Submitted by Maria Medeiros (maria.dilva1@ufcg.edu.br) on 2018-05-21T11:48:24Z No. of bitstreams: 1 DANIEL FARIAS BATISTA LEITE - DISSERTAÇÃO (PPGCC) 2016.pdf: 7529591 bytes, checksum: a8834c11a656f9270356f33676b2aadc (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-21T11:48:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DANIEL FARIAS BATISTA LEITE - DISSERTAÇÃO (PPGCC) 2016.pdf: 7529591 bytes, checksum: a8834c11a656f9270356f33676b2aadc (MD5) Previous issue date: 2016 / CNPq / Tecnologias de Business Intelligence (BI) têm sido utilizadas com sucesso para fins de análise de dados. Tradicionalmente, essa análise é realizada em um contexto restrito e bem controlado, onde as fontes de dados são estruturadas, periodicamente carregadas, estáticas e totalmente materializadas. Atualmente, há uma diversidade de dados nos mais diversos formatos, a exemplo de RDF (Resource Description Framework), um formato semiestruturado, semanticamente rico e externo à infraestrutura de BI. Embora tal formato seja enriquecido semanticamente, e muitas vezes possua um componente espacial, realizar a análise é um desafio. Nessa perspectiva, uma nova categoria de ferramentas analíticas vem surgindo. As ferramentas exploratórias (Exploratory OLAP), como são conhecidas, se caracterizam pela descoberta, aquisição e integração de dados externos em ambientes comuns de análise. Do nosso conhecimento, até a presente data, existem apenas duas ferramentas exploratórias propostas na literatura e elas apresentam duas grandes limitações: exploram apenas fontes de dados estruturadas; e não há exploração do componente espacial dos dados integrados. São ferramentas exploratórias OLAP, e não ferramentas exploratórias SOLAP. Baseando-se nessas ferramentas, este trabalho propõe uma abordagem exploratória SOLAP que integra dados semiestruturados espaciais semânticos com fontes de dados estruturados espaciais tradicionais. Um sistema, denominado ExpSOLAP, que dá suporte a consultas SOLAP on-line sob as duas fontes de dados foi desenvolvido. Por fim, o sistema ExpSOLAP é avaliado através de um exemplo prático, no contexto da base de dados obtida no Linked Movie Data Base, utilizando RDF e banco de dados relacional. Foram formuladas consultas que validaram a análise convencional e espacial na exploração de ambas fontes de dados. / Business Intelligence (BI) technologies have been successfully applied for data analysis purposes. Traditionally, such analysis is performed in well-controlled and restricted context, where data sources are structured, periodically loaded, static and fully materialized. Nowadays, there is a plenty of data in different formats such as the Resource Description Framework (RDF), a semi-structured and semantically rich format external to the BI infrastructure. Although such data formats are enriched by semantics and contains a spatial data component, performing data analysis is challenging. As a result, the Exploratory OLAP field has emerged for discovery, acquisition, integration and query such data, aiming at performing a complete and effective analysis on both internal and external data. To the best of our knowledge, there are only two exploratory tools proposed in the literature and they have two major limitations due to only structured data sources can be explored and there is no exploration of the spatial component of the integrated data. While they are exploratory OLAP tools, they are not exploratory SOLAP tools. Based on these tools, this work proposes an Exploratory SOLAP approach that integrates semantic spatial semi-structured data with traditional spatial structured data sources. A system named ExpSOLAP, which supports online SOLAP queries on both data sources, was developed. Finally, a case study was carried out in order to evaluate the ExpSOLAP system based on a dataset originating from the Linked Movie Data Base and using RDF and relational datasets. The formulated queries enabled to validate the conventional and spatial analysis from both data sources.

Escherichia coli patogênicas aviárias (APEC) causam infecções extraintestinais em aves, que podem ser localizadas ou sistêmicas, denominadas colibacilose. O patotipo de APEC não está definido, mas vários genes de virulência são associados a essas cepas, como os genes plasmidiais iroN, ompT, hlyF, iss e iutA, propostos, em 2008, como preditores da virulência de APEC. Além dos genes de virulência conhecidos, outros fatores podem estar associados à patogenicidade bacteriana, como as maquinarias de secreção protéica denominadas Sistemas de Secreção. O Sistema de Secreção do Tipo 6 (T6SS), descrito em 2006, tem sido associado à virulência de cepas APEC. Este trabalho divide-se em duas partes: a primeira teve como objetivo avaliar a frequência dos genes iroN, ompT, hlyF, iss e iutA em 401 cepas aviárias de E. coli e sua relação com a patogenicidade in vivo dessas cepas. A segunda parte teve como objetivos verificar a frequência de genes componentes do T6SS (clpV, vgrG, icmF e dotU), em uma coleção de 187 cepas APEC; e, em algumas cepas positivas para os genes, verificar a expressão de um fenótipo relacionado ao sistema, bem como a expressão do efetor vgrG e da ATPase do sistema clpV2, além da secreção de proteínas, no meio de cultura e durante contato com células eucarióticas. Os resultados da primeira parte indicam que cepas com dois ou mais dos genes analisados tem maior probabilidade de serem patogênicas do que cepas com apenas um ou nenhum dos genes. Já os da segunda parte mostram que várias cepas apresentaram duas cópias de pelo menos um dos genes testados, e algumas delas apresentaram resistência à predação por D. discoideum. Não foram encontradas diferenças entre a expressão dos genes vgrG (1 e 2) e clpV2 em cultura pura ou em contato com células eucarióticas. Este trabalho apresenta a triagem de genes plasmidiais em uma grande coleção de amostras de Escherichia coli, e a primeira triagem de genes do T6SS em uma coleção de isolados APEC. / Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) causes extraintestinal infections in birds, which can be localized or systemic, known as colibacillosis. The APEC pathotype is still undefined, but several virulence genes are associated with these strains, as the plasmid-linked genes iroN, ompT, hlyF, iss and iutA, proposed in 2008 as APEC virulence predictors. Besides the known virulence genes, other factors may be associated with bacterial pathogenicity, such as the protein secretion machineries called Secretion Systems. Described in 2006, Type 6 Secretion System (T6SS) has been associated with virulence of APEC strains. This work is divided in two parts: the first aimed to evaluate the frequency of iroN, ompT, hlyF, iss and iutA genes in 401 avian strains of E. coli and its relationship with in vivo pathogenicity of these strains. The second part aimed to verify the frequency of T6SS genes (clpV, vgrG, icmF and dotU) in a collection of 187 APEC strains; and verify, in some positive strains, the expression of a phenotype related to the system, as well as the gene expression of effector vgrG and ATPase clpV2, besides the secretion of proteins into the culture medium and during contact with eukaryotic cells. The results of the first part of this study indicate that isolates harboring two or more of the genes analyzed were most likely to be pathogenic than strains harboring only one or none of the genes. The results of the second part show that several strains harbored two copies of at least one of the genes tested, and some of them were resistant to predation by D. discoideum. No differences were found between the expression of genes vgrG (1 and 2) and clpV2 in pure culture or in contact with eukaryotic cells. This work presents the screening of plasmidial genes in a large collection of Escherichia coli isolates, and the first screening of T6SS genes in a collection of APEC isolates.

O crescimento cada vez maior da industrialização e a existência de um mercado globalizado vêm exigindo dos produtores rurais à utilização de modernas tecnologias ligadas à produção animal. O baixo custo de produção e o aumento da qualidade do produto final gerado têm sido a grande meta dos pecuaristas e centros de pesquisa voltados à agropecuária. Devido à necessidade de aumento na produção, propriedades agropecuárias têm recorrido ao uso de todo e qualquer recurso disponível que possa promover melhorias na atividade produtiva.O uso indiscriminado dos antimicrobianos com a intenção de aumentar a produção animal pode resultar em concentrações residuais nos produtos como carne, ovos e leite acima das doses aceitáveis para o consumo humano. Inicialmente, os antibióticos eram usados como medida terapêutica, mas com o avanço do conhecimento e desenvolvimento de novos compostos, passaram a ser utilizados também como medida preventiva e como promotores do crescimento.O que se deve questionar não é a presença destes resíduos, mas sim o tipo e as concentrações dos mesmos. De fato, as modernas tecnologias analíticas têm permitido a detecção de partes por bilhão de substâncias químicas, componentes ou metabólitos de medicamentos de uso veterinário em alimentos e, nestas quantidades, dificilmente elas representariam perigo à saúde dos consumidores. Portanto, há necessidade de se estabelecer metodologias analíticas mais eficientes que possam auxiliar os órgãos de fiscalização da agricultura no controle do uso desses antimicrobianos na produção animal. Assim como auxiliar no controle de qualidade, principalmente em indústrias exportadoras que almejam expansão de mercado, onde essa prática é quase uma imposição no contexto do comércio internacional de produtos pecuários \"in natura\" e processados. Devido a essas necessidades, o objetivo do presente foi padronizar e desenvolver reagentes imunoenzimáticos para a pesquisa da ciprofloxacina em produtos de origem animal. Os resultados obtidos no desenvolvimento desses imunoreagentes foram positivos quando correlacionado (r2 = 0,9588) com o kit referência RIDASCREEN® Enro/Cipro da R-Biopharm. Diante disso, é possível concluir que o Brasil possui infra-estrutura adequada para padronizar esses testes rápidos, evitando com isso um grande gasto na importação desses kits / The growth each time higher of industrialization and the existence of a global market forces the rural producers to use modern technologies related to animal production. The low production cost and the increasing of obtained final product quality have been the great aim of cattle farmers and cattle farming research centers. Due to the necessity of increasing the production, rural properties have required the use of any available source able to promote better productive activities. The indiscriminated antibiotics use aiming to increase animal production may result in residual concentrations found in products such as meat, eggs and milk over acceptable doses to the human consumption. Firstly, antibiotics were used as therapeutic prescriptions although the advances on knowledge and development of new compounds were also used as a preventive way and as growth promoters. What must be questionable its not the presence of these residuals but surely what kind of residual and their concentrations. In fact, the modern analytic technologies make possible the detection of parts per billions (ppb) of chemical substances, compounds or medicine metabolites of veterinary use in food and in these quantities, hardly they would be dangerous to the consumer health. However, it\'s necessary to establish more efficient analytic methodologies to help on agriculture supervising organs in the control of these antibiotics use in the animal production. Thus, how to help in the quality control, mainly in industries that export to get the market expansion, where this activity is almost an imposition at the international trade context of farming products \"in natura\" and industrialized ones. Due to these necessities, the goal of our present work was to standard and develop immunoenzymatics reagents to the ciprofloxacin researching from animal products. The results obtained on development of these immunoreagents were positive when correlated (r2= 0,9588) to the kit RIPASCREEN® Enro/Cipro from R-Biopharm reference. At the light of these knowledge, it?s possible to conclude that Brazil has adequate proper-structure to standardize these quick tests, to avoid in this way a high cost to import these kits.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / X-linked hypophosphatemic rickets (XLHR) is the most common cause of heritable rickets, with an incidence of 1:20,000 live births, representing more than 80% of familial hypophosphatemic rickets. Saliva is the most easily available and accessible body fluid, which makes it one of the most sought after tools in diagnostic pathology. In this context, this thesis, constituted by 4 articles aimed to: (1) describe the main systemic manifestations, oral findings and dental management in 3 generations of an affected family; (2) analyze the mineralization pattern of enamel and dentin in patients affected by XLHR using micro-CT, and to associate enamel and dentin mineralization in primary and permanent teeth with tooth position, gender and presence/absence of this disease; (3) evaluate the peptide profile in the saliva of patients with X-linked hypophosphatemic rickets using high performance liquid chromatography; and (4) characterize salivary proteins in this condition using unidimensional electrophoresis. On study 1, oral exams, laboratorial and histologic evaluations, cone-beam computed tomographies, panoramic and periapical radiographs were performed to properly institute the most adequate treatment strategy. On study 2, teeth were collected from 5 individuals from the same family. Gender, age, tooth position (anterior/posterior) and tooth type (deciduous/permanent) were recorded for each patient. Following collection, teeth were placed in 0.1% thymol solution until Micro-CT scan. Projection images were reconstructed and analyzed. On study 3, unstimulated whole and stimulated parotid saliva were obtained from 8 individuals with (AFF) and 8 healthy individuals, both genders, without (CON) x-linked hypophosphatemic rickets aged from 8 to 66 years. Supernatants were analyzed by high performance liquid chromatography, and the salivary flow rate (ml/min) was calculated. Each major peak in the HPLC chromatogram of each sample was characterized. On study 4, unstimulated whole and stimulated parotid saliva were also obtained, being total protein concentration determined by the Bicinchoninic Acid Protein (BCA) method. Proteins were characterized according to their molecular weights within the unidimensional electrophoresis. The study 1 showed the importance of the knowledge of clinical signs and symptoms of XLHR for the correct diagnosis of this disease, and for the establishment of preventive and comprehensive dental care. On article 2, teeth of all affected patients presented dentin with a different mineralization pattern compared to the teeth of the healthy individual with dentin defects observed next to the pulp chambers. On the third article, whole and parotid salivary flows were significantly different (p = 0.001), being flow of whole saliva higher (0.518  0.282 mL/min) than parotid saliva (0.124  0.086 mL/min). Whole salivary flow rate was higher in the AFF group (0.698  0.229) than in the CON group (0.339  0.210 mL/min) (p = 0.006). Twenty-eight peaks were found in whole and 21 peaks in parotid saliva. Whole saliva of the CON group presented lower number of peaks than AFF group. In parotid saliva, peaks 17 and 28 (retention times: 24 and 39 min) were found exclusively in the AFF group, and peak 13 (retention time: 19 min) exclusively in the CON. Article 4 showed difference concerning to total protein concentration between whole and parotid saliva (p < 0.001), being higher concentration found in whole saliva (102.603  42.336 Âg/mL) than in parotid saliva (0.699  0.438 Âg/mL). Bands with 102 kDa, 48 kDa and 24 kDa presented higher intensity in whole saliva of CON group (p = 0.015, p = 0.043 and p = 0.022). In conclusion, XLHR patients presented specific characteristics in dentin mineralization and salivary proteins and peptides, which can lead to differentiate these patients from healthy individuals, improving the diagnostic field. / Raquitismo hipofosfatÃmico ligado ao cromossomo X (XLHR) à a maior causa de raquitismo hereditÃrio, com uma incidÃncia de 1:20.000 nascidos vivos, representando mais de 80% das formas de raquitismo hipofosfatÃmico familiar. A saliva à o fluido humano mais disponÃvel e de fÃcil acesso, o que faz dela uma das ferramentas mais pesquisadas no diagnÃstico de patologias. Nesse contexto, essa tese, constituÃda de 4 artigos objetivou: (1) descrever as principais manifestaÃÃes sistÃmicas, achados orais e tratamentos dentÃrios em 3 geraÃÃes de uma famÃlia afetada; (2) analisar o padrÃo de mineralizaÃÃo do esmalte e da dentina nos pacientes afetados por XLHR, utilizando microtomografia computadorizada (Micro CT), e associar a mineralizaÃÃo do esmalte e da dentina em dentes decÃduos e permanentes, segundo gÃnero e presenÃa/ausÃncia da doenÃa; (3) avaliar o perfil de peptÃdeos na saliva de pacientes com XLHR, utilizando cromatografia lÃquida de alta performance (HPLC); e (4) caracterizar proteÃnas salivares nessa condiÃÃo, utilizando eletroforese unidimensional. No estudo 1, exames orais, laboratoriais e avaliaÃÃes histolÃgicas, tomografias computadorizadas cone-beam e radiografias periapicais foram realizadas para a apropriada instituiÃÃo da estratÃgia de tratamento mais adequada. No estudo 2, dentes foram coletados de 5 indivÃduos de uma mesma famÃlia. GÃnero, idade, posiÃÃo dentÃria (anterior/posterior) e tipo dentÃrio (decÃduo/permanente) foram registrados para cada paciente. ApÃs a coleta, os dentes foram colocados em soluÃÃo de timol a 0,1% atà a anÃlise atravÃs do Micro CT. As imagens projetadas foram reconstruÃdas e analisadas. No estudo 3, saliva total nÃo estimulada e saliva de parÃtida estimulada foram obtidas de 8 indivÃduos afetados com (AFF) e 8 indivÃduos sem (CON) XLHR, de ambos os gÃneros e idades entre 8 e 66 anos. Sobrenadantes foram analisados por meio de HPLC e o fluxo salivar (mL/min) foi calculado. Os picos que se apresentaram maiores nos cromatogramas do HPLC foram caracterizados. No estudo 4, saliva total nÃo estimulada e saliva de parÃtida estimulada tambÃm foram obtidas, sendo a concentraÃÃo de proteÃnas totais determinada pelo MÃtodo do Ãcido BicinconÃnico (BCA). ProteÃnas foram caracterizadas de acordo com o peso molecular atravÃs de eletroforese unidimensional. O estudo 1 mostrou a importÃncia do conhecimento dos sinais e sintomas clÃnicos do XLHR para o correto diagnÃstico dessa doenÃa, e para o estabelecimento de atendimento odontolÃgico preventivo e abrangente. No artigo 2, os dentes de todos os pacientes afetados apresentaram dentina com padrÃo de mineralizaÃÃo diferente comparado aos dentes de indivÃduos saudÃveis, sendo os defeitos na dentina observados prÃximo Ãs cÃmaras pulpares. No artigo 3, os fluxos salivares da saliva total e de parÃtida foram significativamente diferentes (p=0,001), sendo o fluxo de saliva total maior (0,518  0,282 mL/min) do que o de saliva de parÃtida (0,124  0,086 mL/min). O fluxo salivar da saliva total foi maior no grupo AFF (0,698  0,229) que no grupo CON (0,339  0,210 mL/min) (p = 0,006). Vinte e oito picos foram encontrados em saliva total e 21 em saliva de parÃtida. A saliva total do grupo CON apresentou menor nÃmero de picos que a do grupo AFF. Na saliva de parÃtida, os picos 17 e 28 (tempos de retenÃÃo: 24 e 39 min) foram encontrados exclusivamente no grupo AFF e o pico 13 (tempo de retenÃÃo: 19 min) no CON. Artigo 4 demonstrou diferenÃa relacionada à concentraÃÃo de proteÃnas totais entre saliva total e de parÃtida (p < 0,001), sendo a maior concentraÃÃo encontrada na saliva total (102,603  42,336 Âg/mL) que na saliva de parÃtida (0,699  0,438 Âg/mL). Bandas com 102 kDa, 48 kDa e 24 kDa apresentaram maior intensidade na saliva total do grupo CON (p = 0,015, p = 0,043 e p = 0,022). Em conclusÃo, pacientes com XLHR apresentaram caracterÃsticas especÃficas relacionadas à mineralizaÃÃo dentinÃria e proteÃnas e peptÃdeos salivares que podem levar à diferenciaÃÃo desses pacientes de indivÃduos saudÃveis, avanÃando no campo diagnÃstico.

Escherichia coli patogênicas aviárias (APEC) causam infecções extraintestinais em aves, que podem ser localizadas ou sistêmicas, denominadas colibacilose. O patotipo de APEC não está definido, mas vários genes de virulência são associados a essas cepas, como os genes plasmidiais iroN, ompT, hlyF, iss e iutA, propostos, em 2008, como preditores da virulência de APEC. Além dos genes de virulência conhecidos, outros fatores podem estar associados à patogenicidade bacteriana, como as maquinarias de secreção protéica denominadas Sistemas de Secreção. O Sistema de Secreção do Tipo 6 (T6SS), descrito em 2006, tem sido associado à virulência de cepas APEC. Este trabalho divide-se em duas partes: a primeira teve como objetivo avaliar a frequência dos genes iroN, ompT, hlyF, iss e iutA em 401 cepas aviárias de E. coli e sua relação com a patogenicidade in vivo dessas cepas. A segunda parte teve como objetivos verificar a frequência de genes componentes do T6SS (clpV, vgrG, icmF e dotU), em uma coleção de 187 cepas APEC; e, em algumas cepas positivas para os genes, verificar a expressão de um fenótipo relacionado ao sistema, bem como a expressão do efetor vgrG e da ATPase do sistema clpV2, além da secreção de proteínas, no meio de cultura e durante contato com células eucarióticas. Os resultados da primeira parte indicam que cepas com dois ou mais dos genes analisados tem maior probabilidade de serem patogênicas do que cepas com apenas um ou nenhum dos genes. Já os da segunda parte mostram que várias cepas apresentaram duas cópias de pelo menos um dos genes testados, e algumas delas apresentaram resistência à predação por D. discoideum. Não foram encontradas diferenças entre a expressão dos genes vgrG (1 e 2) e clpV2 em cultura pura ou em contato com células eucarióticas. Este trabalho apresenta a triagem de genes plasmidiais em uma grande coleção de amostras de Escherichia coli, e a primeira triagem de genes do T6SS em uma coleção de isolados APEC. / Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) causes extraintestinal infections in birds, which can be localized or systemic, known as colibacillosis. The APEC pathotype is still undefined, but several virulence genes are associated with these strains, as the plasmid-linked genes iroN, ompT, hlyF, iss and iutA, proposed in 2008 as APEC virulence predictors. Besides the known virulence genes, other factors may be associated with bacterial pathogenicity, such as the protein secretion machineries called Secretion Systems. Described in 2006, Type 6 Secretion System (T6SS) has been associated with virulence of APEC strains. This work is divided in two parts: the first aimed to evaluate the frequency of iroN, ompT, hlyF, iss and iutA genes in 401 avian strains of E. coli and its relationship with in vivo pathogenicity of these strains. The second part aimed to verify the frequency of T6SS genes (clpV, vgrG, icmF and dotU) in a collection of 187 APEC strains; and verify, in some positive strains, the expression of a phenotype related to the system, as well as the gene expression of effector vgrG and ATPase clpV2, besides the secretion of proteins into the culture medium and during contact with eukaryotic cells. The results of the first part of this study indicate that isolates harboring two or more of the genes analyzed were most likely to be pathogenic than strains harboring only one or none of the genes. The results of the second part show that several strains harbored two copies of at least one of the genes tested, and some of them were resistant to predation by D. discoideum. No differences were found between the expression of genes vgrG (1 and 2) and clpV2 in pure culture or in contact with eukaryotic cells. This work presents the screening of plasmidial genes in a large collection of Escherichia coli isolates, and the first screening of T6SS genes in a collection of APEC isolates.

Orientador: Maria Heloisa Souza Lima Blotta / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T06:51:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Corvino_ClaudiaTres_M.pdf: 633875 bytes, checksum: 46aff21f882b64dcbb4eefa73f93a232 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A interleucina 18 (IL-18) é uma citocina pró-inflamatória com importante participação tanto na resposta inata como adquirida. Concentrações elevadas de IL-18 são encontradas em várias doenças inflamatórias e infecciosas. A expressão aumentada de IL-18 pode contribuir para a resolução de processos infecciosos, mas também pode promover uma resposta inflamatória exagerada, prejudicial ao hospedeiro. O objetivo deste estudo foi determinar as concentrações séricas de IL-18 e outros mediadores inflamatórios (IL-12, sICAM-1, sTNFRI, sTNFRII, CXCL9, CXCL10), antes e após tratamento antifúngico, em pacientes com a forma juvenil (FJ) e adulta (FA) da paracoccidioidomicose (PCM), assim como em indivíduos normais saudáveis e relacionar com a atividade e gravidade da doença. Também foram avaliadas as concentrações de IgG total, subclasses de IgG e IgE anti-gp43 de P. brasiliensis. Todas as dosagens foram realizadas por método imunoenzimático (ELISA). Os níveis séricos basais de IL-18, IL-12, sICAM-1, sTNFRI, sTNFRII, CXCL9, CXCL10 estavam mais elevados em pacientes com PCM em relação ao grupo controle. Pacientes com a FJ apresentaram concentrações mais elevadas de IL-18 e sTNFRII em relação aqueles com a FA da PCM, enquanto estes mostraram maiores concentrações de sTNFRI em relação aos pacientes com a FJ. Houve correlação positiva entre as concentrações de IL-18 e sICAM-1 (r=0.62, p<0.0001), sTNFRI (r=0.61, p<0.0001), sTNFRII (r=0.64, p=0.002) e também em relação a gravidade da doença nos pacientes com a FJ. A terapia anti-fúngica resultou em significante diminuição das concentrações séricas de todos os mediadores inflamatórios analisados que, de maneira geral, atingiram os valores encontrados no grupo controle ao final de 2 anos de tratamento. A pesquisa de anticorpos mostrou níveis basais maiores de IgG4 e IgE nos pacientes com a FJ, enquanto que a IgG1 estava mais elevada naqueles com a FA. Em conjunto os resultados mostraram que uma forte resposta inflamatória marca a fase inicial da PCM humana e que mediadores como a IL-18 e o sTNFRII parecem contribuir em particular para uma forma mais grave da doença / Abstract: IL-18 is a pro-inflammatory cytokine of the IL-1 superfamily that exhibits broad functional effects in innate and acquired immune responses and which has been found in high levels in several chronic inflammatory and autoimmune diseases. Over-expression of IL-18 may promote early resolution of infection or could induce a detrimental exaggerated immune response. The aim of this study was to determine serum levels of IL-18 and other inflammatory mediators (IL-12, sICAM-1, sTNFRI, sTNFRII, CXCL9, CXCL10) at baseline and after antifungal therapy in serum from patients with juvenil (JF) and adult form (AF) of paracoccidioidomycosis (PCM) as well as in healthy controls (C), and to assess their possible relationships to the severity of disease. IL-18 and sTNFRII levels in patients with the JF of PCM were significantly higher than in the AF and controls. In relation to sICAM-1, no difference was observed between JF and AF but both presented higher levels than controls. sTNFRI levels were higher in patients with PCM than in controls, and significant higher concentrations were detected in AF patients as compared to JF ones. Moreover IL-12 and chemokines CXCL9 and CXCL10 were also higher in patients than in controls. In JF patients IL-18 levels significantly correlated with sICAM-1 (r=0.62, p<0.0001), sTNFRI (r=0.61, p<0.0001), sTNFRII (r=0.64, p=0.002), as well as with clinical severity. The results suggest the value of serum IL-18 and sTNFRs levels as a parameter of PCM severity and may support a possible role for them in the pathogenesis of the disease / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / A Esquistossomose à uma doenÃa causada por parasitos do gÃnero Schistosoma matando centenas de milhares de pessoas por ano no mundo. O Schistosoma tem vÃrias espÃcies com interesse clÃnico. No Brasil o causador da Esquistossomose à o S. mansoni e o principal hospedeiro e reservatÃrio do parasito à o homem sendo a partir desse que os ovos sÃo eliminados nas fezes. Os hospedeiros intermediÃrios sÃo os caramujos. As principais espÃcies de caramujos hospedeiros do Schistosoma mansoni no Brasil sÃo: Biomphalaria glabrata, Biomphalaria tenagophila e Biomphalaria straminea. Sendo a terceira espÃcie a predominante no CearÃ. A doenÃa tem presenÃa constante em mais de 74 paÃses (praticamente todos subdesenvolvidos). Cerca de 500 a 600 milhÃes de pessoas correm riscos de serem atingidas e mais de 200 milhÃes sÃo infectadas a cada ano, e isso se deve principalmente a falta de saneamento bÃsico e educaÃÃo sanitÃria. Para a melhor profilaxia desta doenÃa, deve ser feito o diagnÃstico e o tratamento da populaÃÃo, orientando para evitar entrar em contato com Ãguas que contenham caramujos (aÃudes, lagos, lagoas, rios etc). à uma doenÃa que pode evoluir para complicaÃÃes graves, eventualmente levando ao Ãbito em funÃÃo de extensa fibrose decorrente da presenÃa em parÃnquima hepÃtico de ovos do Schistosoma mansoni, formando granulomas. O principal objetivo desse estudo foi desenvolver uma estratÃgia para aumentar a eficÃcia na identificaÃÃo de pacientes infectados com S.mansoni, em Ãrea de baixa endemicidade, no Estado do CearÃ, usando um protocolo combinando uma tÃcnica sorolÃgica (IgG â ELISA) com exames de fezes seqÃenciais. Esse trabalho foi realizado em etapas, no qual na primeira, dos 287 indivÃduos que realizaram o mÃtodo de Kato-Katz, 11 (3,8%) apresentaram resultados positivos para S. mansoni. Com relaÃÃo aos outros helmintos foram encontrados: Trichuris trichiura 25 (8,7%), Ascaris lumbricoides 19 (6,6%) e Ancilostomideos 15(5,2%). Em relaÃÃo ao testes de ELISA, 97 (33,8%) foram positivos. Todos os pacientes que apresentaram ovos nas fezes foram positivos no teste sorolÃgico. Neste grupo estÃo inclusos os 11 que foram positivos na coproscÃpia. Dos pacientes com ELISA positivo e Kato-Katz negativos, apenas 56 entregaram as trÃs amostras de fezes para uma segunda anÃlise coproscÃpica. Desses, 14 (25%) foram positivos para Schistosoma mansoni. Dos 42 pacientes que continuavam negativos, 22 responderam no questionÃrio que nunca tiveram esquistossomose como tambÃm nunca receberam tratamento para a doenÃa. O presente estudo nÃo trata sà de determinar a prevalÃncia da doenÃa no municÃpio, e sim de identificar o maior nÃmero possÃvel de indivÃduos infectados, usando o mÃtodo sorolÃgico que foi aplicado de forma a contemplar a populaÃÃo residente em Ãreas de risco de transmissÃo ou expostas ao risco de infecÃÃo, principalmente por atividades domÃsticas e de lazer. Diante destes resultados, acredita-se, em concordÃncia com outros autores, que utilizando a tÃcnica de ELISA combinado com anÃlises repetidas de no mÃnimo 5 lÃminas de fezes, torna-se mais fÃcil diagnosticar pacientes com a esquistossomose, melhorando assim a hipÃtese que provavelmente em um futuro prÃximo, seremos capazes de combinar mÃtodos parasitolÃgicos e sorolÃgicos no programa de controle da esquistossomose, um fator importante para detecÃÃo de novos portadores da doenÃa. / Schistosomiasis is a disease caused by parasites of the genus Schistosoma, killing hundreds of thousands of people each year worldwide.. The Schistosoma has several species of clinical interest. In our country the cause of Schistosomiasis is the S. mansoni and the main reservoir host and the parasite is starting with the man that the eggs are removed in feces. The snails are the intermediate host. The main species of snails host of Schistosoma mansoni in Brazil are: Biomphalaria glabrata, Biomphalaria tenagophila and Biomphalaria straminea. The third kind in the predominant in CearÃ. The disease has presence in over 74 countries (virtually all underdeveloped). Around state 500 to 600 million people are at risk of being affected and more than 200 million are infected every year, and this is mainly due to lack of sanitation and health education. To the best prevention of this disease is to be made the diagnosis and treatment of the population to avoid targeting comes in contact with water containing snails (ponds, lakes, rivers etc). It is a disease that can develop into serious complications, possibly leading to death according to extensive fibrosis caused by the presence in liver parenchyma of the Schistosoma mansoni eggs, forming granulomas. So the main objective of this study was to develop a strategy to increase effectiveness in identifying patients positive for Schistosomiasis in areas of low endemic in the state of Ceara, using a protocol combining a technique in which antibodies (IgG - ELISA) with examinations of sequential stool. This work was followed by steps, in which the first of the 287 patients who underwent the method of Kato-Katz, 11 (3.8%) showed positive results for S. mansoni. On the other helminths are: Trichuris trichiura 25 (8.7%), A. lumbricoides 19 (6.6%) and Hookworms 15 (5.2%). For the tests, ELISA, 97 (33.8%) were positive. All patients who had eggs in the feces were positive in the serologic test. In this group are included the 11 that were positive in feces analysis (Figure 1). From patients with Elisa positive and negative Kato-Katz, only 56 handed the three samples of stool for a second analysis Of these, 14 (25%) were positive for Schistosoma mansoni. Of the 42 patients who remained negative, 22 responded in the questionnaire that had never schistosomiasis but never received treatment for the disease. Our present study was to not only determine the prevalence of the disease in the municipality, and to identify the largest possible number of infected individuals, the serological method was applied in order to accommodate the population living in those areas of risk of transmission or at risk of infection, mainly by domestic and leisure activities. In view of our results, we believe, in agreement with other authors, that using the ELISA technique combined with repeated analysis of at least 5 simples of feces, it becomes easier to diagnose patients positive for schistosomiasis, thus improving the hypothesis that probably in the near future, being able to combine parasitological and sorological in the programme for the control of schistosomiasis, an important factor for detection of new carriers of the disease.

Os objetivos desse estudo foram: 1) Padronizar a pesquisa do anti-tTg, comparando-o com o anticorpo antiendomísio (AAE) e 2) Avaliar as interações da tTg com a fibronectina. 49 celíacos e 124 controles com AAE negativo foram avaliados. O AAE foi pesquisado por imunofluorescência indireta e a reatividade contra a tTg e a fibronectina por ELISA in house e com kits comerciais. O antitTg foi positivo em 46,9% e 100% dos celíacos com o ELISA in house e com kits comerciais, respectivamente. A adição de fibronectina não melhorou a sensibilidade do ELISA. Em conclusão: a detecção do antitTg por ELISA apresenta percentual elevado de falso-positivos, não podendo substituir a pesquisa do AAE / The aims of the current study were: to standardize the detection of anti-tTg antibodies, comparing them with antiendomysial antibodies (EMA) and to assess the interaction of tTg with fibronectin. 49 celiac patients and 124 controls were enrolled. EMA was detected by indirect immunofluorescence reaction and tTg and fibronectin reactivity by in house ELISA and with commercially available kits. Seropositivity to anti-tTG was found in 46.9% and 100% of patients by the in house technique and by commercial kits, respectively. Fibronectin addition did not improve the ELISA sensibility. In conclusion, ELISA for anti-tTG detection has a high rate of false positive results and does not replace EMA

There are different conformational states of proteins characterized by different Gibbs free energy levels, manifested in folding-unfolding dynamics, for example. Recently, a set of protein states, which require relatively small amount of folding energies, emerged as subjects of intensive research, and proteins or regions characterized by the presence of these states have been termed as ‘Intrinsically Disordered Proteins’ (IDP) and ‘Intrinsically Disordered Protein Regions’ (IDPR), respectively. Predisposition for intrinsic disorder of a query protein is encoded in its amino acid sequence and composition, and can be rather accurately predicted using several intrinsic disorder algorithms. Since pathology of many human diseases can be driven by proteins characterized by high intrinsic disorder scores, research on various disease-associated proteins is often started with the analysis of their intrinsic disorder propensities. In this work, I utilized computational approaches based on the concept of intrinsic disorder to address three health-related issues. To this end, I developed a novel computational platform for disorder-based drug discovery and applied this tool for finding inhibitors of the cancer-related MBD2-NuRD complex, utilized molecular dynamic simulations to explain the effects of mutations on the functionality of the X-linked protoporphyria-related protein ALAS, and used bioinformatics tools to examine the effects ofcardiomyopathy-related mutations in cardiac troponin. Since the complex between the Methyl-CpG-binding domain protein 2 (MBD2) and the Nucleosome Remodeling Deacetylase complex (NuRD) specifically binds to the mCpG-island and blocks tumor suppressor gene expression, finding an inhibitor of this MBD2-NuRD complex is hypothesized to be important for the development of novel anti-cancer drugs. I found that the site, which is responsible for the MBD2 interaction with thetranscriptional repressor p66-α (p66α, which is a part of the NuRD complex), is characterized by a specific disorder-to-order transition pattern, this pattern showed a remarkable similarity to the disorder-to-order pattern of the Myc transcription factor binding site for the Max transcription factor. Importantly, several inhibitors of the Myc-Max interaction targeting the disorder-to-order transition site of Myc were previously described. By applying molecular docking at the disorder-to-order transition site of MBD2, two compounds were identified and further evaluated through molecular dynamics simulations. Anti-leukemia and anti-metastasis effectiveness of these compounds was demonstrated in dedicated in vitro and in vivo experiments conducted by our collaborators. In relation to the defective protein associated with the X-linked protoporphyria (XLPP), the hepta-variant of mouse erythroid 5-aminolevulinate synthase (mALAS2), previously shown to be characterized by a remarkable acceleration of the reaction rate, was investigated through molecular dynamics simulations. In this study, a loop to β-strand transition was observed, and this observation was crucial for a better understanding of the previously described rate-enhancing effects of seven simultaneous variations in the active loop site of this protein. Finally, a wide spectrum of bioinformatics tools was applied to carefully analyze a potential role of intrinsic disorder in a set of cardiomyopathy-related mutations in the components of human cardiac troponin. This analysis revealed that, in comparison with the wild type troponin, chains containing the disease-associated mutations were typically characterized by a local decrease in intrinsic disorder propensity. These mutations affected some disorder-based protein-protein interaction sites and caused remarkable rearrangements of the complex pattern of post-translational modifications. Therefore, this work illustrates that inclusion of the protein intrinsic disorder analysis into the arsenal of techniques used by the biomedical researchers represents an important and promising approach that provides novel inputs for the better understanding of protein behavior in relation to human disease at the molecular level. Techniques and methods developed and utilized in this study will significantly contribute to future biomedical research.

This thesis is addressing the issue that we are not able to fully utilize the potential of all the data that the contemporary world around us is constantly producing. The goal of this thesis is to implement a Linked Data driven web application generator that allows lay users to generate web applications from multiple RDF data sources. The application generator automatically analyzes the data sources to help the user with the generation process. Each generated application can be configured and published. The generator contains a list of different types of applications that can be generated depending on the type of input data. This list can be extended and the generator works as a framework which simplifies the process of adding support for new types of applications and new types of data. The generator is also a platform. It allows users to create accounts to manage their published applications and it also features a catalog of published applications and a repository of publicly available data sources that any user can use to generate a new application. The generator is integrated into LinkedPipes Visualization tool. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)