Orientador: Marcos Antonio Machado / Coorientador: Alessandra Alves de Souza / Banca: Celso Benedetti / Banca: Anete Pereira de Souza / Banca: Ivan de Godoy Maia / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: A citricultura brasileira responde por 85% das exportações de suco concentrado do mundo, mesmo enfrentando graves problemas de ordem fitossanitária. Dentre as doenças que mais afetam sua produtividade encontra-se a clorose variegada do citros (CVC), causada pela Xylella fastidiosa. Cultivares dentro das espécies de Citrus apresentam respostas diferentes em relação à susceptibilidade à CVC. Enquanto cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osb) são bastante suscetíveis, as tangerinas (Citrus reticulata Blanco) por sua vez são consideradas tolerantes. Resultados prévios do nosso grupo sugerem que a resistência deve estar efetivamente envolvida com a ativação de vias de sinalização, não sendo somente consequência de menor bloqueio dos vasos do xilema. Portanto, a hipótese desse trabalho é que a resistência da tangerina Poncan e a suscetibilidade de laranja doce à CVC pode ser comparada através da avaliação da expressão diferencial de genes durante o processo de infecção. Desse modo, o objetivo do trabalho foi avaliar a expressão de genes dessas duas espécies submetidas à infecção pela bactéria. Para tanto plantas de laranja Pera e tangerina Poncan foram desafiadas com X. fastidiosa e as coletas das folhas infectadas e seus respectivos controles feitas em diferentes tempos (1, 7, 14 e 21 dias). Esse material foi utilizado para extração de DNA total que foi usado na confirmação, por RT-qPCR, da presença da bactéria. Após essa verificação, o RNA foi extraído em pools para a construção das bibliotecas subtrativas supressivas (SSHs). Foram feitas seis bibliotecas, porém, não foram obtidas sequencias de qualidade. Em função do baixo rendimento das SSHs, optou-se por proceder as análises com RNA-seq utilizando tecidos xilemáticos de tangerina Poncan, com um dia após... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Brazilian citrus industry accounts for 85% of exports of concentrated juice in the world despite facing serious plant health problems. Among the main diseases that affect its productivity is the citrus variegated chlorosis (CVC), caused by Xylella fastidiosa. Citrus species present different responses in relation to susceptibility to CVC. While sweet orange (Citrus sinensis L. Osb) is very susceptible, mandarin (Citrus reticulata Blanco) is considered tolerant. Previous results from our group suggest that this tolerance observed in mandarin effectively involves activation of signaling pathways and is not only consequence of limited blockage of the xylem vessels. Therefore, the hypothesis of this study is that the tolerance of Ponkan mandarin and susceptibility of sweet orange to CVC can be compared evaluating the differential expression of genes during the infection process, being that the objective of this study. For that, Ponkan mandarin and sweet orange plants were challenged with X. fastidiosa. Infected/non-infected leaves were collected at different times (1, 7, 14, and 21 days). This material was used for extraction of total DNA, which was used for confirming the presence of bacteria by RT-qPCR. After this verification, the RNA was extracted in pools for the construction of suppressive subtractive libraries (SSHs). Six libraries were prepared, but good quality sequences were not obtained. Due to the low efficiency of SSHs, it was decided to proceed with RNA-seq analysis using xylem tissues of mandarin Ponkan, one day after infection with X. fastidiosa. In this analysis it was obtained 35,344,265 transcripts for the non-infected library and 37,326,339 for the infected one. These transcripts were mapped in the whole reference genome of Citrus clementine by using TopHat software. The contigs generated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Antônio Orlando Di Mauro / Coorientador: Marcelo Marchi Costa / Banca: Eduardo Antônio Gavioli / Banca: Rinaldo César de Paula / Resumo: O aumento de produtividade é fator preponderante para o melhoramento de soja e lançamento de novas cultivares. A herdabilidade é o parâmetro que indica a porção genética que será transmitida aos descendentes, sendo de suma importância para os melhoristas conhecerem a herança de cada caráter. O objetivo do trabalho foi estimar as variâncias e os coeficientes de herdabilidades nos sentidos amplo e restrito em populações F5 de soja. O experimento foi conduzido em 2010/11 no delineamento experimental de blocos aumentados de Federer, com quatro cruzamentos biparentais e testemunhas intercalares, em Jaboticabal-SP. Os dados foram analisados utilizando-se o Software Genes. Pelos resultados nota-se estimativas de herdabilidades maiores entre famílias quando comparadas a dentro de famílias, o que indica que a seleção é mais favorável entre famílias quando se avançam as gerações. As estimativas dos coeficientes de herdabilidades nos sentidos amplo e restrito foram próximas, na maioria das situações, mostrando que a maior parte da variância genética é de natureza aditiva, onde métodos de seleção simples podem levar a ganhos satisfatórios. Obteve-se elevados coeficientes de variação genéticos (CVg), onde a razão do coeficiente de variação genético pelo coeficiente de variação experimental (CVg/CVe) pode favorecer o direcionamento da seleção / Abstract: Yield increase is one of the main factors for soybean breeding for the new cultivars release. Heritability is the parameter that indicates the genetic proportion transmitted to offspring, being very important for breeders to know the traits inheritance. The aim of this work was to estimate variances and heritability coefficients both on broad and narrow sense in F5 soybean populations. The experiment was conducted in 2010/11 season, using Federer augmented blocks design with 4 biparental crosses and intercalated checks, in Jaboticabal-SP. Data were analised using Genes Software. By the results, it can be noticed that heritability among families showed higher estimates when compared to within families estimates; this indicates that selection among families is more favorable for advancing generation. The estimation of heritability coefficients in broad sense and narrow sense were close in most of the situations, showing that the largest part of genetic variance is of additive nature, in which simple selection methods can lead to satisfactory genetic gains. High genetic variance coefficients were obtained, where the relation between genetic variance coefficient and experimental variance coefficient can be favorable to guide the selection / Mestre

Orientador: Leandro Borges Lemos / Coorientador: Gustavo Vitti Môro / Banca: Domingos Fornasieri Filho / Banca: Ivana Marino Bárbaro / Resumo: A cultura do milho ocupa posição de destaque tanto em pesquisas científicas quanto na economia mundial, sendo o Brasil um dos maiores produtores do grão. O elevado potencial produtivo se deve aos programas de melhoramento genético de plantas, onde a seleção de genótipos superiores é realizada com base em índices de seleção. Essa estratégia tem sido eficiente para a obtenção de genótipos superiores, por permitir obter simultaneamente ganhos para caracteres de importância agronômica / econômica. Desta forma, os objetivos do presente trabalho consistiram em mensurar o ganho genético com a seleção de linhagens, baseada em índices de seleção, comparando a eficiência dos diferentes índices e verificando qual (is) é (são) mais indicados para a seleção fenotípica de linhagens de milho. Para isso, 256 linhagens foram avaliadas em experimentos com duas repetições em doze ambientes. Foram considerados os caracteres: produção de grãos, prolificidade, acamamento e quebramento de plantas, altura da planta, altura da espiga, posição relativa da espiga, florescimento feminino e masculino, e intervalo entre florescimentos. Foram aplicadas intensidades de seleção de 10% e 20% para seleção direta e para sete índices. Os resultados das análises indicaram que a seleção direta dos caracteres não foi efetiva na seleção de genótipos superiores. Os índices de Smith & Hazel/ 1943 e Willians/ 1962 resultaram em maiores ganhos para os genótipos estudados / Abstract: Corn is a crop of great importance, occupying a preeminent position both in scientific research and in the world economy, with Brazil being one of the largest grain producers. Increased production and productivity are due in part to the plant breeding programs, where the selection of superior genotypes is performed based on selection indexes. This strategy has been effective for obtaining superior genotypes since it allows to obtain simultaneously gains for many traits of agronomic/economic importance. Thus, the objectives of this work consisted in measuring the genetic gain from selection of lines, which is based on selection indexes , and to compare the efficiency of different indexes to check which one (s) is (are) best suited for phenotypic selection of maize lines. For this, 256 lines were evaluated in experiments with repetition in twelve environments. Grain production, prolificacy, lodging and breaking plant, plant height, ear height, relative position of the spike, male and female flowering, and interval between flushes: the characters were considered. Selection intensities of 10 % and 20% for direct selection and for the seven indices under study were applied. The analysis results indicated that direct selection of characters was not effective in selecting superior genotypes. The indices of Smith & Hazel (1943) and Williams (1962) resulted in greater gains for the genotypes evaluated / Mestre

Orientador: Gustavo Vitti Môro / Coorientador: Sanzio Carvalho Lima Barrios / Banca: Ricardo Andrade Reis / Banca: Cacilda Borges do Valle / Resumo: O mercado forrageiro possui uma demanda por novas cultivares de Brachiaria decumbens que apresentem diferenciais quanto ao desempenho agronômico e valor nutritivo. Essa demanda impulsiona o surgimento de programas de melhoramento da espécie voltado para o desenvolvimento de cultivares. Para isso, é necessário à seleção de genótipos sexuais superiores de Brachiaria decumbens como fonte de variabilidade para o programa e formação da população base para recombinação, estes genótipos podem ser usados, por exemplo, na recombinação em esquemas de seleção recorrente reciproca que por sua vez é dependente do desempenho de suas progênies obtidas em cruzamentos com um genótipo apomítico testador. Assim, o objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos e correlações genéticas para características agronômicas e de valor nutritivo em híbridos intraespecíficos de Brachiaria decumbens e comparar diferentes índices para a seleção dos melhores genitores e os ganhos obtidos com diferentes intensidades de seleção, bem como verificar o padrão multivariado das progênies por meio de análise de componentes principais. Para isso, uma população de 1.415 híbridos foi avaliada em campo experimental na Embrapa Gado de Corte em Campo Grande/MS/Brasil, durante sete cortes, para as características: peso verde de campo (PVC); matéria seca total (MST); velocidade de rebrota (VEL); densidade de perfilhos rebrotados (DEN); capacidade de rebrota (REB); proteína bruta (PB); digestibilidade in vitro da matéria orgânica (DIV); fibra em detergente neutro (FDN) e lignina (LIG). Avaliações complementares em casa de vegetação para definição de resistência as cigarrinhas das pastagens estão em andamento. As análises estatísticas foram realizadas utilizando a metodologia de modelos mistos e componentes principais. Evidenciou-se a presença de variabilidade genética para todos os caracteres avaliados e estimativas ... / Abstract: The forage market has a demand for new cultivars of Brachiaria decumbens with superior agronomic performance and nutritional value. This demand encourages the pasture species improvement program. Therefore, it is necessary to select superior sexual genotypes of Brachiaria decumbens for the recombination in projects of reciprocal recurrent selection as a source of variability for the program and for the formation of a base population for selection. These genotypes can be used, for example, in the reciprocal recombination in recurrent selection schemes which in turn depend on the performance of ther progenies. These progenies are obtained from a cross with an apomictic tester genotype. The objective of this study was to estimate genetic parameters and genetic correlations for agronomic traits and nutritional value in intraspecific hybrids of B. decumbens. Furthermore, it aimed at comparing different indices for the selection of the best hybrids and genetic gain with different intensities of selection, as well as verifying the multivariate pattern of the progenies using a principal component analysis. For that, a population of 1,415 hybrids was evaluated in field plots at Embrapa Beef Cattle in Campo Grande/MS/Brazil, with seven cuts, estimating: field green weight (PVC); total dry matter (MST); speed of regrowth (VEL); tiller regrowth density (DEN); regrowth ability (REB); crude protein (CP); in vitro organic matter digestibility (DIV); neutral detergent fiber (NDF) and lignin (LIG). The statistical analyses were conducted using the mixed models methodology and principal component methodology. The presence of genetic variability for all characters assessed were detected and estimates of heritability of medium to high magnitude, indicating the possibility of gains with selection. Significant associations were observed between PVC and MST (0.99), MST and VEL (0.81), MST and DIV (-0.71), MST and LIG (0.71) and PB and DIV (0.70), indicating ... / Mestre

Orientador: Antônio Orlando Di Mauro / Coorientador: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Banca: Antônio Sérgio Ferraudo / Banca: Viviane Formice Vianna / Resumo: No melhoramento genético, além da boa condução experimental e correta obtenção de dados, a qualidade das análises estatístico-genéticas é dada pela aplicação de metodologias que buscam potencializar o processo de seleção, através da observação das relações existentes entre as características avaliadas, bem como a obtenção de valores que estejam de acordo com a realidade. O objetivo deste estudo foi selecionar genótipos de soja, de um ensaio no ano agrícola 2013/2014, oriundos de cruzamentos entre linhagens convencionais e transgênicas (Roundup Ready), utilizando, conjuntamente, as abordagens REML/BLUP, análise de fatores e componentes principais, processadas com as características: número de dias para florescimento (NDF), altura da planta no florescimento (APF), número de dias para a maturidade (NDM), altura da planta na maturidade (APM), Altura de inserção da primeira vagem (AIV), acamamento (AC), valor agronômico (VA), número de ramos por planta (NR), número de nós por planta (NN), número de vagens por planta (NV), produção de grãos (PG) e peso de cem sementes (PCS). Foram identificados três processos agronômicos que contribuem na seleção para escolha de genótipos, que discriminaram os genótipos contendo propriedades mais específicas. O processo 1 (AIV, NR, NV, NN e PG) foi eficiente para a seleção de genótipos com bons componentes de produção, mais precoces, de menores portes e com resistência ao acamamento / Abstract: In genetic breeding, beyond good experimental conduction, and proper data collection, the quality of statistical-genetic analysis is given by the application of methodologies that seek to enhance the selection process, through observation of the relationship between the characteristics evaluated and the achievement of values that are in accordance with reality. The aim of this study was to select soybean genotypes, in an assay in the agricultural year 2013/2014, derived from crosses between conventional and transgenic lines (Roundup Ready), using jointly the REML/BLUP approaches, analysis of factors and principal components, processed with the following characteristics: number of days to flowering (NDF), plant height at flowering (APF), number of days to maturity (NDM), plant height at maturity (APM), height of the first pod insertion (AIV ), lodging (AC), agronomic value (VA), number of branches (NB), number of nodes per plant (NN), number of pods per plant (NV), grain yield (PG) and one hundred seed weight (PCS). Three agronomic selection processes were identified to select genotypes that discriminate genotypes containing more specific properties. The process 1 (AIV, NR, NV, NN and PG) was efficient for the selection of genotypes with good yield components, earlier, smaller sizes and with lodging resistance / Mestre

Orientador: Ananda Virginia de Aguiar / Banca: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Camila Regina Silva Baleroni Recco / Resumo: inus caribea var. hondurensis é a espécie do gênero Pinus mais importante para regiões tropicais. Sua madeira e resina são utilizadas em vários nichos do setor florestal. Porém, a oferta de sementes com qualidade genética é disponibilizada somente por poucas empresas privadas e instituições públicas. Com o objetivo de contribuir para o avanço do programa de melhoramento de Pinus, a proposta do trabalho foi verificar o efeito de competição sobre as estimativas dos parâmetros e do ganho genético de um teste de progênies de P. caribaea var. hondurensis para produção de madeira e resina, bem como analisar a relação entre esses caracteres. O experimento foi estabelecido em delineamento látice 10 x 10, triplo, com 100 tratamentos (96 progênies de um pomar de sementes clonal de P. caribaea var. hondurensis e quatro testemunhas comerciais), dez plantas por parcelas, no espaçamento de 3 x 3 m. Aos 12 anos após o plantio foi realizado um desbaste seletivo, com base nos caracteres silviculturais, mantendo-se seis plantas por parcela. Aos 27 anos após o plantio, a altura total, o diâmetro à altura do peito e a produção de resina dos indivíduos remanescentes foram mensurados. Análise de deviance e as estimativas dos parâmetros genéticos, o ganho esperado na seleção foram realizadas com e sem o efeito de competição, de acordo com o procedimento REML/BLUP. Ainda foram estimados, as correlações genéticas e fenotípicas e a divergência genética. Diferenças fenotípicas significativas, principalmente considerando o efeito da covariável, foram observadas entre e dentro de progênies para todos caracteres avaliados. O desbaste realizado aos 12 anos após o plantio influenciou de modo positivo os caracteres diâmetro à altura do peito e produção de resina. Os valores médios desses caracteres foram de 30,62 cm e 4,83 kg/arv .- 1 /ano -1, respectivamente. Os coeficientes de... / Abstract: Pinus caribea var. hondurensis is a species of the genus Pinus which is very important to tropical regions. Its wood and resin are used in various niches of the forest sector. However, the supply of quality genetic seeds are produced by few private companies and public institutions, especially by those in the resin sector. The aim is to contribute to the advances in P. caribaea var. hondurensis breeding cycles. The purpose of this work was to verify the competition effect on the estimates of genetic parameter and gain of a P. caribaea var. hondurensis progeny trial for wood and resin production as well as to verify the correlation between these traits. The experiment was established in lattice design 10 x 10 (triple), 100 treatments (96 progeny of a clonal seed orchard and four commercial control of P. caribaea var. hondurensis), 10 plants by plot, spaced at 3 m x 3 m. At twelve years after planting the test plots was thinning which left six plants per plot. The total height, diameter at breast height and the resin production o fall remaining were measured at 27 years following the planting. Analysis of deviance, genetic parameter estimates, the expected gain in the selection, with and without competition effect, and genetic and phenotypic correlation was based on REML/BLUP procedure. Significant phenotypic differences were observed among and within progeny for all available traits, especially with regards to evaluating the competition effect. The thinning at 12 years after planting contributed positively to the increase of plant diameter at breast height and resin production, with an average of 30.62cm and 4.83kg/tree .-1 /year -1 . The individual narrow sense of heritability ranged from 0.25 to 0.38 for dbh and volume. The correlations between the growing traits were positive and significant. Therefore, different selection methods will be proposed separately for two traits (resin and wood). Despite ... / Mestre

Orientador: Antônio Orlando Di Mauro / Coorientador: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Banca: Bruno Ettore Pavan / Banca: Eduardo Custódio Gasparino / Resumo: A seleção de genótipos superiores de soja é um processo complexo, dessa forma, técnicas exploratórias multivariadas podem ser aplicadas para selecionar genótipos, analisando simultaneamente todos os caracteres agronômicos em estudo. Mediante o exposto, o objetivo do presente trabalho, consistiu em selecionar genótipos de soja Roundup Ready com bons caracteres agronômicos por meio de análises multivariadas, identificar quais caracteres mais influenciam a produtividade de grãos, comparar o desempenho agronômico de genótipos de soja RR com convencionais, oriundos de cruzamentos biparentais e avaliar por meio da análise de trilha, a relação entre caracteres de importância agronômica com a produtividade de grãos. Na geração F5, 227 linhagens de soja, sendo estas portadoras ou não do gene RR, foram avaliadas em delineamento de blocos aumentados com testemunhas intercalares. Na geração F6, os genótipos foram separados em dois grupos (RR com 27 genótipos e Convencional com 23 genótipos) e avaliados em dois experimentos distintos, conduzidos em delineamento experimental de blocos ao acaso com três repetições. Foram avaliados os principais caracteres de interesse agronômico. Para as análises exploratórias multivariadas, utilizou-se a técnica de componentes principais e análise de agrupamento pelo método hierárquico de Ward e pelo método não hierárquico de k-médias. Na análise de componentes principais na geração F5 três autovalores foram superiores a um, explicando 67,58% da variância contida nas informações originais, sendo caracterizados pelos caracteres altura da planta na maturidade, acamamento, valor agronômico, número de ramos, número de vagens e produtividade de grãos que permitiram a discriminação de genótipos de soja Roundup Ready com bons atributos agronômicos. Os resultados das análises de agrupamento pelo método de K-médias e pelo o... / Abstract: The selection of superior genotypes of soybean is a complex process. Thus, the exploratory multivariate techniques to select genotypes is an alternative, analyzing simultaneously all traits under study. Therefore, the objectives of this study were to select Roundup Ready soybean genotypes with good agronomic traits through multivariate analysis, identify which trait has the highest influence in grain yield and to compare the agronomic performance of two groups of soybean genotypes - RR and conventional - originated of two-way crosses and evaluate through path analysis, the relationship between important agronomic traits with the grain yield. In the F5 generation, 227 lines of soybean - carrying or not the RR gene - have been evaluated in augmented randomized design with additional control. In the F6 generation, the genotypes were separated into two groups (RR with 27 genotypes and conventional with 23 genotypes) and evaluated in two separated experiments conducted in a randomized blocks design with three replications. The main traits of agronomic interest has been evaluated. For the multivariate analysis, it was applied the technique of principal components and hierarchical cluster analysis by the methods of Ward and non-hierarchical k-means. In the principal component analysis, there were three eigen values greater than one explaining 67.58% of the total variance in the F5 generation, characterized by the traits: plant height at maturity, lodging, agronomic value, number of branches, number of pods and grain yield. These traits allowed discriminating the RR genotypes with good agronomic traits. The results of cluster analyzes by the methods of K-means and Ward were similar, since they clustered the specific genotypes for the selected traits in the same group. In generation F6, the soybean genotypes showed different growth performance within the RR and conventional groups. Among ... / Mestre

Orientador: Leila Trevisan Braz / Banca: Fernanda Dias Pereira / Banca: Daniel Rufino Amaral / Resumo: A escolha do método de inoculação para avaliação de genótipos resistentes é primordial para o sucesso dos programas de melhoramento. As metodologias variam de acordo com o comportamento do patógeno, a cultura e o tipo de resistência oferecido pela planta buscando ao máximo simular as condições de infecção que ocorrem no campo. Objetivou-se por meio deste trabalho avaliar seis métodos de inoculação de Didymella bryoniae em meloeiro e verificar a interferência de ferimento na avaliação de plantas para essa resistência. Foram realizados dois experimentos, em bandeja e vaso, repetidos em dois períodos. Nos dois experimentos foi utilizado o delineamento em blocos ao acaso com seis plantas por parcela e três repetições. Ambos foram submetidos as mesmas condições ambientais durante todo o trabalho. Os métodos foram avaliados a partir de escala de notas e realizado o cálculo da Área Abaixo da Curva de Progresso da Doença. Os dados foram submetidos a análise de variância conjunta, sendo as médias dos tratamentos agrupadas pelo teste de Scott-Knott (p<0,05), e posteriormente realizada correlação entre experimentos. Dentre os métodos, destacou-se o método do grão de sorgo sem ferimento nas plantas, em bandeja, que foi capaz de distinguir materiais resistentes, mostrando-se eficiente, rápido e menos trabalhoso. / Abstract: The choice of inoculation method to evaluate resistant genotypes is paramount for the success of breeding programs. The methodologies vary according to the behavior of the pathogen, the crop and the type of resistance offered by the plant, trying to simulate the infection conditions that occur in the field. The objective of this work was to evaluate six methods of inoculation of Didymella bryoniae in melon and to verify the interference of injury in the evaluation of plants for this resistance. Two experiments were carried out in tray and vessel, repeated in two periods. In both experiments, the randomized block design with six plants per plot and three replications was used. Both were subjected to the same environmental conditions throughout the work. The methods were evaluated from the scale of notes and the area under the Disease Progress Curve was calculated. The data were submitted to a joint analysis of variance, these being as tests of the tests grouped by the test of ScottKnott (p <0,05), and were realized among the experiments. Among the methods, the method of sorghum grain without fermentation in the plants, in the tray, was distinguished that was able to distinguish resistant materials, being efficient, fast and less laborious. / Mestre

Orientador: Edson Luiz Furtado / Coorientador: Christian Cilas / Banca: Waldir Cintra de Jesus Junior / Banca: Ana Carolina Firmino / Banca: Leo Zimback / Banca: Willian Bucker Moraes / Resumo: A Moniliase do cacaueiro, causada pelo fungo Moniliophthora roreri, é uma das doençasmais devastadoras do cacaueiro na região oeste da América do Sul e Central, por exemplo,a região do Vale do Magdalena na Colômbia, considerada o possível centro de origem paraá espécie. Para analisar a diversidade genética foram utilizados isolados dos estados deSantander, Antioquia, Tolima e Huila da Colômbia utilizando vinte-três marcadoresmicrossatélites (SSR). No total, 117 genotipos multilocus diferentes se encontraram entre os120 isolados, cada um representado como um haplotipo único. O índice de associaçãoobservado e estandardizado (IA e řd) indicaram que as populações de M. roreri são clonais.Além disso, dada a alta diversidade de haplotipos com desequilíbrio de ligação se sugere queM. roreri poderia ser uma espécie assexual possivelmente com recombinação rara ou parcialdevida à parasexualidade. Enquanto a estrutura populacional, três grupos geográficos foramreconhecidos entre os isolados utilizando métodos de agrupamento bayesianos. Resultadossimilares se obtiveram depois do analises discriminante de componentes principais (DAPC),analise de coordenadas principais (PCA) e a arvore de semelhança com os loci dosmicrossatélites baseados na distância de Nei. A identificação destes agrupamentos explicassepela diferenciação geográfica e clones de cacaueiro e variáveis ambientais não contribuemsignificativamente à diferenciação genéticas entre os grupos. Em re... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Frosty pod rot disease (FPR) on cocoa, caused by Moniliophthora roreri, is one of the mostdevastating cocoa diseases in the Western Hemisphere, including the Magdalena Valleyareas in Colombia, which is considered the possible center of origin for the species. Weanalyzed the genetic diversity of isolates from the states Santander, Antioquia, Tolima andHuila of Colombia using twenty-three simple sequence repeats (SSR) markers. In total, 117different multilocus genotypes were found among 120 isolates, each one represented as aunique haplotype. The observed and standardized index of association (IA and řd) indicatesthat the populations of M. roreri are clonal populations. Furthermore, given the highhaplotype diversity with linkage disequilibrium are suggest that M. roreri could be anasexual species possibly undergoing rare recombination or partial recombination due toparasexuality. Three geographical groups were recognized among the isolates using Bayesian clustering methods. Similar results were obtained after discriminant analysis ofprincipal components (DAPC), principal coordinate analysis (PCA) and a neighbor-joiningtree from microsatellite loci based on Nei distance. The identified clusters where explainedby geographical differentiation and cacao clones and environmental variables did notcontribute significantly to the genetic differentiation between groups. Regarding to thedisease epidemiology, incidence of Frosty Pod Rot (FPR) disease, caused ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Gustavo Henrique de Almeida Teixeira / Coorientador: Marcos David Ferreira / Banca: Luciana Manoel de Oliveira / Banca: José Dalton Cruz Pessoa / Banca: Luis Vitor Silva do Sacramento / Banca: Luis Carlos Cunha Júnior / Resumo: Objetivo: Desenvolver métodos analíticos com uso da espectroscopia do infravermelho próximo (NIRS) e ressonância magnética nuclear (NMR) para a melhoria do processo de controle de qualidade de nozes macadâmia (Macadamia integrifolia Maiden & Betche). Métodos: Foram coletadas nozes de macadâmia intactas de várias cultivares (HAES 246, 'IAC 4-20', 'IAC 2-23', 'IAC 5-10','IAC 8-17',HAES 344, HAES 660, IAC 4-12 B e IAC Campinas B) e amêndoas sem defeitos e que apresentavam diferentes defeitos, ou seja, amêndoas imaturas; amêndoas danos causados por picada de insetos, amêndoas mofadas e amêndoas descoloridas. Além disso, foi analisado o efeito de diferentes temperaturas de secagem quanto os paramentos de oxidação, índice de peróxido (IP) e de acidez (IA). Os espectros NIR foram coletados na superfície das nozes intactas e também das amêndoas (NIRS e NMR-TD) e estes foram utilizados para a construção dos modelos de classificação e predição utilizando análise discriminante linear por componente principal (PCA-LDA), algoritmo genético com análise discriminante linear (GA-LDA) e regressão por mínimos quadrados parciais (PLSR). Resultados: Em relação a classificação das cultivares, os modelos desenvolvidos com GA-LDA resultaram em acurácia de 71,57% com os espectros pré-processados com suavização de Savitzky-Golay. Não foi observado efeito do processo de secagem no IP e IA. Os melhores resultados de predição do IP (R²c=0,57 e SEP=0,55 meq·kg−1) e IA (SEP=0.14%, R2C=0.29) foram obtidos ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Objective: To develop analytical methods with the use of near infrared spectroscopy (NIRS) and nuclear magnetic resonance (NMR) to improve the quality control process of macadamia nuts (Macadamia integrifolia Maiden & Betche). Methods: Intact macadamia nuts were collected from several cultivars (HAES 246, 'IAC 4-20', 'IAC 2-23', 'IAC 5-10','IAC 8-17',HAES 344, HAES 660, IAC 4-12 B, and IAC Campinas B) and kernels that had different defects, as such: nuts without defects; immature kernels; damages caused by insect, mold kernels, and discolored kernels. In addition, the effect of different types of drying on the oxidation parameters, peroxide value (PV) and acidity index (AI) were analyzed. The NIR spectra were collected on the surface of intact nuts and kernels (NIR and NMR-TD), and the spetra were used to develop the classification and prediction models using linear discriminant analysis by principal component analysis (PCA-LDA), genetic algorithm with linear discriminant analysis (GA-LDA), and partial least squares regression (PLSR). Results: In relation to cultivar classification, the models developed with GA-LDA resulted in an accuracy of 71,57% with Savitzky-Golay smoothing pre-processed spectra. No effect of the drying process was observed on IP and AI. The best PV prediction results (R²c = 0.57 and SEP = 0.55 meq.kg-1 ) and AI (SEP = 0.14 %, R2 C = 0.29) were obtained employing PLSR. Regarding kernel defects, it was possible to obtain an accuracy and specificity of 97.8% and 100% using GA-LDA, respectively. The best NMR classification models using PCA-LDA, achieving 85.7 % accuracy for the training set... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor