Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-12Bitstream added on 2014-06-13T20:16:31Z : No. of bitstreams: 1 santos_acb_me_arafcf.pdf: 1062496 bytes, checksum: a09e7992584bf97941de7846807aaf60 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose permitindo comparação entre linhagens de Mycobacterium tuberculosis e rastreamento da movimentação de linhagens individuais. O presente projeto teve como objetivo utilizar as técnicas de epidemiologia molecular (MIRU) para tentar compreender um pouco mais sobre o fenômeno da transmissão da tuberculose entre os pacientes portadores de tuberculose pulmonar numa pequena cidade de interior paulista , atendidos no Serviço Especial de Saúde de Araraquara (SESA - ambulatório de referencia no diagnostico e tratamento de tuberculose) na cidade de Araraquara. Do total de 163 culturas positivas recebidas, a técnica de MIRU foi realizada em 74, 2% (121/163) dos isolados provenientes de pacientes atendidos pelo SESA no período de 2002 à 2006. Foram ainda identificados 5 isolados de micobactérias ambientais (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus e M. xenopi) e 4 micobactérias não identificadas. Dos 121 isolados submetidos a genotipagem, seis não apresentaram todos os alelos dentre os 12 locci de MIRU. Dos 115 isolados submetidos ao dendrograma, 29 (25,2%) agruparam-se em 13 grupos clonais com similaridade de 100%, sendo 10 grupos de dois isolados cada (125 e 168; 153 e 253; 95 e 97; 91 e 99; 92 e 266; 217 e 228; 27 e 117; 260 e 257; 105 e 107; 106 e 220) e 3 contendo 3 isolados cada (150, 157 e 283; 137, 147 e 155; 224, 271 e 286). Os demais 86 isolados (74,8%) apresentaram perfil genético único. Dos 29 pacientes agrupados, apenas 10 (34,4%) eram do sexo feminino e 19 (65,6%) do sexo masculino. Com exceção de um paciente, os demais 28 (96,5%) foram tratados com o esquema I obtendo-se alta por cura em 82,8% dos casos. Apenas um caso de co-infecção HIV/TB foi verificado entre os pacientes em grupos genéticos formados... / The molecular epidemiology study using different techniques revolutionized the understanding of the epidemiology of tuberculosis allowing comparison between strains of Mycobacterium tuberculosis and tracking the movements of individual lines. This project aimed to use the techniques of molecular epidemiology (MIRU) trying to understand more about the phenomenon of transmission of tuberculosis among patients with pulmonary tuberculosis in a small city of São Paulo, attended the Special Health Service of Araraquara (SESA - clinic of reference in the diagnosis and treatment of tuberculosis) in the city of Araraquara. From total 163 positive cultures received, the MIRU technique was performed in 74,2% (121/163) of the isolates from patients attended by SESA in the period from 2002 to 2006. 5 isolates were also identified as environmental mycobacteria (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus and M. xenopi) and 4 unidentified mycobacteria. From the 121 isolates submitted to genotyping, six did not present all alleles among the 12 loci of MIRU. From the 115 isolates submitted to the dendrogram, 29 (25,2%) are grouped into 13 clonal groups with similarity of 100%. 10 groups with two isolates each (125 and 168, 153 and 253, 95 and 97, 91 and 99 ; 92 and 266, 217 and 228, 27 and 117, 260 and 257, 105 and 107, 106 and 220) and 3 groups containing 3 isolates each (150, 157 and 283, 137, 147 and 155, 224, 271 and 286) . The others 86 isolates (74,8%) had a single genetic profile. About the group of 29 patients, only 10 (34,4%) were female and 19 (65,6%) males. Except for one patient, the other 28 (96,5%) were treated with the schedule I having cure in 82,8% of the cases. Only one case of co-infected HIV / TB was found among patients in genetic groups formed, while 31% (9 / 29) were drinkers, except the patients with this data ignored. The 19 male patients grouped genetically, 21% (4 / 19)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-11Bitstream added on 2014-06-13T18:56:00Z : No. of bitstreams: 1 mendes_nh_me_arafcf.pdf: 650825 bytes, checksum: 5f25430d19f2f2c2a96d1d63836fe97c (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... / The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world’s data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose permitindo comparação entre linhagens de Mycobacterium tuberculosis e rastreamento da movimentação de linhagens individuais. O presente projeto teve como objetivo utilizar as técnicas de epidemiologia molecular (MIRU) para tentar compreender um pouco mais sobre o fenômeno da transmissão da tuberculose entre os pacientes portadores de tuberculose pulmonar numa pequena cidade de interior paulista , atendidos no Serviço Especial de Saúde de Araraquara (SESA - ambulatório de referencia no diagnostico e tratamento de tuberculose) na cidade de Araraquara. Do total de 163 culturas positivas recebidas, a técnica de MIRU foi realizada em 74, 2% (121/163) dos isolados provenientes de pacientes atendidos pelo SESA no período de 2002 à 2006. Foram ainda identificados 5 isolados de micobactérias ambientais (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus e M. xenopi) e 4 micobactérias não identificadas. Dos 121 isolados submetidos a genotipagem, seis não apresentaram todos os alelos dentre os 12 locci de MIRU. Dos 115 isolados submetidos ao dendrograma, 29 (25,2%) agruparam-se em 13 grupos clonais com similaridade de 100%, sendo 10 grupos de dois isolados cada (125 e 168; 153 e 253; 95 e 97; 91 e 99; 92 e 266; 217 e 228; 27 e 117; 260 e 257; 105 e 107; 106 e 220) e 3 contendo 3 isolados cada (150, 157 e 283; 137, 147 e 155; 224, 271 e 286). Os demais 86 isolados (74,8%) apresentaram perfil genético único. Dos 29 pacientes agrupados, apenas 10 (34,4%) eram do sexo feminino e 19 (65,6%) do sexo masculino. Com exceção de um paciente, os demais 28 (96,5%) foram tratados com o esquema I obtendo-se alta por cura em 82,8% dos casos. Apenas um caso de co-infecção HIV/TB foi verificado entre os pacientes em grupos genéticos formados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques revolutionized the understanding of the epidemiology of tuberculosis allowing comparison between strains of Mycobacterium tuberculosis and tracking the movements of individual lines. This project aimed to use the techniques of molecular epidemiology (MIRU) trying to understand more about the phenomenon of transmission of tuberculosis among patients with pulmonary tuberculosis in a small city of São Paulo, attended the Special Health Service of Araraquara (SESA - clinic of reference in the diagnosis and treatment of tuberculosis) in the city of Araraquara. From total 163 positive cultures received, the MIRU technique was performed in 74,2% (121/163) of the isolates from patients attended by SESA in the period from 2002 to 2006. 5 isolates were also identified as environmental mycobacteria (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus and M. xenopi) and 4 unidentified mycobacteria. From the 121 isolates submitted to genotyping, six did not present all alleles among the 12 loci of MIRU. From the 115 isolates submitted to the dendrogram, 29 (25,2%) are grouped into 13 clonal groups with similarity of 100%. 10 groups with two isolates each (125 and 168, 153 and 253, 95 and 97, 91 and 99 ; 92 and 266, 217 and 228, 27 and 117, 260 and 257, 105 and 107, 106 and 220) and 3 groups containing 3 isolates each (150, 157 and 283, 137, 147 and 155, 224, 271 and 286) . The others 86 isolates (74,8%) had a single genetic profile. About the group of 29 patients, only 10 (34,4%) were female and 19 (65,6%) males. Except for one patient, the other 28 (96,5%) were treated with the schedule I having cure in 82,8% of the cases. Only one case of co-infected HIV / TB was found among patients in genetic groups formed, while 31% (9 / 29) were drinkers, except the patients with this data ignored. The 19 male patients grouped genetically, 21% (4 / 19)... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Coorientador: José Rodrigo Cláudio Pandolfi / Banca: Rosilene Fressati Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Mestre

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-05-25T14:03:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karla Dutra Costa - 2018.pdf: 3075185 bytes, checksum: 4457eb761c72d55aa56e0fce73443cc1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-28T11:14:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karla Dutra Costa - 2018.pdf: 3075185 bytes, checksum: 4457eb761c72d55aa56e0fce73443cc1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-28T11:14:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karla Dutra Costa - 2018.pdf: 3075185 bytes, checksum: 4457eb761c72d55aa56e0fce73443cc1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-28 / Dengue viruses (DENV), genus Flavivirus, are RNA viruses transmitted by mosquitoes of the genus Aedes and have four serotypes (Dengue 1, 2, 3 and 4) and different genotypes and subgroups that may vary depending on the virus serotype. DENV represents a major public health challenge and a major threat to about two-fifths of the world's population. It is known that some genotypes, especially those referring to the genotypes of DENV-2 and DENV-3 are more associated with diseases than others, in addition their mindial dispersion is not yet known mainly in relation to protein E, which is considered the main protein and is responsible for the assembly of the viral particle, interaction with cellular receptors and membrane fusion, besides being the main target of neutralizing antibodies and having hemagglutinating activity. The DENV-3 genotypes have 5 classifications. The inclusion of new virus sequences in several regions can help in the inference of the origin of isolates and it is possible to construct the routes of entry / displacement of the virus within a region, as well as to know the geographical region (origin) of the same. This information may constitute epidemiological markers and provide greater knowledge about the circulating genotypes with higher risk of developing dengue hemorrhagic fever and dengue shock syndrome (FHD / SCD) in our population. Therefore, the main objective of this work was to analyze the molecular epidemiology of DENV-3 based on the envelope protein (E) of all strains originating from GenBank. This is a cross-sectional, descriptive, epidemiological, retrospective in silico study with the collection of nucleotide and amino acid sequences from the DENV-3 envelope protein E database. DENV-3 sequences were obtained from the GenBank database through the VipR (Pathogen Resource Virus Virus) software. The analysis involved a total of 217 sequences from 25 countries deposited in the years 1914 to 2017 that were recovered containing the DENV-3 virus E protein region. Sequences with 100% identity were also excluded. All positions with gaps and missing data were deleted leaving 489 positions left in the final data set. The viruses were clustered clades called A, B, C and D as distributed by neighboring countries. In group A, the Venezuelan and Colombian viruses were assigned a very distinct clade. In group B the viruses of Brazil and Paraguay were found. In group C were found mainly the United States viruses followed by Mexico with a distinct subclade. In addition, the Venezuelan viruses also grouped together to form other clades with virus from Nicaragua, belonging in these cases to group D according to a phylogenetic tree constructed. Thus, a massive representation of the DENV subtypes by the E protein was concluded, and the ability to introduce some virus genotypes even in relatively distant countries. In the molecular clock analyzes of the DENV-3 protein E sequences discussed in this study, we noticed that RNA viruses showed high genetic variability due to the high intrinsic mutation rate, rapid replication rates, and large population sizes. / Os vírus Dengue (DENV), gênero Flavivirus, são vírus de RNA, transmitidos por mosquitos do gênero Aedes e que possuem quatro sorotipos (Dengue 1, 2, 3 e 4) e diferentes genótipos e subgrupos que podem variar conforme o sorotipo de vírus. Os DENV representam um grande desafio de saúde pública e uma grande ameaça à cerca de dois quintos da população mundial. Sabe-se que alguns genótipos, principalmente aqueles referentes aos genótipos de DENV-2 e DENV 3 estão mais associados a doenças como a febre hemorrágica da dengue e síndrome do choque da dengue, além disso sua dispersão mundial ainda não é conhecida principalmente com relação a proteína E, que é considerada a principal proteína estrutural do vírus, sendo responsável principalmente pela montagem da partícula viral, interação com receptores celulares e fusão de membrana, além de ser o principal alvo de anticorpos neutralizantes e possuir atividade hemaglutinante. Os genótipos do DENV-3 têm 5 classificações. A inclusão de novas sequências de vírus em diversas regiões pode ajudar na inferência da procedência de isolados, sendo possível construir as vias de entrada/deslocamento dos vírus dentro de uma região, assim como conhecer a região geográfica (procedência) dos mesmos. Tal informação pode constituir um marcador epidemiológico e fornecer maior conhecimento sobre os genótipos circulantes com maior risco de desenvolvimento de Febre Hemorrágica da dengue e Síndrome do choque da dengue (FHD/SCD) em nossa população. Portanto, o principal objetivo deste trabalho analisar a epidemiologia molecular dos DENV-3 com base na proteína do envelope (E) de todas as cepas oriundas do GenBank. Trata-se de um estudo transversal, descritivo, epidemiológico, retrospectivo in silico, com a coleta de sequências nucleotídicas e aminoácidicas de banco de dados referente à proteína E do DENV-3. Foram obtidas sequências do DENV-3 a partir de banco de dados do GenBank através do software VipR (Vírus Pathogen Resource Vírus). A análise envolveu um total de 217 sequências de 25 países depositados nos anos de 1914 a 2017 que foram recuperadas contendo a região da proteína E dos vírus DENV-3. Foram excluídas sequências com 100% de identidade. Todas as posições com lacunas e dados em falta foram eliminadas restando 489 posições no conjunto de dados final. Os vírus ficaram agrupados em clados denominados A, B, C e D, conforme distribuição por países vizinhos e um subclado (subgrupo) denominado E. No grupo A foram alocado os vírus da Venezuela e Colômbia formando um clado bem distinto. No grupo B foram encontrados os vírus do Brasil e Paraguai. No grupo C foram encontrados principalmente os vírus dos Estados Unidos, seguido do México com um subclado distinto. Além disso, os vírus da Venezuela também se agruparam para formar outros clados com vírus da Nicarágua, pertencente nesses casos ao grupo D, conforme árvore filogenética construída. Diante disso, concluiu-se uma maciça representação dos subtipos de DENV pela proteína E, e a capacidade da introdução de alguns genótipos de vírus mesmo em países relativamente distantes. Nas análises do relógio molecular das sequências da proteína E do DENV-3 abordadas neste estudo, percebemos que os vírus RNA mostraram uma alta variabilidade genética, devido à alta taxa de mutação intrínseca, rápidas taxas de replicação, e as suas grandes dimensões populacionais.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A histoplasmose, causada pelo fungo dimÃrfico Histoplasma capsulatum, à a mais prevalente das micoses sistÃmicas nas AmÃricas, sendo frequentemente observada em pacientes com AIDS. Desde o inÃcio da epidemia de HIV, na dÃcada de 80, existe um aumento significativo no nÃmero de casos de histoplasmose no Estado do CearÃ, Nordeste do Brasil. A escassez de dados epidemiolÃgicos dos genÃtipos que circulam na regiÃo Nordeste ressalta a importÃncia de estudos mais detalhados sobre a epidemiologia molecular de H. capsulatum nessa regiÃo. Diferentes tÃcnicas moleculares tÃm sido utilizadas para melhor caracterizar o padrÃo genÃtico de cepas de H. capsulatum circulantes no mundo. Vale ressaltar que, grande parte dos estudos de H. capsulatum à realizada na sua fase leveduriforme, quando expressa as suas caracterÃsticas parasitÃrias. Assim, o uso de tÃcnicas laboratoriais para a conversÃo in vitro para a fase leveduriforme e sua manutenÃÃo à extremamente importante. Diante do exposto, o presente estudo objetivou averiguar a taxa de conversÃo in vitro dos isolados de H. capsulatum em seis meios de cultura diferentes, bem como detectar, atravÃs da tÃcnica de PCR, a presenÃa do gene ryp1, um importante regulador transcricional da conversÃo da fase filamentosa para leveduriforme. AlÃm disso, visou conhecer o perfil molecular de cepas de H. capsulatum, de origem humana e veterinÃria, oriundas do Estado do Cearà e da regiÃo Sudeste do Brasil, atravÃs da tÃcnica de RAPD-PCR e avaliar a diversidade genÃtica da regiÃo ITS1-5.8S-ITS2 desses isolados comparados com isolados de outros paÃses, atravÃs do sequenciamento do DNA ribossÃmico nuclear. No estudo de conversÃo in vitro, todos os meios testados foram capazes de possibilitar a conversÃo de fases, contudo, o meio Ãgar Sabouraud suplementado com 10% de sangue de carneiro mostrou a maior capacidade de conversÃo em relaÃÃo aos outros meios testados. O gene ryp1 foi detectado em 18 cepas de H. capsulatum (de origem humana e animal) e em trÃs espÃcimes clÃnicos positivos para H. capsulatum (sangue total) testados, nÃo sendo detectado, contudo, em isolados de Candida albicans, Paracoccidioides brasiliensis, Sporothrix schenckii e Coccidioides posadasii. A anÃlise da variabilidade genÃtica dos isolados de H. capsulatum, pela tÃcnica de RAPD-PCR, permitiu a detecÃÃo de dois clusters que circulam no Estado do CearÃ. O cluster 1 incluiu cepas das regiÃes Sudeste e Nordeste do Brasil, sendo observado dentro desse cluster a separaÃÃo dos isolados em trÃs subgrupos distintos (subgrupos 1a,1b e 1c). O cluster 2, por sua vez, incluiu somente cepas da regiÃo Nordeste do Brasil. NÃo foram observadas diferenÃas nas caracterÃsticas clÃnicas e epidemiolÃgicas dos indivÃduos cujas cepas pertenciam aos diferentes agrupamentos, obtidos pela tÃcnica de RAPD-PCR. O sequenciamento da regiÃo ITS1-5.8S-ITS2 possibilitou a detecÃÃo de dois clados principais. O clado 1 foi constituÃdo da maioria das cepas analisadas, inclusive as cepas da regiÃo Nordeste e incluiu isolados de localizaÃÃes geogrÃficas distintas. O clado 2, por sua vez, foi constituÃdo exclusivamente de isolados oriundos do Estado do Rio de Janeiro. Portanto, pode-se concluir que o Ãgar Sabouraud suplementado com 10% de sangue de carneiro apresentou maior capacidade de conversÃo das cepas de H. capsulatum em relaÃÃo aos outros meios testados, podendo ser considerado o meio de escolha para conversÃo de cepas de H. capsulatum. Ademais, o gene ryp1 pode ser utilizado para identificar isolados de H. capsulatum, bem como, detectar a presenÃa do fungo em amostras clÃnicas, podendo ser utilizado para diagnÃstico de histoplasmose. Por fim, os isolados de H. capsulatum oriundos do Estado do Cearà podem ser agrupados em dois clusters principais, detectados atravÃs da tÃcnica de RAPD-PCR. AlÃm disso, a anÃlise filogenÃtica da regiÃo ITS1-5.8S-ITS2 revelou que as cepas da regiÃo Nordeste apresentaram diferenÃas genÃticas quando comparadas com as cepas de outras regiÃes brasileiras, ficando agrupadas em um cluster diferente das mesmas. / Histoplasmosis, caused by the dimorphic fungus Histoplasma capsulatum, is the most prevalent systemic mycosis in the Americas and it is frequently observed in AIDS patients. Since the beginning of the HIV epidemic, there has been a significant increase in the number of histoplasmosis cases in the Cearà state, Northeast Brazil. The lack of epidemiological data of the genotypes circulating in the Northeast region shows the importance of more detailed studies on the molecular epidemiology of H. capsulatum in this region. Different molecular techniques have been used to better characterize the genetic profile of H. capsulatum strains. It is noteworthy that, most studies of H. capsulatum are performed in the yeast phase due to its parasitic characteristics. Thus, the use of laboratory techniques for in vitro conversion and maintenance is extremely important. Given the above, this study aimed to determine the in vitro conversion rate of H. capsulatum isolates in six different culture media, as well as to detect by PCR the presence of ryp1 gene, an important transcriptional regulator of the conversion from filamentous to yeast phase. In addition, it aimed to establish the molecular profile of H. capsulatum strains, from human and veterinary source, from Cearà and Southeast region of Brazil through RAPD-PCR assay and to assess the genetic diversity of the ITS1-5.8S-ITS2 region of these isolates compared with isolates from other countries, through the sequencing of nuclear ribosomal DNA. In the study of in vitro conversion, all tested media allowed the conversion, however, the Sabouraud agar media supplemented with 10% sheep blood showed the highest conversion capacity in relation to the other tested media. The ryp1 gene was detected in 18 H. capsulatum strains (from human and animal source) and in three tested clinical specimens (whole blood), not being detected, however, in isolates of Candida albicans, Paracoccidioides brasiliensis, Sporothrix schenckii and Coccidioides posadasii. The analysis of the genetic variability of the H. capsulatum isolates, by RAPD-PCR assay, allowed the detection of two clusters circulating in the state of CearÃ. The first cluster included strains from Southeast and Northeast regions of Brazil, being observed, within this cluster, the separation of isolates into three distinct subgroups (subgroups 1a, 1b and 1c). The second cluster included only strains from Northeast region of Brazil. There were no differences in clinical and epidemiological characteristics of individuals whose isolates belonged to different groups, obtained by RAPD-PCR. The sequencing of the ITS1-5, 8S-ITS2 region allowed the detection of two major clades. The clade 1 comprised the majority of the isolates tested, including strains from the Northeast, and included isolates from different geographical locations. The clade 2 was composed exclusively of isolates from the state of Rio de Janeiro. Therefore, it can be concluded that the Sabouraud agar supplemented with 10% sheep blood showed higher conversion capacity of H. capsulatum strains compared to the other tested media, and may be considered the medium of choice for converting of H. capsulatum strains. Furthermore, the ryp1 gene can be used to identify and detect H. capsulatum from clinical specimens, may be used for diagnosis of histoplasmosis. Finally, the H. capsulatum isolates from the state of Cearà can be grouped into two main clusters, detected by RAPD-PCR. In addition, phylogenetic analysis of the ITS1-5.8S-ITS2 region revealed that strains from the Northeast presented genetic differences compared with strains from other Brazilian regions, being grouped in a different cluster of them.

Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2016-03-04T15:24:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE KLEDOALDO - vers digital2.pdf: 4135407 bytes, checksum: f3e6e51484b19ae1c63ca97b8a12fe1e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-04T15:24:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE KLEDOALDO - vers digital2.pdf: 4135407 bytes, checksum: f3e6e51484b19ae1c63ca97b8a12fe1e (MD5) Previous issue date: 2015-03-30 / CAPES / Uma grande heterogeneidade da epidemia pelo HIV-1 é observada no Brasil, onde prevalecem os subtipos B, F1 e C e os recombinantes BF e BC. O objetivo principal deste estudo foi caracterizar as cepas do HIV-1 circulantes no estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil, através de análises filogenéticas, avaliando-se as características sociodemográficas, laboratoriais e evolutivas entre os subtipos B e não-B. As sequências da região pol do HIV-1, que totalizaram 169 amostras, foram obtidas de dois estudos anteriores. Todos os pacientes eram maiores de 18 anos e virgens de terapia antirretroviral. O Alinhamento e a edição manual das sequências foram realizados pelo CLUSTAL X e BioEdit software, respectivamente. Para as inferências filogenéticas e de recombinação gênica foram utilizados os softwares MEGA 5 e SIMPLOT, respectivamente. Pesquisas sorológicas para determinação das co-infecções foram realizadas para os seguintes agentes infecciosos: HBV, HCV, HTLV e sífilis, pelo método de quimiluminescência. Na região analisada (pol), os resultados mostraram uma grande frequência do subtipo F do HIV-1 (31.4%) e a circulação de uma cepa H e AG. As frequências dos subtipos B e C foram 60.9% e 1.2%, respectivamente. Foram identificados um recombinante BC e 8 recombinantes BF (4.7%), com estruturas genômicas diferenciadas. Co-infecção HIV-HBV foi mais frequente entre homens que fazem sexo com homens (HSH) portadores do subtipo B do HIV-1, enquanto que co-infecção HIV-sífilis foi associado a HSH com subtipos não-B. O subtipo B foi associado ao sexo masculino, a uma maior carga vira, maior escolaridade e menor contagem de células T CD4+. Houve uma baixa frequência de mutações de resistência transmitidas (2.96%). Códons sob pressão seletiva positiva são mais frequentes em contagem de células T CD4+ ≥ 200 e em mulheres heterossexuais. Nossos resultados demonstram que a epidemia do HIV-1 em Pernambuco se caracteriza por uma alta proporção de subtipos não-B circulantes, o que revela a importância no monitoramento e melhor conhecimento do papel destas variantes na epidemia, no tratamento antirretroviral, formulação de vacinas, progressão à doença e transmissibilidade. / A great heterogeneity of HIV-1 epidemic is observed in Brazil, where subtypes B, F1 and C and recombinant forms BF prevails and BC. The aim of study was to characterize HIV-1 strains circulating in the state of Pernambuco, northeastern Brazil, through phylogenetic analysis, evaluating also the socio-demographic, laboratory and evolutionary characteristics between subtypes B and non-B. The sequences with pol region of HIV-1, totaling 169 samples were obtained from two previous studies. All patients were over 18 year old and antiretroviral naïve therapy. The alignment and manual editing of the sequences were performed by CLUSTAL X and BioEdit software, respectively. For the phylogenetic and genetic recombination inferences were used MEGA 5 and SIMPLOT software, respectively. Serological assaus of co-infections were performed for the following infectious agents: HBV, HCV, HTLV, and syphilis by chemiluminescence. In the analyzed region (pol), the results showed a high frequency of the HIV-1 subtype F (31.4%) and a strain H and AG. The frequency of the subtypes B and C were 60.9% and 1.2%, respectively. They identified a recombinant BC and eight BF recombinant (4.7%) with different genomic structures. Co-infection HIV-HBV was more frequent among men who have sex with men (MSM) with HIV-1 subtype B, while co-infection HIV-syphilis was associated with MSM with subtypes non-B. The subtype B was associated with male gender, higher viral load, higher education and lower T cells count. There was a low frequency of transmitted resistance mutations (2.96%). Codons under positive selection pressure are more common in T cells count ≥ 200 and heterosexual women. Our results demonstrate that the HIV-1 epidemic in Pernambuco is characterized by a high proportion of circulating non-B subtypes, which shows the importance of monitoring and better understanding of the role of these variants in epidemic in antiretroviral therapy, vaccine formulation, disease progression and transmissibility.

As doenças virais de peixes causadas por vírus das famílias Iridoviridae e Alloherpesviridae estão distribuídas mundialmente e representam uma ameaça real a expansão do sistema aquícola mundial. Desse modo, tornam-se necessários o aprimoramento e aplicação das técnicas de diagnóstico existentes a fim de se controlar ou impedir o avanço dessas viroses entre países. Vírus do gênero Megalocytivirus (MV) e o Cyprinid herpesvirus (CyHV), tipos 1, 2 e 3, induzem enfermidades em peixes com elevada taxa de mortalidade. Já vírus do gênero Lymphocystivirus (LCDV), apesar da menor patogenicidade, causam graves perdas econômicas ao reduzirem o valor comercial dos animais infectados. Devido à escassez de dados disponíveis sobre a circulação desses vírus no Brasil, o presente estudo objetivou a prospecção, incluindo a detecção e caracterização por meio da utilização de técnicas moleculares, de MV, LCDV, CyHV-1, CyHV-2 e CyHV-3 em peixes ornamentais oriundos do município de São Paulo, bem como em espécies de peixes de vida livre e comerciais provenientes de 4 estados brasileiros. Para tanto, foram coletadas e caracterizadas amostras de 306 peixes de 47 espécies diferentes, sendo que todas foram processadas para CyHV-3 e 81 foram submetidas ao diagnóstico para os demais vírus, obtendo-se uma positividade de 47% para MV, 1,2% para LCDV e 2% para CyHV-3. Todas as amostras positivas eram oriundas de peixes ornamentais do município de São Paulo. A sequência nucleotídica de LCDV obtida agrupou-se filogeneticamente em clado do genótipo VII, com similaridade de 44,8-91,1% para com outras sequências homólogas. As sequências de MV agruparam-se em clado com outras sequências de origem asiática, exibindo similaridade de 47,2-99,2% para com outras sequências. Para CyHV-3, a similaridade entre as sequências obtidas e para com outras homólogas foi igual ou superior a 97,4%, agruparando-se em 2 clados distintos. Análises evolutivas indicaram seleção negativa fraca ou relaxada para todas as sequências dos 3 grupos virais estudados. Nesse sentido, destaca-se o ineditismo dos resultados obtidos para a melhor compreensão da epidemiologia molecular desses vírus no Brasil. / Viral fish disease caused by viruses of Iridoviridae and Alloherpesviridae families are distributed globally and represent a real threat to the expansion of world aquaculture system. Thus, improvement and application of current diagnostic techniques in order to control or stop the spread of these infections among countries become necessary. Virus of Megalocytivirus (MV) gender and the Cyprinid herpesvirus (CyHV), types 1, 2 and 3, induce diseases in fish with high mortality rate. Virus of Lymphocystivirus (LCDV) gender, despite their lower pathogenicity, cause severe economic losses by reducing the commercial value of infected animals. Due to the paucity of data available on the circulation of these viruses in Brazil, this study aimed to prospecting, including the detection and characterization through the use of molecular techniques, MV, LCDV, CyHV-1, CyHV-2 and CyHV-3 in ornamental fish come from the city of São Paulo, as well as in fish species of free and commercial life from 5 Brazilian states. For this purpose, 306 samples of 43 different species of fish were collected and characterized, all of which were processed to CyHV-3 and 81 were subjected to the diagnosis of other viruses, yielding a positivity rate of 47% for MV, 1.2% for LCDV and 2% for CyHV-3. All positive samples were from ornamental fish of São Paulo municipality. The only LCDV-nucleotide sequence obtained was grouped phylogenetically in the genotype VII clade, showing 44.8-91.1% similarity to other homologous sequences. Sequences of MV grouped into clade with Asian sequences, displaying 47.2-99.2% similarity to other homologous sequences. For CyHV-3, the similarity among the sequences obtained in this study and the similarity to homologous sequences was equal or superior to 97.4%, grouping into 2 distinct clades. Evolutionary analysis indicated weak or relaxed negative selection for all the sequences from the 3 studied virus groups. In this sense, it can highlight the novelty of the obtained results for a better understanding of the molecular epidemiology of these viruses in Brazil.

Epidemiologic studies have adapted to the genomics era by forming large international consortia to overcome issues of large data volume and small sample size. Whereas both cohort and well-conducted case-control studies can inform disease risk from genetic susceptibility, cohort studies offer the additional advantages of assessing lifestyle and environmental exposure-disease time sequences often over a life course. Consortium involvement poses several logistical and ethical issues to investigators, some of which are unique to cohort studies, including the challenge to harmonize prospectively collected lifestyle and environmental exposures validly across individual studies. An open forum to discuss the opportunities and challenges of large-scale cohorts and their consortia was held in June 2009 in Banff, Canada, and is summarized in this report.

Student Number : 9704202D - MSc dissertation - School of Clinical Microbiology and Infectious Diseases - Faculty of Science / Meningococcal disease is an important cause of morbidity and mortality worldwide, particularly in children and young adults. Epidemics caused by Neisseria meningitidis continue to plague many countries on a global scale, none more so than countries of the African ‘meningitis belt’, where attack rates can reach up to 1000/100,000 population. It has been well recognized that most epidemic and endemic cases of meningococcal disease are caused by a limited number of genetically defined clonal groups. The objective of this molecular epidemiological study was to genotypically characterize strains of N. meningitidis collected in South Africa from July 1999 to July 2002. Characterization of meningococcal strains belonging to serogroup A, B, C, W135 and Y, by PFGE and MLST allowed us to determine the genetic population structure of N. meningitidis in South Africa, and thus identify the predominant clonal groups responsible for the majority of meningococcal disease in the country over this period. The results from the genotypic characterization revealed that the greatest majority of meningococcal disease in South Africa was caused by a strains belonging to only a few “hyperinvasive lineages”, most notably strains of the ST-44 complex (lineage III), ST-32 complex (ET-5 complex), ST-11 complex (ET-37 complex), and the ST-1 complex (subgroup I/II) which have all been responsible for major epidemics worldwide. These findings have direct implications on public health decision, particularly with regards to the development of effective intervention and control strategies, and emphasize the need for continuous long-term monitoring of the circulation of these strains in the population.

published_or_final_version / abstract / Zoology / Master / Master of Philosophy