A xilanase e a α-amilase são enzimas responsáveis por degradar parte da matéria orgânica nos solos, atuando na mineralização da hemicelulose e do amido, respectivamente. Do ponto de vista biotecnológico, estas enzimas, assim como os subprodutos gerados pela sua ação enzimática, podem ser utilizados em diversos setores industriais. Os manguezais podem representar uma fonte promissora e inexplorada para a busca de enzimas microbianas em função das altas quantidades de matéria vegetal em decomposição presente neste ecossistema, onde ocorrem condições ambientais únicas, representadas pela combinação da anaerobiose e salinidade. No presente trabalho, métodos independentes e dependentes de cultivo microbiano foram utilizados para a bioprospecção de enzimas xilanolíticas e amilolíticas em um ambiente de manguezal. A partir da triagem funcional de uma biblioteca metagenômica foram obtidos 3 clones xilanolíticos. Estes foram sequenciados e os reads utilizados para montagem dos contigs e posterior anotação dos genes. Uma das ORFs geradas da anotação do contig MgrBr135 foi utilizada para subclonagem em vetor de expressão demonstrando atividade amilolítica. A análise filogenética do contig MgrBr135 mostrou afiliação da mesma ao filo Planctomycetes. Por meio do método dependente de cultivo, foram isolados 44 bactérias xilanolíticas do solo de manguezal. Destas, 73% apresentaram índices enzimáticos (IE) elevados quando submetidos ao teste qualitativo (cup plate). A estirpe bacteriana 11 foi a que se destacou das demais por ter apresentado IE de 10,9. Quando submetidas ao teste quantitativo, o isolado 39 se destacou produzindo uma atividade enzimática de 0,43 U/mL. O sequenciamento parcial do gene 16S rRNA das estirpes permitiu a identificação dos isolados como pertencentes a dois gêneros: Bacillus e Paenibacillus. Estes resultados destacam a importância de estudos sobre as bactérias encontradas nos manguezais, e indicam os grupos bacterianos que hospedam estas características, o que deve dar maior suporte a exploração deste recurso como ferramentas biotecnológicas, a serem utilizadas na degradação da hemicelulose e amido. / Xylanase and α-amylase are enzymes that degrade organic matter, acting in the mineralization of hemicellulose and starch, respectively. These enzymes, as well as the byproducts generated by them, can be used in various industrial sectors. Mangroves represent a promising and untapped source of microbial enzymes due to the high content of decomposing organic matter present in this ecosystem, where unique environmental conditions prevail, represented by the combination of anaerobiose and salinity. In this study, independent and dependent microbial cultivation methods were used for bioprospecting xylanolytic and amylolytic enzymes in a mangrove environment. Through the functional screening of a metagenomic library, 3 xylanolytic clones were obtained. These clones were sequenced, and the reads were used for contig assembly followed by gene annotation. One of the ORFs generated by the annotation of contig MgrBr135 was used for subcloning into the expression vector, showing later amylase activity. Phylogenetic analysis of contigs MgrBr135 indicated its affiliation to the phylum Planctomycetes. Through the cultivation dependent method, 44 xylanolytic bacteria were isolated from mangrove soil. From these, 73% had considerable enzymatic index (EI) when subjected to the qualitative test (cup plate). The bacterial strain 11 was the one that stood out from the others because it presented the highest EI, 10.9. When subjected to quantitative test, the isolated 39 stood out producing an enzyme activity of 0.43 U/mL. The partial 16S rRNA gene sequencing of the strains allowed the characterization of two genera: Bacillus and Paenibacillus. These results highlight the importance of studying the bacterial community found in mangroves, and indicate the bacterial groups hosting these features, supporting further exploitation of this resource as biotechnological tools that can be used in the degradation of hemicellulose and starch.

Hantavirus é um gênero na família Hantaviradae, incluindo agentes polimórficos, envelopados e com genoma de RNA fita simples, polaridade negativa e trissegmentado. Os Hantavírus são zoonóticos e mantidos na natureza em reservatórios das ordens Rodentia, Soricomorpha e Chiroptera. No Brasil, foram descritos 8 Hantavírus e destes, 6 causam doença humana grave e de alta letalidade, a Síndrome Pulmonar e Cardiovascular, sendo dentre eles o Araraquara (ARQV) o vírus de ocorrência nas regiões de Cerrado do Sudeste (incluindo Ribeirão Preto) e Planalto Central. ARQV destaca-se por produzir a maior letalidade dentre todos os Hantavírus existentes e possuir como reservatório o roedor silvestre Necromys lasiurus que o transmite ao homem por inalação dos aerossóis contaminados de suas excretas. Neste trabalho, detectamos genoma de Hantavírus em tecidos de Necromys lasiurus e em tecidos de morcego Desmodus rotundus, ambos capturados no Nordeste do Estado de São Paulo. Destes animais, foram feitas tentativas de isolamento de Hantavírus a partir de amostras de tecido de Necromys lasiurus e Desmodus rotundus. Os procedimentos foram realizados em laboratório de nivel de biossegurança 3, onde fizeram-se as inoculações em cultura de células VERO E6, com detecção viral após uma única passagem de 4 dias. Desta forma, foi possível isolar um Hantavírus a partir de sobrenadante do lisado de coração do roedor, o que foi confirmado pela presença do genoma viral do isolado por RT-PCR do sobrenadante de cultura celular e dos antígenos virais nas células Vero E6, por imunofluorescência indireta e western blot. O processo de isolamento mostrou-se reprodutível, por 3 vezes, para o mesmo tecido do roedor. Tais resultados encorajam que esta metodologia para isolamento de Hantavírus deva ser experimentada por mais vezes. O Hantavírus isolado (provavelmente ARQV) deverá fornecer importantes informações sobre seu genoma completo, além de propiciar vários estudos futuros. / Hantavirus is a genus in the Hantaviradae family, including polymorphic agents, it is enveloped and with a single stranded RNA genome, negative and tri-polarity polarity. Hantaviruses are zoonotic and kept in nature in reservoirs of the orders Rodentia, Soricomorpha and Chiroptera. There are 8 hantaviruses recorded in Brazil, 6 of them cause severe human disease and high lethality, a Pulmonary and Cardiovascular Syndrome, among which Araraquara (ARQV) is the virus that occurs in the Southeastern Cerrado (including Ribeirão Preto) and Central Plateau. ARQV stands out for producing higher lethality among all existing hantaviruses and has as reservoir the wild rodent Necromys lasiurus, which transmits to humans by inhalation of the contaminated aerosols of their excreta. In this work, we detected the genome of hantavirus in Necromys lasiurus and Desmodus rotundus, bat tissues, both captured in the Northeast of the State of São Paulo. Of these animals, attempts were made to isolate hantavirus from tissue samples of Necromys lasiurus and Desmodus rotundus. The laboratory tests of biosafety level 3, where inoculations in culture of VERO cells E6 were done, with viral detection after a single passage of 4 days. Thus, it was possible to isolate hantavirus from the rodent heart lysate supernatant, which was confirmed by the presence of the viral genome of the isolate by RT-PCR of the cell culture supernatant and the viral antigens in the Vero E6 cells by Indirect Immunofluorescence and Western Blot. The isolation process was reproducible, 3 times, for the same tissue of the rodent. These results indicate that this methodology for hantavirus isolation should be tested more often. The isolated Hantavirus (ARQV), should provide important information about its complete genome, as well as providing several future studies.

Coronavirus bovino (BCoV), um membro da família i>Coronaviridae, causa severa diarréia em bezerros neonatos e tem sido associado a diarréias de inverno em vacas leiteiras em vários paises, incluindo o Brasil. A morbidade da disenteria de inverno e alta chegando ate 100% , sendo um fator importante para economia já que causa queda da produção leiteira, levando a grandes perdas as criações de vacas leiteiras. O objetivo deste trabalho foi pesquisar a ocorrência de BCoV em vacas, diagnosticando amostras positivas por RT-PCR gene Rp Rd e isolando estas amostras positivas em células da linhagem HRT-18G. As amostras de fecais foram obtidas de 43 vacas leiteiras com disenteria de 8 propriedades dos Estados de São Paulo e Minas Gerais, Brasil. Das dez (10/43=23%) amostras positivas para esta técnica, 7 foram inoculadas em células da linhagem HRT-18G, sendo que o isolamento foi comprovado pela mesma técnica após seis passagens seriadas em 4 inoculações. Com isso, mostra-se que o BCoV também esta envolvido em disenterias de inverno em vacas leiteiras no Brasil. E através de isolamentos deste vírus, podemos contribuir para estudos continuados ajudar no esclarecimento de sua epidemiologia e possibilitar com um banco de vírus a prevenção de ordem também especifica da enfermidade. / Bovine coronavirus (BCoV), a member of Coronaviridae family, causes severe diarrhea in newborn calves and has been associated with outbreaks of winter dysentery (WD) in adult cattle in several countries, including Brazil. The morbidity rate of WD is very high (50-100%) and the disease causes severe economic losses once it decreases milk production. The aim of the present study was to survey for the occurrence of BCoV in cows using a RT-PCR targeted to the replicase gene and to isolate positive samples in HRT-18G cells. The fecal samples were obtained from 43 adult dairy cows with dysentery from São Paulo and Minas Gerais States, Brazil. Ten (23%) of the 43 fecal samples were positive for BCoV and 7 of these were inoculated in HRT-18G cells, when the isolation of 4 samples was proved by RT-PCR after sex passages. These findings indicate that BCoV is also involved in outbreaks of dysentery in adult cattle in Brazil. This shows the importance of more comprehensive studies on coronavirus in dairy cattle in the surveyed area and, with the isolation of the virus strains studied herein, one may contribute to other studies to enlighten the epidemiology and prevention of the disease.

Made available in DSpace on 2015-03-05T12:06:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 8 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A presente tese analisa a experiência com a lepra de doentes do Rio Grande do Sul isolados no Hospital Colônia Itapuã. Procurou-se discutir o processo de isolamento, exclusão e reconstrução da vida na Instituição. Fundado em 1940 o Leprosário isolou doentes de todo o Estado, alguns destes antigos enfermos ainda vivem no Hospital e através da história oral foi possível registrar suas experiências. Do mesmo modo foi possível contatar pessoas que deixaram o Leprosário, assim por meio de duas distintas trajetórias analisou-se o drama médico-social que representava um diagnóstico de lepra há apenas algumas décadas atrás. Lori e GM são os personagens principais desta trama. Ela moradora mais antiga do Itapuã, tem sua história pessoal intimamente ligada à história da Instituição; ele internado nos anos de 1940, vive fora do Hospital há mais de 50 anos, mas sua trajetória foi bastante marcada pela passagem pelo Leprosário e o convívio com esta lembrança. O olhar voltado para estes micro-universos individuais teve a p / The present theses analyses the experience of having leprosy in Rio Grande do Sul and being isolated in the Colony Hospital Itapuã. We aimed at discussing the processes of isolation, exclusion and rebuilding of life inside the institution. Founded in the 1940’s the leprosarium isolated inflicted people from all over the state. Some of them still live in the hospital and through their story we were able to capture their experience. It was also possible to contact people who left the leprosarium and through those two distinct paths we analyzed the medical and social struggle that meant a leprosy diagnosis only a few decades ago. Lori and GM are the main characters of that plot. She is the oldest resident in Itapuã and her personal story is deeply connected to the institution’s; he was admitted in the 1940’s but has lived outside the hospital for over 50 years, and his life has been enormously affected by the time he spent there and the living with that memory. The focus on those two individual micro universes h

O coronavírus canino (CCoV) causa gastroenterite em cães jovens, podendo ser letal, sobretudo quando há coinfecção com parvovírus canino (CPV). Os objetivos do presente projeto foram investigar a presença de CCoV e CPV em amostras fecais de cães jovens; estudar a diversidade molecular das amostras de CCoV com base em sequenciamento parcial dos genes M, S, 3b e N, incluindo amostras vacinais, e estudar a evolução in vitro de CCoV em células A72 de fibroma canino. Foram detectados 40,17% (47/117) animais positivos para CCoV e 13,68% (16/117) para CPV. Estudos filogenéticos demonstraram que oito amostras foram classificadas como CCoV-II, vinte e cinco como CCoV-I. Análises para o gene M destacaram alta identidade de CCoV-I com amostras de coronavírus da peritonite infecciosa felina (PIF) e uma possível amostra pantrópica foi demonstrada pela análise do gene S. O gene do nucleocapsídeo de CCoV é altamente conservado entre os tipos I e tipo II, com uma resolução mais baixa em relação a árvores para os genes M e S. Amostras dos tipos I e II apresentam um polimorfismo baixo para o gene 3b, sem marcadores estáveis para diferenciação dos tipos de CCoV. Uma amostra de CCoV-II putativamente pantrópica foi isolada em células A72, resultando em efeito citopático no 5o dia da 5a passagem. No estudo evolutivo, a amostra vacinal CCV 1-71 e nove passagens desta em células A72 foram submetidas a amplificação parcial e clonagem molecular do gene S seguida de sequenciamento de DNA. Os resultados mostraram mutações não silenciosas, silenciosas e três deleções de aminoácidos, mas nenhuma mutação compartilhada entre as diversas passagens. Amostras vacinais de CCoV-II adaptadas em células podem ser altamente geneticamente estáveis após passagens em série em uma mesma linhagem celular, acumulando substituições de nucleotídeos principalmente sinônimas no gene S devido a relação célula - hospedeiro estável. Estes resultados de epidemiologia molecular e processos evolutivos de CCoV podem servir para uma melhor compreensão da virologia básica e ser base de dados para estudos em outros coronavírus / Canine coronavirus (CCoV) causes gastroenteritis in young dogs and can be lethal, especially when there is co-infection with canine parvovirus (CPV). The objectives of this project were to investigate the presence of CCoV and CPV in stool samples from young dogs, the molecular diversity of CCoV strains based on partial sequencing of genes M, S, N and 3b, and the in vitro evolution of CCoV in A72 canine fibroma. Of the fecal samples studied, 40.17% animals (47/117) were positive for CCoV and 13.68% (16/117) for CPV. Phylogenetic studies have shown that eight strains were CCoV-II and twenty five CCoV-I. Phylogenetic analysis for the M gene highlighted the high identity of CCoV-I strains with a feline coronavirus strain (FCoV) that causes feline infectious peritonitis (FIP). Further analysis based on the spike gene showed a putative pantropic CCoV strain (CCoV-II/dog50). CCoV nucleocapsid gene is highly conserved among type I and type II, with a lower resolution relative to trees based on M and S genes. CCoV Types I and II had a low polymorphism for 3b gene, without any stable markers to differentiate thee types. Regarding the virus isolation trial, a putative pantropic CCoV-II strain was successfully isolated in A72 cells from, resulting in cytopathic effect on the 5th day of the 5th passage. In the evolutionary study, the vaccine strain CCV 1-71 and nine passages of this strain in A72 were submitted to partial S gene amplification and molecular cloning followed by DNA sequencing. Missense, silent, and three amino acids deletions were found amongst diverse clones of each passage, but no mutation was repeatedly found among passages. Cell culture-adapted CCoV-II vaccine strains can be highly genetically stable upon serial passage in a same cell line, accumulating primarily synonymous nucleotide substitutions in the S gene due to a stable cell-host relationship. In short, all data gathering herein on molecular epidemiology and evolutionary processes of CCoV can serve for a better understanding of basic virology and as a basis for studies on other coronaviruses

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:18:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO-ADRIANA BRITO BARATA CABRAL.PDF: 5620980 bytes, checksum: a1dccce5a16ec2c748cbf144f42356a8 (MD5) Previous issue date: 2010-09-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / This search sought to analyze the leprosy fighting policies deployed in Manaus in the period 1921, time of installation of the Amazon Rural Prophylaxis Service, agency responsible for the State Public Health which fought for the giving of the Paricatuba lands to the construction of the first leper hospital in Manaus. Paricatuba, that time, is an island where the only access is by boat, these leper hospital internal were isolated for their whole lives. The leper hospital worked since 1930, it s inauguration year by mi-1980, when was vandalized, according to information obtained, ordered by the State Government itself to oblige the internal to live at Colônia Antônio Aleixo , the new leper hospital. Paricatuba which had the name Vila Belizário Pena was reformulated to meet the precepts of hygiene defined by the Departamento Nacional de Saúde Pública. The final point of this search is the year of 1942 when new leprosy fighting policies are inserted in the city and there s a new activity to the Colônia Antônio Aleixo which was located in the rural Manaus and its access routes were going to land. This date of 1942 also marks the end of compulsory isolation and leprosy, according to doctors, could be treated as a common disease. / Esta pesquisa procurou analisar as políticas de combate à lepra implantadas na cidade de Manaus no período de 1921 momento da instalação do Serviço de Profilaxia Rural do Amazonas órgão responsável pela Saúde Pública do Estado e que lutou para que as terras de Paricatuba fossem cedidas para a construção da primeira leprosaria da cidade de Manaus. Paricatuba nesse momento é uma ilha onde seu acesso se dá somente por via fluvial, os internos desta leprosaria ficariam isolados por toda a vida, a leprosaria funcionou de 1930 ano de sua inauguração até meados de 1980, onde foi depredada segundo informações colhidas por ordem do próprio Governo do Estado para obrigar os internos a irem morar na Colônia Antônio Aleixo, o novo leprosário. Paricatuba cujo nome era Vila Belisário Penna fora reformulada para atender aos preceitos de higiene ditados pelo Departamento Nacional de Saúde Pública. O marco final da pesquisa é o ano de 1942 onde novas políticas de combate a lepra são inseridas na cidade e há uma nova movimentação para a construção do novo leprosário a Colônia Antônio Aleixo que ficava situado na parte rural da cidade de Manaus e sua via de acesso era por via terrestre. Esta data de 1942 também marca o final do isolamento compulsório e a lepra, segundo os médicos, poderia ser tratada como uma doença comum.

Os manguezais são considerados um ecossistema único, devido sua particular combinação de condições ambientais, influenciados pela sua localização na interface entre o continente e oceano. O estudo deste ecossistema se torna urgente uma vez que os manguezais estão desaparecendo em todo mundo, e sua diversidade de grupos microbianos é ainda pouco conhecida. Dentro dessa temática, o presente projeto visa descrever a possível funcionalidade de bactérias pertencentes ao filo Planctomycetes nos manguezais. Tais organismos são ainda pouco estudados, de difícil cultivo, sendo obtidos principalmente em ambientes marinhos, tratamento de água e locais de criação de peixes. Dentro desse filo são encontrados microrganismos pertencentes a gêneros descritos como capazes de realizar a oxidação anaeróbica do íon amônio (anammox), uma importante transformação do nitrogênio em ambientes com baixa disponibilidade de oxigênio. E ainda, visamos descrever a possível funcionalidade de bactérias pertencentes ao filo Planctomycetes nos manguezais. Para isso, foi inicialmente realizada uma comparação dos genomas de Planctomycetes com as sequências obtidas por análises de metagenômica e metatranscriptômica, onde foram encontradas sequências similares às afiliadas a funções desconhecidas (putative protein) e a sulfatases. Tais enzimas são descritas como hidrolíticas, que catalizam a clivagem de ésteres de sulfato, liberando o enxofre na forma assimilável. A análise de sequências de uma biblioteca metagenômica (obtida de um manguezal contaminado com petróleo) permitiu a visualização de fragmentos genômicos de Planctomycetes. Esta análise revelou também a ocorrência de genes relacionados a produção de sulfatases, além de indicar arranjos gênicos distintos dos descritos nos genomas de organismos deste grupo, possivelmente indicando a ocorrência de endemismo de Planctomycetes em manguezais. Esta observação foi reforçada pelo cultivo de isolados afiliados a este grupo, os quais tiveram sua afiliação confirmada pelo sequenciamento parcial do gene ribossomal 16S DNAr. Alguns destes isolados formaram clusters diferenciados dentro do filo Planctomycetes, indicando que podem ser estes novas espécies. Sendo assim, a caracterização desse grupo de microrganismos numa combinação de análises in sílico e in vivo, possibilitou a confirmação da ocorrência de tais organismos nos manguezais, e gerou as primeiras informações sobre sua funcionalidade neste sistema, onde parece ocorrer de forma diferenciada aos demais ambientes onde já foram descritos. / Mangroves are considered an unique ecosystem due to its particular combination of environmental conditions, influenced by its location at the interface between land and ocean. The study of this ecosystem becomes urgent since mangroves are disappearing worldwide, and its diversity of microbial groups is still poorly understood. Within this theme, this project aims to describe the possible functionality of bacteria belonging to the phylum Planctomycetes in mangroves. Such organisms are still poorly studied, difficult to cultivate and mainly isolated from marine environments, water treatment and fish farming sites. Within this phylum are found microorganisms belonging to genera described as capable of performing the anaerobic oxidation of ammonium (anammox), a major transformation of nitrogen in environments with low oxygen availability. Here we aimed to describe the possible functionality of bacteria belonging to the phylum Planctomycetes in the mangroves. In order to achieve the target, it was initially performed a comparison of the Planctomycetes genomes with sequences obtained by metagenomics and metatranscriptomics, revealing the presence of sequences with similarity to those affiliated to unknown function and sulfatases. These are hydrolytic enzymes, which catalyze the cleavage of sulfate esters, releasing sulfur on its available form. The analysis of sequences from a metagenomic library (obtained from an oil-contaminated mangrove) allowed the visualization of genomic fragments related to Planctomycetes. It also revealed the presence of genes related with the production of sulfatases, besides the indication of specific genome arrangements, distinct from those describe in organisms allocated in this group, possibly indicating the occurrence of endemicity for Planctomycetes in mangroves. It was reinforced by the cultivation of isolates affiliated to this groups, whose have their affiliation confirmed by the partial sequencing of the 16S rDNA gene. Some isolates clustered composed new clusters within the Planctomycetes phylum, indicating the occurrence of new species. In sum, the characterization of this group by combining in sílico and in vivo analyses, allowed the confirmation of the occurrence of these organisms in mangroves, and generated the first insights about its functioning on this system, where it seems to occur in a differentiated form from those observed in other environments where it has been described.

Tese de mestrado. Estruturas de Engenharia Civil. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2009

Estágio realizado na Bosch Car Multimedia Portugal e orientado pelo Eng.º Daniel Vieira / Tese de mestrado integrado. Engenharia Mecânica. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2009

Tese de mestrado integrado. Engenharia do Ambiente. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2010