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Avaliação de características tecnológicas de madeira para serraria em progênies de polinização aberta de eucalipto e implicações para o melhoramento genético. / Evaluation of technological properties of wood in open-pollinated progenies of eucalypt and its implication for sawn timber breeding program.

Paulo Eduardo Telles dos Santos 08 May 2002 (has links)
Foram avaliadas 41 progênies de polinização aberta de Eucalyptus grandis procedência Luís Antônio (ex-Atherton, Austrália), em dois experimentos instalados na área experimental da empresa Votorantim Celulose e Papel, em Altinópolis-SP. Um dos experimentos era constituído de 20 progênies e outro de 21 progênies, ambos no delineamento em blocos ao acaso com 3 repetições e parcelas lineares de 6 plantas. A avaliação experimental foi realizada no ano 2000, à idade de 8 anos. Para isso foram escolhidas 2 árvores de cada parcela, caracterizadas por uma maior aptidão visual para serraria. No total foram avaliadas 242 árvores, 299 toras e 1.200 tábuas. De cada árvore foram retirados 3 discos de madeira, um em cada posição (base, meio e topo) a intervalos aproximados de 2,60m, para determinação da densidade básica e da umidade natural. As toras foram avaliadas quanto ao volume sem casca, excentricidade, teor de casca, rachaduras de extremidades e relação alburno/cerne. Posteriormente, as toras foram convertidas em tábuas na serraria industrial da empresa Eucatex S/A Indústria e Comércio, em Salto-SP, sendo o desdobro primário efetuado em serra de fita dupla e o secundário em serra múltipla circular. As tábuas foram avaliadas na condição verde quanto aos empenamentos e, nas condições verde e seca (12% de umidade), quanto às rachaduras de extremidades. As propriedades físico-mecânicas foram avaliadas na condição seca em corpos-de-prova oriundos da tábua mais externa. Os caracteres avaliados foram: massa específica, compressão paralela, cisalhamento paralelo e flexão estática. Os dados experimentais foram submetidos a análises estatístico-genéticas, como uso do programa estatístico SAS ® , aplicando-se o método da máxima verossimilhança restrita (REML) para a estimação dos componentes de variância. Foram detectadas diferenças estatísticas significativas para os caracteres densidade básica, rachaduras de tora, relação alburno/cerne, encurvamento, massa específica, compressão paralela e flexão estática, os quais mostraram ser promissores para o melhoramento, com herdabilidades entre médias de progênies de 0,34; 0,31; 0,39; 0,39; 0,61; 0,57 e 0,50, respectivamente. Para os caracteres umidade natural, rachaduras de tábuas, volume de tora sem casca, excentricidade de tora, teor de casca, arqueamento e cisalhamento paralelo não foi detectada a ocorrência de variação genética. Detectou-se também a existência de correlações genéticas de magnitudes medianas a altas entre as propriedades físico-mecânicas e entre os caracteres densidade básica e rachaduras de tora, densidade básica e encurvamento, massa específica e encurvamento, relação alburno/cerne e encurvamento, volume de tora e encurvamento, volume de tora e rachaduras de tora. As estimativas dos ganhos esperados com a seleção entre médias de progênies, numa intensidade de 20%, indicaram a possibilidade de ganhos para os caracteres volume de tora (0,59%), densidade básica (– 2,15%), rachaduras de tora (– 7,69%) e encurvamento (– 2,65%), considerando que para os três últimos a seleção é para a redução das médias. Verificou-se também que um índice de seleção composto por esses quatro caracteres pode proporcionar ganhos de mesma magnitude daqueles que seriam obtidos individualmente para os três últimos caracteres. Quanto aos aspectos tecnológicos, as seguintes constatações foram observadas: a) o padrão de variação da densidade básica foi de um grande decréscimo inicial seguido de um pequeno aumento e, no caso da umidade natural, de um contínuo decréscimo; b) os caracteres teor de casca, relação alburno/cerne, encurvamento e rachaduras de extremidades de tora e de tábuas foram bastante influenciados pela posição de amostragem na árvore; c) um comportamento semelhante entre as primeiras e as segundas toras em relação às rachaduras e ao arqueamento da madeira serrada produzida. / Forty-one open pollinated progenies of Eucalyptus grandis provenance Luís Antônio-SP (ex-Atherton, Australia) were evaluated in two field trials established in an experimental area belonging to the private company Votorantim Celulose e Papel, at Altinópolis-SP. One trial was composed by 20 progenies and the other by 21 progenies, both in a completely randomized blocks design. A total of 242 trees, 299 logs and 1,200 boards were evaluated. Three discs from each tree were provided, each one corresponding to a different position (bottom, middle and top), 2.60m apart, in order to determine the basic density and the moisture content. The logs were evaluated for volume without bark, eccentricity, bark content, end splits and sapwood/heartwood proportion. The primary and secondary mechanical processing of the logs were carried out in an industrial sawmill equipped with a twin band saw and a two shafts circular saw, respectively. The boards were evaluated in green condition for warping and in green/dried (12% of moisture) condition for end splits. Wood samples from the outer boards of the logs were used to determine their physical-mechanical properties, such as: specific gravity, parallel compression, shear strength and static bending. The experimental data were submitted to statistical-genetic analysis by using the SAS ® software and, to estimate the variance components, the Restricted Maximum Likelihood Variance Components Estimation (REML) method was used. Significant differences were detected for the traits basic density, log end splitting, sapwood/heartwood proportion, bowing, specific gravity, parallel compression and static bending, which showed promising for breeding purposes, with estimates of heritability coefficients of 0.34, 0.31, 0.39, 0.39, 0.61, 0.57 and 0.50, respectively. Genetic variation was not detected for the traits moisture content, board end splitting, volume of log without bark, log eccentricity, bark content, crooking and shear strength. Estimates of genetic correlations, ranging from intermediate to high, were also observed among physical-mechanical properties and between the traits basic density and log end splitting, basic density and bowing, specific gravity and bowing, sapwood/heartwood proportion and bowing, volume of log and bowing and volume of log and log end splitting. The expected response to selection among progenies, under a selection intensity of 20%, revealed the perspective of immediate gains for the traits volume of log (0.59%), basic density (– 2.15%), log end splitting (– 7.69%) and bowing (– 2.65%), considering that for the latter three traits the selection was oriented to reduction of the means. It was also observed that a selection index composed by these four traits could give similar responses to those predicted by selecting each one of the latter three individually. In relation to technological aspects, the following findings were observed: a) the pattern of variation along the first part of the bole was of a large initial decrease followed by a small increase for basic density, and a continuous decrease for moisture content; b) the traits bark content, sapwood/heartwood proportion, bowing, log end splitting and board end splitting were very influenced by the position of sampling on the tree; c) a similar performance among the first and second logs in relation to end board splitting and crooking.
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Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis / Development of SSR, M-AFLP and SNP markers for linkage map integration of Passiflora alata Curtis

Guilherme da Silva Pereira 31 January 2011 (has links)
Embora não exista uma variedade comercial de maracujazeiro-doce (Passiflora alata Curtis), a fruta vem ganhando espaço no mercado brasileiro, justificando o uso de técnicas convencionais e moleculares no melhoramento da cultura. Nas espécies em que ocorre autoincompatibilidade e o cruzamento entre indivíduos é obrigatório, como nos maracujazeiros, não é possível a obtenção de populações convencionais de mapeamento. Por isso, utiliza-se a técnica two-way pseudo-testcross para a geração de mapas genéticos, usando uma população F1 segregante e marcas dominantes, o que resulta na geração de mapas individuais, sendo um por genitor. A inconveniência desta estratégia tem sido superada pelo uso de marcadores codominantes e estatísticas mais robustas. Marcadores baseados em SSRs (ou microssatélites) e em SNPs são úteis para promover a integração dos mapas, pois são codominantes e abundantes no genoma de plantas. O presente trabalho objetivou gerar um mapa integrado de P. alata, usando novos marcadores SSR, além de M-AFLP e SNP. Os locos SSR foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida, previamente construída. Dentre os motivos, prevaleceram os dinucleotídicos perfeitos de (AC)n e (AG)n. Neste trabalho, mais 175 primers de SSR foram desenhados e avaliados juntamente com 111 previamente obtidos, observando-se uma taxa de polimorfismo entre os genitores de 31,9%. Ainda com esse conjunto de primers, foi possível recuperar polimorfismos de conformação de fita simples (SSR-SSCP) em 23 locos. A genotipagem de 26 SSRs na população segregante resultou em 40 locos, os quais, associados a um SSR-SSCP, resultaram em seis locos com segregações mais informativas do tipo 1:1:1:1 e 1:2:1. M-AFLPs apresentaram 34,0% de polimorfismo, acrescendo mais seis locos informativos ao mapa de ligação. Os SNPs revelados pelo alinhamento das sequências de AFLP e de genes putativos revelaram uma mutação a cada 110 pb, em média. Foi possível a genotipagem de SNP para um dos genes, e conjuntos de primers para outros locos são propostos. Mapas individuais para ambos os genitores foram obtidos com 175 e 229 marcadores de segregação 1:1, respectivamente, ao passo que o mapa integrado incluiu, além desses, 12, 7 e 40 marcas de segregação 1:1:1:1, 1:2:1 e 3:1, respectivamente. Foi possível estabelecer a correspondência para a maioria dos grupos de ligação individuais e integrados. Observou-se a ampla distribuição de marcadores baseados em microssatélites, com a eventual formação de clusters. Este mapa, embora preliminar, pode ser útil no mapeamento de caracteres agronômicos e em estudos comparativos com o mapa integrado de P. edulis f. flavicarpa. / Although there is no a commercial variety of sweet passion fruit (Passiflora alata Curtis) the crop has gained importance in the Brazilian market. This justifies the use of conventional and molecular techniques for breeding the crop. In species where self-incompatibility occurs and crossing between plants is necessarily required, as in passion fruits, conventional mapping populations are not possible to be produced. Therefore, the two-way pseudo-testcross approach is used for the generation of genetic maps, employing an F1 segregating population and dominant markers, resulting in individual maps, one for each parent. The drawback of this strategy has been overcome by the use of codominant markers and more robust statistics. Markers based on SSRs (or microsatellites) and SNPs are useful for integrating the maps, because of their codominant inheritance and abundance in plant genomes. This study aimed to generate an integrated map of P. alata using new SSR, M-AFLP and SNP markers. The SSR loci were developed from an enriched genomic library previously constructed. Among the motifs, the most frequent were perfect di-nucleotides, (AC)n and (AG)n rich. In this study, 175 SSR primers were designed and evaluated along with 111 previously obtained. A polymorphism rate of 31.9% was observed between the parents. Using these primer sets, it was possible to recover single-stranded conformation polymorphisms (SSR-SSCP) at 23 loci. The genotyping of the segregating population using the 26 SSRs resulted in 40 loci; adding a SSR-SSCP, the result was six informative loci showing segregation rations of 1:1:1:1 and 1:2:1. M-AFLPs showed 34.0% of polymorphism, providing six informative loci to the map. The alignment of parental AFLP and putative gene sequences revealed one SNP per 110 bp on average. It was possible to genotype one gene-derived SNP, and primer sets for other loci are proposed. Individual maps of both parents were obtained with 175 and 229 markers segregating in 1:1 ratio, respectively, while in the integrated map were included 12, 7 and 40 markers segregating in 1:1:1:1, 1:2:1 and 3:1 rations, respectively. It was possible to establish the correspondence for most of the individual linkage groups and the integrated groups. Microsatellite-based markers showed a wide genome distribution, with eventual cluster formation. Although preliminary, this map may be useful for mapping agronomic traits and in comparison studies with the integrated map of P. edulis f. flavicarpa.
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Transformação genética de milho com uma nova proteína - a Zeolina / Maize genetic transformation with a new protein the Zeolin

Luciana Pimenta Ambrozevicius 25 March 2010 (has links)
A lisina é um dos aminoácidos essenciais e um dos fatores limitantes ao uso de cereais como o milho na alimentação pois, sem suplementação, não permite a obtenção de uma dieta balanceada. A fim de melhorar a qualidade nutricional dos cereais, várias tentativas têm sido feitas utilizando o melhoramento genético. Com o advento das técnicas de engenharia genética é possível, atualmente, utilizar a biotecnologia para aprofundar estes estudos, a fim de desvendar os complexos mecanismos que controlam o fluxo de aminoácidos nos grãos. O presente trabalho tem como objetivo principal testar uma nova estratégia que se baseia na expressão de uma proteína quimérica, a zeolina, sob controle de um promotor endosperma específico. A zeolina é uma combinação de 421 aminoácidos da faseolina do feijão com 89 aminoácidos da y- zeína, inserida no genoma do milho sob controle de um promotor isolado da -kafirina de sorgo. Para que o objetivo do projeto fosse alcançado, o trabalho foi dividido nas seguintes etapas: i) Síntese da construção e clonagem nos vetores; ii) Transformação de embriões e calos de milho utilizando biobalística e Agrobacterium tumefaciens; iii) Cultura de tecidos para seleção e regeneração das plantas transformadas; iv) Verificação dos eventos de transformação através da análise do DNA, RNA e da proteína do transgene; v) Análises preliminares das plantas transformadas para o padrão das proteínas de reserva e perfil de aminoácidos dos grãos. A construção da zeolina foi amplificada por PCR com primers específicos e clonada nos vetores pCambia3301 e pTF102 sob controle do promotor da -kafirina. Os embriões e calos do milho híbrido HiII foram utilizados na transformação empregando-se a biobalística e Agrobacterium tumefaciens. No final do processo foram produzidas e multiplicadas oito plantas de milho transformadas com a zeolina, confirmadas por testes biológicos, PCR, sequenciamento e testes imunocromatográficos, representando seis eventos de transformação. A expressão gênica, verificada pela detecção do mRNA por PCR, foi constatada em seis eventos de transformação. Para detecção da proteína expressa pelo transgene foi utilizado anticorpo específico para faseolina, através do Western Blot. A banda relativa ao transgene foi detectada em três eventos de transformação. Nas análises preliminares não houve alteração no padrão das frações zeína, globulina, glutelina ou albumina nas plantas transformadas quando comparados com os controles. Também não houve diferenças significantes no teor de aminoácidos solúveis totais entre as plantas transformadas e os controles. Na determinação do perfil de aminoácidos no HPLC, o evento ZEO-3(3) apresentou as maiores concentrações para todos os aminoácidos analisados. Neste evento de transformação o teor de lisina foi de 25,76 mg/g de proteína, enquanto os controles apresentaram valores de 9,77 e 15,89mg/g de proteína. O evento ZEO-3(3) apresenta-se, portanto, como um candidato para estudos posteriores a fim de revelar os complexos mecanismos que controlam o fluxo de aminoácidos e o acúmulo das proteínas de reserva nos grãos de milho. / Lysine is an essential amino acid and a major factor limiting the use of cereals such as maize for food and feed as, without supplementation, does not allow obtaining a balanced diet. In order to improve the nutritional quality of cereals, several attempts have been made using the conventional breeding. With the advent of genetic engineering techniques it is now possible to use biotechnology to develop further studies and to unravel the complex mechanisms that control the flow of amino acids in grains. The present work aimed at testing a new strategy based on the expression of a chimeric protein, the zeolin, under the control of an endosperm specific promoter. The zeolin is a combination of 421 amino acids of bean phaseolin with 89 amino acids of the maize - zein inserted into the maize genome under the control of a promoter isolated from the protein -kafirin from sorghum. For the goal of the project to be reached, the work was divided into the following steps: i) Synthesis of the construction and the cloning vectors; ii) Transformation of embryos and callus of maize using the biolistic and Agrobacterium tumefaciens methods; iii) Tissue culture for selection and regeneration of transformed plants iv) Verification of transformation events through the analysis of the DNA, RNA and protein from the transgene; v) Preliminary analysis of transformed plants for the storage proteins pattern and amino acid profile of the grains. The zeolin construction was amplified by PCR with specific primers and cloned into the vectors pCambia3301 and pTF102 under the control of the promoter -kafirin. Embryos and callus of HiII hybrid were used in the transformation using the biolistic and Agrobacterium tumefaciens. At the end of the process of transformatio, eight maize plants transformed with zeolin were produced and multiplied, confirmed by biological tests, PCR, sequencing and immunochromatographic tests, representing six transformation events. The gene expression, verified by detection of mRNA by PCR, was found in six events of transformation. The protein translation, verified by Western Blot using an antibody specific for phaseolin, was found in three transformation events. In the preliminary analysis, the pattern of zein, globulin, glutelin or albumin fractions did not change comparing transformed plants with the controls. There were also no significant differences in the content of soluble amino acids among the Western positive transformed plants and the controls. In the HPLC amino acid profile, the event ZEO-3(3) showed the higher concentrations for all amino acids analyzed. In this transformation event the content of lysine was 25,76mg/g protein, while the controls exhibited values of 9,77 and 15,89mg/g protein. Therefore, ZEO-3(3) event presents itself as a candidate for further studies to reveal the complex mechanisms that control the flow of amino acids and accumulation of storage proteins in maize kernels.
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Seleção de pré-cultivares de soja baseada em índices. / Selection of soybean pre-cultivars based on indices.

Vanderlei da Silva Santos 21 June 2005 (has links)
Os índices de seleção foram inicialmente propostos para a seleção simultânea de diversos caracteres e, por requerem a obtenção de estimativas de variâncias e covariâncias, são mais apropriados para programas de seleção recorrente. Posteriormente, desenvolveram-se outros índices, que por não requererem o conhecimento de tais estimativas, podem ser aplicados tanto em programas de seleção recorrente, como para a seleção de genótipos já fixados, como clones, linhagens e híbridos. Recentemente, Garcia (1998) desenvolveu um índice específico para a seleção de genótipos fixados, que se baseia no cálculo da distância de cada genótipo a um ideótipo. As principais vantagens são que este índice permite a aplicação de testes de comparações de médias, bem como a identificação de genótipos com performances aquém daquela exigida para os cultivares comerciais para um dado caráter. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do índice de Garcia (1998) para a seleção de linhagens de soja na fase de pré-cultivares. O material experimental consistiu de 88 linhagens (Geração F7), derivadas pelo método S.S.D. e oriundas do cruzamento entre os genitores BR-80-14853 x PI-123439, e três testemunhas comerciais: IAC-12, IAC-Foscarin-31 e IAS-5. Os experimentos foram conduzidos no delineamento em blocos casualizados em seis anos agrícolas, com diferentes números de repetições por ano: 3 (1995/6), 4 (1996/7), 6 (1998/9), 6 (1999/0), 10 (2000/1) e 10 (2001/2). Os caracteres avaliados foram: produção de grãos (PG: g/parcela) altura das plantas na maturação (AM: cm/planta), e acamamento (AC: notas de 1 a 5). No cálculo das distâncias utilizaram-se a Distância Euclidiana e a Distância de Mahalanobis. Os resultados obtidos mostraram que os índices baseados tanto na Distância Euclidiana quanto na de Mahalanobis foram eficientes para a discriminação dos genótipos, embora os melhores resultados tenham sido obtidos com a Distância de Mahalanobis. Devido a isso, sugere-se o uso da Distância de Mahalanobis para identificar e selecionar pré-cultivares de soja e também, como proposto por Garcia (1998), que esta seleção seja acompanhada da avaliação de caracteres individuais, para evitar que genótipos promissores sejam descartados por apresentarem pequenos defeitos em caracteres de importância secundária. / Selection indices were first proposed for the selection of several traits at the same time, and because of the requirement of variances and covariances estimates, they are useful for recurrent selection programs. Later on, other indices were proposed, which do not require the knowledge of these estimates, and thus are useful for both recurrent selection programs and for the selection of fixed genotypes, such as clones, inbred lines and hybrids. Recently, Garcia (1998) proposed a new index for the selection of fixed genotypes which is based on the distance of each genotype to and ideotype. The main advantages of this index is that multiple comparison tests can be done and also the identification of genotypes that perform below than those required by commercial cultivars for a given trait. The objective of this work was to evaluate the efficiency of Garcia (1998)´s index for the selection of pre-cultivars in soybeans. Experimental material comprised 88 lines (F7 generation) derived by the S.S.D. method from the cross between the BR-80-14853 and PI-123439 parents, and three cultivars as checks: IAC-12, IAC-Foscarin-31 and IAS-5. The evaluation trials were carried out in randomized block designs across six growing seasons, with different number of replications each: 3 (1995/6), 4 (1996/7), 6 (1998/9), 6 (1999/0), 10 (2000/1) and 10 (2001/2). The following traits were evaluated: grain yield (PG: g/plot), plant height at maturity (AM: cm/plant) and lodging (AC: scale: 1 to 5). For the calculation of the distance of each genotype to the ideotype, the Euclidean and Mahalanobis methods were used. General results have shown that the index based on both Euclidean and Mahalanobis distances were efficient to discriminate the genotypes, but the best results were reached by using Mahalanobis distance. Consequently, in order to identify and select fixed genotypes of soybeans we suggest the use of Mahalanobis distance, and as proposed by Garcia (1998), that the selection be based on the index and also on the evaluation of each trait, in order to avoid the discard of superior genotypes showing small problems in traits of minor importance.
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Avaliação de caracteres agronômicos em híbridos interespecíficos do gênero Paspalum / Evaluation of agronomic traits in interspecific hybrids of the genus Paspalum

Motta, Eder Alexandre Minski da January 2014 (has links)
As gramíneas do gênero Paspalum são as principais constituintes das pastagens nativas em vários países das Américas, fornecendo excelente forragem nas pastagens naturais destas regiões. Além disso, possuem grande potencial para exploração em programas de melhoramento genético visando o estabelecimento de pastagens cultivadas. No entanto, a apomixia é o modo de reprodução predominante nas espécies poliplóides de Paspalum, o que dificulta a recombinação gênica. Assim, o emprego de hibridações, quando um dos genitores apresenta reprodução sexuada, pode gerar variabilidade e possibilitar a seleção de progênies elite, com a fixação dos caracteres de interesse através da apomixia. A descoberta de plantas diplóides sexuais de Paspalum plicatulum e sua indução à tetraploidia obtida a partir destes, tornaram possível cruzamentos interespecíficos entre várias espécies do grupo Plicatula a nível tetraplóide. O objetivo deste estudo foi avaliar a magnitude de expressão de caracteres de interesse forrageiro de híbridos interespecíficos (P. plicatulum x P. guenoarum) obtidos por meio de cruzamentos entre espécies do grupo Plicatula em diferentes ambientes e anos de avaliação. Os resultados indicaram que as variáveis massa seca total e massa seca de folhas apresentam maior magnitude na identificação dos genótipos com características agronômicas desejáveis recebendo grande influência da interação genótipo e ano de cultivo. A seleção a partir do segundo ano em híbridos interespecíficos de Paspalum é a mais indicada, considerando a expressão do seu potencial produtivo. A produção de massa seca total é o caráter que mais se correlaciona com a produção de massa seca de folhas em genótipos de Paspalum. Os híbridos que apresentam caracteres agronômicos superiores, principalmente para a produção de forragem e tolerância ao frio, demonstram potencial para serem lançados como cultivares, pois já possuem os caracteres desejados fixados pela apomixia. Além disso, podem ser utilizados em novos cruzamentos com plantas sexuais superiores dentro do programa de melhoramento, visando a obtenção de novos recombinantes elites. / The grasses of the genus Paspalum are the main constituents of the native pastures in several countries of the Americas, providing excellent forage on these regions. Furthermore, they have great potential for exploitation in breeding programs for the establishment of cultivated pastures. However, apomixis is the predominant mode of reproduction in polyploid species of Paspalum, which hampers genetic recombination. Thus, the use of hybridizations, when one parent has sexual reproduction, may generate variability and enable the selection of elite progenies, with characteristics of interest fixed by apomixis. The discovery of sexual diploid Paspalum plicatulum and its induction of tetraploidy, madepossible interspecific crosses between various species of the group Plicatula at the tetraploid level. The objective of this study was to evaluate the magnitude of expression of characters of forage interest of interspecific hybrids (P. plicatulum x P. guenoarum) obtained by crosses between species of the Plicatula group in different environments and years of evaluation. The results indicated that total dry mass and dry mass of leaves variables showed variability in identifying genotypes with desirable agronomic characteristics, received significant influence of genotype and year of cultivation. A selection from the second year in interspecific hybrids of Paspalum is more appropriate, considering the expression of their productive potential. The total dry mass is the character that most closely correlates with the production of dry mass of leaves in genotypes of Paspalum. The hybrids showing superior agronomic traits, primarily for forage production and cold tolerance, demonstrate potential to be released as cultivars, since they already have the desired characters fixed by apomixis. Besides, could also be used for new crosses with superior sexual plants within the breeding program aiming to obtain new elite recombinant.
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Mapas de ligação e mapeamento de QTL ("Quantitative Trait Loci") em maracujá-amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) / Linkage maps and QTL mapping in the yellow passion-fruit (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.)

Moraes, Michel Choairy de 29 August 2005 (has links)
A despeito da importância comercial da cultura do maracujá-amarelo para o Brasil, estudos genéticos e de melhoramento são bastante escassos. Neste trabalho, foi conduzido um experimento visando construir mapas de ligação e mapear QTL para caracteres relacionados à produção e qualidade de frutos. Foi utilizada uma população composta por 160 indivíduos, proveniente do cruzamento de duas plantas dos acessos IAPAR-06 e IAPAR-123. Devido à alogamia da espécie, optou-se pela abordagem de mapeamento conhecida por "pseudocruzamento teste" para a construção de dois mapas de ligação, sendo um para cada genitor, utilizando marcadores moleculares do tipo AFLP, com segregação 1:1 e 3:1. No mapa do acesso IAPAR-06 foram obtidos 10 grupos de ligação, enquanto que no mapa do IAPAR-123, nove grupos foram obtidos. Os locos bi-parentais foram alocados como marcas acessórias nos mapas de ligação e serviram para o estabelecimento da homologia entre os grupos de ligação de cada genitor. Um total de oito grupos de ligação foi alinhado com base nesses locos. Em paralelo, procedeu-se a avaliação fenotípica de 100 indivíduos dessa mesma população, os quais foram avaliados em campo, na primeira safra de produção da cultura, para uma série de caracteres, quais sejam: velocidade de crescimento; produção total; número total de frutos; peso médio de frutos; comprimento e largura média de frutos; porcentagem de polpa; teor de sólidos solúveis totais; e formato médio de frutos. As análises genético-estatísticas dos dados fenotípicos indicaram que a população é amplamente variável para os caracteres avaliados, com exceção da velocidade de crescimento, apresentando coeficientes de herdabilidade entre médias que variaram de 52,6 a 83,0%. O mapeamento de QTL, utilizando o método de mapeamento por intervalo composto, identificou várias regiões associadas ao controle desses caracteres nos mapas individuais. Foram mapeados QTL para todos os caracteres que apresentaram variabilidade genética na população. A proporção da variação fenotípica explicada pelos QTL detectados variou de 4,6 até 21,8%. / Although the yellow passion-fruit plays an important commercial role in Brazil, breeding and genetics studies are insipient. The present study was conducted aiming the construction of linkage maps and mapping of QTL for traits related to yield and fruit quality. It was used a population, composed of 160 individuals, derived from a cross from two plants of the IAPAR-06 and IAPAR-123 accessions. Since this is an allogamous species, the pseudo testcross mapping strategy was used for the construction of two linkage maps, one for each parent, using AFLP markers segregating in 1:1 and 3:1 configuration. The IAPAR-06 map was composed of 10 linkage groups, while in IAPAR-123 map, nine linkage groups were obtained. The bi-parental loci were located as accessory markers and served to establish the homology between the groups of each parent. Eight linkage groups were aligned using these markers. For the phenotypic evaluation, 100 individuals were evaluated in the field, during the first harvest of the culture, for various traits, including: growth increment, total yield, total number of fruits, average fruit weight, average fruit length, average fruit width, percentage of pulp, soluble solids content and fruit shape. The results of the phenotypic data indicated that the population had a wide genetic variance for all the traits, with the exception of growth increment, presenting broad-sense heritability varying from 52.6% to 83.0%. The analysis of QTL, using the composite interval method, has mapped various regions associated with the traits evaluated in both maps. It was mapped QTL for all the traits that exhibited genetic variation. The proportion of the phenotypic variation explained by the QTL identified ranged from 4.6 to 21.8%.
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Desenvolvimento de marcadores microssatélites e caracterização do germoplasma de mamona (Ricinus communis L.) / Development and characterization of microsatellite markers for castor (Ricinus communis L.) germplasm

Bajay, Miklos Maximiliano 28 January 2010 (has links)
A mamona (Ricinus communis) é uma cultura de clima tropical de importância social e econômica no Brasil e no mundo. As sementes contém um óleo com excelentes propriedades para o uso industrial. Esse óleo é o mais indicado para a produção de biodiesel, pois é o único solúvel em álcool e requer menos calor que os outros óleos vegetais para a produção de combustível. A grande diversidade genética observada no germoplasma de mamoneira possibilita a seleção de genótipos superiores a partir do material base, no entanto não existem informações sobre a caracterização molecular desses acessos, representando um sério risco quanto a perda de diversidade genética. O sucesso dos programas de melhoramento depende do conhecimento sobre a diversidade genética do banco ativo de germoplasma. Os microssatélites são ferramentas moleculares muito úteis em estudos de diversidade. Desta forma uma biblioteca genômica foi construída para a seleção dos fragmentos contendo marcadores moleculares microssatélites (SSR), a serem utilizados para estimar a diversidade genética dos acessos do banco de germoplasma da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), do Instituto Agronômico de Campinas (IAC) e da UNESP - Botucatu. A partir dos 41 locos analisados, 26 apresentaram polimorfismo, revelando 111 alelos (4,27 por loco). Destes, 37 alelos foram considerados raros devido à frequência genética menor do que 5%. 41 alelos foram privados, sendo observados em somente uma das três populações (germoplasma) analisadas. O valor da riqueza alélica média foi 2,554. A heterozigosidade média esperada (HE=0,473) foi muito maior do que a observada (HO = 0,054), indicando taxa relativamente alta de endogamia nos genótipos estudados, confirmada através do alto valor médio de GIS (0,845). O valor obtido de GST\' (0,364) foi superior a 0,25, indicando que existem fortes indícios de estruturação na amostra. Os 26 locos apresentaram desvios na proporção do Equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<5%) depois da correção de Bonferroni. Os resultados obtidos indicam a formação de dois grupos geneticamente distintos, um grupo é composto pelos acessos da EMBRAPA e o outro grupo é composto pelos acessos do IAC e pelos genótipos da UNESP - Botucatu. Esse fato indica que a diversidade genética da mamona está bem representada nesses bancos de germoplasma. Estas informações serão de extrema importância para os programas de melhoramento da mamoneira. O conhecimento gerado nesse estudo sobre a diversidade genética da mamona pode ser utilizado para uma melhor eficiência na conservação dessa diversidade, no manejo do germoplasma, guiando programas de melhoramento genético no desenvolvimento de novos genótipos. / The castor bean (Ricinus communis L.) is an oil plant with a high economic and social value in Brazil and over the world. The seeds contain oil with excellent properties for industrial uses. It is the only vegetable oil soluble in alcohol, presenting high viscosity and requiring less heating than other oils during the production of biodiesel. Castor diversity is well represented in Brazilian germplasm collections, but there is little information on the molecular characterization of the accessions, and diversity loss is a serious risk. The success in a breeding program depends on the knowledge about the genetic diversity of the available germplasm. Microsattelite is an important tool for estimating the Genetic diversity, This study aims to develop microsatellite markers from an enriched microsatellite DNA library for castor and characterize in genotypes accessions from the castor germplasm of the Brazilian Agricultural Research Company (EMBRAPA), castor germplasm of the Agronomic Institute at Campinas (IAC) and genotypes from State University of São Paulo (UNESP) - Botucatu. From the 41 loci microsatellites analyzed, 26 showed polymorphism revealing 111 alleles independent (4,27 alleles by loco). 37 alleles have presented an inferior frequency 5%, being considered as rare alleles. 41 alleles are particular, being observed in only one of the three analyzed populations. The average allelic richness was 2,554. The average HO=0,054 was smaller than the average HE=0,473, evidencing a heterozygote deficit (average GIS=0,845). The samples has shown a strong structure with a significant differentiation (GST\'= 0.364). The Twenty six loci differ significantly from Hardy Weinberg Equilibrium (P<5%) after Bonferroni correction. The Results of STRUCTURE graphic, main component analysis and dendrograms shows the formation of two genetically distinct groups, a group is composed by the accesses of the EMBRAPA and the other group is composed by the accesses of the IAC and the genotypes of UNESP - Botucatu. This fact indicates that the genetic diversity of castor is well represented. Knowledge on the genetic diversity of castor can be used to gain a better understanding on genetic diversity conservation, and germplasm management, guiding breeding programs and conservation strategies.
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Caracterização molecular de acessos de bananeira do banco de germoplasma da Embrapa / Molecular characterization of banana accessions from the Embrapa germplasm collection

Jesus, Onildo Nunes de 16 April 2010 (has links)
Os marcadores microssatélites por serem de natureza codominante e multialélica tornam-se ideais para a caracterização, mapeamento e seleção assistida. Os locos microssatélites disponíveis têm sido utilizados efetivamente na caracterização de acessos de bananeira (Musa), porém muitos deles têm se mostrado com baixa eficiência de amplificação. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram: desenvolver novos locos de microssatélites, caracterizar 224 acessos de bananeira do banco de germoplasma da Embrapa em relação à ploidia e constituição genômica empregando abordagens moleculares e estabelecer relações genéticas entre eles. Foram desenvolvidos 50 novos locos de microssatélites dos quais 44 foram polimórficos entre os acessos analisados. Para a caracterização da ploidia dos acessos foi utilizado a citometria de fluxo, e para a definição da composição genômica foram empregados polimorfismo nos genes ribossomiais nucleares (rDNA) e 16 locos microssatélites, que também serviram para estabelecer as relações genéticas entre os acessos. Além disso, foram sequenciados regiões do rDNA de 17 acessos de bananeira para identificação de polimorfismo de base única (SNP) associados ao genoma A e B. A constituição genômica e/ou ploidia determinada por abordagens moleculares confirmou a classificação previamente estabelecida por descritores morfológicos, com exceção dos acessos Marmelo, Pitogo e Pisang Nangka. As regiões do rDNA sequenciadas permitiram identificar 17 SNPs específicos para M. balbisiana, que poderão ser utilizados para classificar acessos quanto a constituição genômica. A análise de agrupamento derivada da genotipagem dos acessos com 16 locos de microssatélites subdividiu os genótipos de acordo com a ploidia, constituição genômica e subgrupos de bananeira, enquanto que a abordagem empregando o modelo bayesiano corroborou de forma geral com essa categorização. Foi detectada uma ampla heterogeneidade nos acessos diplóides, onde poucos acessos triplóides tiveram sua ancestralidade definida nos grupos dos acessos diplóides. / Microsatellite markers are co-dominant and multiallelic, and the method of choice for genetic characterization, mapping, and assisted selection breeeding. Microsatellite loci have been effectively used to characterize banana (Musa) accessions, but in some cases they have shown low amplification efficiency. Thus, the objectives of this work were to develop new microsatellite loci; to characterize 224 accessions from the Embrapa germplasm collection of banana for ploidy and genomic constitution, as well as to establish genetic relationships among the accessions. Fifty new microsatellite loci were developed, from which 44 were polimorphic. Flow citometry was employed to characterize ploidy, while genomic constitution was determined by polymorphism at the nuclear ribosomal gene (rDNA) and 16 microsatellite loci, also used to establish the genetic relationship among the accessions. Additionally, rDNA regions were sequenced from 17 banana accessions to identify specific single nucleotide polymorphism (SNP) associated with the A or B genome. The genomic constitution and/or ploidy determined by various molecular approaches confirmed the previous classification established by morphological descriptors, except for Marmelo, Pitogo and Pisang Nangka. The sequenced rDNA regions allowed to identify 17 SNPs specific for M. balbisiana, which could be used to classify accessions according to genomic composition. Clustering analysis derived from accession genotyping using 16 microsatellite loci subdivided genotypes according to ploidy, genomic composition and banana subgroups, while the approach using a Bayesian model corroborated in general terms this categorization. A large heterogeneity of the diploid accessions was detected, which restrict the definition of ancestrality of triploid accessions in the diploid accession groups.
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Avaliação da eficiência do teste precoce no melhoramento genético de soja / Evaluation of early generation testing effectiveness in soybean breeding

Carvalho, Agnaldo Donizete Ferreira de 10 April 2008 (has links)
O teste em gerações precoces no melhoramento genético de plantas consiste em identificar e selecionar progênies promissoras em gerações iniciais de endogamia, tais como F2 ou F3, e com isso concentrar tempo e recursos somente em populações com potencial para gerar linhas puras superiores. Considerando a ocorrência de relatos conflitantes, este trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência do teste precoce no melhoramento genético de soja, utilizando uma população derivada de um cruzamento biparental entre as linhagens 14 e 38, contrastantes para produção de grãos, e selecionadas do cruzamento entre os genitores PI-123439 e PI-239235. Os tratamentos consistiram de uma amostra de 100 progênies de cada tipo: F2:3, F3:4 e F4:5, que foram avaliadas em experimentos em látice 10 x 10 no ano agrícola 2005/6 na área experimental do Departamento de Genética da ESALQ/USP, em Piracicaba, SP. Os experimentos foram avaliados novamente no ano agrícola 2006/7, em dois locais: Piracicaba, SP e Anhumas, SP, utilizando, para isso, os bulks oriundos dos experimentos do ano anterior, isto é, progênies F2:4, F3:5 e F4:6,. A parcela experimental foi constituída de uma linha de 2 m de comprimento, espaçada de 0,5 m, contendo 35 plantas por parcela após o desbaste. Foram avaliados os seguintes caracteres: altura das plantas no florescimento (AF), dias para florescimento (DF), altura das plantas na maturação (AM), dias para maturação (DM) e produção de grãos por parcela (PG). Devido à baixa taxa de germinação das sementes nos experimentos derivados de plantas F3 (F3:4 e F3:5) e, consequentemente à baixa precisão experimental, estes foram excluídos do estudo. Com base nos resultados dos experimentos de 2005/6 foram estimadas as variâncias genéticas e fenotípicas, os coeficientes de herdabilidades e as respostas esperadas com seleção, supondo diferentes intensidades (20%, 30%, 40% e 50%). Com base nos resultados das avaliações de 2006/7 foram obtidas as respostas observadas com seleção, que possibilitaram avaliar a eficiência do teste precoce nas diferentes intensidades de seleção. Observou-se uma boa correspondência entre as respostas preditas e observadas somente para as progênies F4:5, fato este já esperado, considerando o alto grau de heterozigose nas progênies F2:3. Os resultados gerais indicaram que a seleção em geração tão precoces como F2:4 pode ser efetuada, desde que sejam utilizadas intensidades moderados de seleção, da ordem de 40%. / Early generation testing in plant breeding consists of selecting progenies in early generations of selfing such as in F2 or F3, in order to save time and resources. The objective of this work was to assess the early generation testing effectiveness in soybean breeding programs. The base population consisted of a two way cross between inbred lines 14 and 38, derived from the cross between PI-123439 and PI-239235 parents. Entries consisted of a sample of 100 progenies of each generation: F2:3, F3:4 e F4:5, evaluated in lattice 10 x 10 designs in the 2005/6 growing season at Department of Genetics (ESALQ/USP) in Piracicaba, SP. In the 2006/7 growing season new experimental evaluations were performed, using the same experimental designs, in two locations: Piracicaba, SP, and Anhumas, SP, where the entries consisted of bulks derived from 2005/6 entries, i.e., F2:4, F3:5 and F4:6 progenies. Plots consisted of single 2-meter-long rows spaced 0.5 meter apart, with 37 plants after thinning in all experiments. The following traits were evaluated: plant height at flowering (AF), days to flowering (DF), plant height at maturity (AM), days to maturity (DM), and grain yield (PG). Due to the low germination rate and, consequently, the low experimental precision, experiments of F3 derived lines (F3:4 and F3:5) were eliminated. Estimates of genetics variances, heritabilities and expected response to selection, considering four selection intensities (20%, 30%, 40% e 50%) were obtained from 2005/6 evaluations. The observed responses to selection were obtained from the 2006/7 experiments, in order to evaluate the effectiveness of early selection. A good correspondence between estimated and observed responses to selection were observed only for experiments based on F4 derived lines, which is expected, considering the higher degree of heterozigosity of the progenies in as early generations as in F2. General results has shown that selection based in early generation as in F2 can be performed, using moderate intensities of selection, such as 40%.
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Avaliação da variabilidade genética em Musa spp. utilizando marcadores microssatélites. / Evaluation of genetic variability in musa spp. using microsattelite markers.

Souza, Silvana Aparecida Creste Dias de 10 May 2002 (has links)
Em todo o mundo, a cultura da banana tem enfrentado uma série de problemas relacionados a ocorrência de doenças e pragas, para as quais, a obtenção de cultivares resistentes é a forma mais viável de controle. Híbridos tetraplóides promissores, obtidos a partir do cruzamento de cultivares triplóides com diplóides cultivados, selvagens ou melhorados, têm sido produzidos pelos diferentes programas de melhoramento. No entanto, o sucesso num programa de melhoramento depende inicialmente do completo conhecimento da diversidade genética do germoplasma disponível. Os marcadores microssatélites constituem-se em ferramentas valiosas para este fim. Este trabalho objetivou caracterizar, por marcadores microssatélites, 84 genótipos de Musa, a partir do estabelecimento de uma metodologia de detecção do polimorfismo em géis de seqüenciamento, por meio da coloração com prata. Os genótipos foram analisados em dois experimentos distintos. No primeiro experimento, as relações genéticas existentes entre 35 genótipos, compreendendo cultivares triplóides, raças locais (landraces) e híbridos tetraplóides foram investigadas empregando-se 11 primers SSRs. A análise fenética obtida mostrou concordância com a caracterização baseada em descritores morfológicos. Os genótipos agruparam-se com base na composição genômica, grupo genômico e subgrupo. Alguns híbridos tetraplóides apresentaram distorções na proporção de alelos doados pelo genitor feminino triplóide, o que suporta constatações recentes sobre a ocorrência de recombinação durante a formação dos gametas femininos. No segundo experimento, nove primers SSRs foram empregados na caracterização de 49 genótipos diplóides, divididos em três 'subgrupos' (cultivados, selvagens e melhorados) e na determinação das relações genéticas existentes entre estes materiais e nove cultivares comerciais triplóides. A análise fenética conduzida sobre todos os genótipos, não evidenciou uma perfeita separação dos genótipos diplóides em seus respectivos subgrupos, possivelmente devido a existência de muitos alelos comuns a eles. A estatística Rst confirmou este resultado. Alguns genótipos diplóides exibiram uma forte relação com as cultivares triplóides AAA tipo exportação. Os marcadores microssatélites mostraram-se altamente eficientes na caracterização e discriminação do germoplasma de Musa, gerando fingerprinting únicos para um grande número de genótipos. Um grande número de alelos pôde ser detectado, o que comprovou a natureza multialélica deste tipo de marcador. Os genótipos diplóides foram os que apresentaram a maior diversidade, refletida pelo maior número de alelos detectados e pela baixa similaridade entre os clones. Nos dois experimentos, observou-se uma alta proporção de alelos "multiplex", bem como locos duplicados, o que resultou na perda do caráter codominante dos marcadores SSRs. As implicações decorrentes destas observações foram consideradas. A metodologia de coloração com prata apresentada mostrou ser um procedimento eficiente, rápido, simples e de baixo custo na detecção do polimorfismo SSRs. / The banana (Musa) industry has faced various disease and pest problems all over the world, and the development of resistant cultivars is the most attractive way of control. Promising tetraploid hybrids, derived from crosses between triploid cultivars and wild, cultivated or selected diploids, have been developed from different breeding programs. However, the success in a breeding program depends on the knowledge about the genetic diversity of the available germplasm. Microsattelite is an important tool for estimating the genetic diversity. This work aimed to characterize 84 Musa genotypes using microsattelite markers, based on a method for polymorphism detection with electrophoresis on sequencing gel stained with silver nitrate. The genotypes were analyzed in two experiments. In the first one, the genetic relationships between 35 genotypes, including triploid cultivars, landraces and tetraploid hybrids, were investigated using 11 microsattelite primers. The phenetic analysis disclosed a grouping in agreement with the characterization based on morphological descriptors. The genotypes clustered according to genomic composition, genomic group and subgroup. Some tetraploid hybrids presented distortion of the proportion of alleles donated by the female triploid genitor, in support to recent description about the occurrence of recombination during female gamete formation. In the second experiment, 9 microsattelite primers were used to characterize 49 diploid genotypes, divided into three subgroups (cultivated, wild and selected) and to determine the genetic relationships between these genotypes and 9 commercial triploid cultivars. The phenetic analysis of all the genotypes did not demonstrate a separation of the diploid genotypes into the respective subgroups, possibly because of the occurrence of various alleles in common The statistic Rst confirmed this result. Some diploid genotypes showed a strong relationship with export-type triploid AAA cultivars. Microsattelite markers were shown to be highly efficient for Musa germplasm characterization and discrimination, generating unique fingerprinting for a large number of genotypes. A large number of alleles was detected, demonstrating the multi-allelic nature of this marker. The diploid genotypes presented the largest diversity, reflected by the largest number of detected alleles and by the low similarity between clones. In both experiments, a large proportion of multiplex alleles was, as well as duplicated loci, resulting in the loss of the codominant character of the marker. The resulting implications were considered. The methods of silver staining showed to be a quick, simple, efficient, and low-cost procedure to detect SSR polymorphism.

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