Made available in DSpace on 2015-05-14T13:21:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1804420 bytes, checksum: 7f1229339fc39b87970bae7fb09a5054 (MD5) Previous issue date: 2009-11-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The major purposes for the production and use of biodiesels are environmental, social and economic benefits. However the production of 90 cubic meters of biodiesel generates about 10 cubic meters of glycerin, so partial or total replacement of diesel by biodiesel can because of glycerin generate a lot of problems. A great surplus (without market), could force the devaluation of its price, and glycerin factories losing competitiveness might be forced to close down. However the world is in a race to develop new processes and add new technologies for the rational use of bio-fuel co-products like glycerin. This study obtained "New Materials" by using glycerin with applicability to biology, diesel fuels, and bio-fuels with cetane improvers. We obtained five organic nitrates characterized as 2-nitrate-1,3-diethoxypropane (NDM); 2-nitrate-1,3- dimethoxypropane (NDE); 2-nitrate-1,3-dipropoxypropano (NDP); 2-nitrate-1.3-dibutoxypropano (NDB) and (+/-)-2,2-dimethyl-1,3- dioxolan-4-metilnitrato (nitrate solketal - NSKT). pharmacological evaluation showed that the nitrates of diesters have hypotensive activity on the cardiovascular system revealing NDB as the compound that showed greater potency and effectiveness against the vasorelaxant effect in the superior mesenteric artery isolated from rats in the order of 115.58 ± 5.59. The nitrate solketal ((+/-)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-metilnitrato) (NSKT) was tested as a cetane improver for biodiesel so as to obtain a new low cetane bio-fuel. The addition of NSKT 7% to ethanol, formed a low cetane fuel capable of operating diesel engines. / O grande propósito para a produção e o uso do biodiesel são os benefícios ambientais, sociais e econômicos. Entretanto na produção de 90 m3 de biodiesel são gerados cerca de 10 m3 de glicerina, assim com a substituição parcial ou total do diesel pelo biodiesel a glicerina gerada no processo pode ser um grande problema econômico e ambiental. Uma grande produção de glicerina provoca a desvalorização do produto e conseqüentemente fábricas que produzem ou a usam como insumo podem perder competitividade até não ser mais viável o seu funcionamento. Todavia o mundo busca o desenvolvimento de novos processos e agregar novas tecnologias visando o aproveitamento racional da glicerina. Neste trabalho foram obtidos Novos Materiais pelo aproveitamento da glicerina do biodiesel com aplicabilidades biológicas na síntese de moléculas bioativas e em combustíveis ou biocombustíveis com os melhoradores de Cetano. Assim foram obtidos cinco nitratos orgânicos: 2-nitrato-1,3- dimetoxipropano (NDM); 2-nitrato-1,3-dietoxipropano (NDE); 2-nitrato- 1,3-dipropoxipropano (NDP) e o 2-nitrato-1,3-dibutoxipropano (NDB). A avaliação farmacológica mostrou que os nitratos dos diéteres possuem atividade hipotensora sobre o sistema cardiovascular sendo NDB o composto que apresentou maior potencia e eficácia frente ao efeito vasorelaxante na arteria mesentérica superior isolada de rato na ordem de 115,58 ± 5,59. O Nitrato de solketal ((+/-)-2,2-Dimetil-1,3-dioxolano-4- metilnitrato) (NSKT) foi testado como melhorador de cetano tanto para o biodiesel como para a obtenção de um novo biocombustível de baixo cetano. A adição de NSKT no teor de 7% ao etanol formou um combustível de baixo cetano capaz de funcionar um motor do ciclo diesel.

O câncer configura uma das maiores causas de mortalidade no mundo, caracterizando-se como uma doença complexa orquestrada por alterações genômicas e epigenômicas capazes de alterar a expressão gênica e a identidade celular. Nova evidência obtida por meio de um estudo genômico em larga escala e cujos dados encontram-se disponíveis no banco público do TCGA sugere que um em cada dez pacientes portadores de câncer pode ser classificado com maior eficácia tendo como base a taxonomia molecular quando comparada à histologia. Dessa maneira, nós hipotetizamos que o estabelecimento de mapas genômicos exibindo a localização de sítios de ligação de fatores de transcrição combinada à identificação de regiões diferencialmente metiladas e perfis alterados de expressão gênica possa nos auxiliar a caracterizar e explorar, ao nível molecular, fenótipos associados ao câncer. Avanços tecnológicos e bancos de dados públicos a exemplo do The Cancer Genome Atlas (TCGA), The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) e o NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium (Roadmap) têm proporcionado um recurso inestimável para interrogar o (epi)genoma de linhagens de células tumorais em cultura, bem como de tecidos normais e tumorais em alta resolução. Todavia, a informação biológica encontra-se armazenada em diferentes formatos e não há ferramentas computacionais para integrar esses dados, evidenciando um cenário atual que requer, com urgência, o desenvolvimento de ferramentas de bioinformática e softwares capazes de direcionar a solução deste obstáculo. Nesse contexto, o objetivo principal deste estudo consiste em implementar o desenvolvimento de ferramentas de bioinformática, na linguagem de programação R que, ao final do estudo, será submetido à comunidade científica do projeto Bioconductor sob a licença de código aberto GNU GPL versão 3. Além disso, ajudaremos nossos colaboradores com o aperfeiçoamento do ELMER, um pacote R/Bioconductor que identifica elementos reguladores usando dados de expressão gênica, de metilação do DNA e análise de motivo. Nossa expectativa é que essas ferramentas possam automatizar com acurácia a pesquisa, o download e a análise dos dados (epi)genômicos que se encontram atualmente disponíveis nas bases de dados públicas dos consórcios internacionais TCGA, ENCODE e Roadmap, além de integrá-los facilmente aos dados genômicos e epigenômicos gerados por pesquisadores por meio de experimentos em larga escala. Além disso, realizaremos também o processamento e a análise manual dos dados que serão automatizados pelas ferramentas, visando validar sua capacidade em descobrir assinaturas epigenômicas que possam redefinir subtipos de câncer. Por xi fim, as usaremos para investigar as diferenças moleculares entre dois subgrupos de gliomas recentemente descobertos por nosso laboratório. / Cancer, which is one of the major causes of mortality worldwide, is a complex disease orchestrated by aberrant genomic and epigenomic changes that can modify gene regulatory circuits and cellular identity. Emerging evidence obtained through high-throughput genomic data deposited within the public TCGA international consortium suggests that one in ten cancer patients would be more accurately classified by molecular taxonomy versus histology. Therefore, we have hypothesized that the establishment of genome-wide maps of the de novo DNA binding motifs localization coupled with differentially methylated regions and gene expression changes might help to characterize and exploit cancer phenotypes at the molecular level. Technological advances and public databases like The Cancer Genome Atlas (TCGA), The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), and The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium (roadmap) have provided unprecedented opportunities to interrogate the epigenome of cultured cancer cell lines as well as normal and tumor tissues with high resolution. Markedly however, biological information is stored in different formats and there is no current tool to integrate the data, highlighting an urgent need to develop bioinformatic tools and/or computational softwares to overcome this challenge. In this context, the main purpose of this study is the development of bioinformatics tools in R programming language that will be submitted to the larger open-source Bioconductor community project under the GNU GPL3 (General Public License version 3). Also, we will help our collaborators improve of the R/Bioconductor ELMER package that identifies regulatory enhancers using gene expression, DNA methylation data and motif analysis. Our expectation is that these tools can effectively automate search, retrieve, and analyze the vast (epi)genomic data currently available from TCGA, ENCODE, and Roadmap, and integrate genomics and epigenomics features with researchers own high-throughput data. Furthermore, we will also navigate through these data manually in order to validate the capacity of these tools in discovering epigenomic signatures able to redefine subtypes of cancer. Finally, we will use them to investigate the molecular differences between two subgroups of gliomas, one of the most aggressive primary brain cancer, recently discovered by our laboratory.