Les anomalies chromosomiques sont une cause majeure de morbidité et de mortalité périnatales. Le dépistage de ces affections a toujours été crucial pour une prise en charge optimale des femmes enceintes.Initialement, le dépistage de trisomie 21 était uniquement basé selon le risque lié à l’âge maternel. L’ajout de différents marqueurs biochimiques sériques constituant successivement les double, triple et quadruple tests a pu améliorer le taux de détection. Néanmoins, c’est en 1997 qu’apparaît un point tournant de l’histoire de dépistage des trisomies :l’introduction de la mesure de la clarté nucale à l’échographie du premier trimestre.Depuis 2011, de nouvelles recherches se sont concentrées sur le dépistage prénatal non invasif (DPNI) utilisant l'ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel. Cette technique a suggéré directement une supériorité marquée pour la détection de la trisomie 21 comparée à toutes les autres méthodes de dépistage connues. Rapidement, ce test a été introduit en pratique clinique dans le monde entier sans une évaluation préalable et approfondie, que ce soit au niveau scientifique, technique ou éthique.Les objectifs de cette thèse étaient de fournir des réponses aux diverses questions persistantes concernant l’utilisation clinique des tests de dépistages basés sur ADN fœtal libre dans la circulation maternelle.À notre connaissance, nous sommes la première équipe à essayer d'évaluer le taux d'échec et la performance du DPNI effectué par différents laboratoires utilisant différentes méthodes analytiques. Nous avons démontré que les approches « DANSR » (approche ciblée sur les chromosomes d’intérêt) et « GW-MPS » (approche globale sur les séquences géniques reparties sur la totalité du génome par un séquençage à haut débit) offraient toutes les deux un taux échec bas avec une bonne performance dans la détection des trisomies 21, 13 et 18. Cependant, le niveau de fraction fœtale semble varier d'un laboratoire à l'autre et n’est, par conséquent, pas comparable. Nous avons également observé que le taux d'échec des laboratoires avec un test « home-brew » était 4 fois supérieur à celui des tests commerciaux développés par les laboratoires en interne. De plus, aucune pertinence clinique de la divulgation des aneuploïdies autres que les 3 trisomies communes décelées par les DPNI « GW-MPS » n’a pu être démontrée.Ensuite, nous nous sommes intéressés au groupe particulier des grossesses gémellaires. Dans ce groupe, le DPNI était faisable mais il était associé à un taux d'échec supérieur aux grossesses uniques, tout en fournissant un taux de détection moindre des trisomies communes. Un poids maternel élevé et la conception par fécondation in vitro étaient des facteurs indépendants associés à l’échec du test. De plus, il faut souligner l’importance de développer des normes de contrôle de qualité pour les analyses faites sur l’ADN fœtal libre. Nous avons aussi étudié les modifications de l’ADN fœtal libre après une mort fœtale en raison d’une aneuploïdie chez l’un des deux fœtus lors d’une grossesse gémellaire. Après le décès du fœtus atteint, la fraction fœtale de l’ADN libre circulant dans le sang maternel a montré une évolution imprévisible, pouvant augmenter, diminuer ou rester stable dans le temps. Par conséquent, ces résultats déconseillent l’utilisation du DPNI en cas de décès d’un des deux fœtus, même après un intervalle de temps de plusieurs semaines.Notre attention s’est ensuite portée vers la performance du DPNI pour le dépistage des anomalies autres que les 3 trisomies communes. Nous avons d’abord étudié la performance du DPNI pour les anomalies des chromosomes sexuels ainsi que les caractéristiques des patientes optant pour ce test. Plus de la moitié des patientes ayant eu un DPNI ont également souhaité le dépistage des anomalies des chromosomes sexuels. Les valeurs prédictives positives suivantes ont été observées :24% pour 45 X et 47 XXX et environ 71% pour 47 XXY et 47 XYY. Ainsi, la recherche d’anomalies des chromosomes sexuels peut causer la détection accidentelle d’anomalies chromosomiques sans conséquence clinique. Par conséquent, un conseil génétique est obligatoire dans toutes ces situations, de même qu’un examen invasif pour un caryotype fœtal de confirmation.Ensuite, nous avons montré que le test à ADN fœtal libre utilisant une technologie ciblée basée sur le microarray permettait d'identifier les grossesses à risque accru de délétions 22q11.2. Cependant, des données fiables sur les performances du DPNI pour le syndrome 22q11.2 sont encore manquantes, et des recherches plus poussées sont nécessaires. Depuis 2015, nous participons à une étude prospective, multicentrique et en aveugle, qui évalue cliniquement un test d’ADN fœtal libre pour la détection de délétions ou de duplications dans la région 22q11. Le recrutement s’est terminé le 1er novembre 2019.Enfin, en décrivant le profil et le choix des patientes belges soumises à un test à ADN fœtal libre, nous avons observé un changement vers une population à faible risque, ce qui peut entrainer une réduction de la valeur prédictive positive du test. Il est donc primordial que cet effet soit connu des professionnels de la santé qui conseillent, prescrivent et interprètent ces tests.En conclusion, notre recherche a démontré la complexité des tests à ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel, non seulement du point de vue technique, mais également en termes de conseils aux patients avant et après le test, ce qui requière des connaissances et compétences spécifiques des médecins proposant ces tests.L’ère du test à ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel n’en est qu’à ses débuts. Notre travail n’a exploré qu’une petite partie de l’énorme potentiel de ce nouvel outil de dépistage des aneuploïdies.L’intégration responsable des innovations dans la pratique clinique reste, aujourd’hui, l’un des défis majeurs. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Background: There are few studies on the uptake of non-invasive prenatal screening, but those available suggest substantial variation in uptake in the initial years in which it was offered. There is a need to update the earlier evidence and determine whether there has been any change in usage trends as the number of users have increased. This will help inform policy makers about NIPT uptake under currently existing policies and guidelines which can help inform whether to maintain or refine policies on NIPT. Objectives: The primary objective of this thesis was to investigate recent trends in NIPT utilization, and the secondary objective was to identify differences between pregnant individuals aged 40 years and above and/or with a history of previous aneuploidy who opted for first-tier (first-line screening) or second-tier (contingent screening) NIPT and pregnant individuals aged less than 40 years with no history of previous aneuploidy. Methods: This retrospective cohort study used a province wide birth registry from Ontario and the population studied comprised pregnant individuals with an expected date of delivery from August 1st, 2016 to March 31st, 2020. Results: Of 536,748 pregnant individuals resident in Ontario during the study period, 27,733 were classified as high-risk of giving birth to a baby with a chromosomal aneuploidy and 509,015 were classified as low-risk of giving birth to a baby with a chromosomal aneuploidy. Uptake of NIPT has increased every year since 2016. We found substantial variation in NIPT between regions within the province. Highest uptake was found in urban areas, highest neighbourhood of income and education quintiles, high-risk population, among those with a prenatal care visit in the first trimester, multiple pregnancy, multigravidity, body mass index within the normal range (18.5-24.9 kg/m2), and OHIP funding. Conclusion: Our results suggest a need to provide more education/training about NIPT and funding eligibility to health professionals and pregnant individuals, including low-risk pregnant individuals in the first-tier (first-line screening) NIPT funding policy, to ensure equitable assess.

Uppsatsen är en diskursanalys av fosterdiagnostik och abort som erbjuds av staten och regleras i lagen i tre skandinaviska länder. Eftersom antalet barn födda med Downs syndrom har sjunkit markant under det senaste decenniet samtidigt som möjligheterna för och användandet av nya fosterdiagnostiska metoder har ökat är avsikten att skapa fördjupad kunskap om vad detta innebär genom att belysa trenden ur ett biopolitiskt perspektiv. Detta sker med utgångspunkt från Michel Foucaults begrepp biomakt och governmentalitet med fokus på tillgänglighet, rådgivning och användning av fosterdiagnostiska metoder. Uppsatsen redogör för etosdiskursen som en del av den alltomfattande governmentalitetsdiskursen vilket blottlägger en förklaring av en rationalitet karaktäriserad av vår tid som yttrar sig i en strävan att undvika barn med kromosomavvikelser. / The essay is a discourse analysis of obstetric diagnosis and abortion offered by the state and regulated by laws in three Scandinavian countries. As the number of childbirths with Down’s syndrome has fallen sharply in recent decades, while the opportunities for and use of new Foetus diagnostic methods have increased, the intention is to create in-depth knowledge of what this means by highlighting the development from a biopolitical perspective. This is based on Michel Foucault's concept of biopower and governmentality with focus on availability, counselling and use of foetus diagnostic methods. The essay explains the ethos discourse as part of the allinclusive government discussion which shows exposes an explanation of a rationality characterizing to our time that expresses itself to avoid children with chromosomal disorders.

La place du Dépistage Prénatal Non Invasif (DPNI) n’est pas encore clairement définie dans le dépistage prénatal de la trisomie 21 en France. Nos objectifs étaient d’évaluer la compréhension, les connaissances, et l’attitude de professionnels de santé et de patientes concernant le DPNI.Une étude prospective multicentrique par questionnaire auprès de patientes enceintes et de professionnels de santé a été menée dans différents hôpitaux français entre février 2014 et juillet 2015.Sur les 260 questionnaires recueillis chez les professionnels, le score moyen de connaissances était 5,38±2,83(sur 10)et 92,7%(n=241) avaient une attitude favorable face au DPNI. En analyse multivariée, les facteurs associés à un bon niveau de connaissances étaient la profession de gynécologue ou de conseiller en génétique, l’âge<30 ans, le fait de travailler à l’hôpital ou en cabinet et le fait de suivre>50 grossesses par an.Sur les 380 questionnaires de patientes, le score moyen de connaissances était faible 2,20±1,88(sur 10) et 89,9%(n=328) avaient une attitude favorable face au DPNI. En analyse multivariée, les facteurs associés à un bon niveau de connaissances chez les patientes étaient l’âge maternel et le fait de consulter en secteur privé.Le niveau de connaissances des professionnels et des patientes sur le DPNI est faible. La plupart des patientes ne peuvent pas formuler de consentement éclairé. Toutefois, la plupart des professionnels et des patientes sont très en faveur de ce test. La généralisation du DPNI dans le dépistage de la trisomie 21 implique un important programme de formation des professionnels afin qu'ils délivrent une information prénatale de qualité et non directive. / The place of Non Invasive Prenatal Testing(NIPT) is not clearly established for prenatal screening for Down syndrome in France. Our objectives were to assess the understanding, knowledge of, and attitudes towards NIPT in French patients and healthcare providers.A prospective multicenter study was performed in several French hospital centers between February 2014 and July 2015. A survey was administered to pregnant patients and to healthcare professionals.A total of 260 questionnaires were completed by healthcare providers. The average knowledge score was 5,38±2,83(out of a possible 10). In multivariate analysis, the characteristics associated with satisfactory knowledge were: profession as obstetrician or genetic counsellor, age<30 years, working in hospital or in doctor’s office, more than 50 pregnancies followed per year. Among professionals, 92,7%n=241) had a favorable attitude towards NIPT.We collected 380 questionnaires from pregnant women. The average knowledge score was very low: 2,20±1,88(out of 10). In multivariate analysis, the two significant characteristics associated with satisfactory knowledge was maternal age and having prenatal care in private practice. Among patients, 89,9%(n=328) had a favorable attitude towards NIPT.The level of knowledge of NIPT of healthcare professionals and patients is low. Many patients can not provide informed consent. However most professionals and patients are in favor of the use of this test. The input of NIPT in prenatal screening for trisomy 21 requires a considerable teaching program for healthcare providers so they can give balanced pretest information and non-directive counselling.

Le test prénatal non invasif (TPNI) est une technique de dépistage prénatal qui ne présente pas de risque accru de fausse couche, peut être effectué plus tôt dans la grossesse et est plus précis que les technologies existantes. Cependant, ces avantages peuvent contribuer à l’érosion de l’autonomie reproductive. Entre 2013 et 2017, une étude intitulée PEGASE a été menée, validant les performances et l'utilité du TPNI, ainsi qu’analysant les implications économiques, éthiques, juridiques et sociales de la technologie. Le présent mémoire est basé sur les données d’une enquête auprès des professionnels de santé (N = 184). Ce mémoire aborde la relation entre les attitudes des professionnels de santé concernant a) le "consentement éclairé" et b) le "consentement écrit" dans le contexte du TPNI. Il remet en question le récit établi dans la littérature, que les professionnels qui croient que le consentement écrit pour le TPNI n'est pas important croient également que les procédures de consentement pour le TPNI «devraient devenir moins rigoureuses» (1). Les données montrent que ce sont les professionnels qui se soucient de l'autonomie qui doutent de l'importance du consentement écrit. Cela contredit le récit cité ci-dessus. Les opinions des professionnels sur le «consentement écrit» ne peuvent donc pas être utilisées pour inférer leurs opinions sur l’importance du «consentement éclairé». Il est recommandé d’enquêter les professionnels de la santé sur des considérations particulières liées à la pratique, telles que celles enquêtées dans cette étude, plutôt que d’interroger les répondants sur des concepts académiques tels le «consentement» ou l’«autonomie». / Non-Invasive Prenatal Testing (NIPT) is a new generation of prenatal screening that poses no increased risk of miscarriage, can be performed earlier in the pregnancy, and is more accurate than previously existing technologies. These advantages, however, potentially contribute to eroding reproductive autonomy, already under threat from other screening methods. Between 2013 and 2017, a study titled PEGASUS was conducted, validating the performance and utility of NIPT, as well as studying the economic, ethical, legal and social implications of the technology. One of these activities was a series of surveys conducted throughout Canada in 2015-16. The present thesis is based on the data from the healthcare professionals’ survey (N=184). This thesis addresses the relationship between healthcare professionals’ beliefs regarding a) “informed consent” and b) “written consent” in the context of NIPT. It questions the established narrative in the bioethics literature, that professionals who believe written consent for NIPT is not important also believe consent procedures for NIPT “should become less rigorous” than those used for invasive prenatal testing (1). Data from the survey shows that it is precisely those professionals who care about reproductive autonomy considerations who doubt the importance of written consent for NIPT. This directly contradicts the narrative cited above. Professionals’ stated views on “written consent” thus cannot be used to infer their unstated views on the importance of “informed consent”. It is recommended to investigate particular practice-based considerations such as the ones in this study rather than querying survey respondents on scholarly concepts such as “consent” or “autonomy”.

Le test génomique prénatal non invasif (TGPNI) est un test présentement offert au Canada, dans le cadre de programmes provinciaux de dépistage prénatal des aneuploïdies, comme test de seconde intention. Il est également disponible au privé comme test de 1ère intention et/ou pour un nombre étendu de conditions génétiques. Ce projet visait à d’identifier les enjeux soulevés par l’offre du TGPNI en 1ère intention et du TGPNI pour un nombre étendu de conditions, selon des associations canadiennes représentant des gens avec des conditions génétiques ciblées par le TGPNI. Des entrevues semi-structurées ont été réalisées avec des représentants de douze associations régionales, provinciales et nationales. Les entrevues furent transcrites puis analysées par analyse thématique. Les associations ont relevé tant des éléments positifs que négatifs. D’un côté, elles perçoivent comme problématique l’accès privé au TGPNI en 1ère intention ou étendu, puisqu’il entraîne une inégalité d’accès à l’information sur le foetus. Par contre, les associations craignent que l’offre du TGPNI, mais surtout une possible routinisation de l’offre tu test, puisse avoir un impact sur la vision sociétale des conditions ciblées. Elles soulignent qu’il est important de considérer les impacts potentiels du TGPNI, dont le risque de discrimination. Les associations sont critiques de l’information véhiculée lors de la discussion des tests et pensent pouvoir jouer un rôle pour améliorer l’information donnée aux personnes enceintes. Ces résultats réitérent l’importance de prendre en considération les perspectives des différentes parties prenantes lors de la prise de décisions de politiques de santé. / Non-invasive prenatal genomic testing (NIPT) is a test that is currently available in Canada as a second-tier test in provincial prenatal aneuploidy screening programs. It is also available privately as a first-tier test and/or offered for a wide range of genetic conditions. The purpose of this project was to identify the issues raised by the availability of NIPT as a first-tier test and NIPT for a wide range of conditions, according to Canadian associations representing people with genetic conditions targeted by NIPT. Semi-structured interviews were conducted with representatives from twelve regional, provincial and national associations. The interviews were transcribed and analyzed by thematic analysis. The associations identified both positive and negative elements. They perceived private first-tier and expanded access to NIPT as problematic, as it results in unequal access to fetal information. On the other hand, the associations were concerned about a possible routinization of NIPT and about the message sent by the offer of NIPT regarding the societal perception of the targeted conditions. They stressed the importance of considering the potential impacts of NIPT, including the risk of discrimination. The associations are uncertain regarding what type of information ought to be communicated during the discussion of the tests and believe they can play a role in improving the information provided to pregnant people. These results highlight the importance of considering the perspectives of different stakeholders when making health policy decisions.

Cosupervision / Le test génomique prénatal non invasif (TGPNI) est un test de dépistage prénatal offert pour détecter certaines anomalies chromosomiques chez le fœtus, telles que les trisomies 21, 18 et 13. Au Canada, la disponibilité et l’offre du TGPNI varient d’une province et d'un territoire à l'autre mais sont surtout en deuxième intention. Cette étude qualitative a consisté en des entretiens approfondis avec onze personnes vivant avec ou côtoyant une condition génétique actuellement ou potentiellement détectée par le TGPNI, pour explorer leurs perspectives quant à la proposition d’implanter ce test en 1re intention, et d’en étendre la portée vers la détection d’autres conditions génétiques. L’analyse a révélé que, bien que certains individus apprécient un résultat précoce grâce au TGPNI, ils considèrent généralement le dépistage prénatal comme une voie prédéterminée vers l’interruption de grossesse. Cette corrélation était liée à leur expérience personnelle du dépistage et à celle de leur communauté, où de nombreuses pressions sont subies en cas d’anomalie fœtale. Les parents estiment que l'attente sociale envers l'interruption de grossesse reflète les attitudes négatives de la société à l'égard des personnes génétiquement différentes, craignant que l’offre étendue et plus accessible du TGPNI n’accentue la pente glissante vers des tendances eugéniques dans la société. L’expansion de la portée du test pourrait être bénéfique dans le cas de conditions génétiques jugées sévères sur la base des critères de viabilité et de qualité de vie. Cependant, les personnes côtoyant des anomalies des chromosomes sexuels (ACS) ont également soutenu l'utilisation du TGPNI pour la détection des ACS, afin de permettre une meilleure préparation prénatale, ce à quoi les parents d'enfants vivant avec la trisomie 21 étaient plus réticents. Les parents ont rétrospectivement contrasté ces attitudes avec la réalité d’élever un enfant vivant avec une condition génétique, qu'ils décrivent comme une expérience pleine de défis mais hautement enrichissante. Bien que les participant.e.s apprécient le TGPNI en tant qu’outil d'information favorisant l’autonomie reproductive, ils et elles estiment qu'il devrait être accompagné d'informations équilibrées, transparentes et exemptes de biais. Ces résultats réitèrent l’importance de consulter les personnes vivant au cœur de ces enjeux, afin d’ajouter leurs perspectives aux voix des autres parties prenantes dans la prise de décision en matière de santé, en maintenant l'autonomie reproductive et la protection des droits des personnes vulnérables sont placées à l’avant-plan des considérations. / Non-invasive prenatal genomic testing (NIPT) is a prenatal screening test offered to detect certain chromosomal abnormalities in the fetus, such as trisomies 21, 18 and 13. In Canada, the availability and offr of NIPT varies among the provinces and territories but is mainly second-tier. This qualitative study involved in-depth interviews with eleven people living with a genetic condition currently or potentially detected by NIPT, to explore their opinion regarding its potential implementation as first- tier testing, and to extend its scope to the detection of other genetic conditions. The analysis revealed that, although some individuals appreciated an early result with NIPT, they generally considered prenatal screening as a predetermined route to termination of pregnancy. This correlation was linked to their personal experience of screening and that of their community, where there is a great amount of pressure in the case of a fetal anomaly. Parents felt that the social expectation to terminate a pregnancy reflected society’s negative attitudes towards people who are genetically different, fearing that the expanded and more accessible offer of NIPT would accentuate the slippery slope towards eugenic tendencies in society. Thus, the expansion of the test’s scope could be beneficial only in the case of genetic conditions deemed severe on the basis of viability and quality-of-life criteria. However, people living with sex chromosome anomalies (SCAs) also supported the use of NIPT for the detection of SCAs, to enable better prenatal preparation, something to which parents of children living with trisomy 21 were more reluctant. In retrospect, parents contrasted these attitudes with the reality of raising a child living with a genetic condition, which they described as a challenging but highly rewarding experience. While participants appreciated the TGPNI as an information tool promoting reproductive autonomy, they felt that it should be accompanied by balanced, transparent and bias-free information. These results reiterate the importance of consulting people living at the heart of these issues, in order to add their perspectives to the voices of other stakeholders in healthcare decision-making, keeping reproductive autonomy and the protection of vulnerable people’s rights at the forefront of considerations.

Prenatal assessment of fetal health is routinely offered throughout pregnancy to ensure that the most effective management can be provided to maintain fetal and maternal well-being. Currently, invasive testing is used for definitive diagnosis of fetal aneuploidy, which is associated with a 1% risk of iatrogenic fetal loss. Developing non-invasive prenatal testing (NIPT) is a key area of research and methods to increase the level of cell-free fetal DNA (cffDNA) within the maternal circulation have been discussed to improve accuracy of such tests. In this study, three strategies; co-amplification at lower denaturation temperature polymerase chain reaction (COLD-PCR), inverse-PCR and Pippin Prep™ gel electrophoresis, were analysed to identify a novel approach to selectively enrich shorter cffDNA fragments from larger maternal cell-free DNA (cfDNA). The sensitivity of droplet digital PCR (ddPCR) against real-time PCR (qPCR) was compared for fetal sex and RHD genotyping. In addition RHD zygosity testing was carried out for non-maternal samples. Consequently, Pippin Prep™ gel electrophoresis was combined with ddPCR analysis for the NIPD of Down Syndrome (DS) in pseudo-maternal samples. The results revealed that the Pippin Prep™ gel electrophoresis enrichment approach successfully demonstrated 2-fold to 5-fold increases in the cffDNA fraction. However, further optimisation assays of COLD-PCR and inverse-PCR using actual maternal samples were required. The spike experiments for DS detection revealed that with the present assay IV overrepresentation of the chromosome 21 target could be significantly detected for samples with ≥15% ‘cffDNA fraction’. In conjunction with the Pippin Prep™ enrichment method, this would have enabled assessment of all 10 maternal samples. Alternatively, fetal sex and RHD genotyping results determined that ddPCR provides a more sensitive platform compared to qPCR approaches, particularly for samples that express low cffDNA fractions (<2%). The ddPCR platform also proved to be a rapid and accurate system for the determination of RHD zygosity. This study highlights that ddPCR could be used as opposed to qPCR for accurate determination of fetal sex and RHD status. While sequencing approaches currently provide the most sensitive platforms for NIPT of fetal aneuploidy, high costs (>£400) prevent universal application. The combination of cffDNA enrichment with ddPCR analysis could provide a cheaper and more widely available platform for NIPD. However, further large scale validation studies using actual maternal samples are required.