Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Rapidly growing mycobacteria (RGM) are opportunistic human pathogens that are present in our environment. When in biofilms form, mycobacteria are highly resistant to antibacterial treatments. The comprehension of factors that cause mycobacteriosis treatments to fail, e.g., biofilm formation, contributes to the elucidation of the pathogenic potential and the drug resistance shown by these microorganisms. The tested antimicrobials were amikacin, ciprofloxacin, clarithromycin, doxycycline, imipenem and sulfamethoxazole, which are ordinarily employed in the treatment of mycobacteriosis. For each drug, it was evaluated the susceptibility of the pathogen, the ability to inhibit biofilm formation and the resistance of biofilms to antimicrobial activity. Results showed that although the tested antimicrobials are used as an alternative therapy for RGM, Mycobacterium abscessus presented to be resistant to clarithromycin and Mycobacterium massiliense showed a resistant profile to clarithromycin and sulfamethoxazole. Furthermore, the inhibition of biofilm formation and its destruction have not been fully met. The susceptibility profiles found emphasize the need for the determination of drug sensitivity. Considering that the biofilms are a known form of bacterial resistance, the failure of alternatives to inhibit or destroy biofilms can trigger the recurrence of infections. / As micobactérias de crescimento rápido (MCR) são patógenos humanos oportunistas que estão presentes no meio ambiente. Quando em biofilmes, as micobactérias são altamente resistentes aos tratamentos antibacterianos. A compreensão de fatores causadores de falência de tratamentos das micobacterioses, como a formação de biofilmes, contribui para a elucidação do potencial patogênico e da resistência aos fármacos apresentados por esses microrganismos. Foram testados os antimicrobianos amicacina, ciprofloxacino, claritromicina, doxiciclina, imipenem e sulfametoxazol, normalmente empregados no tratamento de micobacterioses. Para cada fármaco, avaliou-se a suscetibilidade do microrganismo, a capacidade de inibição da formação de biofilmes e a resistência dos biofilmes a atuação antimicrobiana. Os resultados demostraram que, embora os antimicrobianos testados sejam empregados como alternativa terapêutica para MCR, Mycobacterium abscessus apresentou-se resistente à claritromicina e Mycobacterium massiliense exibiu perfil resistente à claritromicina e ao sulfametoxazol. Além disso, a inibição da formação de biofilmes e a destruição dos mesmos não foram totalmente alcançadas. Os perfis encontrados reforçam a necessidade da determinação da suscetibilidade aos medicamentos. Tendo-se em vista que os biofilmes constituem uma forma conhecida de resistência bacteriana, o insucesso de alternativas para inibir a formação ou ainda destruir biofilmes pode desencadear a recorrência de infecções.

Orientador: Adalberto Farache Filho / Banca: Wellington Cyro de Almeida Leite / Banca: Maria Jacira Silva Simões / Resumo: A qualidade da água é muito importante para a saúde e bem-estar do ser humano, e o sistema de abastecimento público deve fornecer água de qualidade e em quantidade suficiente para toda a população. As estações de tratamento de água constituem o principal caminho para obtenção de água de qualidade. Quando isso não ocorre, vários problemas podem afetar a população, pois esta passa a consumir água com qualidade inadequada com o risco constante de surgimento de várias doenças. A potabilidade microbiológica é determinada pela verificação da presença de bactérias do grupo coliformes (totais e termotolerantes) indicadores da possível presença de agentes patogênicos causadores de doenças de veiculação hídrica. Entretanto os coliformes totais e coliformes termotolerantes têm certas limitações, principalmente, no que se refere à predição do risco de infecções por outros microrganismos. A eliminação de microrganismos em água tratada reduz a competição, favorecendo a multiplicação de bactérias resistentes ao cloro como as do gênero Mycobacterium freqüentemente isoladas de águas tratadas e cloradas. Considerando a não indicação da pesquisa de micobactérias nos exames laboratoriais de rotina para controle de qualidade de água para consumo humano e outros usos, o objetivo deste trabalho foi verificar a presença de micobactérias ambientais no sistema de abastecimento de água de origem superficial da cidade de Araraquara - SP e avaliar a água distribuída à população de acordo com os padrões de potabilidade exigidos pela legislação vigente. Foram analisadas 40 amostras de águas, assim distribuídas: dez de água bruta colhidas na Estação de Tratamento de Água (ETA); dez colhidas após filtração; dez colhidas no reservatório após cloração e dez na rede de distribuição. As dez amostras coletadas após tratamento estavam... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Water quality is very important for the health and well being of humankind and the public supply system to provide water quality and quantity sufficient for the entire population. The water treatment is the main way to obtain water quality. When this does not occur several problems can potentially affect the population that is consuming inadequate water with the constant risk of emergence of various diseases for the community.The microbiological potability is mainly determined by verifying the presence of coliform bacteria (total anf fecal), which indicate faecal contamination, one of the most responsible for the transmission of water-borne diseases for the population, however the total coliforms and fecal coliforms have certain limitations especially with regard to predicting the risk of infections by other pathogens. The elimination of microorganisms in treated water reduces competition by favoring the growth of bacteria resistant to chlorine as the genus Mycobacterium frequently isolated from treated and chlorinated water. Given the failure to mention the demonstration of mycobacteria in routine laboratory tests for quality control of drinking water and other uses, this research aims to verify the presence of environmental mycobacteria in the system of water supply, the source surface and groundwater, the city of Araraquara - SP and assess whether the water distribution systems meets the standards of potability required by law.We analyzed 24 water samples from Station Water Treatment (ETA), all of which were after treatment in accordance with the Decree 518/2004 concerning the total coliforms and fecal coliforms(thermotolerant),with respect the parameters of turbidity, pH, apparent color and chlorine residual, only this last was the culprit when analyzed in the distribution network. Of the 24 water samples, 15 (62.5%) were positive for isolation of mycobacteria Recovery... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissKYK.pdf: 979832 bytes, checksum: b4f8dd12d53ca1f1f19852dfb9661856 (MD5) Previous issue date: 2006-04-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / Fifty-nine water samples from Feijão River, Monjolinho River and the Water Treatment Station (SAAE) were analyzed, and 51 were positive for mycobacteria. Concerning the two procedures of decontamination, we obtained 83.0% of positive samples isolated with sulfuric acid and 39.0% with cetylpyridinium chloride. We recovered 425 strains of mycobacteria, and 402 were characterized concerning growth rate and pigment production. In drinking water samples there were predominance of mycobacteria with slow growth, wherein 66.7% were scotochromogenics species and 47.5% were identified as M. lentiflavum. The identification was done through biochemical tests and phenotypics features (classical methodology), micolic acid analyses by thinlayer chromatography (TLC) and PCR-Restriction Analysis (PRA). Through the classical methodology associated to TLC 33.3% of the mycobacteria were identified and 18 species were defined. From the 402 mycobacteria 93 strains were selected and submitted to PRA, being 35 identified by the classical and molecular methodology, 51 only identified by PRA and 40% remained obscure concerned identification. The PRA pattern 440 in BstEII and 130/110 in HaeIII was defined as M. new. This pattern was found for 24 strains. For an accurate identification, the association of different methodologies is necessary. / Foram analisadas 59 amostras de água provenientes do Ribeirão do Feijão, Rio do Monjolinho e da Estação de Tratamento de Água (SAAE), das quais 51 foram positivas para o isolamento de micobactérias. Dos dois procedimentos de descontaminação, obtivemos 83,0% de amostras positivas para isolamento com ácido sulfúrico e 39,0% com cloreto de cetilpiridínio. Houve recuperação de 425 cepas de micobactérias, sendo 402 caracterizadas com relação a velocidade de crescimento e formação de pigmentação. Em amostras de água tratada, houve o predomínio de micobactérias de crescimento lento, sendo que dessas, 66,7% foram espécies escotocromógenas, e 47,5% identificadas como M. lentiflavum. A identificação foi realizada por testes bioquímicos e fenotípicos (metodologia clássica), análise de ácidos micólicos por cromatografia em camada delgada (TLC) e PCR-Restriction Analysis (PRA). Pela metodologia clássica associada ao TLC, foram identificadas 33,3% das micobactérias e definidas 18 espécies. Das 402 micobactérias, 93 foram selecionadas e submetidas ao PRA, sendo 35 identificadas pela metodologia clássica e molecular, 51 identificadas somente pelo PRA e havendo discordância de 40,0% entre as identificações. O padrão de PRA 440 em BstEII e 130/110 em HaeIII foi definido como M. new, sendo obtido em 24 cepas. Para uma identificação acurada, concluímos que é necessária a associação de mais de uma metodologia.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5345.pdf: 1839849 bytes, checksum: 117cb76c1a10deab4b3e8c9df4d797f3 (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / In Brazil there was an increase of post-surgical infections by rapidly growing mycobacteria, mainly Mycobacterium massiliense, leading the Agency for Sanitary Surveillance (ANVISA) to establish standards for the mandatory notification of cases occurring nationwide. In order to deal with a major public health problem, this study aimed to determine the efficiency of using antimicrobial photodynamic inactivation (PDIa) in Mycobacterium massiliense for future use in the treatment of agent infections. The objective was to test in vitro technique the PDI to control Mycobacterium massiliense to determine the best light dose and concentration of each photosensitizer (FS). To accomplish this search were used two FS: Photogem® and salt Curcumin (N-Methyl-D-Glucominato of Curcumin, 31.8%). As a light source for radiating a BioTable ® operated at 630nm (red light) for Photogem ® and 460nm (blue light) to the salt of curcumin. After the standardized inoculum was added to the sample analyzed in triplicate to a 24 well plate which contained 500μl aliquots of the inoculum +500 μ l of the FS for the study groups tested, and the control group containing 1 ml of inoculum, and five minutes as time incubation (protected from light). After expiration of the irradiation time in accordance with the previously analyzed fluences of the tested groups and subsequent dilution of the sample to the value of 10-5, 100mL sample were plated in triplicate on 7H10 agar + OADC 10% and maintained at 37 for about 5 days with subsequent counting of colony forming units. Based on the results, they showed that FS Photogem ® until the concentration of 1000 μg/Ml was not effective in reducing the number of CFU of M. massiliense. In contrast, the FS Salt Curcumin was effective at concentrations of 1300 μg/Ml with a light dose 50 J/cm2 compared to controls. Thus, these data suggest that the salt FS Curcumin in photodynamic action is a viable alternative for reducing M massiliense when tested in vitro. / No Brasil houve um crescimento de infecções pós-cirúrgicas por micobactérias de crescimento rápido, principalmente por Mycobacterium massiliense, levando a Agência de Vigilância Sanitária (ANVISA) estabelecer normas de notificação obrigatória dos casos ocorridos em todo território nacional. Tendo em vista de se tratar de um grande problema de saúde pública, o presente trabalho visou determinar a eficiência da atividade antimicrobiana utilizando Inativação Fotodinâmica (IFD) em Mycobacterium massiliense para futura utilização no tratamento de infecções por esse agente. O objetivo foi testar in vitro, a técnica da IFD no controle de Mycobacterium massiliense, para determinar a melhor dose de luz e concentração de cada fotossensibilizador (FS). Para realizar esta pesquisa foram utilizados dois FS: Photogem® e Sal de Curcumina (N-Metil-D-Glucominato de Curcumina, a 31,8%). Como fonte de luz para irradiação, uma BioTable® operou em 630nm (luz vermelha) para o Photogem® e em 460nm (luz azul) para o Sal de Curcumina. Após padronizado o inóculo, a amostra analisada foi adicionada em triplicata a uma placa de 24 poços a qual continha alíquotas de 500μl do inoculo +500μl do FS para os grupos de estudos testados, e o grupo controle contendo 1ml do inoculo, tendo 5 minutos como tempo de incubação (protegido da luz). Após decorrido o tempo de irradiação de acordo com as fluências previamente analisadas dos grupos testados e com posterior diluição da amostra até o valor de 10-5, 100μl da amostra foram semeadas em triplicada em placas contendo Agar 7H10 + OADC 10% e mantidas a 37o por aproximadamente 5 dias com posterior contagem das unidades formadoras de colônias. Com base nos resultados obtidos, estes mostraram que o FS Photogem® até a concentração de 1000μg/ml não foi efetivo na redução do número de UFC de M. massiliense. Em contraponto, o FS Sal de Curcumina foi efetivo a partir da concentração de 1300 μg/ml com dose de luz a 50 J/cm2 comparado ao grupo controle. Assim, estes dados sugerem que o FS Sal de Curcumina sob ação fotodinâmica é uma alternativa viável para a redução de M. massiliense quando testadas in vitro.

Submitted by AMANDA BONALUME CORDEIRO DE MORAIS null (amandabonalume@gmail.com) on 2017-08-26T23:21:44Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado - Amanda Bonalume Cordeiro de Morais.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T14:13:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morais_abc_dr_bot.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T14:13:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morais_abc_dr_bot.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) Previous issue date: 2017-07-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Foram investigadas, neste estudo, proteínas associadas à virulência (genes vapA, vapB e vapN) das espécies de Rhodococcus equi e Micobactérias isoladas de 330 linfonodos de catetos (Tayassu tajacu) e queixadas (Tayassu pecari) destinados ao consumo humano. Trinta e seis (10,9%) linhagens de R. equi foram isoladas, 3,3% (11/330) dos linfonodos de queixadas e 7,6% (25/330) dos catetos. Entre os 11 isolados de R. equi das queixadas, 90,9% (n=10/11) foram obtidos de linfonodos mesentéricos e apenas 9,1% (n=1/10) de linfonodo mediastínico. Nos 25 isolados de R. equi dos catetos, 40,0% (10/25) foram obtidos de linfonodos mesentéricos, 36,0% (9/25) de submandibulares e 24,0% (6/25) de mediastínicos. Não foram identificados genes vapA, vapB e vapN entre os isolados de R. equi. Foi isolado Mycobacterium sp. de 3,03% (10/330) do total de linfonodos. Entre os 10 isolados de micobactérias, 60% (n=6/10) dos linfonodos eram de queixadas e 40% (4/10) de catetos. Dez espécies de Mycobacterium foram detectadas por PCR-PRA, com predominância de M. avium tipo 1. O sequenciamento dos genes hsp65 e rpob revelaram micobactérias saprófitas (M. sinense, M. kumamotonense) e potencialmente patogênicas (M. colombiense, M. intracellulare) para humanos e animais. Esta é a primeira descrição de R. equi e / ou espécies de micobactérias identificadas nos linfonodos de espécimes de Tayassuideos. Apesar da ausência de genes Vap, a identificação de R. equi, bem como de micobactérias não tuberculosas e saprófitas, destacam o risco de transmissão desses patógenos das espécies de Tayassuideos para humanos por meio de carne ou produtos à base de carne contaminados com conteúdo de linfonodos, uma vez que R. equi sem plasmídeo de virulência e as espécies de micbactérias descritas aqui já foram relatadas como causas de infecções pulmonares e extrapulmonares em seres humanos imunocompetentes e imunocomprometidos. / Virulence-associated proteins (vapA, vapB and vapN genes) of Rhodococcus equi and Mycobacterium species isolated from 330 lymph nodes of collared peccaries (Tayassu tajacu) and white-lipped peccaries (Tayassu pecari) intended for human consumption were investigated. Thirty-six (10.9%) R. equi strains were isolated, 3.3% (11/330) from white-lipped peccary and 7.6% (25/330) of collared peccary lymph nodes. Among the 11 isolates of R. equi of the white-lipped peccaries, 90.9% (n = 10/11) were obtained from mesenteric lymph nodes and only 9.1% (n = 1/10) of the mediastinal lymph node. In the 25 isolates of R. equi obtained from collared peccaries, 40.0% (10/25) were recovered from mesenteric lymph nodes, 36% (9/25) from submandibular, and 24.0% (6/25) from mediastinal ones. No vapA, vapB, and vapN genes (plasmidless type) were identified among R. equi isolates. Mycobacterium sp. was isolated in 3.03% (10/330) of all lymph nodes analyzed. Among the 10 mycobacterial isolates, 60% (n = 6/10) were from white-lipped peccary, and 40% (4/10) from collared peccary lymph nodes. Ten Mycobacterium species were detected by PCR-PRA, with predominance of M. avium type 1. Sequencing of hsp65 and rpob genes revealed mycobacteria that were saprophytic (M. sinense, M. kumamotonense) and potentially pathogenic (M. colombiense, M. intracellulare) to humans and animals. To our knowledge, this is the first description of R. equi and/or mycobacteria species identified in the lymph nodes of Tayassuid specimens. Despite the absence of Vap genes, the identification of R. equi, as well as nontuberculous and saprophytic mycobacteria highlight the risk of transmission of these pathogens from Tayassuidae species to humans by means of meat or meat products contaminated with lymph node contents, since R. equi plasmidless type and mycobacterial species described here have been reported as causes of pulmonary and extrapulmonary infections both in immunocompetent and immunocompromised humans.

Orientador: Paulo José Fortes Villas Bôas / Coorientador: Adriana Polachini do Valle / Resumo: Estima-se que um em cada quatro brasileiros esteja infectado pelo bacilo de Koch, e apenas em 2013, 80 mil casos de tuberculose foram notificados ao Ministério da Saúde, dos quais 6,5 mil foram a óbito. O exame laboratorial para o diagnóstico da tuberculose é feito pelos seguintes métodos tradicionais: Baciloscopia (BAAR) e Cultura, considerada o padrão ouro, porém com um tempo de realização demorado (em torno de oito semanas). A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) é um método de amplificação de DNA que pode ser útil no diagnóstico diferencial da tuberculose com outras infecções pulmonares. Além disso, a PCR pode confirmar a identificação da micobactéria em materiais clínicos que apresentem uma difícil positividade. Objetivos - Avaliar a positividade de Mycobacterium spp. em diferentes materiais biológicos utilizando a técnica de PCR para os alvos Internal Transcribed Spacer (ITS) 16S-23S rDNA e gene hsp 65. Material e métodos - Cento e trinta materiais biológicos de pacientes com suspeita de tuberculose pulmonar ou extrapulmonar foram investigados para pesquisa de Mycobacterium spp. por ITS-PCR e pesquisa de fragmento do gene hsp65, no período de março de 2012 a abril de 2013. Para identificação das espécies de micobactérias foi utilizada a pesquisa do gene IS6110, e técnica Restriction Enzyme Pattern Analysis (PCR-PRA). Para algumas amostras positivas pela PCR foi realizado o sequenciamento para identificação da espécie. Foram avaliados dados demográficos e condições ass... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It is estimated that one in every four Brazilians is infected with Koch's bacillus, and just in 2013, eighty thousand cases of tuberculosis were reported to the Department of Health, of which 6.5 million died. The laboratory test for the diagnosis of tuberculosis is made by the following traditional methods: baciloscopy and culture, considered the gold standard, but with a long holding time (around 8 weeks). Polymerase chain reaction (PCR) is a DNA amplification method that can be useful in the differential diagnosis of pulmonary tuberculosis with other infections. In addition, PCR can confirm the identification of mycobacteria in clinical materials that exhibit a difficult positivity. Objectives - To evaluate the positivity of Mycobacterium spp. in different biological materials using the PCR technique for the Internal Transcribed Spacer (ITS) 16S-23S rDNA gene and hsp 65 targets. Materials and Methods - One hundred and thirty biological materials of patients with suspected pulmonary or extrapulmonary tuberculosis were investigated for Mycobacterium tuberculosis spp. by ITS-PCR research and gene fragment hsp65 research, from March 2012 to April 2013. To identify the species of mycobacteria was used the IS6110 gene research and PCR-PRA technique). For some positive samples was performed by PCR sequencing to species identification. They evaluated demographics and associated conditions. The comparison between the techniques was checked by χ² test. The samples surveyed in sput... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

As micobactérias compreendem um grupo de organismos que são heterogêneos em termos de metabolismo, crescimento, nicho ambiental, epidemiologia, patogenicidade, distribuição geográfica e associação com doenças. O diagnóstico micobacteriológico é atualmente um desafio aos laboratórios. Com a descrição de novas espécies de micobactérias nos últimos anos, tem sido cada vez mais difícil identificar com precisão estas espécies. Uma questão básica na identificação em micobactérias é a diferenciação entre o Complexo Mycobacterium tuberculosis e as Micobactérias Não Causadoras de Tuberculose (MNT); no entanto tem sido cada vez mais importante a diferenciação das MNT. Em virtude das semelhanças fenotípicas e genotípicas, é necessário a aplicação e desenvolvimento de metodologias que melhor caracterizem as MNT para que seja possível determinar de forma mais precisa a prevalência das diferentes espécies. Além disso, diferentes espécies de MNT podem apresentar diferenças no perfil de sensibilidade às drogas terapêuticas, sendo que a identificação precisa é crucial para a adoção de terapia medicamentosa adequada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os isolados de MNT através da comparação entre duas técnicas moleculares, a técnica de PRA-hsp65 e um kit comercial GenoType® Mycobacterium CM, usando o método de sequenciamento do gene hsp65 como padrãoouro. Foram analisadas 96 isolados e a concordância entre os resultados do PRA-hsp65 e do GenoType® Mycobacterium CM foi de 92%. O método molecular PRA-hsp65 mostrou-se eficaz na identificação das espécies em 91% das amostras e o GenoType® Mycobacterium CM em 92%. Em relação aos custos referentes aos dois métodos, foi possível estabelecer que o PRA-hsp65 apresentou um valor final consideravelmente inferior ao do GenoType® Mycobacterium CM. No entanto, a técnica comercial necessita um prazo mais curto (2 dias) para ser realizada em comparação com a técnica PRA-hsp65 (requer 5 dias). Na nossa avaliação, a aplicabilidade do PRA-hsp65 aumenta a qualidade e rapidez do resultado final, já que se mostrou discriminatório, de baixo custo e relativamente de fácil execução na identificação de micobactérias. É possível concluir que ambas as técnicas moleculares avaliadas neste estudo apresentaram uma ótima capacidade de identificação de MNT, sendo que a implementação destas técnicas dependerá das características dos diferentes laboratórios bem como as necessidades clínicas das diferentes instituições. / Mycobacteria comprise a group of organisms that are heterogeneous in terms of metabolism, growth, environmental niche, epidemiology, pathogenicity, geographic distribution and disease association. The laboratory diagnosis of mycobacteria is currently a challenge to laboratories. Due to the increased description of new species of mycobacteria in recent years it is becoming difficult to accurately identify these species. A basic question in the identification of mycobacteria is the differentiation between Mycobacterium tuberculosis and the Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM); however it has been increasingly important to differentiate the NTM species. Due to the fact that there are phenotypic and genotypic similarities, it is necessary to apply and develop methodologies to better characterize the NTM to be able to determine more accurately the prevalence of different species. Furthermore, different NTM species may differ in the profile of sensitivity to therapeutic drugs, and accurate identification is crucial for the adoption of appropriate drug therapy. The objective of this study was to characterize NTM isolates by comparing two molecular techniques, the technique of PRA-hsp65 (PCR-Restriction Enzyme Analysis) and a commercial kit GenoType® Mycobacterium CM, using the sequencing the hsp65 gene as gold standard. We analyzed 96 samples and the concordance between the results of the PRA-hsp65 and the GenoType® Mycobacterium CM was 92%. The PRA-hsp65 molecular method proved to be effective in 91% of species identification and the GenoType® Mycobacterium CM in 92%. Regarding costs for the two methods, we could establish that the PRA-hsp65 had a final value considerably lower than the GenoType® Mycobacterium CM. However, the commercial technique requires a shorter period (2 days) to be performed in comparison with the technique PRA-hsp65 (requires five days). In our evaluation, the applicability of the PRA-hsp65 increases the quality and speed of the final result (in relation to traditional phenotypic identification or outsourcing in referral centers), and proved to be discriminatory, inexpensive and relatively easy to perform the identification of mycobacteria. Finally, we conclude that both molecular techniques evaluated in this study showed a great capacity for identification of NTM and that the implementation of these techniques. However, depend on the characteristics of different laboratories as well as the clinical needs of different institutions.

Introdução: A revisão da literatura disponível no PubMed evidencia que há relatos de surtos de infecções por micobactérias de crescimento rápido ocorridos no Brasil, mas não há dados nacionais que permitam orientar o tratamento empírico até que o perfil de sensibilidade e a identificação da espécie estejam disponíveis. Não há estudo nacional com amostragem significativa de M. fortuitum nem tampouco análise da relação clonal entre isolados de vários pontos do território nacional. Este trabalho pretende trazer contribuições quanto ao entendimento da disseminação de clones de M. fortuitum no Brasil, assim como o perfil de sensibilidade dessa espécie no Brasil. Material e métodos: Foram utilizadas no estudo 121 isolados pertencentes ao banco de micobactérias do Fleury Medicina e Saúde, referentes ao período de janeiro de 2001 a dezembro de 2010. A identificação da espécie for determinada por sequenciamento parcial do gene rpoB, a clonalidade foi avaliada por eletroforese em campos alternados e a susceptibilidade antimicrobiana foi avaliada utilizando-se placas de microdiluição RAPMYCOI. Resultados e conclusões: Foram detectados três grupos clonais, sendo dois presentes na cidade de Campinas e o terceiro na cidade de Florianópolis. Foi observada a persistência do grupo clonal MFBRA2 na cidade de Campinas por seis anos. A maioria dos casos isolados em diferentes estados brasileiros pertence a grupos clonais distintos. O índice de similaridade de Dice mínimo para a identificação de um grupo clonal de M. fortuitum ao analisar fragmentos de restrição gerados por XbaI deve ser de 98%. Todos os isolados testados foram sensíveis à amicacina, tigeciclina, imipenem, ciprofloxacina, moxifloxacina, sulfametoxazol-trimetoprim e linezolida, o que permite seu uso no tratamento empírico das infecções por M. fortuitum. Houve uma baixa taxa de sensibilidade à doxiciclina o que não subsidia seu uso em tratamento empírico. A taxa de sensibilidade de 89% para claritromicina não permite seu uso empírico no tratamento das infecções por M. fortuitum. / Introduction: The literature available on PubMed shows that there are reports of outbreaks of infections caused by rapidly growing mycobacteria occurred in Brazil, but there is no national data to guide empiric treatment until the susceptibility profile and identification of the species are available. No national study of significant sample of M. fortuitum nor analysis of the clonal relationship between isolates from various parts of the country. This work aims to bring contributions to the understanding of the spread of clones of M. fortuitum in Brazil, as well as the susceptibility pattern of this species in Brazil. Material and methods: We studied 121 isolates belonging to the mycobacteria collection from Fleury Medicina e Saúde, collected during the period from January 2001 to December 2010. Species identification was determined by partial sequencing of the rpoB gene, clonality was assessed by pulsed field gel electrophoresis and antimicrobial susceptibility was assessed using microdilution plates RAPMYCOI. Results and conclusions: There were three clonal groups, with two present in the city of Campinas and the third in Florianopolis. We observed the persistence of the clonal group MFBRA2 in Campinas for six years. Most cases isolated in different Brazilian states belong to different clonal groups. Our data indicate that Dice\'s similarity index for identification of a M. fortuitum clonal group should be at least 98% when analyzing restriction fragments generated by XbaI. All isolates tested were susceptible to amikacin, tigecycline, imipenem, ciprofloxacin, moxifloxacin, linezolid, and trimethoprim-sulfamethoxazole, which allows its use in the empirical treatment of infections caused by M. fortuitum. There was a low sensitivity to doxicycline which does not subsidize its use in empiric treatment. The rate of 89% sensitivity does not allow the empirical use of clarithromycin in the treatment of infections caused by M. fortuitum.

As micobactérias compreendem um grupo de organismos que são heterogêneos em termos de metabolismo, crescimento, nicho ambiental, epidemiologia, patogenicidade, distribuição geográfica e associação com doenças. O diagnóstico micobacteriológico é atualmente um desafio aos laboratórios. Com a descrição de novas espécies de micobactérias nos últimos anos, tem sido cada vez mais difícil identificar com precisão estas espécies. Uma questão básica na identificação em micobactérias é a diferenciação entre o Complexo Mycobacterium tuberculosis e as Micobactérias Não Causadoras de Tuberculose (MNT); no entanto tem sido cada vez mais importante a diferenciação das MNT. Em virtude das semelhanças fenotípicas e genotípicas, é necessário a aplicação e desenvolvimento de metodologias que melhor caracterizem as MNT para que seja possível determinar de forma mais precisa a prevalência das diferentes espécies. Além disso, diferentes espécies de MNT podem apresentar diferenças no perfil de sensibilidade às drogas terapêuticas, sendo que a identificação precisa é crucial para a adoção de terapia medicamentosa adequada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os isolados de MNT através da comparação entre duas técnicas moleculares, a técnica de PRA-hsp65 e um kit comercial GenoType® Mycobacterium CM, usando o método de sequenciamento do gene hsp65 como padrãoouro. Foram analisadas 96 isolados e a concordância entre os resultados do PRA-hsp65 e do GenoType® Mycobacterium CM foi de 92%. O método molecular PRA-hsp65 mostrou-se eficaz na identificação das espécies em 91% das amostras e o GenoType® Mycobacterium CM em 92%. Em relação aos custos referentes aos dois métodos, foi possível estabelecer que o PRA-hsp65 apresentou um valor final consideravelmente inferior ao do GenoType® Mycobacterium CM. No entanto, a técnica comercial necessita um prazo mais curto (2 dias) para ser realizada em comparação com a técnica PRA-hsp65 (requer 5 dias). Na nossa avaliação, a aplicabilidade do PRA-hsp65 aumenta a qualidade e rapidez do resultado final, já que se mostrou discriminatório, de baixo custo e relativamente de fácil execução na identificação de micobactérias. É possível concluir que ambas as técnicas moleculares avaliadas neste estudo apresentaram uma ótima capacidade de identificação de MNT, sendo que a implementação destas técnicas dependerá das características dos diferentes laboratórios bem como as necessidades clínicas das diferentes instituições. / Mycobacteria comprise a group of organisms that are heterogeneous in terms of metabolism, growth, environmental niche, epidemiology, pathogenicity, geographic distribution and disease association. The laboratory diagnosis of mycobacteria is currently a challenge to laboratories. Due to the increased description of new species of mycobacteria in recent years it is becoming difficult to accurately identify these species. A basic question in the identification of mycobacteria is the differentiation between Mycobacterium tuberculosis and the Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM); however it has been increasingly important to differentiate the NTM species. Due to the fact that there are phenotypic and genotypic similarities, it is necessary to apply and develop methodologies to better characterize the NTM to be able to determine more accurately the prevalence of different species. Furthermore, different NTM species may differ in the profile of sensitivity to therapeutic drugs, and accurate identification is crucial for the adoption of appropriate drug therapy. The objective of this study was to characterize NTM isolates by comparing two molecular techniques, the technique of PRA-hsp65 (PCR-Restriction Enzyme Analysis) and a commercial kit GenoType® Mycobacterium CM, using the sequencing the hsp65 gene as gold standard. We analyzed 96 samples and the concordance between the results of the PRA-hsp65 and the GenoType® Mycobacterium CM was 92%. The PRA-hsp65 molecular method proved to be effective in 91% of species identification and the GenoType® Mycobacterium CM in 92%. Regarding costs for the two methods, we could establish that the PRA-hsp65 had a final value considerably lower than the GenoType® Mycobacterium CM. However, the commercial technique requires a shorter period (2 days) to be performed in comparison with the technique PRA-hsp65 (requires five days). In our evaluation, the applicability of the PRA-hsp65 increases the quality and speed of the final result (in relation to traditional phenotypic identification or outsourcing in referral centers), and proved to be discriminatory, inexpensive and relatively easy to perform the identification of mycobacteria. Finally, we conclude that both molecular techniques evaluated in this study showed a great capacity for identification of NTM and that the implementation of these techniques. However, depend on the characteristics of different laboratories as well as the clinical needs of different institutions.

A Tuberculose vem acometendo animais selvagens desde o surgimento das primeiras coleções organizadas. Particularmente, macacos são altamente suscetíveis as micobactérias, gerando grandes perdas econômicas para as instituições, além do risco de transmissão para o homem e animais. As principais micobatérias, que causam a doença em primatas em cativeiro, são o Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium bovis. Acredita-se que primatas do "novo mundo" são menos suscetíveis do que os do "velho mundo", entretanto observa-se que tuberculose tem sido documentada em várias espécies. A principal forma de transmissão é através de aerossóis contendo os bacilos. A doença pode evoluir para a forma ativa ou latente, dependendo do estado imunológico do animal. Os sinais clínicos podem ser insidiosos, com somente uma alteração comportamental, seguido por anorexia e letargia, alterações respiratórias ou simplesmente o animal pode aparecer morto no recinto. O diagnóstico clínico é difícil e problemático, sendo que muitas vezes as lesões consistentes com a doença só são observadas na necropsia. Por isso o uso de outras ferramentas de diagnóstico é importante, como o teste de tuberculinização, cultivo e isolamento bacteriano, que são os mais usados na rotina das instituições, e os exames radiográficos do tórax e abdômen, testes moleculares e sorológicos. Toda instituição que mantém primatas em cativeiro deveriam possuir programas de prevenção para evitar a entrada da micobactéria dentro da coleção, principalmente ao se adquirir novos animais. Por isso, o emprego de medidas de biossegurança é essencial para diminuir o risco de doenças para o homem e para os animais dentro das instituições. Essas medidas consistem na implantação de uma série de procedimentos e normas operacionais rígidas, como programas de quarentena, programas de saúde para os funcionários e formação de equipe capacitada e treinada. / Tuberculosis has been affecting wild animals since the arising of the first organized collections. Specially, monkeys are highly susceptible to mycobacteria, which cause great economic losses in the institutions, beyond the risk of transmission to man and animals. The main species of mycobacteria, that cause disease in nonhuman primates in captivity, are Mycobacerium tuberculosis and Mycobacterium bovis. It is believed that nonhuman primates from the "new world" are less susceptible than the "old world" ones, however it is noted that tuberculosis has been continually documented in several species. Aerosols that contain infectious bacilli are the main transmission mode. The disease can progress to active or latent form, which depends on the animal's immune status. The clinical signs can be insidious, with only a behavior change, followed by anorexia and lethargy, respiratory alteration or the animal can appear dead in the room. The clinical diagnostic is difficult and problematic, and often lesions are only observed at necropsy. Therefore, the use of other diagnostic tools is important, as the tuberculin skin test, bacterial culture and isolation, that are most used during the routine of institutions, and radiography of the chest and abdomen, molecular and serological tests. Every institution that maintains nonhuman primates in captivity should have prevention programs to avoid the entry of mycobacteria inside of collection, mainly when new animals are acquired. Thus, the use of biosecurity measures is essential to reduce the risk of disease in humans and animals within institutions. These measures consist in implanting series of rigid procedures and operational standards, like quarantine programs, health programs for employees and formation of the qualified team.