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Recuento microbiano en pacientes con rehabilitación oral

Jorquera Rivera, Gilbert Alex January 2006 (has links)
Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / El presente estudio evaluó en pacientes portadores de rehabilitación oral integral el efecto de la aplicación única de barnices preventivos Duraphat® Cervitec®, en conjunto con un instructivo de higiene oral con coadyudantes específicamente cepillo interproximal en el recuento semicuantitativo de S.mutans y L. acidophilus. Al mismo tiempo correlacionó el recuento bacteriano con los biomateriales más utilizados en las rehabilitaciones de los pacientes. La hipótesis que se contrasto fue: los materiales utilizados en la rehabilitación oral integral, no influyen en el recuento semicuantitativo de S.mutans y L. acidophilus de pacientes rehabilitados, después de la aplicación única de barnices preventivos. El estudio se llevo a cabo en pacientes ya dados de alta, del programa de Especialización en Rehabilitación Oral de la Escuela de Graduados de la Facultad de Odontología de la Universidad de Chile, promoción 2005. La muestra consistió en 33 pacientes, y se dividió aleatoriamente en 3 subgrupos, A, B y C. Al subgrupo A solo se le enseño técnica de higiene oral junto a coayudantes específicamente cepillo interproximal. Al subgrupo B se le aplico barniz de fluor (Duraphat®, Colgate- Palmolive) además del instructivo de higiene oral con cepillo interproximal. Al Subgrupo C se le aplico barniz de clorhexidina (Cervitec®, Vivadent) y el mismo instructivo de higiene. Utilizamos CRT® para cuantificar la presencia de bacterias, Cervitec® y Duraphat® como agentes antibacterianos. Después de un mes en un segundo recuento encontramos; que no existen diferencias estadísticamente significativas entre el recuento semicuantitativo de S.mutans y L. acidophilus de pacientes rehabilitados, después de la aplicación única de barnices preventivos. Ninguna combinación resulto ser más efectiva en forma estadísticamente significativa en la reducción de los recuentos bacterianos, sin embargo la mejor combinación entre ellos fue la de clorhexidina más técnica de higiene seguida por la de fluor mas técnica de higiene para terminar con la sola instrucción de técnicas de higiene. No existió una diferencia estadísticamente significativa en el recuento semicuantitativo de S.mutans y L. acidophilus entre resinas compuestas y cerámica, para la muestra total. A la luz de estos resultados surge la necesidad de seguir a los pacientes por un mayor periodo de tiempo e incrementar el número de aplicaciones de barnices preventivos con el fin de obtener un muestreo que determine cual es el umbral mínimo de monitoreo para los pacientes en estas condiciones con el objetivo de establecer un protocolo clínico de mantención destinado a obtener un recuento bacteriano bajo (<105) en los pacientes portadores de rehabilitación oral integral, con el fin de evitar el fracaso de éstas por nuevos episodios de caries.
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Caracterización del regulón quorum sensing en la bacteria biolixiviante Acidithiobacillus ferrooxidans

Mamani Flores, Sigde Karina January 2015 (has links)
Doctora en bioquímica / El Quorum Sensing (QS) es un sistema de comunicación bacteriana capaz de regular varios procesos celulares dependientes de la densidad de la población microbiana. En bacterias Gram-negativas esto ocurre mediante la producción, por parte de las bacterias, de moléculas señal autoinductoras (AI) de tipo acil homoserina lactonas (AHLs). La liberación de AHLs hacia el exterior de la célula provoca un aumento de su concentración, lo que es detectado por la población bacteriana generando como respuesta una regulación de la expresión de ciertos genes (regulón QS). Nuestro laboratorio ha estudiado e identificado un sistema QS funcional en la cepa ATCC 23270T de Acidithiobacillus (At.) ferrooxidans. Este sistema QS está compuesto principalmente por dos elementos: AfeI, una proteína AHL sintasa codificada por el gen afeI y AfeR, un regulador transcripcional de la familia LuxR codificado por el gen afeR. Además, mediante el uso de análogos sintéticos de AHLs revelamos que las moléculas de QS de tipo AHLs (OH-C14-AHL, OH-C12-AHL y tetrazol) modulan la adherencia a mineral, como pirita y cupones de azufre, de At. ferrooxidansT. En esta investigación nos planteamos identificar los genes que son regulados por QS en At. ferrooxidansT, y en particular definir aquellos que están relacionados con la formación de biopelículas. Nuestra hipótesis postula que los análogos sintéticos de AHL inducen el sistema QS. Así, nosotros proponemos modular la adherencia sobre el sustrato mineral de At. ferrooxidansT a través del uso de estas moléculas. La utilización de ellas permitirá caracterizar el regulón QS en esta cepa bacteriana mediante análisis transcriptómicos. La identificación de análogos sintéticos de AHLs que favorecen la adherencia a cupones de azufre de At. ferrooxidansT nos permitió estudiar el transcriptoma de este microorganismo en condiciones donde el regulón QS se encuentra estimulado. El análisis del transcriptoma de At. ferrooxidansT mediante la técnica de microarreglos de ADN en presencia o ausencia de un análogo sintético de AHLs nos permitió identificar el regulón QS y determinar aquellos genes relacionados con la formación de biopelículas. Este es el primer estudio de la expresión global de los genes de At. ferrooxidansT utilizando análogos sintéticos de AHLs como activadores del sistema QS. Esto permitió generar valiosa información respecto de la respuesta de estos microorganismos a estas señales de comunicación. Por consiguiente, la presente tesis respecto al estudio y caracterización del regulón QS, y en particular aquellos genes relacionados con la formación de biopelículas es el inicio de una serie de líneas de investigación, las cuales podrían ayudar a contribuir en la comprensión de cuáles y cómo son las condiciones fisiológicas de este microorganismo que favorecen el proceso de biolixiviación / Quorum sensing (QS) is a bacterial communication system capable of controlling several cellular processes dependent on the density of the microbial population. In Gramnegative bacteria, it occurs mainly through the production by bacteria of small diffusible signaling molecules, termed autoinducers (AI), of the acyl homoserine lactones type (AHLs). The release of AHLs outside the cell causes an increase in their concentration, which is detected by the bacterial population generating the regulation of the expression of several genes (regulon QS). Our laboratory has studied and identified a functional QS system in the Acidithiobacillus (At.) ferrooxidans ATCC 23270T type strain. The QS system is mainly composed of two elements: AfeI, an AHL synthase encoded by the afeI gene and AfeR, a transcriptional regulator of the LuxR family encoded by the afeR gene. Besides, by using synthetic analogs of AHLs (OH-C14-AHL, OH-C12-AHL and tetrazol), we have shown that AHL-type QS molecule analogs modulate adhesion of At. ferrooxidansT to minerals, such as pyrite, and sulfur coupons. In this research, we propose to identify the genes that are regulated by QS in At..ferrooxidansT, particularly those that are associated with biofilm formation. For this, we propose to modulate the adhesion of At. ferrooxidansT to mineral substrate through the use of a synthetic AHL analog. Our working hypothesis postulates that AHLs molecules induce the QS system, and that their use will allow the characterization of the QS regulon of this bacterial strain by transcriptomic analysis. The identification of synthetic AHLs improving adherence of At. ferrooxidansT on sulfur coupons allowed us to study the transcriptome of this organism in conditions in which QS regulon is stimulated. Transcriptome analysis of At. ferrooxidansT by the technique of DNA microarrays in the presence or absence of one of these AHLs synthetic analogues allowed us to identify the QS regulon and to determine genes involved in biofilm formation. This is the first study of global gene expression of At. ferrooxidansT using AHLs synthetic analogues as activators of the QS system. This allowed us to obtain valuable informations regarding the response of this organism to this communication signal. Therefore, this thesis on the study and characterization of the QS regulon, in particular those genes related to biofilm formation, is the beginning of a series of research lines, which could help to understand the At. ferrooxidans physiological conditions that improve bioleaching processes / Conicyt
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Identificación, niveles salivales y prevalencia de levaduras del género cándida en grupos de pacientes chilenos con y sin candidiasis

Picasso Yaeger, Giannina January 2006 (has links)
Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / En este trabajo se determinó la prevalencia, identificación y cuantificación salival de levaduras del género Cándida en boca de 120 adultos de ambos sexos, cuyas edades fluctuaban entre 33 y 89 años. Del total de pacientes, 60 presentaron Candidiasis oral (grupo experimental), el grupo control lo formaron los 60 pacientes restantes que no presentaban Candidiasis oral. A cada paciente se le tomó dos muestras: una muestra de saliva en un tubo de ensayo estéril y una muestra de raspado de mucosa bucal. Las muestras fueron procesadas en el laboratorio para detectar, identificar y cuantificar al microorganismo Cándida spp. Para la identificación se utilizaron los siguientes métodos: Microcultivo en agar Maíz, Prueba del tubo germinativo, Siembra en CHROMO agar, Auxonograma, API 20 C AUX bioMèrieux ® sa, Siembra en Agar Caseína y Crecimiento a 45ºC. Los resultados obtenidos mostraron una prevalencia en el grupo experimental de 100% en saliva y 92% en mucosa oral y en el grupo control de 31,67% y 11,66% respectivamente. En este estudio, la especie no albicans más prevalente en pacientes con Candidiasis oral fue C. dubliniensis seguido por C. glabrata y C. krusei tanto en saliva como en mucosa bucal. En los pacientes sin Candidiasis clínica solo se aisló C. albicans y C. glabrata. Con el análisis de la cuantificación salival del microorganismo, se determinó que con un nivel igual o superior a 3,4 x 10 (4) U.F.C./ml. de saliva debieran aparecer signos clínicos de Candidiasis en pacientes chileno
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Respuesta de la microbiota de suelos áridos y semiáridos A pH ácidos

Peñaloza Lecaros, Natalia Paula January 2011 (has links)
Tesis presentada a la Universidad de Chile para optar al grado académico de Magister en Bioquímica área de especialización en Bioquímica Ambiental y Memoria para optar al título profesional de Bioquímico / Los suelos de ecosistemas áridos y semiáridos se caracterizan por baja abundancia y actividad microbiana y se ha sugerido que la microbiota de estos ambientes extremos tendría una composición particular que podría responder de manera diferente a las perturbaciones ambientales. El parámetro que se propone estudiar es el pH, ya que es considerado a nivel global el mejor descriptor de la diversidad y composición de ensambles microbianos del suelo. Actualmente se observan varios fenómenos que provocan una modificación del pH en el suelo, entre ellos se destacan la precipitación ó lluvia ácida y los drenajes ácidos de mina. En Chile no se dispone de información acerca de este tipo de perturbaciones y cómo afectan a las comunidades microbianas del suelo. El pH puede tener numerosos efectos no sólo sobre la actividad metabólica de los microorganismos sino también sobre los patrones de distribución, abundancia y diversidad de la misma. Por otra parte, si el suelo es un importante reservorio de diversidad microbiana, cambios drásticos de pH podrían hacer abundantes poblaciones microbianas minoritarias del suelo modificando la diversidad genética y funcional de estos ensambles microbianos. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto del pH ácido sobre la diversidad de las comunidades microbianas de suelos áridos y semiáridos, mediante aproximaciones dependientes e independientes de cultivo. Los resultados indicaron que los tratamientos crónicos de microcosmos de suelos áridos y semiáridos con medio a pH ácido, no provocaron una disminución marcada en el pH del suelo árido, lo que puede deberse al efecto amortiguador del mismo. Sin embargo, el pH del suelo semiárido alcanzó valores cercanos a pH 4,5 en todos los tratamientos. Por otra parte, cuando se procedió a caracterizar los microcosmos mediante recuento de colonias, aislamiento y cultivo, se obtuvieron colonias bacterianas y fúngicas a pH 3 desde microcosmos de suelo semiárido, pero no se obtuvieron aislados bacterianos desde el microcosmos de suelo árido tratado a pH 3 en los tiempos finales de tratamiento. Todos los cultivos bacterianos del suelo semiárido aislados a pH 3 pertenecen al género Rhodospirillum resultan ser ácido tolerantes, pero no acidófilos. Los aislados fúngicos obtenidos de ambos suelos acidificados pertenecen en su mayoría al grupo ascomycota. Las velocidades de crecimiento de los aislados fúngicos indican que la mayoría de los hongos que provienen del suelo semiárido crecen más lento que los hongos aislados desde el suelo árido. Algunos aislados fúngicos mostraron mayor velocidad de crecimiento a pH 3, aunque la mayoría fueron tolerantes a las condiciones ácidas, ellos crecen mejor a pH más altos. La comunidad bacteriana de ambos suelos mostró patrones de TRFLP diferentes cuando disminuyó el pH. Los patrones de TRFLP bacteriano fueron más diversos que los patrones de TRFLP de las comunidades fúngicas, éstos últimos presentan diferencias menores con el tratamiento ácido, indicando que las comunidades fúngicas son más resistentes a la perturbación estudiada. Finalmente, se determinó que la disminución del pH produjo cambios en la composición de filotipos y estructura de las comunidades microbianas de los microcosmos de suelos árido y semiárido / The arid and semiarid soils ecosystems are characterized by low abundance and microbial activity and has been suggested that the microbiota of these extreme environments have a particular composition that could respond differently to environmental disruptions. The parameter proposed study is the pH, since it is globally considered the best descriptor of the diversity and composition of soil microbial assemblages. Currently, several phenomena are observed which cause a change in the pH soil, including acid rain and acid mine drainage. In Chile, there is no information about this type of disturbances and how they affect soil microbial communities. The pH can have numerous effects not only on the metabolic activity of microorganisms but also on patterns of distribution, abundance and diversity. On the other hand, if the soil is a major reservoir of microbial diversity, drastic changes in pH could cause that those minority microbial soil populations becomes abundant, modifying the genetic and functional diversity of these microbial assemblages. The aim of this work was evaluate the effect of acid pH on the diversity of microbial communities in arid and semi-arid soils, using culture dependent and independent approaches. The results indicated that chronic treatments of arid and semi-arid soils with medium to low pH, in a microcosm assay, did not cause a marked decrease in the pH of arid soil, which may be due to the buffer effect of the same. However, the semi-arid soil pH reached values close to pH 4.5 in all treatments. On the other hand, when we proceeded to characterize the microcosms by counting colonies, isolation and cultivation, bacterial and fungal colonies were obtained at pH 3 from soil microcosm semiarid, but not bacterial isolates were obtained from the arid soil microcosms treated at pH 3 at the end times of treatment All semi-arid soil bacteria isolates at pH 3 belong to the genus Rhodospirillum and they are acid tolerant but no acidophile, The fungal isolates obtained from both acidified soils are mostly Ascomycota group. Growth rates of fungal isolates indicate that the majority of fungi isolated from semiarid soil grow slower than fungi isolated from the arid soil. Some fungal isolates showed a high growth rate at pH 3, although the most of them were tolerant to the acidic conditions, they have greater growth rate at higher pH. The bacterial community from both soils exhibited distinctive TRFLP patterns when decrease of pH. T RFLP patterns of bacterial communities were more diverse than T RFLP profiles of fungal communities and exhibiting little differences with acid treatment, this result suggest that fungal communities are more resistant to the disturbance. Finally, we determined that decrease of pH induced changes in the phylotypes composition and structure of microbial communities in microcosms of semi-arid soil / FONDECYT
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Implementación de metodología para la identificación y cuantificación de Streptococcus mutans mediante PCR en tiempo real en muestras de saliva y placa dental

Duperat Sánchez, Lorena del Carmen January 2013 (has links)
Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / Autor no autoriza el acceso a texto completo de su documento / Son más de 700 especies bacterianas identificables en la cavidad oral humana. Entre ellas, Streptococcus mutans se cree que desempeña un papel importante como un factor microbiológico para la iniciación de la caries dental. El manejo clínico de la caries dental se ha dirigido principalmente al tratamiento de las consecuencias del proceso de la enfermedad mediante restauraciones y no en su prevención. Con el uso de tecnología emergente, se podrá evaluar el riesgo de la enfermedad de caries en una fase anterior a la de la lesión incipiente de mancha blanca clínicamente visible. Recientemente se ha demostrado que PCR en tiempo real es un método sensible y rápido para la identificación y cuantificación de las especies microbianas individuales. Para este estudio se seleccionaron 27 niños al azar, de 8 años de edad, provenientes del área norte de la RM. Se recolectó 3ml. de saliva no estimulada, en las primeras horas de la mañana sin cepillado previo, solicitando su depósito en un tubo de plástico estéril, el cual se mantuvo a 4ºC hasta su traslado al laboratorio. La placa supragingival se recogió de todas las superficies dentarias lisas de dientes anteriores y posteriores con curetas periodontales estériles. Las muestras de saliva y placa bacteriana previamente rotuladas, se almacenaron a -80°C para su posterior procesamiento. Los partidores utilizados para cuantificar mediante qPCR el gen gtfB de S. mutans fueron Smut 3368-F y Smut 3481-R. Los resultados obtenidos de la amplificación mediante qPCR tuvo un porcentaje de eficiencia del 98% y el delta entre cada ciclo fue de 3,36. En la curva de melting se obtuvo un solo pick de amplificación a una misma temperatura para todas las muestras. La metodología presentada permite la identificación y cuantificación específica para el gen gtfB de S. mutans en muestras de saliva y biopelícula dental, de manera rápida y exacta. Lo que permite establecer el riesgo cariogénico individual de cada paciente y con ello realizar medidas preventivas, evitando así la aparición de lesiones y su posible transmisión.
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Inhibición del crecimiento in vitro de streptococcus mutans por papaina y sanitrend.

Castro Arqueros, Viviana Marisel January 2005 (has links)
Streptococcus mutans ha sido implicado como el principal agente etiológico de la caries dental, la cual es considerada una de las enfermedades infecciosas más comunes en los seres humanos. Por esto, muchas investigaciones están destinadas al estudio de sustancias, tanto químicas como de origen natural, que impidan que el agente patógeno prolifere en el medio bucal. Dentro de las sustancias de origen natural tenemos papaína y Sanitrend. Papaína es una enzima proveniente de la papaya, la cual además de facilitar la digestión, presenta propiedades antinflamatorias, antimicrobianas y antifúngicas. Sanitrend es un biocida orgánico natural basado en extractos de semillas de cítricos, presenta acción antimicrobiana y fungicida de amplio espectro. En el estudio de sustancias con propiedades antibacterianas se puede utilizar la técnica de dilución en agar, en la cual se prepara una serie de placas con agar a las que se les agrega el antimicrobiano a diferentes concentraciones, luego se inoculan con una suspensión estandarizada del microorganismo en estudio. Las pruebas se examinan luego de incubar 48 hrs a 35ºC y se determina la concentración inhibitoria mínima (CIM) del antimicrobiano frente al microorganismo.
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Recuento de 5 especies bacterianas en muestras de placa supragingival y de saliva en escolares de 8 años de edad, del sector norte de la RM de Santiago, con y sin experiencia de caries

Velozo Henríquez, Daniel Adolfo January 2016 (has links)
Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / La generación de álcali en saliva y biopelícula es producto de la actividad enzimática de bacterias mediante dos vías produciendo como resultado final amonio. La alcalogenicidad de ciertas bacterias podría estar asociada positivamente con un menor índice de caries, por lo que determinar el recuento de estas bacterias y relacionarlo con COPD/ceod, podría ayudar a dilucidar la relación entre presencia o ausencia de caries y la capacidad alcalogénica de 4especies bacterianas. 23 niños escolares de 8 años de edad de la zona norte de la región Metropolitana fueron evaluados por examinadores calibrados y categorizados según su índice CEOP/ceod en dos grupos: Con Experiencia de Caries y otro grupo Sin Experiencia de Caries, y se determinó el recuento de Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguinis, Streptococcus gordonii y Actinomyces naeslundii, mediante qPCR. Los resultados obtenidos en el recuento de cada bacteria expresado en copias de DNA/mL, fueron analizados con la estadística no paramétrica Test de Mann-Whitney para muestras independientes. Al comparar el recuento de cada especie entre los grupos antes señalados, tanto en placa supragingival como en saliva, no se obtuvo diferencias significativas (p>0.005). Estos resultados dan cuenta de la complejidad de la biopelícula y del proceso de desarrollo y progresión de la caries dental. / Adscrito a Proyecto FONIS SAE 13 20 205.
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Estudio cuantitativo de Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius y Actinomyces naeslundii y su relación con experiencia y actividad de caries en niños de 6 y 7 años de edad de comunas de la zona norte de la Región Metropolitana

Navarrete Contreras, Carlos Magno January 2016 (has links)
Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / Introducción Un nuevo enfoque en la investigación de la caries se centra en la generación de álcali por bacterias como Actinomyces naeslundii y Streptococcus salivarius a partir de sustratos salivales como la urea, que pueden desempeñar un rol importante en el pH de la biopelícula, la homeostasis oral y la inhibición del proceso con caries. El potencial alcalogénico de estas bacterias podría estar asociado a un menor índice de caries, mientras que un recuento para Streptococcus mutans estaría asociado a un mayor índice de caries (COPD-ceod). Por esta razón, en este trabajo se propone determinar los niveles de bacterias residentes de la microbiota oral (Actinomyces naeslundii, Streptococcus salivarius y Streptococcus mutans) y establecer su relación con índices de caries de una población escolar. Materiales y Métodos Empleando métodos visual y táctil, realizado por examinadores calibrados (índice de Kappa= 0,77) según criterios OMS, 66 niños de 6 y 7 años de edad de colegios de la zona norte de la Región Metropolitana. Se recolectaron muestras de saliva y placa dental. Se determinó criterio ICDAS e índices COPD-ceod y se agruparon en: grupo sano y grupo con caries. Se cuantificó mediante qPCR la cantidad de Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius y Actinomyces naeslundii presentes en las muestras de los pacientes, tanto en saliva como en placa dental. Los datos se analizaron mediante el programa Stata v 11.0, obteniéndose el promedio y el error estándar. El Test Mann-Whitney-Wilcoxon, prueba no paramétrica, se utilizó para comparar medianas de los diferentes grupos en estudio. Resultados Se extrajo DNA de las bacterias de referencia para obtener la curva de calibración y la ecuación de la recta, específica de cada bacteria. Se extrajo DNA de las muestras obtenidas para obtener las curvas de amplificación, las que en conjunto con la curva de calibración se obtuvo el número de copias/mL de cada una de las muestras analizadas. Se compararon ambos grupos mediante el promedio y la mediana. Se encontró diferencias significativas (p<0.05) para S. mutans en placa y saliva y en S. salivarius en saliva, observando que el grupo con caries posee mayores recuentos. Conclusiones No hay una correlación significativa entre el grupo sano y el recuento de bacterias alcalogénicas, A. naeslundii en placa y saliva y S. salivarius en placa. Sí se encontró una correlación positiva entre el recuento de S. mutans y un mayor índice de caries de escolares de 6 y 7 años de edad y S. salivarius en saliva del grupo con caries. / Adscrito a Proyecto FONIS SAE 13 20 205.
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Frecuencia de enterobacterias en verduras frescas de consumo crudo expendidas en cuatro mercados de Lima Metropolitana

Muñoz Javier, Silvia Melina January 2005 (has links)
El presente estudio tuvo como objetivo evaluar el grado de contaminación fecal en 3 de las verduras de mayor consumo crudo expendidas en cuatro importantes mercados mayoristas de Lima Metropolitana. Se recolectaron en total 180 muestras, 15 de lechuga (Lactuca sativa), 15 de col (Brassica oleracea) y 15 de espinaca (Spinacea oleracea) en La Parada, Ramón Castilla, Ceres y Caquetá. Las muestras fueron procesadas según el método del Número más Probable para detección y recuento de coliformes fecales y E. coli Tipo I (Típico), así como por la prueba de Ausencia/Presencia para Salmonella. El estudio demuestra que el 18.9% y 56.7% del total de verduras, y el 22.2% y 64.4% de verduras provenientes de los mercados 1 y 3, presentaron niveles de colifecales superiores a lo establecido por la ICMSF (100) y el MINSA (10), respectivamente. Además, el 2.2% de verduras del mercado 4 presentó niveles de E. coli Tipo I (Típico) superiores a lo establecido por la ICMSF y el MINSA (10). En ambos casos, la espinaca tuvo la mayor contaminación. Respecto a Salmonella spp., el 10% de las verduras presentó contaminación, resaltando la col y fue el mercado 2 el que presentó el mayor porcentaje (20%). Los mercados 3 y 4 presentaron las verduras con el mayor porcentaje de aceptabilidad total y el mercado 2 aquellas con el mayor porcentaje de rechazo. / --- The purpose of this study was to evaluate the degree of faecal contamination in three vegetables of major raw consumption that are selled in four importants wholesale markets in Lima city. A total of 180 samples, 15 lettuce (Lactuca sativa) samples, 15 cabbage (Brassica oleracea) samples and 15 spinach (Spinacea oleracea) samples from La Parada, Ramón Castilla, Ceres and Caquetá were collected. Samples were processed using the Most Probable Number method for faecal coliform and E. coli Type I (Typical) detection and count, plus Absence/Presence test for Salmonella. In this study 18.9% and 56.7% from all vegetables, and 22.2% and 64.4% of vegetables from markets 1 and 3 displayed faecal coliforms levels higher than those were established by ICMSF (100) and MINSA (10), respectively. In addition, 2.2% vegetables from the market 4 displayed E. coli Type I (Typical) levels higher than that was established by ICMSF and MINSA (10). In both cases, spinach had the higher contamination. About Salmonella spp., 10% all vegetables were contaminated, standing out the cabbage and the market 2 displayed the higher percentage (20%). Markets 3 and 4 displayed vegetables with higher percents of total acceptance, and the market 2 those with higher percents of reject. / Tesis
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Caracterización de la microbiota vesical en pacientes con neoplasia maligna de vejiga

Parra Grande, Mónica 28 July 2020 (has links)
Objetivos: La evidencia sugiere que la microbiota podría contribuir a la patogénesis de una serie de enfermedades, incluido el cáncer, habiéndose propuesto distintos mecanismos que demuestran la influencia de la microbiota en el proceso de la carcinogénesis. En el cáncer de vejiga, estudios preliminares han encontrado alteraciones en la microbiota urinaria de pacientes con carcinoma urotelial en comparación con individuos sanos. El objetivo del estudio fue caracterizar, mediante técnicas de secuenciación masiva, la microbiota de la vejiga en muestras de mucosa tumoral y mucosa pareada no tumoral procedentes de una cohorte de pacientes con neoplasia maligna de vejiga, además de estudiar las diferencias en la composición microbiana de la mucosa tumoral según las variables clínico-patológicas y determinar posibles perfiles microbianos. Material y métodos: Se analizaron un total de 58 muestras de 32 pacientes con cáncer de vejiga (26 pacientes con muestras pareadas [tejido tumoral y no tumoral] y 6 pacientes con muestras tumorales). Se extrajo el ADN bacteriano del tejido congelado a -80ºC en el Biobanco del HGU de Elche, mediante QIAamp DNA mini kit (Qiagen). Para la construcción de las librerías de amplicones se amplificó un fragmento de 459 pares de bases correspondiente a las regiones variables V3 y V4 del gen ADNr, utilizando los cebadores descritos para metagenomas humanos a los cuales se les añadió la secuencia de los adaptadores de Illumina. Se secuenciaron las muestras mediante la opción de lecturas emparejadas de 2x300pb con MiSeq Reagent Kit v3 de 300 ciclos. En el análisis de secuencias, se realizó un control de calidad mediante el programa prinseq, se unieron las lecturas R1 y R2 procedentes de la secuenciación mediante el programa flash y se eliminaron las eventuales secuencias quiméricas mediante el programa usearch. Las secuencias resultantes se utilizaron para su clasificación empleando la base de datos Ribosomal Database Project. Para el análisis estadístico se utilizó el software R versión 3.5.2. Tanto los estimadores de riqueza específica y abundancia relativa, como el número de filos y géneros bacterianos encontrados en los grupos de estudio se compararon mediante el test de wilcoxon y el test U-Mann-Whitney en los análisis de muestras pareadas y no pareadas, respectivamente. Se realizó un análisis multivariante de Componentes Principales bidimensional entre grupos y un test PERMANOVA para buscar diferencias significativas en la composición microbiana en función de las variables clínico-patológicas. Las diferencias intergrupales se analizaron mediante el método de análisis discriminante efecto-tamaño (LDA effect size, LEfSe). Por último, se realizó un Heatmap para identificar distintos clusters en la composición microbiana. Los clusters encontrados se correlacionaron con las variables tumorales mediante el test de chi-cuadrado o test de Fisher. Resultados: Encontramos diferencias significativas en los índices de riqueza específica OBS (p=0,012) y Chao2 (p=0,049) a nivel de género, siendo mayores en la mucosa no tumoral respecto a la mucosa tumoral. En cuanto a los índices de abundancia relativa no hubo diferencias significativas entre ambos grupos. Nuestros resultados muestran que el filo más abundante en ambos grupos fue Firmicutes, seguido de Bacteroidetes, Proteobacteria y Actinobacteria. Y que las Actinobacterias se encontraban significativamente más enriquecidas en la mucosa no tumoral respecto a la mucosa tumoral (p-valor = 0,009). Los géneros más abundantes en ambos grupos fueron Bacteroides y Escherichia.Shigella, seguido de Staphylococcus y Enterococcus en la mucosa tumoral, y Phascolarctobacterium y Propionibacterium en la mucosa no tumoral. No encontramos diferencias significativas en la composición microbiana a nivel de género. En el análisis multivariante, tanto a nivel de filo como de género, encontramos diferencias significativas en la composición microbiana en función del grado de tumor (p-valor = 0,03 y 0,04, respectivamente). La mucosa de los pacientes con bajo grado de tumor presentaba un mayor enriquecimiento del género Enterococcus respecto a los pacientes con alto grado de tumor. Para finalizar, se identificó la presencia de tres clusters en la composición microbiana de las muestras de mucosa tumoral. El cluster 1 se encontraba significativamente enriquecido de los géneros Barnesiella, Parabacteroides, Prevotella, Alistipes y Lachnospiracea_incertae_sedis, mientras que el cluster 2 de Staphylococcus. No se encontraron diferencias significativas al correlacionar los diferentes clusters con las variables clínicopatológicas, ni en el análisis de supervivencia. Conclusiones: Encontramos una mayor riqueza microbiana de los tejidos no tumorales respecto a los tejidos tumorales que coincide con la asunción global de que la riqueza es un indicador de salud de la microbiota. La mayor abundancia del filo Actinobacteria en las muestras de mucosa de vejiga no neoplásica respecto al tejido tumoral, refuerza la hipótesis inicialmente planteada de que una microbiota rica en Actinomycetes podría estar relacionada con la menor incidencia de cáncer de vejiga en las mujeres y por tanto, podría tener un efecto preventivo. El análisis multivariante de la composición microbiana del tejido tumoral reveló diferencias significativas en función del grado del tumor, encontrándose en los tumores de bajo grado, un perfil microbiano enriquecido por bacterias del género Enterococcus. Finalmente, se identificaron tres perfiles microbianos diferentes, encontrando diferencias significativas en dos ellos; mientras que el cluster 1 presentaba una microbiota enriquecida por el filo Bacteroidetes, el cluster 2 estaba más enriquecido por el filo Firmicutes. Se necesitan estudios prospectivos longitudinales que permitan establecer la relación causal de la microbiota en el proceso de carcinogénesis.

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