Nous abordons, dans cette thèse, les méthodes de combinaison de systèmesde transcription de la parole à Large Vocabulaire. Notre étude se concentre surl’attelage de systèmes de transcription hétérogènes dans l’objectif d’améliorerla qualité de la transcription à latence contrainte. Les systèmes statistiquessont affectés par les nombreuses variabilités qui caractérisent le signal dela parole. Un seul système n’est généralement pas capable de modéliserl’ensemble de ces variabilités. La combinaison de différents systèmes detranscription repose sur l’idée d’exploiter les points forts de chacun pourobtenir une transcription finale améliorée. Les méthodes de combinaisonproposées dans la littérature sont majoritairement appliquées a posteriori,dans une architecture de transcription multi-passes. Cela nécessite un tempsde latence considérable induit par le temps d’attente requis avant l’applicationde la combinaison.Récemment, une méthode de combinaison intégrée a été proposée. Cetteméthode est basée sur le paradigme de décodage guidé (DDA :Driven DecodingAlgorithm) qui permet de combiner différents systèmes durant le décodage. Laméthode consiste à intégrer des informations en provenance de plusieurs systèmes dits auxiliaires dans le processus de décodage d’un système dit primaire.Notre contribution dans le cadre de cette thèse porte sur un double aspect : d’une part, nous proposons une étude sur la robustesse de la combinaison par décodage guidé. Nous proposons ensuite, une amélioration efficacement généralisable basée sur le décodage guidé par sac de n-grammes,appelé BONG. D’autre part, nous proposons un cadre permettant l’attelagede plusieurs systèmes mono-passe pour la construction collaborative, à latenceréduite, de la sortie de l’hypothèse de reconnaissance finale. Nous présentonsdifférents modèles théoriques de l’architecture d’attelage et nous exposons unexemple d’implémentation en utilisant une architecture client/serveur distribuée. Après la définition de l’architecture de collaboration, nous nous focalisons sur les méthodes de combinaison adaptées à la transcription automatiqueà latence réduite. Nous proposons une adaptation de la combinaison BONGpermettant la collaboration, à latence réduite, de plusieurs systèmes mono-passe fonctionnant en parallèle. Nous présentons également, une adaptationde la combinaison ROVER applicable durant le processus de décodage via unprocessus d’alignement local suivi par un processus de vote basé sur la fréquence d’apparition des mots. Les deux méthodes de combinaison proposéespermettent la réduction de la latence de la combinaison de plusieurs systèmesmono-passe avec un gain significatif du WER. / This thesis presents work in the area of Large Vocabulary ContinuousSpeech Recognition (LVCSR) system combination. The thesis focuses onmethods for harnessing heterogeneous systems in order to increase theefficiency of speech recognizer with reduced latency.Automatic Speech Recognition (ASR) is affected by many variabilitiespresent in the speech signal, therefore single ASR systems are usually unableto deal with all these variabilities. Considering these limitations, combinationmethods are proposed as alternative strategies to improve recognitionaccuracy using multiple recognizers developed at different research siteswith different recognition strategies. System combination techniques areusually used within multi-passes ASR architecture. Outputs of two or moreASR systems are combined to estimate the most likely hypothesis amongconflicting word pairs or differing hypotheses for the same part of utterance.The contribution of this thesis is twofold. First, we study and analyze theintegrated driven decoding combination method which consists in guidingthe search algorithm of a primary ASR system by the one-best hypothesesof auxiliary systems. Thus we propose some improvements in order to makethe driven decoding more efficient and generalizable. The proposed methodis called BONG and consists in using Bag Of N-Gram auxiliary hypothesisfor the driven decoding.Second, we propose a new framework for low latency paralyzed single-passspeech recognizer harnessing. We study various theoretical harnessingmodels and we present an example of harnessing implementation basedon client/server distributed architecture. Afterwards, we suggest differentcombination methods adapted to the presented harnessing architecture:first we extend the BONG combination method for low latency paralyzedsingle-pass speech recognizer systems collaboration. Then we propose, anadaptation of the ROVER combination method to be performed during thedecoding process using a local vote procedure followed by voting based onword frequencies.

La rupture prématurée des membranes avant terme (RPMAT) est une complication de la grossesse responsable d’une importante morbi-mortalité périnatale. La prise en charge anténatale vise à réduire les conséquences délétères de cette pathologie, liées à l’inflammation intra-utérine et à la prématurité, à la fois pour la mère et pour l’enfant. L’objectif de cette thèse était d’étudier les déterminants obstétricaux du pronostic de L’enfant prématuré né dans un contexte de RPMAT, à partir des données de la cohorte EPIPAGE 2. Nous avons d’abord évalué l’impact de la durée de latence, comprise entre la RPMAT et l’accouchement, sur le pronostic néonatal. Nos résultats montrent que pour un âge gestationnel de naissance donné, la durée de latence après une RPMAT entre 24 et 32 SA n’est pas associée à la survie ou à la survie sans morbidité sévère. Le principal déterminant du pronostic néonatal est l’âge gestationnel à la naissance. Nous avons ensuite étudié la tocolyse, un traitement médicamenteux largement utilisé après une RPMAT dans le but de prolonger la grossesse. L’administration d’une tocolyse après une RPMAT n’est associée ni à l’amélioration de la survie sans morbidité du prématuré, ni à la prolongation de la grossesse. Enfin, une analyse descriptive des cas de RPMAT entre 22 et 25 SA montre qu’à ces âges gestationnels extrêmes, la RPMAT est associée à un risque élevé de mortalité périnatale et de morbidité à court et à long terme, avec de grandes variations selon l’âge gestationnel à la rupture. Nos travaux fournissent des informations pertinentes pour les équipes médicales et les femmes enceintes et questionnent certaines pratiques obstétricales, notamment l’administration d’une tocolyse après une RPMAT. Ils soulèvent des questions qui feront l’objet de nouveaux projets de recherche, en particulier un essai contrôlé randomisé sur la tocolyse après RPMAT, financé par le PHRC-N 2016 (essai TOCOPROM). / Preterm premature rupture of membranes (PPROM) is a complication of pregnancy responsible for significant perinatal mortality and morbidity. Antenatal management aims to reduce adverse consequences, relating to intrauterine inflammation and prematurity, for both mother and child. This thesis aimed to study obstetric determinants impacting the outcome of preterm babies born following PPROM, using data from the EPIPAGE 2 cohort. We first evaluated the impact of latency duration, i.e. the time from PPROM to delivery, on neonatal prognosis. For a given gestational age at birth, latency duration after PPROM at 24-32 weeks' gestation was not associated with survival or survival without severe morbidity. The principal determinant of neonatal prognosis was gestational age at birth. We then studied tocolysis, a treatment widely used after PPROM to prolong pregnancy. Administration of tocolysis after PPROM was not associated with either improved survival without morbidity of the preterm infant or prolongation of pregnancy. Finally, a descriptive analysis of cases of PPROM occurring at 22-25 weeks’ gestation demonstrated that, at these extreme gestational ages, PPROM was associated with high risks of perinatal mortality and short- and long-term morbidity, with large variations according to gestational age at rupture. Our work provides relevant information for medical teams and pregnant women and questions some obstetric practices, particularly the use of tocolysis after PPROM. They raise issues that will be the subject of future research projects, specifically a randomized controlled trial on tocolysis after PPROM, already funded by PHRC-N 2016 (TOCOPROM trial).

This diploma thesis is concerned with practical realization of CBG (Constraint-based Geolocation) algorithm, which is one of the IP (Internet Protocol) geolocation technique. IP geolocation determines the localization of a computer workstation location on the basis of on its IP address. The factors causing delays in data transfer are discussed first, followed by discussion of the issue of measuring these delays. The detailed explanation of IP geolocation follows where its contexts as well as the active geolocation techniques (techniques based on delay measurement mentioned above) are described. After that a brief description of PlanetLab experimental network, which was used for geolocation techniques measuring, is presented followed by a section explaining the creation of reference points and targets, which are another necessary prerequisite for practical realization of the method. Then the practical realization is explained in the form of CBGfinder program and its verification on the basis of artificial input data along with an actual example of IP geolocation of a point in the Internet are provided. Last but not least the measurement results of CBG algorithm are introduced, based on the analysis of Bestline parameters of one of the PlanetLab nodes measured in the period of one month, followed by a discussion of the inaccuracy of geological position and the computation speed. The cumulative distribution function as well as the kernel density estimation are also described. Final part of the thesis consists of discussion on measured results compared to results of other geological techniques results implemented by colleagues of the author of this diploma thesis. The results are compared on the basis of average inaccuracy of geological position estimations and its median, computation time, cumulative distribution function and kernel density estimation are also taken into regard.

This thesis covers the topic of determination of geographical location of a host in internet network while utilizing measurement of the end to end delay and implementation of Constraint-Based Geolocation. Gradually I go through issue of the delay in computer networks and ways how to measure it. Next chapter describes a few ways to geolocate host in internet network with emphasis on the CBG method. Another chapter is dedicated to describing a way to project spherical coordinates to the two dimensional space, which has been used in implementation of geolocation method. Chapter about implementation builds upon the facts given in previous chapters while functions of the program written in the JAVA programing language are being explained. Two similar geolocation methods were implemented. By comparing the results gained by implementation, new method of geolocation is proposed and devised. It combines properities of both previous methods. There are results of the implemented methods and their comparation to the one of the source documents used in creation of this thesis in summary section.

The diploma thesis ’Virtualization of Operating Systems’ deals with a general description of virtualization technology and briefly discusses its use cases and advantages. The thesis also mentions examples of different types of virtualization technologies and tools, including more thorough description of the two technologies used for measurement: Docker and KVM. The second part of this thesis descibes the preparation, installation and configuration of all the tools and services that are necessary for measurement of the influence of the aforementioned virtualization technologies on network services running on the virtual machines, including analysis and discussion of the resulting data. Moreover, a custom application for fully automated measurement of the parameters of network services was created, and is also described in this thesis. The conclusion of this thesis summarizes and discusses the achieved results and acknowledges the influence of virtualization on network services, where the Docker application containers, which are with their low overhead comparable to a "bare" system without any virtualization, managed to achieve much better performance results than the traditional virtual machines on KVM.

L’établissement de latence dans les lymphocytes T CD4+ mémoire est une des barrières majeures à l’éradication du VIH-1. Ces cellules infectées, mais qui sont peu ou pas transcriptionnellement actives sont immunisées aux trithérapies combinées qui ciblent les étapes de réplication virale. Les thérapies actuelles ne permettent cependant pas l’élimination des cellules déjà infectées. La stratégie « Shock and Kill », qui repose sur l’utilisation d’agents favorisant la réactivation virale dans les cellules infectées de façon latente, est prometteuse et pourrait, théoriquement, permettre l’élimination du VIH-1. Cependant, les agents actuellement étudiés sont non-discriminant envers les différentes populations cellulaires, infectées ou non. De plus, l’étude de l’impact de ces agents sur les macrophages, une population cellulaire clé dans l’établissement de l’infection et dans la progression de la maladie, semble avoir été négligée au détriment d’études spécifiquement axées sur les lymphocytes T CD4+. Nos résultats ont montré que le traitement des macrophages primaires humains avec les agents réactivateurs de la latence (LRA), particulièrement la bryostatin-1, un activateur de la voie PKC, est associé avec des augmentations importantes dans l’expression et la sécrétion de médiateurs proinflammatoires tels le CCL2/MCP-1, le CCL5/RANTES, l’IL-8/CXCL8 et le TNF. Ces modulations ne sont pas observées chez les lymphocytes T CD4+. De plus, la susceptibilité des macrophages à l’infection par le VIH-1 est diminuée suivant le traitement avec les agents réactivateurs. Finalement, le traitement des macrophages infectés à l’aide de la bryostatin-1 est associé à une diminution importante de la production ou du relargage de particules virales. Ces résultats montrent que l’effet des LRA sur les différentes populations cellulaires est très variable et qu’une meilleure connaissance des effets de ceux-ci est nécessaire. / Latency establishment in memory CD4+ T-lymphocytes is a major obstacle to HIV-1 eradication. Those infected, but poorly transcriptionally, cells are immune to combinatory antiretroviral therapy which target HIV-1 replication steps. Those therapie, therefore, don’t allow infected cells elimination. The Shock and Kill strategy, which relies on the use of agents that promote viral reactivation in latently infected cells is promising and could, theoretically, allow the elimination of HIV-1. However, the agents currently studied are non-discriminating towards the different cell populations, infected or not. In addition, the study of the impact of those agents on macrophages, which is a key cell population in the establishment of infection and progression of the disease, seems to have been neglected at the expense of studies specifically focused on CD4+ T lymphocytes. Our results have shown that the treatment of human primary macrophages with latency reactivating agents (LRAs), particularly the PKC activator bryostatin-1, is associated with a significant increase in the expression and secretion of pro-inflammatory mediators such as CCL2/MCP-1, CCL5/RANTES, IL-8/CXCL8 and TNF. These modulations are not observed in CD4+ T cells. In addition, the susceptibility of macrophages to HIV-1 infection is decreased following treatment with LRAs. Finally, the treatment of infected macrophages with bryostatin-1 is associated with a significant decrease in the production of viral particles. Those results show that the effect of LRAs on the different cell populations is very variable and that a better comprehension of the effects of these is necessary.

Les techniques adaptatives de transmission vidéo s’appuient sur un contenu qui est encodé à différents niveaux de qualité et divisé en segments temporels. Avant de télécharger un segment, le client exécute un algorithme d’adaptation pour décider le meilleur niveau de qualité à considérer. Selon les services, ce niveau de qualité doit correspondre aux ressources réseaux disponibles, mais aussi à d’autres éléments comme le mouvement de tête d’un utilisateur regardant une vidéo immersive (à 360°) afin de maximiser la qualité de la portion de la vidéo qui est regardée. L’efficacité de l’algorithme d’adaptation a un impact direct sur la qualité de l’expérience finale. En cas de mauvaise sélection de segment, un client HTTP/1 doit attendre le téléchargement du prochain segment afin de choisir une qualité appropriée. Dans cette thèse, nous proposons d’utiliser le protocole HTTP/2 pour remédier à ce problème. Tout d’abord, nous nous focalisons sur le service de vidéo en direct. Nous concevons une stratégie de rejet d’images vidéo quand la bande passante est très variable afin d’éviter les arrêts fréquents de la lecture vidéo et l’accumulation des retards. Le client doit demander chaque image vidéo dans un flux HTTP/2 dédié pour contrôler la livraison des images par appel aux fonctionnalités HTTP/2 au niveau des flux concernées. Ensuite, nous optimisons la livraison des vidéos immersives en bénéficiant de l’amélioration de la prédiction des mouvements de têtes de l’utilisateur grâce aux fonctionnalités d’initialisation et de priorité de HTTP/2. Les résultats montrent que HTTP/2 permet d’optimiser l’utilisation des ressources réseaux et de s’adapter aux latences exigées par chaque service. / Adaptive video streaming techniques enable the delivery of content that is encoded at various levels of quality and split into temporal segments. Before downloading a segment, the client runs an adaptation algorithm to determine the level of quality that best matches the network resources. For immersive video streaming this adaptation mechanism should also consider the head movement of a user watching the 360° video to maximize the quality of the viewed portion. However, this adaptation may suffer from errors, which impact the end user’s quality of experience. In this case, an HTTP/1 client must wait for the download of the next segment to choose a suitable quality. In this thesis, we propose to use the HTTP/2 protocol instead to address this problem. First, we focus live streaming video. We design a strategy to discard video frames when the band width is very variable in order so as to avoid the rebuffering events and the accumulation of delays. The customer requests each video frame in an HTTP/2 stream which allows to control the delivery of frames by leveraging the HTTP/2 features at the level of the dedicated stream. Besides, we use the priority and reset stream features of HTTP/2 to optimize the delivery of immersive videos. We propose a strategy to benefit from the improvement of the user’s head movements prediction overtime. The results show that HTTP/2 allows to optimize the use of network resources and to adapt to the latencies required by each service.

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Les modèles de décision conventionnels, basés sur l’utilisation du système saccadique comme modèle sensorimoteur, considèrent typiquement les temps de réaction comme un sous-produit des processus décisionnels, reflétant le temps nécessaire pour prendre une décision. Cependant, des recherches ont montré que les latences saccadiques sont deux fois plus longues que le temps de décision, ainsi que l’organisation de l’environnement affecte les latences saccadiques. Cette thèse propose une interprétation alternative des temps de réaction saccadiques (SRTs) en montrant que les distributions de latences saccadiques peuvent être altérées par leurs propres conséquences. Nous défendons l’hypothèse que les latences saccadiques dépendent de relations fonctionnelles avec leur environnement.Cette thèse a réalisé une analyse fonctionnelle des latences saccadiques. La première étude a évalué s’il était possible de choisir ses propres latences en fonction des contingences de renforcement en cours, dans le but d’explorer l’étendue du contrôle temporel des saccades. L’allocation des latences courtes et longues correspondait au renforcement relativement obtenu, démontrant un contrôle fin des SRTs. La seconde étude a évalué de manière plus approfondie l’effet de conséquences bénéfiques sur les SRTs, en utilisant le phénomène de taille-latence. La procédure de renforcement a été efficace pour manipuler le bénéfice de SRTs plus courts et pour réduire le phénomène de taille-latence. La troisième étude a démontré comment les stimuli antécédents en viennent à contrôler des temps de réaction spécifiques à l’aide d’un apprentissage opérant. Les contingences de renforcement ont induit un contrôle discriminatif des latences entre des stimuli différents. Enfin, la dernière expérience a exploré l’implication des processus d’apprentissage classique dans le contrôle par le stimulus des latences saccadiques. Cette étude pilote met en évidence l’influence de l’environnement et de l’historique d’apprentissage dans le contrôle temporel des saccades.Nos résultats soulignent l’incroyable plasticité du système saccadique, et l’étend au contrôle temporel des saccades. Cette thèse montre qu’un processus général d’apprentissage, basé sur les conséquences fonctionnelles des saccades, peut expliquer de manière parcimonieuse les changements dans les latences saccadiques. Démontrant que la latence est une dimension opérante des saccades, l’organisation de l’environnement contrôle l’organisation temporelle des saccades. / Conventional decision models, based on the saccadic system as a sensorimotor model, typically view reaction time as a byproduct of decisional processes, reflecting the time needed to make a decision. However, research has shown that saccadic latencies are twice as long as the decision time and that the organization of the environment affects saccade latencies. This thesis dissertation provides an alternative view of saccadic reaction times (SRTs) by showing that saccade latency distribution can be altered by their own consequences. We defend that saccadic latency depends on functional relations with its environment.This thesis conducted a functional analysis of saccadic latencies. The first study probed whether it is possible to choose one’s latencies depending on the reinforcement contingencies in force, in order to assess the extent of temporal control with saccades. The allocation of short and long latencies matched the relative reinforcement obtained, demonstrating a fine control of SRTs. The second study further investigated the effect of beneficial consequences on SRTs, using the size-latency phenomenon. The reinforcement procedure was effective in manipulating the benefit of shorter SRTs and reducing the size- latency phenomenon. The third experiment demonstrated how antecedent stimuli come to control specific reaction times through operant learning. Reinforcement contingencies induced discriminative control of latencies between different stimuli. Finally, the last experiment explored the involvement of classical learning processes in stimulus control of saccade latencies. This pilot study highlighted the influence of the environment and learning history in the temporal control of saccades.Our results emphasize the exquisite plasticity of the saccadic system, and extend it to the temporal control of saccades. This thesis shows that a general learning process, based on the functional consequences of saccades, can parsimoniously explain changes in saccadic latency. Demonstrating that latency is an operant dimension of saccades, the organization of the environment controls the temporal organization of saccades.

La latence post-intégrative du VIH-1 génère des réservoirs qui empêchent l'éradication du virus avec les thérapies actuelles. La compréhension des mécanismes moléculaires de la latence servirait à l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques et le développement de molécules de type LRA (Latency Reversing Agent) permettant la guérison fonctionnelle des patients et un arrêt des traitements. Nous avons démontré que la combinaison de deux types différents de LRAs à base de composés libérant P-TEFb (JQ1, I-BET, I-BET151 et HMBA) ou des agonistes de PKC (prostratine, bryostatine-1 et Ing-B) conduit à une robuste activation synergique de la production du VIH-1 dans divers modèles cellulaires de latence post-intégrative et dans des réservoirs de lymphocytes T CD4+ primaires. Le répresseur transcriptionnel CTIP2 recrute des complexes multienzymatiques pour favoriser l'établissement et la persistance de la latence du VIH-1 dans les cellules microgliales, le principal réservoir viral du système nerveux central. De plus, CTIP2 s’associe au complexe 7SK snRNP pour inhiber P-TEFb, un facteur d’élongation indispensable à l’expression du VIH-1 et à la réactivation des provirus latents. Des expériences d’immunoprécipitations de CTIP2, couplées à la spectrométrie de masse, nous ont permis d’identifier près de 900 partenaires protéiques de CTIP2. Parmi ces nouveaux partenaires, nous avons identifié la SUMO E3 ligase KAP1. Nous montrons que KAP1 réprime les phases précoce et tardive Tat dépendante de la transcription du VIH-1. KAP1 induit une dégradation de Tat, qui est sensible aux modulations de la voie SUMO. En effet, la sumoylation favorise l'association de Tat avec KAP1, de même que sa dégradation. Globalement, nos résultats suggèrent que KAP1 contribue à l'établissement et à la persistance des réservoirs latents du VIH-1. Cibler les voies SUMO constituerait un nouveau champ d'investigation dans le cadre du développement de nouvelles classes de LRAs. / The HIV-1 post-integration latency generates reservoirs that prevent the eradication of the virus with the current therapies. The understanding of the molecular mechanisms of this latency enable the identification of new therapeutic targets and the development of LRA (Latency Reversing Agent) for functional cure and treatments interruption. We have demonstrated that the combination of two different LRAs based on P-TEFb releasing compounds (JQ1, I-BET, I- BET151 and HMBA) or PKC agonists (prostratin, bryostatin-1 and Ing-B) leads to robust synergistic activation of HIV-1 production in various cellular models of post-integration latency and in primary CD4+ T cells reservoirs. The transcriptional repressor CTIP2 recruits multienzymatic complexes to promote the establishment and persistence of HIV-1 latency in microglial cells, the main viral reservoir of the central nervous system. Furthermore, CTIP2 binds to the 7SK snRNP complex to inhibit P-TEFb, an elongation factor essential for HIV-1 expression and reactivation of latent proviruses. Immunoprecipitation experiments of CTIP2 coupled to mass spectrometry allowed us to identify almost 900 proteins partners of CTIP2. Among these new partners, we have identified the E3 SUMO ligase KAP1. We found that KAP1 contributes to HIV-1 gene silencing by repressing the initiation and the Tat–dependent steps of the viral gene transcription. KAP1 induces Tat degradation via a SUMO-sensitive pathway. Indeed, favoring the sumoylation promotes Tat association with KAP1 and the resulted Tat degradation. Altogether, our results suggest that KAP1 contributes to the establishment and the persistence of the latently infected HIV-1 reservoirs. Moreover, these results suggest that targeting the SUMO pathways may be a new field of investigation to develop new classes of LRAs for cure strategies.