TAVARES, T. C. L. Estrutura e diversidade taxonômica e funcional das assembléias de archaea e bactéria associadas a sedimentos portuários da plataforma continental do Ceará (NE – Brasil). 2014. 153 f. Tese (doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2014. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2015-04-24T17:33:35Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_tcltavares.pdf: 4233015 bytes, checksum: 8a6fdb681fdec0c061d8e5f86b9481ee (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2015-04-24T17:34:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_tcltavares.pdf: 4233015 bytes, checksum: 8a6fdb681fdec0c061d8e5f86b9481ee (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-24T17:34:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_tcltavares.pdf: 4233015 bytes, checksum: 8a6fdb681fdec0c061d8e5f86b9481ee (MD5) Previous issue date: 2014 / This research describes the structure, diversity and function of Bacteria and Archaea assemblages associated to sediments from two seaports in the Continental shelf of Ceará state and the evaluation of the effects of architectural and operational differences on those communities. Structure and richness of Archaea and Bacteria assemblages were studied by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DDGE), using 10 samples obtained at Port of Pecém and 15 at Port of Mucuripe. After this preliminary evaluation, the samples were pooled and compared against an external pool from a region without seaport activities. The sediments also had its granulometry, carbonate, organic matter, nitrite, nitrate, sulfate, metals, biphenyls and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) contents analyzed. The DGGE profiles were compared based on Jaccard similarity index, richness estimators and measures of beta diversity. Finally, the taxonomic and functional diversities associated with the sediments were accessed by pyrosequencing of the metagenomes. The sediments differed in relation to its amounts of carbonate, organic matter, metals (Cu, Cr, Ni, Zn and Fe), nitrate, nitrite and sulfate, more concentrated in Port of Pecém, as well as total organic carbon, more concentrated in Port of Mucuripe. The structure of Archaea and Bacteria assemblages were different in both ports as well as the sampling stations in each port, with a more elevate richness found on Port of Mucuripe. Besides, beta diversity measures pointed Port of Mucuripe as a more heterogenic environment than Port of Pecém. The comparison of the pooled samples suggested the selection of peculiar operational taxonomic units in each port. The metagenomic analysis showed the prevalence of Deltaproteobacteria and Actinobacteria in Port of Pecém, and Cyanobacteria, Bacteroidetes and Chloroflexi in Port of Mucuripe, and that both ports did not differed functionally. In Port of Pecém, the dominance of Thaumarchaeota stand out. The peculiar taxonomic composition of Port of Mucuripe suggested that changes caused by the impacts accumulated in more than 50 years of operation lead to the selection of dominant taxa, Synechococcus, Rhodothermus and Sphaerobacter, which could be evaluated as potential bioindicators of chronically contaminated sediments from ports. / Este trabalho descreve a estrutura, diversidade e função das assembleias de Bacteria e Archaea associadas aos sedimentos de dois portos na Plataforma Continental do Estado do Ceará e a avaliação dos efeitos das diferenças arquitetônicas e operacionais portuárias sobre essas comunidades. A estrutura das assembleias de Archaea e de Bacteria foram estudadas por Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE), utilizando amostras obtidas em 10 estações de coleta localizadas no Porto do Pecém (São Gonçalo do Amarante) e 15 no Porto do Mucuripe (Fortaleza). Após essa avaliação preliminar, as amostras foram reunidas em dois pools e comparados com um pool de amostras de uma região sem atividade portuária (Icapui). Foram analisados também a granulometria e teores de carbonato, matéria orgânica, nitrito, sulfato, bifenilas, metais e hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) dos sedimentos. Os perfis de DGGE foram comparados com base no índice de similaridade de Jaccard, estimadores de riqueza e medidas de beta diversidade. As diversidades taxonômica e funcional associadas aos sedimentos foram estudadas por pirossequencimento dos metagenomas e análises de bioinformática. Os dados mostraram que os sedimentos diferiram quanto aos teores de carbonato, matéria orgânica, metais (Cu, Cr, Ni, Zn e Fe), nitrito, nitrato e sulfato, que foram mais altos no Porto do Pecém, e de carbono orgânico total, mais alto no Porto do Mucuripe. As estruturas das assembleias de Archaea e de Bacteria foram diferentes nos dois portos, assim como nas estações de coleta em cada porto, sendo a maior riqueza encontrada no Porto do Mucuripe. As estimativas de beta diversidade mostraram que o Porto do Mucuripe é espacialmente mais heterogêneo do que o Porto do Pecém. A comparação dos pools de amostras portuárias com uma região não portuária sugere a seleção de unidades taxonômicas operacionais peculiares em cada porto. A análise metagenômica mostrou a predominância de Deltaproteobacteria e Actinobacteria no Porto do Pecém e Cyanobacteria, Bacteroidetes e Chloroflexi no Porto do Mucuripe, e que ambos os portos não diferem funcionalmente. Para o Domínio Archaea, destacou-se a dominância de Thaumarchaeota no Porto do Pecém. A peculiar composição taxonômica do Porto do Mucuripe sugere que alterações decorrentes de impactos acumulados por mais de 50 anos de funcionamento levaram à seleção dos táxons dominantes, Synechococcus, Rhodothermus e Sphaerobacter, os quais podem vir a ser avaliados como potenciais bioindicadores de sedimentos portuários cronicamente contaminados.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-10-05T19:31:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Felipe Ferreira Campos.pdf: 7195504 bytes, checksum: 1e9211cc870a5107737ff71007d8c9d4 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-11-14T19:20:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Felipe Ferreira Campos.pdf: 7195504 bytes, checksum: 1e9211cc870a5107737ff71007d8c9d4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-14T19:20:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Felipe Ferreira Campos.pdf: 7195504 bytes, checksum: 1e9211cc870a5107737ff71007d8c9d4 (MD5) Previous issue date: 2017-05-26 / CNPq / O gênero Zygophylax Quelch,1885 compreende 50 espécies válidas encontradas em todos os oceanos em uma ampla variação batimétrica, embora ocorram prioritariamente em mar profundo em profundidades de até 4630 m. O gênero é definido por hidroides que podem apresentar nematotecas sobre os ramos da colônia e sobre as apófises e pedículos hidrotecais, e por apresentarem gonotecas agregadas em copínia ou scapus. Historicamente, este gênero já foi estudado de forma pontual por autores que discutiram algumas de suas espécies. No entanto, ainda faltava uma revisão geral e integrada do gênero para compreender o seu número real de espécies válidas. Assim, o objetivo deste trabalho foi rever a taxonomia de todas as espécies do gênero Zygophylax à luz de dados morfológicos e morfométricos de modo a preencher as principais lacunas no conhecimento do grupo. Durante este trabalho foram acessados cerca de 550 lotes de hidroides, entre materiais pertencentes à série-tipo ou não, depositados em 19 coleções de museus de história natural ao redor do mundo. Os espécimes foram examinados, medidos e fotografados. Estre os principais resultados obtidos, (1) duas espécies novas foram descritas para o gênero, (2) três espécies foram sinonimizadas e três foram classificadas como taxon inquirendum por serem duvidosas, (3) uma espécie que havia sido transferida para outro gênero foi reposicionada em Zygophylax, (4) foram redescritos os materiais tipo acessados, (5) foram definidos os caracteres diagnósticos dos trofossomos e gonossomos do gênero, (6) foram analisadas as principais variações intra e interespecíficas, (7) foi realizada de forma inédita a microscopia eletrônica de varredura de 26 espécies, (8) foi ampliada a distribuição geográfica de oito espécies, e (9) foi analisada a distribuição geográfica e batimétrica mundial do gênero encontrando a sua maior diversidade no Atlântico norte-oriental e no Indo-Pacífico. O presente estudo revela o quanto ainda tem para ser feito do ponto de vista taxonômico e sistemático dos hidrozoários, especialmente em grupos com muitas espécies como Zygophylax. Espera-se que esta revisão morfológica fundamente futuros estudos filogenéticos do gênero a fim de entender melhor seus principais problemas. / The genus Zygophylax Quelch, 1885 comprises 50 valid species found in all oceans in a broad bathymetric range, even though it occurs mostly in deep seas of up to 4.630 m deep. The genus is defined by hydroids that can present nematothecae over the branches of its colonies and over the apophyses and pedicels of hydrothecae, and for presenting gonothecae aggregated in a coppinia or scapus. Historically, this genus has already been addressed in specific studies by authors who have reviewed some of their species. Nevertheless, no comprehensive revisions were performed hitherto on this genus, to understand its real number of valid species. Thus, the aim of this study is to review the taxonomy of all species of the genus Zygophylax, by using morphological and morphometric data, in order to fill the main gaps in the knowledge of the group. During this work, 550 lots of hydroids were examined, among materials that belonged to type series or not, deposited in at least 19 natural history museums around the world. The specimens were examined, measured and photographed. Amongst the main results obtained, (1) two new species are described to the genus, (2) three species are synonymized and three doubtful species are herein classified as taxon inquirendum, (3) one species which was incorrectly transferred for other genus is now relocated to Zygophylax, (4) all type materials accessed are redescribed, (5) the diagnostic characters of the trophosome and gonosome of the genus is redefined, (6) the main intra and interspecific variations were analyzed, (7) for the first time scanning electron microscopy images are provided for 26 species, (8) the geographic distribution of seven species was extended, and (9) the global geographic and bathymetric distributions of the genus were analysed and its greater diversity is found to be in the north-oriental Atlantic and in the Indo-Pacific. The present study reveals how much work still remains on the taxonomy and systematics of the hydrozoans, especially in groups with many species as Zygophylax. It is expected that this effort provides the fundamentals to solve the main issues on phylogenetics of hydrozoans.

MOURA, F. J. M. de. Aspectos sedimentares e potencialidades da plataforma continental do Ceará, entre Cascavel e Beberibe. 2014. 129 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Programa de Pós-Graduação em Ciências Marinhas Tropicais, Fortaleza, 2014. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2016-04-28T14:04:06Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_fjmdemoura.pdf: 24129357 bytes, checksum: 88995c1beda9f9079588458198d7d76a (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-06-10T15:30:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_fjmdemoura.pdf: 24129357 bytes, checksum: 88995c1beda9f9079588458198d7d76a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-10T15:30:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_fjmdemoura.pdf: 24129357 bytes, checksum: 88995c1beda9f9079588458198d7d76a (MD5) Previous issue date: 2014 / The purpose of this study was to provide updated and systematic information about the surface sediments of the eastern continental shelf of Ceará, between the municipalities of Cascavel and Beberibe as well as to discuss some of the potential use and limitations of the existing sediments. Then, it has been considered the characteristics of siliciclastic and bioclastic sediments of the study area inner shelf and bathymetric surveys of detail, as well as sampling of surface sediments. Subsequent sedimentological data analysis, coring and description of the marine substrate, the occurrence of bioclastic granules, and zoning of the occurrence of sediment displayed on the maps. It was possible to identify three major bathymetric zones, starting from the coast to the outermost area raised, plus a fourth area representing the area of occurrence of bioclastics. The data indicated that the area of occurrence of siliciclastic expressively extends up to 15 feet deep , from which have begun to dominate the bioclastic granules. The analysis indicated that the superficial sediment consists mostly of medium to coarse sand mainly constituting the litobioclástics sediments. The zoning of the main characteristics of the sediments analyzed by making sedimentological maps proved essential in understanding processes and phenomena, as well as being a contribution to future work in the area of platform between Cascavel and Beberibe. The analysis of the testimony demonstrated that not only the surface sediments of the area of occurrence of bioclastic granules are enriched in CaCO3, but it also extends to the substrate area to a depth of at least 1.3 meters. Despite the good potential for use of bioclastic in the area, there is a big weakness associated with calcareous algae, which demonstrates the need for its preservation. Studies in relation to sedimentary features and capabilities of the continental shelf must be expanded through new methodologies such as geophysical methods, study the hydrodynamic background and issues related to marine biota, in order to better guide the use of the potentials associated these sediments. / A finalidade deste trabalho foi fornecer informações atualizadas e sistemáticas acerca dos sedimentos superficiais da plataforma continental leste do Ceará, entre os municípios de Cascavel e Beberibe, bem como discutir algumas das potencialidades de utilização e limitações quanto ao uso dos sedimentos existentes. Neste sentido, foram consideradas as características dos sedimentos siliciclásticos e bioclásticos contidos na plataforma continental interna da área de estudo. Para tanto, foram realizados levantamentos batimétricos de detalhe, amostragem de sedimentos superficiais e posterior análise sedimentológica dos dados. Além disto, foram feitas testemunhagem e descrição do substrato marinho na área de ocorrência de granulados bioclásticos, e zoneamento da ocorrência dos sedimentos encontrados a partir da confecção de mapas. Foi possível identificar quatro zonas batimétricas, sendo três zonas principais de sedimentos siliciclásticos (mais próximas à costa), além de uma quarta zona representando a área de ocorrência de sedimentos bioclásticos (área mais externa). Os dados indicaram que a área de ocorrência dos siliciclásticos se estende de forma expressiva até os 15 metros de profundidade, a partir da qual começam a predominar os granulados bioclásticos. A análise dos sedimentos superficiais indicou que a maior parte é composta de areia média a grosseira, constituindo principalmente sedimentos litoclásticos a litobioclásticos. A confecção de mapas sedimentológicos se mostrou essencial no entendimento e representação dos processos e fenômenos, além de ser uma contribuição a trabalhos futuros na área de plataforma entre Cascavel e Beberibe. A análise do testemunho demonstrou que não apenas os sedimentos superficiais da área de ocorrência de granulados bioclásticos são enriquecidos em carbonato de cálcio (CaCO3), mas isso se estende também ao substrato da área, a uma profundidade de pelo menos 1,3 metros. Apesar do potencial para utilização de bioclásticos na área, há uma grande fragilidade associada às algas calcárias, o que denota, a princípio, a necessidade da sua preservação. Os estudos realizados em relação aos aspectos sedimentares e potencialidades da plataforma continental precisam ser ampliados, sendo indicados, métodos geofísicos, estudo das condições hidrodinâmicas de fundo e dos aspectos relacionados à biota marinha, como forma de melhor orientar a utilização das potencialidades associadas a esses sedimentos.

Orientador: Wagner Cotroni Valenti / Coorientador: Ricardo Jorge Guerra Calado / Banca: Alessandra da Silva Augusto / Banca: Cintia Miyaji / Banca: Helcio Luis de Almeida Marques / Banca: Márcia Santos Nunes Galvão / Resumo: Este trabalho teve por objetivo estudar o mercado, a produção e a comercialização de cavalos-marinhos com foco no atendimento da demanda mundial de forma mais sustentável e na conservação desses animais. Assim, a tese foi dividida em cinco artigos: (1) apresenta um panorama da pesquisa mundial no século XXI sobre cavalos-marinhos. Observou-se que os campos de pesquisa fundamentais para subsidiar decisões governamentais e que abordam as questões que afetam a produção, o comércio e a manutenção das populações naturais de cavalos-marinhos não vem sendo cobertos adequadamente. Cinco áreas foram identificadas como prioritárias para o avanço do conhecimento científico, atendendo à demanda e a conservação dos cavalos-marinhos. (2) Discute a comercialização e o mercado; mostra que o mercado é pouco conhecido e que as regulamentações internacionais para comércio de cavalos-marinhos estão sendo ineficientes na conservação. (3) Apresenta as principais oportunidades e limitações de se cultivar cavalos-marinhos em estuários em Manguezal como alternativa para produção de baixo custo. Observou-se que essa prática é bastante promissora, podendo aproveitar a disponibilidade local de reprodutores, água, espaço, alimento natural, mão de obra e gerar renda adicional para comunidades locais de forma mais sustentável. Alterações ambientais bruscas, predadores, obstrução das redes e escapes são as principais limitações. (4) Visa otimizar o transporte de animais vivos. Observou-se que Hippocampus re... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this work was to study the trade, the production and the commercialization of seahorses focusing on meeting world demand in a more sustainable way and on the conservation of these animals. Thus, this thesis was divided in five articles: (1) shows an overview of the seahorse research in the 21st century. It was observed that the key research fields necessary to support government decisions on addressing issues affecting the production, trade and maintenance of wild seahorses populations, have not been properly studied. Five knowledge gaps were identified as priorities for improving scientific knowledge, considering both world demand and seahorse conservation. (2) Discusses commercialization and trade; Shows that there is little information on trade and that international regulations of seahorse trade have been ineffective to promote their conservation. (3) Shows the main opportunities and constraints to produce seahorses in mangrove estuary as an alternative for low-cost aquaculture. It was observed that this system has great potential; it can rely on the availability of local broodstock, water, space, natural food, labour, and provide additional income for local communities in a more sustainable way. Sudden environmental changes, predators, net obstruction, and escapees are the main constraints of this system. (4) Aims to optimize transport of live seahorses. It was reported that Hippocampus reidi could be transported in plastic bags containing 300 mL of water, sal... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-08-25T02:02:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000473894-Texto+Completo-0.pdf: 1659057 bytes, checksum: 383308bc4b42bc590384f39d9acfbe42 (MD5) Previous issue date: 2015 / The Galapagos fur seal, Arctocephalus galapagoensis, shows one of the most restricted species distribution range under the Otariidae family, with its distribution restricted to northwest of Galapagos Islands. Among the major threats to the conservation of Galapagos fur seals was the exploitation, that almost drove the species to extinction in the early nineteenth century due to the high economic and subsistence value of its skin and blubber. Currently, the species faces frequents events of El Niño that affect the base of the food chain in the equatorial Pacific Ocean, consequently the predatory and top predatory species like the fur seals. Both hunting and El Niño events led the species to Red List of Endangered Species of International Union for Conservation of Nature, indicating a ≥50% of population in the last 30 years. However, until now, there are no studies related to conservation problems and genetic variability and how genetic variability is represented in the space along the distribution range of Galapagos fur seal. To access the information about genetic diversity, population structure and demographic oscillation as well as how genetic variability is represented in the space we used molecular techniques applying two kinds of markers: a mitochondrial marker (control region, maternal inheritance) and nuclear marker (18 microsatellites loci, bi parental inheritance). The fur seals were sampled in the three major Galapagos fur seals colonies: Cape Hammond (Fernandina Island), Banks Bay (Isabela Island) and Cape Marshall (Isabela Islands). Our results showed that there is a strong female natal fidelity with 33. 9% of mtDNA occurring among partitioned colonies. In this sense, this natal philopatry, was converted in fine-scale matrilineal population structure. In the other hand, the population structure inferred by nuclear loci was week. This suggests that males are the main responsible by gene flow among sampled localities, even in a highly mobile species like Galapagos fur seal. Here we discuss the importance of natal philopatry and fine-scale matrilineal population structure of Galapagos fur seal species and their implications for management and conservation in the one of the most representative wildlife sanctuaries, the Galapagos archipelago. / O lobo-marinho-de-Galápagos, Arctocephalus galapagoensis, apresenta uma das mais restritas distribuições geográficas dentro da família Otariidae, distribuindo-se especialmente à região noroeste das Ilhas Galápagos. Entre as principais ameaças à conservação da espécie está a caça, responsável pela quase extinção da espécie no início do século XIX, devido ao alto valor econômico e de subsistência da pele e gordura destes animais; e também os recorrentes eventos do fenômeno El Niño, o qual afeta toda a base da cadeia trófica do Pacífico equatorial e, por consequência, as espécies predadoras e de topo de cadeia trófica como o lobo-marinho-de-Galápagos. Tanto a caça, quanto os recorrentes eventos de El Niño, levaram a espécie à Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas de Extinção da União Internacional para a Conservação da Natureza (do inglês IUCN), indicando que houve ≥50% de redução populacional observada nos últimos 30 anos. No entanto, até o momento, não há estudos que verificaram possíveis efeitos dos problemas mencionados sobre a variabilidade genética da espécie, nem como esta variabilidade está representada espacialmente ao longo da área de distribuição do lobo-marinho-de-Galápagos. Para obter as informações de diversidade genética, estruturação populacional e para verificar possíveis oscilações demográficas, bem como verificar como a variabilidade está distribuída no espaço nós utilizamos de técnicas moleculares, aplicando o uso de dois tipos de marcadores de DNA: um mitocondrial (mtDNA - de herança exclusivamente materna), através da aplicação de parte da região controladora, e outro nuclear (herança bi-parental), através da aplicação de 18 loci de microssatélites de DNA em amostras coletadas nas três maiores colônias da espécie: Cabo Hammond (Ilha Fernandina), Baía Banks (Ilha Isabela) e Cabo Marshall (Ilha Isabela).Verificamos com nossos resultados que mesmo as colônias analisadas estando distante cerca de 70 Km há uma forte fidelidade das fêmeas ao sítio de nascimento, com 33,9% da variação no mtDNA estando particionada entre colônias. Por outro lado, a estrutura populacional inferida através dos loci nucleares foi fraca. Nossos resultados além de mostrar uma forte fidelidade das fêmeas ao sítio de nascimento, mostrou que os machos são os principais responsáveis pelo fluxo gênico e que a fidelidade ao sítio de nascimento das fêmeas pode ser convertida em estruturação genética espacial em fina escala, mesmo em espécies que apresentam alta capacidade de deslocamento como é o caso de diversas espécies de pinípedes e, em especial, o lobo-marinho-de-Galápagos. Neste sentido, discutimos também neste estudo a importância da filopatria natal e consequente estruturação genética em fina escala para o manejo e conservação do lobo-marinho-de-Galápagos, neste que um dos maiores e mais representativos santuários da vida silvestre, o arquipélago de Galápagos.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000431772-Texto+Completo-0.pdf: 662662 bytes, checksum: 03d09987b626e32b1598af236814d904 (MD5) Previous issue date: 2011 / The South American fur Seal, Arctocephalus australis, is distributed along Southern Hemisphere coast with breeding colonies located since Peru until Uruguay. This work focuses on the Atlantic ESU and covers most of the colonies of the Atlantic coast. In recent past, several colonies underwent strong size reduction with hunting and El Niño events. Most studies have focused on investigate the Pacific ESU, little being known about the Atlantic populations. The population structure and genetic variability in this area were assayed with mitochondrial DNA control region and eleven microsatellite loci. The results found high levels of genetic diversity in the region, without evidence of recent genetic bottleneck but with evidence of a population expansion around 200-100 thousand years ago. A sign of genetic structure were found between colonies from Uruguay and Chubut when evaluated by the mtDNA. This is likely due to their strong female philopatry. However, microsatellite analysis did not revealed any existing structure, even between distant areas, supporting that most gene flow is mediated by males. For conservation purposes, these results shows that the South American fur seal Atlantic ESU is a single population and because of that, conservation measures should be aligned among the countries of its distribution. / O lobo-marinho sul-americano, Arctocephalus australis, está distribuído ao longo da costa do hemisfério sul com colônias reprodutivas localizadas desde o Peru até o Uruguai. Este trabalho foca na UES do Atlântico e cobre a maioria de suas colônias. No passado recente, várias colônias sofreram drásticas reduções populacionais com a caça e os eventos de El Niño. Muitos estudos focaram na análise da UES do Pacífico, no entanto, pouco se sabe sobre a UES do Atlântico. Neste estudo a estrutura populacional e a variabilidade genética destas populações foram avaliadas através da região controle do DNA mitocondrial e 11 loci de microssatélites. Os resultados encontraram alto nível de diversidade genética nesta região, sem sinal de gargalo genético recente, mas com sinais de uma expansão populacional iniciada entre 200. 000 e 100. 000 anos atrás. Um sinal de estruturação foi encontrado entre as colônias do Uruguai e Chubut quando avaliado a partir do DNA mitocondrial, provavelmente causado pela forte filopatria das fêmeas. No entanto, a análise de microssatélite não revelou a existência de estruturação, mesmo entre as diversas subpopulações mais distantes, sugerindo que o fluxo gênico seja mediado pelos machos. Para fins de conservação, estes resultados mostram que o lobo-marinho sul-americano da UES do Atlântico é uma única população, e por causa disso, medidas de segurança devem ser alinhadas entre os países de sua distribuição.

Submitted by Everaldo Pereira (pereira.evera@gmail.com) on 2017-02-18T14:46:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sonia_figueiredo_2010.pdf: 15756732 bytes, checksum: 6bd83830b809ec96e7b3a8eabcf94dcc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-18T14:46:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sonia_figueiredo_2010.pdf: 15756732 bytes, checksum: 6bd83830b809ec96e7b3a8eabcf94dcc (MD5) / Estudo desenvolvido na plataforma e talude continentais da região norte do Estado da Bahia, no Município de Conde, especificamente na área compreendida entre a desembocadura dos rios Itariri (37º30’12”W e 37º20’42”W) e Itapicuru (11º50’38”S e 11º40’12”S) visa compreender o padrão de distribuição batimétrica das assembléias de foraminíferos desta área. Analisando-se 25 amostras de sedimento superficial do fundo da plataforma e talude continentais, identificou e definiu assembléias de foraminíferos presentes nesta parte da margem continental brasileira, tendo como base a profundidade, a sedimentologia e a hidrodinâmica local. Foram isolados 7333 espécimes e identificados 267 espécies, nas amostras do sedimento da superfície do fundo, as quais representam 64 gêneros, 34 subfamílias, 38 famílias, 23 superfamílias e 8 ordens de foraminíferos com predomínio de espécies bentônicas sobre as planctônicas. As espécies dominantes na área são Quinqueloculina lamarckiana, Amphistegina lessonii, Archaias angulatus, Amphistegina gibbosa e Peneroplis carinatus o que indica ambiente de plataforma tropical de águas quentes e rasas. Além destas, 17 espécies tiveram distribuição regular ao longo da plataforma e talude continentais, sendo estas: Articulina mucronata, Cibicides pseudoungerianus, Cibicides refulgens, Elphidium poeyanum, Eponides repandus, Poroeponides lateralis, Pyrgo subsphaerica, Quinqueloculina angulata, Quinqueloculina auberiana, Quinqueloculina bicostata, Quinqueloculina polygona, Quinqueloculina pricei, Quinqueloculina sp1, Siphonina pulchra, Textularia cônica, Textularia keribaensis e Triloculina lutea. Os maiores índices de diversidade foram encontrados na plataforma externa e talude, que representam habitats mais favoráveis ao estabelecimento de espécies devido à menor oscilação nos fatores abióticos. Análise do grau de preservação das testas indica domínio de testas com abrasão sugerindo que foram submetidas a deslocamento por saltação, tração ou arrasto. A observação de coloração das testas evidencia a dominância de testas brancas o que permite inferir baixo suprimento de ferro ou sedimentação rápida com freqüente adição de testas. A fração granulométrica areia foi dominante em 80% das amostras seguida pelas frações cascalho e lama, não apresentando padrão característico destas frações em função da batimetria. / This study was conducted in the northern state of Bahia, in the municipality of Conde, specifically the area between the mouths of rivers Itariri (37 ° 30'12 "W and 37 ° 20'42" W) and Itapicuru (11 ° 50'38 "S and 11 º 40 '12 'S). By analyzing 25 superficial sediment’s samples from the bottom of the continental shelf and slope were able to identify and define foraminiferal assemblages present in this part of the Brazilian continental margin, based on depth, hydrodynamics and sedimentology site. 7333 specimens were isolated and identified 267 species in samples of sediment from the bottom surface, which represent 64 genera, 34 subfamilies, 38 families, 23 superfamilies and 8 orders of foraminifera species prevailed on benthic plankton.The dominant species in the area are Quinqueloculina Lamarckian, Amphistegina lessonii, Archaias angulatus, Amphistegina gibbosa and Peneroplis carinatus. Besides these, 17 species were regularly distributed along the continental shelf and slope, these being: Articulina mucronata, Cibicides pseudoungerianus, Cibicides refulgens, Elphidium poeyanum, Eponides repandus, Poroeponides lateralis, Pyrgo subsphaerica, Quinqueloculina angulata, Quinqueloculina auberiana, Quinqueloculina bicostata, Quinqueloculina Polygona, Quinqueloculina pricei, Quinqueloculina sp1, Siphonina pulchra, Textularia conica, Textularia keribaensis and Triloculina lutea. The highest diversity indices were found in the outer shelf and slope. Analysis of the degree of preservation of domain foreheads indicating foreheads with abrasion and the observation of color brows shows the dominance of white brows. The sand particle size fraction was dominant in 80% of the samples, followed by gravel and mud fractions, showing no characteristic pattern of these fractions as a function of bathymetry.

OLIVEIRA, A. H. B. de. Diagnóstico da contribuição de fontes de poluição na costa de Fortaleza usando marcadores moleculares de petróleo e cromatografia bidimensional abrangente . 2016. 128 f. Tese (Doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2016-06-24T14:51:12Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_ahbdeoliveira.pdf: 5092930 bytes, checksum: 2c33b5e1eb6ada1262650023cd3c7861 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-06-24T16:28:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_ahbdeoliveira.pdf: 5092930 bytes, checksum: 2c33b5e1eb6ada1262650023cd3c7861 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-24T16:28:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_ahbdeoliveira.pdf: 5092930 bytes, checksum: 2c33b5e1eb6ada1262650023cd3c7861 (MD5) Previous issue date: 2016 / The study of the harbor zones is important for its economic representation and for being the place of entry of harmful chemicals to coastal ecosystems. The aim of this study is to determine the levels of molecular markers in sedimentary samples, investigating their composition and making them different from natural and anthropogenic sources, and to estimate the ecological risk caused by these compounds along the coastal area of Fortaleza-CE. With the GC techniques was possible to determine the main groups molecular markers: PAHs (parent and alkylated); n-alkanes, isoprenoids (pristane and phytane) and petroleum biomarkers (hopanes and steranes). The n-alkanes/isoprenoids, petroleum biomarkers and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) levels were quantified in all samples of surface sediments using GC-MS. GC-FID, GC × GC-FID, GC × GC-TOF/MS were used in the qualitative analysis of samples as well as the unresolved complex mixture (UCM). The surrogate standard recovery (deuterated PAHs and triacontane d62) ranged from 64,43% to 126,29%, respectively. The highest levels of contamination by oil and derivatives were observed near from Mucuripe Harbor and neighborhood points that receive direct input from the Ceará and Cocó River. Pyrolytic sources were confirmed by the determination of PAH (5-6 rings) in sediment samples, corroborated by multivariate analysis (PCA). The sums of PAHs levels, petroleum biomarkers, n-alkanes and isoprenoids ranged from 34,88 to 68333,54 ng.g-1; 43,65 to 782723,92 ng.g-1; 1141,39-287642,37 ng.g-1, respectively. The detection of the PAH (4- 6 rings) in the sediment samples suggests contribution from biomass burning, coal and crude oil. The presence of n-alkanes, biomarkers and UCM indicated strong correlation in the hydrocarbon sources associated with petrogenic / pyrolytic in the study area, suggesting multiple sources. Through analysis by GCxGC detects the presence of more than 1000 chromatographic peaks in the UCM. The ecological risk assessment showed that the levels of dibenzo [a] anthracene identified were considered showed a high potential ecological risk to environment, according to national standards (CONAMA) and international (NOAA and CCME). / O estudo de regiões portuárias é importante por sua representatividade econômica e por serem locais de entrada de compostos químicos deletérios para ecossistemas costeiros. O principal objetivo deste trabalho é determinar os níveis de marcadores moleculares em amostras sedimentares, investigando quimicamente sua composição e diferenciandoas de fontes naturais e antrópicas, bem como estimar o impacto ecológico causado por esses compostos ao longo da zona costeira de Fortaleza-CE. Através das técnicas de GC foram possíveis a quantificação das seguintes classes de marcadores moleculares: HPAs (parentais e alquilados); n-alcanos e isoprenóides (pristano e fitano) e biomarcadores de petróleo (hopanos e esteranos). Foram quantificados níveis de n-alcanos, biomarcadores de petróleo e hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) em todas as amostras de sedimentos usando GC-MS. GC-FID, GCxGC-FID, GCxGC-TOF/MS foram usadas na análise qualitativa das amostras, bem como da mistura complexa não resolvida (MCNR). A recuperação dos padrões surrogates (HPAs deuterados e triacontane d62) variou de 64,43 % e 126,29 %, respectivamente. Os maiores índices de contaminação por óleo e derivados foram verificados no entorno do porto do Mucuripe e nos pontos que recebem aporte direto do rio Ceará. Fontes pirolíticas foram confirmadas devido ao uso de HPAs de 5 e 6 anéis, nas amostras de sedimento, corroboradas através de análise multivariada (PCA). Os somatórios dos níveis de HPAs, biomarcadores de petróleo e nalcanos variaram de 34,88 - 68333,54 ng.g-1; 43,65 - 782723,92 ng.g-1; 1141,39 - 287642,37 ng.g-1, respectivamente. A detecção de HPAs de 4-6 anéis nas amostras sugere contribuição proveniente da queima de biomassa, carvão e óleo bruto. A presença de n-alcanos, biomarcadores de petróleo e MCNR indicaram forte tendência no aporte de hidrocarbonetos associados a fontes petrogênicas/pirolíticas na zona costeira de Fortaleza, sugerindo multiplicidade de fontes. Através de análises por GCXGC detectou-se a presença de mais de 1000 picos cromatográficos na MCNR. Avaliação do impacto ecológico mostrou que em mais da metade das amostras analisadas na área de estudo os níveis de dibenzo[a]antraceno detectados foram considerados com elevado potencial de efeito à biota segundo normas nacionais (CONAMA) e internacionais (NOAA e CCME).

CARNEIRO, Rômulo Farias. Purificação e caracterização bioquímica de lectinas ligantes de galactose isoladas de invertebrados marinhos. 2017. 72 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia de Recursos Naturais) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Coordenação PPGBiotec (ppgbiotec@ufc.br) on 2017-06-01T12:00:34Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_rfcarneiro.pdf: 7523630 bytes, checksum: cb11806939e3065cba0c59a5ef0e109c (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-06-01T21:44:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_rfcarneiro.pdf: 7523630 bytes, checksum: cb11806939e3065cba0c59a5ef0e109c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T21:44:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_rfcarneiro.pdf: 7523630 bytes, checksum: cb11806939e3065cba0c59a5ef0e109c (MD5) Previous issue date: 2017 / Lectins, which are found in all living organisms, are sugar-binding proteins that differ from immunoglobulins and glycoenzymes because they are not produced as an adaptive immune response, and they contain no site for the enzymatic modification of their ligands. Lectins have been studied for more than a century because of their ability to decipher glycocode. Excepting Crustacea (Arthropoda) and Bivalvia (Mollusca), marine invertebrates have been poorly studied compared to the distribution and presence of lectins. This work aimed to isolate lectins from groups of invertebrates with poorly studied, biochemically characterize such lectins and to evaluate its effect on the formation of bacterial biofilms. Lectins were isolated from the sponge Aplysina lactuca (ALL), the eggs gastropod Aplysia dactylomela (ADEL) and the sea urchin Echinometra lucunter (ELEL). ALL is a dimer formed by two identical 16 kDa subunits linked by disulfide bonds with affinity for lactulose, lactose and mucins. Its primary structure is similar to the Axinella polypoides lectin and its secondary structure is formed mainly by β-sheet. ADEL is a high mannose glycoprotein formed by two identical 27 kDa subunits linked by disulfide bonds. Its primary structure showed similarity with other lectins obtained from aplysid eggs. The secondary structure of ADEL is rich in β-sheet and sensitive to the presence of carbohydrates. ADEL showed affinity for several galactosides, especially for galacturonic acid (Ka = 1,5 x 107 M-1). The three-dimensional ADEL model reveals a new carbohydrate recognition domain. ELEL is a rhamnose binding lectin formed by two 11 kDa subunits linked by disulfide bonds. ELEL showed affinity for carbohydrates containing the same orientation in the hydroxyls of C-2 and C-4 as galactose. Its primary structure was similar to lectins found in eggs of sea urchins and fish. The three-dimensional ELEL structure model suggests the predominance of β-sheets in a β-sandwich domain. Ab initio calculations suggest the interaction of ELEL with a common receptor in tumor cells, Gb3. In addition, the three lectins showed ability to agglutinate bacteria and / or inhibitory effect of the growth of bacterial biofilms. In conclusion, this work reveals that invertebrates represent an excellent source of new galactose binding lectins and presenting inhibitory effect in the bacterial growth and/or antibiofilm, so these new lectins may be useful as biotechnological tools in the near future. / Lectinas animais podem ser definidas como proteínas ou glicoproteínas que reconhecem carboidratos de maneira específica, mas não participam do metabolismo dos mesmos e não pertencem a qualquer uma das principais classes de imunoglobulinas. As lectinas têm sido estudadas por mais de um século devido sua capacidade de decifrar o glicocódigo. Com exceção dos grupos Crustacea (Arthropoda) e Bivalvia (Mollusca), os invertebrados marinhos têm sido pouco estudados quanto à distribuição e presença de lectinas. Este trabalho objetivou isolar lectinas de grupos de invertebrados pouco estudados, caracterizar bioquimicamente as lectinas e avaliar seu efeito sobre a formação de biofilmes bacterianos. Lectinas foram isoladas da esponja Aplysina lactuca (ALL), de ovos do gastrópode Aplysia dactylomela (ADEL) e do ouriço do mar Echinometra lucunter (ELEL). ALL é um dímero formado por duas subunidades idênticas de 16 kDa unidas por pontes dissulfeto com afinidade por lactulose, lactose e mucinas. Sua estrutura primária é semelhante à da lectina da esponja Axinella polypoides e sua estrutura secundária é formada principalmente de folhas β. ADEL é uma glicoproteína do tipo high mannose composta por duas subunidades idênticas de 27 kDa unidas por pontes dissulfeto. A estrutura primária apresentou similaridade com outras lectinas de ovos de aplisídeos. A estrutura secundária de ADEL é rica em folhas β e sensível a presença de carboidratos. ADEL apresentou afinidade para diversos galactosídeos, em especial para ácido galacturônico (Ka = 1,5 x 107 M-1). O modelo tridimensional de ADEL revela um novo domínio de reconhecimento a carboidratos. ELEL é uma lectina ligante de ramnose formada por duas subunidades de 11kDa unidas por pontes dissulfeto, exibindo afinidade por carboidratos contendo a mesma orientação nas hidroxilas de C-2 e C-4 que a galactose. Sua estrutura primária foi semelhante a outras lectinas encontradas em ovos de ouriço e peixes. O modelo de estrutura tridimensional de ELEL sugere a predominância de folhas β em um domínio do tipo sanduíche β. Cálculos ab initio sugerem a interação de ELEL com um receptor comum em células tumorais, o Gb3. Ademais, as três lectinas apresentaram capacidade de aglutinar bactérias e/ou efeito inibitório do crescimento de biofilmes bacterianos. Em conclusão, este trabalho revela que invertebrados marinhos representam excelente fonte de novas lectinas ligantes de galactose e com efeito antibiofilme, sendo assim estas novas lectinas podem ser ferramentas biotecnológicas úteis em um futuro próximo.

AGUIAR, José Edvar. Contribuição ao estudo da mineralogia de sedimentos na plataforma continental dos Estados do Ceará, Piauí e Maranhão através da microscopia analítica SEM/EDS.. 2014. 173 f. Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Instituto de Ciências do Mar, Programa de Pós-Graduação em Ciências Marinhas Tropicais, Fortaleza-CE, 2014 . / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2014-07-21T15:09:33Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_jeaguiar.pdf: 11023819 bytes, checksum: c2a09c95f13fca8eb578d1c561a53645 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2014-07-21T15:09:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_jeaguiar.pdf: 11023819 bytes, checksum: c2a09c95f13fca8eb578d1c561a53645 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-21T15:09:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_jeaguiar.pdf: 11023819 bytes, checksum: c2a09c95f13fca8eb578d1c561a53645 (MD5) Previous issue date: 2014 / The knowledge of the morphology and chemical composition of the minerals allows inferring about the predominant rocks of the local geology, the distance travelled by mineral debris from the parent rock, transportation processes, and can indicate the paleoclimatic condition of the sediment deposition environment. The study region is located between the latitudes of 2°30’0’’S and 3°0’0’’ S and longitudes of 42°30’0’’ W and 40°0’0’’W, on the Northeastern Equatorial Brazilian continental shelf NEB, along the coasts of the states of Ceará, Piauí and Maranhão. Marine sediments were evaluated by Scanning Electron Microscopy associated with Energy Dispersive Spectroscopy (SEM/EDS). Energy dispersive spectra and chemical maps were obtained with electron beam ranging from 500 pA and 1.0 nA , acquisition time 90s, working distance of 8.5 mm, detection angle of 35°, voltage of 25 keV, using a XVP microscope ZEISS SEM EVO 40. The analytical Microscopy (SEM/EDS) allowed identify the morphometry and the chemical composition of siliciclastic minerals quartz, zircon and kyanite; oxides, ilmenite and rutile; monazite formed by O, P, La, Ce, Nd and Th. Different fases of carbonatic minerals were identified: calcite, aragonite and magnesian calcite. Halite, gypsum and framboids of pyrites completed of the mineralogy observed in this region. Generalizations about the predominance of biogenic carbonate sedimentation to the (CE- PI- MA) coast should be revised in the light of the existence of authigenic carbonates observed in this study. Halides and sulfates suggest that the marine waters of this region were exposed to intense evaporation process due to semi-arid climatic condition of the Northeastern Brazil. Sandy plains and fields submerged dunes covered with algae species Halophila decipiens, were identified in the western portion of the study area. The spatial distribution of siliciclastic and carbonate minerals in sediments showed areas of Ceará coast where increased river inflow occurred, and clearly allow the delineation of the transition zone between siliciclastic carbonate and sectors of the Northeast Brazilian Equatorial continental shelf. / O conhecimento da morfologia e composição química dos minerais permite inferir sobre as rochas predominantes na geologia local, a distância percorrida pelos detritos minerais da rocha fonte, processos de transporte, podem indicar a condição paleoclimática do ambiente de deposição sedimentar. A região estudada está localizada entre as latitudes 2° 30’0” S e 3° 0’0’’ S e longitudes 42° 30’0’’ W e 40° 0’0” W na plataforma continental Nordeste Equatorial brasileiro NEB, ao longo da costa dos estados do Ceará, Piauí e Maranhão. Sedimentos marinhos foram avaliados pela Microscopia Eletrônica de Varredura associada com Espectrometria de Energia Dispersiva (SEM/EDS). Espectros de energia dispersiva e mapas químicos foram obtidos com feixe de corrente variando entre 500 pA e 1,0 nA, tempo de aquisição 90s, distância de trabalho de 8,5 mm, ângulo de detecção de 35°, voltagem de 25 KeV, em Microscópio ZEISS XVP EVO 40. A Microscopia analítica (SEM/EDS) permitiu identificar a morfometria e composição química dos minerais siliciclásticos quartzo, zirconit e cianita; os óxidos, ilmenita e rutilo; monazita formada de O, P, La, Ce, Nd e Th. Diferentes fases de minerais carbonáticos foram identificadas: calcitas, calcitas magnesianas e aragonitas. Halita, gipsita e framboides de piritas completaram a mineralogia observada nesta região. As generalizações sobre a predominância de sedimentação carbonática biogênicas para costa dos estados (CE, PI e MA) devem ser revistas, em função da existência de carbonatos autigênicos observados neste estudo. Haloides e sulfatos sugerem que as águas marinhas desta região, foram expostas ao intenso processo de evaporação em razão da condição climática semiárida do Nordeste brasileiro. Planícies arenosas e campos de dunas submersas recobertas por algas da espécie Halophila decipiens que foram identificadas na porção Oeste da área estudada. A distribuição espacial de minerais siliciclásticos e carbonáticos nos sedimentos demonstraram as áreas da costa do Ceará onde ocorreu o aumento do aporte fluvial, além de permitir claramente a delimitação da zona de transição entre os setores siliciclásticos e carbonáticos da plataforma continental Nordeste Equatorial brasileira.