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Estudo da variabilidade genetica do virus de poliedrose nuclear de Anticarsia gemmatalis

Garcia-Canedo, Alejandra Maria Gladys 20 July 2018 (has links)
Orientador: Octavio Henrique de Oliveira Pavan / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T21:51:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Garcia-Canedo_AlejandraMariaGladys_D.pdf: 6144185 bytes, checksum: 1828f8158312f3ff8bd975aac77f9653 (MD5) Previous issue date: 1995 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas
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Variação fenotípica de caracteristicas de plantas e de frutos de goiabeira serrana (Acca sellowiana Berg.)

Degenhardt, Juliana January 2001 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Curso de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais / Made available in DSpace on 2012-10-18T04:40:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Avaliação da variabilidade de caracteres de frutos e plantas de duas famílias de meios-irmãos de Acca sellowiana, em três anos. Verificou-se diferença estatísitica entre famílias para caracteres de plantas (produtividade, altura, número de ramos a 20 cm do solo e distância entre estigma e anteras na flor), mas não para diâmetro de copa. As correlações e regressões entre estes caracteres não foram significativas. Para caracteres de frutos (peso de fruto, peso de casca, rendimento de polpa, comprimento, diâmetro, relação comprimento/diâmetro e sólidos solúveis totais), houve grande variação entre anos. As correlações e regressões mais relevantes foram obtidas entre peso de fruto e peso de casca, peso de fruto e comprimento, peso de fruto e diâmetro, peso de casca e comprimento, peso de casca e diâmetro e comprimento e diâmetro. As correlações e regressões entre caracteres de frutos e plantas não foram significativas. A variação dentro de plantas foi avaliada com base em duas metodologias para caracteres de frutos, demonstrando diferença entre metodologias. O estudo de efeitos ambientais nos caracteres de frutos, baseado em três anos, revelou grande influência do efeito de anos. A partir do coeficiente de repetibilidade determinou-se a necessidade de avaliação em pelo menos 4 anos (R2=80%).
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Uso de grupos substitutos dentro da comunidade fitoplanctônica em planícies amazônicas

Friderichs, Bruno Araujo 27 April 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade UnB Planaltina, Programa de Pós-Graduação em Meio Ambiente e Desenvolvimento Rural, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-08-29T21:02:16Z No. of bitstreams: 1 2016_BrunoAraújoFriderichs.pdf: 2062784 bytes, checksum: ba72714589d61fef7be1d048e0180a2c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-09-05T17:43:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_BrunoAraújoFriderichs.pdf: 2062784 bytes, checksum: ba72714589d61fef7be1d048e0180a2c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T17:43:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_BrunoAraújoFriderichs.pdf: 2062784 bytes, checksum: ba72714589d61fef7be1d048e0180a2c (MD5) / As variações hídricas que ocorrem nas regiões de várzeas amazônicas promovem e direcionam respostas sazonais na comunidade fitoplanctônica. Se as respostas dos grupos fitoplanctônicos forem concordantes, no espaço e no tempo, então um desses grupos poderá ser utilizado como substituto do outro, podendo ser uma ferramenta útil para a simplificação do monitoramento ambiental. Nesse sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar se os padrões gerados por diferentes resoluções taxonômicas e/ou numéricas e por classificações ecológicas são concordantes com os padrões observados para os dados de densidade de espécies do fitoplâncton. Também foi avaliada a concordância existente entre os dados ambientais relacionados aos dados de espécie e das classificações ecológicas. Os testes de Mantel e Procrustes foram empregados para medir as relações de concordância da estrutura espacial entre as matrizes geradas com os dados de espécie, gênero, família, grupos funcionais, grupos morfofuncionais, presença/ausência, além de dados ambientais. Os resultados foram expressivos para a correlação entre as matrizes de espécie e gênero, bem como para as matrizes de espécie e família, nos dois períodos avaliados, para ambos os testes estatísticos. Igualmente, a concordância entre espécie e dados de presença e ausência foi forte, apresentando r acima de 0,9 para os dois testes, nas duas estações analisadas. Entre espécie e grupos funcionais, a congruência também foi forte, para Procrustes e Mantel, em ambas as estações. Além disso, todos esses valores foram significativos (P< 0,05). Assim, os resultados indicaram que os níveis taxonômicos de gênero e família, os dados de presença/ausência, bem como os grupos funcionais e morfofuncionais podem ser empregados como substitutos para a categoria de espécie, visando simplificar os programas de monitoramento, diminuindo os custos e tornando mais simples e rápidas as pesquisas para a conservação da biodiversidade. __________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The hydric variations occurring in regions of Amazonian floodplains promote and direct responses in seasonal phytoplankton community. If the responses of phytoplankton groups were concordant, in space and time, so one of these groups can be used as a substitute for other, may be a useful tool for the simplification of environmental monitoring. The aim of this study was to evaluate whether the patterns generated by different taxonomic and or numerical resolutions and ecological classifications are consistent with the patterns observed for the species density data of phytoplankton. It also evaluated the existing concordance among the environmental data related to the species data and ecological classifications. Tests of the Mantel and Procrustes were used to measure the relationship of concordance of the spatial structure of the matrices generated with the species data, gender, family, functional groups, morphofunctional groups, presence/absence, and environmental data. The results were significant for the correlation between the matrices of species and gender, as well as matrices of species and family, in both periods, for both statistical tests. Also, the concordance between species and data presence and absence was strong, presenting r above 0.9 for the two tests, in the two seasons analyzed. Between species and functional groups, congruence was also strong for Procrustes and Mantel, in both seasons. Moreover, all these values were significant (P < 0.05). Thus, the results indicated that the taxonomic levels of gender and family, the presence/absence data, as well as the functional and morphological and functional groups can be used as substitutes for the category of species to simplify the monitoring programs, reducing costs and making it quick and easy searches for biodiversity conservation.
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Ecologia de moscas ectoparasitas (Diptera, Streblidae e Nycteribiidae) de morcegos (Mammalia, Chiroptera) em áreas de Cerrado do Brasil Central

Ramalho, Daniel de Figueiredo 23 February 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2015. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2015-04-29T13:30:18Z No. of bitstreams: 1 2015_DanielFigueiredoRamalho.pdf: 1074904 bytes, checksum: 65b739381d3af0d1849c8dfe042393f1 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-04-30T13:29:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_DanielFigueiredoRamalho.pdf: 1074904 bytes, checksum: 65b739381d3af0d1849c8dfe042393f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-30T13:29:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_DanielFigueiredoRamalho.pdf: 1074904 bytes, checksum: 65b739381d3af0d1849c8dfe042393f1 (MD5) / O conhecimento sobre Streblidae e Nycteribiidae e suas relações com os hospedeiros, bem como de que forma se estruturam as infracomunidades, é importante por estar relacionado à ecologia dos morcegos. Apesar do aumento recente de estudos, poucos procuram entender que fatores influenciam nos padrões de parasitismo em diferentes locais ou em uma mesma espécie. O presente estudo descreve a comunidade de moscas ectoparasitas, seus hospedeiros e as taxas de parasitismo, bem como a estruturação das infracomunidades em áreas de Cerrado no Distrito Federal, Brasil. Além disso, verifiquei as relações entre as taxas parasitárias e a alteração do habitat, e a variação intraespecífica nessas taxas, avaliando de que forma o sexo e a idade influenciam no parasitismo. As coletas de ectoparasitas foram realizadas em três áreas protegidas de Brasília em 96 sessões de capturas de morcegos. Para avaliar a formação de infracomunidades, foi realizado um teste de qui-quadrado entre infracomunidades com espécies do mesmo gênero ou de gêneros diferentes. Para avaliar a relação com a degradação, com o sexo e com a idade, as análises foram feitas por meio de testes de Qui-quadrado para a prevalência, e por GLM para a intensidade de infestação para seis associações parasito-hospedeiro, sendo cada um dos fatores de influência as variáveis dependentes em cada teste. Foram coletados 2.242 morcegos pertencentes a 36 espécies, dos quais 774 indivíduos de 24 espécies estavam infestados. Identifiquei 30 espécies de Streblidae e oito de Nycteribiidae, sendo essa riqueza bastante elevada em relação a outros estudos similares, porém realizados em outras localidades. Possivelmente essa diferença seja por influência do número de hospedeiros registrados e pelos fatores como clima e vegetação. Em Streblidae, as infracomunidades compostas por espécies de gêneros diferentes foram encontradas com maior frequência do que o esperado ao acaso, sugerindo que essas associações são resultantes de similaridade limitante. Em relação ao tipo de habitat, observei que as taxas de infestação e de prevalência são menores em áreas alteradas, provavelmente por causa do efeito de diluição, uma vez que esses locais apresentaram maiores abundâncias de morcegos. Além do tipo de habitat, o sexo também se mostrou um importante fator de influência, uma vez que as fêmeas foram mais parasitadas que os machos, provavelmente pela redução da atividade de autolimpeza e pela formação de colônias-berçário durante a reprodução, que facilita a propagação de ectoparasitas. Aparentemente, a idade não é um fator importante para a variação intraespecífica no parasitismo. No entanto, coletas em abrigos podem melhor elucidar a relação entre idade e as taxas parasitárias, uma vez que os jovens permanecem mais tempo no abrigo. No presente estudo, é feito o primeiro registro no Brasil da espécie Trichobius johnsonae, e de 11 novas espécies para o Distrito Federal, aumentando a riqueza do estado para 56 espécies, demonstrando a necessidade de mais estudos em território nacional, onde há regiões com pouco ou nenhum estudo. / Understanding the relationship of Streblidae and Nycteribiidae with their hosts, as well as how infracommunities are structured, is important because it is related to the ecology of bats. Despite the increasing number of new studies, few seek to understand which factors influence parasitism patterns in different kind of habitat or within a species. This study aims to describe bat flies community, their hosts and parasitism rates, as well as verify how infracommunities are structured in Cerrado areas in Distrito Federal, Brazil. In addition, I assess the relation between parasitic rates and habitat degradation, and the intraspecific variation in parasitism, describing the influence of age and sex. I collected bat flies in three protected areas of Brasilia. To assess infracommunities structure, I performed chi-square test between infracommunities with closely related X unrelated species. To evaluate the relation between degradation, sex, and age, and the prevalence I performed a chi-square test. To assess the relation between same factors and intensity of infestation, I conducted a GLM to six host-parasite associations. I collected 2,242 bats belonging to 36 species, of which 774 individuals of 24 species were infested with 30 species of Streblidae and eight Nycteribiidae. The richness registered herein is high compared to other similar studies, conducted in other regions, probably due to the number of hosts registered, and to extrinsic factors, such as climate and vegetation structure. In Streblidae, infracommunities with species of different genera were found more frequently than expected by chance, suggesting that these associations are the result of limiting similarity. In regard to habitat type, I found that the infestation and prevalence rates are lower in disturbed areas, probably due to the ‘dilution effect’, since these areas had greater bat abundance and richness. Besides habitat type, gender was also a major factor influencing parasitism, since females were more parasitized than males, probably due to the reduction of autogrooming activity, and due to the formation nursery colonies during reproduction, which favours ectoparasite transmission. Apparently, age has no influence in parasitism. However, since youngers stay longer inside the roosts, capture of individuals within these places can help to understand the relation between age and parasitism. In this study, I report the first record of Trichobius johnsonae in Brazil, and 11 new species in Distrito Federal, which reinforce the need for further studies in the country, as there are regions with little or no study.
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Variabilidade genética do cowpea severe mosaic virus (cpsmv) e cowpea aphid-borne mosaic virus (cabmv) no Brasil

Abreu, Emanuel Felipe Medeiros 10 February 2012 (has links)
Tese (Doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-09-06T13:53:56Z No. of bitstreams: 1 2012_EmanuelFelipeMedeirosAbreu.pdf: 2453482 bytes, checksum: 74193cbd52cf84b634766a3d957e9018 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-09-06T13:54:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_EmanuelFelipeMedeirosAbreu.pdf: 2453482 bytes, checksum: 74193cbd52cf84b634766a3d957e9018 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-06T13:54:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_EmanuelFelipeMedeirosAbreu.pdf: 2453482 bytes, checksum: 74193cbd52cf84b634766a3d957e9018 (MD5) / O feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.) é uma importante leguminosa para o Nordeste brasileiro e tem sido tradicionalmente cultivada por pequenos agricultores. Doenças virais são consideradas um dos principais fatores limitantes da produtividade do caupi nesta região. A doença do mosaico severo do caupi é causada pelo Cowpea severe mosaic virus (CPSMV), subfamília Comovirinae, gênero Comovirus, juntamente com o Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), família Potyviridae, gênero Potyvirus, são consideradas as viroses mais prevalentes da cultura e responsáveis por grandes perdas na produção. O objetivo do presente trabalho foi estudar a variabilidade genética do CPSMV e CABMV obtidos em diferentes municípios do Nordeste brasileiro. Essa informação é crucial para o desenvolvimento de plantas resistentes a essas viroses tanto por métodos convencionais quanto moleculares de melhoramento. Isso é ainda mais crítico para o desenvolvimento de estratégias baseadas em RNA inteferente (RNAi). Plantas com sintomas de infecção pelo CPSMV e CABMV nos estados do Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco, Distrito Federal, Sergipe e Bahia foram coletadas, e os isolados foram identificados por Dot-blot e RT- PCR. Foram amplificados fragmentos de 2200 pb, (correspondendo a região da Helicase (Hel), Proteína ligada ao genoma viral (VPg), Picornain 3C- protease (Pro) e RNA polimerase) e 997 pb (correspondendo a região da proteína Inclusão Cilíndrica (CI) e da proteína 6K2) dos vírus CPSMV e CABMV por RT-PCR, respectivamente. Alguns fragmentos foram clonados e outros sequenciados diretamente do produto de PCR em ambas as orientações. As sequências obtidas a partir de diferentes isolados foram comparadas com sequências disponíveis no GenBank. Os alinhamentos das sequências foram obtidos usando o programa Clustal W, e uma árvore filogenética foi criado usando o software MEGA 5.1. A análise revelou baixa variabilidade entre isolados de CPSMV, variando entre 98 e 100% para sequências de nucleótidos e 96-100% para a sequência de aminoácidos deduzida. Entre os CABMV isolado, a variabilidade foi maior, variando 84-99% entre as sequências de nucleótidos 91 a 99% das sequências de aminoácidos. Este estudo fornece informações que serão a base para o desenvolvimento de estratégias para a produção de linhagens de caupi resistentes a estes vírus por RNA interferente. Os dados indicam a possibilidade de obtenção de resistência durável e aplicável ao caupi nas principais áreas produtoras no Brasil. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cowpea (Vigna unguiculata) is an important plant crop in Northeast Brazil being traditionally cultivated by small farmers. Virus diseases are considered to be the main factor limiting cowpea yield in the region. The severe mosaic disease caused by the Cowpea severe mosaic virus (CPSMV), subfamily Comovirinae, genus Comovirus, seems to be one of the most prevalent diseases leading to high yield losses in this crop. The Cowpea aphid borne mosaic virus (CABMV) belongs to the genus Potyvirus in the Potyviridae family, and infects cowpea worldwide. In the northeastern region of Brazil, both viruses can be found in cowpea planted areas. The aim of the present study was to access the degree of homology among regions amplified of different isolates of CPSMV and CABMV, respectively; obtained in different northeastern regions in Brazil, and to compare it to isolates throughout the world. Plants with CPSMV and CABMV symptoms from the states of Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Paraiba, Pernambuco, Alagoas, Sergipe, Bahia and Distrito Federal were collected, and the isolates were identified by RT-PCR analysis. Total RNA was extracted from infected tissue and afterwards used for synthesis of cDNA fragments by RT-PCR. The synthetized primers were able to amplify fragments of 2200 and 997 bp of the CPSMV and CABMV virus, respectively. Amplification products were directly cloned into the pGEMT-Easy plasmid vector (Promega), according to the manufacturer’s instructions. Cloned fragments were sequenced in both orientations. Deduced amino acid sequences of the virus were compared to sequences available from GenBank. Multiple sequence alignments were obtained with Clustal W. Phylogenetic trees using the MEGA version 5.1 software package and the neighbour-joining method with Poisson correction. Tree branches were bootstrapped with 1000 permutations. CPSMV and CABMV diseases remain as limiting factors in this crop in Brazil, and breeding programs, either by conventional or engineered approaches, should be targeted at establishing resistance of cowpeas to CPSMV and CABMV.
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Variabilidade genética de NEF em amostras de HIV-1 circulantes

Ramalho, Eduardo Dias January 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2006. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-11-17T10:32:41Z No. of bitstreams: 1 2006_Eduardo Dias Ramalho.pdf: 1349263 bytes, checksum: 9579c4c27f89a6b47b894a7d5ce79b18 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-11-26T16:08:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Eduardo Dias Ramalho.pdf: 1349263 bytes, checksum: 9579c4c27f89a6b47b894a7d5ce79b18 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-11-26T16:08:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Eduardo Dias Ramalho.pdf: 1349263 bytes, checksum: 9579c4c27f89a6b47b894a7d5ce79b18 (MD5) Previous issue date: 2006 / Em 2005, cerca de 40 milhões de pessoas viviam com HIV/AIDS no mundo. Desse total, aproximadamente 600 mil residiam no Brasil. Em vista do elevado percentual de infecções pelo HIV-1, o desenvolvimento de vacinas contra esse vírus é uma das prioridades no que se refere à saúde pública mundial. Entretanto, apesar dos estudos sobre esse vírus, pouco se conhece sobre a importância da sua diversidade genética para a eficácia de potenciais vacinas. Assim, conhecer a variabilidade do HIV-1 em diferentes partes do mundo, bem como o seu perfil antigênico, pode ser de fundamental importância para a aplicação dessas. Uma das proteínas mais imunogênicas do HIV-1 é Nef, que desempenha diversas funções importantes durante a infecção viral in vivo, como, por exemplo, aumentar a infectividade e a replicação viral e modular negativamente proteínas presentes na superfície celular. Por essas características, Nef pode ter papel importante na imunização contra o vírus. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar amostras de uma série histórica de isolados do HIV-1 circulantes no Distrito Federal e no estado de Rondônia e, desse modo, contribuir para a caracterização desses vírus, pela descrição da variabilidade do gene nef. Além disso, foram avaliados motivos e resíduos importantes para as atividades biológicas de Nef. Para isso, 33 amostras, 17 do Distrito Federal e 16 de Rondônia, foram amplificadas por nested-PCR para o gene nef e seqüenciadas. Todas foram caracterizadas como pertencentes ao subtipo B. Pela dedução da seqüência de aminoácido foi possível observar que duas amostras apresentaram códons de parada prematuros, devido a mutações que levaram a mundança na fase de leitura do gene. Os motivos e resíduos associados às atividades biológicas de Nef também foram analisados. Os sítios de miristoilação, fosforilação por PKA e reconhecimento de Nef pela protease viral encontraram-se conservados em 100%, 66,6% e 69,7% das amostras, respectivamente. Em relação à modulação de CD4 por Nef, 36,4% das amostras apresentaram todos os motivos e resíduos conservados. Os motivos e resíduos associados à modulação negativa de MHC de classe I estiveram conservados em 57,6% das amostras analisadas, enquanto 54,5% dos isolados apresentaram os motivos envolvidos na modulação de MHC de classe II. Quanto à modulação de CD1d, 45,4% das amostras apresentaram a totalidade de motivos e resíduos associados a essa atividade conservados, enquanto aqueles associados à modulação de CD28 estiveram conservados em 81,8%. Enquanto 93,9% das amostras apresentaram o motivo e o resíduo associados à sinalização para apoptose celular conservados. Em relação às alterações em vias de sinalização celular, 63,6% das amostras apresentaram os motivos e resíduos responsáveis pela interação de Nef com domínios SH3 conservados, enquanto 84,8% mostraram-se conservadas para aqueles necessários para a interação de Nef com proteínas Pak. Quanto aos epitopos de Nef reconhecidos por linfócitos T CD4, 18 dos 29 já descritos na literatura foram observados, sendo que o mais freqüente foi encontrado em 75,8% das amostras. Em relação aos epitopos de Nef reconhecidos por linfócitos T citotóxicos considerados ótimos, o mais freqüente foi observado em 84,8% das amostras. Pelo fato de Nef ser uma das regiões imunodominantes do HIV-1, bem como ser uma proteína da fase precoce da infecção, vacinas que utilizem suas porções antigênicas encontram-se em desenvolvimento. Dessa forma, a caracterização da variabilidade do gene nef pode ser de grande importância para o desenvolvimento de estratégias de utilização de potenciais vacinas anti-HIV-1 futuramente no Distrito Federal e em Rondônia. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Nearly forty million people around the world were living with HIV/AIDS in 2005, about six hundred thousand in Brazil. Thus, the development of vaccines against this virus is a world public health priority. However, despite several studies concerning this virus, little is known about the relevance of its genetic variability to the efficacy of potential vaccines. Consequently, knowing the HIV-1 variability in different parts of the world, and also its antigenic profile, may be of high importance for the applicability of those vaccines. Nef is one of the most immunogenic proteins of HIV-1, it performs many important functions during the viral infection in vivo, such as increase the viral infectivity and replication, and downmodulate proteins of the cell surface. For these characteristics, Nef may have an important role in the immunization against the virus. The present study had as main objective the analysis of samples from a historical series of isolates of HIV-1 circulating in Federal District and Rondônia, and the contribution to the characterization of this virus, by the description of the variability of the nef gene. Additionally, the conservation of important motifs and residues related to the biological activities of Nef were also analyzed. With this purpose, thirty-three samples, seventeen from Federal District and sixteen from Rondônia, were amplified by nested-PCR for the nef gene and sequenced. All of them clustered with subtype B references isolates in the philogenetic analysis. The motifs and residues associated to Nef biological activities were also analyzed. The miristoilation, fosforilation by PKA and recognition of Nef by the viral protease sites were conserved in 100%, 66,6% and 69,7% of the samples, respectively. Considering the CD4 modulation by Nef, 36,4% of the samples presented all the motifs and residues conserved. 57,6% and 54,5% of the samples had all motifs and residues associated to the down-modulation of MHC class I and to the modulation of MHC class II conserved, respectively. Considering the downmodulation of CD1d, 45,4% of the samples had all the motifs and residues associated to this activity, while 81,8% had those associated to the modulation of CD28. 93,9% of the samples had the motif and the residue associated to the signalization of cell apoptosis conserved. Considering Nef effects on cell signalization pathways, 63,6% of the samples presented the motifs and residues responsible for the interaction of Nef with SH3 domains, while 84,8% had those necessary to the interaction of Nef with Pak proteins. Considering the Nef epitopes recognized by T CD4 lymphocytes eighteen of the twenty-nine previously described were observed, the most frequent one occurred in 75,8% of the samples. Considering the Nef epitopes recognized by T cytotoxic lymphocytes, the most frequent one was observed in 84,8% of the samples. Because Nef is one of the most immunodominant regions of HIV-1 virus, as well one early phase protein, vaccines that use its antigenic regions are in development. In this way, the characterization of the variability of the nef gene may be of high importance to the development of utilization strategies for the potential anti-HIV-1 vaccines in Federal District and Rondônia in the future.
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Estudos taxonômicos de ácaros Tetranychidae no Brasil e filogenia e estrutura genética do ácaro rajado, Tetranychus urticae Koch, inferidas a partir de sequências do DNA ribossômico e mitocondrial / Taxonomic studies of Tetranychidae mites in Brazil and phylogeny and genetic structure of the two-spotted spider mite, Tetranychus urticae Koch, inferred from ribosomal and mitochondrial DNA sequences

Mendonça, Renata Santos de 06 1900 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-04-09T13:17:23Z No. of bitstreams: 1 2009_RenataSantosdeMendonça.pdf: 18900141 bytes, checksum: 92d4b81f80b04f1237eca527579e596b (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T18:00:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_RenataSantosdeMendonça.pdf: 18900141 bytes, checksum: 92d4b81f80b04f1237eca527579e596b (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T18:00:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_RenataSantosdeMendonça.pdf: 18900141 bytes, checksum: 92d4b81f80b04f1237eca527579e596b (MD5) Previous issue date: 2009-06 / A família Tetranychidae compreende um grande número de espécies estritamente fitófagas e inclui pragas importantes para a agricultura nacional e mundial. O ácaro rajado, Tetranychus urticae Koch (Prostigmata: Tetranychidae), é uma espécie de distribuição cosmopolita, polífaga e que se destaca pelos elevados prejuízos ocasionados às lavouras. No Brasil, T. urticae está entre os três principais ácaros pragas. Muitos aspectos sobre sistemática, biologia, hábitos alimentares e controle têm sido investigados para a espécie. Apesar dos incontestáveis avanços procedentes de estudos com ácaros tetraniquídeos no Brasil, é importante expandir as pesquisas para novas regiões do país em plantas hospedeiras ainda não avaliadas. A exploração de novas áreas de conhecimento como os estudos moleculares que permitem o acesso a informações de variabilidade genética, filogenia e estrutura de populações também pode contribuir para o conhecimento dessa importante família de ácaros no país. No presente estudo, realizou-se um levantamento de Tetranychidae em 15 Estados e no Distrito Federal e foram coletadas 550 amostras de 120 espécies vegetais. Infestações por ácaros tetraniquídeos foram confirmadas em 207 destas amostras e 20 espécies da subfamília Tetranychinae foram identificadas em 58 hospedeiros diferentes. Foram registrados novos hospedeiros para tetraniquídeos no Brasil, na América do Sul e no mundo, para 11 espécies: Eutetranychus banksi (McGregor); Mononychellus tanajoa (Bondar); Oligonychus anonae Paschoal; O. mangiferus (Rahman & Sapra); Tetranychus bastosi Tuttle, Baker & Sales; T. evansi Baker & Pritchard; T. ludeni Zacher; T. mexicanus (McGregor); T. neocaledonicus André; e T. urticae Koch. Novas ocorrências foram registradas em localidades no Brasil para Eotetranychus tremae De Leon; O. anonae; Panonychus ulmi (Koch); e T. gloveri Baker & Pritchard. Eotetranychus smithi Pritchard & Baker foi relatado pela primeira vez no Brasil. Quatro novas espécies foram descritas: duas do gênero Oligonychus Berlese, em uva (Vitis vinifera L.) e rosa (Rosa sp.) em Minas Gerais; e duas dos gêneros Monoceronychus McGregor e Schizotetranychus Tragardh, ambas em capim coqueirinho (Eustachys distichophylla Lag. Nees) no Rio Grande do Sul. Visando a obtenção de informações sobre a variabilidade genética, filogenia e estrutura de populações de T. urticae no Brasil e no mundo foram realizadas análises filogenéticas e de variância molecular (AMOVA) baseadas em sequências do DNA ribossômico (ITS) e mitocondrial (COI) de 22 populações coletadas no Brasil e 33 na Região Paleártica (França, Espanha Peninsular, Ilhas Canárias, Grécia, Síria, Tunísia, Polônia e Noruega). Primeiramente, as sequências de T. urticae obtidas foram analisadas conjuntamente com aquelas de espécies próximas pertencentes ao grupo telarius disponíveis no GenBank, incluindo o seu possível sinônimo, T. cinnabarinus Boisduval. Nessa investigação foram detectadas incoerências que levaram ao questionamento da confiabilidade de dados moleculares disponibilizados no GenBank. Entre as sequências incluídas nas analises moleculares, cerca de 30% de erro aparente de identificação taxonômica foi detectado, especialmente para T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai Kishida e T. truncatus Ehara. As possíveis causas foram discutidas e sugestões apontadas para aumentar a confiabilidade das informações nos bancos públicos de dados moleculares e no delineamento de novos estudos. Em seguida, considerando um conjunto de dados constituído unicamente por sequências de T. urticae, foram conduzidas as analises moleculares que indicaram a ocorrência de estruturação genética nas populações de T. urticae em função da localidade geográfica de ocorrência das mesmas. Entretanto, o efeito da planta hospedeira não foi observado. A diversidade haplotípica, inferida pelas duas regiões do genoma (ITS e COI) analisadas foi maior entre os países banhados pelo mar Mediterrâneo. Não se observou variabilidade genética entre as populações de T. urticae coletadas nas cinco Regiões do Brasil quando se avaliou a região ITS. A presença de dois haplótipos mitocondriais (COI) foi constatada no Brasil, um compartilhado com a França, Espanha e Ilhas Canárias e outro com o Japão. Foi discutida a necessidade de novas pesquisas incluindo coletas e analises de material proveniente de regiões geográficas do mundo ainda não amostradas e de um maior número de populações em alguns países já investigados. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Tetranychidae family contains a large number of strictly phytophagous mites and includes important pests to the national and global agriculture. The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae Koch (Prostigmata: Tetranychidae), is a cosmopolitan and polyphagous species, and is remarkable for the high losses caused to the crops. In Brazil T. urticae is one of the three main pest mites. Many aspects about systematic, biology, feeding habits, and control have been studied to this species. Although the unquestionable progress on the studies on tetranychid mites in Brazil, is important expand the research to new regions in the country in plant hosts not yet evaluated. Exploiting new areas of knowledge as molecular aspects allow to access information on genetic variability, phylogeny and genetic structure of populations may also contribute to the knowledge of this important family of phytophagous mites in the country. In this study it was conducted a survey of Tetranychidae mites on 15 States and the Federal District and 550 samples of 120 plant species were collected. Tetranychid mite infestations were confirmed on 58 plant species. New hosts to tetranychid in Brazil, South America or worldwide were reported to 11 mite species: Eutetranychus banksi (McGregor); Mononychellus tanajoa (Bondar); Oligonychus anonae Paschoal; O. mangiferus (Rahman & Sapra); Tetranychus bastosi Tuttle, Baker & Sales; T. evansi Baker & Pritchard; T. ludeni Zacher; T. mexicanus (McGregor); T. neocaledonicus André; and T. urticae Koch. New localities in Brazil were recorded to Eotetranychus tremae De Leon; O. anonae; Panonychus ulmi (Koch); and T. gloveri Baker & Pritchard. Eotetranychus smithi Pritchard & Baker was reported for the first time in Brazil. Four new species were identified as new for science: two belonging to Oligonychus Berlese genus, on grape (Vitis vinifera L.) and rose (Rosa sp.) from Minas Gerais; and two belonging to Monoceronychus McGregor and Schizotetranychus Tragardh genera, both from weeping fingergrass (Eustachys distichophylla Lag. Nees) from Rio Grande do Sul. Aiming to obtain information on genetic variability, phylogeny and structure of populations of T. urticae in Brazil and worldwide phylogenetic and molecular variance analysis (AMOVA) were conducted from DNA ribosomal (ITS) and mitochondrial sequences (COI). Samples of T. urticae from Brazil (22) and the Paleartic region (33) (France, Peninsular Spain, Canary Islands, Greece, Syria, Tunisia, Poland and Norwegian) were studied. Firstly T. urticae sequences obtained during this study were jointly analyzed with sequences of close species belonging to telarius group available in GenBank, including those of T. cinnabarinus Boisduval, a supposed synonym. Inconsistencies were detected during this investigation whose lead to make questions on the reliability of molecular data available in GenBank. About 30% of probable mistakes on the taxonomic identification were detected on sequences included in the analysis, especially to T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai Kishida and T. truncatus Ehara. Probable causes to these mistakes were discussed and suggestions to increase the reliability of information from public molecular databases were pointed. Then, considering a dataset established with only T. urticae sequences, the molecular analysis were performed and the results indicated the occurrence of genetic structure of the T. urticae analyzed populations according to its geographic collection locality. However, the effect of the host plant was not observed. The haplotypic diversity inferred since genomic regions (ITS and COI) was higher among the Mediterranean countries. Genetic variability was not observed among populations from different regions in Brazil from where the ITS region was assessed. Two COI haplotypes were found in the Brazilian populations, one of them also present in France, Spain and the Canary Islands and the other in Japan. Further studies are needed to fully validate the obtained results with biological material from unexplored geographical regions and increasing the number of populations collected for studied countries.
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Caracterização e diversidade genética de acessos de maracujás do cerrado com base no perfil de carotenóides / Characterization and genetic diversiy of cerrado passion fruit accessions based on carotenoids profile

Wondracek, Daniele Cristina 28 September 2009 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2009. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-07T01:36:22Z No. of bitstreams: 1 2009_DanieleCristinaWondracek.pdf: 902770 bytes, checksum: 87070aa741b642a37265f82edf2b3ee2 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-07T01:40:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_DanieleCristinaWondracek.pdf: 902770 bytes, checksum: 87070aa741b642a37265f82edf2b3ee2 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-07T01:40:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_DanieleCristinaWondracek.pdf: 902770 bytes, checksum: 87070aa741b642a37265f82edf2b3ee2 (MD5) / A composição de carotenóides em frutas é complexa e variável. Por isso, métodos de extração e processos analíticos diferenciados precisam ser aplicados para uma determinação correta dos carotenóides. As frutas e os vegetais são suas fontes principais na dieta humana. Os carotenóides são responsáveis pela coloração da polpa do maracujá e de muitos frutos, flores e folhas. No Cerrado são encontradas mais de 40 espécies de Passiflora. Porém, o potencial de muitas dessas espécies é desconhecido do ponto de vista científico. Os objetivos deste estudo foram avaliar a influência da saponificação na determinação de carotenóides de cinco acessos de três espécies de maracujás do Cerrado (um acesso de P. cincinnata, um acesso de P. setacea e três acessos de P. edulis); a composição qualitativa e quantitativa de carotenóides da polpa de oito acessos de quatro espécies de maracujás do Cerrado (dois acessos de P. cincinnata, um acesso de P. nitida, um acesso de P. setacea e quatro acessos de P. edulis) e a diversidade genética entre esses maracujás do Cerrado com base no perfil de carotenóides presentes na polpa de seus frutos utilizando, como referência, o maracujáazedo comercial (P. edulis). Os carotenóides foram extraídos em acetona, metade deles foram saponificados e separados por HPLC e identificados segundo Rodriguez-Amaya (2001). Com base nas áreas dos picos dos carotenóides e na presença e ausência de carotenóides foram calculadas matrizes de distâncias euclidianas médias padronizadas entre os maracujazeiros e realizadas análises de agrupamento e de dispersão gráfica. Foram encontradas diferenças significativas entre as médias das concentrações de carotenóides em amostras saponificadas e não saponificadas. As polpas dos frutos dos maracujazeiros analisados apresentaram neoxantina, violaxantina, cis-violaxantina, anteraxantina, luteína, zeaxantina, -criptoxantina, poli-cis- -caroteno, prolicopeno, cis- -caroteno, -caroteno, -caroteno, 13-cis- -caroteno e fitoflueno. A caracterização dos maracujazeiros revelou diferenças qualitativas e quantitativas no perfil de carotenóides. Foram verificadas e quantificadas distâncias genéticas significativas entre os maracujazeiros com base nas áreas dos picos dos carotenóides e na presença e ausência de carotenóides. As diferenças encontradas nos maracujazeiros analisados tanto com relação à metodologia, à análise qualitativa e quantitativa de carotenóides e a diversidade genética reforçam a necessidade de caracterização, conservação e a utilização dessa valiosa fonte de recursos genéticos de maracujá existente no Cerrado. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The composition of carotenoids in fruits is complex and variable. Therefore, extraction methods and different analytical procedures must be applied to a correct determination of carotenoids. Fruits and vegetables are their main sources in human diet. Carotenoids are responsible by pulp color of passion fruit and many fruits, flowers and leaves. In Cerrado are found more of 40 Passiflora species. However, the potential of some of these species is unknown of scientific point of view. The objectives of the study was to evaluate the saponification influence in carotenoids determination of five accessions of three species of Cerrado passion fruit (one P. cincinnata accession, one P. setacea accession and three P. edulis accessions); qualitative and quantitative carotenoids pulp composition of eight accessions of four species of Cerrado passion fruit (two P. cincinnata accessions, one P. nitida accession, one P. setacea accession and four P. edulis accessions) and genetic diversity among these Cerrado passion fruit based on carotenoids profile in pulp fruit using commercial passion fruit (P. edulis) as reference. Carotenoids were extracted in acetone, half of them were saponified and separated by HPLC and identified according Rodriguez-Amaya (2001). Based on carotenoids peaks area and carotenoids presence and absence data were calculated standardized means euclidian distances matrices among passion fruit and to perform cluster and graphical dispersion analysis. Significant differences were found between the means carotenoids concentrations in saponified and not saponified samples. Pulp fruits of analyzed passion fruit showed neoxanthin, violaxanthin, cis-violaxanthin, antheraxanthin, lutein, zeaxanthin, -cryptoxanthin, prolycopene, poli-cis- -carotene, cis- -carotene, trans- -carotene, trans- -carotene, 13-cis- -carotene and phytofluene. The characterization of passion fruit revealed qualitative and quantitative differences in carotenoids profile. Were quantified and verified significant genetic distances among passion fruit based on carotenoids peaks area and carotenoids presence and absence. The differences found in analyzed passion fruit both with respect to methodology, qualitative and quantitative analysis of carotenoids and genetic diversity reinforce use, conservation and characterization necessity this valuable source of genetic resources of Cerrado passion fruit.
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Alterações em genes de zeina induzidas por variação somaclonal

Gaspar, Marilia 19 September 1996 (has links)
Orientador: Laura Maria Mariscal Ottoboni / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T16:52:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gaspar_Marilia_M.pdf: 4489613 bytes, checksum: 2471d1f7e48cb634c492d35d12fb4fb9 (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: A linhagem de milho da raça Cateto, Cat100-6, foi utilizaçfa em cultura in vitro para a obtenção de plantas regeneradas a partir de callí tipo I. Um dos variantes somaclonais obtidos, S1587, foi autofecundado dando origem a difarentes progênies. Com base em características morfológicas da planta e das sementes, uma das progênies, S1587_17, foi selecionada para estudo de alterações nas proteínas de reserva, zeínas. Análise em IEF das zeínas revelou a presença de cinco bandas polimórhcas entre a linhagem Cat100-6 e o somaclone S1587-17. A análise posterior destas bandas em gel de 2-D mostrou que os genes de zeína alterados no somaclone pertencem à classe das zeínas de 19 e 22 kDa. A análise em IEF de extratos de zeína da população F2 {F1 (Cat100-6 x S1587 -17)@] agrupou os polipeptídeos alterados em dois clusters. A população F2 foi hibridizada com sondas de RFlP dos cromossomos 4 e 7 do milho - onde se localizam os principais clusters de zeína de 19 e 22 kDa - permitindo o mapeamento de 6 genes de zeína alterados, no braço curto do cromos somo 4. Outras oito progênies com alterações em sementes, denominadas 51, 52, 53, 54, 85, 56, 57 e 58, foram selecionadas com base na análise fenotípica das espigas. O perfil eletroforético das zeínas das diferentes progênies em 5DSPAGE mostrou um aumento significativo das zeínas de 14, 22 e 27 kDa, em duas das progênies analisadas, S1 e S7, quando comparadas com a linhagem original. A hibridização do DNA dos diversos somaclones com as sondas de zeína de 14 e 22 kDa revelou um perfil de restrição característico para as progênies S 1 e 57, diferenciando-as dos demais somaclones. Posterior análise da farinha do endosperma e do extrato de zeína, dos somaclones 81 e 57, revelou um aumento no conteúdo de vários aminoácidos, entre eles metionina, essencial nas dietas humana e animal. Experimentos de Northern blot mostraram um aumento significativo nos transcritos correspondentes ao gene de zeína de 14 kDa nas progênies 51 e 57, quando comparadas com a linhagem Cat100-6. Estes resultados permitem concluir que o aumento na proteína de 14 kDs, rica em metionina, nos somaclones 81 e 87, se deve a um aumento no nível de transcritos do gene de zeína de 14 kDa, podendo levar, a longo prazo, à descoberta de novos mecanismos reguladores da expressão deste gene / Abstract: Somaclonal variation was observed in plants regenerated from type I calli established from a maize inbred line Cat100-6. One of the variants, S1587. was self-polinated, giving rise to different progenies. Considering the plant and seeds morphological alterations, one of the progenies, 81587-17. was selected for further studies of seed storage proteins, zeins. IEF analysis of Cat100-6 and S1587-17 showed five polimorfic bands. Two-dimensional analysis of these bands indicated alterations in the zein classes of 19 and 22 kDa. Linkage analysis of altered zein polypeptides was performed by IEF of zein proteins extracted from F2 seeds [F1 (Cat100-6 x S1587-17)_]. Three altered polypeptides were grouped in one cluster, and two other polypeptides in a second cluster. After that, the altered genes were mapped by hibridizing the F2 population DNA with cromosome 4 and 7 RFLP probes. 8ix altered genes were mapped in the short arm of chromosome 4. Eight other somaclones, S1, S2. S3, S4, S5, S6, S7 and S8, were selected based on seeds morphological alterations. The zeins electrophoretic prOfile in 8D8-PAGE showed an enhancement of the 14, 16,22 and 27 kDa zeins in two of the progenies analized, S1 and S7. when compared with the original line, Cat1006. Soufhern b/of analysis using 14 and 22 kDa cDNA as probes differentiated two progenies, S 1 and S7, from the others somaclones. Amino acid analysis of Cat100-6, S1587-17, 81 and S7 reveald increased content of methionine, essential at human and animal nutrition, in the last two som aciones. Northern b/of experiments wer8 carried out with the same probes. Based on the levels of hybridization, it appears that the 14 kDa transcript levei in the S1 and S7 progenies is 2-fold higher than in Cat100-6 and S1587-17.These results indicate that the enhancement in methionine-rich 14 kDa zein is due to an enhancement in the mRNA levei of 14 kDa gene, in the somaclones S1 and S7. Understanding the regulation of this gene may result in novel approaches to increase nutritional value of maize seed. / Mestrado / Genetica de Plantas / Mestre em Ciências Biológicas
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Variabilidade genetica em Proteopsis Mart. & Zucc. e Minasia H.Rob. (Asteraceae : Vernonieae), generos endemicos de campos rupestres

Jesus, Flavia Fuchs de 28 July 2018 (has links)
Orientadores : Vera Nisaka Solferini, João Semir / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-28T02:33:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jesus_FlaviaFuchsde_M.pdf: 2401675 bytes, checksum: ed542ab450a33a320e3068a87005a896 (MD5) Previous issue date: 2001 / Mestrado

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