish predators, as well as their influence on faunal communities in Bahamian wetlands. First, using acoustic telemetry and stable isotope analysis, I identified high variability in movement patterns and habitat use among individuals within a gray snapper (Lutjanus griseus) and schoolmaster snapper (L. apodus) population. This intrapopulation variation was not explained by body size, but by individual behavior in habitat use. Isotope values differed between individuals that moved further distances and individuals that stayed close to their home sites, suggesting movement differences were related to specific patterns of foraging behavior. Subsequently, while investigating diet of schoolmaster snapper over a two-year period using stomach content and stable isotope analyses, I also found intrapopulation diet variation, mostly explained by differences in size class, individual behavior and temporal variability. I then developed a hypothesis-testing framework examining intrapopulation niche variation between size classes using stable isotopes. This framework can serve as baseline to categorize taxonomic or functional groupings into specific niche shift scenarios, as well as to help elucidate underlying mechanisms causing niche shifts in certain size classes. Finally, I examined the effect of different-sized fish predators on epifaunal community structure in shallow seagrass beds using exclusion experiments at two spatial scales. Overall, I found that predator effects were rather weak, with predator size and spatial scale having no impact on the community. Yet, I also found some evidence of strong interactions on particular common snapper prey. As Bahamian wetlands are increasingly threatened by human activities (e.g., overexploitation, habitat degradation), an enhanced knowledge of the ecology of organisms inhabiting these systems is crucial for developing appropriate conservation and management strategies. My dissertation research contributed to this effort by providing critical information about the resource use of important Bahamian fish predators, as well as their effect on faunal seagrass communities.

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral-de-Mello / Resumo: Uma característica comum da evolução dos cromossomos sexuais é a acumulação de DNAs repetitivos, que estão envolvidos em sua diversificação e degeneração. Em gafanhotos o sistema ancestral dos cromossomos sexuais é o XO, mas em algumas espécies os cromossomos sexuais neo-XY surgiram por translocação Robertsonian entre o X ancestral e um par autossômico. Esse é o caso do Ronderosia bergii (Acrididae: Melanoplinae) que adicionalmente também apresentou uma grande inversão pericentrica no neo-Y, fazendo com que essa seja uma espécie singular para o entendimento da evolução dos cromossomos sexuais. Nesse estudo foi caracterizado os DNA satélites e Elementos de Transposição da espécie, com enfoque no entendimento das diferenças entre macho e fêmea e que estão putativamente associados aos cromossomos sexuais. Foi encontrado um total de 54 famílias de DNAs satélites e 56 famílias de TEs. Os DNAsat foram 13,5% mais abundantes no genoma do macho, enquanto os TEs foram apenas 1,02% mais abundantes no genoma da fêmea, evidenciando alta amplificação dos DNAsat no cromossomo neo-Y e menor envolvimento dos TEs na diferenciação dos cromossomos sexuais. A alta diferenciação entre os cromossomos sexuais é observada pela amplificação de múltiplos DNAsat no neo-Y com ocorrência de famílias exclusivamente mapeadas nesse cromossomo, entretanto, algum grau de homologia foi observado. Os dados do mapeamento dos DNAsat evidenciou um alto turnover dos neo-cromossomos sexuais em R.bergii em nível intra... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A common characteristic along sex chromosome evolution is the accumulation of repetitive DNAs, which could account for their diversification and degeneration. In grasshoppers the ancestral sex chromosome system is XO, but in some species neo-XY sex chromosome emerged by Robertsonian translocation with an autosomal pair. This is the case of the Melanoplinae Ronderosia bergii that additionally present a large pericentric inversion in the neo-Y, making this a singular species to understand evolution of sex chromosomes. Here we characterized the satellite DNAs and Transposable Elements of the species focused in the understanding of differences between male and female genomes that are putatively associated with sex chromosomes. We found a total of 54 satDNA families and 56 families of TEs. The satDNAs were 13.5% more abundant in male genomes, while TEs were only about 1.02% more abundant in female genome, evidencing high amplification of satDNAs on neo-Y chromosome and minor role of TEs in sex chromosome differentiation. The high differentiation between the sex chromosomes is demonstrated by amplification of multiply satDNAs in neo-Y and occurrence of families exclusively mapped on this chromosome, although some degree of homology was noticed. Our data of chromosomal mapping of satDNAs evidenced high turnover of neo-sex chromosomes in R. bergii at intrapopulation level, caused by multiply paracentric inversions and other rearrangements like amplifications and transpositions. Final... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Transposable elements are DNA sequences that can change their location within the genome and can be found in almost all organisms. The mariner transposable element belongs to Class II, Tc1-mariner superfamily. An inactive insertion of this element in the gene white (w+) located on the X chromosome, causes a phenotypic change in color's eyes becoming them a peach color in the place of the wild coloration, being for this reason called whitepeach (wpch). Crossing of mutant females with males obtained from nature, an offspring with eyes the color of peach or variegated with spots of wild color is formed enabling estimate transposicional activity in natural populations. From the use of this system, several studies have been performed to understand if the number of copies and the activity of the mariner element are involved with environmental factors, historical and/or populational. In this study, the existence of intrapopulation variability of D. simulans collected in two places at Santa Maria (RS) city was investigated by crossing with a line of D. simulans wpch. Moreover, data on another species, D. melanogaster, were also obtained and analyzed: interspecific crosses generated progeny with variegation. The isolines that showed these properties were studied using of molecular research tools, such as PCR, cloning and sequencing, it was also necessary. The results suggest the existence of intrapopulation variability in D. simulans and indicate the discovery of sequences very similar to the element mariner in the genome of natural populations of D. melanogaster. / Os elementos transponíveis são seqüências de DNA capazes de alterar sua localização dentro do genoma e podem ser encontrados em praticamente todos os organismos. O elemento transponível mariner pertence à classe II, superfamília Tc1-mariner. Uma inserção inativa deste elemento no gene white (w+) localizado no cromossomo X de Drosophila simulans, causa uma alteração fenotípica na cor dos olhos tornando-os cor de pêssego no lugar da coloração selvagem, sendo por este motivo denominada white-peach (wpch). Do cruzamento de fêmeas mutantes com machos coletados na natureza, uma prole com olhos cor de pêssego ou variegados com pontos de coloração selvagem é formada, possibilitando estimar a atividade transposicional em populações naturais. A partir do uso deste sistema, diversos estudos têm sido realizados para compreender se o número de cópias e a atividade do elemento mariner estão envolvidos com fatores ambientais, históricos e/ou populacionais. Neste trabalho, a existência de variabilidade intrapopulacional de D. simulans coletadas em dois pontos da cidade de Santa Maria RS foi investigada através de cruzamentos com uma linhagem de D. simulans wpch. Além disso, dados sobre uma outra espécie, D. melanogaster, também foram obtidos e analisados: cruzamentos interespecíficos que geraram descendência com variegação fez com que o uso de ferramentas de pesquisa molecular, como PCR, clonagem e seqüenciamento, também fossem necessárias. Os resultados obtidos sugerem a existência de variabilidade intrapopulacional em D. simulans e indicam a descoberta de seqüências semelhantes ao elemento mariner no genoma de populações naturais de D. melanogaster.