Shigella est une bactérie pathogène à Gram-négatif qui cause la shigellose ou dysenterie bacillaire. Cette maladie est une cause importante de morbidité chez les jeunes enfants et les adultes dans les pays en développement, avec presqu’un million de morts par an. Jusqu'à ce jour, aucun vaccin efficace contre Shigella n’est disponible et la prévalence croissante de souches multirésistantes fait de Shigella une menace importante en termes de santé publique. La virulence de Shigella est médiée par la sécrétion d'un arsenal de protéines (effecteurs) capables d'interférer avec diverses voies de signalisations de la cellule hôte. La sécrétion de effecteurs dépend d'un système de sécrétion de type 3 (SST3), véritable aiguille moléculaire assemblée à la surface bactérienne permettant l’injection les protéines de virulence dans le cytoplasme de la cellule hôte. Le SST3 est assemblé à 37 °C et est composé de trois parties distinctes: i) un bulbe cytoplasmique, ii) un corps basal et ii) une aiguille extracellulaire. Cette dernière est constituée de l’assemblage d’une centaine de copies de la protéine MxiH pour la partie extracellulaire et de plusieurs copies de la protéine MxiI pour la partie périplasmique. Avant le contact cellulaire, le SST3 est maintenu dans un état "OFF" d’une part, par un complexe de protéines (IpaD et IpaB) localisé au sommet de l’aiguille et, d’autre part par une protéine (MxiC) probablement située à la base du SST3 via son interaction avec MxiI. Suite au contact cellulaire, le SST3 est activé et permet la sécrétion d’IpaC, protéine hydrophobe formant, avec IpaB, un pore dans la membrane de la cellule hôte pour permettre la translocation des effecteurs. Suite à la détection du contact cellulaire par le complexe d’extrémité (IpaB et IpaD), un signal est transmit jusqu’à la base de l’aiguille afin d’activer la sécrétion de MxiC et finalement celle des effecteurs. Des études mutationnelles ont montré que la transmission du signal d'activation du haut vers la base de l’aiguille implique les sous-unités de l’aiguille MxiH et MxiI. Ce signal permet la dissociation de MxiC et MxiI et donc la libération des effecteurs. Dans ce travail, nous avons caractérisé le rôle de MxiI dans la transmission du signal d'activation de la sécrétion via une série de mutations dirigées et aléatoires et déterminé le domaine responsable de son interaction avec MxiC. D'autre part, nous avons mis en évidence un lien entre la sécrétion de MxiC par le SST3 et celle d'un effecteur, IcsB. IcsB nécessite une protéine chaperon, IpgA, pour sa stabilité et sa sécrétion. Une fois sécrétée, elle joue différentes fonctions dans la cellule hôte et notamment, permet l’échappement de Shigella à l’autophagie. Dans ce travail, nous avons montré que IcsB est capable de lier le cholestérol et que cette liaison est nécessaire pour l’échappement de de la bactérie à l’autophagie. Nous avons montré, en utilisant des approches biochimiques, qu’IcsB pourrait avoir une activité de type cystéine protéase via une diade catalytique conservée (C306 et H145). Nous avons identifié de nouveaux partenaires d'interaction d’IcsB, tels que OspB et VirA, ce qui pourrait permettre de mieux comprendre la fonction d’IcsB dans la cellule. En conclusion, ce travail a permis de mieux comprendre le mécanisme d'activation du SS T3 ainsi que la fonction de l'effecteur IcsB dans la virulence de Shigella. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Ces dernières années, les avancées technologiques ont révélé qu’une majeure partie de notre génome est transcrit en ARNs non codants, qui sont impliqués dans de nombreuses pathologies. Dès lors, nous avons voulu, lors de cette thèse, mieux comprendre le rôle des ARNs non codants dans le cancer du sein.Dans un premier temps, nous avons étudié les micros ARNs non codants (miRs) dans un modèle cellulaire de cancer mammaire. Nous avons identifié deux miRs qui sont exprimés dans les lignées mammaires normales, mais pas dans les lignées cancéreuses. La surexpression de miR-137 entraine une diminution de la prolifération et de la migration des cellules cancéreuses. De plus, nous avons identifié que miR-137 cible directement la protéine histone déméthylase KDM5B et diminue son expression génique et protéique. Ensuite, nous avons cherché si d’autres histones déméthylases de la famille KDM5 pouvaient être régulées par les miRs. Nous avons découvert que KDM5C, qui est surexprimée dans les lignées mammaires cancéreuses, est une cible directe de miR-138. La surexpression de miR-138 dans les lignées tumorales diminue l’expression de KDM5C et entraine une chute de la prolifération cellulaire. Globalement, ces résultats révèlent que les miRs peuvent réguler les protéines épigénétiques KDM5 et contrôler la prolifération cellulaire.La deuxième partie de cette thèse est consacrée à un nouveau sujet de recherche pour la communauté scientifique :l’étude des longs ARNs non codants (lncRNAs). Des études pionnières révèlent que quelques lncRNAs sont impliqués dans les cancers du sein. Des milliers de lncRNAs existent, mais très peu ont été caractérisés. Dès lors, nous avons décidé d’évaluer globalement leur profil d’expression dans une large cohorte de cancers du sein. Nous avons identifié 215 lncRNAs dérégulés dans les tumeurs. Nos résultats révèlent que l’expression des lncRNAs permet de classer les cancers du sein en différents sous-types. Des analyses bioinformatiques ont permis de prédire leurs fonctions et leurs implications dans différentes voies moléculaires clés du cancer du sein telles que les voies PI3K/AKT/mTOR et MAPK. Nous avons également découvert que 210 lncRNAs sont des marqueurs pronostics indépendants du risque de rechute. Enfin, nous avons choisi deux lncRNAs que nous avons étudiés expérimentalement. Nous avons montré que lnc-KIN-2 contrôle la prolifération cellulaire en régulant l’expression des gènes GATA3 et ESR1. Ensuite, nous avons découvert que CYTOR, un lncRNA surexprimé dans les tumeurs mammaires, régule des gènes de la voie EGFR/mTOR et est requis pour la prolifération et la migration cellulaire ainsi que pour le maintien du cytosquelette et de la morphologie normale de la cellule.En démontrant l’importance biologique des ARNs non codants dans le développement des tumeurs mammaires, ces résultats laissent entrevoir la mise en lumière de nouveaux mécanismes par lesquels ces ARNs particuliers, qui ne codent pas des protéines, contribuent au processus de cancérogénèse et pourraient devenir des nouvelles cibles thérapeutiques. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Par ce travail, nous avons voulu mieux cerner les paramètres cinématiques d’une manipulation cervicale, mais également les confronter au ressenti subjectif des sujets qui en ont bénéficié.Pour situer le contexte, nous avons débuté en relatant les données de la littérature quant à la définition, aux indications, à l’efficacité, aux risques, à la cinématique des manipulations vertébrales et à la place de cette technique dans le modèle bio-psycho-social des soins de santé.Nous avons réalisé un ensemble d’études aux Laboratoires d’Anatomie, de Biomécanique et d’Organogénèse (LABO) et d’Anatomie Fonctionnelle (LAF) de l’ULB. Elles portaient, d’une part, sur l’évaluation de la cinématique de la manipulation cervicale et ses répercussions sur le ressenti subjectif des individus en bénéficiant et, d’autre part, sur l’étude de l’axe hélicoïdal au moment de l’impulsion ainsi que l’analyse des effets de la manipulation sur l’amplitude active et l’erreur de repositionnement céphalique d’individus asymptomatiques.Au vu de nos résultats et de ceux de la littérature, une influence majeure du type de technique sur les paramètres cinématiques de la manipulation cervicale existe.Nous avons pu mettre en évidence que les amplitudes, vitesses et accélérations utilisées lors des manipulations cervicales HVBA sont liées à la technique évaluée et dépendent largement du praticien et de son expérience.De manière générale, nos résultats étaient en accord avec la littérature, avec des amplitudes de rotation axiale faibles. Ces résultats peuvent être liés au fait que certains praticiens étaient familiarisés à l’usage de la technique à composantes multiples.Notre évaluation de l’expérience subjective des individus a fait ressortir deux dimensions que nous avons appelées :facteur 1 et facteur 2. Le premier traduirait l’aspect technique de la manipulation, le second celui, plus personnel, de ressenti du relâchement.Il existe des liens clairs entre l’expérience subjective des individus (ESI) et les paramètres cinématiques de la manipulation. Il en va de même entre l’ESI et la présence d’une cavitation. Les manipulations avec cavitation étaient ressenties comme plus amples, plus rapides et réalisées à l’aide d’une prise plus ferme ainsi qu’une manœuvre plus précise.Les praticiens jouissant d’une plus longue expérience ont obtenu de meilleurs scores pour les items en relation avec les aspects techniques de la manipulation.Le recours à l’axe hélicoïdal a démontré un intérêt indéniable dans l’analyse de la cinématique de la phase d’impulsion de la manipulation cervicale et son orientation a fait preuve d’une grande variabilité selon les individus manipulés.La mobilité active de nos sujets asymptomatiques n’a pas été modifiée suite aux manipulations pratiquées.La poursuite de la recherche d’une meilleure compréhension de la manipulation cervicale HVBA, la connaissance et la reconnaissance des facteurs de risque et contrindications, associées à un enseignement de qualité et une pratique régulière (quotidienne) sont, à notre avis, les garants d’un usage optimal de cet outil thérapeutique. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le striatum est composé principalement de neurones épineux de taille moyenne, subdivisés en neurones striatopallidaux et striatonigraux en fonction de leurs projections et de leur expression en récepteurs et neuropeptides. Ces deux populations neuronales sont respectivement à l’origine des voies indirecte (ou inhibitrice) et directe (ou activatrice) des noyaux de la base, présentant des effets opposés à la fois au niveau moteur et motivationnel. Ces deux voies sont également différemment affectées dans différentes pathologies des noyaux de la base, telles que les maladies de Huntington et de Parkinson et les addictions. Les mécanismes moléculaires et cellulaires de régulation des neurones STP et STN ne sont cependant pas encore pleinement compris. Dès lors, l’identification et l’étude de la fonction de gènes spécifiques de l’une ou l’autre de ces sous-populations pourraient constituer une étape importante vers une meilleure compréhension de leur fonctionnement. Dans cette optique, notre laboratoire a précédemment réalisé une étude comparative des profils d’expression de chacune des sous-populations striatales par microarray. Parmi les gènes potentiellement inégalement exprimés dans les neurones STP et STN, nous avons identifié GPRIN3, un membre de la famille G Protein-Regulated Inducer of Neurite outgrowth (GPRIN), comme étant une cible intéressante. Cette famille, bien qu’encore très peu caractérisée, interagit en effet avec les sous-unités Gαi/o des protéines G et joue par conséquent un rôle régulateur sur la fonction et la voie de signalisation de certains GPCRs, tels que le récepteur μ opioïde. De plus, contrairement aux autres membres de la famille GPRIN, nos résultats de microarray suggèrent également un niveau d’expression élevé de GPRIN3 dans les neurones striataux chez l’adulte. Etant donné le rôle crucial des GPCRs au niveau du striatum et plus particulièrement dans le comportement différentiel des neurones STP et STN, GPRIN3 pourrait dès lors constituer un élément important dans le fonctionnement des neurones striataux. Ce travail s'est par conséquent axé sur l’élucidation du rôle de GPRIN3 dans les fonctions striatales. Dans ce but, nous avons dans un premier temps établi le profil d'expression de GPRIN3 chez la souris, au niveau du cerveau adulte et lors de l'embryogénèse. Ceci nous a permis de confirmer, chez l'adulte, l'expression majoritairement striatale de GPRIN3, et l'expression préférentielle dans les neurones STP. Nous avons également généré différents vecteurs d'expression de la protéine GPRIN3 et établi sa localisation subcellulaire en lignée HEK293T. La génération et la caractérisation d'un modèle d'invalidation constitutive ainsi que d'un modèle de répression par interférence ARN ont par la suite mis en évidence une implication, directe ou indirecte, de GPRIN3 dans la régulation fine de la signalisation du D2R. En effet, nous avons montré une modification des comportements liés à la motivation et à la réponse à la cocaïne ainsi qu’une altération de l’état de phosphorylation de DARPP32 et de la réponse à l’halopéridol dans le modèle d’invalidation constitutive. De plus, la réponse au quinpirole est également modifiée dans les deux modèles testés. Pris dans leur ensemble, ces résultats suggèrent dès lors une altération de la voie de signalisation du D2R en l’absence de GPRIN3 fonctionnel. En outre, les neurones STP dépourvus de GPRIN3 fonctionnel présentent des modifications de leur morphologie et de leurs propriétés électrophysiologiques. En conclusion, ce travail de thèse a permis d’apporter les premières pistes quant à la fonction de GPRIN3, une protéine totalement méconnue, dans le striatum, de par la création de modèles d’invalidation constitutive et de répression Cre-dépendante de cette protéine. Divers outils moléculaires ont également été générés et pourront être utilisés dans la suite de la caractérisation des fonctions de GPRIN3. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

The objectives of my PhD were to identify the spatial and the temporal dynamics of the brain areas involved in tactile change detection as well as the neural mechanisms responsible for the processing of tactile change detection. To that aim, three specific MEG studies were performed; each of them is addressing specific research aims.The first study investigated the spatiotemporal dynamics of the multilevel cortical processing of tactile change detection in human healthy subjects. This study disclosed a hierarchical organization from unimodal early tactile change detection at secondary somatosensory cortex to multi modal complex processing at bilateral temporo-parietal junctions, posterior parietal cortex and supplementary motor areas. The second study aimed at discriminating between debated neural mechanisms responsible for the genesis of the somatosensory mismatch negativity (sMMN). To do so, we manipulated the predictability of the deviant stimuli and the response to omissions in different kind of oddballs, the response to deviant stimuli paired with standards and occurring alone. We found out that mechanisms for early tactile change detection reflected by the sMMN were better explained by the predictive coding theory compared to the adaptation and adjustment theories. Finally we sought to characterize the alterations in early cortical tactile change detection in Friedreich Ataxia (FRDA); a neurological disorder characterized by somatosensory and cerebellar pathways degeneration. The aim of this work was to study the role of the cerebellum in the genesis of sMMN and its potential selectivity for somatosensory change detection compared to auditory. This study demonstrated that, in FRDA, both tactile and auditory pathways are affected at the level of primary sensory neurons and dorsal root/spiral ganglia in a genetically determined. By contrasts, early cortical sensory change detection in FRDA was impaired only in the tactile modality in line with the sMMN impairment described in patients with acquired cerebellar lesions or during cerebellar inhibition by trans cranial magnetic stimulation. These data brought novel empirical evidence supporting the contribution of spinocerebellar tracts in sMMN genesis at cSII cortex.In conclusion, this PhD contributed to identify the network responsible for tactile change detection that involves cuneocerebellar spinocerebellar tract and cSII cortex as somatosensory specific areas and TPJ, SMA & PPC as multimodal brain areas. We further provided evidence that early change detection mechanisms at SII cortex fall under the predictive coding framework and that change detection is hierarchically organized with inputs from low level areas for genesis of an adequate generative model of our environment and conscious representation of our body. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Ce travail décrit les performances d’un système d’analyse par injection dans un flux (FIA) qui comprend en bout de ligne une mini-cellule de détection de type « générateur-détecteur électrochimique (ECD) ». Cette mini-cellule, compacte et originale, a été développée au sein du laboratoire de Chimie analytique instrumentale et Bioélectrochimie. Plusieurs dispositifs en flux intégrant un « générateur » et un détecteur ampérométrique ont été évalués. Le composé à analyser subit dans la mini-cellule de détection une transformation au contact d’un générateur et le produit formé est détecté in situ. L’espèce produite au niveau du générateur, soit par voie enzymatique dans un réacteur avec une enzyme immobilisée (IMER), soit par voie électrochimique, doit être électroactive afin de pouvoir être détectée. La détection s’opère in situ, en aval, grâce à une électrode positionnée au proche contact du générateur. Cette thèse contribue au développement de méthodes analytiques simples et rapides utiles dans le domaine de la santé. Il démontre la versatilité de la technique FIA, avec ou sans immobilisation d’un biocomposé, pour l’étude de molécules pharmacologiquement actives.La première partie du travail est consacrée au criblage de molécules inhibitrices thérapeutiques. Dans ce contexte un nouveau dispositif FIA comprenant un IMER et une détection ampérométrique a été développé. L’IMER est constitué d’une enzyme immobilisée de manière covalente sur un disque d’or qui est positionné en amont de l’électrode de mesure. Deux systèmes enzymatiques ont été étudiés :(i) l’acétylcholinestérase (AChE) avec détection du produit enzymatique sur une électrode d’argent et, (ii) la tyrosinase (TYR) avec une détection du produit formé sur une électrode de carbone vitreux (GCE). L’AChE est une enzyme cible pour l’étude d’inhibiteurs d’intérêt dans le traitement de la maladie d’Alzheimer (MA), tandis que les inhibiteurs de la TYR sont utilisés pour le traitement de l’hyperpigmentation de la peau. Ces systèmes enzymatiques permettent non seulement de déterminer la force d’inhibition (IC50), mais aussi la cinétique de réactivation de l’enzyme après inhibition, ainsi que le mécanisme d’inhibition des inhibiteurs étudiés. Ces paramètres sont essentiels pour la recherche in vitro de nouvelles molécules inhibitrices prometteuses.La deuxième partie du travail est consacrée au développement d’un dispositif en mode FIA comprenant de manière intégrée un générateur électrochimique et un détecteur ampérométrique. Ce concept a été appliqué au dosage d’un additif alimentaire potentiellement à risque pour l’homme :l’éthoxyquine (EQ). Des résultats préliminaires par voltampérométrie cyclique (VC) et par microélectrolyse « off-line », suivie d’une chromatographie liquide (LC) couplée à la spectrométrie de masse (MS), ont permis de mettre en évidence la formation de l’éthoxyquine quinone imine (EQI) comme un des produits d’oxydation de l’EQ. Nous avons démontré la forte réactivité de l’EQI vis-à-vis de molécules biologiques à fonction thiol. Sur base de ces résultats, le dosage de l’EQ a été réalisé par FIA avec un support d’électrodes sérigraphiées doubles. Le potentiel de la première électrode a été sélectionné pour générer par voie électrochimique l’EQI qui est ensuite détectée par ampérométrie et de manière sélective au niveau de la seconde électrode. Ce dispositif a été appliqué avec succès au dosage de l’EQ dans du saumon alimentaire, avec une limite de détection (LOD) de 8,2 mg/kg de saumon. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Pharmacie) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La sélection universitaire dans l’accès aux professions médicales, par son dispositif de numerus clausus et ses Épreuves nationales classantes (ECN) sont aujourd’hui au cœur de bien des débats, de bien des phantasmes. Système unique dans l’enseignement supérieur français, cette sélection se justifie essentiellement pour des raisons économiques, l’Etat ne pouvant se permettre de former un trop grand nombre de praticien chaque année. Problème, l’impact grandissant des déserts médicaux contraint un Etat qui reste soumis et confronté à son obligation constitutionnelle d’offre et de qualité de soin. Face à cette impasse, et pour répondre à la demande des étudiants déçus par leur PACES, de nombreuses initiatives privées étrangères ont vu le jour et proposent une formation médicale alternative. Protégés par les grands principes du droit de l’Union européenne, ces établissements, qu’ils soient roumains ou portugais, sont vivement critiqués par les principaux syndicats de professionnel de santé, inquiets par les proportions que prend le phénomène. Si ces derniers sont actuellement soutenus par les pouvoirs publics, peut-on, pour répondre à la demande de soin grandissante dans l’hexagone, se permettre d’écarter ce type de contournement ? / University selection in access to the medical professions, through its numerus clausus system and its Classifying national tests (ECN), are at the heart of many debates and fantasies. Unique system in French higher education, this selection is justified mainly for economic reasons since the state can not afford to train too many practitioners each year. Problem, the growing impact of medical deserts compels a state that remains subject and confronted with its constitutional obligation to offer and quality care. Faced with this impasse, and to meet the demands of students who have been disappointed by their PACES program, many foreign private initiatives have emerged and offer alternative medical training. Protected by the main principles of European Union law, these establishments, whether Romanian or Portuguese, are strongly criticized by the main trade unions of health professionals, worried by the proportions that the phenomenon takes. If the latter are currently supported by the public authorities, can we, in order to meet the growing demand for care in France, avoid such circumvention?

The corpus of reference genomes is rapidly expanding as more and more genome assemblies are released for a wide variety of species. The constant progress in sequencing technologies has led to the release in 2021 of a first complete, telomere-to-telomere, gap-less assembly of a human genome, yet a myriad of eukaryote species still lack genomic resources. For animals, genomic projects have focused on species closely related to humans (vertebrates) and those with an impact on health and agriculture. By contrast, there is still a dearth of non-vertebrate genomes that poorly represents their tremendous diversity (about 95% of animal diversity).Haploid chromosome-level genome assemblies using long reads and chromosome conformation capture (such as Hi-C) have become a standard in recent publications. To provide a haploid representation of diploid and polyploid genomes, assemblers collapse haplotypes into a single sequence, yet they are sensitive to high levels of heterozygosity and often yield fragmented assemblies with artefactual duplications. I tackled these shortcomings with two strategies: improving collapsed assemblies with a comprehensive long-read assembly methodology tuned for highly heterozygous genomes; and separating haplotypes to obtain phased assemblies using long reads and Hi-C. The assemblies were finally brought to chromosome-level scaffolds with a new Hi-C scaffolder, which demonstrated its efficiency on genomes of non-model organisms.These methods were applied to generate chromosome-level assemblies of three species for which none or few assemblies of closely related species were available: the bdelloid rotifer Adineta vaga, the coral Astrangia poculata, and the chaetognath Flaccisagitta enflata. These high-quality assemblies contribute to filling the current gaps in non-vertebrate genomics and pave the way for future sequencing initiatives aiming to generate such reference assemblies for all the species on Earth. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La brucellose est infection causée par les bactéries du genre Brucella. Cette maladie est répandueà travers le monde entier chez les mammifères et est transmissible aux humains. Causant notammentstérilité, avortement et destruction des articulations, la brucellose représente un risque sanitaire majeur.La chronicité et la récurrence de cette infection provoquent une morbidité importante chez l'hommemalgré des traitements antibiotiques longs et coûteux. Actuellement, les vaccins disponibles ne sont pasconsidérés comme sûrs et efficaces. Le confinement de la maladie repose en partie sur l'identification etl’élimination des troupeaux infectés. La brucellose représente toujours d'énormes pertes économiquespour les pays où la maladie est endémique. Le développement rationnel d'un vaccin atténué efficace etsûr contre les infections à Brucella nécessite l'identification des gènes de virulence indispensables à laréplication in vivo de la bactérie.Dans un modèle d'infection intranasale bien caractérisé chez la souris imitant l'infection naturellepar voie aérienne, nous avons décrit la dynamique de l'infection. En utilisant un marqueur fluorescent,nous sommes en mesure de surveiller la multiplication bactérienne in situ et de déterminer les différentesphases de l'infection. Lors d'une infection intranasale, les macrophages alvéolaires (MA) sont le principaltype cellulaire infecté mais seule une petite proportion de la MA infectée (5 à 15%) est permissive àl'infection. Les bactéries entrant dans la réplication au cours des premières 24 heures sont massivementéliminées, mais cette importante pression sélective peut être partiellement levée par des déficitsimmunitaires génétiques par exemple pour la signalisation de l’IL-17 (réponse immunitaire de type TH17)ou même par une altération de la réponse immunitaire en induisant un phénotype asthmatique (réponseimmunitaire de type TH2).Une identification approfondie de tous les gènes essentiels nécessaires à la croissance sur desmilieux riches ou des gènes conditionnellement nécessaires à la survie lors d'une infection in vitro(macrophages RAW murins) ou in vivo (souris) a été effectuée à différents moments clés précoces du cycleinfectieux en utilisant la technique du séquençage des transposons (Tn-Seq). Sur les 3140 gènes de B.melitensis, 643 sont requis pour la croissance extracellulaire sur des milieux riches. 179 gènessupplémentaires sont indispensables à la survie dans les poumons de la souris jusqu'à 5 jours aprèsl'infection. Seule la moitié de ces gènes peuvent être identifiés à l'aide du modèle in vitro standard,illustrant la limitation d'une telle approche in vitro pour identifier les exigences d'adaptation àl'environnement hôte. L'application de l'analyse en cluster montre que la plupart de ces gènes identifiéspeuvent être recadrés en voies complètes ou impliqués dans des fonctions liées. La synthèse deslipopolysaccharides, la synthèse de certains acides aminés, la B oxydation des acides gras et la cytochromeC oxydase seraient particulièrement importantes face à l'environnement hôte. Nous avons maintenantune idée plus claire des exigences minimales pour que la bactérie infecte avec succès son hôte. Enappliquant cette approche en cas d’immunodéficience pour la signalisation de l’IL-17 ou en conditionasthmatique, nous savons maintenant que l'essentialité de certains gènes peut être levée à savoir lasynthèse du core et de la chaîne O du lipopolysaccharide et la B oxydation des acides gras respectivement.La délétion génétique de certains gènes sélectionnés (10) candidats valide les résultats de nos analysesTn-Seq. Ces analyses comparatives ont le potentiel d'identifier des souches de mutants atténués quipourraient déclencher une immunité protectrice sans la capacité de se propager ou de devenir chroniqueou d'être entièrement virulente même chez des animaux avec une immunité compromise. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

CD8+ T cells are essential for host protection against intracellular pathogens and tumors. During antigen-driven responses, CD8+ T cell fate is governed by transcriptional and epigenetic processes that allow naïve CD8+ T cells to develop into a wide range of effector and conventional memory cell subsets. Over the last decades, novel techniques and major efforts led to a better understanding of the origin, nature, and short- and long-term effects of these processes on individual CD8+ T cells. Under certain conditions, naïve CD8+ T cells can acquire memory phenotype and functions in an antigen-independent manner. Although homeostatic cytokines and initial activation pathways that drive the development of these unconventional memory cells had been identified, the ensuing transcriptional profile of these cells and their degree of similarity with conventional memory cells remained ill-defined. The epigenetic events that accompany unconventional memory formation were also not known.Here, we show that innate memory cells, a type of thymic unconventional memory cells, are transcriptionally close to conventional memory cells but only partially epigenetically programmed toward the full memory fate. We also show that the sole overexpression of the transcription factor Eomesodermin (EOMES), a master regulator of effector and conventional memory cells, is able to drive many of the phenotypical, functional, transcriptional, and epigenetic features of innate memory cells, and to induce the recruitment of BRG1, a member of chromatin remodeling complexes, to innate memory gene regulatory regions. We further show that the in vivo interleukine-4-dependent development of innate memory cells is largely dependent on BRG1. We bring to light that, in innate memory cells, EOMES is recruited in many instances to genomic regions previously bound by the transcription factor RUNX3. Overall, we provide insights into the mechanisms that allow memory cell formation and T cell receptor stimulation to be uncoupled. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished