Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Bruno Ramalho Vieira / Banca: Pedro Antônio Muniz Malafaia / Banca: Izabelle Auxiliadora Molina de Almeida Teixeira / Resumo: Este estudo avaliou o efeito da suplementação fosfórica (SP) sobre o consumo de nutrientes, desempenho, parâmetros ósseos, qualidade de carne e a utilização do fósforo (P) por bovinos Nelores, durante o período de confinamento. Para tanto, utilizou-se 42 novilhos com peso médio inicial de 296±25 kg distribuídos em delineamento inteiramente casualizado com 3 tratamentos e 14 repetições. A dieta era formada por bagaço de cana (200g/kg na MS) e concentrado (800g/kg na MS). Os tratamentos dietéticos foram: sem a adição de P suplementar (T1), núcleo mineral comercial (T2) e fosfato bicálcico (T3). Os teores porcentuais de P na MS foram 0,24; 0,42 e 0,50, respectivamente. Foram avaliados os consumos de MS, PB, FDN, Ca, P e Mg, bem como a absorção aparente, retenção, excreção fecal e urinária de P, o desempenho animal e as características da carcaça. As avaliações da qualidade óssea consistiram na determinação da composição química óssea, densidade mineral óssea (DMO) e densidade em água (DA), além dos valores séricos de cálcio (Ca), P, magnésio (Mg), paratormônio (PTH), fosfatase alcalina (FA) e a concentração de P na saliva e no líquido ruminal. Os consumos de MS, PB e FDN foram similares entre os grupos que receberam ou não a SP (P>0,05). As ingestões de Ca e Mg foram superiores nos tratamentos em que se adicionou o núcleo comercial ou o fosfato bicálcico (P<0,05). O consumo, a retenção e a excreção de P foram influenciados pelo aumento do teor de P nas dietas experimentais (P<0,... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present study was conducted to evaluate the effect of phosphorus supplementation (PS) on nutrient intake, performance and phosphorus (P) utilization by Nellore steers in a feedlot. Forty-two animals with an initial body weight of 296±25 kg were distributed in a completely randomized design consisting of 3 treatments and 14 replicates. The diet on a DM basis was comprised of sugarcane bagasse (200 g/kg) plus concentrate (800 g/kg). The treatments were without supplementary P (T1), commercial mineral supplement specific for feedlot cattle (T2) and dicalcium phosphate (T3) with 0.24, 0.42 or 0.50 % P, respectively. The DM, CP and NDF intakes were similar between the groups with or without the PS (P>0.05). The highest intakes of Ca and Mg were observed in the treatments with commercial mineral supplement or dicalcium phosphate. Intake, retention and excretion of P were influenced by the increase in P content in the experimental diets (P<0.05). Performance and carcass characteristics were not affected by P content in the diet (P>0.05). Supplementation with P significantly increased the excretion of P in the feces and urine and the feeding cost. Therefore, under Brazilian conditions, there is no justification for supplementing P in feedlot rations. The animals submitted or not to phosphorus supplementation had a similar content of Ca, Ca:P ratio and bone mineral density (BMD) at the 12th rib (P>0.05). However, animals of the T1 and T3 treatments had significant reductions in ma... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniele Fernanda Jovino Gimenez / Banca: Maurício de Alvarenga Mudadu / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Rogério Abdallah Curi / Resumo: Mais de 80% da carne bovina brasileira é proveniente de animais de origem zebuína. Este produto é considerado de baixa maciez e reduzido teor de gordura entremeada quando comparado à carne de animais de raças taurinas. Investir na melhoria das características organolépticas como marmoreio e maciez da carne torna-se importante do ponto de vista econômico, pois tratam-se de atributos muito apreciados pelo consumidor. A maciez pode ser medida por meio de análises sensoriais, índice de fragmentação miofibrilar ou força de cisalhamento. Nesse último, um aparelho é utilizado para medir a força necessária para o cisalhamento de uma seção transversal de carne e, quanto maior a força dispensada, menor é a maciez apresentada pelo corte de carne. Outra característica relacionada à qualidade da carne é o marmoreio, que pode ser analisada por meio de escala de graduação visual denominada Quality Grade. No entanto, estas metodologias só podem ser utilizadas após o abate do animal. As técnicas de análise do transcriptoma, como o RNA-Seq, permitem a identificação de genes cuja expressão está relacionada com o controle de características quantitativas e podem ser alternativas na busca pelo melhoramento destes atributos. Com isso, o objetivo deste trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos utilizando a técnica RNA-Seq, em tecido muscular de bovinos da raça Nelore, visando contribuir para o conhecimento dos fatores genéticos que estão relacionados com a qualidade da carne. Para i... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: More than 80% of Brazilian beef comes from zebu animals. The Zebu meat show reduced marbling and is considered harder when compared to Taurine meat. The improvement of the organoleptic traits like marbling and meat tenderness is important from an economic point of view, because these attributes are highly appreciated by the consumer. The meat tenderness can be measured by sensory analysis, myofibril fragmentation index or by shear force. This method use an apparatus which measure the force required to shear a cross section of meat. The higher the strength dispensed, lower is the tenderness showed by the cut of meat. Another trait related to meat quality is marbling, which can be analyzed by Quality Grade visual graduation scale. However, these methods can only be performed after the animal was killed. The transcriptome analysis techniques, as RNA-Seq, are able to identify genes whose expression are related to quantitative traits control and can be used as alternative to help the improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to identify differentially expressed genes using RNA-Seq, in Nelore cattle muscular tissue, to contribute to the knowledge of the genetic factors that are related to meat quality. We sequenced the mRNA of 40 samples divergently ranked to meat tenderness (20 with hard meat and 20 with tender meat) and sequenced the mRNA of 40 samples divergently ranked to marbling (20 with high and 20 with low marbling). These samples were chosen based on she... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Henrique de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de "chips" de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip "Illumina BovineHD BeadChip". Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia "Relative Extended Haplotype Homozygosity" (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do "National Center for Biotechnology Information"- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raphael Bermal Costa / Resumo: A habilidade de permanência (HP), que pode ser definida como a probabilidade de uma vaca parir numa determinada idade, dado que ela teve esta oportunidade, é uma característica reprodutiva de grande importância em bovinos de corte, estando diretamente relacionada à produtividade do rebanho. O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos e identificar possíveis regiões do genoma que estejam associadas com a expressão fenotípica da HP de vacas da raça Nelore. Os componentes de variância foram estimados por inferência bayesiana utilizando um modelo de limiar no qual foram considerados os efeitos sistemáticos de grupos de contemporâneos e precocidade sexual, e os efeitos aleatórios de animal e resíduo.Os efeitos dos SNPs foram estimados por meio da metodologia ssGBLUP, sendo utilizados na análise 2838 animais genotipados com o painel de alta densidade da Illumina (Bovine HD Assay Illumina, San Diego, CA, USA). A variância explicada por janelas formadas por 200 SNPs consecutivos foi utilizada na identificação das regiões de maior efeito sobre a expressão da característica HP. A herdabilidade encontrada utilizando a matriz A (pedigree) foi de 0,11±0,01 e utilizando a matriz H( matriz de parentesco que combina a informação de pedigree e dos SNPs) de 0,14±0,01. Foram encontrados 147 genes candidatos para a característica habilidade de permanência em regiões dos cromossomos 1, 2, 5, 6, 9, 20 e no cromossomo sexual X. Novas regiões candidatas para a característica habilida... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Stayability, which can be defined as the probability of a cow calving to a certain age since it has this opportunity, is a reproduction trait of great importance in beef cattle and is directly related to the productivity of the herd. The objective of this study was to estimate variance components through single-step G-BLUP methodology, and use the solutions of the SNPs effects to identify possible regions of the genome that are associated with the phenotypic expression of stayability in Nellore cows. The variance components were estimated by Bayesian inference using a threshold model in which were considered the fixed effects of precocity and contemporary groups, and the random effects of residue and animal. The effects of SNP were estimated by ssGBLUP methodology being used for the analysis 2838 animals genotyped with the Illumina panel of high density ( HD Assay Bovine Illumina, San Diego, CA, USA ). A Manhattan plot containing the variance explained by the windows formed by 200 SNPs consecutive was used to identify regions of greatest effect on the expression of stayability trait. The heritability found using the A matrix was 0.11 ± 0.01 and using the H matrix was 0.14 ± 0.01. 147 potential genes for stayability were found in regions of chromosomes 1,2,5,6,9,20 and sexual chromosome X. New candidate regions for stayability were detected and most of them are related to reproductive, immune and nervous system. / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Banca: Josineudson Augusto II Vasconcelos Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: O objetivo do presente estudo foi estimar parâmetros genéticos e fenotípicos para características reprodutivas e de temperamento em bovinos da raça Nelore. Os registros referentes às características reprodutivas foram provenientes de animais nascidos entre os anos de 1990 e 2009, obtidos a partir do arquivo zootécnico da Agropecuária Jacarezinho Ltda®. Para as características de temperamento, foram utilizados dados de 16.800 animais (machos e fêmeas) nascidos entre 2008 e 2012. O temperamento foi avaliado aos 18 meses de idade com aplicação de cinco testes: escore de movimentação (MOV), escore de tensão (TENS), escore de contenção (EC), velocidade de fuga (VF) e escore de temperamento (ET). As características reprodutivas utilizadas foram: habilidade de permanência no rebanho (ou stayability, STAY) e reconcepção da novilha (REC). Para VF foi utilizado um modelo linear, e para MOV, TENS, EC, ET, STAY e REC, um modelo Bayesiano não linear. As estimativas de herdabilidade para as características de temperamento variaram de 0,09 ± 0,03 a 0,21 ± 0,02, e para as características reprodutivas, de 0,14 ± 0,02 a 0,23 ± 0,02, indicando que as características utilizadas no presente estudo podem responder à seleção direta e promover progresso genético na raça Nelore. As estimativas de correlações genéticas entre as características reprodutivas e de temperamento foram de baixa a moderada magnitude, como segue: REC-EC (-0,26 ± 0,14), REC-VF (-0,06 ± 0,10), REC-MOV (-0,22 ± 0,11), REC-ET (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic and phenotypic correlations between the reproductive and temperament traits in Nellore cattle. Reproductive traits records were obtained from Agropecuária Jacarezinho Ltda® database, considering the animals born between 1990 and 2009. The temperament traits were measured in 16,800 animals (males and females) born between 2008 and 2012. The temperament was evaluated when the animals were 18 months of age, by applying five measurements: movement score (MOV), tension score (TENS), crush score (EC), flight speed (VF) and temperament score (ET). The reproductive traits were: stayability (STAY) and heifers rebreeding (HR). For FS was used a linear model and to MOV, TENS, CS, ET, STAY and HR was used a Bayesian non-linear model (threshold). The heritability estimates for the temperament traits ranged from 0.09 ± 0.03 to 0.21 ± 0.02 and from 0.14 ± 0.02 to 0.23 ± 0.02 for reproductive traits, indicating that temperament and reproductive can respond to direct selection and promote genetic progress in Nellore cattle. The estimates of genetic correlation between the reproductive and temperament traits were of low and moderate magnitude, as follow: REC-EC (-0,26 ± 0,14), REC-VF (-0,06 ± 0,10), REC-MOV (-0,22 ± 0,11), REC-ET (-0,12 ± 0,14), REC-TENS (-0,09 ± 0,14), STAY-EC (-0,23 ± 0,18), STAY-VF (0,02 ± 0,11), STAY-MOV (-0,02 ± 0,14), STAY-ET (-0,07 ± 0,15) e STAY-TEM (-0,07 ± 0,15). The phenotypic correlations of HR and STAY with temperament... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Danisio Prado Munari / Banca: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Resumo: O melhoramento genético animal visa melhorar a produtividade econômica das futuras gerações de espécies domésticas por meio da seleção. A maioria das características de interesse econômico na pecuária é de expressão quantitativa e complexa, isto é, são influenciadas por vários genes e afetadas por fatores ambientais. As análises estatísticas de informações de fenótipo e pedigree permite estimar os valores genéticos dos candidatos à seleção com base no modelo infinitesimal. Uma grande quantidade de dados genômicos está atualmente disponível para a identificação e seleção de indivíduos geneticamente superiores com o potencial de aumentar a acurácia de predição dos valores genéticos e, portanto, a eficiência dos programas de melhoramento genético animal. Vários estudos têm sido conduzidos com o objetivo de identificar metodologias apropriadas para raças e características específicas, o que resultará em estimativas de valores genéticos genômicos (GEBVs) mais acurados. Portanto, o objetivo deste estudo foi verificar a possibilidade de aplicação de modelos semiparamétricos para a seleção genômica e comparar a habilidade de predição com os modelos paramétricos para dados reais (características de carcaça, qualidade da carne, crescimento e reprodutiva) e simulados. As informações fenotípicas e de pedigree utilizadas foram fornecidas por onze fazendas pertencentes a quatro programas de melhoramento genético animal. Para as características de carcaça e qualidade da carne, o banco de da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Animal breeding aims to improve economic productivity of future generations of domestic species through selection. Most of the traits of economic interest in livestock have a complex and quantitative expression i.e. are influenced by a large number of genes and affected by environmental factors. Statistical analysis of phenotypes and pedigree information allows estimating the breeding values of the selection candidates based on infinitesimal model. A large amount of genomic data is now available for the identification and selection of genetically superior individuals with the potential to increase the accuracy of prediction of genetic values and thus, the efficiency of animal breeding programs. Numerous studies have been conducted in order to identify appropriate methodologies to specific breeds and traits, which will result in more accurate genomic estimated breeding values (GEBVs). Therefore, the objective of this study was to verify the possibility of applying semi-parametric models for genomic selection and to compare their ability of prediction with those of parametric models for real (carcass, meat quality, growth and reproductive traits) and simulated data. The phenotypic and pedigree information used were provided by farms belonging to four animal breeding programs which represent eleven farms. For carcass and meat quality traits, the data set contained 3,643 records for rib eye area (REA), 3,619 records for backfat thickness (BFT), 3,670 records for meat tenderness (... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Gustavo Rezende Siqueira / Banca: Rodrigo Dias Lauritano Pacheco / Banca: Josiane Fonseca Lage / Banca: Otávio Rodrigues Machado Neto / Resumo: Objetivou-se com este trabalho avaliar o efeito da adição de um blend de óleo vegetal protegido, contendo uma mistura de ácidos graxos saturados e insaturados, sobre o desempenho e qualidade de carne de bovinos Nelore confinados. Foram utilizados 53 bovinos machos da raça Nelore, não castrados, com peso corporal (PC) inicial de 315 ± 5,9 kg e idade média de 20 meses. Seis animais foram abatidos inicialmente e 47 animais foram confinados, distribuídos em baias individuais. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, levando em consideração o PC inicial dos animais, utilizando o animal como unidade experimental, com os seguintes tratamentos:1) dieta controle sem inclusão de gordura protegida (CON, n=16); 2) dieta com inclusão de óleo de soja protegido (NUT, n=16); 3) dieta com inclusão de um blend de óleo vegetal protegido contendo uma mistura de ácidos graxos saturados e insaturados (BPR, n=15). Animais que receberam o tratamento BRP tiveram melhor EA, em 5,88%, de 0,17 para 0,18, em comparação aos animais que receberam a dieta NUT. A ELm e a ELg foi maior para os animais que receberam o tratamento BRP quando comparado a adição de NUT (P<0.01), o aumento foi de 0,16 Mcal/kg e 0,14 Mcal/kg respectivamente. O GMDc foi maior para os animais que consumiram BRP (0,946 kg/dia) em comparação aos que consumiram NUT (0,853 kg/dia) (P=0.03). Isso proporcionou aumento de 13 kg no peso de carcaça quente para os animais do tratamento BRP (297 kg) em comparação aos animais do t... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this work was to evaluate the effect of the addition of a blend of protected vegetable oil containing a mixture of saturated and unsaturated fatty acids on the performance and meat quality of confined Nellore cattle. A total of 53 males were used, with an initial body weight (BW) of 315 ± 5.9 kg and mean age of 20 months. Six animals were initially slaughtered and 47 animals were confined, distributed in individual pens. The experimental design was a randomized complete block design, taking into account the initial BW of the animals, using the animal as an experimental unit, with the following treatments: 1) control diet without inclusion of protected fat (CON, n = 16); 2) diet with inclusion of protected soybean oil (NUT, n = 16); 3) diet containing a blend of protected vegetable oil containing a mixture of saturated and unsaturated fatty acids (BPR, n = 15). Animals that received the BRP treatment had better G:F in 5.88%, 0.17 to 0.18, compared to animals that received the diet NUT. NEm and NEg were higher for animals receiving BRP when compared to NUT (P <0.01), the increase was 0.16 Mcal/kg and 0.14 Mcal/kg, respectively. The ADGc was higher for the animals that consumed BRP (0.946 kg/d) compared to those that consumed NUT (0.853 kg/d) (P = 0.03). This led to an increase of 13 kg hot carcass weight for animals BRP treatment (297 kg) compared to animals NUT treatment (284 kg) (P = 0.03 Animals that received diets with added protected fat had a higher EE content in the carcass, 19.1%, when compared to the animals that received the control diet, 17.1%. The meat of animals that consumed BRP had higher levels of unsaturated fatty acids (P = 0.04) and levels of hypocholesterolemic fatty acids (P = 0.05). It is concluded that the addition of BRP provides better EA, EAc, GMDc, unsaturated fatty acids and hypocholesterolemic content of feedlot terminated bovines. / Mestre

Orientador: Lindsay Unno Gimenes / Coorientador: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: O hormônio anti-Mülleriano (AMH) é uma glicoproteína de 140 kDa exclusivamente expressa nas gônadas e que pertence à família de fatores de crescimento transformantes (TGF)-ß e está relacionada ao desenvolvimento folicular ovariano. O AMH possui a importante função de evitar a depleção prematura da reserva folicular por meio do equilíbrio entre a inibição e a promoção do crescimento e desenvolvimento de folículos. Em bovinos, o gene do hormônio anti-Mülleriano está localizado no cromossomo 7 e é composto por cinco éxons. Considerando esse contexto, este trabalho inclui dois capítulos: o primeiro com uma revisão das caraterísticas ocorrência de prenhez precoce (OPP) e idade ao primeiro parto (IPP), assim como a apresentação detalhada do AMH, citando suas principais funções no aparelho reprodutor feminino e de seu respectivo gene e suas variantes em humanos e animais. No segundo capítulo, o objetivo foi caracterizar a presença de polimorfismos nas regiões codificantes do gene AMH, analisar a constituição genética da população para o gene e estudar a associação entre os polimorfismos e as características OPP e IPP em 197 novilhas da raça Nelore, com idade de 16-18 meses. Quatro polimorfismos do tipo SNP foram detectados no presente estudo, sendo um deles no íntron 2 (rs132972253) e três no éxon 5 (rs527023314, rs722016629 e rs134387246), sendo que somente o SNP rs134387246 exibiu valor significativo (p<0,1) para ambas características (OPP e IPP). A análise demonstrou superiorida... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Anti-Müllerian Hormone (AMH) is a 140 kDa glycoprotein exclusively expressed in the gonads, which belongs to the transforming growth factor (TGF)- ß family and is related to ovarian follicular development. AMH plays an important role to prevent premature depletion of the follicular reserve, by promoting balance between inhibition and promotion of follicular growth and development. In bovines, the AMH gene is located in chromosome seven and contains five exonic regions. Considering this context, the content of this work includes two chapters: the first with a review of early pregnancy occurence (EPO) and age at first calving (AFC) traits, as well as the detailed presentation of AMH, citing its main functions in the reproductive system and also its related gene and variants in both humans and animals. In the second chapter, the aim was to characterize the presence of polymorphisms in the coding region of the AMH gene, analyze the genetic constitution of the population for this gene and study the association between the polymorphisms and OPP and IPP traits in 197 Nelore heifers, aging 16 to 18 months. A total of four single nucleotide polymorphisms (SNP) were detected in the present study, being one in intron two (rs132972253) and three in exon five (rs527023314, rs722016629 and rs134387246), wherein only SNP rs134387246 showed significant value (p <0.1) for both phenotypes. The analysis revealed superiority of the A allele, and the GA genotype presented AFC 75 days lower than t... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Banca: Arione Augusti Boligon / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: A análise de componentes principais (PCA) e análise de fatores (FA) são amplamen-te utilizadas no processamento de dados visando a redução da dimensionalidade. No entanto, poucos são os estudos que empregou estes métodos em um conjunto de características importantes em bovinos da raça nelore com a finalidade de mode-lar a estrutura de (co)variância dos dados. O objetivo deste estudo foi estimar pa-râmetros genéticos para as características de crescimento, carcaça e qualidade da carne em machos Nelore, utilizando diferentes modelos multi-características visando a redução da dimensionalidade dos dados. Um total de 3.865; 4.121; 4.109; 4.188; 4.213; 3.320 e 16.575 registros de peso da carcaça quente (PCQ), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), escore de marmorização (MARM), maciez, mensurada pela força de cisalhamento (SF), lipídios (LP) e peso ao sobreano (PS), respectivamente, foram usados. As análises foram realizadas por meio de cinco modelos: multi-característica padrão, três modelos de posto reduzido ajustando os primeiros três (PC3), quatro (PC4) e cinco (PC5) componentes princi-pais genéticos e um modelo utilizando análise de fatores com três (FA3) fatores. Os modelos foram comparados pelo Critério de Informação de Akaike (AIC) e Critério Bayesiano de Schwarz (BIC), levando em consideração o número de parâmetros. Foram considerados para todos os modelos os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual, e os efeitos fixos do grupo de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Principal component (PCA) and factor analysis (FA) are widely used in data processing to reduce dimensionality. However, few studies have used these methods in a set of important traits in Nelore cattle for the purpose of modeling the covariance structure data. The aim of this study was to estimate genetic parameters for growth, carcass and meat quality traits in Nellore males, using different multivariate models to reduce the dimensionality data. A total of 3.865; 4.121; 4.109; 4.188; 4.123 3.320 and 16.575 records, hot carcass weight (HCW), 12-13th rib eye area (REA), backfat thickness (BF), marbling score (MS), warner-wraztler wear force (WBSF), lipid content (LC), and weight at 550 days (W550), respectively, were used. The analyzes were performed using five models: standard multi-characteristic, three reduced-rank models, and adjusted the first three (PC3), four (PC4) and five (PC5) genetic main components, and a model using factor analysis with three (FA3) factors. The models were compared by the Akaike Information Criterion (AIC) and Schwarz Bayesian Criterion (BIC), taking into account the parameters number. The random effects of the direct and residual additive genetic and the fixed effects of the contemporaneous group and the linear effect of animal age on slaughter were considered as covariate, except for yearling weight. The analysis models of genetic factors and main components selected by both selection criteria were PC3 (BIC), PC4 (AIC) and FA3 (AIC and BIC), with 46, 50 and 53 parameters, respectively. However, the model that most approached the standard multi-characteristic model was PC4, and is therefore most appropriate due to the similarity of covariance estimates. Estimates of heritability ranged from 0.06 (LP) to 0.31 (AOL) with MV and 0.04 (LP) to 0.30 (AOL) with PC4. The highest est... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Angélica Simone Cravo Pereira / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Banca: Ana Fabrícia Braga Magahães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Aline Silva Mello Cesar / Resumo: Objetivou-se identificar regiões no genôma de bovinos da raça Nelore que apresentam variações no número de cópias (CNV) e, associar estes CNV com o perfil de ácidos graxos da carne. Além disso, objetivou-se realizar associação genica ampla utilizando os método de single step (GWASss) a fim de detectar regiões genômicas associadas aos ácidos graxos dos grupos saturados, mono e poliinsaturados, assim como os omegas 3, 6 e sua relação. O estudo de caracterização e distribuição dos CNVs ao longo do genoma de bovinos Nelore, foi realizado através do software PennCNV utizando dados genotípicos de 3.794 aniamais, resultando em 399.361 CNVs identificados. Após controle de qualidade, 2.902 foram mantidos nas analises, resultando em 195.873 CNVs, com tamanho medio de 54,744 pb, maximo de 8.7 Mb e minimo 3 kb. As regiões de CNV foram geradas pela sobreposição dos CNVs através do software CNVRuler. Os cromossomos que mostraram maior incidencia de CNVR foram BTA19 (24,26%), BTA23 (18,68%) e BTA25 (18,05%). Ja os que mostraram menor incidencia foram BTA29 (1,63%), BTA13 (9,72%) and BTA8 (9,72%). As 9.805 regiões da CNV estimadas no presente estudo cobrem aproximadamente 13.05% do genoma bovino e sobrepõem-se a 5.495 genes conhecidos que envolvem processos biológicos que poderiam estar envolvidos na adaptação ambiental da subespécie a áreas tropicais. O estudo de GWASss identificou 115 janelas que explicaram mais de 1% da variação genética aditiva para os 22 ácidos graxos estudados. A ident... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions of Nellore cattle that present variations in the number of copies (CNV) and to associate these CNV with the fatty acid profile of the meat. In addition, the objective of this study was to carry out a genome-wid association using the single step method (GWASss) to detect genomic regions associated with saturated, mono and polyunsaturated fatty acids, as well as omega 3, 6 and their relationship. The study of the characterization and distribution of CNVs along the Nellore genome was performed by PennCNV software using genotypic data of 3,794 animals, resulting in 399,361 CNVs identified. After quality control, 2,902 were maintained in the analyzes, resulting in 195,873 CNVs, with an average size of 54,744 pb, maximum of 8.7 Mb and minimum 3 kb. The CNV regions were generated by the overlap of the CNVs by CNVRuler software. The chromosomes that showed the highest incidence of CNVR were BTA19 (24.26%), BTA23 (18.68%) and BTA25 (18.05%). Those with the lowest incidence were BTA29 (1.63%), BTA13 (9.72%) and BTA8 (9.72%). The 9,805 CNV regions estimated in the present study covered approximately 13.05% of the bovine genome and overlaped 5,495 genes known to envolve in biological processes that could be involved in the environmental adaptation of the subspecies to tropical areas. The GWASss study showed 115 windows that explained more than 1% of the additive genetic variation for the 22 fatty acids studied. The identification of these regions and their genes, such as ELOVL5, ESRRG, PCYT1A and the ABC group genes (ABCA5, ABCA6 and ABCA10) are genes directly and indirectly related to lipid metabolism. The GWAS between AG phenotypes and CNVs resulted in a total of 186 CNVRs that were significant for the saturated (43), monosaturated (42), poly... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor