Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Banca: Arione Augusti Boligon / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: A análise de componentes principais (PCA) e análise de fatores (FA) são amplamen-te utilizadas no processamento de dados visando a redução da dimensionalidade. No entanto, poucos são os estudos que empregou estes métodos em um conjunto de características importantes em bovinos da raça nelore com a finalidade de mode-lar a estrutura de (co)variância dos dados. O objetivo deste estudo foi estimar pa-râmetros genéticos para as características de crescimento, carcaça e qualidade da carne em machos Nelore, utilizando diferentes modelos multi-características visando a redução da dimensionalidade dos dados. Um total de 3.865; 4.121; 4.109; 4.188; 4.213; 3.320 e 16.575 registros de peso da carcaça quente (PCQ), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), escore de marmorização (MARM), maciez, mensurada pela força de cisalhamento (SF), lipídios (LP) e peso ao sobreano (PS), respectivamente, foram usados. As análises foram realizadas por meio de cinco modelos: multi-característica padrão, três modelos de posto reduzido ajustando os primeiros três (PC3), quatro (PC4) e cinco (PC5) componentes princi-pais genéticos e um modelo utilizando análise de fatores com três (FA3) fatores. Os modelos foram comparados pelo Critério de Informação de Akaike (AIC) e Critério Bayesiano de Schwarz (BIC), levando em consideração o número de parâmetros. Foram considerados para todos os modelos os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual, e os efeitos fixos do grupo de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Principal component (PCA) and factor analysis (FA) are widely used in data processing to reduce dimensionality. However, few studies have used these methods in a set of important traits in Nelore cattle for the purpose of modeling the covariance structure data. The aim of this study was to estimate genetic parameters for growth, carcass and meat quality traits in Nellore males, using different multivariate models to reduce the dimensionality data. A total of 3.865; 4.121; 4.109; 4.188; 4.123 3.320 and 16.575 records, hot carcass weight (HCW), 12-13th rib eye area (REA), backfat thickness (BF), marbling score (MS), warner-wraztler wear force (WBSF), lipid content (LC), and weight at 550 days (W550), respectively, were used. The analyzes were performed using five models: standard multi-characteristic, three reduced-rank models, and adjusted the first three (PC3), four (PC4) and five (PC5) genetic main components, and a model using factor analysis with three (FA3) factors. The models were compared by the Akaike Information Criterion (AIC) and Schwarz Bayesian Criterion (BIC), taking into account the parameters number. The random effects of the direct and residual additive genetic and the fixed effects of the contemporaneous group and the linear effect of animal age on slaughter were considered as covariate, except for yearling weight. The analysis models of genetic factors and main components selected by both selection criteria were PC3 (BIC), PC4 (AIC) and FA3 (AIC and BIC), with 46, 50 and 53 parameters, respectively. However, the model that most approached the standard multi-characteristic model was PC4, and is therefore most appropriate due to the similarity of covariance estimates. Estimates of heritability ranged from 0.06 (LP) to 0.31 (AOL) with MV and 0.04 (LP) to 0.30 (AOL) with PC4. The highest est... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Coorientador:Gerardo Alves Fernandes Júnior / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Resumo: Características de eficiência alimentar estão diretamente associadas com a lucratividade e sustentabilidade da bovinocultura de corte. Conversão alimentar, consumo alimentar residual, consumo de matéria seca, eficiência alimentar e ganho em peso, são características importantes para a seleção de animais mais eficientes dentro de um sistema de produção, porém, com exceção do ganho em peso, as demais não vêm sendo consideradas como critérios de seleção devido à dificuldade de obtenção de fenótipos para as mesmas. Com o avanço nas tecnologias de genotipagem e sequenciamento, foram desenvolvidos chips de alta densidade de marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espalhados pelo genoma. Estas informações moleculares vêm sendo utilizadas em estudos de associação genômica ampla (GWAS) e de seleção genômica (SG). Basicamente, o GWAS permite a identificação de variações genéticas de maior efeito sobre a expressão fenotípica de características de interesse, enquanto a SG visa a predição do valor genômico direto dos candidatos à seleção utilizando apenas a informação molecular, o que tem revolucionado o melhoramento genético por proporcionar a diminuição do intervalo de geração e o aumento da acurácia de predição dos valores genéticos dos animais. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram: 1) encontrar regiões cromossômicas de maior efeito sobre características de eficiência alimentar em animais Nelore provenientes de dois programas de melhoramento (Instituto d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Feed efficiency traits are directly associated with the profitability and sustainability of beef cattle. Feed conversion rate, residual feed intake, dry matter intake, feed efficiency and average daily gain are important traits for the selection of more efficiency animals within a production system, but, except for weight gain, the others have not been considered as selection criteria due to the difficulty of obtaining phenotypes. With the advance in genotyping and sequencing technologies, high density chips of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed. This molecular information has been used in genome-wide association (GWAS) and genomic selection (GS) studies. Basically, GWAS allows the identification of genetic variations with major effects on the phenotypic expression of traits of interest, while SG aims at the prediction of direct genomic value for the selection candidates using only their molecular information, which has revolutionized the animal breeding by providing a decrease in generation interval and increases in the prediction accuracies of breeding values. Thus, the objectives of the present study were to: 1) identify chromosomal regions with major effects on feed efficiency traits in animals from two Nellore breeding programs (Instituto de Zootecnia and Nellore Qualitas), in order to find possible differences/similarities between the populations; 2) evaluate the existence of candidate genes in common to populations; and 3) evaluate the possibility... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Coorientador: Fábio Morato Monteiro / Banca: Lenira El Faro Zadra / banca: André Michel de Castilhos / Resumo: O maior custo da produção de bovinos de corte é a alimentação, para isto tem se estudado melhorar a eficiência alimentar com maior ênfase na característica consumo alimentar residual (CAR), mas se faz necessário conhecer a relação desta com a fertilidade dos touros utilizados em programas de melhoramento genético. O objetivo do presente estudo foi avaliar touros jovens da raça Nelore, classificados em baixo e alto CAR e seus parâmetros reprodutivos. Foram utilizados 946 touros do programa de melhoramento Nelore Qualitas, participantes dos testes de eficiência alimentar nos anos de 2010 a 2017. As imagens termográficas e ultrassonográficas dos testículos foram realizadas em 114 animais ao final do teste do ano de 2017, e as avalições andrológicas foram realizadas em 54 animais dos testes de 2011 a 2015, na Central de reprodução Alta Genetics e 29 animais do teste de 2016 e 2017, na Central Bela Vista. A divisão dos animais em baixo e alto CAR, foi dentro de ano de prova e considerando os participantes que tinham valores acima da média do CAR mais (baixo) ou menos (alto) meio desvio padrão. O peso final (PESOF), peso metabólico (PMET) e ganho médio diário (GMD) não apresentaram diferença quando comparados nos grupos divergentes de CAR (GCAR). A temperatura da parte superior (TEMP_SUP) dos testículos apresentou diferença entre os GCAR e, a temperatura inferior (TEMP_INF) dos testículos, bem como o gradiente de temperatura do escroto (GTE) não apresentaram diferença. Nas imagens ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / The highest cost of beef cattle producing is the feed, for this has been studied to improve feed efficiency with a greater emphasis on the characteristic residual feed intake (RFI), but it is necessary to know the relationship of this with the fertility of the bulls used in programs genetic improvement. The objective of the present study was to evaluate efficient and non-efficient Nelore bulls and their reproductive parameters. A total 946 bulls were used from the Nelore Qualitas breeding program, participants in feed efficiency tests from 2010 to 2017. Thermographic and ultrasonographic images of the testicles were performed in 114 animals at the end of 2017 test, and andrological evaluations were performed in 54 animals from the tests of 2011 to 2015, in the Center of reproduction Alta Genetics, and 29 animals of the test of 2016 and 2017, in Central Bela Vista. The division of the animals into low and high RFI, was within the year of test and considering the participants who had values above the average of the RFI more (low) or less (high) half standard deviation. The final body weight (FBW), metabolic body weight (MBW) and average daily gain (ADG) didn't present statistical difference when compared in the divergent groups of RFI (GRFI). The upper temperature (TEMP_UP) of the testicles showed a significant difference between the GRFI and, the bottom temperature (TEMP_BO) of the testicles, as well as the temperature gradient of the scrotum (TGE) didn't present statistical difference. In the ultrasound images the pixel intensity (PI) and the andrological evaluations using motility (MOT), vigor (VIG), concentration (CONC), major defects (MAD), minor defects (MID) total defects (TOD), didn't present significance between the GRFI. The TEMP_UP and TEMP_BO had significant correlations wi... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Rinaldo Cesar de Paula / Coorientador: Nadia Figueiredo de Paula / banca: Miguel Luiz Menezes Freitas / Banca: Gustavo Vitti Môro / Resumo: O Eucalyptus tereticornis Smith tem boa adaptabilidade a diferentes regiões e resistência à seca, apresentando crescimento rápido e grande potencial de aplicação da madeira para diferentes usos. Neste sentido, o presente trabalho visou avaliar a divergência genética entre progênies de polinização aberta de E. tereticornis com base em caracteres de crescimento e tecnológicos da madeira. O experimento foi implantado no município de Luiz Antonio (SP), com 30 progênies de E. tereticornis, pertencentes a duas procedências, no delineamento experimental em blocos casualizados, parcelas de uma planta e 100 repetições, no espaçamento de 4 x 4 m. Com 31 anos de idade foram avaliados, em todo o ensaio, o diâmetro à altura do peito (DAP, cm), a altura total (m), sobrevivência (%) e forma do fuste. Foram abatidas três árvores representativas de cada progênie para determinações do volume e retirados discos em diferentes posições do fuste para a determinação da densidade básica (DBM), biomassa, teores de celulose (CEL), lignina (LIG), extrativos (EXT) e holocelulose (HOLO) na madeira. Os dados foram analisados pelo método REML/BLUP, obtendo-se estimativas de componente de variância e de parâmetros genéticos. Visando transformar o teste em um Pomar de Sementes por Mudas, foi simulada a seleção de 150 plantas (5%) para todos os caracteres, obtendo-se estimativas de ganhos genéticos e de tamanho efetivo (Ne). Adicionalmente, para o DAP outras duas estratégias de seleção foram simuladas: a sele... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Eucalyptus tereticornis Smith has good adaptability to different regions and drought tolerance, showing fast growth and great potential of application of the wood for multiple purposes. In this sense, the present work aimed to evaluate the genetic divergence among progenies of open pollination of E. tereticornis based on growth and wood technological characters. The experiment was carried out in Luiz Antonio (SP), with 30 progenies of E. tereticornis, belonging to two provenances, in the randomized blocks design, single tree plot and 100 replicates, at 4 x 4 m spacing. At 31 years old, the diameter at breast height (DAP, cm), total height (m), survival (%) and stem shape. Three representative trees of each progeny were harvested for determination of volume and discs were sampled at different positions of the stem for determination of wood basic density (DBM), biomass and wood contents of cellulose (CEL), lignin (LIG), extractive (EXT) and holocellulose (HOLO). The data were analyzed by the REML/BLUP method, obtaining estimates of variance component and genetic parameters. Aiming to transform the test into a Seed Orchard by Seedling, the selection of 150 plants (5%) for all traits was simulated, obtaining estimates of genetic gains and effective size (Ne). Additionally, for the DAP, two other selection strategies were simulated: the combined selection among and within progenies and the restricted selection in the number of individuals per family (n≤20). Nine characters, evalua... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Luciano Hauschild / Coorientador: Candido Pomar / Coorientador: Paulo Henrique Reis Furtado Campos / Banca: Urbano dos Santos Ruiz / Banca: Nilva Kazue Sakomura / Banca: César Augusto Pospissil Garbossa / Banca: Aulus Cavalieri Carciofi / Resumo: A criação de suínos em países em desenvolvimento, localizados em regiões de clima tropical predominantemente quente com investimento reduzido em infraestrutura, expõem os animais a condições de estresse por calor. Por sua vez, o estresse por calor gera perdas significativas na produção animal, principalmente para suínos, devido à sua capacidade limitada de dissipar calor. Além disso, as disseminações de vetores de doenças devido à alta temperatura também aumentam os desafios na suinocultura. O investimento para climatização completa de uma instalação pode acarretar no aumento do custo de produção e preços menos competitivos para o suinocultor. Nesse sentido, a escolha de uma genética adequada atreladas a um bom plano nutricional torna-se indispensável na suinocultura mundial. Dessa forma, com essa tese objetivou-se avaliar os efeitos do estresse por calor primeiramente em diferentes genéticas. Após definir-se a genética mais sensível ao estresse por calor, foi realizado um segundo estudo utilizando duas técnicas de nutrição (convencional e de precisão) para avaliação das respostas de desempenho e composição corporal dos animais. No primeiro estudo o objetivo foi avaliar a robustez no desempenho e composição corporal de progênies provenientes de duas genéticas pai (G) comumente utilizadas mundialmente (AGPIC 327: Hampshire puro e AGPIC 337: linhagem sintética) submetidos ao estresse por calor (33ºC). Um total de 24 suínos machos castrados (peso inicial de 32,0 ± 2,0 kg) foram ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Developing countries, located in regions of predominantly warm tropical climate with little investment in infrastructure, expose animals to heat stress conditions. In turn, heat stress generates significant losses in animal production, especially for pigs, because of their limited ability to dissipate heat. In addition, the spread of disease vectors by heat also increases the challenges in swine farming. The investment for complete climatization of a facility can lead to an increased production costs and less competitive prices for the pig farmer. Because of this, the choice of an appropriate genetic linked to a good plan of nutrition become indispensable in the swine industry worldwide. Thus, with this thesis we aimed to evaluate the effects of heat stress first on different genetics. After defining the genetics most sensitive to heat stress, a second study was performed using two nutrition techniques (conventional and precision feeding) to evaluate the performance responses and body composition of the animals. In the first study the objective was to evaluate the robustness in the performance and body composition of progenies from two sire genotypes (G) commonly used worldwide (AGPIC 327: pure Hampshire and AGPIC 337: synthetic line) under heat stress (33 ºC). A total of 24 barrows (initial weight 32.0 ± 2.0 kg) were housed in individual pens and then submitted to one of two environments (AT), being thermoneutral at 22 ºC (TN) and high temperature at 33 ° C (HT). Feed intake... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Newton Tamassia Pégolo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Resumo: Em programas de melhoramento animal, diversas características utilizadas como critérios de seleção representam medidas repetidas do mesmo animal, sendo importante o estudo de metodologias que considere esta estrutura longitudinal. Assim, o objetivo deste trabalho foi implementar a metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana, na estimação de componentes de variância para avaliação genética de características longitudinais. Foram realizados dois estudos de simulação a fim de verificar as propriedades da aplicação da metodologia. Para o primeiro estudo foram considerados apenas os efeitos fixos, o genético e resíduo, sendo empregado duas estruturas de (co)variância: uma de antedependência e outra de regressão aleatória. O segundo estudo apresenta adicionalmente o efeito de ambiente permanente, sendo utilizado para ambos os efeitos aleatórios. Os resultados demonstraram que a metodologia proposta apresentou capacidade de estimar valores próximos aos simulados, entretanto alguns parâmetros dos modelos apresentaram algumas dificuldades de convergência. Verificou-se por meio do estudo realizado, que a implementação da metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana e amostrador de Gibbs em um modelo animal, possibilitou a obtenção de estimativas próximas aos valores simulados. Além disso, pode-se constatar algumas dificuldades inerentes a convergência dos parâmetros do modelo, sendo necessário a realização de novos estudos visando utilizar novas funções para a modelagem dos coeficientes autorregressivos e das variâncias das inovações, assim como outras estratégias de amostragem / Abstract: In animal breeding programs, several traits used as selection criteria represent repeated measurements of the same animal, thus the study of methodologies that consider this longitudinal structure. The objective of this study was to implement a antedependence model using Bayesian inference, in the estimation of variance components for genetic evaluation of longitudinal characteristics. Two studies were conducted simulation in order to verify the properties of application of the methodology. For the first study included only fixed effects, genetic and residual, being employed two structures (co)variance: one antedependence and other random regression. The second study further shows the effect of permanent environment, and is used for both random effects. The results demonstrated that the proposed methodology showed ability to estimate values close to those simulated, however, some parameters of the models presented convergence difficulties. It was found through the study, the implementation of the methodology antedependence using Bayesian inference and Gibbs sampling in an animal model, makes possible to get estimates close to the simulated values. Moreover, one can observe some convergence difficulties of the model parameters, it is necessary to conduct new studies to use new functions for modeling the autoregressive coefficients and variances of the innovations, as well as other sampling strategies / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Orlando Moreira Filho / Resumo: Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / Abstract: B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ... / Mestre

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Sirlei Aparecida Maesta / Banca: Sandra Maria Simonelli / Resumo: O objetivo geral do trabalho foi estimar parâmetros genéticos para características de habilidade materna: relação de desmame (REL), peso total das crias ao nascer e ao desmame (PTCN e PTCD) e reprodutivas: intervalo entre partos (IEP), idade ao primeiro parto (IPP), número de cordeiros por parto (NCP) para uma população de ovinos Santa Inês do Nordeste do Brasil e propor estratégias para seleção de reprodutores e fêmeas na raça baseado nos parâmetros genéticos estimados para as características em estudo. Foram utilizados dados pertencentes à Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) da raça Santa Inês. Os registros foram coletados entre 2003 e 2011 e continham informações de 4792 matrizes e 11575 nascimentos de 45 propriedades. Com o auxílio do software R foram realizadas as análises de consistência dos dados e foram testados os efeitos de ambiente para verificar seus efeitos nas características avaliadas com o objetivo de fornecer subsídio à formação dos grupos de contemporâneos. A idade da matriz ao parto foi considerada como covariável e ambos os efeitos (grupos contemporâneos e a covariável) foram considerados como efeitos fixos nos modelos de avaliação genética. Os efeitos aleatórios considerados foram: os efeitos genéticos aditivo direto (a), genético materno (m) e de ambiente permanente do animal (p). As estimativas de (co)variância para as características foram obtidas por máxima verossimilhança restrita e para a estimação foi usado o software WOMBAT e o algoritmo escolhido foi o PXEM para as análises multicaracterísticas que foram realizadas sob o modelo animal. As herdabilidades genéticas aditivas estimadas para as características reprodutivas e de habilidade materna foram de baixa magnitude IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), PTCN(0,10), com exceção de IPP (0,24) e PTCD (0,30), que apresentaram herdabilidade de magnitude ... / Abstract: The objectives of this study are to estimate genetic parameters for traits of maternal ability: weaning rate (REL), total weight of the offspring at birth and at weaning (PTCN and PTCD, respectively); and reproductive traits: calving interval (IEP), age at first calving (IPP), number of lambs per birth (NCP) for a population of Santa Inês sheep in Northeastern Brazil; and propose strategies for breed selection of sires and dams. The dataset of Santa Inês breed was obtained from Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO). Data were collected between 2003 and 2011 and contained information of 4792 dams and 11575 births of 45 properties. The software R was used for data consistency and for testing the effects of environment on the characteristics just described to establish criteria to form contemporary groups. The dam age at birth was included as covariate, and both effects (contemporary group and covariate) were considered as fixed effects in the models for genetic evaluation. Moreover, the model included random effects, such as: direct- genetic additive (a), direct-maternal genetic (m), and common environment (p). Estimates of (co) variance for the traits were obtained by restricted maximum likelihood by using WOMBAT software, and the chosen algorithm was the PXEM for multi-trait animal model. The estimated genetic-additive heritability presented low magnitude for characteristics, such as: IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), and PTCN(0,10), with the exception of IPP (0,24) and PTCD (0,30) that showed heritability of moderate magnitude. The heritability for the maternal effect was low for all characteristics evaluated: PTCN (0,08), PTCD(0,5), REL (0,05) e NCP (0,14). High favorable genetic correlations were observed for PTCD and PTCN (0,96), and PTCD and NCP (0,69), whereas high unfavorable genetic correlations were observed between NCP and IPP (0,96). After evaluating ... / Mestre

Orientador: Ricardo da Fonseca / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: José Fernando Garcia / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: João Cláudio do Carmo Panetto / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / Abstract: The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production / Doutor

Resumo: Os maracujazeiros pertencem à família Passifloraceae e ao gênero Passiflora, reunindo mais de 500 espécies distribuídas pelos trópicos, principalmente no Brasil, centro de origem de pelo menos um terço das espécies, o que determina uma grande variabilidade genética. Como maior produtor mundial da fruta, o Brasil tem cerca de 35 mil hectares de área colhida e produção superior a 317 mil toneladas por ano, no qual Bahia, São Paulo e Sergipe respondem por mais de 50% da produção no País. A avaliação da variabilidade presente é indispensável aos trabalhos de melhoramento genético, cuja caracterização molecular pode fornecer a base para estudos de diversidade, pautando-se na composição genética sem influência do ambiente. Marcadores moleculares fAFLP foram utilizados para estimar a diversidade genética entre 36 acessos de maracujá amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa Deg.) coletados em 18 estados do Brasil. Os resultados obtidos permitiram concluir que os marcadores fAFLP se mostraram consistentes na verificação da variabilidade genética, detectando e quantificando a ampla divergência genética entre os 36 acessos de Passiflora edulis f. flavicarpa Deg. analisados, bem como a não formação de estruturação geográfica. Tais resultados podem auxiliar na definição de estratégias mais eficientes a serem utilizadas em programas de melhoramento genético de maracujazeiro amarelo. / Abstract: Passion fruit trees belong to the Passionfloraceae family and to the Passiflora genus, gathering more than 500 species distributed over the tropics, mainly in Brazil, source of at least one third of the species, what determines a great genetic variability. As the world's biggest producing country, Brazil has around 35 thousand hectares of harvest area, and a production superior to 317 thousand tons per year from which Bahia, São Paulo and Sergipe are responsible for more than 50%. The assessment of the variability is essential to genetic breeding works, whose molecular characterization can provide us with the basis for studies on diversity, taking into account the genetic composition without environmental influence. fAFLP molecular markers were utilized to estimate genetic diversity among 36 yellow passion fruit accessions (Passiflora edulis f. flavicarpa Deg.) colleted in 18 Brazilian states. The obtained results led to the conclusion that the fAFLP markers were consistent regarding to the evaluation of genetic variability, detecting and quantifying the ample genetic divergence among the 36 analyzed accessions, as well as to the no geographic structural formation. Such results can be useful to the definition of more efficient strategies to be applied in genetic breeding programs of yellow passion fruit tree. / Orientador: Carlos Ruggiero / Coorientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Cristina Petrarrolha Silva / Mestre