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Um aplicativo shiny para modelos lineares generalizados / A shiny app to perform generalized linear modelsSaavedra, Cayan Atreio Portela Bárcena 01 October 2018 (has links)
Recentes avanços tecnológicos e computacionais trouxeram alternativas que acarretaram em mudanças na forma com que se faz análises e visualizações de dados. Uma dessas mudanças caracteriza-se no uso de plataformas interativas e gráficos dinâmicos para a realização de tais análises. Desta maneira, análises e visualizações de dados não se limitam mais a um ambiente estático, de modo que, explorar a interatividade pode possibilitar um maior leque na investigação e apresentação dos dados. O presente trabalho tem como objetivo propor um aplicativo interativo, de fácil uso e interface amigável, que viabilize estudos, análises descritivas e ajustes de modelos lineares generalizados. Este aplicativo é feito utilizando o pacote shiny no ambiente R de computação estatística com a proposta de atuar como ferramenta de apoio para a pesquisa e ensino da estatística. Usuários sem afinidade em programação podem explorar os dados e realizar o ajuste de modelos lineares generalizados sem digitar uma linha código. Em relação ao ensino, a dinâmica e interatividade do aplicativo proporcionam ao aluno uma investigação descomplicada de métodos envolvidos, tornando mais fácil a assimilação de conceitos relacionados ao tema. / Recent technological and computational advances have brought alternatives that have led to changes in the way data analyzes and visualizations are done. One of these changes is characterized by the use of interactive platforms and dynamic graphics to carry out such analyzes. In this way, data analyzes and visualizations are no longer limited to a static environment, so exploring this dynamic interactivity can enable a wider range of data exploration and presentation. The present work aims to propose an interactive application, easy to use and with user-friendly interface, which enables studies and descriptive analysis and fit generalized linear models. This application is made using the shiny package in the R environment of statistical computing. The purpose of the application is to act as a support tool for statistical research and teaching. Users with no familiarity in programming can explore the data and perform the fit of generalized linear models without typing a single code line. Regarding teaching, the dynamics and interactivity of the application gives the student an uncomplicated way to investigate the methods involved, making it easier to assimilate concepts related to the subject.
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Statistical models for genomic selection in Panicum maximum considering allelic dosage / Modelos genéticos-estatísticos para seleção genômica em Panicum maximum com informação de dosagem alélicaLara, Letícia Aparecida de Castro 19 September 2017 (has links)
Several species of economic interest are autotetraploid, such as the forage Panicum maximum, which is responsible for high productivity and quality of tropical pastures. The main accessions in nature are autotetraploid apomictic plants, on the other hand, diploid sexual plants may also be found. Although apomixis is advantageous because it fixes hybrid vigor, sexual reproduction is fundamental to allow genetic recombination by crossing among superior genotypes. Thus, genetic breeding consists of crossing apomictic plants with tetraploidized sexual plants. In these crosses, the use of superior sexual parents allows to increase the frequency of favorable alleles in the progeny. Therefore, recurrent selection programs in tetraploid sexual populations are fundamental to P. maximum breeding programs and strategies such as genomic selection can increase the accuracy of selection, allowing shorter breeding cycles and release cultivars in the market in the short term when compared to conventional programs. As P. maximum is a perennial crop, genotypes are evaluated in sucessive harvests. Thus, the study goals are to evaluate nutritional, structural, and yield traits in a sexual tetraploid population of P. maximum, investigating different classes of linear mixed models applied to longitudinal data, as well as to develop genomic selection models which consider tetraploid allelic dosage. This work was split into two chapters. In the first chapter, three classes of models were analyzed: i) Class A consists in modeling the interaction of genotypes and harvests with homogeneous correlations, genotypes were assumed not correlated, and residual effects were assumed homocedastic and not correlated; ii) Class B consists of groups of models in which genetic and residual effects were fitted with different variance and covariance (VCOV) structures and genotypes were not correlated; and iii) Class C is similar to Class B, however genotypes were correlated by an additive relationship matrix based on pedigree values. For all traits, Class C models performed better based on goodness of fit of the models. Therefore, we recommend to incorporate additive relationship matrix besides to model harvests with different levels of correlations over time. In the second chapter, SNP markers, obtained by genotyping-by-sequencing (GBS) technique, were used to develop Bayesian and GBLUP models that consider tetraploid allelic dosage. Bayesian models accuracies did not differ from the accuracy of GBLUP model and, we recommend the latter because it requires less computational time. The accuracy of genomic selection models reinforces the advantage of implementing this strategy in P. maximum breeding programs. / Diversas espécies de interesse econômico são autotetraploides, como a forrageira Panicum maximum, a qual proporciona alta produtividade e qualidade para pastagens tropicais. Os principais acessos na natureza são plantas apomíticas tetraploides, no entanto pode-se encontrar também plantas sexuais diploides. Embora a apomixia seja vantajosa pela facilidade em fixar o vigor híbrido, a reprodução sexual é fundamental por permitir recombinação genética a partir de cruzamentos entre genótipos superiores. Desta forma, o melhoramento nesta espécie consiste em cruzar plantas apomíticas com plantas sexuais tetraploidizadas. A utilização de parentais sexuais superiores nestes cruzamentos permite aumentar a frequência de alelos favoráveis na progênie. Portanto, programas de seleção recorrente intrapopulacional em populações sexuais tetraploides são fundamentais para programas de melhoramento em P. maximum. Além disto, a utilização de estratégias como seleção genômica são promissoras para aumentar os ganhos de seleção, permitindo avançar ciclos de seleção recorrente e lançar cultivares no mercado em menor prazo, quando comparados a programas convencionais. Como P. maximum é uma cultura perene, os genótipos são avaliados em sucessivos cortes. Assim, este estudo tem como finalidade avaliar caracteres de produtividade, estruturais e nutricionais em uma população sexual tetraploide de P. maximum, investigando diferentes classes de modelos lineares mistos aplicados a dados longitudinais, além de desenvolver modelos de seleção genômica que considerem a natureza tetraploide da população. Este trabalho foi dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo, três classes de modelos foram analisados: i) Classe A consiste em modelar a interação genótipos por cortes com correlações homogêneas, genótipos não correlacionados entre si e os efeitos residuais são ajustados com homocedasticidade e ausência de correlação; ii) Classe B consiste em grupos de modelos com diferentes estruturas de variância e covariância (VCOV) para efeitos genéticos e residuais e genótipos não correlacionados; iii) Classe C é similar à Classe B, no entanto os genótipos são correlacionados por uma matriz de parentesco aditivo calculado por pedigree. Para todos os caracteres, os modelos da Classe C tiveram melhor ajuste. Portanto, recomenda-se testar matrizes de VCOV que permitam modelar cortes com diferentes níveis de correlações ao longo do tempo bem como incluir informação de parentesco aditivo e, se disponível, matriz de parentesco genômico. No segundo capítulo, marcadores SNPs, obtidos via genotipagem por sequenciamento, foram aplicados em modelos Bayesianos e GBLUP os quais foram desenvolvidos para incorporar informação de dosagem alélica tetraploide. Uma vez que as acurácias dos modelos Bayesianos não diferiram das acurácias do modelo GBLUP com dosagem alélica, recomenda-se o uso do segundo por requerer menos tempo computacional. A acurácia dos modelos preditivos reforça a vantagem em implementar seleção genômica em programas de melhoramento de P. maximum.
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Diretrizes para aplicação de inferência Bayesiana aproximada para modelos lineares generalizados e dados georreferenciados / Approximate Bayesian inference guidelines for generalized linear models and georeferenced dataFrade, Djair Durand Ramalho 15 August 2018 (has links)
Neste trabalho, exploramos e propusemos diretrizes para a análise de dados utilizando o método Integrated Nested Laplace Approxímation - INLA para os modelos lineares generalizados (MLG\'s) e modelos baseados em dados georreferenciados. No caso dos MLG\'s, verificou-se o impacto do método de aproximação utilizado para aproximar a distribuição a posteriori conjunta. Nos dados georreferenciados, avaliou-se e propôs-se diretrizes para construção das malhas, passo imprescindível para obtenção de resultados mais precisos. Em ambos os casos, foram realizados estudos de simulação. Para selecionar os melhores modelos, foram calculadas medidas de concordância entre as observações e os valores ajustados pelos modelos, por exemplo, erro quadrático médio e taxa de cobertura. / In this work, we explore and propose guidelines for data analysis using the Integrated Nested Laplace Approximation (INLA) method for generalized linear models (GLM) and models based on georeferenced data. In the case of GLMs, the impact of the approximation method used to approximate the a posteriori joint distribution was verified. In the georeferenced data, we evaluated and proposed guidelines for the construction of the meshes, an essential step for obtaining more precise results. In both cases, simulation studies were performed. To select the best models, agreement measures were calculated between observations and models, for example, mean square error and coverage rate.
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Implementação em R de modelos de regressão binária com ligação paramétrica / R implementation of binary regression models with parametric linkSantos, Bernardo Pereira dos 27 February 2013 (has links)
A análise de dados binários é usualmente feita através da regressão logística, mas esse modelo possui limitações. Modificar a função de ligação da regressão permite maior flexibilidade na modelagem e diversas propostas já foram feitas nessa área. No entanto, não se sabe de nenhum pacote estatístico capaz de estimar esses modelos, o que dificulta sua utilização. O presente trabalho propõe uma implementação em R de quatro modelos de regressão binária com função de ligação paramétrica usando tanto a abordagem frequentista como a Bayesiana. / Binary data analysis is usually conducted with logistic regression, but this model has limitations. Modifying the link function allows greater flexibility in modelling and several proposals have been made on the field. However, to date there are no packages capable of estimating these models imposing some difficulties to utilize them. The present work develops an R implementation of four binary regression models with parametric link functions in both frequentist and Bayesian approaches.
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Sensibilidade da estrutura de capital das empresas às oscilações de variávies macroeconômicasKlassmann, Bruno Czermainski January 2017 (has links)
O objetivo principal do trabalho é analisar a resposta da estrutura de capital agregada das firmas brasileiras às oscilações de variáveis macroeconômicas. A partir da teoria do “Tradeoff”, o escudo de tributos provenientes da despesa financeira e os custos de falência surgiram como fatores importantes para a determinação da estrutura de capital, que busca maximizar o valor da firma, a partir da incorporação do benefício líquido entre esses fatores ao seu valor. Baseado nesse entendimento e aliado a conclusões de trabalhos recentes sobre a influência de fatores macroeconômicos nessa decisão de estrutura ótima, o trabalho busca entender os efeitos, de oscilações na taxa real de juros, no crescimento do PIB, na taxa real de inflação, na taxa de câmbio, no volume de recursos de bancos de fomento e no mercado de ações, nas decisões sobre financiamento das atividades de empresas no Brasil. Foram encontrados resultados significativos para as todas as variáveis macroeconômicas e, para esses resultados, foram apresentadas interpretações a luz das teorias de estrutura de capital existentes na literatura contemporânea em finanças. / This paper intent to analyze the response of firm’s capital structure to fluctuations at macroeconomic variables, in the Brazilian market. The Tradeoff theory introduced the concept that the balance between the tax shield from financial expenses and bankruptcy costs are relevant factors in the determination of Firm’s capital structure. This theory predicts that firms to maximize its value should incorporate the net benefit between these factors to their value. The paper seeks to understand and measure the impacts of oscillations in interest rate, GDP growth, inflation rate, exchange rate, participation of development banks and stock market fluctuations in the decisions about capital structure. The paper presents significant results for all macroeconomic variables and provide interpretations for these findings, based on the current development of capital structure theories.
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Modelos lineares mistos: estruturas de matrizes de variâncias e covariâncias e seleção de modelos. / Mixed linear models: structures of matrix of variances and covariances and selection of models.Camarinha Filho, Jomar Antonio 27 September 2002 (has links)
É muito comum encontrar nas áreas agronômica e biológica experimentos cujas observações são correlacionadas. Porém, tais correlações, em tese, podem estar associadas às parcelas ou às subparcelas, dependendo do plano experimental adotado. Além disso, a metodologia de modelos lineares mistos vem sendo utilizada com mais freqüência, principalmente após os trabalhos de Searle (1988), Searle at al. (1992), Wolfinger (1993b) entre outros. O sucesso do procedimento de modelagem está fortemente associado ao exame dos efeitos aleatórios que devem permanecer no modelo e na possibilidade de se introduzir, no modelo, estruturas de variâncias e covariâncias das variáveis aleatórias que, para o modelo linear misto, podem estar inseridas no resíduo e, também, na parte aleatória associada ao fator aleatório conhecido. Nesse contexto, o Teste da Razão de Verossimilhança e o Critério de Akaike podem auxiliar na tarefa de escolha do modelo mais apropriado para análise dos dados, além de permitir verificar que escolhas de modelos inadequadas acarretam em conclusões divergentes em relação aos efeitos fixos do modelo. Com o desenvolvimento do Proc Mixed do SAS (Littel at al. 1996), utilizado neste trabalho, a análise desses experimentos, tratada pela metodologia modelos lineares mistos, tornou-se mais usual e segura. Com a finalidade de se atingir o objetivo deste trabalho, utilizaram-se dois exemplos (A e B) sobre a resposta da produtividade de três cultivares de trigo, em relação a níveis de irrigação por aspersão line-source. Foram criados e analisados 29 modelos para o Exemplo A e 16 modelos para o Exemplo B. Pôde-se verificar, para cada um dos exemplos, que as conclusões em relação aos efeitos fixos se modificaram de acordo com o modelo adotado. Notou-se, também, que o Critério de Akaike deve ser visto com cautela. Ao se comparar modelos similares entre os dois exemplos, ratificou-se a importância de se programar corretamente no Proc Mixed. Nesse contexto, conclui-se que é fundamental conduzir a análise de experimentos de forma ampla, buscando vários modelos e verificando quais têm lógica em relação ao plano experimental, evitando erros ao término da análise. / In Biology and Agronomy, experiments that produce correlated observations are often found. Theoretically, these correlations may be associated with whole-plots or subplots, according to the chosen experimental design. Also, the mixed linear model methodology is now being used much more frequently, especially after the works of Searle (1988), Searle et al. (1992) and Wolfinger (1993b), among others. The success of the modeling procedure is strongly associated with the examination of the random effects that must remain within the model and the possibility of introducing variance-covariance structures of random variables in the model. In the case of the mixed linear model, they may be included in the residual error or in the random part which is associated with the known random factor. In this context, the Likelihood Ratio Test and Akaike's Information Criterion can help in choosing the most appropriate model for data analysis. They also enable the verification of inadequate choice of models which can lead to divergent conclusions regarding the fixed effects of the model. With the development of the SAS Mixed Procedure (Little at al. 1996), which was used in this work, analysis of these experiments, conducted through the mixed linear model methodology, has become more usual and secure. In order to achieve the target of this work, two examples were utilized (A and B) involving the productivity response of three varieties of wheat, in regards to irrigation levels by line-source aspersion. Twenty-nine models for Example A and 16 models for Example B were created and analyzed. For each example, it was verified that conclusions regarding fixed effects changed according to the model adopted. It was also verified that Akaikes Information Criterion must be regarded with caution. When comparing similar models between the two examples, the importance of correct programming in the Mixed Procedure was confirmed. In this context, it can be concluded that it is fundamental to conduct the experiment analysis in an ample manner, looking for various models and verifying which ones make sense according to the experimental plan, thus avoiding errors at analysis completion.
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Um aplicativo shiny para modelos lineares generalizados / A shiny app to perform generalized linear modelsCayan Atreio Portela Bárcena Saavedra 01 October 2018 (has links)
Recentes avanços tecnológicos e computacionais trouxeram alternativas que acarretaram em mudanças na forma com que se faz análises e visualizações de dados. Uma dessas mudanças caracteriza-se no uso de plataformas interativas e gráficos dinâmicos para a realização de tais análises. Desta maneira, análises e visualizações de dados não se limitam mais a um ambiente estático, de modo que, explorar a interatividade pode possibilitar um maior leque na investigação e apresentação dos dados. O presente trabalho tem como objetivo propor um aplicativo interativo, de fácil uso e interface amigável, que viabilize estudos, análises descritivas e ajustes de modelos lineares generalizados. Este aplicativo é feito utilizando o pacote shiny no ambiente R de computação estatística com a proposta de atuar como ferramenta de apoio para a pesquisa e ensino da estatística. Usuários sem afinidade em programação podem explorar os dados e realizar o ajuste de modelos lineares generalizados sem digitar uma linha código. Em relação ao ensino, a dinâmica e interatividade do aplicativo proporcionam ao aluno uma investigação descomplicada de métodos envolvidos, tornando mais fácil a assimilação de conceitos relacionados ao tema. / Recent technological and computational advances have brought alternatives that have led to changes in the way data analyzes and visualizations are done. One of these changes is characterized by the use of interactive platforms and dynamic graphics to carry out such analyzes. In this way, data analyzes and visualizations are no longer limited to a static environment, so exploring this dynamic interactivity can enable a wider range of data exploration and presentation. The present work aims to propose an interactive application, easy to use and with user-friendly interface, which enables studies and descriptive analysis and fit generalized linear models. This application is made using the shiny package in the R environment of statistical computing. The purpose of the application is to act as a support tool for statistical research and teaching. Users with no familiarity in programming can explore the data and perform the fit of generalized linear models without typing a single code line. Regarding teaching, the dynamics and interactivity of the application gives the student an uncomplicated way to investigate the methods involved, making it easier to assimilate concepts related to the subject.
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Implementação em R de modelos de regressão binária com ligação paramétrica / R implementation of binary regression models with parametric linkBernardo Pereira dos Santos 27 February 2013 (has links)
A análise de dados binários é usualmente feita através da regressão logística, mas esse modelo possui limitações. Modificar a função de ligação da regressão permite maior flexibilidade na modelagem e diversas propostas já foram feitas nessa área. No entanto, não se sabe de nenhum pacote estatístico capaz de estimar esses modelos, o que dificulta sua utilização. O presente trabalho propõe uma implementação em R de quatro modelos de regressão binária com função de ligação paramétrica usando tanto a abordagem frequentista como a Bayesiana. / Binary data analysis is usually conducted with logistic regression, but this model has limitations. Modifying the link function allows greater flexibility in modelling and several proposals have been made on the field. However, to date there are no packages capable of estimating these models imposing some difficulties to utilize them. The present work develops an R implementation of four binary regression models with parametric link functions in both frequentist and Bayesian approaches.
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Métodos de diagnóstico para modelos lineares mistos / Diagnotics methods for linear mixed models.Juvencio Santos Nobre 04 March 2004 (has links)
Muitos fenômenos podem ser representados por meio de modelos estatísticos de forma satisfatória. Para validar tais modelos é necessário verificar se as suposições envolvidas estão satisfeitas e se o modelo é sensível a pequenas perturbações; este é o objetivo da análise de diagnóstico. Neste trabalho apresentamos, discutimos e propomos técnicas de diagnóstico em modelos lineares mistos e as ilustramos com um exemplo prático. / Many phenomena can be represented through statistical models in a satisfactory way. To validate such models it is necessary to verify whether the assumptions are satisfied and whether the model is sensitive to small deviations; this constitutes the objective of diagnostic analysis. In this work we present, discuss and propose diagnostic techniques for mixed linear models and illustrate them with a practical example.
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Redes Bayesianas aplicadas à análise do risco de crédito. / Bayesian networks applied to the anilysis of credit risk.Cristiane Karcher 26 February 2009 (has links)
Modelos de Credit Scoring são utilizados para estimar a probabilidade de um cliente proponente ao crédito se tornar inadimplente, em determinado período, baseadas em suas informações pessoais e financeiras. Neste trabalho, a técnica proposta em Credit Scoring é Redes Bayesianas (RB) e seus resultados foram comparados aos da Regressão Logística. As RB avaliadas foram as Bayesian Network Classifiers, conhecidas como Classificadores Bayesianos, com seguintes tipos de estrutura: Naive Bayes, Tree Augmented Naive Bayes (TAN) e General Bayesian Network (GBN). As estruturas das RB foram obtidas por Aprendizado de Estrutura a partir de uma base de dados real. Os desempenhos dos modelos foram avaliados e comparados através das taxas de acerto obtidas da Matriz de Confusão, da estatística Kolmogorov-Smirnov e coeficiente Gini. As amostras de desenvolvimento e de validação foram obtidas por Cross-Validation com 10 partições. A análise dos modelos ajustados mostrou que as RB e a Regressão Logística apresentaram desempenho similar, em relação a estatística Kolmogorov- Smirnov e ao coeficiente Gini. O Classificador TAN foi escolhido como o melhor modelo, pois apresentou o melhor desempenho nas previsões dos clientes maus pagadores e permitiu uma análise dos efeitos de interação entre variáveis. / Credit Scoring Models are used to estimate the insolvency probability of a customer, in a period, based on their personal and financial information. In this text, the proposed model for Credit Scoring is Bayesian Networks (BN) and its results were compared to Logistic Regression. The BN evaluated were the Bayesian Networks Classifiers, with structures of type: Naive Bayes, Tree Augmented Naive Bayes (TAN) and General Bayesian Network (GBN). The RB structures were developed using a Structure Learning technique from a real database. The models performance were evaluated and compared through the hit rates observed in Confusion Matrix, Kolmogorov-Smirnov statistic and Gini coefficient. The development and validation samples were obtained using a Cross-Validation criteria with 10-fold. The analysis showed that the fitted BN models have the same performance as the Logistic Regression Models, evaluating the Kolmogorov-Smirnov statistic and Gini coefficient. The TAN Classifier was selected as the best BN model, because it performed better in prediction of bad customers and allowed an interaction effects analysis between variables.
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