L’auteur spécifie le fonctionnement psychique des enfants en période de latence présentant des troubles du sommeil et met à jour les déterminants et les mécanismes de la transmission des angoisses sous-jacentes. L’analyse comparative porte sur trois groupes d’enfants et leurs parents : enfants souffrant de troubles du sommeil, anxieux et témoins. Les outils d’investigation principaux sont l’entretien et les tests projectifs. Il s’avère que ces enfants, comparativement aux enfants anxieux, possèdent comme leurs parents une capacité d’élaboration psychique plus satisfaisante et sont moins souvent inhibés. En revanche, ils ont des difficultés dans la régression à la position passive et dans le travail de symbolisation. Les déterminants de la transmission sont un vécu précoce angoissant autour de l’enfant et une défaillance de la fonction parentale de pare-excitation. Les mécanismes en jeu sont l’identification et l’identification projective des parents à l’endroit de leur enfant. / The author specifies psychical functioning of children of latency period suffering sleeping disorders and examines conditions and workings of transmission underlying anguishes. Comparative analysis concernes with three groups of children and their parents : children suffering sleeping disorders, anxious and control subjects. Main investigation tools are interviews and projective tests. Compared to anxious children, children suffering sleeping disorders and their parents have better psychical elaboration capacity and suffering less often inhibition. On the other hand, they have difficulties in regression to the passive position and symbolization capacity. Conditions of transmission are an anguish precocious life about child and a failing of parental pare-excitation function. Workings are identification and projective identification of parents about child.

L’infection par HIV-1 représente un des problèmes de santé publique majeurs de notre société actuelle. Le traitement HAART (Highly Active AntiRetroviral Therapy) inhibe le cycle réplicatif viral mais ne permet pas l’éradication du HIV-1. La principale cause de cet échec thérapeutique est la persistance de réservoirs cellulaires infectés de manière latente par HIV-1, qui, lors de l’arrêt du traitement HAART, sont à l’origine d’un rebond de la charge plasmatique virale. Le défi actuel est donc de découvrir de nouvelles méthodes d’élimination des cellules réservoirs. Une des stratégies envisagées est de forcer l’expression virale dans les cellules infectées de manière latente afin d’entraîner leur destruction suite à leur détection par le système immunitaire ou suite aux effets cytopathiques viraux. Parallèlement, le traitement HAART serait maintenu afin de limiter la propagation des virions néo-synthétisés. Plusieurs éléments sont impliqués dans la répression transcriptionnelle associée à la latence post-intégrationnelle du virus HIV-1 : la nature du site d’intégration ; l’absence de facteurs cellulaires inductibles tels que NF-κB ; la structure chromatinienne du provirus et les modifications post-traductionnelles des histones ; l’absence de niveaux suffisants de la protéine trans-activatrice Tat. De plus, notre laboratoire a précédemment mis en évidence un lien entre deux de ces éléments, en démontrant, dans une lignée modèle de latence post-intégrationnelle, que la cytokine pro-inflammatoire TNFα, un activateur de la voie de signalisation NF-κB, permet une réactivation synergique de l’expression virale combinée à l’inhibiteur d’histone-désacétylases (HDACI) TSA. Cependant, l’utilisation thérapeutique du TNFα et de la TSA est inenvisageable en raison de leurs toxicités. Au cours de notre thèse, nous avons montré que la prostratine, un ester de phorbol non-tumorigène qui active la cascade NF-κB, combinée à des HDACIs déjà utilisés en thérapie humaine, réactive en synergie l’expression virale dans des cellules modèles de latence post-intégrationnelle (U1, J-Lat 8.4 et 15.4). Nous avons également constaté que des cellules dont l’expression virale n’est pas réactivée par un traitement individuel (prostratine ou HDACIs) peuvent être réactivées par la combinaison prostratine+HDACI. Au niveau moléculaire, nous avons montré que le VPA intensifie la cascade NF-κB induite par la prostratine, et permet, combiné à cette dernière, un remodelage plus efficace du nucléosome répresseur nuc-1 et une activation synergique de la transcription. Nous avons testé les combinaisons prostratine+HDACIs sur des cultures ex vivo de PBMCs (Peripheral Blood Mononuclear Cells) provenant de patients HIV-1+ avirémiques et traités par la HAART. Les combinaisons prostratine+HDACIs réactivent l’expression virale de 25/42 cultures de PBMCs testées avec une réactivation synergique dans 17/25 cas. De plus, la combinaison prostratine+SAHA réactive l’expression virale de 7/9 cultures testées de lymphocytes T CD4+ HLA DR-. Cette étude suggère que des traitements combinant deux types différents d’activateurs de l’expression du HIV-1 pourraient être utilisés comme adjuvant de la thérapie HAART afin d’accélérer la purge des réservoirs cellulaires infectés de manière latente.

Le virus Herpes Simplex de type 1 (HSV1) est responsable chez l’homme, son seul hôte naturel, d’infections oculaires cornéennes (kératites) récurrentes, typiquement unilatérales, pouvant induire une perte majeure de la vision. Pendant toute la vie, le virus reste à l’état quiescent (latence) dans le système nerveux, en particulier dans les deux ganglions trigéminés (TG) qui sont responsables de l’innervation sensitive de la cornée. La réactivation du virus à partir de ces TG entraine la kératite. Jusqu’à présent, les seuls traitements disponibles contre HSV1 ne sont que curatifs, c’est à dire qu’ils permettent de contrôler la réactivation que lorsque est déclarée. Il n’existe pour l’instant aucune thérapeutique réellement préventive sur l’ensemble des récidives, en particulier aucun vaccin n’a fait la preuve de son efficacité.Notre équipe a caractérisé un modèle d’infection herpétique par primo-infection orale, qui reproduit chez la souris une grande partie de l’histoire naturelle de l’infection herpétique telle qu’elle est observée chez l’homme. Ce modèle reproduit aussi la latéralisation, puisque la kératite initiale (puis ses récidives éventuelles) n’est observée que du côté inoculé, alors que l’infection latente est retrouvée dans les deux TG. Cependant, cette latence bilatérale n’est pas parfaitement symétrique à l’échelle moléculaire: alors que la charge virale latente (nombre de copies de génome) est similaire entre les deux TG, la production de LAT (Latency-Associated Transcripts) est plus importante du côté inoculé, de même que le nombre de neurones exprimant ces LAT (Cavallero et al., 2014; Maillet et al., 2006). Or, l’expression des LAT, marqueur classique de l’infection latente par HSV1, est associée, d’après la littérature scientifique, à la possibilité ultérieure de réactivation virale. A l’inverse, une infection herpétique sans expression des LAT est considérée comme peu réactivable (Perng et al., 2000). L’asymétrie biologique observée dans notre modèle pourrait donc expliquer la plus forte capacité de réactivation de HSV1 du côté inoculé seulement.L’objectif de l’ensemble de notre projet a été de tenter de contraindre une souche virale sauvage (à virulence normale) à une infection latente mais à capacité réduite de réactivation (sans expression de LAT), c’est à dire comme observé du côté non-inoculé de notre modèle. Pour cela, nous avons étudié l’effet de la primo-infection herpétique d’une souche de HSV1 sur la sensibilité des tissus à héberger l’infection latente par une autre souche virale, inoculée ultérieurement et dans un autre site.Notre avons montré que la primo-infection par une souche de HSV1 a inhibé la pathogénie (morbidité et mortalité) induite une autre souche de HSV1 virulente, inoculée quelques jours après. La primo-infection a contraint cette souche réinfectante à une mise en latence sans réplication au préalable, cette latence ne s’accompagnant pas d’expression de LAT. Cet effet inhibiteur a également été observé lors de l’utilisation d’une souche atténuée, non virulente dans le système nerveux, lors de la primo-infection. L’étude de la réactivation des différentes souches a révélé que lors de l’utilisation d’une souche neurovirulente et réactivable en tant que souche de primo-infection, la souche réinfectante pouvait également réactiver (aussi bien que son contrôle). En revanche, lors d’une primo-infection avec une souche non réactivable, la réactivation de la souche réinfectante était presque entièrement inhibée.La primo-infection par une souche non neurovirulente a contraint une souche, réellement virulente et inoculée secondairement, à une infection latente sans capacité de réactivation. Nous disposons ainsi des bases du développement d’une stratégie réellement préventive de l’infection herpétique récidivante, premier temps d’une éventuelle utilisation à des fins vaccinales. / The Herpes Simplex virus 1 (HSV1), whose only natural hosts are humans, can persist during the whole lifetime in a quiescent state (latent infection) in the nervous system, especially in both trigeminal ganglia (TGs, right and left), which innervate the cornea. The virus can reactivate in the TG, leading to recurrent corneal infections (keratitis) that are typically unilateral and can lead to major vision loss. To date, the only available therapies against HSV1 are curative, i.e. they control the reactivation process only after its onset. Until now, no efficient preventive treatment against HSV1 has been established, and more specifically no vaccine has been shown to be clinically effective.Our team has developed an oro-ocular murine model (based on viral inoculation in the lip), that mimics most of the aspects of the natural history of HSV1 infection in humans. In particular, lateralization is also found in this model, as only the eye ipsilateral to the inoculated lip develops keratitis (initial keratitis and recurrences), while latent virus is found in both TGs with similar levels of viral genome copies. However, the bilateral latency isn’t perfectly symmetrical at the molecular level, since the production of Latency-Associated Transcripts (LATs) and the number of LAT+ neurons are higher in the ipsilateral TG (Cavallero et al., 2014; Maillet et al., 2006). As LAT expression is associated with the capacity of the virus to reactivate, the asymmetry in LAT expression could explain the unilaterality of keratitis events.The aim of this project was to constraint a wild-type HSV1 strain to enter a non-reactivable state of latent infection in the both TGs. As this peculiar type of latent infection is observed only in the controlateral TG following a unilateral primary infection, we hypothesized that this phenomenon is linked to the kinetics of HSV1 infection in the both TGs, respectively. To test this, we studied the impact of a primary HSV1 infection on the behavior (acute phase, latency, LAT expression, capacity of reactivation) of a superinfecting HSV1 strain, inoculated at another anatomical site some days later.We have shown that the primary infection with a HSV1 strain can inhibit the pathogeny (morbidity and mortality) of a superinfecting virulent HSV1 strain, inoculated few days afterwards. Moreover, the superinfecting strain was found to be very rapidly driven in a latent state, with very poor LAT expression. This inhibitory effect also occurred when using a non-neurovirulent strain of HSV1 for the primary infection, with no further ability of the wild-type superinfecting strain to reactivate.These results clearly show that the onset of productive infection in the TGs and later on, latent infection with putative reactivation, is related to the kinetics of infection. These observations may have implications in the future for the potential development of innovative preventive strategies.

Les Virus herpès simplex sont connus pour infecter les gens partout dans le monde et possèdent l'habileté d'établir un état de latence. Les manifestations cliniques les plus sévères d'une infection avec les virus herpès simplex sont observées chez les patients imInunosupprimés qui peuvent être infectés avec des souches virales résistantes aux antiviraux. Les mutations causant la résistance à l'antiviral acyclovir peuvent se retrouver soit au niveau de l'ADN polymérase ou de la thymidine kinase virale, tandis que les mutations entraînant une résistance au foscamet se retrouvent seulement au niveau de l'ADN polymérase. Lors de ce projet, nous avons testé les capacités réplicatives, la neurovirulence, ainsi que l'habileté à établir un état de latence pour quatres souches virales mutantes isolées de patients atteints du VIH ne répondant pas aux traitements antiviraux avec l'acyclovir et/ou le foscamet. Nous avons observé que le mutant au niveau de l'ADN polymérase S724N résistant à l'acyclovir et au foscamet possède des caractéristiques similaires au virus de type sauvage, tandis qu'un autre Inutant au niveau de l'ADN polymérase, L850I, démontrait une capacité replicative et une neurovirulence diminuées. Le virus mutant au niveau de la thymidine kinase, G439.5, ainsi que le virus double mutant au niveau des deux gènes C467del/A912V avaient des capacités réplicatives réduites ainsi qu'une neurovirulence atténuée, mais possédaient la capacité d'établir une latence. Ce projet nous a donc permis de démontrer que des études in vitro de réplication virale de différents virus herpès simplex résistants aux antiviraux peuvent aider à prédire le niveau de virulence de ces virus dans des modèles animaux.

Bien que le traitement antirétroviral (ART) supprime efficacement la multiplication du VIH-1 chez les patients infectés, l’ART ne guérit pas l'infection. En effet, si l'ART est arrêté, nous observons un rebond viral. Celui–ci est principalement dû à l'activation stochastique de cellules latentes qui contiennent le génome viral intégré mais ne produisent pas de virus et ne sont donc pas ciblées par l'ART ou le système immunitaire. Ces cellules latentes sont peu nombreuses (1-10 par million de cellules T-CD4+ quiescentes) mais elles apparaissent rapidement après la primo infection et constituent donc un obstacle majeur à l'éradication virale. La stratégie la plus prometteuse pour supprimer ces cellules, dite "Shock and Kill", est de les réactiver pour qu'elles soient ensuite ciblées par l'ART et/ou lysées par les cellules T cytotoxiques. Un certain nombre d’agents de sortie de latence (LRAs) ont été mis au point pour réactiver ces cellules. Ils ciblent les protéines cellulaires telles que les Histone-désacétylases (HDAC) ou la protéine kinase C. La plupart d'entre eux présentent donc des effets non spécifiques et parfois une toxicité. Tat est la protéine du VIH-1 qui permet la transcription virale et favorise la traduction des gènes viraux. Tat est la protéine clé pour la levée de latence et l'initiation de la production des protéines virales par la cellule latente. Sur la base des structures RMN de Tat disponibles, nous avons identifié par dynamique moléculaire les conformations les plus stables de Tat. Cela nous a permis d'identifier par criblage in silico des ligands potentiels de Tat. Dix molécules ont été sélectionnées. Une molécule appelée D10 se fixe spécifiquement à la protéine Tat et augmente son activité de transactivation d'environ 4 fois. De plus, D10 présente une activité LRA sur les lignées cellulaires latentes JLat-9.2 et OM-10.1. L’activité LRA de D10 sur ces lignées représente 50 à 70% de celle du SAHA (vorinostat), un inhibiteur des HDAC candidat LRA en cours d’essais cliniques (Phase 2). Sur les cellules latentes de patients VIH traités, D10 à 50 nM a une activité LRA très efficace, 80% supérieure à celle de la bryostatine-1 qui agit sur la PKC et est considéré comme le LRA le plus prometteur actuellement. Le mécanisme d’action de D10, à semble être la stabilisation du complexe de transcription Tat-TAR. Cet effet est observé à 30 nM D10. En utilisant une approche chémoinformatique nous avons sélectionné 11 analogues de D10, dit N1-N11. Certains de ces analogues (N5, N8) montrent un effet plus fort que D10 sur l’augmentation de la transactivation de Tat ainsi que pour l’effet LRA sur les lignées cellulaires latentes. Ce résultat nous a permis d'ébaucher une relation structure chimique / activité LRA de ces molécules. Nous avons donc identifié de nouveaux agents de sortie de latence du VIH-1 ciblant Tat, plus spécifiques que les LRAs ciblant les protéines cellulaires. Ce sont les premiers activateurs de Tat identifiés. / Despite its efficiency to prevent viral multiplication, antiretroviral therapy (ART) is unable to cure patients with HIV-1. Indeed if ART is stopped, a viral rebound is observed. This increase in blood viral load is due to the activation of HIV-1 reservoirs, among which latently-infected memory CD4+ T cells. These cells are rare (1 per million of quiescent T cells) and appear very quickly following infection. To purge this long-lived reservoir the "Shock and Kill" approach was developed. This strategy relies on the use of latency reversing agents (LRAs) to induce reservoir activation. All LRAs developed until now target cellular proteins such as Histone deacetylases or protein kinase C. These LRAs are not specific for viral transcription and displayed modest effects ex vivo. Here we present a new LRA family that binds to and activates HIV-1 Tat which is the key regulator for viral transcription and latency reversal. These compounds are not cytotoxic and specifically activate Tat transcriptional activity. They were less efficient than available LRAs on HIV-1 latent cell lines. Nevertheless, when tested on latent T-cells from HIV-1 patients, the lead compound D10 was ~ 80% more efficient than bryostatin-1, one of the best LRA available to date. This effect was observed at 50 nM, which corresponds to the D10 concentration required for this compound to stabilize the Tat-TAR transcription complex. These molecules are the first Tat activators available.

Les progrès dans le domaine des semi-conducteurs ont permis la miniaturisation des puces et l’extension considérable de leurs capacités de calcul et de mémorisation. Cela s’est accompagné d’un accroissement très important du volume des données échangées à l’intérieur de ces puces, limitant les performances au débit de données dans la puce. Ainsi, les concepteurs ont proposé le réseau sur puce (ou NoC : Network-on-Chip) afin de répondre à ces besoins. Cependant, l’accroissement du trafic permis par ce réseau se traduit par une consommation énergétique plus importante engendrant une hausse de la température et une diminution de la fiabilité de la puce. L’élaboration de techniques d’optimisation de l’énergie du NoC est alors nécessaire. La première partie de cette thèse est consacrée à l’étude de la modélisation des NoCs afin d’estimer leur consommation et d’identifier les composants les plus consommateurs. Ainsi, la première contribution de cette thèse a été d’améliorer la modélisation du NoC en modifiant le modèle d’interconnexions d’un simulateur de NoC existant (Noxim), pour le rendre bit-près (Noxim-XT), et ainsi permettre au simulateur d’incorporer un modèle d’interconnexions considérant les effets du crosstalk, phénomène physique faisant varier leur consommation d’énergie. La seconde partie de la thèse traite de l’optimisation de la consommation d’énergie du NoC. Ainsi, la recherche d’optimisation s’est orientée vers la réduction d’énergie des liens étant donné leur importante contribution énergétique dans la consommation d’énergie dynamique du réseau. De plus, la part de l’énergie dynamique tend à augmenter avec l’évolution de la technologie. Nous avons proposé à l’issue de cette étude deux techniques d’optimisation pour les interconnexions du NoC. Ces deux optimisations proposent des compromis énergie / latence différents et une extension possible de ces travaux pourrait être la mise en oeuvre de la sélection de l’optimisation selon les besoins de l’application en cours. / Thanks to the technology’s shrinking, a considerable amount of memory and computing capacity can be embedded into a single chip. This improvement leads to an important increase of the bandwidth requirements, that becomes the bottleneck of chip performances in terms of computational power. Thus, designers proposed the Network-on-Chip (NoC) as an answer to this bandwidth challenge. However, the on-chip traffic growth allowed by the NoC causes a significant rise of the chip energy consumption, which leads to a temperature increase and a reliability reduction of the chip. The development of energy optimization techniques for NoC becomes necessary.The first part of this thesis is devoted to the study of NoCs power models in order to estimate accurately the consumption of each component. Then, we can identify which ones are the most power consuming. Hence, the first contribution of this thesis has been to improve the NoC power model by replacing the lilnk power model in a NoC simulator (Noxim) by a bit-accurate one (Noxim-XT). In this way, the simulator is able to consider Crosstalk effects, a physical phenomenon that increases links energy consumption. The second part of the thesis deals with NoC energy optimization techniques. Thus, our research of optimization techniques is focused on inter-router links since their energy contribution regarding the NoC dynamic energy is significant and the dynamic energy tends to stay prominent with the shrinking technology. We proposed two optimization techniques from the study of NoC links optimizations. These two techniques present different energy / latency compromises and a possible extension of this work could be the development of a transmission strategy in order to select the right technique according to the application requirements.

La latence, c'est-à-dire le délai entre l'action d'un utilisateur en entrée d'un système et la réponse correspondante fournie par le système, est un problème majeur pour l'utilisabilité des dispositifs interactifs. La latence est particulièrement perceptible pour l’interaction au toucher et détériore la performance de l'utilisateur même à des niveaux de l'ordre de la dizaine de millisecondes. Or, la latence des écrans tactiles actuels (smartphones ou tablettes) est en général supérieure à 70 ms.Notre objectif est d'améliorer nos connaissances sur la latence (ses causes, ses effets) et de trouver des méthodes pour la compenser ou en diminuer les effets négatifs. Nous proposons un état de l'art des travaux en IHM sur le sujet, puis nous effectuons un rapprochement avec la littérature du contrôle moteur qui a aussi étudié le comportement humain face à des perturbations visuomotrices et en particulier l’adaptation des mouvements à un retard du retour visuel.Nous détaillons ensuite nos quatre contributions. Nos résultats contribuent de manière à la fois pratique et théorique à la résolution du problème de la latence lors de l'interaction au toucher direct. Deux contributions complètent le diagnostic de la latence : la première est une nouvelle technique de mesure de latence; la seconde est une étude de l'effet de la latence sur l'interaction bimanuelle, importante pour l'interaction sur les grandes surfaces tactiles. Nous montrons que l'interaction bimanuelle est autant touchée par la latence que l'interaction à une main, ce qui suggère que des tâches plus complexes, qui augmenterait la charge cognitive, ne réduisent pas nécessairement l'effet de la latence. Nos deux autres contributions portent sur la réduction des effets de la latence. D'une part, nous proposons un système à faible latence (25 ms) associé à une compensation prédictive logicielle, et nous mettons en évidence que ce système permet d'améliorer la performance des utilisateurs comme s'ils utilisaient un système à 9 ms de latence. D'autre part nous étudions la capacité des utilisateurs à s'adapter à la latence pour améliorer leur performance sur une tâche de suivi de cible et nous montrons que l'impact négatif de la latence se réduit sur le long terme grâce aux capacités d'adaptation humaine. / Latency, the delay between a user input on a system and the corresponding response from the system, is a major issue for the usability of interactive systems. In direct-touch interaction, latency is particularly perceivable and alters user performance even at levels in the order of ten milliseconds. Yet, current touch devices such as smartphones or tablet-pc exhibit in general latencies over 70 ms.Our goal is to improve the knowledge on latency (its causes, its effects) and to find strategies to compensate it or to decrease its negative effects. We present a review of the HCI literature on the topic, then we link this literature with the motor control research field that has studied human behaviour when facing visuomotor perturbations, and in particular the adaptation to feedback delay.We then present our four contributions. We contribute both in a practical and a theoretical manner to the problem of latency in direct-touch interaction. Two of our contributions supplement the diagnosis of latency: the first one is a new latency measurement technique; the second one is a study of the impact of latency on bimanual interaction, which is important when interacting on large tactile surfaces. We show that bimanual interaction is as much affected by latency as a single hand interaction, suggesting that more complex tasks, suppose to increase the cognitive load, do not necessarily reduce the effect of latency. Our two other contributions address the reduction of the effects of latency. On one hand, we introduce a low latency system (25 ms) associated with a predictive software compensation, and we show that the system enables users to improve their performances as if they were using a system with 9 ms of latency. On the other hand we study users' ability to adapt to latency in order to improve their performance on a tracking task, and we show that the negative impact of latency is reduced with long-term training thanks to human adaptability.

Au cours de ces dernières années, les services Internet croissent considérablement ce qui crée beaucoup de nouveaux défis dans des scénarios variés. La performance globale du service dépend à son tour de la performance des multiples segments de réseau. Nous étudions deux défis représentatifs de conception dans différents segments : les deux les plus importants se trouvent sur les bords opposés la connectivité de bout en bout des chemins d’Internet, notamment, le réseau d’accès pour l’ utilisateur et le réseau de centre de données du fournisseur de services. / In the recent years, the innovation of new services over Internet is considerably growing at a fast speed, which brings forward lots of new challenges under varied scenarios. The overall service performance depends in turn on the performance of multiple network segments. We investigated two representative design challenges in different segments : the two most important sit at the opposite edges of the end-to-end Internet path, namely, the end-user access network vs. the service provider data center network.

Chez l’homme, la primo-infection par le vírus Herpès simplex de type 1 (HSV-1) a lieu au niveau de la muqueuse oro-pharyngée. Après une phase de réplication, les virions pénètrent les terminaisons axonales et migrent vers le ganglion trijumeau ipsilatéral (TG), puis vers le TG controlatéral. Le virus entre alors dans un état de latence dans les 2 TG. Les réactivations d’HSV-1 dans ces neurones sont responsables des kératites herpétiques (KH), unilatérales et survenant toujours du même côté chez un patient donné.En utilisant un modèle murin oro-oculaire, qui reproduit les aspects essentiels de la maladie chez l’homme, nous avons précédemment démontré que l’inoculation virale latéralisée d’un côté de la bouche entraine une réplication virale dans la lèvre, suivie d’une KH ipsilatérale à l’inoculation 6 jours plus tard. De manière concomitante, le virus se propage aux 2 TG, mais les réactivations ne surviennent que du côté ipsilatéral à l’inoculation. Nous avons également observé qu’après une primo-infection dans une lèvre avec une souche d’HSV-1 non-neurovirulente, les souris étaient protégées contre les signes de la maladie et contre la réactivation d’une souche sauvage pleinement virulente inoculée secondairement dans l’autre lèvre (souche ré-infectante). Afin de comprendre les mécanismes immunitaires en jeu dans cet état de protection, nous avons combiné une analyse en cytométrie en flux multiparamétrique à des tests immunologiques, pour quantifier et définir l’infiltrat immunitaire hématopoïétique et les chémokines inflammatoires au site d’inoculation et dans les TG. Nous avons démontré qu’après une inoculation unique avec la souche sauvage virulente, un infiltrat immun riche en cellules pro-inflammatoires, survenaient de manière retardée dans les lèvres inoculées, et persistaient dans les TG. A l’opposé, l’infiltrat immunitaire était plus précoce dans les tissus réinfectés (après une primo-infection par la souche non neurovirulente), plus riche en cellules de l’immunité adaptative, et associé à des concentrations moindres de chémokines inflammatoires. En outre, cet infiltrat s’estompait plus rapidement, avec une disparition concomitante des chémokines inflammatoires. Ces données permettent de mieux comprendre la nature et la cinétique de la réponse immunitaire anti-HSV-1, et pourront être utiles pour le développement futur de stratégies vaccinales anti-HSV-1. / In humans, Herpes simplex virus type 1 (HSV-1), primary infection occurs in the oral mucocutaneous tissues. Virions replicated here penetrate sensitive neuronal axons, migrate to both trigeminal ganglion (TG) where it established a lifelong latency. Reactivations of HSV-1 in the TG neurons induce clinical recurrences in the connected peripheral tissues. This process is involved in herpes simplex keratitis (HSK), a condition that, strikingly, occurs almost exclusively in the same eye for a given patient. Based on an experimental oro-ocular (OO) model of HSV-1 infection, that recapitulates most of these human clinical features, we previously demonstrated that a virus inoculation on one side of the mouth, leads to viral replication in the lip, followed by HSK. Virus concomitantly disseminates to both TG, but reactivation only occurs in the TG ipsilateral to the inoculation site. We also observed that after a primary inoculation with a non-neurovirulent strain of HSV-1 in one lip, mice are protected against both acute phase disease and reactivation after a superinfection with a fully virulent wild-type strain of HSV-1 in the contralateral lip.In order to understand the underlying mechanisms involved in this state of protection, we combined high resolution flow cytometry and bead-based immunoassays, to quantify hematopoietic subsets and inflammatory chemokines in the site of inoculation and in the TG. We demonstrated that after a single inoculation with the wild-type strain, a delayed immune infiltrate, boasting more proinflammatory subsets, occurred in the lip and persisted in the TG. In contrast, the immune infiltrate occurred earlier in the superinfected lip and ipsilateral TG, with less inflammatory chemokines but more adaptive immune subsets. Moreover, cellular infiltrate resolved faster, correlating with nullification of inflammatory chemokines locally. These data show that immune response kinetics influence the development of natural immunity to HSV-1, and can be harnessed to protect against disease and reactivations.

L'avènement de la trithérapie dès le milieu des années 90 combinées aux mesures de prévention a permis de minimiser les nouvelles contaminations au VIH-1 en plus de reconsidérer l'infection comme une pathologie chronique n'engageant plus le pronostic vital. Cependant, de nombreuses contraintes persistent; la méconnaissance du statut sérologique et l'accès limité ou inexistant à la médication et à la prévention pour certaines populations engendrent encore plus d'un million de nouvelles contaminations et autant de morts chaque année. En outre, les effets secondaires des traitements ainsi que le poids social de vivre avec le virus demeurent problématiques et démontrent la nécessité de poursuivre les efforts de recherche vers une guérison totale du VIH-1. Néanmoins, cet objectif est encore hors de notre portée. En effet, et ce malgré une charge virale indétectable, l'arrêt des traitements entraîne inexorablement une reprise de la propagation virale. La persistance du VIH-1 serait la conséquence de l'établissement précoce de réservoirs viraux anatomiques et cellulaires dans lesquels le virus se réplique à bas bruit ou demeure dans un état latent. Cette latence cellulaire est caractérisée par une présence du génome viral intégré au génome cellulaire, mais ne produisant pas de particules virales. Cette particularité confère aux cellules dites latentes une protection face aux effets toxiques associés à la production virale, ainsi qu'un moyen d'échapper à leur propre élimination parle système immunitaire de l'hôte. Dotées d'une longue durée de vie, ces cellules latentes sont considérées comme les principaux responsables de la reprise de l'infection lors de l'arrêt de la médication. La réactivation de la production virale des cellules latentes permettrait, en théorie, de lever leurs protections menant ainsi à leur élimination. Appelée "shock and kill", cette stratégie, combinée aux traitements pour limiter la propagation virale, représente un atout majeur dans l'éradication du VIH-1. Afin de réactiver la production virale dans les cellules latentes, de nombreuses molécules dénommées agents réactivateurs de la latence (LRA) sont à l'étude depuis plus d'une décennie. Cependant, les agents actuellement étudiés sont non discriminants et l'étude de leurs impacts sont majoritairement limités à la population de lymphocytes T CD4⁺, première population cellulaire identifiée comme infectée de façon latente. L'implication d'autres sous-populations cellulaires, dont notamment les macrophages, dans l'établissement et la progression de l'infection est pourtant avérée. En effet, il est admis que ces cellules contribuent à la formation des réservoirs viraux, la latence virale y étant fortement soupçonnée. La problématique des effets des LRA sur cette sous population cellulaire est ainsi cruciale. Les travaux présentés dans cette thèse visent à étudier l'impact de 3 classes différentes de LRA sur la physiologie des macrophages, leur sensibilité à l'infection par le VIH-1 et leur production virale. Nos résultats ont montré que le traitement des macrophages primaires humains avec certains LRA n'est pas toxique, mais que ces agents sont à même de moduler le transcriptome et le sécrétome de ces cellules. La bryostatine-1, un activateur de la voie PKC, est par exemple associée à des augmentations importantes de médiateurs pro-inflammatoires tels CCL2, CCL5, l'IL-8 et le TNF. Les autres LRA testés induisent des modulations mineures de ces médiateurs alors que cette sécrétion est absente chez les lymphocytes T CD4⁺. De plus, les effets des LRA sur les fonctions physiologiques des macrophages sont minimes, à l'exception d'une diminution de l'efferocytose pour la romidepsine et de l'endocytose dépendante de la transferrine pour la bryostatine-1. La stimulation des macrophages avec les deux molécules précédentes diminue fortement l'expression des récepteurs de surface CCR5 et CD4. Ces modulations sont associées à la diminution de l'infection des macrophages parle VIH-1 sous la dépendance de la modulation de CD4 pour la bryostatine-1 et par l'augmentation de l'activité antivirale de SAMHD1 pour la romidepsine. Le traitement des macrophages infectés aux LRA n'entraîne pas d'augmentation de la transcription ou de la production virale. Néanmoins et de façon surprenante, la bryostatine-1 est associée à une diminution importante de la détection des protéines matures du gène viral codant pour gag sans modulation de leurs précurseurs, et ce, uniquement dans les cellules myéloïdes. Cette étude suggère ainsi que l'impact des LRA diffère selon le type cellulaire, démontrant la nécessité d'étudier les différentes cibles du virus lors des stratégies de cures. / The advent of cART in the mid-1990s combined with preventive measures made it possible to minimize new HIV-1 infections and to reconsider this infection as a chronic no longer life-threatening pathology. However, the constraints remain numerous; the ignorance of the serological status and the limited or nonexistent access to medication and prevention for certain population generates even more than a million of new infections and deaths each year. In addition, the side effects of the treatments and the social burden of living with the virus remain problematic and demonstrate the need to continue research efforts towards a complete cure for HIV-1. However, this concept is still beyond our reach. Indeed, despite an undetectable viral load, treatment interruption ultimately leads to a rebound of viral spread. HIV-1 persistence is believed to be the result of the early establishment of anatomical and cellular viral reservoirs in which the virus replicates at low noise or remains in a latent state. This HIV-1 latency is characterized by an integration of the viral genome into the cell genome without production of viral particles. This peculiarity gives so-called latent cells protection against the toxic effects associated with viral production as well as escaping elimination by the host's immune system. With a long lifespan, these latent cells are considered to be the main culprit in the resumption of infection after medication's termination. The reactivation of the viral production of these latent cells would, in theory, make it possible to lift their protections thus leading to their elimination. Called "shock and kill", this strategy, combined with therapeutic treatments to limit viral spread, represents a major asset in the eradication of HIV-1. To reactivate viral production in latent cells, many molecules known as latency-reversing agents (LRAs) have been under study for more than a decade. However, agents currently studied are non-discriminating and their impacts is mainly limited to the population of CD4⁺ T cells, the first cell population identified as latently infected. Yet, the involvement of many cell populations, including macrophages, in the establishment and progression of the infection is acknowledged. In addition, these cells participate to the HIV-1 reservoirs establishment and are highly suspected to harbor latency. Thus, the problematic of LRAs' effect on this cell population arises. The work presented in this thesis aims to monitor the impact of 3 different classes of LRAs on the physiology of macrophages, their susceptibility to HIV-1 infection and their viral production. Our results have shown that the treatment of primary human macrophages with some LRAs are not toxic but are able to modulate the transcriptome and secretome of these cells. Bryostatin-1, an activator of the PKC pathway, is for example associated with significant increases in proinflammatory mediators such as CCL2, CCL5, IL-8 and TNF. The other LRAs tested induce minor modulations of these mediators while this secretion is absent in CD4⁺ T lymphocytes. Moreover, physiologic features were mostly unchanged by treatment with the studied LRAs except for a downregulation of efferocytosis for romidepsin and transferrin dependent endocytosis for bryostatin-1. Treatment of macrophages with these agents reduces the surface expression of CD4 and CCR5 receptors on macrophages. These modulations were associated with an impairment in HIV-1 infection which relies on CD4 downregulation for bryostatin-1 and SAMHD1 antiviral activity upregulation for romidepsin. Treatment of HIV-1-infected macrophages with LRAs does not increase neither transcription nor viral production. However, and surprisingly, bryostatin-1 is associated with a significant decrease in the production of mature Gag proteins while their precursor level remained unchanged, a mechanism which seemed specific to the myeloid cell lineage. Hence, this study suggests that the impact of LRAs differ depending on the cell type, emphasizing the need to study the different targets of the virus during treatment strategies.