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Superexpressão do gene codificante do peptídeo AtPep1 em A.Thaliana visando a obtenção de resistência à isolados de diferentes espécies do gênero Pythium / Overexpression of the gene that codes for the peptide atpep1 in A. Thaliana in order to obtain resistance to isolates of different species of the genus pythium

Trivilin, Ana Paula January 2008 (has links)
As plantas estão expostas a uma gama de patógenos que utilizam diversas estratégias para infectar seus hospedeiros. Em resposta, as plantas expressam diferentes mecanismos de defesa, onde ocorre o reconhecimento de moléculas conservadas do patógeno por receptores específicos das plantas, desencadeando as respostas de defesa. A descoberta de sinais endógenos e exógenos que regulam a expressão de genes de defesa em Arabidopsis thaliana tem auxiliado a compreensão dos mecanismos de defesa. O desenvolvimento de uma estratégia de superexpressão para avaliação do papel do peptídeo endógeno AtPep1 na resistência a isolados de diferentes espécies do gênero Pythium é importante para a compreensão do mecanismo de defesa e a futura utilização do mesmo em cultivares resistentes ao patógeno. Nesse sentido, foram realizados experimentos que consistiram da inoculação de A. thaliana com isolados das espécies de P. graminicola, P. inflatum, P. deliense e P. ultimum. As plantas foram avaliadas quanto à presença de sintomas da doença. Paralelamente, o gene codificante do peptídeo AtPep1, PROPEP1, foi isolado de A. thaliana, ligado nos vetores binários pGSA1427 ou pEGAD, e transformados em Agrobacterium tumefaciens. Células de A. tumefaciens contendo os plasmídeos com e sem PROPEP1 foram usadas para transformação floral de A. thaliana. As plantas transformadas foram selecionadas pela presença do gene que confere tolerância ao herbicida glufosinato de amônio e, no caso da planta transformada com o vetor pEGAD, também pela presença da GFP (proteína verde fluorescente). A presença dos genes inseridos foi confirmada por PCR seguido de seqüenciamento. As plantas transformadas foram avaliadas quanto ao acúmulo de mRNA de PROPEP1 e a resistência aos isolados do gênero Pythium. Os resultados indicam que plantas tipo selvagem de A. thaliana são suscetíveis aos isolados das diferentes espécies do gênero Pythium. As plantas pEGAD-AtPep apresentaram um aumento na expressão relativa de PROPEP1 de até 4.000 vezes a encontrada nas plantas controle. Este alto acúmulo de PROPEP1 nas plantas pEGAD-AtPep e pGSAAtPep revelou ser importante na resistência ao isolado de P. deliense. As evidências suportam o papel do peptídeo AtPep1 como um elicitor endógeno que é gerado em resposta aos patógenos e suas PAMPs. / Plants are exposed to a range of pathogens that use several strategies to infect their host. In response, the plants express different mechanisms of defense, in which the recognition of conserved pathogen molecules by plant specific receptors triggers the defence responses. The discovery of exogenous and endogenous signals that regulate the expression of defense genes in Arabidopsis thaliana has helped the understanding of the mechanisms of defense. The development of a strategy of overexpression for evaluating the role of endogenous peptide AtPep1 in resistance to isolates of different species of the genus Pythium is important for understanding the mechanism of defense and its future use in resistant cultivars to the pathogen. Therefore, experiments that were performed consisted in the inoculation of A. thaliana with isolates of the of P. graminicola, P.inflatum, P. deliense, and P. ultimum species. The plants were evaluated for the presence of disease symptoms. In addition to that, the gene coding the peptide AtPep1, PROPEP1 was isolated from A. thaliana, ligated in the binary vectors pGSA1427 or pEGAD, and transformed in Agrobacterium tumefaciens. Cells of A. tumefaciens containing the plasmids with or without PROPEP1 were used to floral transformation of A. thaliana. The transformed plants were selected for the presence of the gene that confers tolerance to the herbicide ammonium glufosinate and, in the case of plants transformed with the vector pEGAD, they were also selected for the presence of GFP (green fluorescent protein). The presence of the inserted gene was confirmed by PCR followed by sequencing. The transformed plants were evaluated on the accumulation of mRNA from PROPEP1 and resistance to isolates of the genus Pythium. The results indicate that A. thaliana wild type plants are susceptible to isolates from various species of the genus Pythium. The pEGAD-AtPep plants showed an increase in the expression of PROPEP1 of up to 4.000 times more than that was found in control plants. Such high accumulation of PROPEP1 in pEGAD-AtPep and pGSA-AtPep plants was shown to be important in resistance to the isolate of P. deliense. The evidences support the role of the peptide AtPep1 as an endogenous elicitor that is generated in response to pathogens and their PAMPs.
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Blocos causalizados com tratamentos comuns: uma aplicação em melhoramento genético de soja / not available

Carvalho, Lídia Raquel de 15 March 1991 (has links)
Resistência a Exserohilum turcicum ( Pass. ) Leonard & Suggs, agente etiológico da"queima"das folhas de milho ou helminthosporiose, é um problema importante a ser considerado no melhoramento do milho. Este trabalho teve por objetivo avaliar, em condições de casa-de-vegetação, os efeitos de um ciclo de seleção recorrente fenotípica em progênies de milho pipoca Composto Indígena para E. turcicum, e a reação de diferentes variedades de milho a isolados do patógeno procedentes de várias regiões do pais. Para a obtenção de inóculo, o patógeno foi cultivado em meio de cultura LCH ( lactose - caseina hidrolisada) e incubado a ± 21° C, na ausência de luz por 10 dias. A inoculação das plantas foi feita depositando-se 0,5 ml de suspensão de conídios, padronizada para 5 x 103 conídios/ml, no cartucho de plantas no estádio de 4 a 5 folhas verdadeiras. As avaliações para as reações das plantas ao patógeno foram realizadas 14 dias apôs a inoculação, utilizando-se como critério o tipo de reação apresentado plantas. Os resultados para os testes das progênies de milho pipoca Composto Indígena revelaram que, em um ciclo de seleção recorrente fenotípica, foram verificadas diferenças significativas nos níveis de resistência a E. turcicum; tendo sido detectados também ganhos consideráveis nos níveis de resistênciadas progênies quando comparadas com a população original. Os isolados de E. turcicum testados comportaram-se diferentemente quando inocula dos nos diferentes hospedeiros. Através da cultivar de milho comum Iw, com resistência monogênica, foi possível detectar diferentes raças de E. turcicum, sendo -que determinados isolados do patógeno causaram lesões necróticas do tipo suscetível neste hospedeiro, enquanto que outros não. A cultivar F352, com resistência multigênica a E. turcicum, apresentou um alto nível de resistência a todos os isolados testados. O Composto Indígena apresentou segregação para tipos de reação quando inoculada separadamente com os diferentes isolados, re / not available
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Alternativas de procedimentos estatísticos para avaliação de genótipos em programas de melhoramento genético vegetal / not available

Rios, Maria Cristina Duarte 12 September 1997 (has links)
Este trabalho teve por objetivo determinar um dos procedimentos estatísticos já existentes para melhor avaliação de progênies, considerando limitações como a pouca disponibilidade de material, grande número de progênies e, procurando afetar ao mínimo a precisão do experimento. Foi avaliado um experimento de feijão com 121 progênies S2, provenientes de um programa de seleção recorrente em Lavras/MG. Os dados de produção de grãos (g/parcela) do feijoeiro foram submetidos à análises de variância considerando-se os seguintes procedimentos: látice, blocos aumentados, blocos casualizados completos, testemunha intercalar e método das médias móveis. Realizou-se a comparação entre os diferentes procedimentos quanto à sua eficiência no controle do erro experimental e em relação à precisão das estimativas. Pôde-se concluir que: o emprego do delineamento em blocos aumentados é viável para a seleção de progênies em etapas iniciais de programas de melhoramento genético vegetal. O delineamento em blocos aumentados não se mostrou apropriado para a estimação de parâmetros genéticos devido à baixa precisão das estimativas. O método das médias móveis foi eficiente no controle da heterogeneidade dos blocos, sendo esta eficiência similar àquela proporcionada pela análise em látice / not available
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Caracteres correlacionados com a produção e suas alterações no melhoramento genético do milho (Zea mays L.) / not available

Pereira, Renato Sergio Borges 04 December 1990 (has links)
Estudaram-se 27 caracteres agronômicos para verificar suas alterações ao longo do melhoramento, correlações com a produção e formular ideotipo para milho. Ocorreram alterações na produção, eficiência, prolificidade, acamamento, altura de planta e espiga, relação entre as alturas, número de ramificações do pendão, área foliar, angulo foliar, dias para florescimento, índice de raízes adventícias aéreas e índices de bonecas. A produção e/ou seus caracteres correlacionaram-se positivamente com a uniformidade e velocidade de germinação, índices de bonecas, prolificidade, número total de folhas, folhas acima da espiga e eficiência e negativamente com dias para florescimento, acamamento, numero de ramificações do pendão, relação entre alturas e angulo foliar. O ideotipo idealizado foi de planta mais precoce e com maior período de enchimento de grãos. Também prolifica, com menor área foliar, folhas mais eretas e também apresentar posicao relativa da espiga mais baixa e pendão com menor número de ramificações / not available
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Interação genótipos x ambientes e implicações para o melhoramento da soja / not available

Gieco, Jorge Omar 13 January 1998 (has links)
O objetivo do presente trabalho foi a quantificação dos componentes da interação genótipo x ambiente, mais precisamente genótipo x ano, em progênies provenientes de cruzamentos biparentais de soja [Glycine max (L.) Merril] e suas implicações no melhoramento. Três populações denominadas 1, 2 e 3; oriundas dos cruzamentos BR 80-14853 x PI-165896, PI-123439 x PI-239235 e GAÚCHA x OC 79230 respectivamente; compostas de 60 linhagens homozigóticas aleatórias obtidas pelo método SSD (Single seed descente), foram avaliadas em relação ao caráter produtividade de grãos, em uma localidade (Piracicaba, SP/Brasil) durante três anos agrícolas: 1993/4, 1994/5 e 1995/6. Empregou-se um delineamento em blocos ao acaso modificado com três repetições e parcelas lineares de um metro de comprimento por 0,50 metro de largura, contendo 17 plantas após o desbaste. A população 3 foi em média superior quanto à produção de grãos, seguida pelas populações 1 e 2, respectivamente. Detectou-se variabilidade genética altamente significativa para as três populações, indicando a possibilidade de seleção de linhagens superiores. Detectou-se também uma interação genótipos x ambientes (progênie x anos) altamente significativa para todas as populações avaliadas. A análise dos componentes da interação fenotípicos e genéticos demonstrou que o componente complexo da mesma foi predominante em alto grau (média das três populações: 90,91% e 96,03% , para os componentes genéticos e fenotípicos, respectivamente). As implicações da predominância do componente complexo da interação nos programas de melhoramento foram estudados e discutidas em detalhe no presente trabalho / not available
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Análise genética da resistência basal à Magnaporthe oryzae

Mühle, Fernanda Severo Nichele January 2015 (has links)
Oryza sativa (arroz) é um dos cereais mais produzidos no Brasil e no Rio Grande do Sul. Contudo, perdas na produção podem ocasionar alta dos preços e prejuízos aos produtores. A brusone do arroz, causada por Magnaporthe oryzae, é uma das doenças que mais causa danos à cultura. A resistência genética à M. oryzae, raça-específica, tem sido majoritariamente o objetivo do melhoramento genético. Entretanto, essa característica é pouco durável no campo. Uma alternativa é a resistência de não-hospedeiro ou resistência basal, que confere à planta resistência de amplo espectro e de maior durabilidade. Este trabalho teve como objetivo investigar os mecanismos de resistência basal de genes selecionados e comparar as respostas de uma espécie hospedeira O. sativa, e uma espécie não-hospedeira, A. thaliana, frente à infecção por M. oryzae. Os genes EDR1, OsRac1, SGT1, HSP90, STP1, WRKY89, WRKY 53 e Spl11 foram selecionados através de busca in silico nas bases de dados de O. sativa e A. thaliana. Foram testadas as isolinhas de O. sativa (IRBL-5M-Pi5, IRBL1-CL-Pi1, IRBL12-M-Pi12 e LTH) e mutantes dos genes escolhidos de A. thaliana. Nas duas espécies foram avaliadas a severidade da doença e as freqüências dos eventos microscópicos desta interação em 4, 18, 24 e 120hai. Nas isolinhas de O. sativa ainda foi mensurada a expressão dos genes selecionados em 0, 4, 18 e 24hai. De acordo com os resultados obtidos quatro genes demonstraram alto potencial de envolvimento na resistência basal de M. oryzae: STP1, WRKY53, WRKY89 e HSP90. Os genes WRKY53 e HSP90 foram fortemente induzidos nas primeiras horas após a inoculação, demonstram atuar na regulação negativa de todas as etapas da interação, e mostraram ser dependentes do gene de resistência de efeito maior na isolinha IRBL1-CL-Pi1 e IRBL5-M-Pi5, respectivamente. O gene STP1 está ligado à regulação negativa da etapa de germinação dos esporos, formação de apressório e infecção, evitando assim o estabelecimento do fungo no hospedeiro. Este gene evidenciou ser dependente do gene de resistência da isolinha IRBL5-M-Pi5. O gene WRKY89 mostrou ter alto potencial para regulação positiva de respostas de defesa basal, e pode estar agindo na repressão do estabelecimento de M. oyzae nas células de O. sativa. De modo geral, a paralisação do estágio de infecção do fungo foi o momento que mais contribuiu para a resistência nas primeiras horas após a inoculação. Para todos os genes que apresentaram potencial relação com a regulação da resistência basal são necessários aprofundamentos das avaliações nos primeiros momentos principalmente em 4hai, como a observação da formação de papilas e espécies reativas de oxigênio. / Oryza sativa (rice) is one of the most commonly produced cereals in Brazil and in Rio Grande do Sul. However, losses in production may lead to high prices and losses for producers. Rice blast, caused by Magnaporthe oryzae, is one the diseases that causes losses in field. The genetic resistance to M. oryzae, specific to race, has been one of the major goals of genetic improvement. However, this feature is not durable in the field. An alternative is non-host resistance or basal resistance, causing the plant to have a broad spectrum of resistance and durability. This study aims to investigate the basal resistance mechanisms of selected genes and to compare the responses of a host species O. sativa, and a non-host species, A. thaliana, to infection by M. oryzae. The genes EDR1, OsRac1, SGT1, HSP90, STP1, WRKY89, WRKY 53 and Spl11 were chosen through search in silico in the database of O. sativa and A. thaliana. The isolines IRBL-5M-Pi5, IRBL1-CL-Pi1, IRBL12-M-Pi12 and LTH were tested for O. sativa and the mutants of chosen genes of A. thaliana. In both species, disease severity and the frequency of microscopic events of this interaction in 4, 18, 24 and 120hpi. Expression of selected genes from 0, 4, 18 and 24hpi in the O. sativa isolines was also measured. According to the results, four genes showed high involvement potential in basal resistance of M. oryzae: STP1, WRKY53, WRKY89 and HSP90. The WRKY53 and HSP90 genes were strongly induced in the first hours after inoculation and showed that they operate in down-regulating in all stages of the interaction, and showed to be dependent on the resistance gene in the isoline IRBL1-CL-Pi1 and IRBL5-M-Pi5, respectively. The STP1 gene is linked to negative regulation of the spore germination step, appressorium formation and infection, thus avoiding the establishment of the fungus in the host. This gene showed to be dependent on the resistance gene in the isoline IRBL5-M-Pi5. The WRKY89 gene showed to have high potential for up-regulation of basal defense response, and may be acting in the repression of the establishment of M. oyzae in O. sativa cells. Generally, the halt of the fungus infection stage was the moment that most contributed to the strength in the hours post inoculation. Deeper evaluations are necessary to all the genes that showed potential relationship with the regulation of basal resistance, especially in 4hpi such as observation of the formation of pappilae and reactive oxygen species.
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Mapeamento genético em populações de maçã (Malus X domestica Borkh) de caracteres agronômicos associados à exigência de frio hibernal / Genetic mapping of an apple (Malus x domestica Borkh) population for agronomic traits related to cold requirement

Tessele, Carolina January 2012 (has links)
A macieira necessita de estímulo do frio para a queda das folhas ao final do ciclo, à dormência hibernal e a sua quebra desta. A não ocorrência adequada de frio no período do inverno resulta em brotação e florescimento irregular, resultando em desenvolvimento vegetativo e reprodutivo deficientes. Os objetivos deste trabalho foram de caracterizar indivíduos da população F1 para caracteres associados ao requerimento de frio hibernal como data de brotação e floração, construir um mapa genético de ligação em população clonal F1 e mapear QTLs associados a estes caracteres. Os genótipos da população F1 de estudo segregaram para os caracteres fenotípicos de brotação vegetativa e floração. Os mapas genéticos dos genitores ‘M13/91’ e ‘Fred Hough’ foram obtidos com 729 e 711 marcadores funcionais do tipo SNP, respectivamente. Dezessete grupos de ligação foram obtidos para cada genitor, cobrindo 1361 cM e 1066 cM para ‘M13/91’ e ‘Fred Hough’, respectivamente. As posições dos marcadores mapeados estão consistentes com o mapa consenso. Na extremidade do grupo de ligação 9, QTLs majoritários, possivelmente associados a fatores genéticos importantes para as características avaliadas, foram identificados nos mapas de ambos os genitores. Nesta região foram mapeados quatro marcadores genéticos significativamente ligados aos QTLs majoritários para brotação vegetativa e floração, explicando de 32,3% a 73,4% da variação fenotípica observada, respectivamente. Estes resultados sustentam a hipótese de que a extremidade do grupo de ligação 9 possui fatores genéticos associados ao controle do tempo de brotação e floração regulado pela exposição ao frio. Nesta região encontram-se genes de transcritos preditos com grande similaridade ao gene Flowering Locus C de Arabidopsis thaliana. / Apple trees require cold stimulus for leaf shedding at the end of the growth cycle and for winter dormancy. The non-occurrence of the appropriate cold condition during the winter causes irregular sprouting and flowering, resulting in deficient vegetative and reproductive growth. This study aimed to characterize individuals from a F1 population derived from ‘Fred Hough’ and ‘M13/91’ for cold requirement associated traits, like vegetative bud burst and flowering, to develop a genetic linkage map for both genitors and identify QTLs associated with these traits. The F1 population showed segregation for time for vegetative sprouting and time for flowering. A total of 729 and 711 functional SNP type markers were used to generate a map for each parent. For both parents, 17 linkage groups were obtained; covering 1361 cM and 1066 cM for ‘M13/91’ and ‘Fred Hough’, respectively. The position of the SNP loci in the obtained maps is consistent with the genomic sequence. At the end of linkage group 9, major QTLs genetically associated with the agronomical traits evaluated were identified for both genitors. In this region of the linkage group 9, four SNP markers were significantly associated with the major QTLs for vegetative bud burst and time of flowering, explaining 32,3% to 73,4% of the total phenotypic variation observed. Our results demonstrate that the same region of linkage group 9 contains important genetic determinants for the control of time of bud burst and flowering. Moreover, assessing the genomic sequence in this region, two predicted transcripts with similarity to the Flowering Locus C from Arabidopsis thaliana were identified. 1Master of
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Fatores genéticos e moleculares associados ao caráter espiguetas multiflora em aveia

Zimmer, Cristiano Mathias January 2016 (has links)
A formação de espiguetas multiflora é uma característica complexa devido à sua expressividade variável. Os mecanismos genéticos e moleculares que controlam o caráter espiguetas multiflora ainda não são completamente compreendidos em aveia. Os objetivos deste estudo foram: i) caracterizar duas populações de linhagens recombinantes de aveia para o caráter espiguetas multiflora; ii) determinar o número de genes que controla o caráter espiguetas multiflora em aveia e, iii) identificar, clonar, sequenciar e caracterizar sequências codificantes associadas a genes candidatos ao controle da formação de espiguetas multiflora em aveia. As populações de aveia “UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1” e “URS Taura x UFRGS 017004-2” foram avaliadas para o caráter espiguetas multiflora, em duas épocas de semeadura, no ano de 2014. A formação de espiguetas normais, multiflora e mosaico, em cada um dos terços da panícula e na panícula inteira foi analisada. Pares de primers específicos para o gene AP2 foram desenvolvidos a partir do alinhamento de sequências homólogas de diferentes espécies de gramíneas Pares de primers para os genes Vrn1 e AGL6 também foram utilizados para amplificar e clonar sequências de aveia. A expressão das espiguetas multiflora ao longo da panícula foi alterada nas populações avaliadas em função da época de semeadura. A semeadura tardia aumentou a formação de espiguetas multiflora e reduziu o número de espiguetas mosaico, nas duas populações. A análise genética indicou a presença de um gene maior controlando o caráter espiguetas multiflora em aveia hexaploide. A análise molecular revelou a presença de duas variações alélicas dos genes Vrn1 e AP2 nos genótipos URS Taura e UFRGS 017004-2, indicando que o gene AP2 deve estar conservado em aveia. Uma sequência do gene AGL6 também foi isolada nestes genitores. A existência de polimorfismos moleculares nos genes Vrn1, AP2 e AGL6 pode ser determinante para a expressão do caráter espiguetas multiflora. Estudos complementares poderão confirmar a associação destes genes com a formação de espiguetas multiflora em aveia. / The formation of multiflorous spikelet is a complex character due to its variable expressivity. Genetic and molecular mechanisms that control the character multiflorous spikelet are not fully understood in oats. The objectives of this study were: i) to characterize two populations of recombinants oat lines to the character multiflorous spikelet; ii) to determine the number of genes controlling the character multiflorous spikelet in oats; and iii) to identify, clone, sequence and characterize coding sequences associated with candidate genes to control the formation of multiflorous spikelet in oats. The character multiflorous spikelet was evaluated in the oat populations “UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1” and “URS Taura x UFRGS 017004-2”, in two sowing dates, in the year of 2014. The formation of normal, multiflorous and mosaic spikelets was analyzed in each third of the panicle and in the whole panicle. Specific primer pairs for the gene AP2 were developed from the alignment of homologous sequences from different grass species. Specific primer pairs for the genes Vrn1 and AGL6 were also utilized for amplifying and cloning oat sequences. The expression of multiflorous spikelets along the panicle was dependent on the sowing date in each evaluated population. The late sowing increased the formation of multiflorous spikelet and decreased the number of mosaic spikelets, in both populations. Genetic analysis indicated the presence of one major gene controlling the character multiflorous spikelet in hexaploid oat. Molecular analysis revealed the presence of two allelic variants of the genes Vrn1 and AP2 in the genotypes URS Taura and UFRGS 017004-2, indicating that AP2 might be conserved in oats. One sequence of the gene AGL6 was also isolated in these genotypes. The existence of molecular polymorphisms in the genes Vrn1, AP2 and AGL6 can be crucial for the expression of the character multiflorous spikelet. Further studies may confirm the association of these genes with the formation of multiflorous spikelets in oats.
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Ressequenciamento genômico de soja (Glycine max (L.) Merr.) e identificação de genes relacionados à tolerância ao alagamento do solo / Genomic resequencing of soybean (Glycine max (L.) Merr.) and identification of genes related to soil flooding tolerance

Casarotto, Gabriele January 2017 (has links)
O cultivo da soja (Glycine max (L.) Merr.) em áreas de várzea surgiu como alternativa à monocultura de arroz, uma vez que cultivares com diferentes níveis de tolerância ao alagamento do solo foram identificadas. As tecnologias de sequenciamento de nova geração apresentam como vantagens o elevado volume de informações obtidas e uma visão direta na variação do DNA. Assim, é possível identificar polimorfismos e diferenciar genótipos quanto à característica de interesse. O objetivo deste trabalho foi ressequenciar e montar o genoma de duas cultivares de soja contrastantes para o caráter tolerância ao alagamento do solo, avaliar a expressão de genes candidatos e identificar alterações não sinônimas nas sequências gênicas. O DNA total das cultivares Introdução 27 (tolerante) e BRS 154 (sensível) foi extraído de folhas jovens. Ao DNA fragmentado e purificado foram adicionados indexadores e adaptadores conhecidos. Fragmentos com ~300pb foram selecionados e então realizado o sequenciamento pareado. As leituras de sequenciamento foram submetidas à verificação de qualidade das bases e a montagem foi realizada com os montadores ABySS, SOAPdenovo e a combinação Velvet e SSPACE. Para análise de RTqPCR foram escolhidos como candidatos à tolerância ao encharcamento do solo genes relacionados a rotas de captação de energia (ENO, ADH1, ALAT2 e GLB1), formação de estruturas associadas ao estresse (XETP e LBD41) e detoxificação celular (APX2). O alinhamento dos scaffolds gerados pelo montador AbySS e o genoma de referência da cv. Williams 82 foi realizado para reconstruir a sequência destes genes e as alterações não sinônimas foram identificadas. O sequenciamento gerou em média 111 milhões de leituras pareadas. A distribuição da qualidade das bases nas leituras foi elevada (e≥28) e adaptadores residuais não foram identificados. O programa ABySS mostrou maior eficiência na montagem dos genomas das cultivares Introdução 27 e BRS 154, gerando scaffolds maiores, com tamanho total de 1,024Gb e 1,020Gb, respectivamente. A taxa de alinhamento global das leituras com o genoma de referência foi de 97%. De maneira geral, a cultivar Introdução 27 apresentou maior expressão relativa de todos os genes avaliados. Alteração não sinônima entre os genótipos estudados foi constatada apenas no gene APX2 e diferenças na região promotora associada ao estresse foi constatada apenas no gene ALAT2. Dessa forma, não foi possível explicar as diferenças de expressão observadas, sugerindo uma maior complexidade do caráter estudado. / Soybean (Glycine max (L.) Merr.) in lowland areas emerged as alternative to rice monoculture, since cultivars with different levels of soil flooding tolerance have been identified. The next generation sequencing technologies generates high volume of data and a direct view of DNA variation. So, it is possible to identify polymorphisms and differentiate genotypes for traits of interest. The objective of this work was to resequence and assemble the genome of two contrasting soybean cultivars to soil flooding, to evaluate the expression of candidate genes and to identify non-synonymous changes in these gene sequences. Whole DNA of Introduction 27 and BRS 154 cultivars was extracted from young leaves. Indexers and adapters were added to fragmented and purified DNA. Fragments with ~300bp were selected and then pair-end sequencing was performed. Reads of sequencing were submitted to bases quality check and the assembly was performed with the ABySS, SOAPdenovo assemblers and the combination of Velvet and SSPACE. Candidate genes to soil flooding tolerance were submitted to RT-qPCR analysis. These genes were related to energy uptake routes (ENO, ADH1, ALAT2 and GLB1), formation of stress-associated structures (XETP and LBD41) and cell detoxification (APX2). The alignment of the scaffolds generated by the AbySS assembler and the cv. Williams 82 was performed to reconstruct the sequence of these genes and the non-synonymous changes were identified. Sequencing generated on average 111 million pair-end reads. The distribution of base quality in the reads was high (e≥28) and residual adapters were not identified. The ABySS program showed higher efficiency in assembling the genomes of Introduction 27 and BRS 154 cultivars, generating larger scaffolds, with a total size of 1.024Gb and 1.020Gb, respectively. The overall rate of alignment to reads with reference genome was 97%. In general, Introduction 27 cultivar presented the highest relative expression of all evaluated genes. Non-synonym alteration among the studied genotypes was observed only in the APX2 gene and differences in the promoter region associated with stress were found only in the ALAT2 gene. This way, was not possible to explain the differences in expression observed, suggesting a larger complexity in the studied trait.
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Caracterização citogenética e morfológica em uma coleção de acessos de Paspalum nicorae parodi / Cytogenetic ans morphological characterization of a collection of Paspalum nicorae Parodi accessions

Reis, Camila Aparecida de Oliveira dos January 2008 (has links)
Paspalum nicorae Parodi é uma espécie forrageira, perene, apomítica, com uma alta tolerância ao pastejo. Este trabalho faz parte de um projeto mais amplo de melhoramento da espécie, em andamento no Departamento de Plantas Forrageiras e Agrometeorologia da UFRGS. Neste trabalho foram analisados o número cromossômico, o comportamento meiótico, a fertilidade do pólen e realizada a caracterização morfológica de diversas populações naturais. A análise citogenética foi feita em 53 acessos, todos tetraplóides, com 2n=40 cromossomos (n=20). Todos os acessos apresentaram algum tipo de anormalidade meiótica, com freqüências variáveis de configurações cromossômicas com a presença de irregularidades como quadrivalentes, trivalentes e univalentes em diacinese e metáfase I, além de outras irregularidades como pontes e retardatários nas anáfases e telófases. A viabilidade de pólen foi alta, variando de 88,99% a 95,06% (média de 91,78%), o que é esperado em apomítico pseudogâmico. Quanto à análise morfológica, dos 53 acessos avaliados 35,84% apresentaram 100% de pêlos nas folhas, 73,58% bainha verde, 54,71% nervura central esbranquiçada e 50,94% hábito decumbente. Os 52 acessos analisados para cor de folha, foram classificados como 76,92% de cor verde, 13,45% amarelo esverdeado e 9,62% verde acinzentado pelo método da cartela e pelo colorímetro foram classificados como 59,62% acinzentado, 32,69% acinzentado amarelo, 5,77% amarelo e 1,92% acinzentado escuro. O comprimento de racemos variou de 9,4cm a 1,3cm (média de 3,54cm) e a quantidade de racemos variou de 1 a 6 (48,72% dos acessos apresentaram 4 racemos na inflorescência) para os 39 acessos analisados. Comprimento e a largura da folha foram medidos em 52 acessos: o comprimento variou de 36,13cm a 13,06cm (média de 26,91cm) e a largura variou de 0,67cm a 0,36cm (média de 0,53cm). Foram avaliados 53 acessos, com relação à altura, que variou de 115,7cm a 29,0cm (média de 50,2cm). Embora não haja variabilidade no número cromossômico, existe variabilidade citogenética no nível de associações cromossômicas, assim como uma alta variabilidade morfológica entre os acessos analisados. / Paspalum nicorae Parodi is a perennial apomictic forage species, with grazing tolerance. This work is part of a wider genetic breeding project of this species, in development at the Departamento de Plantas Forrageiras e Agrometeorologia, UFRGS. In the present work, analyses of chromosome numbers, meiotic behaviour, pollen fertility and a morphological chatacterization were performed in several natural populations. Cytogenetic analysis of 53 accessions showed that all of them were tetraploid, with 2n=40 chromosomes (n=20) and presented some kind of meiotic abnormalities, with varying chromosome configurations and irregularities such as quadrivalentes, trivalents and univalents at diakinesis and metaphase I, besides other abnormalities as bridges an laggards at anaphases and telophases. Pollen viability was high, ranging from 88.99% to 95.06% (average 91.78%), what is expected in a pseudogamous apomictic. Regarding morphological analyses, from the 53 accession evaluated, 35.84% presented 100% of hairs in the leaves, 73.58% green sheath, 54.71% whitish central venation and 50.94% decumbent habit. The 52 accessions analysed for leaf colour were classified as 76.92% green, 13.45% greenish yellow and 9.62% as greyish green by the table of colors standard method and by the colorimeter as 59.62% greyish, 32.69% greyish yellow, 5,77% yellow and 1.92% dark greyish. Raceme length ranged from 9.4cm to 1.3cm (average 3,54cm) and number of racemes from 1 to 6 (48.72% of the 39 accessions analysed had 4 racemes. Leaf length and width were measured in 52 accessions: length ranged from 36.13cm to 13.06cm (average 26.91cm) and width ranged from 0.67cm to 0.36cm (average 0.53cm). Fifty three accessions were evaluated regarding height, which ranged from 115.7 cm to 29.0cm (average 50.2cm). Despite no variability in chromosome number, there is cytogenetic variability in chromosome associations, as well as a high morphological variation among the accessions analysed.

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