Le système de différenciation entre le « soi » et le « non-soi » des vertébrés permet la détection et le rejet de pathogènes et de cellules allogéniques. Il requiert la surveillance de petits peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I). Les molécules du CMH I sont des hétérodimères composés par une chaîne lourde encodée par des gènes du CMH et une chaîne légère encodée par le gène β2-microglobuline. L’ensemble des peptides est appelé l’immunopeptidome du CMH I. Nous avons utilisé des approches en biologie de systèmes pour définir la composition et l’origine cellulaire de l’immunopeptidome du CMH I présenté par des cellules B lymphoblastoïdes dérivés de deux pairs de fratries avec un CMH I identique. Nous avons découvert que l’immunopeptidome du CMH I est spécifique à l’individu et au type cellulaire, qu’il dérive préférentiellement de transcrits abondants, est enrichi en transcrits possédant d’éléments de reconnaissance par les petits ARNs, mais qu’il ne montre aucun biais ni vers les régions génétiques invariables ni vers les régions polymorphiques. Nous avons également développé une nouvelle méthode qui combine la spectrométrie de masse, le séquençage de nouvelle génération et la bioinformatique pour l’identification à grand échelle de peptides du CMH I, dont ceux résultants de polymorphismes nucléotidiques simples non-synonymes (PNS-ns), appelés antigènes mineurs d’histocompatibilité (AMHs), qui sont les cibles de réponses allo-immunitaires. La comparaison de l’origine génomique de l’immunopeptidome de soeurs avec un CMH I identique a révélé que 0,5% des PNS-ns étaient représentés dans l’immunopeptidome et que 0,3% des peptides du CMH I seraient immunogéniques envers une des deux soeurs. En résumé, nous avons découvert des nouveaux facteurs qui modèlent l’immunopeptidome du CMH I et nous présentons une nouvelle stratégie pour l’indentification de ces peptides, laquelle pourrait accélérer énormément le développement d’immunothérapies ciblant les AMHs. / The self/nonself discrimination system of vertebrates allows detection and rejection of pathogens and allogeneic cells. It requires the surveillance of short peptides presented by major histocompatibility class I (MHC I) molecules on the cell surface. MHC I molecules are heterodimers that consist of a heavy chain produced by MHC genes and a light chain encoded by the β2-microglobulin gene. The peptides presented by MHC I molecules are collectively referred to as the MHC I immunopeptidome. We employed systems biology approaches to define the composition and cellular origin of the self MHC I immunopeptidome presented by B lymphoblastoid cells derived from two pairs of MHC-identical siblings. We found that the MHC I immunopeptidome is subject- and cell-specific, derives preferentially from abundant transcripts, is enriched in transcripts bearing microRNA response elements and shows no bias toward invariant vs. polymorphic genomic sequences. We also developed a novel personalized approach combining mass-spectrometry, next-generation sequencing and bioinformatics for high-throughput identification of MHC I peptides including those caused by nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (ns-SNPs), termed minor histocompatibility antigens (MiHAs), which are the targets of allo-immune responses. Comparison of the genomic landscape of the immunopeptidome of MHC-identical siblings revealed that 0.5% of ns-SNPs were represented in the immunopeptidome and that 0.3% of the MHC I-peptide repertoire would be immunogenic for one of the siblings. We discovered new factors that shape the self MHC I immunopeptidome and present a novel strategy for the identification of MHC I-associated peptides that could greatly accelerate the development of MiHA-targeted immunotherapy.

Thesis (Ph. D.)--Uniformed Services University of the Health Sciences, 2005. / Typescript (photocopy).

La génomique d'association cherche à déterminer des liens entre le génome et des traits ou phénotypes, notamment dans le contexte de maladies. Aujourd'hui, les études les plus fréquentes en génomique d’association sont les études génome entier, qui analysent autant de variants du génomes (SNPs) que possible, sans avoir de préjugé a priori sur leur fonction biologique. Cependant, les méthodes de génotypage utilisées pour ces études ne permettent pas toujours d'obtenir des informations précises dans une région hypervariable comme la région HLA, qui joue un rôle crucial dans l'immunité, et les variants génétiques de ces régions sont souvent prédits par des approches bioinformatiques. J'ai durant ma thèse créé un nouvel outil, HLA-Check, permettant d'évaluer, à partir des génotypes obtenus par puce de génotypage, la plausibilité de données d'allèles HLA d'un même individu, et démontré que cette technique permettait d'identifier plus précisément les individus dont les allèles HLA avaient été mal caractérisés afin de les retyper ou de les écarter de l'étude. Un article documentant cet outil a été publié dans BMC Bioinformatics. J'ai également effectué une étude d'association génome entier sur le déclenchement de la cirrhose chez les patients co-infectés par le VIH (virus de l'immunodéficience humaine) et le VHC (virus de l'hépatite C). La coinfection par ces deux maladies est fréquente en raison de modes d’infection similaires, et l'infection par le VIH stimule l'activité du VHC et accélère la fibrose du foie puis sa cirrhose, causant la mort des patients co-infectés. Mon étude porte sur 306 patients co-infectés issus de la cohorte ANRS CO-13 HEPAVIH. J'ai ainsi pu mettre en évidence trois signaux associés avec le déclenchement de la cirrhose, dont deux ont un lien pertinent avec les maladies hépatiques (gene CTNND2 et gene MIR7-3HG). L'identification de ces nouveaux variants devrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires de la cirrhose, et contribuer au développement de nouvelles stratégies diagnostiques ou thérapeutiques. L’article documentant cette étude est en cours de publication. / Association genomics aims at finding links between the genome and some traits or illnesses. Today, the most frequent studies in this field are genome wide association studies (GWAS), which analyze as many genome variants (mainly Single Nucleotide Polymorphisms) as possible, without any a priori on their biological function. However, genotyping methods used in these studies may be insufficient to get reliable information in higly variable regions such as the HLA which plays a crucial role in immunity, and the genetic variants of such regions are often predicted using bioinformatics approaches. During my PhD, I have created a new tool, HLA-Check, that allows to rate the plausibility of HLA alleles from the genotypes obtained from genotyping chips. I also assesses its performances and showed that it was able to point out individuals with a wrong HLA typing, in order to retype them or remove them from the study. An article documenting this tool was published in BMC Bioinformatics. I have also performed a genome-wide association study on cirrhosis outbreak in individuals coinfected with HIV (human immunodeficiency virus) and HCV (hepatitis C virus). Because of similar infection routes (blood-related), co-infection with those two viruses are frequent, and the infection by HIV enhances HCV activity and increases liver fibrosis leading to cirrhosis and death of co-infected patients. Our study has dealt with 306 co-infected patients from the ANRS CO-13 HEPAVIH cohort. I could point out three statistically significant signals, two of them being highly relevant for their involvement in liver diseases (gene CTNND2 and gene MIR7-3HG). The identification of these new variants should lead to a better understanding of the molecular mechanisms involved in cirrhosis, and should contribute to the rational developement of new diagnostic or therapeutic strategies. A publication is under way.

<p>Karcinom debelog creva predstavlja treći uzrok smrnosti od maligniteta kod mu&scaron;karaca i drugi kod žena. Postoji osnovana sumnja da kancerske matične ćelije (KMĆ) imaju veliki značaj u karcinogenezi, invazivnosti, &scaron;irenju i rezistenciji na hemioterapiju primarnog tumora. Njihova identifikacija u primatnom kolorektalnom karcinomu (KRK) putem markera kancerskih matičnih ćelija bi selektovala visokorizičnu grupu bolesnika, omogućila ciljano delovanje na ove ćelije i veću &scaron;ansu za izlečenje. Cilj ovog istraživanja je bio utvrđivanje uticaja prisustva kancerskih matičnih ćelija u primarnom tumoru obolelih od karcinoma kolona na pojavu relapsa bolesti, dužino preživljavanja bez bolesti i sveukupno preživljavanje.&nbsp; Istraživanje je sprovedeno kao prospektivno&minus;retrospektivna randomizovana analitička studija na Klinici za operativnu onkologiju i Službi za patolo&scaron;ko &ndash; anatomsku i laboratorijsku dijagnostiku Instituta za onkologiju Vojvodine u Sremskoj Kamenici u periodu od 2016-2019. godine. U studiju su uključeno 112 bolesnica operisanih na Institutu za onkologiju Vojvodine u periodu od 2007-2012. godine sa patohistolo&scaron;ki potvrđenom dijagnozom primarnog, nemetastatskog (stadijumi I, II i III) KRK. Bolesnici su randomizovani u odnosu na pojavu recidiva bolesti i prisustvo metastaza u regionalnim limfnim čvorovima u odnosu 1:1. Uzorci tumorskog tkiva dobijeni hirur&scaron;kom resekcijom su nakon standardne patohistolo&scaron;ke obrade tretirani primenom monoklonskih antitela na CD44, CD166 i &alpha;-Lgr5. Određivani su prisustvo, intezitet i lokalizacija kancerskih matičnih ćelija (KMĆ) u primarnom tumoru i njihov uticaj na pojavu relapsa bolesti, dužinu preživljavanja bez bolesti i sveukupno preživljavanje u grupi svih bolesnika a potom bolesnika podeljenih prema stadijumu bolesti. Bolesnici u prvom i drugom stadijumu bolesti koji su imali relaps su imali statistički značajno veće prisustvo CD44+ KMĆ u primarnom tumoru. Kod ovih bolesnika je prisutan kraći period preživljavanja bez bolesti kao i kraće sveukupno preživljavanje. Takođe, uočen je statistički značajan uticaj koekspresije CD44/CD166 u KMĆ na pojavu relapsa bolesti, dužinu preživljavanja bez bolesti i sveukupno preživljavanje kod bolesnika u prvom i drugom stadijumu bolesti. Nije uočena statistička značajnost prisustva KMĆ u primarnom tumoru na pojavu relapsa bolesti, dužinu preživljavanja bez bolesti i sveukupno preživljavanje kod bolesnika u trećem stadijumu bolesti. Prisustvo CD166 i &alpha;-Lgr5 obojenih KMĆ nije pokazalo statističku značajnost u pogledu pojave relapsa bolesti, dužine preživljavanja bez bolesti i sveukupnog preživljavanja, kako u grupi svih bolesnika tako i prilikom podele bolesnika na stadijume bolesti.</p> / <p>Colon cancer is the third most common case of death of malignancy in the world. There is justified theory that cancer stemm cells have significant impact on colon cancer tumorogenesis, invasiviness, spread and resistancy on chemotherapy. Identification of colon cancer stem cells in primary tumor by various biological markers would lead to identification of high risk group of patients, target therapy of colon cancer an higher chance to cure. Aim of this study was to determine wether presence of colon cancer stem cells in primary tumour have impact on recurrence, disease free survival (DFS) and overall survival (OS) in patients with colorectal cancer. An randomized, analytical prospective-retrospective study was performed on Clinic for Operative Oncology and Department for Anatomical Pathology of Oncology Institute of Vojvodina in Sremska Kamenica in period of 2016&minus;2019. Study included 112 patient with patohistological proven, non metastatic colon adenocarcinoma who were operated on Oncology Institute of Vojvodina in period of 2007-2012. Patients were randomized by recurrence and presence of metastatic lymph nodes by 1:1 ratio. After standard patohistological preparation, tumour specimens were stained for monoclonal CD44, CD166 and &alpha;-Lgr5 antibody. Presence, intensity of expression and localization of colon cancer stem cells were observed and their impact on relapse, disease free survival and overall survival in group of all patients as well as in groups divided by stages of the disease. We demonstrate that patients in Stage I and II of the disease who experience disease recurrence have statistically significant higher expression of CD44+ in primary tumor specimen. They also have shorter DFS and OS. Coexpression of CD44/CD166 antibody also have strong negative impact on recurrence, disease free survival and overall survival in Stage I and II patients. There is no correlation between presence of colon cancer stem cells and recurrence nor presence of colon cancer stem cells had impact on disease free survival and overall survival. Presence of CD166 and &alpha;-Lgr5 expression did not show significant impact on recurrence nor disease free survival and overall survival as in group of all patients as well in group of patients divided by stages of the disease. High expression of CD44+ and coexpression of CD44/CD166+ colon cancer stem cell markers in primary tumor specimen correlates with higher chance for disease recurrence and also leads to shorter DFS and OS.</p>

La barrière hémo-encéphalique (BHE) est formée des cellules endothéliales microvasculaires cérébrales reliées entre elles par des jonctions serrées. Grâce à sa perméabilité restreinte et sélective, la BHE entrave le passage des molécules et cellules du sang vers le système nerveux central (SNC). Chez les patients atteints de sclérose en plaques (SEP), une maladie inflammatoire du SNC, la rupture de la BHE permet aux cellules immunes actives d'infiltrer le tissu cérébral. Il s'ensuit une réaction inflammatoire excessive au cours de laquelle d'autres leucocytes sont recrutés dans le cerveau et qui culmine par la formation des plaques de démyélinisation caractéristiques de la SEP. On dénote au niveau de ces lésions une présence importante de lymphocytes T CD4⁺ activés et de cytokines pro-inflammatoires propres à une réponse de type TH1, tels l’IFN-γ et l’IL-1. Curieusement cependant, l’inhibition de la voie TH1 n’empêche pas l’apparition de la maladie dans le modèle murin de la SEP et en aggrave même les symptômes. On attribue maintenant aux lymphocytes TH17, nommées en raison de leur capacité à produire de l’IL-17, un rôle clé dans le développement de la maladie. L’objectif de ce travail de thèse visait à caractériser les lymphocytes TH17 chez l’humain et définir leur contribution exacte dans la fragilisation de la BHE, une étape décisive dans la formation des lésions de SEP. Pour ce faire, nous avons mis au point une méthode expérimentale permettant l’expansion in vitro de populations de lymphocytes TH17 à partir de cellules mononuclées du sang de donneurs sains. Nos travaux démontrent que l’IL-23 induit la production d’IL-17, d’IL-22 et de granzyme B par les lymphocytes T CD4⁺CD45RO⁺ mémoires humains et qu’une proportion des cellules exprime de manière concomitante de l’IL-17 et de l’IFN-γ. La fréquence des lymphocytes T CD4⁺ IL17⁺, IL-22⁺ et des doubles positifs IL-17⁺IFN-γ⁺ est significativement plus élevée dans les lignées de lymphocytes TH17 provenant de patientes en poussée que dans celles de contrôles. Nos analyses démontrent que les cellules endothéliales de la BHE expriment de faibles niveaux des récepteurs de l’IL-17 et de l’IL-22 à l’état basal mais que leur présence est accrue dans le cerveau de patients atteints de SEP. L’activation du récepteur de l’IL-17 entraîne une augmentation de la perméabilité de la BHE et une perturbation de l’organisation des protéines de jonction occludine et ZO-1. Finalement, nous démontrons que la migration des lymphocytes TH17 à travers la BHE est régie en grande partie par la molécule d’adhérence ICAM-1 et que les lymphocytes qui co-expriment l’IL-17 et l’IFN-γ sont plus aptes à franchir la BHE que ceux qui produisent uniquement l’une ou l’autre de ces cytokines. Nous retrouvons d’ailleurs des cellules qui expriment simultanément les facteurs de transcription T-bet et RORC, associés respectivement aux lymphocytes TH1 et aux TH17, au sein des infiltrats péri-vasculaires des lésions actives de SEP. Les travaux présentés dans cette thèse auront permis d’affiner nos connaissances sur les mécanismes d’entrée des lymphocytes TH17 dans le SNC et les propriétés délétères des cytokines qu’ils sécrètent, notamment dans l’activation et la déstabilisation de l’endothélium cérébral. / The blood-brain barrier (BBB) plays a crucial role in protecting the central nervous system (CNS) by restricting entry of cells and molecules into the brain. In the CNS disorder multiple sclerosis (MS), breakdown of the BBB allows activated leukocytes to infiltrate the brain parenchyma, leading to the formation of the characteristic demyelinated lesions. For decades, MS was viewed as a TH1-mediated disease, a notion that was largely supported by studies in its animal model and by the abundance of prototypical TH1-associated cytokines within active MS lesions. However, over the years, accumulating evidence has highlighted the involvement of another subset of CD4⁺ T cells that express IL-17, therefore named TH17 lymphocytes, in the pathology of the disease. The goal of the work presented herein was to characterize the human TH17 lymphocyte population and define their contribution to the disruption of the BBB and leukocyte infiltration into the CNS, both important early events in the formation of MS lesions. To do so, we developed and optimized a method to successfully generate human TH17 lines in vitro from peripheral blood mononuclear cells of healthy donors. We demonstrate that in response to IL-23, human memory CD4⁺CD45RO⁺ but not naïve CD4⁺CD45RA⁺ T lymphocytes produce IL-17, IL-22, and granzyme B, with a subset of cells simultaneously expressing IL-17 and IFN-γ. Interestingly, we measure a significant increase in the percentage of T CD4⁺ IL17⁺, of IL-22⁺, and of IL-17⁺IFN-γ⁺ dual producers in TH17 cell lines expanded from the peripheral blood of acutely relapsing MS women as compared to those generated from healthy controls and remitting MS patients. We show that both IL-17 and IL-22 receptors are upregulated on BBB endothelial cells in situ during inflammation and that IL-17 enhances BBB permeability by disrupting the integrity of tight junction proteins occludin and ZO-1. Finally, we provide evidence that TH17 lymphocytes transmigrate efficiently across human brain endothelial cells via the adhesion molecule ICAM-1 and show that IL-17⁺IFN-γ⁺ double producers have an increased propensity to do so. Accordingly, we detect lymphocytes that display immunoreactivity against both the TH1- and TH17-associated transcription factors T-bet and RORC within perivascular infiltrates of active MS lesions. The work presented in this thesis has refined our understanding of the mechanisms that drive TH17 lymphocyte recruitment into the CNS and shed light on the deleterious effect of TH17-secreted cytokines, specifically in the activation and breakdown of the BBB.

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Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Background: Bacterial adherence to the acquired dental pellicle, important in caries, is mediated by receptor-adhesin interactions such as Streptococcus mutans antigen I/II (I/II). Ten I/II epitopes from the A, V, P and C regions were chosen to determine their reactivity in human saliva. Underlying the body’s ability to immunologically respond to bacteria that lead to caries are the human leukocyte antigen (HLA) genes, specifically HLA class II (HLA-II) genes that control antigen presentation. Previous studies suggested that a specific HLA biomarker group (HLA-DRB1*04) may have differential control of immune responses to I/II. However, it was not known whether secretory IgA (SIgA) responses to the selected epitopes from HLA-DRB1*04 positive subjects were different compared to their non-biomarker counterparts (negative), or across other caries factors, since no study to date had thus assessed these questions. Methods: Per IRB approval, the study population was divided into age, sex and race matched DRB1*04 positive (n=16) and negative groups (n=16). SIgA-epitope (and whole cell) reactivity was determined using ELISA. Other caries factors were measured. Subjects received a clinical exam by a trained examiner. ix Differences between DRB1*04 positive and negative groups were examined using a two-sided, two-sample t-test. Results: DRB1*04 positive subjects had numerically, but not statistically, higher reactivity to 9 out of 10 epitopes, the exception being residues 834-853 from the V and P regions of I/II across multiple measures. Though statistically insignificant, DRB1*04 positive subjects also exhibited 25-30 μg mL-1 less total IgA (TIgA) than negative counterparts. All clinical caries data proved inconclusive when comparing groups, likely due to exogenous factors and sample size. Conclusion: DRB1*04 positive subjects showed a trend toward lower TIgA. Moreover, they also showed a lower SIgA response across multiple measures to 834-853, the I/II V and P region epitope. This region forms a sort of functional epicenter involved in collaboration between domains along the entire I/II antigen, and governs the region involved in initial attachment to the acquired dental pellicle. This region may be involved in an in vivo discontinuous conformationally specific immunogenic epitope that serves as an HLA-II binding motif which remains elusive.

We studied the effects of 30 minutes of exercise on T lymphocyte counts and proliferative responses of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) in 25 runners. Exercise resulted in a T lymphocytosis in the immediate post-exercise period in all subjects (p < 0.001), and reduced CD4+/CD8+ ratios in 22/25 subjects (p = 0.001). The change was due primarily to a 2.2-fold increase in CD8+ cells (p < 0.001). Exercise also reduced PBMC mitogenic responses to phytohemagglutinin (PHA) in 13/14 subjects (p = 0.049), and to pokeweed mitogen (PWM) in 11/14 subjects (p = 0.022), but not to concanavalin A. Postrun sera from 5 of 6 subjects inhibited PHA but not PWM responses of resting autologous PBMC with normal CD4+/CD8+ ratios (p < or = 0.05): indomethacin and monocyte depletion blocked the serum inhibition (p = 0.003, p = 0.0006, respectively). We conclude that post-exercise suppression of mitogenic responses to PHA is due to the release of a serum factor(s) capable of inducing prostaglandin synthesis by circulating monocytes, whereas exercise-induced suppression of PWM responses depends primarily on the reversal of CD4+/CD8+ ratios.

La sclérose en plaques (SP) est une maladie neuro-inflammatoire caractérisée par l’invasion de cellules immunitaires périphériques dans le système nerveux central (SNC), entraînant une perte de myéline à des endroits bien délimités appelés « plaques » ou lésions. Les processus neuroinflammatoires sont associés au dommage des neurones et oligodendrocytes (OLs) en SP. Les mécanismes sous-tendant cette dégradation des OLs par les cellules immunitaires en SP sont toutefois encore mal compris. Les lymphocytes T CD4 activés, notamment les sous-types proinflammatoires Th1 et Th17, jouent un rôle clé dans la pathobiologie de la SP et de son modèle murin l’encéphalite auto-immune expérimentale (EAE). Nous avons donc choisi d’investiguer leur contribution à l’endommagement des OLs en neuroinflammation. Pour ce faire, nous avons premièrement caractérisé les interactions entre les lymphocytes Th17 et les OLs matures in vivo à l’aide de l’imagerie intravitale chez la souris EAE (microscopie deux photons) et in vitro en utilisant des cultures primaires humaines. Ceci nous a permis de mettre en évidence que les lymphocytes pro-inflammatoires Th17 adhèrent de façon prolongée aux OLs et leur causent plus de dommage que les lymphocytes anti-inflammatoires Th2. Après avoir établi que le contact avec les lymphocytes Th17 entraîne tout d’abord la perte des prolongements cellulaires puis la mort des OLs, nous avons identifié deux mécanismes à l’origine de ces dommages. En effet, tandis que la sécrétion de glutamate par les lymphocytes Th17 à proximité des OLs entraîne une perte des prolongements cellulaires de ces derniers et une diminution de leur capacité à myéliniser, la sécrétion de granzyme B mène à la mort des OLs. Dans le but de comprendre comment prévenir les dommages causés par les lymphocytes Th17 aux OLs en SP, nous avons par la suite étudié les mécanismes sous-tendant le contact entre les deux types cellulaires. Comme nous avons confirmé que les OLs matures n’expriment pas le MHC II au niveau protéique, nous avons caractérisé l’expression par les OLs de molécules d’adhérence cellulaire (CAMs) qui seraient susceptibles de sous-tendre l’adhérence des lymphocytes Th17. Nous avons découvert que cette interaction est notamment médiée par ALCAM, et que bloquer cette molécule permet de diminuer le dommage aux OLs médié par les Th17 in vitro. A l’inverse, l’expression et/ou la sécrétion d’ICAM-1 par les OLs semble avoir un effet protecteur face aux lymphocytes Th17. En résumé, nous avons distingué de nouveaux mécanismes impliqués dans le dommage aux OLs en neuroinflammation et identifié de nouvelles cibles thérapeutiques prometteuses pour la protection des OLs en SP. / Multiple Sclerosis (MS) is a neuroinflammatory disease characterized by infiltration of immune cells into the central nervous system (CNS), demyelination in multifocal areas called “plaques” or lesions, and damage to neurons and oligodendrocytes (OLs). The mechanisms underlying immune-mediated injury to OLs in MS remains only partially understood. Activated CD4 T cells, in particular pro-inflammatory subsets Th1 and Th17, play an important role in the pathobiology of MS and its animal model experimental autoimmune encephalitis (EAE). We set out to investigate their contribution to immune-mediated oligodendrocytic damage in neuroinflammation. We first characterized the interactions between Th17 cells and mature OLs in vivo using live imaging of EAE mice (two photon microscopy) and in vitro using human primary cell cultures. We found that pro-inflammatory Th17 cells form prolonged contacts with OLs and cause greater harm compared to anti-inflammatory Th2 cells. After demonstrating that contact with Th17 cells leads first to destruction of cell processes and then death of OLs, we identified two mechanisms underlying these deleterious impacts. Indeed, while secretion of glutamate by Th17 cells in contact with OLs is associated with damage to OLs cell processes and impairment of their myelinating capacity, secretion of granzyme B leads to OLs death. To better understand how to prevent Th17-mediated OLs injury in MS, we next studied mechanisms involved in the interaction between these two cell types. As we confirmed that mature OLs do not express MHC II at the protein level, we characterized expression of cell adhesion molecules (CAMs) by OLs that could mediate Th17 cell adhesion. We discovered that ALCAM contributes to OLs and Th17 cells interactions, and that blocking this olecule reduces Th17-mediated OL damage in vitro. Inversely, ICAM-1 expression and/or secretion by OLs seems to have a protective effect in neuroinflammatory conditions. In summary, we have uncovered new mechanisms implicated in OLs njury in neuroinflammation and have identified potential novel therapeutic targets for neuroprotection in MS.

La présentation de l’antigène est un mécanisme par lequel les cellules nucléées présentent un court peptide sur la molécule de classe 1 du Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH-1) codée par les gènes « antigènes d’histocompatibilité humains ». Le terme “immunopeptidomique” est utilisé pour décrire l’ensemble des peptides associés aux molécules du CMH-1. Les cellules T CD8+ patrouillent l’organisme, s’attachent à la molécule CMH-1 par leur récepteur T et détruisent les cellules affichant un peptide atypique. Ce domaine présente un grand intérêt au niveau du traitement des infections virales et dans la conception de vaccins. Compte tenu que les coronavirus ont été à l’origine de trois épidémies durant les 20 dernières années, et que de multiples souches circulent chez l’humain ainsi que dans le règne animal, il est impératif de développer des vaccins universels qui pourrait prévenir de futurs événement épidémiologiques mondiaux reliés aux coronavirus. L’immunopeptidomique souffre d'un manque de protocoles normalisés et de contrôle et d’assurance de la qualité des échantillons afin de libérer tout son potentiel dans la recherche biomédicale. Dans le cadre de cette étude, la spectrométrie de masse, la cytométrie de flux et des approches bio-informatiques ont été utilisées pour développer des protocoles de contrôle de qualité pour la caractérisation de l’immunopeptidome de cellules infectées par les coronavirus. Nous avons isolé et analysé l’immunopeptidome de cellules MRC-5 avant et après infection par le coronavirus humain OC-43. En plus d’observer une forte baisse de l’abondance des molécules HLA et de la variété des peptides présentés après l’infection, 9 peptides viraux ont été isolés à partir des molécules du CMH-1. Ces peptides pourraient être utilisés afin de contribuer à formuler un vaccin pan-coronavirus qui élicite une réponse balancée entre la réponse humorale et la réponse cytotoxique. / Antigen presentation is a mechanism by which nucleated cells present a short peptide on the Major Histocompatibility Complex (MHC-1) class 1 molecule encoded by the “human histocompatibility antigen” genes. The term "immunopeptidomics" is used to describe the set of peptides associated with MHC-1 molecules. CD8+ T cells patrol the body, attach to the MHC-1 molecule through their T receptor and destroy cells displaying an atypical peptide. This field is of great interest in the treatment of viral infections and in vaccine design. Given that coronaviruses have been responsible for three epidemics in the last 20 years, and that multiple strains circulate in humans and animals, it is imperative to develop universal vaccines that could prevent future global epidemiological events related to coronaviruses. Immunopeptidomics suffers from a lack of standardized protocols and sample quality control and assurance to unleash its full potential in biomedical research. In this study, mass spectrometry, flow cytometry, and bioinformatics approaches were used to develop quality control protocols for characterizing the immunopeptidome of coronavirusinfected cells. We isolated and analyzed the immunopeptidome of MRC-5 cells before and after infection with human coronavirus OC-43. In addition to observing a strong decrease in the abundance of HLA molecules and in the variety of peptides presented after infection, 9 viral peptides were isolated from MHC-1 molecules. These peptides could be used to help formulate a pan-coronavirus vaccine that elicits a balanced response between humoral and cytotoxic responses.