L'entreprise de cette recherche doctorale s'articule autour de trois axes de réflexion. Elle a, pour un temps, consisté en la redécouverte freudienne d'une intelligence de la notion de méconnaissance. Dans l’exploration des procédés fondateurs de la psyché et des mécanismes associés, cette méconnaissance apparaît en filigrane tout au long de l'oeuvre du maître de la psychanalyse et sa consistante à la fois structurelle et processuelle est supposée. La visite de l'enseignement de l'héritage de la psychiatrie classique ainsi que l'examen lacanien ont permis, par la suite, le développement du concept de méconnaissance. Il est défini à travers les empreintes corrélatives des mécanismes de reconnaissance et de l'identification, ceci afin de modéliser quatre actes psychiques fondant des méconnaissances singulières selon la prégnance de leur ancrage dans les champs de l'imaginaire et du symbolique. Le délire est alors appréhendé tel un savoir, « Ça-voir » authentique, dont l'efficience de la liaison avec une image signifiante dévoile les qualités de son expression. Un déploiement de nouvelles perspectives théoriques a été un dernier pas, avancées faisant valoir l'existence de logiques délirantes chez des patients en fonction de la particularité d’un discours psychotique, schizophrénique ou paraphrénique. L'argumentation psychopathologique a été engagée dans une intention d'ouvertures thérapeutiques sur la clinique des psychoses. / All research and works during all these years are gathered in this document based on three main phases. The first phase was to rediscosver Freud’s theory about smart concept of “méconnaissance” meaning "misconstrue" or "misrecognize”. As we have explored the foundations of the psyché and all related mechanisms, this misconstrue appears within all Freud’s work long where both structural and processual components have been evaluated. Following the heritage of classical psychiatry school, and deepening lacanien’s theories and teachings, the second step has allowed to develop and detail the “méconnaissance” concept. According to Lacan’s lessons, identification and acknowledgement are the two key drivers of this concept. To build on them, it is possible to modelize four psychic acts founded on particular “méconnaissance” depending on the close links to the fields of imaginary and symbol. So, delusion could be viewed as a kind of knowledge, a true “ça-voir”, closely connected to a significant image. Last but not least, the third phase dealt with new theoritical perspectives based on the existence of delirious logic for patients according to their specific psychosis, schizophrenia and paraphrenia talkings. Psychopathological arguments were binded in order to identify new open therapeutic areas for clinical psychosis.

Décrypter le fonctionnement des réseaux biologiques est une des missions centrales de la biologie des systèmes. En particulier, les réseaux de transduction du signal sont essentiels pour la compréhension de la réponse cellulaire à des perturbations externes ou internes. Pour faire face à la complexité de ces réseaux, des modélisations aussi bien numériques que formelles sont nécessaires. Nous proposons un cadre de modélisation formelle, dans le cadre de réseaux logiques, afin d'obtenir des prédictions robustes sur le comportement et le contrôle des voies de signalisation. Nous modélisons la réponse des réseaux logiques de signalisation par du raisonnement automatique à l'aide de Programmation par Ensembles-Réponses (Answer Set Programming, ASP). ASP fournit un langage déclaratif pour la modélisation de divers problèmes de représentation des connaissances et de raisonnement. Des solveurs permettent plusieurs modes de raisonnement pour étudier la multitude d'ensembles réponses. En s'appuyant sur la richesse du langage de modélisation et ses capacités de résolution très efficaces, nous utilisons ASP pour modéliser et résoudre trois problèmes dans le contexte des réseaux logiques de signalisation: apprentissage de réseaux booléens, calculs de plan d'expériences, et l'identification des contrôleurs. Globalement, la contribution de cette thèse est de trois ordres. Premièrement, nous introduisons un cadre formel pour la caractérisation et le raisonnement sur la réponse des réseaux logiques de signalisation. Deuxièmement, nous contribuons à une liste croissante d'applications réussies d'ASP en biologie des systèmes. Troisièmement, nous présentons un logiciel fournissant un pipeline complet de raisonnement automatisé sur la réponse des réseaux logiques de signalisation. / Deciphering the functioning of biological networks is one of the central tasks in systems biology. In particular, signal transduction networks are crucial for the understanding of the cellular response to external and internal perturbations. Importantly, in order to cope with the complexity of these networks, mathematical and computational modeling is required. We propose a computational modeling framework in order to achieve more robust discoveries in the context of logical signaling networks. More precisely, we focus on modeling the response of logical signaling networks by means of automated reasoning using Answer Set Programming (ASP). ASP provides a declarative language for modeling various knowledge representation and reasoning problems. Moreover, available ASP solvers provide several reasoning modes for assessing the multitude of answer sets. Therefore, leveraging its rich modeling language and its highly efficient solving capacities, we use ASP to address three challenging problems in the context of logical signaling networks: learning of (Boolean) logical networks, experimental design, and identification of intervention strategies. Overall, the contribution of this thesis is three-fold. Firstly, we introduce a mathematical framework for characterizing and reasoning on the response of logical signaling networks. Secondly, we contribute to a growing list of successful applications of ASP in systems biology. Thirdly, we present a software providing a complete pipeline for automated reasoning on the response of logical signaling networks.

Au cours des années, de nombreuses données ont été accumulées concernant le rôle et la régulation des facteurs de transcription MYB30 et MYB96 lors des réponses de défense de la plante Arabidopsis thaliana à l'attaque de bactéries pathogènes. Mon travail de thèse a consisté en la mise en place de méthodes de modélisation mathématique afin d'étudier l'effet de ces facteurs de transcription sur le métabolisme de la plante durant l'infection. Pour cela, j'ai développé des méthodes hybrides capables de combiner l'analyse de réseaux de régulation et du métabolisme. Ces études ont pu mettre en évidence l'importance de MYB96 qui semble réguler de nombreux gènes impliqués dans la biosynthèse d'acides gras à très longue chaîne et de leurs dérivés. / Over the years, a lot of data has been accumulated concerning the role and regulation of MYB30 and MYB96 transcription factors during the defence responses of the plant Arabidopsis thaliana in response to pathogenic bacteria. My PhD project consisted in using mathematical modelling methods to study the role of these transcription factors on plant metabolism during infection. I developed hybrid methods capable of combining analyses of regulatory and metabolic networks. These studies showed the importance of MYB96 which seems to positively regulate many genes involved in the biosynthesis of very long chain fatty acids and their derivatives.

Ce travail analyse l'internationalisation de la protection environnementale sur cinq zones humides majeures d'Albanie. De par leur géographie et leur situation sur des corridors biologiques, ces zones accueillent une importante biodiversité. Trois d'entre elles sont inscrites à la convention Ramsar. Les grandes plaines littorales d'Albanie étaient naguère très marécageuses, favorables au développement de la biodiversité, d'autant plus qu'elles étaient peu peuplées, car le peuple albanais vivait d'élevage dans les montagnes. L'arrivée des communistes au pouvoir a provoqué un bouleversement des valeurs, exaltant les vertus de ces plaines littorales délaissées. Leur assèchement et leur mise en culture provoqua la disparition des espaces-tampons et des bouleversements des équilibres physico-chimiques des eaux des zones humides, notamment de la salinité de l'eau. L'introduction d'espèces allochtones pour la pêche, les pollutions agricoles et industrielles, le colmatage de chenaux par l'afflux de sédiments liés à la mise à nu des sols, furent autant de conséquences des pratiques agraires durant le communisme. L'ouverture au monde en 1991 provoque la multiplication des acteurs sur les zones humides, et la formation de systèmes géographiques singuliers nés de ces jeux d'acteurs. Les pressions agricoles sont en recul, mais les acteurs locaux exploitent les ressources sauvages parfois sans contrôle. Les acteurs globaux jouent à la fois sur l'attrait de l'Albanie comme pays à faible taux de main-d'oeuvre et à la situation stratégique sur les chemins énergétiques. Les institutions internationales poussent à la création de zones protégées sur les wetlands afin de s'approprier les questions de biodiversité et réunir des segments cassés de corridors biologiques, que l'Etat encourage comme autant de manières d'avancer ses pions sur l'échiquier diplomatique. [etc.] / This paper analyzes the internationalization of environmental protection on five major wetlands of Albania. By geography and location of biological corridors, these areas are hot spot of biodiversity. Three of them are listed on the Ramsar convention. Large coastal plains of Albania were once very swampy, favorable to the development of biodiversity, especially as they were sparsely populated, because the Albanian people living in the mountains. The Communists came to power led to a shift in values, extolling the virtues of these coastal plains neglected. Their drying and cultivation led to the disappearance of buffer spaces and changes of physico-chemical equilibria of water from wetlands, including the salinity of the water. The introduction of species for fishing, agricultural and industrial pollution, clogging of channels by the influx of sediments related to the exposure of the soil, were all consequences of agricultural practices during communism. The openenig of Albania in 1991 caused the multiplication of actors on Wetlands, and the formation of unique geographic systems born of these games players. Agricultural pressures are declining, but local actors exploit wild resources sometimes without control. Global players play on both the attractiveness of Albania as a country with low rates of labor and strategic location on energy paths. International institutions to push the creation of protected wetlands to the appropriate biodiversity issues and gather broken segments of biological corridors, areas that the state encourages as many ways to advance his pawns on the diplomatic chessboard. These strategies built on a nested territory form a particular geography that we map in the last part. They determine the axes, areas and points of national or local comprehensive, and strategic value political, economic or environmental. [etc.]

L'utilisation omniprésente des systèmes informatiques impose de s'assurer de leur bon fonctionnement. Dans ce but, les méthodes de vérification formelle permettent de suppléer les simulations qui ne peuvent être complètement exhaustives du fait de la complexité croissante des systèmes. Le model checking fait partie de ces méthodes et présente l'avantage d'être complètement automatisée. Cette méthode consiste à développer des algorithmes pour vérifier qu'une spécification exprimée la plupart du temps sous la forme d'une formule logique est satisfaite par un modèle du système. Les langages historiques de spécification utilisent comme formules atomiques des variables propositionnelles qui permettent d'exprimer principalement des propriétés portant sur les états de contrôle du modèle. Le but de cette thèse est de vérifier des propriétés plus riches portant sur diverses données manipulées par les modèles: des compteurs, des horloges ou des queues. Ces données peuvent prendre une infinité de valeurs et induisent donc des modèles avec un nombre infini d'états. Nous définissons un cadre général pour l'extension des logiques temporelles avec des contraintes permettant de comparer la valeur des variables a différents états de l'exécution. Nous établissons des résultats de décidabilité et complexité pour des problèmes de model checking impliquant diverses instances de ces extensions. Nous privilégions pour cela l'approche à base d'automates en combinant des constructions connues pour les logiques propositionnelles classiques avec des méthodes d'abstraction des modèles dont les variables sont interprétées dans des domaines infinis.

Cette thèse se divise en trois parties. Dans l'introduction, nous rappelons d'abord les problèmes et les motivations philosophiques a l'origine de l'étude des logiques polyvalentes. Nous élaborons une methode qui permet d'obtenir mécaniquement a partir de la définition matricielle d'une logique, des règles d'inférence pour les connecteurs propositionnels d'un calcul des tableaux. Un traitement similaire est fait pour les règles d'inférence pour les quantificateurs. Le raffinement étudie alors est une skolemisation paresseuse. Elle permet l'utilisation de l'unification pour calculer les instances utiles a la construction d'un tableau ferme. Une implémentation dans atinf les concrétise. Nous proposons les logiques polyvalentes avec égalité graduelle, un calcul par resolution-paramodulation ordonnées. La première partie finit par une extension qui consiste a munir les valeurs de vérité de structures de treillis ou de treillis bi-dimensionnels. Au traitement systématique des logiques finies suit une étude de deux cas typiques de logiques polyvalentes infinies du premier ordre une étude systématique étant théoriquement impossible : les logiques de post et de Ukasiewicz. Le lien entre les logiques de Horn et les logiques de post est utilise, pour proposer une automatisation des logiques de post basée sur une sémantique des mondes possibles. A partir de cette sémantique nous définissons un calcul des tableaux préfixes. Afin d'augmenter l'efficacité, des contraintes, résolues en temps polynomial sur les préfixes sont introduites. Chaque développement inclut une étude bibliographique très documentée du domaine de la logique mathématique, de l'intelligence artificielle et de la déduction automatique

Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons au problème général de la gestion et de la découverte de compétences dans des environnements hétérogènes. Nous avons étendu un langage de Logique de Description pour permettre la description et la gestion de compétences. Nos principaux apports sont :<br />1. définition d'un langage de la description de compétences ALNr+ , fondé sur les logiques de description, pour supporter de la gestion de compétence et les services d'inférence associés;<br />2. définition d'un algorithme de recherche de compétences dont la caractéristique est, en cas d'échec dans la recherche d'une réponse « exacte », d'essayer de déterminer des réponses composées, i.e. de trouver des individus dont la complémentarité des compétences satisfait la recherche ; <br />3. conception d'un système de médiation fédéré pour la validation expérimentale de nos propositions. Ce système a la particularité de prendre en compte les situations où les représentations des compétences sont distribuées et homogènes (i.e. les descriptions des capacités sont exprimés dans un langage de description unique) aussi bien qu'hétérogènes (i.e. les descriptions des capacités sont exprimés dans des langages de description différents).

L'approche proposée traduit l'imperfection potentielle des règles en transposant, dans le domaine informatique, le concept de tolérance, classique en ingénierie. Elle s'articule autour d'un prédicat de tolérance qui permet de décider si une instance non conforme est une exception ou une erreur et d'un comportement exceptionnel du système qui assure l'intégration de l'exception et sa gestion ultérieure

Étude de méthodes de spécification et vérification des protocoles de communication. La méthode de vérification mise en œuvre consiste a évaluer les spécifications du protocole sur un modèle fini qui le représente. Le langage de spécification est basé sur un mu calcul permettant l'expression aussi bien de comportements que de propriétés

Cette thèse se place dans le cadre de la vérification automatique des systèmes distribués. Elle aborde le problème de la spécification pour de tels systèmes, qui consiste à définir un formalisme logique pour décrire des propriétés des comportements de systèmes. On en attend qu'il soit facile d'exprimer les propriétés courantes (accessibilité, sûreté, exclusion mutuelle, vivacité, etc.). On souhaite par ailleurs que la vérification de ces propriétés soient aisée. Il s'agit donc de trouver un compromis entre pouvoir d'expression et simplicité d'utilisation.<br /><br />On s'intéresse ensuite à la modélisation des systèmes concurrents, en recherchant à nouveau un compromis entre réalisme des modèles et facilité de vérification. Les modèles étudiés dans ce travail sont les automates asynchrones, qui modélisent des processus concurrents communiquant par mémoire partagée.<br /><br />La thèse s'intéresse enfin au problème de la synthèse de contrôleur. Étant donné un système spécifié de façon incomplète, donc non-déterministe, en interaction avec un environnement, il s'agit de calculer de manière automatique comment restreindre son comportement afin qu'il vérifie une spécification donnée (quelles que soient les actions de l'environnement). Ce problème se formule en<br />termes de jeux. Dans le cas distribué, les jeux ont naturellement plusieurs joueurs. Dans ce cadre, la plupart des résultats sont négatifs : il est indécidable de savoir si on peut ou non contrôler un tel système. Cette thèse prouve que certaines propriétés de l'architecture de communication garantissent décidabilité pour toute spécification régulière.