L’étude du microbiote digestif a connu un regain d’intérêt au début des années 2000, avec l’avènement des techniques moléculaires. La culturomics a démontré sa complémentarité depuis 2010 en réduisant une partie des biais des méthodes moléculaires. Une revue sur les techniques d’étude du microbiote digestif et l’analyse du microbiote des sujets africains. Les études de métagénomique en Afrique ont révélé une augmentation de la biodiversité, en particulier des Spirochaetes et des Prevotella chez les africains par rapport aux occidentaux. Sur les 1162 bactéries isolées par culturomics, 476 n'étaient pas africaines, 445 étaient communes et 241 étaient d’origine africaine dont 68 nouvelles espèces. Pour ma participation au travail de culturomics, 102750 colonies testées par MALDI-TOF,ont permis d'identifier 377 espèces incluant 40 nouvelles espèces,17 nouveaux genres et 2 nouvelles familles.Ces nouvelles espèces ont été décrites par taxonogenomics ou new species announcement.Les archaea méthanogènes ont une prévalence de 97,4% pour M. smithii et associés à des pathologies comme l’abcès du cerveau,les parodontites etc. La culture est fastidieuse et nécessitait une source extérieure d’hydrogène. Sous enceinte anaérobie, nous avons cultivé avec succès M. smithii à partir d’un milieu de culture liquide inoculé d’échantillon de selle. L’isolement en culture pure a été un succès sur milieu gélosé en réalisant une coculture avec Bacteroides thetaiotaomicron. Nous avons aussi testé avec succès la coculture de M. smithii avec d’autres bactéries productrices d’hydrogène connues. Les tests de chromatographie en phase gazeuse montraient que ces souches produisaient de l’hydrogène. / The study of the digestive microbiota was a renewed interest in the early 2000s, with the advent of molecular techniques. The culturomics has demonstrated its complementarity since 2010 by reducing some of the biases of molecular methods. A review on the techniques of studying the digestive microbiota and the analysis of the microbiota of African subjects. Metagenomic studies in Africa have revealed an increase in biodiversity, especially Spirochaetes and Prevotella among Africans compared to Westerners. Of the 1162 bacteria isolated by culturomics, 476 were non-African, 445 were common, and 241 were of African origin, including 68 new species. For my participation in the work of culturomics, 102750 colonies tested by MALDI-TOF, identified 377 species including 40 new species, 17 new genera and 2 new families. These new species have been described by taxonogenomics or new species announcement.Methanogenic archaea have a prevalence of 97.4% for M. smithii and associated with pathologies such as brain abscess, periodontitis and so on. The cultivation is tedious and required an external source of hydrogen. Under anaerobic enclosure, we successfully cultivated M. smithii from a liquid culture medium inoculated with a stool sample. The isolation in pure culture was a success on agar medium by performing a coculture with Bacteroides thetaiotaomicron. We have also successfully tested the co-culture of M. smithii with other known hydrogen-producing bacteria. Gas chromatographic tests showed that these strains produced hydrogen.

Submitted by TARCISIO MACEDO SILVA null (tarcisiomedvet@hotmail.com) on 2017-12-12T20:53:29Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Tarcísio Macedo Silva.pdf: 1757310 bytes, checksum: 128f6aff84e23e2e9f3f06ad11db8914 (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2017-12-13T12:33:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_tm_me_bot.pdf: 1757310 bytes, checksum: 128f6aff84e23e2e9f3f06ad11db8914 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-13T12:33:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_tm_me_bot.pdf: 1757310 bytes, checksum: 128f6aff84e23e2e9f3f06ad11db8914 (MD5) Previous issue date: 2017-11-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente estudo avaliou uso de ácidos orgânicos (AOs), probiótico e produto de exclusão competitiva (EC) administrados continuadamente, via ração, no controle de Salmonella Heidelberg (SH) e a ação sobre a microbiota e morfometria intestinal. Cento e setenta perus de corte fêmeas foram distribuídas, aleatoriamente, em cinco tratamentos com quatro repetições de oito aves cada. No terceiro e no décimo dia de vida, os animais foram submetidos ao desafio oral de SH. No sétimo, 19º e 35º de vida as aves foram eutanasiadas (n=10 por tratamento) e colhido amostras de segmentos do inglúvio, duodeno, jejuno, íleo e ceco para quantificação de SH, quantificação relativa do microrganismo Faecalibacterium prausnitzii e análise morfométrica. No decorrer do período experimental foram realizadas colheitas de suabes cloacais para pesquisa de SH. A administração do probiótico e produto de EC foi capaz de reduzir a incidência e a colonização de SH no inglúvio. Nos cecos os tratamentos reduziram a colonização de SH somente aos 19 dias de idade. Somente a dieta suplementada com AOs influenciou positivamente na quantidade de F. prausnitizii no ceco (19 e 35 dias) e não houve correlação entre a quantidade relativa desse microrganismo e o número de UFCs de SH. A excreção fecal de SH, foi influenciada pelos tratamentos a partir dos 26 dias de vida das aves, aos 34 dias todos os tratamentos reduziram a excreção fecal. A morfometria intestinal foi influenciada pelos tratamentos somente aos sete dias de vida, onde os animais que receberam AOs apresentaram maiores alturas de vilosidades de jejuno quando comparado com o grupo controle positivo. A administração dos aditivos via ração demonstrou eficácia no controle e na persistência da infecção por SH. No entanto, o uso de AOs foi mais eficaz para modular a microbiota cecal, provando que a composição da dieta pode modular populações de bactérias benéficas, mas tais microrganismos podem não estar correlacionadas com a redução da colonização cecal por SH. / The present study evaluated the use of organic acids (AOs), probiotic and competitive exclusion (CE) product administered continuously in the feed on the control Salmonella Heidelberg (SH) and action microbiota and morphometry intestinal. One hundred and seventy poults females were randomly distributed in five treatments with four replicates of eight birds each. In the 3rd and 10th day of life, the animals were submitted to the challenge with SH. In the 7th, 19th and 35th of life the birds were euthanized (n = 10) and samples of the crop, duodenum, jejunum, ileum and caeca were removed to quantification of SH, quantification relative of the Faecalibacterium prausnitzii and morphometric analysis. During the experimental period were perfomerd clocal swabs for SH research. The administration of probiotic and CE product was able to reduce the incidence and colonization of SH in the crop. In the caecum the treatments reduced SH only 19 days of age. Only the diet supplemented with AOs influenced positively on amount of F. prausnitizii in the cecum (19 and 35 days) and there was no correlation between the amount on the microorganism and the number of UFCs of SH. Fecal excretion of SH, was influenced by the treatments from 26 days of life, at 34 days all treatments reduced faecal excretion. The intestinal morphometry was influenced by the treatments only to seven days of age, where the animals that received AOs had higher jejunal villus heights of villi when compared with the positive control. The feed additives administration demonstrated effectiveness in controlling and in the persistence of the infection by SH. However, the use of AOs was most effective to modulate the cecal microbiota, proving that the composition of the diet can modulate populations of beneficial bacteria, but such microorganisms may not be correlated with the reduction of the SH / Processos: FAPESP 2015/16428-5; 2015/18350-3

Fundamento e objetivo: Mudanças na ingestão de fibra e água podem influenciar a fisiologia intestinal. Este conceito simplista fundamenta a recomendação médica popular de aumentar o consumo de fibras e ingerir 2 litros de água por dia para o tratamento da constipação intestinal. O nosso objetivo foi avaliar o que há de verdadeiro nesta recomendação, primeiramente em indivíduos saudáveis. Métodos: Neste ensaio clínico randomizado, não cego, de grupos paralelos, 20 voluntários sadios tiveram suas variáveis basais determinadas (dieta, hábito intestinal, qualidade de vida e microbiota intestinal), seguido de randomização para tratamentos de 14 dias com aumento na ingestão de fibras (grupo F) ou aumento de fibras acompanhado da ingestão de 2 litros de água por dia (grupo FA), repetindo-se a aferição das variáveis ao final. Resultados: Dezenove participantes foram analisados, sendo 10 no grupo F e 9 no grupo FA. A maioria dos participantes (68,4%) desenvolveu um ou mais sintomas abdominais, particularmente os do grupo F, em comparação ao FA (90% vs. 44%; P = 0,034). Participantes de ambos os grupos aumentaram significativamente o número de evacuações/semana (grupo F: 6,8 antes vs. 8,8 depois; grupo FA: 8,4 antes vs. 9,9 depois; P < 0,05), enquanto que apenas os participantes do grupo FA apresentaram aumento no peso bruto fecal (71,5 g vs. 126 g; P = 0,020) e no percentual de água nas fezes (74,5% vs. 78,4%; P = 0,038). A qualidade de vida mensurada pelo WHOQOL-Bref não diferiu em nenhuma intervenção. O tratamento com FA aumentou significativamente a população de bactérias do gênero Bacteroides e Prevotella, Faecalibacterium prausnitzii e Bifidobacteriums sp, enquanto que ambos FA e F reduziram a contagem das bactérias do gênero Desulfofibrio. Conclusões: Em voluntários sadios, o aumento no consumo de fibras e água melhorou o hábito intestinal, mas foi acompanhado de sintomas abdominais, particularmente quando o aumento na ingestão de fibras não foi acompanhado por aumento no consumo de água. O efeito na microbiota também foi superior no grupo tratado com fibra e água. / Background and aims: Intestinal physiology can be influenced by changes in fiber and water intake. This simple concept supports the recommendation of increasing fiber and water ingestion for treatment of bowel constipation. The aim of our study was to test whether such recommendation is true in healthy volunteers. Methods: In this open label clinical trial, 20 healthy participants had their basal characteristics determined (diet, bowel function, quality of life and intestinal microbiota), followed by randomization for 14 days treatment with increased fiber consumption (group F) or increased fiber and water intake (group FW), with reassessment of the variables at the end. Results: Nineteen participants were analyzed (10 F and 9 FW). The majority of them (68.4%) developed one or more abdominal symptoms during the treatments, particularly the group F as compared to FW (90% vs. 44%; P = 0.034). Both groups showed increased number of evacuations per week (group F: 6.8 before vs. 8.8 after; group FA: 8.4 vs. 9.9; P < 0.05), whereas group FW presented an increase in both fecal weight (71.5 g vs. 126 g; P = 0.020) and water percentage in feces (74.5% vs. 78.4%; P = 0.038). Quality of life measured by WHOQOL-Bref did not differ in any intervention. Participants receiving FW had a significant increase in bacteria from the Bacteroides and Prevotella genus, Faecalibacterium prausnitzii and Bifidobacterium, whereas both FW and F had a reduced number of Desulfofibrio. Conclusions: In healthy volunteers, a higher intake of fiber and water improved the bowel function but was accompanied by abdominal symptoms, particularly when the dietary fiber was introduced without changes in water intake. The effect on fecal microbiota was superior in participants treated with fiber and water.

Fundamento e objetivo: Mudanças na ingestão de fibra e água podem influenciar a fisiologia intestinal. Este conceito simplista fundamenta a recomendação médica popular de aumentar o consumo de fibras e ingerir 2 litros de água por dia para o tratamento da constipação intestinal. O nosso objetivo foi avaliar o que há de verdadeiro nesta recomendação, primeiramente em indivíduos saudáveis. Métodos: Neste ensaio clínico randomizado, não cego, de grupos paralelos, 20 voluntários sadios tiveram suas variáveis basais determinadas (dieta, hábito intestinal, qualidade de vida e microbiota intestinal), seguido de randomização para tratamentos de 14 dias com aumento na ingestão de fibras (grupo F) ou aumento de fibras acompanhado da ingestão de 2 litros de água por dia (grupo FA), repetindo-se a aferição das variáveis ao final. Resultados: Dezenove participantes foram analisados, sendo 10 no grupo F e 9 no grupo FA. A maioria dos participantes (68,4%) desenvolveu um ou mais sintomas abdominais, particularmente os do grupo F, em comparação ao FA (90% vs. 44%; P = 0,034). Participantes de ambos os grupos aumentaram significativamente o número de evacuações/semana (grupo F: 6,8 antes vs. 8,8 depois; grupo FA: 8,4 antes vs. 9,9 depois; P < 0,05), enquanto que apenas os participantes do grupo FA apresentaram aumento no peso bruto fecal (71,5 g vs. 126 g; P = 0,020) e no percentual de água nas fezes (74,5% vs. 78,4%; P = 0,038). A qualidade de vida mensurada pelo WHOQOL-Bref não diferiu em nenhuma intervenção. O tratamento com FA aumentou significativamente a população de bactérias do gênero Bacteroides e Prevotella, Faecalibacterium prausnitzii e Bifidobacteriums sp, enquanto que ambos FA e F reduziram a contagem das bactérias do gênero Desulfofibrio. Conclusões: Em voluntários sadios, o aumento no consumo de fibras e água melhorou o hábito intestinal, mas foi acompanhado de sintomas abdominais, particularmente quando o aumento na ingestão de fibras não foi acompanhado por aumento no consumo de água. O efeito na microbiota também foi superior no grupo tratado com fibra e água. / Background and aims: Intestinal physiology can be influenced by changes in fiber and water intake. This simple concept supports the recommendation of increasing fiber and water ingestion for treatment of bowel constipation. The aim of our study was to test whether such recommendation is true in healthy volunteers. Methods: In this open label clinical trial, 20 healthy participants had their basal characteristics determined (diet, bowel function, quality of life and intestinal microbiota), followed by randomization for 14 days treatment with increased fiber consumption (group F) or increased fiber and water intake (group FW), with reassessment of the variables at the end. Results: Nineteen participants were analyzed (10 F and 9 FW). The majority of them (68.4%) developed one or more abdominal symptoms during the treatments, particularly the group F as compared to FW (90% vs. 44%; P = 0.034). Both groups showed increased number of evacuations per week (group F: 6.8 before vs. 8.8 after; group FA: 8.4 vs. 9.9; P < 0.05), whereas group FW presented an increase in both fecal weight (71.5 g vs. 126 g; P = 0.020) and water percentage in feces (74.5% vs. 78.4%; P = 0.038). Quality of life measured by WHOQOL-Bref did not differ in any intervention. Participants receiving FW had a significant increase in bacteria from the Bacteroides and Prevotella genus, Faecalibacterium prausnitzii and Bifidobacterium, whereas both FW and F had a reduced number of Desulfofibrio. Conclusions: In healthy volunteers, a higher intake of fiber and water improved the bowel function but was accompanied by abdominal symptoms, particularly when the dietary fiber was introduced without changes in water intake. The effect on fecal microbiota was superior in participants treated with fiber and water.

As populações de aves antárticas têm sido estudadas e consideradas indicadoras da qualidade do ecossistema marinho, especialmente dos oceanos do sul, ao longo dos últimos 50 anos. Existem cerca de 40 espécies de aves marinhas que se reproduzem em áreas descobertas de gelo. Dentre as aves marinhas antárticas, os pinguins são os que têm a maior representatividade ecológica e são considerados espécies sentinelas para o estudo das mudanças ambientais nesse continente. Esses animais representam 90% da biomassa de aves nos oceanos do sul, e suas colônias estão distribuídas nas ilhas antárticas e subantárticas bem como sobre o Continente Antártico. Há três espécies de pigoscelídeos mais representativos desta biomassa, são eles: Pygoscelis papua (Pinguim gentoo), Pygoscelis adeliae (Pinguim-de-adélia) e Pygoscelis antarcticus (Pinguim-de-barbicha). Os pinguins antárticos estão entre as aves de menor contato com humanos, o que os torna possíveis indicadores da presença natural de genes de resistência a antimicrobianos na microbiota intestinal de aves e no ambiente. O objetivo desta dissertação foi avaliar a presença de resistência a antimicrobianos na microbiota intestinal de P. antarcticus e de P. papua, e compará-las à microbiota de Spheniscus magellanicus (pinguins-de-magalhães). Os S. magellanicus habitam a Argentina, Chile e Ilhas Malvinas, locais em que há variadas atividades humanas. Foram coletadas amostras de fezes aparentemente frescas de 46 pinguins P.antarcticus e de 12 pinguins P. papua, nas suas respectivas colônias na Ilha Elefante, em dezembro de 2014. De S. magellanicus foram coletadas, com auxílio de suabes cloacais, amostras de 19 indivíduos, encontrados na costa norte do Rio Grande do Sul, de Quintão a Torres, durante os meses de inverno de 2015 e de 2016. As amostras de microbiota dos pinguins foram cultivadas em ágar LB e os isolados bacterianos foram triados para os seguintes antimicrobianos: eritromicina (≥ 8μg/mL), estreptomicina (≥ 2.000 μg/mL), tetraciclina (≥ 16 μg/mL) e vancomicina (≥ 32 μg/mL). Em 10 amostras de P. antarcticus e em 15 amostras de S. magellanicus foram identificadas bactérias resistentes a pelo menos um dos antimicrobianos testados. Todas as amostras de P. papua foram sensíveis a esses antimicrobianos. As espécies dos isolados resistentes foram identificadas pelo sequenciamento do rRNA 16S, que revelou sete gêneros, sendo os mais recorrentes Enterococcus sp. e Staphylococcus sp. Esses isolados resistentes também foram triados para a presença de genes de resistência aos antimicrobianos. O tet(M) foi mais abundante em S. magellanicus (5) do que em P. antarcticus (3), ao passo que o int e van(B) foram identificados somente em P. antarcticus (três e um, respectivamente). O gene erm(B) não foi encontrado em nenhum dos isolados. Uma vez que a fração não cultivável das fezes também pode apresentar genes de resistência, foi realizada a extração do DNA das fezes de pinguins antárticos para obtermos DNA de todos os micro-organismos presentes. Os genes mais recorrentes nas amostras de DNA total das fezes de P. antarcticus e P. papua foram, respectivamente, int (5 e 7), seguido de tet(M) (1 e 5). O van(B) foi encontrado em amostras das duas espécies de pinguins, enquanto que o erm(B) foi encontrado somente nas amostras de P. papua. De acordo com esses resultados, houve mais resistência a antimicrobianos na fração cultivável da microbiota de pinguins-de-magalhães do que em pinguins antárticos. Na fração não-cultivável, foram encontrados mais genes de resistência nas amostras de P. papua do que de P. antarcticus. / Antarctic seabird populations have been studied as bioindicators of the nature variability in the Southern Ocean marine ecosystems over the last 50 years. Among the Antarctic seabirds, the most representative species are penguins; they represent 90% of total biomass of birds in the Southern Ocean, and are considered sentinels for environmental changes in the Antarctic region. Pygoscelis antarcticus and P. papua are the most prevalent species in Antarctida. Because they remain among the wild birds with least contact with humans, their microbiota may serve as indicators of antimicrobial resistance in the environment. The aim of this work was to evaluate the antimicrobial resistance present in the microbiota of P. antarcticus and P. papua, and compare it with the microbiota of Spheniscus magellanicus (Magellanicus penguins). Magellanicus penguins inhabit Argentina, Chile and Falkland Islands, and therefore have more contact with humans. We have collected samples of apparently fresh feces from P. antarcticus (n = 46) and from P. papua (n = 12) in their respective colonies located in the Elephant Island in December 2014. From S. magellanicus, we have collected cloacal swabs (n = 19) from specimens found in the northern coast of Rio Grande do Sul, from Quintão to Torres, during the winter months of 2015 and 2016. All samples were evaluated for the presence of resistant bacteria to the following antimicrobials: erythromycin (≥ 8μg/mL), streptomycin (≥ 2.000 μg/mL), tetracycline ( ≥ 16 μg/mL) and vancomycin (32 μg/mL). We have isolated resistant bacteria from 10 samples of P. antarcticus and from 15 samples of S. magellanicus; there was no bacterial growth in the presence of any of these antimicrobials from samples of P. papua feces. The species of resistant bacteria were identified by 16S rRNA sequencing: among the 7 genera identified, the most frequent were Enterococcus sp. and Staphylococcus sp. Resistant bacteria were screened for the resistance genes ermB, tet(M), int and van(B). tet(M) was more frequent in S. magellanicus (5) than in P. antarcticus (3), while int and van(B) were identified only in P. antarcticus (3 and 1, respectively). The erm(B) gene was not identified in any isolate. Considering that the non-cultivable fraction from feces can also harbor resistance genes, we extracted DNA from feces of the Antarctic penguins in a attempt to obtain DNA from all micro-organisms of their microbiota. The most abundant genes present in the microbiota of P. antarcticus and P. papua were, respectively: int (5 and 7) and tet (M) (1 and 5). The van(B) gene was found in one sample of each species, while erm(B) was found in only one sample of P. papua. According to our results, antimicrobial resistance is more frequent in the cultivable microbiota of S. magellanicus than of P. antarcticus. In the non-cultivable fraction, resistance genes were more frequent in samples from P. papua than from P. antarcticus.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 355631 bytes, checksum: 3e49bb2d2677506413b7513516919754 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Endophytic bactéria in fruits inhabits internal tissues without cause visible damage or symptons. However, there is no report of their presence and the diversity in Coffea canephora fruits. Thereby, this work aimed to determine the existence and diversity of cultivable endophytic bacteria in fruits of that specie in three maturation stages. Bacterial isolation and quantification were performed in R2A medium and resulted in 140 isolates gathered in 21 morphotypes, being 55 % of Gram-positive bacteria. The community is composed by 14 genera and 18 bacterial species belonging to phylum Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroides, Alpha and Gamma- Proteobacteria. For the first time, Kocuria turfanensis and Pantoa vagans are identified as endophytic species. From 18 species identified as endophytic in C. canephora fruits, seven are not described as endophytic in fruits, namely: Bacillus thuringiensis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei, Chryseobacterium sp. and Ochrobactrum sp.. The diversity of cultivable endophytic bacteria was distinct in the three maturation stages of C. canephora fruits, being larger in green fruits, where Bacillus subtilis was predominant. The number of Gram-positive isolates was higher than that for Gram-negative in the first two development stage, while in mature fruits the number of colonies from both Gram-positive and Gram-negative was similar. In the last maturation stage, diversity of endophytic bacteria species was smaller and Klebsiella oxytoca was the predominant specie, what was assigned to probable effects of higher caffeine and sugar concentration in the fruits. / Bactérias endofíticas em frutos são as que habitam partes internas sem causar danos ou sintomas aparentes. Entretanto, a presença e diversidade delas em frutos de Coffea canephora não foram ainda relatadas na literatura. Assim, o presente trabalho objetivou determinar a existência e diversidade de bactérias endofíticas cultiváveis nos frutos dessa espécie em três estádios de maturação. O isolamento e a quantificação foram realizados em meio R2A, sendo obtidos 140 isolados que, pelas características morfológicas das colônias, foram agrupadas em 21 morfotipos, sendo 55 % de Gram-positivas. Na comunidade foram identificadas representantes de Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Alpha- e Gamma-Proteobacteria, com 14 gêneros e 18 espécies. Kocuria turfanensis e Pantoea vagans são pela primeira vez identificadas como espécies endofíticas. Sete das 18 espécies identificadas como endofíticas em frutos de C. canephora não são espécies descritas como endofíticas em frutos, a saber: Bacillus thuringiensis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei, Chryseobacterium sp. e Ochrobactrum sp.. A diversidade das bactérias endofíticas cultiváveis mostrou-se distinta nos três estádios de maturação de frutos de C. canephora, sendo maior nos frutos verdes, nos quais a predominância foi de Bacillus subtilis. Nos dois primeiros estádios de desenvolvimento o número de isolados de Gram-positivas foi maior que o de Gram-negativas, enquanto nos frutos maduros o número de colônias de Gram-positivas e Gram-negativas foi similar. No último estádio de maturação a diversidade de espécies de bactérias endofíticas foi menor e a Klebsiella oxytoca foi a espécie dominante, fato atribuído a prováveis efeitos da maior concentração de cafeína e açúcares nos frutos.

O objetivo do presente estudo foi comparar a expressão de IL-1&#946;, IL-4, IL-8, interferon-&#947;, atividade de elastase e a composição do perfil microbiano subgengival antes e depois do tratamento periodontal não cirúrgico em pacientes com doença peridontal crônica generalizada (PC) e agressiva generalizada (PA). Vinte pacientes com PC e quatorze com PA foram avaliados. Dados clínicos, fluido gengival e biofilme subgengival foram analisados na visita inicial (VI) e 3 meses (3M) após o tratamento periodontal não cirúrgico. Amostras de fluido gengival (FG) foram coletadas com tiras de papel e os níveis de: IL-1&#946;, IL-4, IL-8 e INF-&#947; foram medidos, utilizando um tipo de imunoensaio multiplexado (Luminex). Atividade da elastase foi avaliada por um ensaio enzimático. Amostras de placa subgengival foram analisadas através do checkerboard DNA-DNA hybridization. Na avaliação de 3 meses após terapia periodontal foi encontrado melhora significativa para todos os parâmetros clínicos em ambos os grupos. Foram encontradas reduções significativas na atividade de elastase nos sítios rasos e profundos dos pacientes do grupo PA e nos sítios profundos do grupo PC, também foi achado um aumento significativo de INF-&#947; nos sítios rasos do grupo PA. Os dados microbiológicos, mostraram reduções significativas para os níveis dos membros do complexo vermelho (P. gingivalis, T. forsythia, T.denticola), e para as espécies E.nodatum e P.micra no grupo PC. No grupo PA, ocorreram reduções significativas no níveis de P. gingivalis, T. forsythia, Fusobacterium nucleatum ss polymorphum e Fusobacterium periodonticum. Quando as respostas clínica e imunológica 3M após terapia foram comparadas entre os grupos, apenas diferenças sutis foram observadas. Nenhuma diferença microbiológica foi encontrada entre os grupos após a terapia. Em conclusão, os achados suportam nossa hipótese de que as periodontites cronica e agressiva respondem de forma semelhante ao tratamento periodontal nao cirúrgico. / Our aim was to compare the expression of IL1&#946;, IL-4, IL-8, INF-&#947;, elastase activity and the composition of the subgingival microbiota profile before and after non-surgical periodontal treatment in patients with untreated generalized chronic (GCP) and aggressive periodontitis (GAgP). Twenty patients with GCP and 14 with GAgP were evaluated. Clinical data, GCF and plaque were analyzed at baseline and 3 months after non-surgical periodontal treatment. IL-1&#946;, IL-4, IL-8 and INF&#947; were analyzed in a luminex assay. Elastase activity was assessed by an enzymatic assay. Subgingival plaque samples were analyzed using checkerboard DNA-DNA hybridization. Three months after periodontal therapy significant improvement for all clinical parameters in both groups were found. We have found significant reductions in the elastase activity in shallow and deep sites from GAgP and in deep sites from GCP group. A significant increase in INF-&#947; in the shallow sites from GAgP group were also found. Microbiological data showed significant reductions in the levels of members of the red complex (P. gingivalis, T. forsythia, T. denticola), and for the species E.nodatum and P.micra on GCP group. In the GAgP group, there were significant reductions in levels of P. gingivalis, T. forsythia, Fusobacterium nucleatum and Fusobacterium polymorphum ss periodonticum. When the clinical and immunological responses after therapy were compared between groups, only slight differences were found. No microbiological difference was found between groups after therapy. In conclusion, the findings support our hypothesis that the chronic and aggressive periodontitis respond equally well to non-surgical periodontal treatment.

As populações de aves antárticas têm sido estudadas e consideradas indicadoras da qualidade do ecossistema marinho, especialmente dos oceanos do sul, ao longo dos últimos 50 anos. Existem cerca de 40 espécies de aves marinhas que se reproduzem em áreas descobertas de gelo. Dentre as aves marinhas antárticas, os pinguins são os que têm a maior representatividade ecológica e são considerados espécies sentinelas para o estudo das mudanças ambientais nesse continente. Esses animais representam 90% da biomassa de aves nos oceanos do sul, e suas colônias estão distribuídas nas ilhas antárticas e subantárticas bem como sobre o Continente Antártico. Há três espécies de pigoscelídeos mais representativos desta biomassa, são eles: Pygoscelis papua (Pinguim gentoo), Pygoscelis adeliae (Pinguim-de-adélia) e Pygoscelis antarcticus (Pinguim-de-barbicha). Os pinguins antárticos estão entre as aves de menor contato com humanos, o que os torna possíveis indicadores da presença natural de genes de resistência a antimicrobianos na microbiota intestinal de aves e no ambiente. O objetivo desta dissertação foi avaliar a presença de resistência a antimicrobianos na microbiota intestinal de P. antarcticus e de P. papua, e compará-las à microbiota de Spheniscus magellanicus (pinguins-de-magalhães). Os S. magellanicus habitam a Argentina, Chile e Ilhas Malvinas, locais em que há variadas atividades humanas. Foram coletadas amostras de fezes aparentemente frescas de 46 pinguins P.antarcticus e de 12 pinguins P. papua, nas suas respectivas colônias na Ilha Elefante, em dezembro de 2014. De S. magellanicus foram coletadas, com auxílio de suabes cloacais, amostras de 19 indivíduos, encontrados na costa norte do Rio Grande do Sul, de Quintão a Torres, durante os meses de inverno de 2015 e de 2016. As amostras de microbiota dos pinguins foram cultivadas em ágar LB e os isolados bacterianos foram triados para os seguintes antimicrobianos: eritromicina (≥ 8μg/mL), estreptomicina (≥ 2.000 μg/mL), tetraciclina (≥ 16 μg/mL) e vancomicina (≥ 32 μg/mL). Em 10 amostras de P. antarcticus e em 15 amostras de S. magellanicus foram identificadas bactérias resistentes a pelo menos um dos antimicrobianos testados. Todas as amostras de P. papua foram sensíveis a esses antimicrobianos. As espécies dos isolados resistentes foram identificadas pelo sequenciamento do rRNA 16S, que revelou sete gêneros, sendo os mais recorrentes Enterococcus sp. e Staphylococcus sp. Esses isolados resistentes também foram triados para a presença de genes de resistência aos antimicrobianos. O tet(M) foi mais abundante em S. magellanicus (5) do que em P. antarcticus (3), ao passo que o int e van(B) foram identificados somente em P. antarcticus (três e um, respectivamente). O gene erm(B) não foi encontrado em nenhum dos isolados. Uma vez que a fração não cultivável das fezes também pode apresentar genes de resistência, foi realizada a extração do DNA das fezes de pinguins antárticos para obtermos DNA de todos os micro-organismos presentes. Os genes mais recorrentes nas amostras de DNA total das fezes de P. antarcticus e P. papua foram, respectivamente, int (5 e 7), seguido de tet(M) (1 e 5). O van(B) foi encontrado em amostras das duas espécies de pinguins, enquanto que o erm(B) foi encontrado somente nas amostras de P. papua. De acordo com esses resultados, houve mais resistência a antimicrobianos na fração cultivável da microbiota de pinguins-de-magalhães do que em pinguins antárticos. Na fração não-cultivável, foram encontrados mais genes de resistência nas amostras de P. papua do que de P. antarcticus. / Antarctic seabird populations have been studied as bioindicators of the nature variability in the Southern Ocean marine ecosystems over the last 50 years. Among the Antarctic seabirds, the most representative species are penguins; they represent 90% of total biomass of birds in the Southern Ocean, and are considered sentinels for environmental changes in the Antarctic region. Pygoscelis antarcticus and P. papua are the most prevalent species in Antarctida. Because they remain among the wild birds with least contact with humans, their microbiota may serve as indicators of antimicrobial resistance in the environment. The aim of this work was to evaluate the antimicrobial resistance present in the microbiota of P. antarcticus and P. papua, and compare it with the microbiota of Spheniscus magellanicus (Magellanicus penguins). Magellanicus penguins inhabit Argentina, Chile and Falkland Islands, and therefore have more contact with humans. We have collected samples of apparently fresh feces from P. antarcticus (n = 46) and from P. papua (n = 12) in their respective colonies located in the Elephant Island in December 2014. From S. magellanicus, we have collected cloacal swabs (n = 19) from specimens found in the northern coast of Rio Grande do Sul, from Quintão to Torres, during the winter months of 2015 and 2016. All samples were evaluated for the presence of resistant bacteria to the following antimicrobials: erythromycin (≥ 8μg/mL), streptomycin (≥ 2.000 μg/mL), tetracycline ( ≥ 16 μg/mL) and vancomycin (32 μg/mL). We have isolated resistant bacteria from 10 samples of P. antarcticus and from 15 samples of S. magellanicus; there was no bacterial growth in the presence of any of these antimicrobials from samples of P. papua feces. The species of resistant bacteria were identified by 16S rRNA sequencing: among the 7 genera identified, the most frequent were Enterococcus sp. and Staphylococcus sp. Resistant bacteria were screened for the resistance genes ermB, tet(M), int and van(B). tet(M) was more frequent in S. magellanicus (5) than in P. antarcticus (3), while int and van(B) were identified only in P. antarcticus (3 and 1, respectively). The erm(B) gene was not identified in any isolate. Considering that the non-cultivable fraction from feces can also harbor resistance genes, we extracted DNA from feces of the Antarctic penguins in a attempt to obtain DNA from all micro-organisms of their microbiota. The most abundant genes present in the microbiota of P. antarcticus and P. papua were, respectively: int (5 and 7) and tet (M) (1 and 5). The van(B) gene was found in one sample of each species, while erm(B) was found in only one sample of P. papua. According to our results, antimicrobial resistance is more frequent in the cultivable microbiota of S. magellanicus than of P. antarcticus. In the non-cultivable fraction, resistance genes were more frequent in samples from P. papua than from P. antarcticus.

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The treatments were: CN - negative control; G - nutritive gel in the hatchery; GS - synbiotic dissolved in the nutritive gel; GSS - synbiotic dissolved in the nutritive gel+synbiotic offered in drinking water on specific days and S - only synbiotic, on specific days, in the water. Significant differences were observed on 7, 21, 28 and 35 days of age, with higher values for the G, GS and GSS treatments, as well as higher metabolizable values for the ether extract. There were no differences of total intestinal length or segments, but the relative weight of some organs differed between treatments. Carcass yield were not influenced by the treatments. In the second experiment, the objective was to evaluate the synbiotic supplementation associated with nutritional gel in mortality, lesion scores, oocyst excretion, litter quality, zootechnical performance and organ morphometry in chickens challenged with E. acervulina, E tenella and E. maxima. The treatments were: CP - positive control; GSA - synbiotic dissolved in the nutritive gel in the hatchery and supply, of synbiotic in the water on specific days; GSR - synbiotic dissolved in the nutritive gel in the hatchery+ continuous use of synbiotic in the diet and SAL - anticoccidial salinomycin added in the diet. Higher absolute mortality in all treatments was observed in the third experimental week and higher total mortality was found in the CP group. No differences were found for intestinal lesions, oocyst excretion, pH and dry matter of the bed between treatments. Some differences were found between relative weight of organs at the ages evaluated. Better overall performance was observed in the SAL group. It is concluded that in the pre-accommodation fasting situation, the early supplementation of nutritive gel associated or not to the synbiotic can stimulate or contribute to the functional development of the gastrointestinal tract, which was reflected in better performance and metabolizability. Under the conditions of the second experiment, the same observed benefits of the use of the gel associated or not to the synbiotic were not observed, since no improvement could be verified in the evaluated parameters, so the use of anticoccidial in the diet should still be recommended. / Dois experimentos foram realizados com o objetivo de verificar os efeitos da associação entre um gel nutritivo fornecido no incubatório associado a um produto simbiótico frente às situações de desafios de manejo e sanitário. No primeiro experimento, avaliou-se a a suplementação de simbiótico associado ao gel nutritivo no desempenho de frangos de corte, metabolizabilidade, histomorfometria intestinal, bioquímica sanguínea, morfometria de órgãos e características de carcaça em pintos submetidos à jejum hídrico e alimentar no período pré-alojamento. Os tratamentos foram: CN – controle negativo; G – somente gel nutritivo no incubatório; GS – somente simbiótico dissolvido no gel nutritivo no incubatório; GSS - simbiótico dissolvido no gel nutritivo no incubatório e simbiótico ofertado na água de bebida, em dias específicos, e S – somente simbiótico, em dias específicos, na água dos animais. Diferenças significativas foram observadas no desempenho aos 7, 21, 28 e 35 dias de idade, em geral, com valores superiores para os tratamentos G, GS e GSS, assim como maiores valores de metabolizabilidade do extrato etéreo encontradas para os mesmos grupos. Não ocorreram diferenças no comprimento intestinal total ou segmentos, mas o peso relativo de alguns órgãos diferiram entre os tratamentos. As características de carcaça não foram influenciadas pelos tratamentos. No segundo experimento, objetivou-se avaliar a suplementação de simbiótico associado ao gel nutritivo comparados à salinomicina na mortalidade, escores de lesões, excreção de oocistos de Eimeria, qualidade da cama, desempenho zootécnico, histomorfometria intestinal e morfometria de órgãos em frangos desafiados com E. acervulina, E. tenella e E. maxima. Os tratamentos foram: CP - controle positivo; GSA – simbiótico dissolvido no gel nutritivo no incubatório e fornecimento, em dias específicos, de simbiótico na água; GSR – simbiótico dissolvido no gel nutritivo no incubatório associado ao uso contínuo de simbiótico na ração e SAL – anticoccidiano salinomicina adicionado na ração. Foi observado um aumento na mortalidade absoluta em todos os tratamentos na terceira semana experimental e maior mortalidade durante todo o período experimental no grupo CP. Não foram verificadas diferenças para lesões intestinais, excreção de oocistos, pH e matéria-seca da cama entre os tratamentos. Algumas diferenças foram encontradas entre peso relativo de órgãos nas idades avaliadas. Melhor desempenho zootécnico, de forma geral, foi observado no grupo SAL. Conclui-se que na situação de jejum pré-alojamento, a suplementação precoce de gel nutritivo associado ou não ao simbiótico pode estimular e/ou contribuir para o desenvolvimento funcional do trato-gastrintestinal, o que se refletiu em melhor desempenho e metabolizabilidade. Já nas condições do segundo experimento, os mesmos benefícios observados do uso do gel associado ou não ao simbiótico não foram observados, uma vez que não pôde ser verificado melhoria nos parâmetros avaliados, de forma que o uso de anticoccidiano na ração ainda deve ser recomendado.

Apesar do sucesso do transplante na clínica, os importantes efeitos adversos dos imunossupressores, usados para prevenir e tratar a rejeição, apontam para a necessidade de novas terapias imunorreguladoras. A via oral tem sido efetiva na indução de imunorregulação, em diversos modelos experimentais, principalmente de doenças autoimunes. A Hsp60/65 é uma molécula com grande potencial imunoterapêutico, por sua capacidade de induzir respostas imunes pró-inflamatória e imunorreguladora. Testamos se a terapia oral com o probiótico Lactococcus lactis que expressa a Hsp65, combinada à administração de aloantígenos do doador (AloAg-doador), atua sinergicamente na indução de tolerância ao enxerto de pele semialogeneico murino, ou no aumento de sua sobrevida. Testamos diferentes combinações de terapia oral, assim como a influência da utilização de um anti-inflamatório, inibidor seletivo de COX-2 (celecoxibe). O transplante de pele foi realizado 10 dias após a última administração oral dos probióticos e aloantígenos do doador. Não observamos efeitos benéficos na sobrevida do enxerto no grupo de animais que receberam L.lactis que produz Hsp65, sozinho ou em combinação com AloAg-doador e/ou o anti-inflamatório. Em contraste, a terapia oral combinada com o probiótico L.lactis selvagem e AloAg-doador aumentou significativamente a sobrevida do enxerto (p=0,01), em comparação com o grupo não tratado. Nesse grupo que teve maior sobrevida do aloenxerto (L,lactis selvagem e AloAg-doador), também observamos maior quantidade de epitélio preservado (p=0,02) e maior expressão de TGF-beta (p=0,04), no enxerto, em comparação com o grupo sem tratamento. Não observamos diferenças significativas na expressão, in situ, de FOXP3 e IL-17, que foi baixa em todos os grupos experimentais. Concluímos que a Hsp65 não induziu efeito imunorregulador capaz de prolongar a sobrevida do enxerto. No entanto, a manipulação da microbiota com a terapia combinada com o L.lactis selvagem e a exposição a antígenos do doador, previamente, ao transplante, induz mecanismos imunorreguladores capazes de controlar, mesmo que parcialmente, as respostas inflamatórias dirigidas ao aloenxerto de pele, provavelmente, com a participação de TGF-beta / Despite the success of clinical transplantation, the significant side effects induced by immunosupressants used to prevent and treat rejection, indicate the need for novel immunoregulatory therapies. The oral route has been effective in inducing immunoregulation in several experimental models, mostly in pathological autoimmunity. Heat Shock protein 60/65 (Hsp) displays great immunotherapeutic potential due to its capacity to induce both pro-inflammatory and immunregulatory responses. We tested whether oral therapy with the probiotic Lactococcus lactis that expresses Hsp65, in combination with donor alloantigens (Donor-Allo-Ag), acted synergically, inducing immunotolerance or increasing graft survival, in a murine model of semiallogeneic skin transplantation. We tested different oral therapy combinations, as well as the association with a COX-2 selective nonsteroidal anti-inflammatory drug (celecoxib). Skin transplantation was performed 10 days after the last oral administration of probiotics and Donor-Allo-Ag. We observed no beneficial effect on graft survival in the group that received L.lactis that produce Hsp65, alone or in combination with Donor-Allo-Ag/and/or the anti-inflammatory drug. In contrast, combined oral therapy with wild type L.lactis and Donor-Allo-Ag significantly prolonged graft survival (p=0.01), in comparison to non-treated animals. In this prolonged-survival group (L.lactis and Donor-Allo-Ag), we also found higher extension of preserved epithelium (p=0.02) and higher expression of TGF-beta (p=0.04), within the graft, in comparison to non-treated animals. We found no significant differences in the intragraft expression of FOXP3 and IL-17, which was essentially absent or very low. We conclude that Hsp65 did not induce immunoregulatory effects capable of prolonging graft survival. However, the microbiota manipulation with the combined oral therapy with wild type L.lactis and Donor-Allo-Ag, prior to transplantation, induce immunoregulatory mechanisms capable of partially controlling the inflammatory responses to the graft, most likely involving the participation of TGF-beta