Orientador: Rinaldo Poncio Mendes / Banca: Silvio Alencar Marques / Banca: Daniela Moris de Oliveira / Resumo: Não disponível / Abstract: Not available / Mestre

In this paper we thoroughly cover the issue of blank nodes, which have been defined in RDF as "existential variables". We first introduce the theoretical precedent for existential blank nodes from first order logic and incomplete Information in database theory. We then cover the different (and sometimes incompatible) treatment of blank nodes across the W3C stack of RDF-related standards. We present an empirical survey of the blank nodes present in a large sample of RDF data published on the Web (the BTC-2012 dataset), where we find that 25.7% of unique RDF terms are blank nodes, that 44.9% of documents and 66.2% of domains featured use of at least one blank node, and that aside from one Linked Data domain whose RDF data contains many "blank node cycles", the vast majority of blank nodes form tree structures that are efficient to compute simple entailment over. With respect to the RDF-merge of the full data, we show that 6.1% of blank-nodes are redundant under simple entailment. The vast majority of non-lean cases are isomorphisms resulting from multiple blank nodes with no discriminating information being given within an RDF document or documents being duplicated in multiple Web locations. Although simple entailment is NP-complete and leanness-checking is coNP-complete, in computing this latter result, we demonstrate that in practice, real-world RDF graphs are sufficiently "rich" in ground information for problematic cases to be avoided by non-naive algorithms.

TEIXEIRA NETO, Luis Eufrasio. Uma abordagem para publicação de visões RDF de dados relacionais. 2014. 97 f. Dissertação (Mestrado em ciência da computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2014. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-07-11T18:31:26Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_leteixeiraneto.pdf: 2039098 bytes, checksum: 476ca3810a4d9341414016b0440023ba (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-07-20T11:55:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_leteixeiraneto.pdf: 2039098 bytes, checksum: 476ca3810a4d9341414016b0440023ba (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T11:55:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_leteixeiraneto.pdf: 2039098 bytes, checksum: 476ca3810a4d9341414016b0440023ba (MD5) Previous issue date: 2014 / The Linked Data initiative brought new opportunities for building the next generation of Web applications. However, the full potential of linked data depends on how easy it is to transform data stored in conventional, relational databases into RDF triples. Recently, the W3C RDB2RDF Working Group proposed a standard mapping language, called R2RML, to specify customized mappings between relational schemas and target RDF vocabularies. However, the generation of customized R2RML mappings is not an easy task. Thus, it is mandatory to define: (a) a solution that maps concepts from a relational schema to terms from a RDF schema; (b) a process to support the publication of relational data into RDF, and (c) a tool that implements this process. Correspondence assertions are proposed to formalize the mappings between relational schemas and RDF schemas. Views are created to publish data from a database to a new structure or schema. The definition of RDF views over relational data allows providing this data in terms of an OWL ontology structure without having to change the database schema. In this work, we propose a three-tier architecture – database, SQL views and RDF views – where the SQL views layer maps the database concepts into RDF terms. The creation of this intermediate layer facilitates the generation of R2RML mappings and prevents that changes in the data layer result in changes on R2RML mappings. Additionally, we define a three-step process to generate the RDF views of relational data. First, the user defines the schema of the relational database and the target OWL ontology. Then, he defines correspondence assertions that formally specify the relational database in terms of the target ontology. Using these assertions, an exported ontology is generated automatically. The second step produces the SQL views that perform the mapping defined by the assertions and a R2RML mapping between these views and the exported ontology. This dissertation describes a formalization of the correspondence assertions, the three-tier architecture, the publishing process steps, the algorithms needed, a tool that supports the entire process and a case study to validate the results obtained. / A iniciativa Linked Data trouxe novas oportunidades para a construção da nova geração de aplicações Web. Entretanto, a utilização das melhores práticas estabelecidas por este padrão depende de mecanismos que facilitem a transformação dos dados armazenados em bancos relacionais em triplas RDF. Recentemente, o grupo de trabalho W3C RDB2RDF propôs uma linguagem de mapeamento padrão, denominada R2RML, para especificar mapeamentos customizados entre esquemas relacionais e vocabulários RDF. No entanto, a geração de mapeamentos R2RML não é uma tarefa fácil. É imperativo, então, definir: (a) uma solução para mapear os conceitos de um esquema relacional em termos de um esquema RDF; (b) um processo que suporte a publicação dos dados relacionais no formato RDF; e (c) uma ferramenta para facilitar a aplicação deste processo. Assertivas de correspondência são propostas para formalizar mapeamentos entre esquemas relacionais e esquemas RDF. Visões são usadas para publicar dados de uma base de dados em uma nova estrutura ou esquema. A definição de visões RDF sobre dados relacionais permite que esses dados possam ser disponibilizados em uma estrutura de termos de uma ontologia OWL, sem que seja necessário alterar o esquema da base de dados. Neste trabalho, propomos uma arquitetura em três camadas – de dados, de visões SQL e de visões RDF – onde a camada de visões SQL mapeia os conceitos da camada de dados nos termos da camada de visões RDF. A criação desta camada intermediária de visões facilita a geração dos mapeamentos R2RML e evita que alterações na camada de dados impliquem em alterações destes mapeamentos. Adicionalmente, definimos um processo em três etapas para geração das visões RDF. Na primeira etapa, o usuário define o esquema do banco de dados relacional e a ontologia OWL alvo e cria assertivas de correspondência que mapeiam os conceitos do esquema relacional nos termos da ontologia alvo. A partir destas assertivas, uma ontologia exportada é gerada automaticamente. O segundo passo produz um esquema de visões SQL gerado a partir da ontologia exportada e um mapeamento R2RML do esquema de visões para a ontologia exportada, de forma automatizada. Por fim, no terceiro passo, as visões RDF são publicadas em um SPARQL endpoint. Neste trabalho são detalhados as assertivas de correspondência, a arquitetura, o processo, os algoritmos necessários, uma ferramenta que suporta o processo e um estudo de caso para validação dos resultados obtidos.

MAGALHÃES, Regis Pires. Um ambiente para processamento de consultas federadas em linked data Mashups. 2012. 117 f. Dissertação (Mestrado em ciência da computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2012. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-07-12T16:08:12Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_rpmagalhaes.pdf: 2883929 bytes, checksum: 1a04484a7e875cd8ead588d91693577a (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-07-21T16:05:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_rpmagalhaes.pdf: 2883929 bytes, checksum: 1a04484a7e875cd8ead588d91693577a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T16:05:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_rpmagalhaes.pdf: 2883929 bytes, checksum: 1a04484a7e875cd8ead588d91693577a (MD5) Previous issue date: 2012 / Semantic Web technologies like RDF model, URIs and SPARQL query language, can reduce the complexity of data integration by making use of properly established and described links between sources.However, the difficulty to formulate distributed queries has been a challenge to harness the potential of these technologies due to autonomy, distribution and vocabulary of heterogeneous data sources. This scenario demands effective mechanisms for integrating data on Linked Data.Linked Data Mashups allow users to query and integrate structured and linked data on the web. This work proposes two architectures of Linked Data Mashups: one based on the use of mediators and the other based on the use of Linked Data Mashup Services (LIDMS). A module for efficient execution of federated query plans on Linked Data has been developed and is a component common to both proposed architectures.The execution module feasibility has been demonstrated through experiments. Furthermore, a LIDMS execution Web environment also has been defined and implemented as contributions of this work. / Tecnologias da Web Semântica como modelo RDF, URIs e linguagem de consulta SPARQL, podem reduzir a complexidade de integração de dados ao fazer uso de ligações corretamente estabelecidas e descritas entre fontes.No entanto, a dificuldade para formulação de consultas distribuídas tem sido um obstáculo para aproveitar o potencial dessas tecnologias em virtude da autonomia, distribuição e vocabulário heterogêneo das fontes de dados.Esse cenário demanda mecanismos eficientes para integração de dados sobre Linked Data.Linked Data Mashups permitem aos usuários executar consultas e integrar dados estruturados e vinculados na web.O presente trabalho propõe duas arquiteturas de Linked Data Mashups:uma delas baseada no uso de mediadores e a outra baseada no uso de Linked Data Mashup Services (LIDMS). Um módulo para execução eficiente de planos de consulta federados sobre Linked Data foi desenvolvido e é um componente comum a ambas as arquiteturas propostas.A viabilidade do módulo de execução foi demonstrada através de experimentos. Além disso, um ambiente Web para execução de LIDMS também foi definido e implementado como contribuições deste trabalho.

Escherichia coli patogênicas aviárias (APEC) causam infecções extraintestinais em aves, que podem ser localizadas ou sistêmicas, denominadas colibacilose. O patotipo de APEC não está definido, mas vários genes de virulência são associados a essas cepas, como os genes plasmidiais iroN, ompT, hlyF, iss e iutA, propostos, em 2008, como preditores da virulência de APEC. Além dos genes de virulência conhecidos, outros fatores podem estar associados à patogenicidade bacteriana, como as maquinarias de secreção protéica denominadas Sistemas de Secreção. O Sistema de Secreção do Tipo 6 (T6SS), descrito em 2006, tem sido associado à virulência de cepas APEC. Este trabalho divide-se em duas partes: a primeira teve como objetivo avaliar a frequência dos genes iroN, ompT, hlyF, iss e iutA em 401 cepas aviárias de E. coli e sua relação com a patogenicidade in vivo dessas cepas. A segunda parte teve como objetivos verificar a frequência de genes componentes do T6SS (clpV, vgrG, icmF e dotU), em uma coleção de 187 cepas APEC; e, em algumas cepas positivas para os genes, verificar a expressão de um fenótipo relacionado ao sistema, bem como a expressão do efetor vgrG e da ATPase do sistema clpV2, além da secreção de proteínas, no meio de cultura e durante contato com células eucarióticas. Os resultados da primeira parte indicam que cepas com dois ou mais dos genes analisados tem maior probabilidade de serem patogênicas do que cepas com apenas um ou nenhum dos genes. Já os da segunda parte mostram que várias cepas apresentaram duas cópias de pelo menos um dos genes testados, e algumas delas apresentaram resistência à predação por D. discoideum. Não foram encontradas diferenças entre a expressão dos genes vgrG (1 e 2) e clpV2 em cultura pura ou em contato com células eucarióticas. Este trabalho apresenta a triagem de genes plasmidiais em uma grande coleção de amostras de Escherichia coli, e a primeira triagem de genes do T6SS em uma coleção de isolados APEC. / Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) causes extraintestinal infections in birds, which can be localized or systemic, known as colibacillosis. The APEC pathotype is still undefined, but several virulence genes are associated with these strains, as the plasmid-linked genes iroN, ompT, hlyF, iss and iutA, proposed in 2008 as APEC virulence predictors. Besides the known virulence genes, other factors may be associated with bacterial pathogenicity, such as the protein secretion machineries called Secretion Systems. Described in 2006, Type 6 Secretion System (T6SS) has been associated with virulence of APEC strains. This work is divided in two parts: the first aimed to evaluate the frequency of iroN, ompT, hlyF, iss and iutA genes in 401 avian strains of E. coli and its relationship with in vivo pathogenicity of these strains. The second part aimed to verify the frequency of T6SS genes (clpV, vgrG, icmF and dotU) in a collection of 187 APEC strains; and verify, in some positive strains, the expression of a phenotype related to the system, as well as the gene expression of effector vgrG and ATPase clpV2, besides the secretion of proteins into the culture medium and during contact with eukaryotic cells. The results of the first part of this study indicate that isolates harboring two or more of the genes analyzed were most likely to be pathogenic than strains harboring only one or none of the genes. The results of the second part show that several strains harbored two copies of at least one of the genes tested, and some of them were resistant to predation by D. discoideum. No differences were found between the expression of genes vgrG (1 and 2) and clpV2 in pure culture or in contact with eukaryotic cells. This work presents the screening of plasmidial genes in a large collection of Escherichia coli isolates, and the first screening of T6SS genes in a collection of APEC isolates.

The question of why individuals value identities like race and gender is a contested one. Scholars in the Reflected Appraisals tradition argue that members of minority groups experience identity devaluation and minority stress (Hacker 1992; Harris 1993; Meyer 1995; Tatum 1997; Hoff-Sommers 2000; McIntyre 2002) and come to value their identities less in empirical terms than do members of equivalent majority groups (Harris 1993; Hacker 1995). The thesis here is that the values individuals place upon in-group identities are determined by the prestige and power of their in-groups (Cornell and Hartmann 2006: 60). This argument has been advanced often in both domestic and multi-national contexts (Spinner-Halev and Theiss-Morse 2003), but several rigorous empirical tests so far fail to support it (Charles 2003). My dissertation is a comprehensive test of the hypothesis that membership in a minority in-group predicts lowered valuation of in-group identity. I employ ordinal and List Experiment surveys to determine whether members of four minority groups value their identities less than members of the equivalent majority groups (racial, sexual, heterosexual, religious) in terms of (1) placing lower monetary values upon them and (2) being hypothetically more willing to change them. My hypothesis is that identity valuation will not be status dependent: minority status will not generally correlate to a significant degree with lowered identity valuation, as development of oppositional identities allows minorities to value themselves despite potential discrimination (Stern 1995; Simein 2005). This thesis was largely although not totally confirmed. With several exceptions during my List Experiment research, American racial minority status does not correlate with lowered valuation of racial identity, and female sex does not correlate with lowered valuation of gender identity. Religious minorities do not generally value their religious identities less than Protestant Christians, to a statistically significant degree. However, I did find consistent negative and usually significant correlations between LGBT status and lowered valuation of sexual orientation. List Experiment results also indicate that whites may be less honest about their levels of in-group identification than are minorities.

Next-Generation Sequencing (NGS) technologies have been evolving at an unparalleled pace. The ability to generate millions of base pairs of data in a short time and at lower cost than previously has led to a dramatic expansion of technologies within the field. This dissertation discusses the development and validation of new methods for assessing genomic variation, dynamic changes in gene expression, high-accuracy sequencing, and analysis of recombination events. By reducing the cost of analyzing many samples for genetic divergence by genotyping the same region of the genome in multiple samples, researchers can pursue investigations on a larger scale. Next-RAD (Nextera fragmentation with Restriction-Associated Digestion) allows analysis of a uniform subset of loci between organisms for comparison of populations by genetic differences with reduced burdens of cost and data analysis. This method was applied to the Anopheles darlingi mosquito to identify three distinct species that were thought to be a uniform population. The lowering cost of large-scale sequencing investigations allows for massively parallel analysis of genomic function in a single assay. Regulation of gene expression in response to stress is a complex process which can only be understood by analyzing many pathways in tandem. A novel method is described which quantifies on a genome-wide scale the expression of millions of randomer tags driven by associated transcriptional enhancers. This method provides novel data in the form of high-resolution analysis of gene regulation. Aside from generating novel data types, another force behind development of new technologies is to improve data quality. One limitation of NGS is the inherent error rate. PELE-Seq (Paired End Low Error Sequencing) was developed to address this problem, by employing completely overlapping paired-end reads as well as a dual barcoding strategy to eliminate incorrect sequences resulting from final library amplification. This new tool improves data quality dramatically. Finally, the rapid expansion of tools necessitates the identification of new applications for these technologies. To this end, 10x Genomics Linked-Read sequencing was employed to identify recombination events in multiple species. The haplotype-resolved nature of the data generated from such assays has many promising applications.

Orientador: Carlos Henrique Ribeiro Camargo / Co-Orientadora: Marcia Carneiro Valera / Banca: Gleyce Oliveira Silva / Banca: Adriana de Jesus Soares / Banca: Eduardo Bresciani / Banca: Cláudio Antonio Talge Carvalho / Resumo: O momento ideal para o reimplante de um dente avulsionado é imediatamente após a avulsão, no entanto, isso nem sempre é possível. Uma série de fatores influenciam na viabilidade das células do ligamento periodontal (PDL) contribuindo para acelerar ou minimizar a ocorrência da reabsorção radicular ou anquilose, consequências mais frequentes dos reimplantes. Um destes fatores é o período extra-oral e o tratamento da superfície radicular. O EDTA (ácido etilenodiamino tetracético) a 17% e o ácido hialurônico (AH) são utilizados para tratar a superfície radicular, visando menor ocorrência de reabsorção inflamatória e por substituição. Sendo assim, os objetivos deste estudo foram: a) avaliar a viabilidade de fibroblastos do ligamento periodontal (PDLF) em contato com discos radiculares submetidos ou não ao ressecamento de superfície por diferentes tempos e tratados com EDTA e/ou AH; b) quantificar as citocinas inflamatórias IL-6, IL-8, IL-1β e TNF-α expressas por PDLF; c) observar a adesão de PDLF na superfície do discos radiculares tratados. Foram obtidos 108 discos de dentina e cemento da superfície radicular de dentes bovinos, com 4,5 mm de diâmetro, que foram previamente submetidos a dissolução do ligamento periodontal em solução de hipoclorito de sódio 1% por 15 min. Em seguida os discos foram esterilizados em concentrações decrescentes de álcool (100%,90%,80% e 70%). Os espécimes foram submetidos ou não ao ressecamento radicular por 1h ou 24h e tratados com EDTA associado ou ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The ideal time for reimplantation of an avulsed tooth is immediately after avulsion, however, this is not always possible. A number of factors influence the viability of the cells of the periodontal ligament (PDL) contributing to accelerate or minimize the occurrence of root resorption or ankylosis, more frequent consequences of reimplantation. One of these factors is the extra-oral period and root surface treatment. EDTA (17% ethylenediaminetetraacetic acid) and hyaluronic acid (HA) are used to treat the root surface, aiming for a lower occurrence of inflammatory resorption and replacement. Thus, the objectives of this study were: a) to evaluate the viability of periodontal ligament fibroblasts (PDLF) in contact with root disks submitted to surface dryness at different times and treated with EDTA and / or AH; b) quantify the inflammatory cytokines IL-6, IL-8, IL-1β and TNF-α expressed by PDLF; c) observe the adhesion of PDLF on the surface of the treated root discs. 108 dentin and cementum disks were obtained from the root surface of bovine teeth, 4.5 mm in diameter, which were previously submitted to dissolution of the periodontal ligament in 1% sodium hypochlorite solution for 15 min. Then the disks were sterilized in decreasing concentrations of alcohol (100%, 90%, 80% and 70%). The specimens were submitted to root resection for 1 h or 24 h and treated with EDTA, whether or not associated with hyaluronic acid, placed in 96-well plates where cells from PDLF primary culture... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Santos Davilene (davilenes@ufba.br) on 2016-05-25T12:45:32Z No. of bitstreams: 1 Andre_Carlomagno_Dissertacao.pdf: 1757427 bytes, checksum: 0e8705dc6cbd590104c52bd09603036a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-25T12:45:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andre_Carlomagno_Dissertacao.pdf: 1757427 bytes, checksum: 0e8705dc6cbd590104c52bd09603036a (MD5) / Linked Data permite a ligação entre dados de diferentes fontes para criar um único espaço global de dados. Dados publicados obedecendo aos princípios de Linked Data possuem significado explicitamente definido e podem ser tratados e processados por máquinas. No entanto, pessoas também podem se beneficiar diretamente da semântica explícita contida na estrutura dos dados. Este trabalho trata a carência de métodos, processos e modelos preocupados com a apresentação e navegação de dados estruturados obedecendo aos princípios de Linked Data. O foco da pesquisa é no usuário comum, aquele sem experiência com as técnicas que giram em torno da Web Semântica. Para tratar o problema em questão, o trabalho utiliza três linhas de investigação: as estratégias para apresentação e navegação de dados estruturados na Web Semântica; a modelagem de sistemas de hipertexto e a recuperação de dados estruturados embutidos em páginas Web. As contribuições desta pesquisa incluem: (i) um modelo de apresentação e navegação para Linked Data, focado no usuário comum, que pode ser implementado por sistemas interessados em prover tais recursos; (ii) um Serviço Web e uma biblioteca Javascript implementando o modelo, que podem ser utilizados pelo lado cliente de aplicações Web preocupadas em fornecer apresentação e navegação para Linked Data; e (iii) um protótipo desenvolvido para demonstrar a utilização do serviço e da biblioteca e, consequentemente, a viabilidade do modelo proposto, que fornece recursos de apresentação e navegação de dados estruturados embutidos em páginas Web.

Submitted by Santos Davilene (davilenes@ufba.br) on 2016-05-25T16:24:08Z No. of bitstreams: 1 DissertacaoMestradoDCC_Leandro_Andrade.pdf: 4292793 bytes, checksum: 81fe16e2cd1e5c84283f5931ba388398 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-25T16:24:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissertacaoMestradoDCC_Leandro_Andrade.pdf: 4292793 bytes, checksum: 81fe16e2cd1e5c84283f5931ba388398 (MD5) / Criada com a proposta inicial de conectar basicamente documentos HTML, a Web hoje expandiu suas capacidades, tornando-se um ambiente bastante heterogêneo de aplicações, recursos, dados e usuários que interagem entre si. A proposta da Web Semântica, associada aos Serviços Web, busca estabelecer padrões que viabilizem a comunicação entre aplicações heterogêneas na Web. A Web de Dados, outra linha de evolução da Web, fornece orientações (Linked Data) sobre como usar as tecnologias da Web Semântica para publicar e definir ligações semânticas entre dados de diferentes fontes. Contudo, existe uma lacuna na integração entre aplicações baseadas em Serviços Web e aplicações da Web de Dados. Essa lacuna ocorre porque os Serviços Web são “executados”, enquanto que a Web de Dados é “consultada”. Dessa forma, esta dissertação apresenta o Semantic Web (of Data) Services (SWoDS) com objetivo de prover Serviços Web a partir de bases Linked Data. O Semantic Web (of Data) Services pode preencher a lacuna entre Serviços Web e aplicações baseadas na Web de Dados, fazendo que a Web de Dados seja “executada” através de Serviços Web Semânticos. Assim, permitindo que dados Linked Data, através do SWoDS, integrem aos Serviços Web, por meio de operações de composição automática e descoberta de serviços.