Au Québec, le dépérissement des fraisières cultivées (Fragaria x ananassa Duchesne) observé dernièrement a principalement été causé par les virus SMYEV, SCV, SMoV, SVBV et SPaV. Les vecteurs sont le puceron du fraisier, Chaetosiphon fragaefolii (Cockerell), et l’aleurode des serres, Trialeurodes vaporariorum (Westwood). Cette étude de deux ans comportait six objectifs. Premièrement, nous avons comparé l’efficacité de deux outils de dépistage des vecteurs, soit les pièges-collants jaunes et les pièges-bols jaunes. Les résultats démontrent que les pièges-collants sont plus efficaces pour la capture de pucerons et d’aleurodes, toutes espèces confondues. Deuxièmement, nous avons déterminé les périodes de vol des deux insectes vecteurs à l’échelle provinciale. Les résultats indiquent que le puceron du fraisier est principalement présent dans les champs du début juillet jusqu’au début septembre. Quant à l’aleurode des serres, il est présent de début juin jusqu’à la fin octobre. Troisièmement, nous avons évalué la prévalence des virus SMYEV et SCV dans les spécimens de pucerons du fraisier ailés capturés. Des analyses RT-PCR ont démontré que 38% des pucerons (N=205) étaient infectés. Le quatrième objectif consistait à évaluer la capacité des fraisiers sauvages (Fragaria virginiana Miller) à constituer un réservoir naturel de virus. Les analyses RT-PCR ont indiquées que 67% des talles de fraisierssauvages (N=12) étaient infectées et qu’elles représentent donc des réservoirs de virus. Le cinquième objectif était de suivre l’accumulation des virus dans 14 fraisières à l’aide de plants sentinelles protégés et exposés. Les résultats confirment que les plants de fraisier exposés en plein champ ont accumulé des virus suite aux envolées des vecteurs. Enfin, nous avons réalisé un inventaire considérable des différentes espèces de pucerons et d’aleurodes retrouvées en fraisières. Cette étude a apporté d’importantes contributions dans la gestion des insectes vecteurs de virus dans le cadre de la problématique du dépérissement des fraisières au Québec. / In Quebec, strawberry decline disease outbreak occurring in strawberry fields (Fragaria x ananassa Duchesne) has been predominantly caused by viruses (SMoV, SVBV, SPaV, SMYEV and SCV). The vectors are the strawberry aphid, Chaetosiphon fragaefolii (Cockerell) (Hemiptera: Aphididae) and the greenhouse whitefly, Trialeurodes vaporariorum (Westwood) (Hemiptera : Aleyrodidae). This 2-year study had six objectives. First, we compared the effectiveness of two screening techniques, yellow sticky traps and yellow pan-traps. The results demonstrated that the yellow sticky traps are more effective for capturing aphids and whiteflies, all species combined. The second objective was to determine the flight periods of the main vectors across the province. The results indicated that the winged strawberry aphids are mainly present in strawberry fields from early July until early September. As for the greenhouse whitefly, it is mainly present from early June and extends through October. The third objective was to measure the prevalence of SMYEV and SCVin winged strawberry aphid specimens captured in 2014 and 2015. The RT-PCR results indicated that 38% of the aphids (N=205) captured were infected. The fourth objective was to examine the ability of wild strawberries (Fragaria virginiana Miller) to be a long-term host for strawberry viruses. The RT-PCR results demonstrated that 67% of the wild strawberry patches tested (N=12) were infected and therefore, represent a natural reservoir. The fifth objective was to monitor the viruses’ accumulation in 14 strawberry fields throughout the province, using protected and exposed control plants. The results confirmed that the exposed control strawberry plants accumulated viruses following the vectors’ flights over the season. Finally, we carried out a considerable inventory of the different species of aphids and whiteflies found in strawberries. This study has provided important contributions to the management of virus-carrying insects as part of the problem of the strawberry declinein Quebec. / Résumé en espagnol

Titre de l'écran-titre (visionné le 5 septembre 2023) / Le soja (Glycine max; L. Merr.) est, d'un point de vue économique et agronomique, la plus importante légumineuse au monde dont l'attrait principal résulte de sa capacité à produire de fortes teneurs en protéines et en lipides. Ses caractéristiques agronomiques et nutritionnelles précieuses ont induit une forte augmentation de la demande et ainsi des surfaces allouées à sa culture créant une nouvelle niche écologique qui favorise l'émergence d'agents pathogènes. Parmi eux, Phytophthora sojae (Kaufmann and Gerdemann), causant la pourriture phytophthoréenne du soja (PRR), est l'un des facteurs les plus limitants au Canada et ailleurs dans le monde. L'introgression de gènes de résistance à P. sojae (Rps), dans des cultivars à haut rendement, fut la méthode de lutte favorisée par les semenciers pour réprimer la PRR. Ce type de résistance, dite verticale, se caractérise par la capacité d'un unique gène Rps à conférer une immunité totale contre les souches de P. sojae possédant le gène d'avirulence (Avr) complémentaire. Cependant, le déploiement massif des gènes Rps dans des cultivars de soja a imposé une forte pression de sélection sur les populations de P. sojae qui ont ainsi évolué vers des pathotypes plus complexes et capables de contourner ce type de résistance. Une approche alternative serait d'exploiter la résistance horizontale (RH) conférée par plusieurs gènes ou loci à caractères quantitatifs (QTL). Étant multigénique, ce type de résistance, par rapport à la résistance verticale, est plus durable et efficace contre un large spectre de pathotypes. Utilisés en synergie, ces deux types de résistance sont indispensables pour maintenir l'efficacité de la lutte génétique contre la PRR à long terme et ainsi assurer une meilleure gestion de la culture du soja. L'objectif principal de cette thèse est d'identifier des marqueurs génétiques associés à la RH du soja contre P. sojae afin de permettre aux semenciers de développer des variétés de soja à haut rendement, adaptées aux conditions canadiennes et résistantes contre P. sojae. Afin d'y parvenir, trois études, qui font intervenir les derniers outils de génotypage du soja et de phénotypage du niveau de résistance à la PRR, ont été réalisées. La première étude est une cartographie génétique sur une population formée de lignées pures recombinantes (RIL) issues du croisement entre PI 449459 et Misty, deux lignées adaptées aux conditions canadiennes mais contrastées pour le niveau de RH contre P. sojae. Une approche de génotypage-par-séquençage (GBS) a permis de comparer les RILs sur la base de marqueurs génétiques hérités des parents. En parallèle, le phénotypage des RILs pour le niveau de RH a été réalisé à l'aide d'une nouvelle technique d'inoculation en hydroponie. Ceci a permis d'identifier deux QTLs associés à la RH contre P. sojae. Une analyse transcriptomique (RNA-seq) complémentaire a identifié des variations transcriptionnelles et nucléotidiques entre les deux parents, permettant ainsi de raffiner le nombre de gènes candidats à un seul par QTL identifié. À l'instar de la première étude, la seconde est aussi une cartographie génétique sur une population de RILs faisant usage d'un GBS et du phénotypage de la RH en hydroponie. En revanche, la population de RILs est issue du croisement entre les lignées PI 449459 et QS5091.50J qui ne sont pas contrastées pour le niveau de RH. La distribution des RILs et des parents pour le niveau de RH a suggéré qu'une nouvelle source de résistance, non exprimée chez les parents, a été générée durant la création de la population. Une analyse comparative des variations structurales et nucléotidiques des parents et de RILs a conduit à l'identification de deux SNP pouvant justifier l'amélioration de la résistance chez les RILs. Enfin, la troisième étude en est une d'association pangénomique (GWAS) de la RH du soja contre P. sojae. Un séquençage complet du génome de 357 accessions a permis de produire un génotypage offrant une couverture génomique inédite pour une étude de la résistance du soja. En parallèle, le phénotypage de la RH de ces 357 accessions a été réalisé en hydroponie. Les différents modèles statistiques utilisés, pour réaliser le GWAS, ont communément identifié un unique QTL ayant un impact majeur sur le niveau de RH. Ensuite, un unique gène candidat a été identifié et sa pertinence fut confirmée par une analyse d'expression par qRT-PCR entre des lignées sensibles et résistantes contrastées pour l'allèle au SNP le plus fortement associé. / Soybean (Glycine max L. Merr.) is, from an economic and agronomic point of view, the most important legume in the world. The interest for this crop results from its capacity to produce high levels of proteins and lipids. Its valuable agronomic and nutritional characteristics have led to a strong increase in demand and thus in the areas allocated to its production, creating a new ecological niche that favors the emergence of pathogens. Among them, Phytophthora sojae (Kaufmann and Gerdemann), causing Phytophthora root rot (PRR), is one of the most limiting factors in Canada and elsewhere in the world. The introgression of P. sojae resistance (Rps) genes into high-yielding cultivars has been the favored strategy by breeders to control PRR. This type of resistance, known as vertical, is characterized by the capacity of a single Rps gene to confer total immunity against isolates of P. sojae possessing the complementary avirulence (Avr) gene. However, the massive deployment of Rps genes in soybean cultivars has imposed a strong selection pressure on populations of P. sojae, which has led to the development of more complex pathotypes capable of by passing this type of resistance. An alternative approach would be to exploit the horizontal resistance (HR) conferred by several genes or quantitative trait loci (QTLs). Being multigenic, this type of resistance, compared to vertical resistance, is more durable and effective against a broad spectrum of pathotypes. Used in synergy, these two types of resistance are essential to maintain the long-term effectiveness of the genetic control against PRR and thus ensure better management of soybean crops. The main objective of this thesis is to identify genetic markers associated with soybean HR against P. sojae in order to allow breeders to develop high-yielding soybean varieties, adapted to Canadian conditions and resistant to P. sojae. In order to achieve this, three studies, exploiting the latest tools for soybean genotyping and phenotyping, were carried out. The first study is a genetic mapping analysis on a population of recombinant in bred lines (RILs) resulting from the cross between PI 449459 and Misty, two lines adapted to Canadian conditions but contrasted for their level of HR against P. sojae. A genotyping-by-sequencing (GBS) approach was used to compare the RILs on the basis of genetic markers in herited from the parents. In parallel, the phenotyping of RILs for the level of HR was performed using a new hydroponic inoculation assay. This allowed the identification of two QTLs associated with HR against P. sojae. A complementary RNA-seq analysis identified both expression and nucleotide variations between the two parents, thus refining the number of candidate genes to one per QTL identified. As in the first study, the second one also reports on genetic mapping on a population of RILs using GBS and HR phenotyping in hydroponic systems. Un like the first study, the population of RILs resulted from the cross between the lines PI 449459 and QS5091.50J, both exhibiting a high level of HR. The distribution of RILs and parents for their resistance to P. sojae suggested that a new source of resistance, not expressed in the parents, was generated during the creation of RILs. A comparative analysis of the structural and nucleotide variations between the parents and the more resistant RILs led to the identification of two SNPs that could explain the improvement in resistance. Finally, the third study is a genome-wide association analysis (GWAS) for HR of soybean against P. sojae. A whole-genome sequencing of 357 accessions was performed and provided data offering an unprecedented genome coverage compared to previous GWA analyses performed for disease resistance in soybean. In parallel, the phenotyping of these 357 accessions for the level of HR was carried out with the hydroponic assay. The different statistical models used to perform the GWAS have convergently identified a single QTL having a major impact on the level of HR. Within this QTL, a single candidate gene was identified and its relevance was confirmed by qRT-PCR analysis between the sensitive and resistant lines contrasted for the allele at the peak SNP.

Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida est une bactérie à Gram négatif responsable de la furonculose, une infection opportuniste des salmonidés d'élevage représentant en moyenne de 30 à 60 % des diagnostics annuels posés au Québec chez l'Omble de fontaine aquicole (Salvelinus fontinalis). Les méthodes de traitement actuelles contre la furonculose reposent essentiellement sur l'antibiothérapie et l'immunoprophylaxie. Cependant, l'usage intensif d'antibiotiques en aquaculture contribue à l'émergence de souches pathogènes d'A. salmonicida antibiorésistantes (certaines résistant à jusqu'à 8 antibiotiques). De plus, les effets secondaires associés à l'antibiothérapie et la vaccination peuvent causer des altérations maladaptives des interactions hôte-microbiote, en défaveur des bactéries résidentes de l'hôte qui contribuent à la résistance aux infections. C'est pourquoi l'administration de symbiontes bactériens endogènes à des hôtes sensibles en tant que traitement probiotique semble être une solution prometteuse. L'objectif de ce projet de maîtrise était d'initier la recherche et le développement d'un traitement à base de probiotiques endogènes pour prévenir et traiter la furonculose chez l'Omble de fontaine. Dans le cadre de ce projet, des souches de Pseudomonas spp. endogènes de l'Omble de fontaine ont été découvertes sur la base de leur effet d'antagonisme marqué et inductible vis-à-vis A. salmonicida. L'analyse bio-informatique du génome de ces souches a permis de prédire qu'elles appartiennent à l'espèce P. fluorescens, qu'elles sont a priori non pathogènes et qu'elles ne portent aucun gène horizontalement transférable de résistance à des antibiotiques homologués au Canada pour usage en aquaculture. Ces souches seraient donc des candidats probiotiques prometteurs pour prévenir et traiter la furonculose chez l'Omble de fontaine. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is a Gram-negative bacterium causing furunculosis, an opportunistic disease of farmed salmonids that accounts for 30 to 60% of yearly diagnoses emitted for the brook charr (Salvelinus fontinalis) in the Quebec province, Canada. Current treatment methods against furunculosis include antibiotherapy and immunoprophylaxis. However, the intensive use of antimicrobials in aquaculture contributes to the emergence of resistant A. salmonicida strains (some of which can resist up to 8 antimicrobials). Moreover, the adverse effects of antibiotherapy and vaccination may cause maladaptive changes in host-microbiota interactions, in disfavour of resident bacteria that contribute to enhance disease resistance. Therefore, using bacterial symbionts as a probiotic treatment appears to be a promising solution to treat furunculosis. The purpose of this Master's project was to pioneer research and development of an endogenous probiotic-based treatment strategy for brook charr against furunculosis. In this project, endogenous Pseudomonas spp. strains from brook charr were identified on the basis of their strong and inducible in vitro antagonistic effect against A. salmonicida. Bioinformatic analyses of those strains' genome sequence predicted that: (i) they belong to the P. fluorescens species group, (ii) they are non-pathogenic a priori, and (iii) they harbor no horizontally-transferable genes that confer resistance to antibiotics approved for use in aquaculture in Canada. These P. fluorescens strains therefore are promising probiotic candidates for in vivo trials on live brook charr.

L'obésité augmente de façon similaire dans les pays industrialisés par rapport aux pays en voie de développement. La classe définissant l'obésité morbide s'accroît plus rapidement que l'obésité en général. Cette classe d'obésité engendre de plus grands risques pour la santé que la prise de poids ou l'obésité de moindre importance. Les Inuit sont une nation aborigène unique qui vivent sur les côtes nordiques, incluant la région du Nunavik du Québec (Canada). Dans les dernières décennies, les Inuit ont vécu de grands changements sociaux. Ils bénéficiaient d'une santé pratiquement exempte de maladies cardiovasculaires; malheureusement ceci n'est plus le cas car les changements nutritionnels mettent cela en péril. À l'aide de deux sondages effectués antérieurement chez les Inuit du Nunavik, la présente étude analyse la prévalence augmentée de l'obésité morbide chez cette population et l'impact sur la santé cardiovasculaire en regard des profils métaboliques et anthropométriques. La prévalence de l'obésité morbide a augmenté de 80%. Entre 1992 et 2004, aucune différence n'a été observée pour l'insulinémie (155 vs 115 pmol/L), le cholestérol total (5,4 vs 5,1 mmol/L), le cholestérol LDL (3,4 vs 2,9 mmollL), le cholestérol HDL (1,3 vs 1,4 mmollL), les triglycérides (1,6 vs 1,7 mmol/L) ainsi que dans les pressions artérielles systoliques (132 vs 130 mmHg) et diastoliques (81 vs 79 mmHg) ainsi que pour le ratio taillelhanche (0,95 vs 0,99) respectivement. Une augmentation significative est observée pour la circonférence de taille (109 vs 121 cm, p = 0,039) et une diminution significative est remarquée pour le glucose sanguin à jeun (7,7 vs 5,8 mmol/L, p < 0,001). La prévalence du diabète est demeurée stable à environ 40% de la population. Malgré l'augmentation de la prévalence de l'obésité morbide, le profil métabolique de cette population Inuit semble demeurer comparable. Néanmoins, les mécanismes derrière l'amélioration métabolique, malgré une prise de poids, restent à être élucidés, et ces résultats doivent être interprétés avec précaution.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2006-2007 / Le risque de maladies cardiovasculaires est plus élevé chez les sujets présentant un diabète de type 2 ou une intolérance au glucose comparativement aux sujets non diabétiques. La présence d'un regroupement de facteurs de risque potentiellement athérogènes chez ces individus contribuerait à augmenter le risque cardiovasculaire. L'analyse des données de l'Étude des Familles de Québec a permis de confirmer la relation entre l'hyperglycémie et le risque cardiovasculaire, et ce, indépendamment de l'adiposité et sa distribution. Par ailleurs, l'étude des déterminants du profil de risque cardiovasculaire chez la femme ménopausée a permis de confirmer dans un premier temps l'association entre l'accumulation de tissu adipeux viscéral en comparaison au tissu adipeux sous-cutané avec différentes perturbations du profil des lipides et lipoprotéines et du profil inflammatoire, alors qu'une accumulation préférentielle de tissu adipeux à la mi-cuisse était plutôt associée à un profil de risque favorable. Dans un même ordre d'idée, cette étude a démontré qu'indépendamment de l'obésité viscérale, la résistance à l'insuline contribuait à la détérioration du profil métabolique, et ce, suivant des associations spécifiques. Les résultats présentés dans cette thèse apportent également de l'information sur l'importance d'évaluer la sécrétion d'insuline en relation avec la sensibilité à l'insuline afin d'apprécier son implication dans la détérioration de la tolérance au glucose. Par ailleurs, nous avons observé que l'hypertriglycéridémie observée chez les femmes diabétiques de type 2 résultait à la fois d'une augmentation de la production et d'une diminution de l'élimination de triglycérides. Par la suite, des analyses effectuées à l'aide d'outils clinique pour évaluer la sensibilité à l'insuline ont révélé que les indices de sensibilité à l'insuline incluant une glycémie 2-h post- glucose dans leur définition étaient plus fortement corrélés à la valeur de référence obtenue lors du clamp que les indices utilisant des valeurs à jeun. Finalement, afin d'étudier de façon plus globale le risque des femmes à l'étude, nous nous sommes intéressées à comparer deux définitions cliniques du syndrome métabolique et à comparer le syndrome métabolique avec un système d'évaluation du risque cardiovasculaire fréquemment utilisé, le score Framingham. Les résultats ont démontré que ces outils cliniques disponibles pour évaluer le risque cardiovasculaire chez la femme ménopausée identifiaient des femmes présentant un profil métabolique différent, et que l'ajout de composantes additionnelles à ces outils contribuerait à améliorer l'identification des femmes à risque. / Individuals with type 2 diabetes or impaired glucose tolerance are at increased risk of cardiovascular disease compared with non diabetic subjects. The presence of many metabolic alterations in these subjects may explain, to a large extent, this increased cardiovascular risk. Analyses of data from the Québec Family Study have first confirmed the link between hyperglycemia and cardiovascular disease risk factors, independently of adiposity and its distribution. Furthermore, studies on determinants of the cardiovascular disease risk profile in postmenopausal women have confirmed the association between visceral adipose tissue rather than subcutaneous adipose tissue with abnormalities in the lipid-lipoprotein and inflammatory profiles, whereas preferential accumulation of adipose tissue in the midthigh region seems to confer protection against deterioration in the metabolic profile. It was also shown that in addition to visceral obesity, insulin resistance contributes to the determination of the metabolic profile in postmenopausal women. Results presented in this thesis also give further evidence of the importance of insulin secretion relative to insulin sensitivity in the deterioration of glucose tolerance. Moreover, we showed that hypertriglyceridemia found in women with type 2 diabetes was explained by an increased triglyceride production rate and a decreased triglyceride clearance. Analyses performed with surrogate indices of insulin sensitivity have revealed that insulin sensitivity indices obtained from glucose challenge data and incorporating a measurement of body weight or BMI appear to be superior to those without post-glucose data or body weight-BMI measurements. Finally, in order to evaluate the global cardiovascular risk in our postmenopausal women, we have examined the metabolic risk profile in postmenopausal women characterized by the metabolic syndrome using two proposed definitions, and have compared the metabolic syndrome with another clinical tool for the estimation of cardiovascular risk, the Framingham score. Our results have shown that these clinical tools used in the evaluation of cardiovascular risk in postmenopausal women identified patients with distinct metabolic risk profiles and that the inclusion of additional components in the Framingham equation may contribute to improve the ability of this clinical tool to identify women at increased cardiovascular risk.

Saprolegnia parasitica est une moisissure aquatique responsable des infections fongiques chez les poissons d’eau douce. Auparavant, ces infections étaient traitées au vert de malachite jusqu’à qu’il soit interdit à cause de ses propriétés cancérigènes. Les nouveaux enjeux de la recherche sont donc le développement de produits naturels pour prévenir et contrôler S. parasitica. Les expériences, in vitro, consistaient à déterminer la concentration minimale d’inhibition (CMI) par la méthode de graines de chanvre. Les expériences par bain, in vivo, consistaient à évaluer l’efficacité des produits sur des alevins infectés par S. parasitica. Le Neemazal WSP 5%, le Rhus typhina JN02141A et la bactérie Burkholderia cepacia ont présenté une activité antifongique contre S. parasitica. Cependant, le Rhus typhina JN02141A s’est avéré inefficace en présence d’alevins infectés par S. parasitica. Les prochaines étapes seraient donc la recherche des ingrédients actifs et de les tester sur des alevins infectés par S. parasitica. / Saprolegnia parasitica is a water mold responsible of the fungal infections of fish in fresh water environments. Previously, these infections were treated with malachite green until it is banned due to its carcinogenic properties. Novel research avenues include the development of natural products to prevent and control S. parasitica. The purpose of the experiments in vitro was to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) by the Hempseed MicroPlate (HeMP) – method. Experiments in bath in vivo were to assess the effectiveness of products on fry infected with S. parasitica. Neemazal WSP 5%, Rhus typhina JN02141A, and Burkholderia cepacia showed antifungal activity against S. parasitica. However, Rhus typhina JN02141A was ineffective on fry infected with S. parasitica. The further research is to identify the active ingredients and test them on fry infected with S. parasitica.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / La maladie coronarienne (Coronary Artery Disease; CAD), l'une des pathologies cardiovasculaires les plus prévalentes au monde, représente la première cause de mortalité dans de nombreux pays développés. Cette pathologie complexe affecte l'arbre artériel irriguant le cœur, pouvant aboutir à des troubles de la circulation et être à l'origine d'évènements aigus, voire mortels, tels que l'infarctus du myocarde (Myocardial Infarction; MI). De nombreux facteurs de risque (FDR) associés au développement de la CAD ont été décrits. Certains d'entre eux ne sont pas modifiables, comme le sexe masculin ou l'âge. D'autres sont modifiables ou contrôlables, tels que le niveau de certaines lipoprotéines athérogènes, l'hypertension artérielle, le diabète ou le tabac. Ces différents paramètres peuvent être évalués individuellement en clinique ou être pris en considération de façon combinée, au moyen de scores de risque clinique, dans le but d'estimer un risque de développer la CAD et d'agir en prévention. Toutefois, de nombreuses limitations existent pour l'utilisation de ces scores. Parmi elles, ces scores ne capturent les effets que de quelques FDR traditionnels, faisant l'impasse sur d'autres risques liés, par exemple, à des conditions inflammatoires chroniques ou d'autres susceptibilités biologiques. Enfin, ces scores ne permettent pas d'anticiper les cas très précoces de CAD ou de MI (généralement avant l'âge de 40 ans). Au cours des deux dernières décennies, plusieurs études observationnelles d'envergure nous ont permis de comprendre le rôle de notre patrimoine génétique dans l'étiologie de la CAD. Les études d'associations pangénomiques ont permis l'identification de plus de 240 loci associés à la CAD, mettant en lumière une architecture génétique complexe. Ces études ont permis d'estimer, pour un ensemble de polymorphismes nucléotidiques, des effets positifs ou négatifs significatifs sur l'occurrence de la maladie. En se basant sur un modèle additif, des méthodes statistiques permettent d'agréger ces effets en une valeur unique qui capture le risque génétique individuel de développer la maladie. Ce sont les scores de risque polygéniques (Polygenic Risk Scores; PRS). Cependant, malgré un éventail d'études montrant une prédiction indépendante du risque de CAD par rapport aux FDR, l'utilisation des PRS pour une application future dans un cadre clinique reste un sujet débattu, notamment lorsqu'ils sont comparés aux scores cliniques actuels. L'objectif principal de cette thèse est d'étudier l'impact des PRS dans la prédiction du risque de CAD et de MI par rapport aux outils utilisés en clinique, ainsi que d'améliorer les performances prédictives globales des PRS. Cette thèse comprend deux axes principaux, avec chacun deux projets. Le premier axe est dédié à la prédiction des MI au moyen de PRS spécifique à la CAD et à ses FDR. Le second axe se focalise sur l'utilisation des déterminants génétiques associés spécifiquement aux lipides et lipoprotéines pour la prédiction du risque de CAD. Brièvement, notre première étude s'est focalisée sur l'impact d'un PRS de CAD pour prédire l'incidence de MI et la mortalité, dans la cohorte britannique UK Biobank (UKB). En stratifiant nos analyses en fonction des différents groupes d'âge et du sexe, nous avons décrit des associations plus fortes entre le PRS et l'incidence de MI chez les jeunes adultes (âgés de 40 à 51 ans), notamment du sexe masculin, suggérant un intérêt pour la prédiction des cas précoces. En utilisant des analyses multivariées, nous avons constaté que l'association entre le PRS de CAD et l'incidence de CAD ou de la mortalité était indépendante de celle d'un score de risque clinique. Le PRS de CAD permettait aussi de reclassifier une proportion importante d'individus dont le risque était sous-estimé par le score clinique. Dans notre deuxième étude, nous avons validé, dans des cohortes canadiennes, l'usage de PRS de CAD et de ses FDR (obtenus à partir d'autres études). Nous avons montré que le PRS de CAD et quelques PRS de FDR étaient associés à la sévérité de la CAD (déterminée par angiographie coronarienne). Dans notre troisième étude, nous avons produit des PRS de lipides (acides gras et lipoprotéines) et comparé leurs performances prédictives par rapport à un PRS de CAD, pour prédire l'incidence de la CAD dans la cohorte UKB. Nos résultats ont permis de montrer que la majorité des PRS de lipides étudiés (27/29) étaient associés à l'incidence de la CAD. Dans la deuxième et troisième étude, nous démontrons aussi que combiner plusieurs PRS indépendants de FDR ou spécifiquement de lipides a permis d'améliorer la prédiction du PRS de CAD. Dans notre dernière étude, nous avons évalué la contribution spécifique de la lipoprotéine(a) et du gène LPA dans la détermination du risque polygénique de CAD dans la cohorte UKB. Nos résultats montrent que malgré une contribution mineure du gène LPA dans le PRS de CAD dans la prédiction de l'incidence de la CAD, une mesure de lipoprotéine(a) complémentaire est nécessaire pour une meilleure stratification du risque génétique de la CAD. Pris dans leur ensemble, les résultats de cette thèse soutiennent l'intérêt des PRS pour quantifier un risque héritable de CAD qui est non saisi par les scores cliniques conventionnels. L'usage de PRS permettra de cibler tôt les personnes qui ont un risque génétique élevé. Des efforts doivent cependant se poursuivre afin de pouvoir éventuellement les utiliser en clinique, dans la population générale. / Coronary artery disease (CAD) is one of the most prevalent cardiovascular diseases in the world, and the leading cause of death in many developed countries. This complex pathology affects the arterial tree that supplies blood to the heart, leading to circulatory problems and acute, even fatal, events such as myocardial infarction (MI). Numerous risk factors associated with the development of CAD have been described. Some of them are not modifiable, such as male gender or age, while others are modifiable or manageable, such as the level of certain atherogenic lipoproteins, arterial hypertension, diabetes or smoking. These different parameters can be assessed individually in clinical settings or considered, using clinical risk scores, with the aim to estimate the risk of developing CAD and to take preventive action. However, several limitations to the use of these scores exist. Among them, these scores only capture the effects of a few traditional risk factors, overlooking other related risks such as chronic inflammatory conditions or other biological susceptibilities. Finally, these scores do not allow to anticipate very early cases of CAD or MI (generally before the age of 40). Over the last two decades, several large-scale observational studies have enabled us to understand the role of the genetic component in the aetiology of CAD. Genome-wide association studies have identified more than 240 loci associated with CAD, uncovering a complex genetic architecture. These studies have estimated, for a range of genetic polymorphisms, significant positive or negative effects on the occurrence of the disease. Using an additive model, statistical methods can now be used to aggregate these effects into a single metric that captures the individual genetic risk of developing the disease, known as polygenic risk scores (PRS). However, despite a range of studies showing independent prediction of CAD risk in relation to risk factors, the use of PRS for future application in a clinical setting remains debated, particularly when compared with actual clinical scores. The main aim of this thesis is to study the impact of PRS in predicting the risk of CAD and MI compared with the tools used in clinical practice, and to improve the overall predictive performance of PRS. This thesis focuses on two main axes, each separated into two projects. The first axis is dedicated to the prediction of MI using PRS specific to CAD and for its risk factors. The second focuses on the use of genetic determinants specifically associated with lipids and lipoproteins to predict the risk of CAD. Briefly, our first study concentrated on the impact of a CAD PRS to predict MI incidence and mortality, in the UK Biobank (UKB) cohort. By stratifying our analyses according to different age groups and sex, we described stronger associations between the PRS and the incidence of MI in young adults (aged between 40 to 51 years old), particularly in men, suggesting an interest in predicting early onset of CAD. In multivariable analyses including a clinical risk score, we showed that the CAD PRS was independently associated with incident MI and all-cause mortality. In our second study, we validated the use of CAD PRS and PRS for cardiovascular risk factors (derived in other studies), in Canadian cohorts, and showed that CAD PRS and some specific PRS for risk factors were associated with CAD severity (determined by coronary angiography). In our third study, we derived lipid PRS (fatty acids and lipoprotein) and compared their predictive performance against a CAD PRS in the prediction of incident CAD in the UKB cohort. Our results showed that the majority of studied lipid PRS (27/29) were associated with the incidence of CAD. In the second and third studies, we demonstrated that combining several independent PRS for cardiovascular risk factors or lipids PRS improved the prediction of a CAD PRS. In our last study, we evaluated the specific contribution of lipoprotein (a) to the polygenic risk prediction of CAD in the UKB. Our results showed that despite a minor contribution of the LPA gene in CAD PRS to predict the incidence of CAD, a complementary lipoprotein(a) measurement is necessary for a better genetic risk stratification of CAD. Taken altogether, the results of this thesis support the value of PRS in quantifying heritable CAD risk, not captured by conventional clinical scores. The use of PRS will enable early targeting of individuals at high genetic risk. However, further efforts are needed to eventually use them clinically, in the general population

La production de millions de semis voués à la reforestation est affectée par les problèmes de pourritures racinaires. Afin de développer des agents de biocontrôle adaptés aux pépinières, nous criblons les populations de Pseudomonas spp. des rhizosphères d’épinettes provenant de pépinières et de milieu naturel, pour détecter des gènes de production d’antibiotiques. Nous avons isolé plusieurs souches portant des gènes de production de phloroglucinol, de pyrrolnitrine, de cyanure d’hydrogène et de phénazines. L’analyse de ces gènes montre que pour les producteurs de phloroglucinol, un génotype est dominant dans les pépinières, alors qu’un génotype différent est dominant chez les souches provenant de milieu naturel. Ces dernières possèdent également les gènes de synthèse de la pyrrolnitrine et leur capacité d’inhiber Cylindrocladium floridanum in vitro est supérieur. De plus, en se basant sur la séquence du gène phzC, nous avons isolé trois groupes de producteurs de phénazines, dont deux provenant de milieu naturel et un de pépinière. L’analyse du gène de la portion 16s de l’ARN ribosomal confirme que ces trois groupes appartiennent à différente espèces. / Fluorescent Pseudomonas spp. that produce antibiotics such as 2,4-diacetylphloroglucinol and phenazines show biocontrol activity against many important soil borne fungal pathogens. We isolated several strains of Pseudomonas carrying genes for DAPG and PCA synthesis from the rhizosphere of black spruce (Picea mariana) and white spruce (Picea glauca) in two different conifer nurseries and in one natural stand. Sequence analysis of a portion of the phlD gene revealed that one dominant genotype was present in both nurseries and that a different genotype was dominant in the natural forest. Strains from the natural forestwere also found to have the genes for pyrrolnitrin synthesis but lack pyoluteorin biosynthesis genes. Furthermore, in vitro anitfungal assays against Cylindrocladium floridanum showed a much stronger inhibition by strains isolated from natural forest than from nursery. Analysis of phenazine genes revealed 3 groups of phenazines-producers; one from a nursery and two from natural stand.

Titre de l'écran-titre (visionné le 12 janvier 2024) / Il est reconnu qu'une supplémentation en acides gras (AG) oméga-3 (n-3) d'origine marine, et plus particulièrement en acide eicosapentaénoïque (AEP) et en acide docosahexaénoïque (ADH), permet d'abaisser les concentrations plasmatiques de triglycérides (TG) (1). Les TG plasmatiques sont un type de lipides sanguins qui, en concentrations élevées, sont fortement associés au risque de développer une maladie cardiovasculaire (MCV) (2). Toutefois, il est bien démontré qu'une certaine proportion de la population n'abaisse pas ses TG sanguins suivant une supplémentation en AEP et en ADH, en partie dû à des facteurs génétiques (3,4). À l'aide d'une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS), notre équipe a précédemment identifié six loci responsables de la variabilité interindividuelle dans la réponse des TG chez les participants de l'étude Fatty Acid Sensor (FAS) (4). Par cartographie fine, notre groupe a ensuite identifié 31 polymorphismes nucléotidiques simples (SNPs) modulant la réponse des TG à une supplémentation en AG n-3 (5). Ces SNPs ont été inclus dans un outil de prédiction de la réponse des TG, nommé « score de risque génétique » (GRS), qui permettait d'expliquer 49.73% de la variance des TG (5). Parallèlement aux études menées par notre groupe, une équipe de recherche a récemment identifié de nouveaux SNPs interagissant avec une supplémentation en huile de poisson pour moduler les lipides sanguins dans une cohorte de 73 962 participants de la UK Biobank (6). Ces SNPs sont d'un intérêt particulier puisqu'ils sont situés dans des loci qui n'avaient pas encore été identifiés dans la cohorte FAS. L'objectif des présents travaux était donc de vérifier si l'ajout de ces nouveaux SNPs permettait de raffiner le GRS bâti par notre équipe. Nos travaux montrent que l'ajout de ces nouveaux SNPs ne permettent pas d'améliorer la capacité prédictive du GRS et que celui-ci demeure l'outil le plus précis que nous avons jusqu'à maintenant pour prédire la réponse des TG à une supplémentation en AG n-3. / It is recognized that an omega-3 fatty acid (n-3 FA) supplementation from marine origin, particularly eicosapentaenoic acid (EPA) and docosahexaenoic acid (DHA), lowers plasma triglyceride (TG) concentrations (1). Elevated plasma TG levels are strongly associated with the risk of developing cardiovascular disease (CVD) (2). However, it has been well demonstrated that a certain proportion of the population does not lower their blood TG levels in response to EPA and DHA supplementation, partly due to genetic factors (3,4). Through a genome- wide association study (GWAS), our team previously identified six loci responsible for the interindividual variability in the TG response among participants from the Fatty Acid Sensor (FAS) study (4). Using fine mapping methods, our group then identified 31 single nucleotide polymorphisms (SNPs) modulating the TG response to n-3 FA supplementation (5). These SNPs were included in a predictive tool of the TG response called « genetic risk score » (GRS), which explained 49.73% of the TG variance (5). In parallel with our studies, another research team recently identified new SNPs interacting with fish oil supplementation to modulate blood lipids in a cohort of 73,962 participants from the UK Biobank (6). These SNPs are of particular interest as they are located in loci that had not yet been identified in the FAS cohort. The objective of this project was therefore to verify whether the addition of these new SNPs allowed to refine the GRS constructed by our team. Our findings first demonstrate that the incorporation of these new SNPs does not enhance the predictive capacity of the GRS, and secondly that the GRS remains the most accurate tool we have so far to predict the TG response to an n-3 FA supplementation.

Les risques liés à l’environnement immédiat, notamment le manque d’accès à l’eau potable, à l’assainissement, à un logement décent et à un milieu de vie sain constituent un des facteurs à l’origine de la mauvaise santé des enfants de moins de cinq ans dans les pays en développement. Les objectifs principaux poursuivis dans cette recherche sont de mesurer l’influence de ces risques de l’environnement immédiat sur la prévalence des symptômes des troubles oculaires et celle des symptômes des troubles cutanés chez les enfants de moins de cinq ans à Ouagadougou et de rechercher les autres déterminants sous-jacents de la prévalence de ces symptômes dans cette ville. Nous utilisons les données de l’enquête réalisée en février 2010 sur l’état de santé et le comportement sanitaire associé aux maladies et symptômes récents et les données sur les événements démographiques et sur les conditions de vie des ménages collectées en mai 2009 durant le round 1 de l’enquête ménage. L’échantillon de l’étude est constitué de 950 enfants issus de 736 ménages sélectionnés aléatoirement dans cinq quartiers périphériques de la ville de Ouagadougou. Nous avons recouru à l’analyse descriptive fondée sur les tableaux croisés et les tests du chi-2, et à l’analyse de la régression logistique multivariée ayant permis d’étudier les risques relatifs de la survenue desdits symptômes. L’analyse descriptive montre que certaines variables de l’environnement immédiat, en l’occurrence le mode d’évacuation des ordures ménagères, le type de toilette utilisé le plus souvent par la plupart des membres du ménage et le type de quartier de résidence, sont associés à la prévalence des troubles oculaires. Mais une analyse approfondie à l’aide de la régression logistique multivariée n’a confirmé que l’effet du type de quartier de résidence. Concernant la prévalence des symptômes des troubles cutanés, en analyse bi-variée, les variables de l’environnement immédiat qui y sont associées sont la nature du sol intérieur et le mode d’évacuation des eaux usées. L’analyse multivariée semble confirmer les effets de ces variables. Nous avons relevé quelques limites des données utilisées, notamment la faible taille de l’échantillon, la non-confirmation par voie médicale des données sanitaires et le caractère transversal desdites données. Toutefois, les résultats trouvés pourront être utiles aux planificateurs et décideurs qui ont la charge de la gestion de l’espace urbain dans le but de mieux concevoir de nouvelles politiques urbaines mettant l’accent sur la restructuration des quartiers précaires afin de mieux combattre les maladies évitables. En conclusion, en tenant compte des limites relevées, il serait utile de procéder à d’autres investigations afin de tirer des conclusions moins sujettes à débat du point de vue méthodologique. / Risks related to domestic environment, including a lack of access to safe drinking water, inadequate sanitation, poor housing conditions and an unhealthy environment are some of the factors that can explain the poor health of young children in developing countries. The main goals of this research are to assess the influence of such local environmental risks on the prevalence of symptoms of eye and skin diseases among children aged under five and to examine the effects of other possible determinants of these problems in Ouagadougou, capital city of Burkina Faso. Data are from a survey conducted in February 2010 that collected information on the health status and behaviors associated with recent disease episodes; these are linked to data collected in May 2009 by an earlier round of the Ouagadougou DSS on demographic events and the living conditions of households. Our sample consists of 950 children from 736 randomly selected households in five suburbs of the city. The descriptive analysis (cross-tabulations and chi-2 tests) showed that several variables of domestic environment, namely the waste disposal, the type of toilet used by the members of the household and the type of neighborhood are associated with the prevalence of the symptoms of eye diseases. The multivariate analysis using multivariate logistic regressions, however, confirmed only the effect of neighborhood type – zoned versus spontaneous settlements. Concerning the skin diseases, the descriptive analysis indicated that the only aspects of the domestic environment that are associated with their symptoms are the type of floor in the living union and the method of household waste disposal. The multivariate analysis confirmed the significant effects of these variables on children’s health. We note some limitations of the data used, including the relatively small size of the sample, the fact that disease symptoms were reported by the children’s guardians and not verified by doctors, and the cross-sectional nature of the data. The data however do provide unusual information on the domestic living environment and are of relatively good quality. The results of the study may be useful to planners and decision makers who are responsible for the management of urban space, in order to improve the design of policies aiming to improve the structure and living conditions in precarious (spontaneous, non-zoned) neighborhoods to better fight preventable diseases. That said, further research is needed to attain stronger conclusions that are based on larger data sets that are less subject to possible self-reporting inaccuracies.