Orientador: Roberto de Oliveira Roça / Resumo: Um total de 180 bovinos Bos indicus (Nelore), terminados em confinamento, foi dividido em grupos com 6, 12 ou 24 horas de jejum pré-abate para verificar se a redução deste tempo resulta em melhor condição higiênica e sanitária durante o processo de abate. Amostras de fezes pré e pós-jejum, de pele e de carcaça foram colhidas e analisadas para ocorrências e contagens de bactérias aeróbias mesófilas, Escherichia coli genérica, coliformes totais, assim como, E. coli produtora de toxinas Shiga (STEC) e enteropatogênica (EPEC). As amostras de fezes também foram analisadas quanto ao pH e os teores percentuais de matéria seca (MS%) e de fibras em detergente neutro (FDN%) e ácido (FDA%). Os dados foram analisados com modelos logísticos, análises de variância e regressões, ao nível de 5% de significância. A extensão do tempo de jejum pré-abate reduziu a MS%, mas elevou o pH, FDN% e FDA% das fezes. O gradual aumento do jejum pré-abate resultou em maior excreção fecal de STEC (stx1 e stx2), entretanto, com decréscimo de aeróbios mesófilos, mas sem interferência na E. coli genérica. A extensão do tempo de jejum pré-abate também resultou na maior contaminação da pele por STEC (stx1) e EPEC, assim como, das carcaças por aeróbios mesófilos, E. coli genérica e coliformes totais. Dessa forma, conclui-se que a condição higiênica e sanitária durante o processo de abate de bovinos pode ser melhorada com a redução do tempo de jejum pré-abate. Para as indústrias da carne isto pode representar a re... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Submitted by GUILHERME SICCA LOPES SAMPAIO null (guilhermeslsampaio@yahoo.com.br) on 2017-01-30T16:59:48Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado - Guilherme S. L. Sampaio (versão final).pdf: 1435860 bytes, checksum: d3afaf1a274ca2aaa24f6ebb66f4ae63 (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-02-01T12:47:13Z (GMT) / Submitted by GUILHERME SICCA LOPES SAMPAIO null (guilhermeslsampaio@yahoo.com.br) on 2017-02-01T12:59:33Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado - Guilherme S. L. Sampaio (versão final).pdf: 1436609 bytes, checksum: a731559ab98fc75f6ee45c3b1a2e8208 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-01T13:09:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 sampaio_gsl_dr_bot.pdf: 1436609 bytes, checksum: a731559ab98fc75f6ee45c3b1a2e8208 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-01T13:09:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sampaio_gsl_dr_bot.pdf: 1436609 bytes, checksum: a731559ab98fc75f6ee45c3b1a2e8208 (MD5) Previous issue date: 2017-01-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Um total de 180 bovinos Bos indicus (Nelore), terminados em confinamento, foi dividido em grupos com 6, 12 ou 24 horas de jejum pré-abate para verificar se a redução deste tempo resulta em melhor condição higiênica e sanitária durante o processo de abate. Amostras de fezes pré e pós-jejum, de pele e de carcaça foram colhidas e analisadas para ocorrências e contagens de bactérias aeróbias mesófilas, Escherichia coli genérica, coliformes totais, assim como, E. coli produtora de toxinas Shiga (STEC) e enteropatogênica (EPEC). As amostras de fezes também foram analisadas quanto ao pH e os teores percentuais de matéria seca (MS%) e de fibras em detergente neutro (FDN%) e ácido (FDA%). Os dados foram analisados com modelos logísticos, análises de variância e regressões, ao nível de 5% de significância. A extensão do tempo de jejum pré-abate reduziu a MS%, mas elevou o pH, FDN% e FDA% das fezes. O gradual aumento do jejum pré-abate resultou em maior excreção fecal de STEC (stx1 e stx2), entretanto, com decréscimo de aeróbios mesófilos, mas sem interferência na E. coli genérica. A extensão do tempo de jejum pré-abate também resultou na maior contaminação da pele por STEC (stx1) e EPEC, assim como, das carcaças por aeróbios mesófilos, E. coli genérica e coliformes totais. Dessa forma, conclui-se que a condição higiênica e sanitária durante o processo de abate de bovinos pode ser melhorada com a redução do tempo de jejum pré-abate. Para as indústrias da carne isto pode representar a redução de custos operacionais e com a infraestrutura dos currais de abate, menos condenações e falhas no controle de produção, maior rendimento produtivo e incremento na validade comercial. A redução de STEC, além de ser um fomento à saúde publica, constitui-se em um estimulo à economia brasileira pela redução de barreiras comerciais e menor devolução de mercadorias. / A total of 180 Bos indicus (Nellore) cattle finished in feedlot were divided into groups of 6, 12 or 24 hours of pre-harvest fasting to verify if time reduction results in better hygiene and sanitary conditions during the slaughter process. Pre-fasting and post-fasting samples of feces, and post-fasting samples of hide, and carcass were collected and analyzed for the occurrence and counting of mesophilic aerobic bacteria, generic Escherichia coli, total coliforms, as well as Shiga toxin-producing E. coli (STEC) and enteropathogenic E. coli (EPEC). The feces samples were also analyzed for pH and content percentage of dry matter (DM%), neuter detergent fiber (NDF%) and acid detergent fiber (ADF%). Data were analyzed with logistic models, analyses of variance and regressions at 5% significance. The extension of pre-harvest fasting time reduced DM% but increased pH, NDF% and ADF% of feces. The gradual increase of pre-harvest fasting time resulted in greater fecal excretion of STEC (stx1 and stx2) with reduction of mesophilic aerobic bacteria, but without interference in generic E. coli. The extension of this time also resulted in greater contamination of hide by STEC (stx1) and EPEC as well as of carcass by mesophilic aerobic bacteria, generic E. coli and total coliforms. Thus, it was concluded that the hygiene and sanitary condition during the slaughter process of bovines can be improved with the reduction of pre-harvest fasting time. For the meat industry, can represent a reduction of costs with operations and facilities of lairage pens, less with condemnations and failures in the production control besides a greater productive yield and increment in the commercial validity. STEC reduction, besides being a development in public health, becomes a stimulus to the Brazilian economy by decreasing commercial barriers and return of goods. / FAPESP: 2015/02208-3 / FAPESP: 2014/01109-9

A Avicultura Brasileira se depara atualmente com o desafio da redução de perdas. Todavia, a desinformação sobre os pontos críticos limita tal avanço, principalmente nas operações pré-abate. Portanto, estudos devem ser realizados diagnosticando cenários e identificando os pontos cr´?ticos em que se encontram as maiores perdas. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a climatização em galpão de espera no abatedouro e suas interações com o tempo de espera, visando caracterizar a influência das variáveis ambientais no conforto térmico, bem-estar e nas perdas produtivas da Avicultura de Corte. O estudo foi desenvolvido em um abatedouro comercial de frangos de corte, situado no Estado de São Paulo. Para o entendimento global do problema, a pesquisa foi dividida em 3 partes, sendo a primeira etapa a avaliação histórica das perdas produtivas em função das variáveis climáticas e das características relacionadas `as operações pré-abate, contendo dados históricos de 13.937 caminhões analisados quanto aos fatores climáticos e variáveis relacionadas `as etapas pré-abate, tais como a temperatura e umidade, densidade de aves por caixa, turno diário e estações do ano, e o tempo de espera. Na segunda etapa, foi avaliado o efeito da climatização e do tempo de espera no conforto térmico das aves em ambiente de espera pré-abate, através da coleta de dados de 218 caminhões no galpão de espera, sendo que fatores como a distância granja abatedouro e fatores bioclimáticos do galpão foram analisados juntamente com as variáveis registradas anteriormente, verificando-se os efeitos na mortalidade e na alteração da temperatura retal das aves. Nestas duas etapas, a análise estatística foi realizada por meio dos Modelos Lineares Generalizados Duplos (MLGD). Na terceira etapa, visando a complementação das informações das etapas anteriores, foi realizado o reconhecimento de padrões relacionados `as operações pré-abate e predição das perdas por mortalidade através do uso de Redes Neurais Artificiais (RNA). Mais de 3.000 dados do conjunto total foram utilizados para o aprendizado das redes e simulação de três cenários relacionados aos fatores de maior influência nas perdas pré-abate. Como resultados, verificou-se que as maiores perdas ocorreram durante o turno da tarde, na estação verão, com densidades de aves por caixa acima de 8, temperaturas e umidades relativas elevadas interna e externamente ao galpão e para distâncias longas. No geral, o aumento do tempo de espera resulta em diminuição na temperatura retal das aves e na mortalidade, quando a temperatura externa se encontra elevada, quando a densidade de aves por caixa ´e maior do que 7 aves e para distâncias curtas. Quanto à eficiência da climatização no galpão de espera, esta foi alcançada quando a temperatura e umidade relativa externas estiveram acima da faixa de alerta e quando as variáveis climáticas internas ao galpão estiveram na faixa de conforto. Com relação às redes neurais, estas apresentaram grande poder de generalização, predizendo satisfatoriamente a mortalidade de metade dos cenários, evidenciando seu potencial de uso para a predição da mortalidade de frangos de corte, submetidos às operações pré-abate. / Nowadays, Brazilian poultry industry has a challenge of reducing losses. However, the disinformation about the critical points limits this advance, mainly on preslaughter operations. Therefore, studies must be carried through diagnosing scenes and identifying the critical points, which is found the biggest losses. Therefore, the objective of this work was to evaluate the climatization in lairage on slaughterhouse and its interactions with the lairage time, aiming to characterize the influence of environmental variables on thermal comfort, welfare and on the productive losses of broilers chickens. The study was developed in a commercial poultry abattoir, situated in the State of S~ao Paulo, Brazil. To the entire agreement of the problem, the research was divided in 3 parts, which the first stage was the historical evaluation of productive losses in function of the climatic variables and characteristics related to preslaugher operations, where historical data set of 13,937 trucks were analyzed about climatic factors and variables related to preslaughter stages, such as temperature and humidity, density of birds per cage, turn of the day and seasons of the year, as well as the lairage time. On the second stage, the effect of climatization and lairage time were evaluated on bird\'s thermal comfort in preslaughter lairage ambient, through the data collection of 218 trucks in the lairage module, where factors as the distance farm-abattoir and bioclimatic factors of the module were analyzed jointly with the variables registered previously, verifying the effect on mortality and on bird\'s rectal temperature alteration. On these two stages, the statistical analysis were carried out by the Double Generalized Linear Models. On the third stage, aiming at the complementation of previous stages informations, was done the recognition of standards related to preslaughter operations and to predict the losses by mortality through the use of Artificial Neural Network. More than 3,000 data of total set were used on the learning of neural nets models and on simulation of three scenes related to factors of mayor influence on preslaughter losses. As results, was verified that the biggest losses occurred during the afternoon, on summer, with densities of birds per cage above 8, high internal and external temperatures and relative humidity and to long distances. On generality, the increase of the lairage time results on reduction in the bird\'s rectal temperature and in mortality when external temperature is high, when density of birds per cage was major than 7 birds and to short distances. About the efficiency of climatization in the lairage shed, that was reached when external temperature and relative humidity were above the alert band and when internal climatic variables to the shed were in the comfort band. Related to neural network, these presented a great generalization power to the presented conditions, predicting satisfactorily the mortality of half of scenes, evidencing its use potential to the prediction of broiler chicken\'s mortality, submitted to preslaughter operations.

A Avicultura Brasileira se depara atualmente com o desafio da redução de perdas. Todavia, a desinformação sobre os pontos críticos limita tal avanço, principalmente nas operações pré-abate. Portanto, estudos devem ser realizados diagnosticando cenários e identificando os pontos cr´?ticos em que se encontram as maiores perdas. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a climatização em galpão de espera no abatedouro e suas interações com o tempo de espera, visando caracterizar a influência das variáveis ambientais no conforto térmico, bem-estar e nas perdas produtivas da Avicultura de Corte. O estudo foi desenvolvido em um abatedouro comercial de frangos de corte, situado no Estado de São Paulo. Para o entendimento global do problema, a pesquisa foi dividida em 3 partes, sendo a primeira etapa a avaliação histórica das perdas produtivas em função das variáveis climáticas e das características relacionadas `as operações pré-abate, contendo dados históricos de 13.937 caminhões analisados quanto aos fatores climáticos e variáveis relacionadas `as etapas pré-abate, tais como a temperatura e umidade, densidade de aves por caixa, turno diário e estações do ano, e o tempo de espera. Na segunda etapa, foi avaliado o efeito da climatização e do tempo de espera no conforto térmico das aves em ambiente de espera pré-abate, através da coleta de dados de 218 caminhões no galpão de espera, sendo que fatores como a distância granja abatedouro e fatores bioclimáticos do galpão foram analisados juntamente com as variáveis registradas anteriormente, verificando-se os efeitos na mortalidade e na alteração da temperatura retal das aves. Nestas duas etapas, a análise estatística foi realizada por meio dos Modelos Lineares Generalizados Duplos (MLGD). Na terceira etapa, visando a complementação das informações das etapas anteriores, foi realizado o reconhecimento de padrões relacionados `as operações pré-abate e predição das perdas por mortalidade através do uso de Redes Neurais Artificiais (RNA). Mais de 3.000 dados do conjunto total foram utilizados para o aprendizado das redes e simulação de três cenários relacionados aos fatores de maior influência nas perdas pré-abate. Como resultados, verificou-se que as maiores perdas ocorreram durante o turno da tarde, na estação verão, com densidades de aves por caixa acima de 8, temperaturas e umidades relativas elevadas interna e externamente ao galpão e para distâncias longas. No geral, o aumento do tempo de espera resulta em diminuição na temperatura retal das aves e na mortalidade, quando a temperatura externa se encontra elevada, quando a densidade de aves por caixa ´e maior do que 7 aves e para distâncias curtas. Quanto à eficiência da climatização no galpão de espera, esta foi alcançada quando a temperatura e umidade relativa externas estiveram acima da faixa de alerta e quando as variáveis climáticas internas ao galpão estiveram na faixa de conforto. Com relação às redes neurais, estas apresentaram grande poder de generalização, predizendo satisfatoriamente a mortalidade de metade dos cenários, evidenciando seu potencial de uso para a predição da mortalidade de frangos de corte, submetidos às operações pré-abate. / Nowadays, Brazilian poultry industry has a challenge of reducing losses. However, the disinformation about the critical points limits this advance, mainly on preslaughter operations. Therefore, studies must be carried through diagnosing scenes and identifying the critical points, which is found the biggest losses. Therefore, the objective of this work was to evaluate the climatization in lairage on slaughterhouse and its interactions with the lairage time, aiming to characterize the influence of environmental variables on thermal comfort, welfare and on the productive losses of broilers chickens. The study was developed in a commercial poultry abattoir, situated in the State of S~ao Paulo, Brazil. To the entire agreement of the problem, the research was divided in 3 parts, which the first stage was the historical evaluation of productive losses in function of the climatic variables and characteristics related to preslaugher operations, where historical data set of 13,937 trucks were analyzed about climatic factors and variables related to preslaughter stages, such as temperature and humidity, density of birds per cage, turn of the day and seasons of the year, as well as the lairage time. On the second stage, the effect of climatization and lairage time were evaluated on bird\'s thermal comfort in preslaughter lairage ambient, through the data collection of 218 trucks in the lairage module, where factors as the distance farm-abattoir and bioclimatic factors of the module were analyzed jointly with the variables registered previously, verifying the effect on mortality and on bird\'s rectal temperature alteration. On these two stages, the statistical analysis were carried out by the Double Generalized Linear Models. On the third stage, aiming at the complementation of previous stages informations, was done the recognition of standards related to preslaughter operations and to predict the losses by mortality through the use of Artificial Neural Network. More than 3,000 data of total set were used on the learning of neural nets models and on simulation of three scenes related to factors of mayor influence on preslaughter losses. As results, was verified that the biggest losses occurred during the afternoon, on summer, with densities of birds per cage above 8, high internal and external temperatures and relative humidity and to long distances. On generality, the increase of the lairage time results on reduction in the bird\'s rectal temperature and in mortality when external temperature is high, when density of birds per cage was major than 7 birds and to short distances. About the efficiency of climatization in the lairage shed, that was reached when external temperature and relative humidity were above the alert band and when internal climatic variables to the shed were in the comfort band. Related to neural network, these presented a great generalization power to the presented conditions, predicting satisfactorily the mortality of half of scenes, evidencing its use potential to the prediction of broiler chicken\'s mortality, submitted to preslaughter operations.

Listeria monocytogenes (L. monocytogenes) est un pathogène majeur en santé publique comme les épisodes de 2008 dans les fromages et les charcuteries l’ont démontré. Au Canada, il n’y a pas de surveillance règlementaire de ce microorganisme dans les étapes précédant la transformation de produits prêts-à-manger. Ainsi, la présence et la circulation de ce microorganisme dans ces environnements est peu documentée. Pour décrire ces phénomènes, nous avons effectué un échantillonnage dans une usine d’abattage et de découpe de porcs au Québec, principalement dans les parcs d’attente, et dans l’environnement de l’abattage et de découpe : les échantillonages ont été effectués après lavage et désinfection sur une période de 2 ans. Un nombre de 874 échantillons a été récoltés. Le protocole de détection utilisé était inspiré de la méthode MFHPB-30 de Santé Canada. Les sérotypes ont été obtenus par PCR et les isolats caractérisés par un génotypage RFLP-PFGE en utilisant les enzymes de restriction Apa1 et Asc1. Nous avons détecté la présence de Listeria monocytogemes dans toutes ces étapes de la production. De ces échantillons positifs, 4 sérotypes (principalement 1/2b) ont émergé. Les patrons PFGE ont démontré la présence d’une variété de génotypes dans les zones d’attente et d’abattage de l’usine et la présence d’un type majeur dans l’environnement de la zone de découpe (le type 1 représentant 96.1% des souches à cette étape). De plus, nous avons démontré des liens entre les souches retrouvés au début de la production, en attente, et les souches retrouvées dans la zone de découpe. Ces résultats suggèrent que Listeria monocytogenes entre dans l’usine avec les animaux, contamine les étapes suivantes de la production et que certaines souches peuvent être sélectionnées et leur croissance favorisé dans l’environnement, devenant majoritaires, persistantes et préoccupantes en regars de la santé publique. / Listeria monocytogenes (L. monocytogenes) is a major public health concern as it was illustrated by the 2008 episodes in cheese and ready-to-eat meat. In Canada, there is currently no surveillance policy of this microorganism in the production steps preceding transformation of ready-to-eat products. The presence and the circulation of this microorganism in these environments is not well documented either. To describe these parameters, we sampled a Quebec slaughtering and cutting plant in the lairage pens and on representative areas of the slaughter process and cutting rooms after washing and disinfection, during a two-year period. A total of 874 samples were collected. Listeria detection followed the MFHPB-30 Health Canada standard method, serotype confirmation was obtained by PCR and isolates were characterized by Apa1 and Asc1 RFLP-PFGE genotyping. We reported detection of Listeria monocytogenes in all stages of production. Among the positive samples, 4 different serovars (mainly 1/2b) emerged. PFGE patterns showed presence of a variety of different genotypes in the lairage and slaughtering areas of the plant and the presence of a major type in the environment of the cutting room (type 1 representing 96.1% of the strains at this step). Furthermore, strains found at the lairage pens were related to strains in the cutting room. These results suggest that Listeria monocytogenes can enter the plant with the animals, contaminate further production steps and that some strains can be selected and their growth promoted in the environment. Hence, becoming predominant, persistant and a food safety issue.

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The main objective of this thesis was to study (i) the effect of the fasting and lairage on carcass and technological meat quality and (ii) the inclusion of magnesium (MgCO3 and MgSO4) and/or tryptophan during 5 days before slaughtering pigs as a strategy to decrease stress levels and improve meat quality, with two different porcine RYR1 genotypes (NN and nn). An adequate combination of fasting and lairage period is recommended. A supplement of MgCO3 or Trp did not improve meat quality under minimal stressful ante mortem conditions; and MgSO4 had a laxative effect on pigs supplemented with it. When including nn pigs to the herd, it is recommended to consider the supplements’ combination of tryptophan and a source of Mg (avoiding MgSO4) to alleviate the negative effect of the stress and to improve technological meat quality. / L’objectiu principal d’aquest treball fou estudiar (i) l’efecte del dejuni i el temps d’espera a l’escorxador i (ii) l’efecte de l’addició de suplements de magnesi (MgCO3 o MgSO4) i/o triptòfan a la dieta durant els 5 dies previs al sacrifici com a estratègia per disminuir els nivells d’estrès i millorar la qualitat de la carn, en dos genotips porcins diferents respecte el gen RYR1 (NN i nn). Es recomana combinar correctament el dejuni i l’espera per millorar el benestar i la qualitat de la carn. El MgCO3 o el Trp no va millorar la qualitat de la carn en condicions de mínim estrès; i el MgSO4 provocà problemes digestius. En el cas d’optar per la utilització de genètiques nn, es recomana considerar la utilització de suplements de L-Trp amb fonts de magnesi (excloent el MgSO4) per pal•liar les conseqüències negatives de l’estrès i millorar la qualitat tecnològica de la carn.