Le cancer de l’œsophage est un cancer particulièrement agressif, avec 450 000 nouveaux cas par an dans le monde. Malgré les récentes innovations thérapeutiques en oncologie, la radiochimiothérapie reste le traitement standard dans ce cancer. Ce traitement lourd est pourtant peu efficace, puisque la survie des patients 5 ans après le diagnostic atteint seulement 20%. Une meilleure connaissance des mécanismes moléculaires ainsi que de nouveaux marqueurs pronostics sont nécessaires afin de réaliser une avancée significative dans la compréhension du cancer de l’œsophage. L’objectif de ce travail concerne l’investigation de nouveaux paramètres pronostiques, macro- ou microenvironnementaux.Dans ce cadre, nous avons investigué l’impact de la composition corporelle et, plus particulièrement, de la qualité du tissu adipeux des patients sur leur survie générale. Les patients souffrant d’un cancer de l’œsophage présentent en général un statut nutritionnel complexe :l’obésité est un facteur de risque de développement d’un adénocarcinome de l’œsophage, tandis que les carcinomes épidermoïdes se développent fréquemment chez des patients malnutris. Nous avons montré que l’atténuation du tissu graisseux au CT-scan a un impact pronostique important. Spécifiquement, une faible densité de la graisse sous-cutanée et viscérale sont des facteurs pronostiques bénéfiques majeurs. Des résultats similaires ont été publiés pour d’autres cancers digestifs, notamment par notre équipe pour le cancer colorectal métastatique. Cependant, les mécanismes biologiques sous-tendant les variations de densité de ces tissus graisseux restent encore incertains. Un tissu graisseux de haute densité refléterait des adipocytes beiges, pauvres en triglycérides et métaboliquement plus actifs. Alors que des phénomènes extrinsèques à la tumeur pourraient amorcer ce phénomène, les facteurs sécrétés par la tumeur pourraient empirer ce processus et impacter l’état de santé général du patient. Nos résultats suggèrent que les traitements pourraient également aggraver ce mécanisme. L’analyse d’échantillons sanguins et de biopsies graisseuses de patients souffrant de cancers gastro-intestinaux nous permettra de dévoiler des marqueurs associés à la variation de densité graisseuse et de faire la lumière sur les mécanismes biologiques impliqués.Depuis quelques années, les motifs histopathologiques de croissance tumorale ont été l’objet de plusieurs études. Associés aux mutations génétiques de la tumeur mais aussi à son microenvironnement, ces motifs de croissance constituent le reflet de processus oncogéniques complexes. Nous avons d’abord exploré l’impact pronostique des motifs histopathologiques de croissance tumorale œsophagienne sur deux cohortes de patients. Nous avons confirmé l’impact pronostique négatif des tumeurs infiltrantes par rapport aux tumeurs expansives. Les tumeurs infiltrantes étaient également plus fréquemment associées à un Stade T et N plus avancés, ainsi qu’à la présence d’emboles lymphovasculaires et d’infiltrations péri-nerveuses. Nous avons ensuite exploré les voies de signalisation classiquement dérégulées dans la carcinogenèse sur la cohorte composée de données publiques ;ces analyses nous ont permis d’identifier l’angiogenèse, la transition épithélio-mésenchymateuse et l’inflammation comme étant surexprimées dans les tumeurs infiltrantes. Nous avons pu identifier OLR1, SFRP4 et CXCL9 comme étant trois gènes intéressants à investiguer pour chacune de ces voies, respectivement.Ces résultats n’ont pas été confirmés par qPCR dans la cohorte de validation. La qualité de l’ARN et le traitement pré- opératoire de ces patients ont réduit le nombre de patients analysables et vraisemblablement contribué à un biais important d’expression des mécanismes biologiques. Une analyse plus extensive de ces trois voies de signalisation pourrait distinguer des acteurs importants du développement de ces motifs de croissance tumorale.En conclusion, ce travail exploratoire a permis de définir plusieurs acteurs du pronostic des patients atteints d’un cancer de l’œsophage. Des analyses moléculaires supplémentaires permettront d’aborder les voies biologiques sous- tendant le développement des motifs histopathologiques de croissance tumorale, d’une part et de variation de densité du tissu graisseux, d’autre part. Ce travail permettra de dévoiler des aspects complexes et encore peu étudiés de l’agressivité des tumeurs œsophagiennes. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le plongeur subit de nombreuses contraintes issues du milieu dans lequel il évolue. La narcose à l’azote par ses effets sur la performance cognitiveen fait partie. Elle est impliquée dans de nombreux accidents de plongée sous-­marine. Il est donc nécessaire de développer un outil fiable pour évaluer la performance cognitive sous l’eau de manière quantitative, reproductible et indépendante de la subjectivité du plongeur. Ensuite, après validation de cet outil (fréquence critique de fusion du scintillement ‐ CFFF) préciser le rôle des facteurs modulateurs de la narcose en particulier celui de l’oxygène.Nos investigations sont réalisées chez des volontaires sains sélectionnés spécifiquement pour obtenir une population homogène (genre, âge, BMI, condition physique et expérience en plongée). L’analyse de la performance cérébrale est réalisée au moyen de tests psychométriques, d’échelles visuelles analogique et de la CFFF dans différentes conditions (normobarie, plongées simulées et réelles à 30 mètres de profondeur pendant 20 minutes) et avec différents gaz (air et Nitrox 40%). L’effet propre de l’oxygène est appréhendé par l’utilisation de la spectroscopie proche de l’infrarouge (NIRS).Nos mesures confirment d’une part la dégradation progressive de la performance cognitive tant par les tests psychométriques que par la CFFF avec un bon degré de corrélation (Pearson de 0,86 à 0,93) entre eux et d’autre part l’incapacité du plongeur à s’auto­‐évaluer. L’évolution de la performance cognitive est caractérisée par une amélioration lors de l’arrivée en profondeur d’autant plus marquée que la quantité d’oxygène dans le mélange respiré est importante, suivie par une dégradation qui persiste au moins jusqu’à 30 minutes après le retour en surface, surtout en respiration d’air. L’utilisation de l’imagerie fonctionnelle cérébrale (NIRS) permet d’associer l’amélioration des performances cognitives à une activation cérébrale dépendante de l’oxygène. L’oxygène semble donc être un élément important de la modulation des symptômes de la narcose à l’azote.De manière très cohérente avec la théorie neurochimique de la narcose nous suggérons que l’effet net sur la performance cérébrale dépend d’une balance entre les effets activateurs de l’oxygène et les effets inhibiteurs de l’azote. / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les anomalies chromosomiques sont une cause majeure de morbidité et de mortalité périnatales. Le dépistage de ces affections a toujours été crucial pour une prise en charge optimale des femmes enceintes.Initialement, le dépistage de trisomie 21 était uniquement basé selon le risque lié à l’âge maternel. L’ajout de différents marqueurs biochimiques sériques constituant successivement les double, triple et quadruple tests a pu améliorer le taux de détection. Néanmoins, c’est en 1997 qu’apparaît un point tournant de l’histoire de dépistage des trisomies :l’introduction de la mesure de la clarté nucale à l’échographie du premier trimestre.Depuis 2011, de nouvelles recherches se sont concentrées sur le dépistage prénatal non invasif (DPNI) utilisant l'ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel. Cette technique a suggéré directement une supériorité marquée pour la détection de la trisomie 21 comparée à toutes les autres méthodes de dépistage connues. Rapidement, ce test a été introduit en pratique clinique dans le monde entier sans une évaluation préalable et approfondie, que ce soit au niveau scientifique, technique ou éthique.Les objectifs de cette thèse étaient de fournir des réponses aux diverses questions persistantes concernant l’utilisation clinique des tests de dépistages basés sur ADN fœtal libre dans la circulation maternelle.À notre connaissance, nous sommes la première équipe à essayer d'évaluer le taux d'échec et la performance du DPNI effectué par différents laboratoires utilisant différentes méthodes analytiques. Nous avons démontré que les approches « DANSR » (approche ciblée sur les chromosomes d’intérêt) et « GW-MPS » (approche globale sur les séquences géniques reparties sur la totalité du génome par un séquençage à haut débit) offraient toutes les deux un taux échec bas avec une bonne performance dans la détection des trisomies 21, 13 et 18. Cependant, le niveau de fraction fœtale semble varier d'un laboratoire à l'autre et n’est, par conséquent, pas comparable. Nous avons également observé que le taux d'échec des laboratoires avec un test « home-brew » était 4 fois supérieur à celui des tests commerciaux développés par les laboratoires en interne. De plus, aucune pertinence clinique de la divulgation des aneuploïdies autres que les 3 trisomies communes décelées par les DPNI « GW-MPS » n’a pu être démontrée.Ensuite, nous nous sommes intéressés au groupe particulier des grossesses gémellaires. Dans ce groupe, le DPNI était faisable mais il était associé à un taux d'échec supérieur aux grossesses uniques, tout en fournissant un taux de détection moindre des trisomies communes. Un poids maternel élevé et la conception par fécondation in vitro étaient des facteurs indépendants associés à l’échec du test. De plus, il faut souligner l’importance de développer des normes de contrôle de qualité pour les analyses faites sur l’ADN fœtal libre. Nous avons aussi étudié les modifications de l’ADN fœtal libre après une mort fœtale en raison d’une aneuploïdie chez l’un des deux fœtus lors d’une grossesse gémellaire. Après le décès du fœtus atteint, la fraction fœtale de l’ADN libre circulant dans le sang maternel a montré une évolution imprévisible, pouvant augmenter, diminuer ou rester stable dans le temps. Par conséquent, ces résultats déconseillent l’utilisation du DPNI en cas de décès d’un des deux fœtus, même après un intervalle de temps de plusieurs semaines.Notre attention s’est ensuite portée vers la performance du DPNI pour le dépistage des anomalies autres que les 3 trisomies communes. Nous avons d’abord étudié la performance du DPNI pour les anomalies des chromosomes sexuels ainsi que les caractéristiques des patientes optant pour ce test. Plus de la moitié des patientes ayant eu un DPNI ont également souhaité le dépistage des anomalies des chromosomes sexuels. Les valeurs prédictives positives suivantes ont été observées :24% pour 45 X et 47 XXX et environ 71% pour 47 XXY et 47 XYY. Ainsi, la recherche d’anomalies des chromosomes sexuels peut causer la détection accidentelle d’anomalies chromosomiques sans conséquence clinique. Par conséquent, un conseil génétique est obligatoire dans toutes ces situations, de même qu’un examen invasif pour un caryotype fœtal de confirmation.Ensuite, nous avons montré que le test à ADN fœtal libre utilisant une technologie ciblée basée sur le microarray permettait d'identifier les grossesses à risque accru de délétions 22q11.2. Cependant, des données fiables sur les performances du DPNI pour le syndrome 22q11.2 sont encore manquantes, et des recherches plus poussées sont nécessaires. Depuis 2015, nous participons à une étude prospective, multicentrique et en aveugle, qui évalue cliniquement un test d’ADN fœtal libre pour la détection de délétions ou de duplications dans la région 22q11. Le recrutement s’est terminé le 1er novembre 2019.Enfin, en décrivant le profil et le choix des patientes belges soumises à un test à ADN fœtal libre, nous avons observé un changement vers une population à faible risque, ce qui peut entrainer une réduction de la valeur prédictive positive du test. Il est donc primordial que cet effet soit connu des professionnels de la santé qui conseillent, prescrivent et interprètent ces tests.En conclusion, notre recherche a démontré la complexité des tests à ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel, non seulement du point de vue technique, mais également en termes de conseils aux patients avant et après le test, ce qui requière des connaissances et compétences spécifiques des médecins proposant ces tests.L’ère du test à ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel n’en est qu’à ses débuts. Notre travail n’a exploré qu’une petite partie de l’énorme potentiel de ce nouvel outil de dépistage des aneuploïdies.L’intégration responsable des innovations dans la pratique clinique reste, aujourd’hui, l’un des défis majeurs. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Objectifs Cette étude avait pour but d’estimer la prévalence des données manquantes dans les registres de consultations médicales tenus par les médecins des Centres de santé communautaire (CSCOM) de Bamako et d’identifier, à partir de la théorie du comportement planifié, les facteurs qui prédisent l’intention des médecins de faire la collecte exhaustive des données dans leurs registres. Méthode Une étude transversale exploratoire a été conduite, incluant 3072 consultations médicales et 32 médecins aléatoirement choisis. Les données ont été collectées entre janvier et février 2011 à travers une fiche de dépouillement et un questionnaire portant sur les caractéristiques sociodémographiques et professionnelles des médecins et sur les construits de la théorie du comportement planifié. Des statistiques descriptives, des corrélations et des analyses de régression ont été effectuées. Résultats Toutes les variables contenues dans les registres de consultations médicales comportent des données manquantes. Toutefois, seules quatre variables (symptôme, diagnostic, traitement et observation) ont des prévalences élevées de données manquantes. La variable observation a la prévalence la plus élevée avec 95,6 % de données manquantes. Par ailleurs, l’intention des médecins de faire la collecte exhaustive des données est prédite par la norme subjective et le nombre d’années de service. Conclusion Les résultats de cette étude contribueront à faire avancer les connaissances sur les données manquantes en identifiant les stratégies possibles à mettre en œuvre pour améliorer la qualité de l’information sanitaire recueillie au niveau des CSCOM. Ils permettront, aussi, de mieux informer les décisions concernant l’allocation des ressources. / Objective This study aims to estimate the prevalence of missing data in the medical consultation registries held by physicians working in Bamako community health Centers (COMHC) and to identify the factors which predict physicians’ intention to collect completely the data in their registries, based on the Theory of Planned Behaviour (TPB). Method A exploratory cross-sectional study was conducted, including a random sample of 3072 medical consultations and 32 physicians. Data were collected between January and February 2011 through a standardized extraction form and a questionnaire measuring physicians’ sociodemographic and professional characteristics as well as constructs from the Theory of Planned Behaviour (TPB). Descriptive statistics, correlations and linear regression were performed. Results All the variables contained in the medical consultations registries have missing data. However, only four variables (symptom, diagnosis, treatment and observation) have a high prevalence of missing data. The variable observation has the highest prevalence with 95.6% of missing data. Physician’s intention to collect completely the data is predicted by their subjective norm and the number of years of practice. Conclusion The results of this study should contribute to advance knowledge on the prevalence of missing data and possible strategies to improve the quality of health information collected from the CSCOM. This information can possibly allow to better inform the decisions concerning resource allocation.

Les kinases dépendantes des cyclines (CDKs) sont les régulateurs essentiels du cycle cellulaire. Au sein de la famille des cyclines, les fonctions de la cycline M (CycM), produit du gène FAM58A dont des mutations sont à l’origine du syndrome STAR, sont toujours inconnues. Dans une première partie, mon travail de thèse dévoile que CycM active CDK10, une CDK mystérieuse et toujours orpheline. CDK10/CycM phosphoryle le facteur de transcription ETS2 pour induire sa dégradation par le protéasome. Dans des cellules issues d’une patiente atteinte du syndrome STAR, les niveaux d’expression d’ETS2 sont plus élevés, et cette augmentation est liée à une diminution du niveau d’expression de CycM. ETS2 joue des rôles importants au cours du développement et dans la survenue de certains cancers. Ces travaux dévoilent l’existence d’un nouveau mécanisme de régulation de ETS2 et ils offrent le premier éclairage sur les mécanismes moléculaires à l’origine du syndrome STAR. Une deuxième partie de mon travail démontre que CDK10 et CycM sont des protéines localisées en zone centriolaire, en mitose et en quiescence. CDK10 et CycM régulent négativement la ciliogénèse et la longueur du cil primaire. Il dévoile un nouveau partenaire d’interaction et substrat de phosphorylation de CDK10/CycM, qui pourrait participer à cette régulation négative. Des anomalies de la ciliogénèse causent des défauts de développement caractéristiques de maladies génétiques nommées ciliopathies. Certains défauts de développement du syndrome STAR pourraient être liés à des anomalies de la ciliogénèse. / Cyclin-dependent kinases (CDKs) are activated by their cyclin subunits to drive the cell cycle. Among the cyclin family, the functions of the FAM58A gene product, cyclin M (CycM) remain unknown. However, FAM58A mutations lead to severe developmental defects which are reported as STAR syndrome. In the first part of my work, I show that CycM activates CDK10, an orphan and mysterious CDK. The novel protein kinase CDK10/CycM phosphorylates ETS2 to induce its degradation via the proteasome. ETS2 protein levels are increased in cells derived from a STAR patient, and this increase is attributable to decreased CycM levels. Altogether, these results reveal a new regulatory mechanism for ETS2, which plays key roles in cancer and development. They shed light on the molecular mechanisms underlying STAR syndrome. In a second part of my work, I show that CDK10 and CycM localize in a centriolar zone in mitosis and in quiescence. I show that CDK10 and CycM negatively regulate ciliogenesis and primary cilium length. Finally, I uncover a novel interactor and phosphorylation substrate of CDK10/CycM that may participate in this negative regulation. Ciliogenesis defects lead to severe developmental abnormalities called ciliopathies. Some STAR syndrome developmental anomalies could thus be linked to ciliogenesis defects.

This thesis, entitled “Modelling the distribution of pig production and diseases in Thailand”, presents many aspects of pig production in Thailand including the characteristics of pig farming system, distribution of pig population and pig farms, spatio-temporal distribution and risk of most important diseases in pig at present, and the suitability area for pig farming. Spatial distribution and characteristics of pig farming in Thailand were studied using time-series pig population data to describe the trend of pig productions in relation to pig numbers, holder numbers, and number of pigs per holder. In more detailed analyses, pig census data in 2010 were used to describe farming systems including type of pig (native, breeding, and fattening pigs), farm scales (extensive and intensive farming systems), type of farming systems (farrow-to-finish, nursery, and finishing systems) and to quantify the association between the geographical distribution of those and several predictor variables by using Random Forest models. The results show that over the last decades, the pig population has gradually increased over time, with a marked cyclical pattern corresponding to what has been termed the “pork cycle”. The spatial distribution of large-scale pig farms corresponds with that of commercial pig breeds, which are concentrated in lowland urban or peri-urban areas, and are close to means of transportation, facilitating supply to major markets such as provincial capitals and the Bangkok Metropolitan region. Conversely the smallholders are distributed throughout the country, with higher densities located in highland, remote, and rural areas, whence they supply local, rural markets. It is proposed that intensive pig production should be integrated with crop farming within a specific “pig zone”, designated for establishment of intensive farming, which includes the necessary input and output facilities and enhanced bio-security. For smallholder pig farmers, integration of pig-farming with crop production should be promoted and combined with capacity development for farm management, including enhancing the bio-security. Spatial epidemiology of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) in Thailand was studied by providing a first description of the spatio-temporal pattern of PRRS in Thailand and to quantify the statistical relationship between the presence of PRRS at the sub-district level and a set of risk factors using two modelling approaches: autologistic multiple regression and boosted regression trees. An atypical and more virulent PRRS (HP-PRRS) emerged in China and spread to many countries, including Thailand, causing a lot of damage to pig production. The results indicated that farms with breeding sows may be an important group for targeted surveillance and control. However, these findings obtained at the sub-district level should be complemented by farm-level epidemiological investigations in order to obtain a more comprehensive view of the factors affecting PRRS presence. In this study, the outbreaks of PRRS could not be differentiated from the potential novel HP-PPRS form, which was recently discovered in the country.Spatial characterization of colonies of the flying fox bat, a carrier of Nipah Virus in Thailand was studied. We conducted field observation, remote sensing, and ecological niche modelling to characterize flying fox colonies and their ecological neighbourhoods. A Potential Surface Analysis was applied to map contact zones among local epizootic actors. Results showed that flying fox colonies were found mainly on Thailand’s Central Plain, particularly in locations surrounded by bodies of water, vegetation, and safe havens such as Buddhist temples. High-risk areas for Nipah zoonosis in pigs include the agricultural ring around the Bangkok metropolitan region where the density of pig farms is high. It is suggested that passive and active surveillance programs should be prioritized around Bangkok, particularly on farms with low biosecurity, close to water, and/or on which orchards are concomitantly grown. Integration of human and animal health surveillance should be pursued in these same areas. Such proactive planning would help conserve flying fox colonies and should help prevent zoonotic transmission of Nipah and other pathogens.Using Spatial Multi-Criteria Decision Analysis to identify suitability of pig farming in Thailand was studied. The suitability maps were generated according to the three objectives obtained from decision making process including; i) pig producers’ profit is maximized, ii) public and environmental health are protected, and iii) pig health is protected and rural areas are developed. The maps showed that the areas surrounding the major consuming centres (Bangkok) were highly suitable for objective 1, the large areas in the Northeast were highly suitable for objective 2, and the areas with rather isolation including in the East and the South were highly suitable for objective 3. The final suitability maps were presented in 6 scenarios based on the level of trade-off and risk, which these can be applied for the appropriate situations. It is suggested that establishment of pig zoning, policy makers should take all aspects into consideration in order for sustainable development in all farm levels. The cost effectiveness should be further analyzed to evaluate the zoning plan before they are developed. Additionally, the plans to scale-up support to sustainable smallholder farmers and environmental management such as manure action plan should be developed.Bringing all these results together, this thesis are discussed into three parts, namely, 1) situation and distribution of pig farming, 2) epidemiology of major pig diseases, and 3) sustainable development of pig farming. / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Sepsis is an exaggerated inflammatory syndrome involving cell, organ and system dysregulation. This dysregulation is detrimental to the patient, mainly as it causes imbalances in the immune system. Monocytes and neutrophils are key cell players in the pathogenesis of sepsis; Two populations that follow divergent apoptotic fates; most importantly delayed neutrophil apoptosis has been demonstrated in sepsis and may contribute to organ damage. These two subpopulations have recently been referred to as specific targets of leukocyte filtration, a noveltherapeutic approach in septic patients. As the molecular mechanisms driving the survival/death switches of these cells in sepsis is still controversial, we decided to investigate the role of a new family of proteins predicted to be involved in inflammation and cell death mechanisms; the ApoLs. We studied ApoL expression in whole blood leukocytes and purified populations of neutrophils and monocytes from healthy volunteers and patients with or without sepsis. We then correlated ApoL expression to the degree of inflammation (CRP levels) and cellular apoptosis. We showed a down regulation in ApoL expression in septic and non-septic patients as compared to healthy volunteers, whereas purified monocytes showed an up regulation of ApoL1 and ApoL2 expression in septic patients as compared to non-septic patients. Given that these cells behave differently in the septic frame, we aim to investigate and invalidate the role of ApoLs in conditions related to cell activation and death. Given the high degree of variability in human samples, we resorted to an in-vitro cell line, the PLB 985 myelomonoblastic cell line with granulocytic differentiation potential. Culturing these cells in RPMI 1640 in the presence of specific differentiation agents resulted in mature terminally differentiated cells with phenotypic and functional similarities to human neutrophils. This was determined by monitoring specific leukemic and granulocytic markers. This cell model will help us to better understand the role ofApoLs in regulating neutrophil half-life particularly in inflammatory conditions. It can also be employed to characterize “The cytokine(s)” that is inducing a change in ApoL expression and ultimately uncover the signaling pathway dictating both ApoL expression and apoptosis/survival. / Le sepsis est defini comme une reponse inflammatoire exageree, associee a une dysfonction d'organes faisant suite a un desequilibre du systeme immunitaire. En effet, les monocytes et les neutrophiles representent les acteurs cle dans la physiopathogenese du sepsis. Etant donne que les mecanismes moleculaires regulant la balance de survie / mort cellulaire de ces deux populations de cellules restent jusqu'a present controverses, nous nous sommes interesses a etudier l'implication d'une nouvelle famille de proteines: les apols, susceptibles d'intervenir dans le processus inflammatoire et de la mort cellulaire. Nous avons explore l'expression des apols dans les leucocytes totaux et dans les populations de neutrophiles et de monocytes purifiees a partir de donneurs sains et de patients septiques et non septiques. Par la suite, nous avons etablit le lien de correlation entre l'expression des apols, le degre d'inflammation systemique (dosage de la crp) et l'apoptose. Nos resultats ont demontre une baisse de l'expression des apols dans les leucocytes totaux el les neutrophiles purifies, chez les patients septiques et non septiques, en comparaison avec les donneurs sains. En revanche, nous remarquons une surexpression de l'apol1 et l'apol2 chez les patients septiques par rapport aux patients non septiques. Etant donne la grande variabilite dans les echantillons preleves, nous avons procede a la differenciation d'une lignee myelomonoblastique ayant un pouvoir de differenciation granulocytaire. La mise en culture de cette lignee dans les conditions de differenciation adequates, nous a permis d'obtenir des cellules ayant des similarites fonctionnelles et phenotypiques aux neutrophiles humains. Ce modele cellulaire va nous aider d'une part, a mieux comprendre l'implication des apols dans le controle de la viabilite cellulaire dans les conditions inflammatoires; et d'autre part, a caracteriser la / (les) cytokine(s) susceptibles de moduler l'expression des apols; et finalement a decortiquer la voie de signalisation impliquant les apols dans le controle du processus de survie ou de mort cellulaire. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Selon un rapport de l’OMS, les maladies infectieuses figurent parmi les 3 causes les plus fréquentes de mortalité en début de vie. En effet, les nouveau-nés présentent une sensibilité particulièrement importante aux infections, de par leur système immunitaire toujours en développement et donc immature. Parmi les particularités de l’immunité néonatale, l’absence de cDCs CD11chigh CD8α+ durant la 1ère semaine de vie rend compte de l’incapacité du nouveau-né à développer des réponses de type Th1 et T CD8+ cytotoxiques, essentielles à la protection contre certains pathogènes comme Listeria monocytogenes (Lm). Mon travail de thèse a porté sur l’ontogénie des DCs conventionnelles CD11chigh CD8α+ et plus particulièrement sur la fonction de cette lignée de DCs en début de vie lors d’une infection par Lm. Au cours de cette étude, nous avons identifié, chez le nouveau-né, une population splénique de cDCs CD11chigh qui expriment les marqueurs CD24, CD205 et Clec9A mais pas le CD8α. Cette population, qui dépend du facteur de transcription Batf3, acquière le CD8α une fois transférée dans une souris adulte. Ces DCs néonatales, que nous nommerons DCs pre-CD8α Clec9A+, constituent donc les précurseurs des DCs CD8α+. L’étude fonctionnelle de ces DCs pre-CD8α Clec9A+ a montré qu’elles étaient capables de phagocyter Lm et de générer des réponses T CD8+ contre cette bactérie. De plus, ces cellules sécrètent de l’IL-12p40 et de manière unique de l’IL-10 en réponse à une stimulation par Lm. Par contre, contrairement aux cDCs CD8α+ adultes, nous n’avons observé aucune production d’IL-12p70 par les DCs pre-CD8α Clec9A+ en conditions physiologiques. Elles ne sécrètent pas non plus d’IL-23. Nous avons également montré que ces sécrétions d’IL-12p40 et d’IL-10 jouaient respectivement un rôle positif et négatif dans l’induction des réponses T CD8+ contre Lm. Ainsi, la génération des réponses T CD8+ contre Lm semble résulter, en début de vie, d’une balance entre la sécrétion de ces 2 cytokines aux propriétés antagonistes. Par ailleurs, nous avons démontré que ces cellules constituaient une cible privilégiée en vue d’améliorer les stratégies vaccinales en début de vie. En effet, l’administration à des nouveau-nés d’une construction anti-Clec9A/OVA, associée au poly(I:C), induit des réponses T CD8+ anti-Lm mémoires protectrices à l’âge adulte. Finalement, nous montrons que le TNF-α produit par les monocytes et les neutrophiles joue un rôle essentiel dans la génération des réponses T CD8+ en régulant notamment le statut et la fonction des DCs pre-CD8α Clec9A+ en début de vie. En effet, cette cytokine modifie, en faveur d’une production d’IL-12p40, la balance IL-12p40/IL-10 sécrétée par celles-ci. L’inhibition de la production d’IL-10 par le TNF-α pourrait s’expliquer au moins en partie par une inhibition de la β-caténine au sein des DCs pre-CD8α Clec9A+. En conclusion, nous avons caractérisé un précurseur des DCs CD8α+ biologiquement actif au sein de la rate du nouveau-né de 3 jours. Celui-ci représente une cible potentielle pour l’amélioration des stratégies vaccinales contre des bactéries intracellulaires ou des virus en début de vie, et ce pour autant que l’on puisse contrôler ses propriétés régulatrices. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) est une maladie essentiellement liée au tabagisme, caractérisée par une limitation du débit aérien secondaire à deux processus histologiques : l’emphysème pulmonaire (destruction du tissu alvéolaire) et l’atteinte des voies aériennes (remodelage pariétal et rétrécissement luminal). C’est une maladie hétérogène dans laquelle deux patients avec une même limitation du débit aérien peuvent avoir des proportions différentes d’emphysème pulmonaire et d’atteinte des voies aériennes. Le phénotypage par tomodensitométrie (TDM) de ces deux processus est cliniquement important car il permet de sélectionner et suivre certains traitements, et d’identifier des patients à risques accrus de morbidité et de mortalité. Cependant, alors que les mesures TDM d’emphysème pulmonaire sont bien établies, de nombreuses questions restent en suspens concernant les mesures TDM de l’atteinte des voies aériennes, constituant un frein à l’intégration de la TDM dans le traitement de la BPCO. Notre travail a consisté en quatre études originales investiguant quatre mesures TDM de voies aériennes de 3ème et 4éme générations, corrélées aux mesures histologiques des voies aériennes distales et aux mesures spirométriques. Une première étude a testé l’effet des exacerbations de BPCO sur ces mesures. Une deuxième étude a testé l’effet de la bronchodilatation sur ces mesures et a permis de calculer le nombre de voies aériennes à mesurer. Une troisième étude a comparé des variabilités de ces mesures avec celles des mesures spirométriques. Enfin, une quatrième étude a testé les effets de la capacité pulmonaire totale, du genre et de la taille sur ces mesures. Au terme de ces investigations, nous avons proposés deux mesures TDM appropriées pour mesurer les voies aériennes chez le patient BPCO: l’épaisseur pariétale des voies aériennes de 3ème génération et la racine carrée de la surface pariétale à un périmètre interne de 10 mm. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Depuis sa détection par Altman et Das en 1965, l’existence d’une neurogenèse adulte universelle dans le règne animal a été l’objet de controverses. Elle a été étudiée dans de nombreuses espèces animales, en particulier chez l’un des mammifères possédant un cerveau extrêmement bien développé :l’Homme. Un cerveau bien développé ne signifie cependant pas nécessairement qu’il y existe une neurogenèse accrue, au contraire. Dans notre travail, nous avons étudié la neurogenèse hippocampique adulte dans un modèle de rongeur :la souris. Un petit cerveau, sans circonvolutions, mais présentant une neurogenèse adulte conséquente. La neurogénese hippocampique adulte est un processus impliqué dans le fonctionnement de la mémoire, dont le dysfonctionnement est un symptôme de plusieurs maladies neurodégénératives dont la maladie d’Alzheimer.Le premier objectif de cette thèse est consacré à l’analyse comparative de la neurogenèse hippocampique adulte dans le cerveau de souris wild-type (WT) et de souris transgéniques modélisant une maladie neurodégénérative (Tg30) :une forme familale de démence frontotemporale (FTLD-17) faisant partie du groupe des Tauopathies, dont fait aussi partie la maladie d’Alzheimer. Cinq modèles murins ont été étudiés :des souris WT, Tg30, Tg30/tauKO, tauKO et htau/tauKO. Ces trois dernières lignées n’expriment pas de protéines tau murines, et les souris htau/tauKO expriment uniquement les 6 isoformes WT de protéines tau humaines. Dans ces différents modèles, nos analyses immunohistochimiques ont démontré la présence de nombreuses cellules souches et de précurseurs neuronaux dans la zone sous-granulaire du gyrus denté, l’une des zones neurogéniques du cerveau murin, également présente chez l’Homme. Par comparaison avec les souris WT, la neurogenèse est augmentée dans la zone sous granulaire du gyrus denté chez les souris Tg30/tauKO, alors qu’elle est diminuée chez les souris Tg30. Nous avons démontré que le volume et le nombre de neurones granulaires sont significativement plus importants dans l’hippocampe des souris htau/tauKO et tauKO, alors que le nombre de neurones immatures y est réduit. Afin d’étudier la neurogenèse chez l’Homme, nous avons réalisé des marquages immunohistochimiques sur des coupes d’hippocampes humains de sujets contrôles et atteints de maladie d’Alzheimer. Toutefois, les conditions de fixation, les délais post-mortem ainsi que la variabilité intra-individuelle ne nous ont pas permis de visualiser cette neurogenèse ni de pouvoir affirmer ou réfuter son existence chez l’Homme. Ces résultats soulignent le rôle protecteur de la réduction d’expression de tau dans les déficits de la neurogenèse hippocampique adulte dans ces modèles de tauopathies.Le second objectif de ce travail était d’approfondir la compréhension des mécanismes de propagation et de nucléation de la protéine tau pathologique. En effet, l’injection stéréotaxique de fractions enrichies en agrégats fibrillaires (PHF) extraits du cerveau de patients atteints de la maladie d’Alzheimer dans le gyrus denté de souris exprimant uniquement les six isoformes de la protéine tau humaine (htau/tauKO) induit la formation d’agrégats neuronaux de protéines tau et leur propagation intra- et interhémisphérique. Ces inclusions présentent de nombreuses caractéristiques similaires à celles des dégénérescences neurofibrillaires retrouvées lors de la maladie d’Alzheimer. Cependant, les inclusions formées ici correspondent vraisemblablement à des stades précoces d’agrégation, car ils ne sont pas mis en évidence par des marqueurs identifiant des modifications post-traductionnelles plus tardives des dégénérescences neurofibrillaires. Ce modèle htau/tauKO injecté avec des PHF représente un modèle plus proche de la physiopathologie humaine et qui permettra de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans la formation et la propagation des agrégats de proteines tau dans plusieurs maladies neurodégéneratives. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished