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Investigação das comunidades bacterianas cultiváveis e aspectos físico-químicos de wetlands construídos em hotel na serra gaúcha / Investigation of the culturable bacterial communities and physico-chemical aspects in constructed wetlands at a hotel in serra gaúcha

Andréis, Diogo Bonalume January 2016 (has links)
Wetlands são sistemas que apresentam custo operacional e de implantação muito reduzidos se comparados à maioria dos sistemas de tratamento de efluentes. As comunidades microbianas presentes nesse sistema promovem a remoção de poluentes, da matéria orgânica e de nutrientes eutrofizantes. Este trabalho teve como objetivo a identificação das comunidades microbianas cultiváveis presentes no efluente e sua alternância ao longo do sistema em comparação aos dados físico-químicos. Amostras de efluente bruto e tratado foram coletadas no verão e no início do inverno de 2015 no sistema de wetlands construídos em um hotel. As amostras foram diluídas em série até a diluição 10-6 e as últimas três foram inoculadas em placas de Petri, em triplicata, contendo quatro meios de cultura. As amostras foram incubadas a temperatura ambiente (20°C ± 2°C) e 28ºC por 24-48 h. Foram obtidos 76 isolados bacterianos, sendo 54 das amostras de verão e 22 de inverno. Do total de isolados bacterianos obteve-se 18 Gram-positivas e 58 Gram-negativas. A média dos valores de nitrogênio total, nitrogênio amoniacal e fósforo demonstrou eficiência moderada de remoção pelo sistema de tratamento. Observou-se aumento de nitrato no efluente tratado nas duas coletas e um percentual de remoção maior no período de inverno para nitrogênio amoniacal e nitrogênio total. Dentre os 19 gêneros bacterianos identificados observou-se prevalência dos gêneros: Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Moraxella e Pseudomonas. As amostras representativas dos principais gêneros identificados bioquimicamente foram selecionadas para sequenciamento de DNA, cujo resultado confirmou os gêneros dos grupos microbianos. / Wetlands are systems that have low implementation and operational costs, when compared to other types of wastewater treatment systems. Microbial communities of wetlands systems promote the removal of pollutants, organic matter and eutrophication nutrients. This study aimed to identify the initial culturable microbial communities of the wetland effluent, as well as their changes throughout the system, and to compare this data with the physicochemical data. Raw and treated effluent samples were collected in the summer and early winter of 2015 in the wetlands system built in the hotel. Samples were serially diluted, up to 10-6 dilution and the last three dilutions were seeded on Petri dishes, in triplicate, into four culture media. After incubation at ambient temperature (20°C ± 2°C) and 28°C for 24-48 h a total of 76 bacterial isolates were obtained, 54 from summer and 22 from winter samples, of which 18 Gram-positive and 58 Gram-negative. The mean values of total nitrogen, ammoniacal nitrogen and phosphorus in the final treated effluent, showed a moderate efficiency of the wetlands system. Nitrate increased in the treated effluent in two samples, although a higher percentage of removal in the winter period for ammoniacal nitrogen and total nitrogen was registered. Among the 19 identified bacterial genera there was a prevalence of Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Pseudomonas and Moraxella. Samples that represented the majority of the genera identified biochemically, after being submitted for DNA sequencing confirmed the genera of the bacterial isolates.
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Investigação das comunidades bacterianas cultiváveis e aspectos físico-químicos de wetlands construídos em hotel na serra gaúcha / Investigation of the culturable bacterial communities and physico-chemical aspects in constructed wetlands at a hotel in serra gaúcha

Andréis, Diogo Bonalume January 2016 (has links)
Wetlands são sistemas que apresentam custo operacional e de implantação muito reduzidos se comparados à maioria dos sistemas de tratamento de efluentes. As comunidades microbianas presentes nesse sistema promovem a remoção de poluentes, da matéria orgânica e de nutrientes eutrofizantes. Este trabalho teve como objetivo a identificação das comunidades microbianas cultiváveis presentes no efluente e sua alternância ao longo do sistema em comparação aos dados físico-químicos. Amostras de efluente bruto e tratado foram coletadas no verão e no início do inverno de 2015 no sistema de wetlands construídos em um hotel. As amostras foram diluídas em série até a diluição 10-6 e as últimas três foram inoculadas em placas de Petri, em triplicata, contendo quatro meios de cultura. As amostras foram incubadas a temperatura ambiente (20°C ± 2°C) e 28ºC por 24-48 h. Foram obtidos 76 isolados bacterianos, sendo 54 das amostras de verão e 22 de inverno. Do total de isolados bacterianos obteve-se 18 Gram-positivas e 58 Gram-negativas. A média dos valores de nitrogênio total, nitrogênio amoniacal e fósforo demonstrou eficiência moderada de remoção pelo sistema de tratamento. Observou-se aumento de nitrato no efluente tratado nas duas coletas e um percentual de remoção maior no período de inverno para nitrogênio amoniacal e nitrogênio total. Dentre os 19 gêneros bacterianos identificados observou-se prevalência dos gêneros: Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Moraxella e Pseudomonas. As amostras representativas dos principais gêneros identificados bioquimicamente foram selecionadas para sequenciamento de DNA, cujo resultado confirmou os gêneros dos grupos microbianos. / Wetlands are systems that have low implementation and operational costs, when compared to other types of wastewater treatment systems. Microbial communities of wetlands systems promote the removal of pollutants, organic matter and eutrophication nutrients. This study aimed to identify the initial culturable microbial communities of the wetland effluent, as well as their changes throughout the system, and to compare this data with the physicochemical data. Raw and treated effluent samples were collected in the summer and early winter of 2015 in the wetlands system built in the hotel. Samples were serially diluted, up to 10-6 dilution and the last three dilutions were seeded on Petri dishes, in triplicate, into four culture media. After incubation at ambient temperature (20°C ± 2°C) and 28°C for 24-48 h a total of 76 bacterial isolates were obtained, 54 from summer and 22 from winter samples, of which 18 Gram-positive and 58 Gram-negative. The mean values of total nitrogen, ammoniacal nitrogen and phosphorus in the final treated effluent, showed a moderate efficiency of the wetlands system. Nitrate increased in the treated effluent in two samples, although a higher percentage of removal in the winter period for ammoniacal nitrogen and total nitrogen was registered. Among the 19 identified bacterial genera there was a prevalence of Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Pseudomonas and Moraxella. Samples that represented the majority of the genera identified biochemically, after being submitted for DNA sequencing confirmed the genera of the bacterial isolates.
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Análise da diversidade, abundância e estrutura funcional da comunidade microbiana de três manguezais do Estado de São Paulo, Brasil. / Analysis of diversity, abundance and functional structure of microbial community of three mangroves of São Paulo State, Brazil.

Daniella Vilela Lima 05 December 2012 (has links)
Os manguezais são ecossistemas complexos tipicamente encontrados na interface entre a terra e o mar. Apesar de sua grande importância ecológica estes ambientes estão em risco, devido à proximidade de áreas com elevada exposição a poluentes, como hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) liberados em derramantos de petróleo. Em nosso trabalho nós exploramos a diversidade e abundância taxonômica e funcional de bactérias em três manguezais localizados sob diferentes estágios de preservação no Estado de São Paulo. Os resultados mostraram que a concentração total de HPAs nos sedimentos foram diferentes entre todos os pontos de amostragem, com o sedimento de manguezal apresentando as concentrações mais elevadas. Genes <font face=\"Symbol\">a-ARHDs foram encontrados em todos os locais de amostragem, revelando a presença de enzimas envolvidas no metabolismo do bifenilo, naftaleno, dibenzofurano, 3-fenilpropanoato e benzeno. A PCR em tempo real demonstrou um maior número de cópias do gene <font face=\"Symbol\">a-ARHD e 16S rRNA nas áreas contaminadas. A análise das seqüências obtidas pelo sequenciamento do gene 16S rRNA mostrou estruturas de comunidades distintas para todas as amostras. O filo mais frequente foi Proteobacteria e o número de Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) detectadas nas amostras da área preservada foi superior às daárea contaminada. A análise das seqüências obtidas para o pirosequenciamento do gene bph indicou um maior número de Famílias Proteicas Operacionais (FPOs) no ambiente com atividade antrópica. Em conclusão, os resultados permitiram acessar e identificar uma extensa diversidade de bactérias, incluindo os genes ARHD, 16S rRNA e bph. Tais dados podem oferecer novas abordagens para melhorar a recuperação de tais ambientes. / Mangroves are complex ecosystems typically found at the interface between land and sea. Despite its great ecological importance, these environments are at risk due to the proximity of areas with high exposure to pollutants such as Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) released by oil spill. In our work we explore the diversity and taxonomic and functional abundance of bacteria in three mangroves under different stages of preservation located in the state of São Paulo. The results showed that the total concentration of PAHs in sediments were different between all the sampling sites, with mangrove sediment having the higher concentrations. <font face=\"Symbol\">a-ARHDs genes were found in all the sampling sites, revealing the presence of enzymes involved in the metabolism of biphenyl, naphthalene, dibenzofuran, 3-phenylpropanoate and benzene. The real-time PCR demonstrated an increased number of copies of the <font face=\"Symbol\">a-ARHD and 16S rRNA genes in the contaminated areas. The analysis of the sequences obtained by pyrosequencing of 16S rRNA gene showed distinct communities structures for all samples. The phylum Proteobacteria was more frequent and the number of Operational Taxonomic Units (OTUs) detected in pristine samples area was higher than contaminated area. The analysis of the sequences obtained for pyrosequencing of bph gene indicated a greater number of Operational Protein Families (OPFs) in the environment with human activity. In conclusion, the results allow to access and identify a wide variety of bacteria, including ARHD genes, 16S rRNA and bph. Such data may provide new approaches for improving the recovery of such environments.
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Micro-organismos em ambientes criogênicos: gelo glacial, solos expostos por recuo de geleiras, e permafrost polares. / Microorganisms in cryogenic environments: glacial ice, soils exposed by glacier retreat, and polar permafrosts.

Rubens Tadeu Delgado Duarte 10 September 2010 (has links)
O efeito de alterações climáticas sobre os micro-organismos ainda é incerto, pois pouco se conhece sobre as espécies que habitam regiões extremas como o gelo, solo antártico, e o solo permanentemente congelado (permafrost). O permafrost tem como característica a preservação de material biológico por milhões de anos, servindo como fonte para estudos de evolução e biogeografia de micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade microbiana em amostras de gelo, solo exposto por recuo de geleira e permafrost polares, e a diversidade funcional do gene alcano monoxigenase (alk). Métodos independentes de cultivo baseados no gene 16S rRNA foram utilizados, como DGGE, clonagem e pirossequenciamento. As geleiras da Ilha Rei George (Península Antártica) e do Pólo Sul Geográfico possuem cerca de 3.104 cél./mL e são compostas por micro-organismos diferentes, com predominância dos Filos Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes e Cyanobacteria, muitos dos quais já descritos em outros ambientes criogênicos. O solo em frente à geleira Baranowski apresenta uma estrutura de comunidade diferente do gelo. O solo exposto por recuo de geleira apresenta uma sucessão ecológica, com predominância de heterotróficas durante todo o processo. Fixadores de nitrogênio no solo foram compostos por cianobactérias no início, e por Rhodopseudomonas e Rhodobacter no final da sucessão. Estes resultados foram melhor observados com o pirossequenciamento. As mudanças observadas podem estar relacionadas ao aumento de K, Mg+, NH4+, NO3- e/ou CO2 detectados após 15-20 anos de exposição do solo. A comunidade de permafrosts varia com o local e a idade de congelamento (de 5.000 a 8 milhões de anos). O gene alkM foi detectado em permafrosts do Ártico com 3 milhões de anos, e o gene alkB em amostras do Ártico com 15.000 e 120.000 anos, e em solos modernos da Antártica. Alguns clones indicam que podem representar novos genes para alcano monoxigenases. As contribuições deste projeto abrangem os objetivos do Ano Polar Internacional (IPY 2007-2009), sobretudo na avaliação da ecologia microbiana da Antártica. / The effect of climate changes on microorganisms is still unclear, because little is known about the species that inhabit the extreme regions as the glacial ice, antarctic soils and the permanently frozen soil (permafrost). The permafrost is able to preserve the sedimented biological materials by thousands or even millions of years, being an important source for microbiological studies. The objective was to study the microbial diversity in cryogenic samples: glacial ice, soil exposed by glacial retreat and polar permafrosts, as well as to study the functional diversity of alkane monooxygenase genes (alk) in the permafrost. Cultivationindependent methods based on the 16S rRNA gene were used, as DGGE, clone library and 454 Pyrosequencing. Analysis of the King George Island (Antarctic Peninsula) glaciers and the South Pole ice revealed about 3x104 cells/mL each, and different micro-organisms were detected, predominantly members from Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes and Cyanobacteria, many of which already described in other cryogenic environments. The soil in front of the Baranowski Glacier has a different community structure compared with the ice. Soils exposed by glacier retreat revealed an ecological succession, and heterotrophic bacteria occurred all through the process. Nitrogen-fixing populations were composed by cyanobacteria at the early stages, and shifted to Rhodopseudomonas and Rhodobacter in the older soils. The observed changes may be related to an increase of K, Mg+, NH4 +, NO3- and/or CO2, detected after 15-20 years of soil exposure. The community of permafrosts varies by location and age (5,000 - 8 millions of years). The alkM gene was detected in old Arctic permafrosts (3 millions of years), while alkB genes were found on Arctic samples from 15,000 to 120,000 years, and in Antarctic modern soils. Some of these clones may represent new alk genes. The contributions of this project covers the goals of the International Polar Year (IPY 2007-2009), particularly in assessing the microbial ecology of Antarctica.
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Construção de biossensor para detecção de compostos BTEX baseado em fosfatase alcalina sob regulação xylR/Pu e avaliação de sua regulação metabólica. / Construction of a biosensor for BTEX compounds detection based on alkaline phosphatase in regulation xylR/Pu and evaluation of its metabolic regulation.

André Andrade Baceti 21 June 2011 (has links)
Este projeto teve como objetivo a construção de biosensores para a detecção de compostos monoaromáticos do grupo BTEX a partir dos componentes da via de degradação de compostos monoaromáticos codificada no plasmídeo TOL de Pseudomonas putida, mais precisamente: o promotor Pu e a proteína reguladora XylR, que ativa o promotor Pu após a ligação ao efetor monoaromático. Um objetivo secundário foi a verificação da existência de sequências reguladoras desconhecidas a montante do promotor Pu, construindo três variantes com fragmentos de Pu que se estendem por diferentes comprimentos a montante do promotor (Pu202 pb, Pu396 pb e Pu802 pb), cuja existência foi sugerida em trabalho anterior do laboratório. O promotor Pu foi ligado ao gene indicador para fosfatase alcalina isolado de E. coli. Todos os componentes das três variantes de biossensores foram clonados com sucesso. A construção de um dos plasmídeos de biossensoramento com a variante mais curta de Pu (Pu202) foi concluída. / Monoaromatic compounds are mainly responsible for the contamination of areas, this is because they are components of gas and the fuel stations most of accidents sites. Such compounds are highly toxic and, in between non-polar compounds, present high solubility and vapor pressure which assists them in dispersion at groundwaters and soil. This work aim to develop a biosensor based on alkaline phosphatase indicator gene under the regulation of the Pu promoter and its regulatory protein, XylR, that is activated by monoaromatic. Moreover, this work will continue a previous project of the research group that indicated a possible regulatory region not described for Pu, that hypothesis will be tested by producing different plasmids biosensors with varying sizes of Pu (202 bp, 396 bp and 802 bp). All biosensor fragments were purified and cloned on pGem T Easy and biosensor with Pu 202 pb was produced. Next goals are finishing others biosensors assemble and perform induction tests.
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Bactérias indicadoras e patogênicas em biofilmes de sistemas de tratamento de água, sistemas contaminados e esgoto. / Pathogenic and indicator bacteria in drinking water treatment plants, in sewage treatment plants and in a creek contaminated with raw sewage.

Bianca de Miranda Peres 27 March 2012 (has links)
Amostras de biofilme de biomassa suspensa de tanque de aeração de lodo ativado, de córrego contaminado com esgoto e de vários pontos de planta de tratamento de água foram analisadas com relação à presença de bactérias indicadoras e patogênicas. Nos testes presuntivos foram detectados todos os microrganismos-alvo (Coliformes, Salmonella spp, Klebsiella spp., Staphylococcus spp., Pseudomonas spp., Enterococcus spp., Vibrio spp., Clostridium spp., Shigella spp., Aeromonas spp., Campylobacter spp. e Legionella spp.), porém nos testes confirmatórios por PCR e teste bioquímico somente as espécies E. coli, Salmonella enterica subsp. Enterica serovar Typhi, K. pneumoniae, V. cholerae, A. hydrophila, e L. pneumophila foram confirmadas para algumas cepas selecionadas dos testes presuntivos. S. flexneri foi somente confirmada por teste bioquímico e S. aureus somente por PCR. Nenhuma amostra de C. jejuni foi confirmada por nenhum dos testes. Estes resultados demonstram que os meios seletivos para testes presumptivos não se mostraram confiáveis uma vez que muitas amostras presuntivas não foram confirmadas por PCR ou teste bioquímico específico. Estes resultados demonstram o potencial de biofilmes como reservatório de patógenos. / Biofilm samples from activated sludge reactors, surfaces from water treatment plants and water samples from a creek contaminated with raw sewage were analyzed for the presence of microbial indicator bacteria and pathogens. All target organisms (Coliforms, Salmonella spp, Klebsiella spp., Staphylococcus spp., Pseudomonas spp., Enterococcus spp., Vibrio spp., Clostridium spp., Shigella spp., Aeromonas spp., Campylobacter spp. and Legionella spp.) were detected by using presumptive testing media. Only a small proportion of positive colonies from presumptive tests were confirmed as pathogenic strains of E. coli, Salmonella enterica subsp. Enterica serovar Typhi, K. pneumoniae, V. cholerae, A. hydrophila, and L. pneumophila in confirmatory testing by selective PCR and biochemical tests. S. flexneri was only confirmed in biochemical tests, S. aureus only by PCR and no colony of C. jejuni was confirmed positive by either PCR or biochemical testing. Presumptive media are therefore not safe means for assessing pathogen load in biofilm samples. These results demonstrate the importance of microbial biofilms as reservoirs for microbial pathogens.
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Identificação bacteriana por derivação de ácidos graxos extraídos de células íntegras / Bacterial identification by fatty acid derivation extracted from whole cells

Pacheco, Fábio Luiz Camacho 16 June 2009 (has links)
As salas limpas são amplamente empregadas em indústrias farmacêuticas destinadas a fabricar medicamentos e dispositivos estéreis. Nós empregamos coloração de Gram e cromatografia gasosa de ésteres metílicos de ácidos graxos extraídos de células íntegras de microrganismos ambientais para caracterizar e identificar bactérias isoladas em 50 salas limpas diferentes projetadas para a fabricação de medicamentos estéreis e para fornecer um perfil de ácidos graxos das espécies mais comuns de bactérias isoladas. Uma análise estatística nos permitiu corroborar estudos anteriores e confirmar que cocos Gram positivos é o grupo mais relevante de microrganismos presentes nas salas limpas avaliadas. A espécie predominante é Micrococcus luteus, isolada de salas classe B e de pessoal, seguida de Staphylococcus cohnii em classe C, Bacillus subtilis em classe A e Staphylococcus hominis em classe D. Os perfis de ácidos graxos destas bactérias são, na maioria, consistentes com as bibliotecas padrão. Nós também tentamos estabelecer uma correlação entre a estação do ano e o nível de contaminação, embora a análise de variância tenha mostrado que não há diferença significativa entre o nível de contaminação no decorrer das estações. Além do mais, análises repetidas com um aumento gradual de massa celular nos permitiram concluir que a quantidade ótima de material celular necessário para extração de ácidos graxos varia com a espécie de bactéria. Finalmente, um estudo comparativo de algumas bactérias incubadas em diferentes temperaturas confirmou que o perfil de ácidos graxos é altamente influenciado pela temperatura. Portanto, nós acreditamos que este trabalho possa contribuir para identificar e compreender a comunidade bacteriana de algumas salas limpas farmacêuticas. / Clean rooms are largely employed in pharmaceutical companies whose purpose is to produce sterile drugs and devices. We employed Gram staining and gas chromatography of fatty acid methyl esters extracted from whole cells of environmental isolates to characterize and identify bacteria isolated in each of 50 different clean rooms designed for the manufacturing of sterile medicinal products and to provide a fatty acid profile of the most common species of isolated bacteria. Statistical analysis allowed us to corroborate previous studies and confirm that Gram-positive cocci are the most relevant group of microorganisms inside the studied clean rooms. The predominant species is Micrococcus luteus, isolated from Grade B zones and from personnel, followed by Staphylococcus cohnii in Grade C, Bacillus subtilis in Grade A and S. hominis in Grade D. Fatty acid profiles of these bacteria are, to a great extent, consistent with standard libraries. We also attempted to establish a correlation between season and level of contamination, although variance analysis showed that there is no significant difference on the level of contamination throughout seasons. Furthermore, repeated analysis with a gradual increase in cell mass allowed us to conclude that the optimal amount of cell material depends on the species of the bacteria studied. Finally, a comparative study with some bacteria incubated in different temperatures confirmed that fatty acid profile is highly influenced by temperature. Therefore, we believe that this work can contribute to identify and understand the bacterial community of some pharmaceutical clean rooms.
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A procura de bactérias degradadoras de metamidofós. / Searching for methamidofos degrading bacteria.

Cardona, Diana Maria Chica 27 September 2011 (has links)
O metamidofós é um inseticida organofosforado altamente tóxico por ser um forte inibidor da acetilcolinesterase, sendo utilizado em diversas culturas para o controle de pragas. Há poucas informações sobre a biodegradação deste composto disponíveis na literatura. Foram isoladas e caracterizadas 12 bactérias a partir de amostras de solo e água de uma área contaminada com metamidofós, as quais mostraram inicialmente capacidade de degradar o pesticida, utilizando-o como fonte de enxofre/nitrogênio e fósforo/enxofre. Estes isolados foram identificados por métodos de biologia molecular e pela caracterização do perfil lipídico da célula como pertencentes aos gêneros, Serratia, Pseudomonas, Stenotrophomonas e Curtobacterium. Ensaios preliminares da cinética de degradação do metamidofós por GC/MS evidenciaram o consumo do pesticida pelas bactérias isoladas. A retomada destes ensaios após alguns meses de armazenamento em glicerol a -80ºC resultou na perda da capacidade de biodegradação do composto-alvo por causas não-identificadas. Fatores que podem ter contribuído para este resultado negativo incluem eventual perda de plasmídeos com partes das vias de biodegradação ou interferentes utilizados na estabilização do metamidofós. / Methamidophos is a strong acetylcholinesterase inhibitor and, therefore, a very toxic organophosphorus insecticide. This product has been widely employed for pest control in a variety of cultures, but little information is available about its biodegradation. 12 bacteria were isolated and characterized, from water and soil samples obtained from a site contaminated with methamidophos, which in preliminary tests showed the ability to degrade methamidophos, using it as a combined source of sulfur/nitrogen and/or phosphorus/sulfur. These isolates were identified by molecular biology methods and by characterization of its fatty acids profile as members of the genus Serratia, Pseudomonas, Stenotrophomonas and Curtobacterium. The ability to biodegrade the compound was lost after prolonged storage at -80ºC for unknown reasons. It was hypothesized that this negative result may have occurred due to loss of plasmids or by interference of products used in the stabilization of commercial methamidophos formulations.
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Aplicação de metodologias de isolamento de bactérias ainda \'não-cultivadas\' em ecossistemas marinhos. / Applications of methods for isolating uncultured bacteria in marine environments.

Ushimaru, Priscila Ikeda 12 August 2011 (has links)
Aplicou-se duas metodologias para isolamento de bactérias ainda \"não-cultivadas\" em amostras de água do mar de Ubatuba (SP, Brasil) e da Baía do Almirantado (Antártica). Pela adaptação do método de cultivo de alto desempenho (HTC), foi possível isolar 4 culturas bacterianas, nas quais duas podem ser consideradas ainda não-cultivadas e foram identificadas através das análises filogenéticas do gene rRNA 16S. Ao aplicar o método de inóculo em meio de cultura diluído 1/10, nas amostras de água do mar antártico, 81 isolados bacterianos foram identificados (gene rRNA 16S), sendo que um deles, é candidato a um isolado \"não-cultivado\". Outras abordagens fenotípicas e genômicas serão necessárias para definir a caracterização taxonômica destas bactérias \"não-cultivadas\" obtidas. A presença dos genes alk foi detectada em 11 isolados bacterianos antárticos, destes, um representante apresentou similaridade com uma sequência de gene alkM, recém-descrita em estudo prévio, em um dos clones de bibliotecas metagenômicas de sedimentos, na mesma região de amostragem. / Two different methods were applied for culturing marine bacteria in order to isolate uncultured representatives from Ubatuba seawater (SP, Brazil) and from Admiralty Bay (Antarctica). The adapted high-throughput culturing (HTC) procedures allowed to obtain four isolates. Two of them are uncultured bacteria candidates from coastal seawater studied and they were identified by phylogenetic analysis for 16S rRNA genes. The use of traditional plating on 1/10 dilution of agar media for the Antarctica seawater samples, allowed to isolate 81 cultures that were identified (16S rRNA gene), and one of these isolates is most likely to be an uncultured micro-organism. For taxonomic purposes, several others phenotypic and genomic methods must be applied for the further characterization of these uncultured bacteria. The alk genes were detected in eleven bacterial isolates from Antarctic. One of them, showed similarity to the sequence of an alkM gene, described in previous work in environmental clones libraries od sediments, from the same sampling area.
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Aplicação de metodologias de isolamento de bactérias ainda \'não-cultivadas\' em ecossistemas marinhos. / Applications of methods for isolating uncultured bacteria in marine environments.

Priscila Ikeda Ushimaru 12 August 2011 (has links)
Aplicou-se duas metodologias para isolamento de bactérias ainda \"não-cultivadas\" em amostras de água do mar de Ubatuba (SP, Brasil) e da Baía do Almirantado (Antártica). Pela adaptação do método de cultivo de alto desempenho (HTC), foi possível isolar 4 culturas bacterianas, nas quais duas podem ser consideradas ainda não-cultivadas e foram identificadas através das análises filogenéticas do gene rRNA 16S. Ao aplicar o método de inóculo em meio de cultura diluído 1/10, nas amostras de água do mar antártico, 81 isolados bacterianos foram identificados (gene rRNA 16S), sendo que um deles, é candidato a um isolado \"não-cultivado\". Outras abordagens fenotípicas e genômicas serão necessárias para definir a caracterização taxonômica destas bactérias \"não-cultivadas\" obtidas. A presença dos genes alk foi detectada em 11 isolados bacterianos antárticos, destes, um representante apresentou similaridade com uma sequência de gene alkM, recém-descrita em estudo prévio, em um dos clones de bibliotecas metagenômicas de sedimentos, na mesma região de amostragem. / Two different methods were applied for culturing marine bacteria in order to isolate uncultured representatives from Ubatuba seawater (SP, Brazil) and from Admiralty Bay (Antarctica). The adapted high-throughput culturing (HTC) procedures allowed to obtain four isolates. Two of them are uncultured bacteria candidates from coastal seawater studied and they were identified by phylogenetic analysis for 16S rRNA genes. The use of traditional plating on 1/10 dilution of agar media for the Antarctica seawater samples, allowed to isolate 81 cultures that were identified (16S rRNA gene), and one of these isolates is most likely to be an uncultured micro-organism. For taxonomic purposes, several others phenotypic and genomic methods must be applied for the further characterization of these uncultured bacteria. The alk genes were detected in eleven bacterial isolates from Antarctic. One of them, showed similarity to the sequence of an alkM gene, described in previous work in environmental clones libraries od sediments, from the same sampling area.

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