La découverte du défaut moléculaire en cause dans les maladies rares est une étape importante en vue d'un traitement spécifique ainsi que d'un meilleur diagnostic, ce qui permet de réduire le délai diagnostique, de mieux connaître l'histoire naturelle de la maladie, et ainsi d'améliorer les traitements symptomatiques et la prévention secondaire. Les gènes de plus de 1500 maladies rares monogéniques restent à découvrir. Beaucoup de maladies rares qui frappent les enfants de parents en bonne santé correspondent à des maladies génétiques récessives autosomiques. Certaines paraissent extrêmement rares mais, une fois le gène identifié dans une famille princeps, beaucoup d'autres cas s'avèrent dus à des défauts du même gène. Les patients que nous étudions sont issus de familles consanguines comptant souvent de nombreux sujets atteints. Une seule famille de ce type peut permettre l'identification du gène par cartographie d'homozygotie et clonage positionnel.<p>Nous avons recruté dans ce travail des cas familiaux ou sporadiques de six maladies autosomiques récessives rares de gène inconnu. <p>La stratégie de cartographie par homozygotie nous a permis de mettre en évidence de nouveaux loci morbides dans quatre de ces maladies (épilepsie myoclonique progressive EPM3 ;syndrome marfanoïde avec microsphérophakie ;atrophie optique isolée ;et syndrome de microcéphalie et diabète précoce) ou de réduire la taille de loci déjà connus (microcéphalies primaires MCPH2 et MCPH4 ;et syndrome de Harboyan CDPD1). Nous avons pu caractériser de nouvelles mutations dans les gènes déjà connus ASPM (microcéphalie primaire MCPH5) et SLC4A11 (syndrome de Harboyan) et corréler celles-ci aux données cliniques. Enfin nous avons identifié les gènes KCTD7 et LTBP2 comme responsables respectivement des maladies EPM3 et syndrome marfanoïde avec microsphérophakie, en y découvrant des mutations chez les malades.<p> / Doctorat en Sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Introduction. La présente thèse explore les processus de construction de l’action publique et la manière dont ils influencent la participation des associations de patients, à partir du cas d’une maladie chronique, le diabète, et dans le contexte d’un pays à faible revenu, le Mali. Si la question de la participation a été étudiée de longue date dans la littérature, en revanche elle a été peu étudiée en lien avec le diabète et en contexte africain en particulier. Cadre théorique. Une approche interdisciplinaire originale a fondé ce travail, intégrant des réflexions et cadres théoriques issus de la santé publique, des sciences politiques et de la sociologie. Dans une perspective d’action publique, l’accent a été mis sur les acteurs et leurs interactions, en prenant en compte différentes échelles d’action (locale, nationale et internationale). Méthodes. Les données ont été récoltées à Bamako sur une période longue, de 2008 à 2014, et à partir de plusieurs projets. La triangulation des sources (autorités nationales, partenaires internationaux, associations) et des techniques qualitatives d’enquête (entretiens, observations, revue documentaires) a été privilégiée.Résultats. La gouvernance du secteur de la santé et les dynamiques de la société civile malienne montrent l’engagement des autorités nationales et des partenaires internationaux en faveur de la participation de la société civile. Or, l’histoire de la lutte contre le diabète revèle les angles morts des stratégies et mécanismes promus en faveur de cette participation. La mise à l’agenda tardive du diabète par les autorités maliennes, au début des années 2000, suit la tendance internationale autour des maladies non transmissibles, mais elle contraste avec la mobilisation précoce des patients et des professionnels de santé engagés autour du diabète dès 1991. Différents facteurs peuvent expliquer cette dissonance entre stratégies nationales et internationales d’une part, et engagements locaux d’autre part. Les processus de mise à l’agenda, ainsi que la capacité des associations de patients à s’imposer sur la scène publique et politique, sont influencés par les représentations, les ressources, et les formes d’engagement des acteurs engagés aux différentes échelles et périodes.Discussion. Ce travail montre comment la mise à l’agenda d’une maladie et la place accordée aux patients dans l’action publique dépendent d’une co-responsabilité des multiples acteurs engagés. Il met également en évidence le caractère intermittent du partenariat entre associations de patients diabétiques et décideurs politiques, révélant ainsi le cloisonnement et la fragilité des acquis obtenus dans le cadre d’autres maladies, telles que notamment le VIH/sida.Conclusion. Ce travail invite à continuer l’analyse des politiques de santé dans une perspective d’action publique, en contexte africains mais également dans une perspective comparative avec les contextes des pays du Nord. / Doctorat en Santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les progrès thérapeutiques ont conduit à une augmentation de la survie à 5 ans des enfants traités pour un un cancer et qui dépasse actuellement 80%. En France il a été estimé que 50 000 adultes guéris d’un cancer pédiatrique, mais la prévalence des complications à long terme causées par la maladie et par ses traitement dépasse 60% après un suivi de 30 ans. L’objectif général de cette thèse était de faire avancer les connaissances actuelles sur la mortalité et la morbidité à long terme liées aux cancers pédiatriques.Avec les données de la cohorte FCCSS (French Childhood Cancer Survivor Study) qui inclut des sujets ayant été traités pour entre 1946 et 2000 pour un cancer pédiatrique solide, nous avons observé que le risque de mortalité chez ces patients demeure plus élevé que la population générale même à plus de 40 ans après le diagnostic de leur premier cancer. D’autre part, la mortalité liée plus aux effets à long terme des traitements anticancéreux, plus spécifiquement les seconds cancers et maladies circulatoires, a significativement baissé parmi les sujets traités plus récemment.Par ailleurs, nous avons aussi confirmé le rôle des anthracyclines dans la survenue de l’insuffisance cardiaque et montré que la fraction du volume médian du cœur ayant reçu 30 Gray était beaucoup plus élevés chez les sujets ayant développé une insuffisance cardiaque par rapport aux autres. Nous avons aussi observé que des faibles volumes du cœur (10% du volume du ventricule gauche) ayant reçus ≥30 Gy sont associés à un risque élevé de développer une insuffisance cardiaque. Cette étude est la première à rapporter une relation dose-effet basée sur des indicateurs dose-volume et ces résultats peuvent être utilisés dans la pratique clinique couranteNos travaux ont aussi montré que les patients ayant subi une néphrectomie unilatérale étaient à risque de développer une maladie rénale chronique à très long terme. L’effet de la dose de radiation reçue aux reins différait selon si les patients ayant subi une néphrectomie unilatérale ou non . En effet, une dose au seul rein même <5Gy était associée à un risque élevé de dysfonctionnement rénal. Par ailleurs, grâce aux données du registre REIN, nous avons pu montrer que l’incidence de l’insuffisance rénale terminale liée aux anticancéreux était en train d’augmenter au fil des années. Cependant ces patients étaient moins inscrits en liste d'attente comparés à d’autres malades rénaux et avaient par conséquent un accès très limité à la transplantation rénale.En conclusion, le travail effectué courant cette thèse pourrait aider à identifier les patients à risque accru de complications tardives majeures liées aux traitements anticancéreux. Nos résultats pourraient être utilisés dans la pratique clinique courante pour l’adaptation de la prise en charge thérapeutique des enfants atteints de cancer et pour les recommandations de leurs suivi à long terme. / Advances in treatment have increased the overall 5-year survival rate for childhood cancers to approximately 80%. In France, it estimated that about 50,000 adults have survived childhood cancer. However, previous studies have demonstrated that by the second decade of life, more than 60% of survivor of childhood malignancies (CCS) will suffer from at least one chronic disease related to the treatment they have received.The general objective of this thesis was to advance knowledge about the very long morbidity associated with childhood cancer, with the ultimate target to improve both the long term outcome and quality of life of survivors.Using data from the French Childhood Cancer Survivor Study (FCCSS) cohort, which includes patients treated for a solid pediatric malignancy between 1942 and 2000, we found that that mortality among CCS remained higher than the general population even after more than 40 years of the primary cancer diagnosis. A major finding of this study was that mortality attributed to adverse effects of cancer treatments (secondary primary neoplasm and circulatory disease) declined among patients treated in more recent treatment periods. We also conducted a case control study nested in the FCCSS cohort and further affirmed the role of anthracycline in the occurrence of heart failure. We demonstrated that the median heart volume that received at least 30Gy was higher among heart failure cases and that exposing small volumes of the heart (10% of the volume of the left ventricle) to at least 30Gy was associated with an elevated risk of cardiac failure. This study was the first to derive a dose response relationship based on dose-volume metrics which can be used in current clinical practice.Our results also showed that unilateral nephrectomy was associated with a high risk of renal impairment. The effect of radiation dose to the kidneys was also different among nephrectomized patients for whom any exposure to radiation was associated with an elevated risk of chronic kidney disease even at doses less than 5 Gy.Furthermore, data from the renal epidemiology and information network (REIN) registry allowed us to investigated ESKD (end stage kidney disease) related to nephrotoxic chemotherapy and/or radiation. Our registry-based study showed that ESKD related to nephrotoxic cancer treatment has been steadily increasing over the past decade in the French population. These patients experienced a much lower rate of wait-listing than matched controls with other causes of ESKD, despite similar survival on dialysis.To conclude the results of this thesis are useful to identify survivors of childhood malignancies who are at risk of developing severe long term adverse effects related to the treatment of their primary cancer. Our results could be applied in current clinical practice to help adapt current treatment strategies and improve the long-term follow-up recommendations of childhood cancer survivors.

Cette thèse aborde le potentiel de la télédétection en tant qu'outil pour la détection automatique de la Flavescence dorée (FD) de la vigne. L'approche repose sur l'analyse des variables (bandes spectrales, indices de végétation et paramètres biophysiques) calculables à partir des images multispectrales à très haute résolution (10 cm) acquises par drone pendant la période d'expression maximal des symptômes. L'analyse de la performance de discrimination des variables est réalisée à partir d'une méthode supervisée basée sur la courbe ROC. Les zones d'entrainement et de validation utilisées dans cette étude ont été acquises sur 14 parcelles situés dans le sud de la France. La performance des variables a été testée sur trois échelles d'analyse (par parcelle, par cépage et par couleur) et pour deux niveaux d'analyse. Le premier niveau d'analyse repose sur le potentiel des variables utilisées dans la détection des zones symptomatiques de la Flavescence dorée des zones asymptomatiques. Le deuxième niveau d'analyse consiste à tester la performance des variables dans la discrimination spécifique la Flavescence dorée (cépages noirs) en faisant une distinction avec les maladies du bois. À l'issue de ces expériences, dans un point de vue méthodologique les résultats ont permis de mettre en évidence (1) une plus faible performance de discrimination pour la discrimination des zones symptomatiques de FD des zones symptomatiques des maladies du bois plus particulièrement à l'échelle par couleur ; (2) la présence des pixels mixtes mal classés plus particulièrement dans les bords des rangs de vigne et (3) une faible discrimination des zones symptomatiques (FD ou MB) avec une proportion du feuillage symptomatique faible (niveau d'infection). Dans un point de vue thématique les résultats obtenus ont mis en évidence les différences dans l'intensité de la coloration anormale des feuilles atteintes de Flavescence dorée en fonction de l'année et leur lien avec la teneur en chlorophylles et anthocyanes des feuilles. Les perspectives ouvertes par ces travaux concernent la création d'un indice spécifique à la Flavescence dorée en fonction de la couleur du cépage (noir ou blanc) ou l'intensité dans la coloration des feuilles (faible ou forte) identifiés à partir des données hyperspectrales et l'amélioration du masquage des pixels mixtes à partir des algorithmes complexes qui prennent en compte la répartition spatiale des pixels dans le feuillage de vigne. / This work investigates the potential of remote sensing as a tool for the automatic detection of Flavescence dorée (FD) grapevine disease. The approach is based on the analysis of variables (spectral bands, vegetation indices, and biophysical parameters) computed from high resolution (10 cm) multispectral images and acquired by Unmanned Aerial Vehicle (UAV) during the period of maximum expression of symptom. The analysis of the variables discrimination performance is evaluated by a supervised method based on the Receiver Operating Characteristic curve (ROC curve). The training and validation areas used in this study were acquired from 14 vineyards located in southern France. The performance of the variables was tested on three different scales of analysis (one by plot, by cultivar and by berry color). Two levels of analysis have been implemented. The first level involves the potential of variables to discriminate Flavescence dorée symptomatic vines areas from asymptomatic ones. The second level of analysis is related to test the performance of the variables for the specific discrimination of Flavescence dorée vines (for the red cultivars) and the discrimination from Grapevine Trunk Diseases (GTD). The results obtained showed (1) a lower discrimination performance for discrimination of FD symptomatic vines areas from GTD symptomatic ones, more pronounced on the color level; (2) the presence of misclassified mixed pixels especially in the edges of the rows of vines and (3) a low discrimination of symptomatic vines areas (FD or MB) with a low proportion of symptomatic foliage (level of infection). From a thematic point of view, the results obtained showed the differences in the intensity of leaf discoloration affected by Flavescence dorée by year and their link with the chlorophylls and anthocyanins content of the leaves. Future prospects for this work concern the creation of a specific Flavescence dorée index depending on the color of the cultivars (red or white) and the intensity of leaf discoloration (attenuated or marked), identified from the hyperspectral data and improving the masking of mixed pixels from complex algorithms that consider the spatial distribution of pixels in the vine foliage.

Les expériences de maltraitance vécues à l’enfance ont été associées à une morbidité physique et psychologique, dont un plus grand risque de développer des maladies cardiovasculaires (MCV). Ceci pourrait être expliqué par les effets de la maltraitance sur la régulation émotionnelle et l’indice de masse corporelle (IMC). Objectifs : Évaluer si (1) la maltraitance est associée à un IMC plus élevé au départ et à une augmentation plus importante de l'IMC 5 ans plus tard chez les adultes plus âgés souffrants de maladie coronarienne (MAC) ou d'autres maladies chroniques; (2) le sexe et/ou le statut coronarien influencent ces résultats; et (3) les symptômes d'anxiété, de dépression et de stress perçu (comme indices de dérégulation émotionnelle) expliquent l'association entre la maltraitance et l’IMC au suivi. Participants et méthodes : 1232 hommes et femmes (âgés de 60,86 ± 6,95 ans) ont rempli des questionnaires validés sur la maltraitance et les symptômes de détresse psychologique. Le poids en kilogrammes et la taille du participant ont été recueillis. L'IMC du participant a été calculé en utilisant le rapport poids (kg)/taille (m2). Résultats : La maltraitance n'était pas associée à l'IMC au départ ni lors du suivi. Cette relation n'était pas modérée par le sexe ou le statut de MAC. La maltraitance dans l'enfance était associée à une détresse psychologique significativement plus importante au départ (tous les p < ,001), mais ces derniers n'expliquaient pas cette relation au suivi. Conclusion : La maltraitance n'était pas associée à l'IMC au départ ni à l'IMC cinq ans plus tard. La dysrégulation émotionnelle résultant de la détresse psychologique a été associée à un risque accru de morbidité et de mortalité et peut représenter une cible importante pour la prévention et l'intervention, y compris en ce qui concerne la promotion d'habitudes de vie plus saines chez des personnes ayant vécu de la maltraitance. / Objectives: Childhood trauma has been associated with greater psychological and physical morbidity, including a greater risk of developing coronary artery disease (CAD). Mechanisms leading to increased risk of illness may involve emotional dysregulation and increased body mass index (BMI). This study evaluated whether (1) childhood maltreatment is associated with higher BMI at baseline and with greater increases in BMI 5 years later among older adults with CAD or other chronic illnesses; (2) sex and/or CAD status influence these results; and (3) symptoms of anxiety, depression, and perceived stress (as indicators of emotional dysregulation) mediate the association between childhood maltreatment and BMI at 5-year follow-up. Participants and Methods: A total of 1232 men and women (aged 60.86 [6.95] years) completed validated questionnaires on childhood maltreatment and symptoms of psychological distress. Weight in kilograms and height were collected for each participant, and their BMI was calculated using the ratio of weight (kg)/height (m2).Findings: Childhood maltreatment was not associated with BMI at baseline nor at follow-up. This relation was not moderated by sex nor CAD status. Childhood maltreatment was associated with significantly greater psychological distress at baseline (all ps<.001), though the latter was not found to mediate this relation at follow-up. Conclusion: Childhood maltreatment was not associated with BMI at baseline nor with BMI five years later. Emotional dysregulation resulting from psychological distress has been associated with increased risk for morbidity and mortality and may represent an important target for prevention and intervention, including as concerns promoting healthier lifestyle habits. However, further studies are needed.

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est le plus important pathogène respiratoire du jeune enfant. Dans une étude prospective menée au cours de deux saisons hivernales, parmi les enfants de 0-3 ans hospitalisés pour infections des voies respiratoires (IVR) , au moitis un virus respiratoire a été retrouvé chez 74%. Le VRS était présent chez 55,6% des enfants. Deux sousgroupes (A et B) du VRS et plusieurs génotypes ont été identifiés basé sur la séquence du gène G. Le séquençage de la glycoprotéine G et l'analyse phylogénétique ont été effectués sur les souches détectées. La comparaison des données cliniques des 106 enfants avec le sous-groupe A du VRS (96 génotypes GA2) et 94 enfants avec le sous-groupe B du VRS (62 génotypes GB3) a montré que le sous-groupe A et le génotype GAI étaient associés à une plus grande sévérité de la maladie en comparaison avec les souches du sous-groupe B. Parmi les enfants atteints de VRS qui ont reçu des antibiotiques (AB) de façon empirique à l'admission, la réception d'un résultat d'un test rapide confirmant la présence du VRS n'a pas réduit subséquemment l'utilisation des AB. La proportion des hospitalisations attribuables au VRS et à l'influenza estimée à partir des banques administratives par six méthodes statistiques connues a été comparée aux résultats de l'étude prospective chez les enfants de 6 à 23 mois. Les estimés obtenus variaient de façon considérable selon la saison et la méthode. Les méthodes statistiques usuelles ne semblent pas en mesure d'estimer correctement les hospitalisations attribuables aux virus respiratoires.

La présente étude vise à explorer la trajectoire de jeunes adultes qui ont un vécu de problèmes de toxicomanie et de santé mentale. En se basant sur leurs récits, nous retraçons les différentes périodes et les circonstances où ces problèmes surviennent et s'entrecroisent. Nous examinons au travers de leur cheminement, comment ces jeunes perçoivent leur santé mentale, leur toxicomanie, leurs rapports sociaux et leur situation sociale. L'étude s'appuie sur l'analyse de récits de vie recueillis auprès de sept (7) jeunes adultes rencontrés par l'intermédiaire des organismes P.E.C.H et la Maison Marie-Frédéric, de Québec. Les résultats font, entre autres, ressortir qu'au-delà de la diversité de leurs diagnostics et de leurs dernières périodes d'abstinence, l'expérience de ces deux problématiques est accompagnée par des embûches dans différents domaines de leur vie et que leur trajectoire est marquée par la récurrence de périodes d'instabilité et traduit également un processus d'exclusion. Pour ces jeunes adultes, se défaire de leur dépendance et prendre soin de leur santé mentale impliquent un processus complexe de reconstruction de soi, de redéfinition de leur mode de vie et de reconstitution de leurs liens sociaux. Les résultats permettent de mettre en perspective des éléments essentiels à inclure à l'intérieur d'un contexte d'intervention.

Le silicium est un élément abondant dans la croûte terrestre, et son absorption aurait des effets bénéfiques chez plusieurs plantes, parmi lesquels l'accroissement de la résistance à divers stress biotiques et abiotiques est le mieux documenté. La plus grande partie du silicium absorbé par une plante est polymérisée de façon irréversible sous forme de phytolithes (silice amorphe, SiO2.nH2O). La théorie initialement avancée pour expliquer son rôle, notamment dans le contexte d'interactions plante-agent pathogène, est celle de la « barrière mécanique » qui stipule qu'une couche subcuticulaire de silice empêcherait la pénétration d'agents pathogènes fongiques. Par ailleurs, une certaine quantité demeure en solution dans la plante sous forme d'acide monosilicique (tLjSiC^), et l'on croit maintenant que cette fraction est responsable des propriétés prophylactiques du silicium en modulant les réponses de défense des plantes. L'effet bénéfique du silicium sur l'incidence et l'intensité de maladies fongiques a été décrit dans une variété de pathosystèmes. Toutefois, la nature exacte de l'interaction entre le silicium et les mécanismes de défense ou de résistance est inconnue et demeure un sujet controversé. Nous proposons que le silicium influence l'activité biochimique de composantes responsables de la signalisation intracellulaire post-élicitation, et qu'il a donc un rôle bioactif dans la défense ou la résistance des plantes contre les agents pathogènes fongiques. Afin de mieux comprendre l'effet biologique du silicium et son implication prophylactique, nous avons effectué une analyse transcriptomique complète, à l'aide de la technologie des micropuces d'oligonucléotides, de plants (¥Arabidopsis thaliana sains ou infectés par le blanc (Erysiphe cichoracearum) et traités ou non avec le silicium. L'application de silicium assimilable aux plants sains a significativement altéré l'abondance relative de seulement deux des ca. 40 000 transcrits (28 500 gènes et plus de 10 000 transcrits non annotés) présents sur la micropuce. En revanche, l'inoculation avec Erysiphe cichoracearum s'est traduite par une induction significative de 2 387 gènes et une répression de 1 583 gènes. Pour chaque gène et à l'aide d'un ensemble de procédés informatiques innovateurs, nous avons généré une annotation fonctionnelle unique et simplifiée en utilisant l'annotation finale du génome d'Arabidopsis, l'encyclopédie de Kyoto des gènes et des génomes (KEGG), les sentiers biochimiques « Aracyc », et deux bases de données publiques de facteurs de transcription (DATF et ATTFDB). Les gènes exprimés différentiellement en fonction des traitements ont été classés dans 58 classes fonctionnelles dont 24 classes directement impliquées dans les mécanismes de défense et la pathogenèse. Cette approche a permis d'apprécier dans sa globalité la cascade d'événements transcriptionnels impliqués dans l'interaction Arabidopsis-blanc en présence ou absence de silicium. En réponse à l'infection, 73% des gènes de défense (gènes de résistance, facteurs de transcription liés au stress, gènes impliqués dans la génération de signaux de stress, la synthèse de composés antimicrobiens, le métabolisme de l'oxygène réactif, protéines PR, etc.) ont été significativement induits. En contrepartie, la maladie a affecté certains processus essentiels comme la photosynthèse et le métabolisme énergétique. L'apport de silicium s'est traduit par une atténuation médiane de 25% de la répression des gènes chez les plantes infectées, alors que l'induction attribuable à l'infection a été maintenue à une intensité similaire chez les plantes témoin et celles traitées au silicium. Le rôle du silicium en biologie végétale, son statut essentiel ou bénéfique, son effet direct ou indirect sur la croissance, et son mode d'action bioactif ou mécanique sont discutés depuis plusieurs décennies. Les résultats obtenus dans le cadre de cette étude mènent à conclure que le silicium seul n'a pas d'effet sur le métabolisme de plantes qui croissent dans un environnement contrôlé (sans stress), ce qui supporte l'hypothèse que le silicium n'est pas un élément essentiel. L'apport de silicium assimilable accroît la résistance à l'infection fongique, ce qui se traduit par une atténuation de la répression des gènes impliqués dans le métabolisme énergétique et la photosynthèse; le silicium est donc bénéfique pour une plante en situation de stress, en l'occurrence une infection fongique. Le mode d'action du silicium dans la prophylaxie et dans l'atténuation du stress semble actif car l'induction génique par l'agent pathogène Erysiphe cichoracearum est maintenue chez les plantes traitées; l'influence du silicium ne peut donc pas être réduite à un effet mécanique. / Silicon the second most abundant element in the earth's crust; it would have beneficial effects on the growth of several plants, among which the increase in resistance to various biotic and abiotic stresses is the best documented. Most of the silicon absorbed by a plant is polymerized under the form of phytoliths (amorphous silica, SiO2.nH2O). The initial theory for explaining its role, in particular in the context of plant-pathogen interactions, is that of the « mechanical barrier » which stipulates that a subcuticular layer of silica would prevent the penetration of fungal pathogens. However, a certain quantity of silicon remains in solution as monosilicic acid (H4SiO4), and it is now believed that this fraction is responsible for the prophylactic properties of silicon by modulating the plant's defence response. The beneficial effects of silicon on the incidence and the intensity of fungal diseases were described in a variety of pathosystems. However, the exact nature of the interaction between silicon and plant defence or resistance mechanisms is unknown. We propose that silicon influences the biochemical activity of components responsible for post-elicitation intracellular signaling, and that it thus has a bioactive role in the defence or the resistance of plants against pathogenic fungi. In order to study the biological and prophylactic effects of silicon treatment, and using the oligonucleotide microarray technology, we carried out a complete transcriptome analysis of Arabidopsis plants inoculated or not with powdery mildew (Erysiphe cichoracearum) and treated or not with silicon. The application of silicon to non-inoculated plants significantly altered the relative abundance of only two out of ca. 40,000 transcripts (28,500 genes and over 10,000 unannotated transcripts). On the other hand, the inoculation with Erysiphe cichoracearum resulted in the significant induction of 2,387 genes and to the repression of 1,583 genes. For each gene and using innovative data-processing methods, we generated a single simplified functional annotation by using the final annotation of the Arabidopsis genome, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), Aracyc biochemical pathways and two public databases of transcription factors (DATF and ATTFDB). The differentially expressed genes were classified into 58 functional categories including 24 categories directly involved in plant defence mechanisms and pathogenesis. This approach made it possible to appreciate as a whole the cascade of transcriptional events involved in the interaction Arabidopsis-powdery mildew in presence or absence of silicon. In response to the infection, 73% of defence genes (R genes, stress-related transcription factors, genes responsible for the generation of stress signals, the synthesis of antimicrobial compounds, metabolism of reactive oxygen species, PR proteins, etc.) were significantly induced. On the other hand, the disease critically affected essential processes such as photosynthesis and energy metabolism. Silicon treatment resulted in a 25% median attenuation of the repression in infected plants, whereas induction was maintained to a similar level in control and silicon treated plants. The role of silicon in plant biology, its essential or beneficial status, its direct or indirect effect on growth, and its bioactive or mechanical mode of action are discussed for decades. Results obtained in this study lead us to conclude that silicon alone does not have an effect on the metabolism of plants growing in a controlled environment (i.e. without stress), which supports the assumption that silicon is not an essential element. Silicon treatment increases the resistance to fungal infection, which results in an attenuation of the repression of genes involved in the energy metabolism and photosynthesis; silicon is thus beneficial for a plant under biotic stress. The mode of action of silicon in prophylaxis and stress attenuation seems active because gene induction by the fungal pathogen Erysiphe cichoracearum is maintained in silicon treated Arabidopsis; the influence of silicon thus cannot be reduced to a mechanical effect.

Les effets bénéfiques de la consommation d'acides gras oméga-3 (AG n-3) d'origine marine sur les facteurs de risque des maladies cardiovasculaires (MCV) et plus particulièrement sur les niveaux de triglycérides (TG) (1) ont été démontrés dans la littérature. Cependant, plusieurs études rapportent une importante hétérogénéité dans la réponse des TG à une supplémentation en AG n-3 (2). Cette hétérogénéité de la réponse métabolique à une intervention nutritionnelle est en partie attribuable à des facteurs génétiques (3). En ce sens, notre équipe a précédemment réalisé une étude d'intervention simple dans laquelle les participants ont été supplémentés en AG n-3 d'origine marine. Une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) a permis d'identifier des gènes associés à la réponse des TG à la suite d'une supplémentation en AG n-3 (4). Après un raffinement des signaux du GWAS par cartographie fine, les facteurs génétiques les plus pertinents ont été rassemblés pour créer un score de risque génétique (GRS) offrant une excellente capacité prédictive de la variance des TG en réponse à la supplémentation (5). Par la suite, des caractéristiques lipidomiques (TG et esters de cholestérol) ont été ajoutées au GRS dans un classificateur permettant de discriminer les phénotypes de réponse des TG dans 75% des cas (6). Dans le cadre de ce projet, les profils métabolomiques plasmatiques ont été bonifiés par l'ajout des acides gras volatils (AGV) et des acides biliaires (AB). Les changements des niveaux de métabolites observés dans le cadre de ces travaux ont eu un impact limité sur la réponse métabolique à la supplémentation en AG n-3. Finalement, l'ajout de ces métabolites au classificateur ajoutait peu à la capacité prédictive de l'outil de classification précédemment développé. / The beneficial effects of consuming marine omega-3 fatty acids (n-3 FA) on cardiovascular disease (CVD) risk factors, and more specifically on triglyceride (TG) levels (1), have been demonstrated in the literature. However, several studies report significant heterogeneity in the plasma TG response to an n-3 FA supplementation (2). This heterogeneity in metabolic response to such a nutritional intervention is partly attributable to genetic factors (3). Our team has previously carried out a simple intervention study in which participants were supplemented with marine n-3 FAs. A genome-wide association study (GWAS) identified genes associated with the plasma TG levels during an n-3 FA supplementation (4). Following refinement of the GWAS signals, the most relevant genetic factors were pooled to create a genetic risk score (GRS) offering excellent predictive ability of TG variance in response to supplementation (5). Subsequently, plasma lipidomic features (TG and cholesterol esters) were added to the GRS in a classifier enabling discrimination of TG response phenotypes in 75% of cases (6). In this project, plasma metabolomic profiles were enhanced by the addition of volatile fatty acids (SCFA) and bile acids (BA). The changes in plasma metabolite levels observed had a limited impact on the metabolic response to the n-3 FA supplementation. The addition of these plasma metabolites to the classifier added little to the predictive capacity of the previously developed classification tool.

Une exploration métabolique détaillée a été entreprise chez trois insectes sains ou subissant divers types de maladies soit des infections par Bacillus thuringiensis 3a3b, par polyédrie nucléaire (Baculovirus) ou par microsporidies (Protozoaires). Les Invertébrés expérimentés étaient trois insectes forestiers dévastateurs soit la tordeuse des bourgeons de l’épinette, Choristoneura fumiferana C. (Lepidoptera : Tortricidae), la Livrée des forêts, Malacosoma disstria H. (Lepidoptera : Lasiocampidae) et le Diprion de swaine, Neodiprion swainei M. (Hymenoptera : Diprionidae). Cette étude avait pour but de déterminer les possibilités qu'offre la Biochimie clinique, d'une part pour comprendre les perturbations métaboliques que les micro-organismes examinés causent chez leurs hôtes et donc le mode d'action de ces entomopathogènes chez les insectes susceptibles, d'autre part pour définir les limites dans lesquelles se situent les constantes biologiques chez les trois insectes sains ou subissant les pathologies expérimentées. De plus, pour comparaison cette étude a été aussi réalisée chez ces insectes en inanition totale. Cette exploration biochimique a donc été accomplie sur l'hémolymphe et sur l'organisme entier des larves des insectes en question et ce, à l'aide des micro-méthodes couramment employées en chimie clinique. Ces, analyses ont porté principalement sur la composition ionique de l'hémolymphe, sur la teneur en réserves énergétiques (protéinestotales, lipides) et en différents métabolites (glucose, glycérol, azot euréique) ainsi que sur les activités de divers enzymes dans l'hémolymphe. Il a été ainsi constaté que chaque type de stress ou infection provoque des altérations métaboliques spécifiques chez l'hôte… / Montréal Trigonix inc. 2018