Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-11-07Bitstream added on 2014-06-13T20:06:51Z : No. of bitstreams: 1 miguel_gz_dr_botfmvz.pdf: 589132 bytes, checksum: 08ea2103b5ea1036ea9866e37b431fdd (MD5) / Com o objetivo de avaliar os efeitos da imunocastração sobre parâmetros de desempenho, 60 bovinos foram terminados por 90 dias em confinamento, sendo 30 Nelores e 30 cruzados (50% Nelores x 50% Aberdeen Angus) divididos uniforme e aleatoriamente em 3 condições sexuais (não castrados, castrados cirurgicamente e imunocastrados). Os pesos vivos, ganho médio de peso diário, consumo de matéria seca, conversão alimentar, consumo de matéria seca em relação ao peso vivo, ganho de peso médio diário e eficiência alimentar foram obtidos. A interação entre as condições sexuais e os grupos genéticos foi significativa para peso vivo ao início e ao final do confinamento, conversão alimentar e eficiência alimentar. Dentro do grupo genético dos cruzados, os animais imunocastrados apresentaram pesos vivos médios, obtidos ao início e ao final do confinamento, semelhantes aos dos animais não castrados e superiores aos dos animais castrados cirurgicamente. Por outro lado, os Nelore apresentaram pesos vivos médios, obtidos ao início e ao final do confinamento, semelhantes aos animais castrados cirurgicamente e inferiores aos animais não castrados. Não foram encontradas diferenças no consumo de matéria seca, e consumo de matéria seca em relação ao peso vivo entre as condições sexuais. Os animais não castrados demonstraram maiores valores de ganho de peso médio diário do que os castrados cirurgicamente e os imunocastrados, sendo que esses últimos apresentaram ganho de peso médio diário semelhantes. Não foram encontradas diferenças nos valores médios de ganho de peso médio diário e consumo de matéria seca em relação ao peso vivo entre animais Nelore e cruzados. Entretanto, os animais cruzados apresentaram maior consumo de matéria seca quando comparados aos animais Nelore... / With the objective of evaluating the effects of immunocastration on performance parameters , 60 animals were terminated 90 days confinement , 30 and 30 crossed Nellore ( Nellore 50 % x 50 % Aberdeen Angus ) uniformly and randomly divided in 3 sexual conditions (not castrated surgically castrated and immunocastrated ) . The live weight , average daily gain , dry matter intake , feed conversion , dry matter intake relative to body weight , average daily weight gain and feed efficiency were obtained . The interaction between sexual conditions and genetic groups was significant for body weight at the beginning and end of the experiment , feed conversion and feed efficiency . Within the genetic group of Crusaders , the immunocastrated animals showed average live weights obtained at the beginning and end of the experiment , similar to those of uncastrated animals and superior to those of surgically castrated animals . On the other hand, Nellore present average live weights obtained at the beginning and end of the experiment , similar to surgically castrated and uncastrated animals inferior to animals . No differences in dry matter intake and dry matter intake in relation to body weight between sexual conditions were found . The uncastrated animals showed higher values ​​of average daily weight gain than surgically castrated and immunocastrated , while the latter showed similar average daily gain weight. No differences were found in mean average daily gain and dry matter intake in relation to body weight between Nellore and crossbred weight... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-27Bitstream added on 2015-05-14T16:59:02Z : No. of bitstreams: 1 000827001.pdf: 1244164 bytes, checksum: 53be6cbd163a4c6a3a3afa2dbf6acc42 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Divergências genéticas de termotolerância foram demonstradas entre animais Bos taurus taurus (Holandesa) e Bos taurus indicus (Nelore). O efeito deletério do estresse térmico sobre o potencial de desenvolvimento do oócito é maior para Bos taurus taurus em comparação aos oócitos Bos taurus indicus. Portanto, o presente estudo determinou o perfil do transcriptoma em oócitos das raças Nelore e Holandesa submetidos ao estresse térmico durante a maturação in vitro (MIV), bem como a abundância de RNAm de genes candidatos em oócitos e células do cumulus submetidos aos mesmos tratamentos. Vacas não lactantes das raças Holandesa e Nelore foram submetidas à aspiração folicular guiada por ultra-som durante a estação fria. Os complexos cumulus-oócitos (CCOs) foram aleatoriamente distribuídos nos tratamentos controle (38,5 °C por 22 horas) e estresse térmico (41 °C por 12 horas, seguido de 38,5 °C por 10 horas) durante a MIV. Oócitos desnudados foram submetidos à análise de microarray bovino (Affymetrix). Genes com fold change de pelo menos 1,5 e P<0,05 foram considerados diferencialmente expressos. A análise de microarray demonstrou 127, 9 e 6 genes diferencialmente expressos entre Raça, Temperatura e interação Raça x Temperatura, respectivamente. Os genes diferencialmente expressos foram avaliados por RT-PCR em oócitos e nas suas respectivas células de cumulus. Houve uma correlação positiva entre o fold change do microarray e do RT-PCR dos oócitos para os genes KIF3A, CLDN11, BIRC3, DAP, MT1E, CCT4, DICER1 e DENND3. Em particular, o gene membro da família cinesina 3A (KIF3A) foi induzido em oócitos de Holandesa, enquanto que os genes da proteína associada à morte (DAP) e de tráfego intracelular de membrana domínio DENN/MADD 3 (DENND3) foram reprimidos em oócitos de Holandesa quando comparados a Nelore. A abundância relativa do RNAm da molécula antioxidante metalotioneína 1E ... / Genetic divergences in thermotolerance have been demonstrated between Bos taurus taurus (Holstein) and Bos taurus indicus (Nelore) animals. The deleterious effect of heat stress on oocyte developmental potential is greater for Bos taurus taurus as compared to Bos taurus indicus oocytes. Therefore, the present study determined transcriptome profile in Nelore and Holstein oocytes subjected heat shock during in vitro maturation (IVM) as well as mRNA abundance of selected candidate genes in Nelore and Holstein heat-shocked oocytes and cumulus cells. Non-lactating Holstein and Nelore cows were subjected to ultrasound-guided follicle aspiration during the cool season. Cumulus-oocyte complexes (COCs) were randomly assigned to control (38.5°C for 22 hours) and heat shock (41°C for 12 hours followed by 38.5°C for 10 hours) treatments during IVM. Denuded oocytes were subjected to Affymetrix bovine microarray. Genes with fold change of at least 1.5 and P< 0.05 were considered differently expressed. Microarray analyses demonstrated 127, 9 and 6 genes differentially expressed between Breed, Temperature and Breed x Temperature interaction, respectively. Selected differentially expressed genes were evaluated by RTPCR in oocytes and respective cumulus cells. There was a positive correlation between oocyte microarray and RT-PCR fold change for the genes KIF3A, CLDN11, BIRC3, DAP, MT1E, CCT4, DICER1 and DENND3. In particular, the member of the kinesin family 3A (KIF3A) gene was up-regulated in Holstein oocytes, while the deathassociated protein (DAP) and the protein trafficking gene DENN/MADD domain containing 3 (DENND3) were down-regulated in Holstein oocytes as compared to Nelore. The mRNA relative abundance of the antioxidant molecule metallothionein 1E (MT1E) was higher in Holstein cumulus cells, whereas, claudin 11 (CLDN11) that participates in cellular tight junctions, was higher in Nelore. Moreover, heat shock down regulated MT1E mRNA abundance ... / FAPESP: 2007/53323-0

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834736.pdf: 493833 bytes, checksum: d3f0a12fdefdf3d19b9b37d16148c6b4 (MD5) / Características economicamente importantes, como as características de carcaça, medidas post mortem, não vem sendo incluídas nos programas de melhoramento da raça Nelore devido, dentre outros fatores, aos altos custos e dificuldade de mensuração. Com a genômica, torna-se possível a seleção dos animais sem a necessidade de mensuração de seus próprios fenótipos e/ou de seus parentes, e tem-se, também, a possibilidade da realização da busca por genes ou regiões cromossômicas envolvidas com a expressão das características, por meio do estudo de associação genômica ampla (GWAS). Objetivou-se com o presente trabalho comparar diferentes modelos quanto à habilidade de predição de valores genéticos genômicos (GEBVs), e realizar um estudo de associação genômica ampla para as características: peso de carcaça quente, área de olho de lombo e espessura de gordura subcutânea, visando trazer subsídios para a incorporação da informação genômica nas avaliações genéticas de bovinos de corte no Brasil. Foram utilizados dados fenotípicos e genotípicos de 1.756 animais machos da raça Nelore. Os animais foram genotipados com um painel de alta densidade com 777.962 SNPs. Os GEBVs foram preditos utilizando três modelos: Regressão de cumeeira - (Bayesian Ridge Regression - BRR), BayesC (BC) e Lasso Bayesiano - (Bayesian Lasso - BL) e dois tipos de variáveis resposta: o valor genético tradicional e o fenótipo corrigido para os efeitos fixos. A implementação da GWAS foi realizada através da aplicação de um modelo poligênico-genômico, que considerou, simultaneamente, todas as informações disponíveis (fenótipos, pedigree e SNPs) por meio de um processo que combina a matriz de parentesco aditivo com a matriz de parentesco genômico. No geral, foi verificado que as predições genômicas sofreram influência da herdabilidade das características e do tipo de pseudo-fenótipo utilizado, sendo a... / Economic relevant traits as carcass, measured after slaughter, are not included in the animal breeding program of Nelore breed due to the difficult and high cost to measure. With the advent of genomic selection, it is possible to select animals without the need of recording phenotypic performance of its own or from close relatives, and there is also the possibility of investigating genes or chromosome regions affecting the expression of traits using genome-wide association study (GWAS). The aim of this study was to compare different models on the predictive ability of genomic breeding values (GEBVs), and to perform a GWAS for the following traits: hot carcass weight, rib eye area, and backfat thickness, in order to contribute to the incorporation of genomic information into the genetic evaluation of beef cattle in Brazil. Genotypic and phenotypic information of 1,756 Nelore bulls were used in the analysis. Genotypes were generated based on a panel with 777.962 SNPs. The GEBVs were predicted using three models: Bayesian Ridge Regression (BRR), BayesC (BC) e Bayesian Lasso (BL), and two types of response variables: estimated breeding value and adjusted phenotypes for the fixed effects. GWAS was performed using the singlestep approach which combines all available phenotypic, pedigree and genomic information adjusting a polygenic-genomic model. In general, it was verified that heritability and response variable affected the genomic predictions, where the adjusted phenotype was the most appropriate response variable to perform SNPs estimates. It was also observed that the predictive abilities were similar among the methods (BRR, BC and BL). GWAS study detected potential genome regions that may be affecting the phenotypes. These regions can contribute to understand the genetic control of these traits and can be useful to include them into the genetic process for selecting the animals. The results showed that marker assited selection is ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834559.pdf: 388353 bytes, checksum: 77a6b5025d1c329db5a929f31567cdf0 (MD5) / As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA (Bos taurus chromosomes) 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA (Bos taurus chromosomes) 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834573.pdf: 1120548 bytes, checksum: 6eda69f309d7f76c454c3e9103377ea1 (MD5) / O consumidor tem se tornado mais exigente com relação a qualidade da carne, fatores como maciez, cor e sabor são as características mais requeridas. Pouco tem sido feito em relação à qualidade da mesma, pois essas características não são consideradas nos programas de avaliação genética para gado de corte no Brasil, por serem de mensuração difícil, alto custo, e por exigir o abate dos animais. Uma alternativa para inclusão destas medidas em programas de melhoramento pode ser o uso dos SNPs em estudos de associação e seleção genômica. Foram utilizados 1.875 animais machos da raça Nelore foram terminados em confinamento e abatidos em planta frigorífica comercial, com idade média de 731±81 dias. As amostras coletadas foram analisadas para maciez, lipídeos, marmoreio, coloração L* (luminosidade), a* (vermelha) e b* (amarela). Os animais foram genotipados com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e após o controle de qualidade restaram 1.634 animais com genótipos e 369.722 SNPs. No capítulo 2, três métodos de seleção genômica foram avaliados: GBLUP (assume distribuição normal com variância única para todos os efeitos de SNPs), BayesCπ (apresenta uma distribuição mista para os efeitos dos SNPs) e Bayesian Lasso (assume distribuição dupla exponencial para os efeitos dos SNPs). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Yc) e o valor genético predito (EBV) foram utilizados como pseudo-fenótipos. Para a validação cruzada, a população foi dividida aleatoriamente em cinco grupos de tamanhos similares. Para comparar a habilidade de predição dos métodos foram calculadas: a correlação entre os valores genômicos (GEBV) e os fenótipos corrigidos e o valor da correlação dividido pela raiz quadrada da herdabilidade; a correlação entre GEBV e EBV; o coeficiente de regressão do GEBV sobre o fenótipo corrigido e do GEBV sobre o EBV. O EBV como pseudo-fenótipo foi mais acurado... / Consumers have become stricter for higher quality meat and are seeking for traits such as tenderness, color and flavor. Few has been done for improving meat quality traits, due to the difficultness and high cost to measure, as well as to the necessity of culling animals. An alternative to inclusion of these measures in breeding programs may be the use of SNPs in association studies and genomic selection. Animals Nellore (1,875) were feedlot finished and slaughtered at commercial slaughterhouses were used, with an average age of 731 ± 81 days. The samples were analyzed for tenderness, lipid content, marbling, lightness (L*), redness (a*) and yellowness (b*). The animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip) and after quality control remained 1,634 animals with genotypes and 369,722 SNPs. In chapter 2, three genomic selection methods were evaluated: GBLUP (assumes normal distribution with variance only for all SNPs effects), BayesCπ (mixed distribution to the SNPs effects) and Bayesian Lasso (assumes double exponential distribution for SNPs effects). The adjusted phenotype for the fixed effects (Yc) and the estimated breeding value (EBV) were used as pseudo-phenotypes. For cross-validation, the population was randomly divided into five groups of similar sizes. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the adjusted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability; correlation between EBV and GEBV; regression coefficient of the GEBV on adjusted phenotype and GEBV on EBV. The EBV as pseudo-phenotype was more accurate than the adjusted phenotype. The GBLUP showed better predictive ability for meat color. For the other traits, the Bayesian methodologies had higher predictive ability. Among the Bayesian methodologies, BayesCπ was more accurate than Lasso for all traits. In Chapter ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:02Z : No. of bitstreams: 1 000834416.pdf: 589713 bytes, checksum: e67aef51366f6081936855769601b405 (MD5) / Esta dissertação foi dividida em três capítulos, o primeiro é uma revisão de literatura sobre o assunto que será discutido nos capítulos seguintes. No segundo capítulo, foi realizado um estudo de associação genômica ampla para a característica idade ao primeiro parto (IPP) em gado Nelore, que objetivou: 1) avaliar se a informação fenotípica adicional dos animais não genotipados afeta o mapeamento de QTLs da IPP; avaliar, por simulação, se esta informação fenotípica adicional contribui para detectar QTLs mais precisamente para uma característica complexa, com poucos genótipos disponíveis. O terceiro capítulo apresenta um estudo de associação para a característica reconcepção de primíparas (RP) em gado Nelore, cujo objetivo foi detectar importantes regiões genômicas (QTLs) associadas com esta característica. No capítulo dois, estudos de associação foram realizados utilizando as metodologias Bayes C e Weighted single step GBLUP (WssGBLUP) e as 10 janelas de marcadores (de 1Mb) que explicaram a maior proporção da variância para IPP foram identificadas e exploradas. Dois cenários foram investigados, um incluindo todas as fêmeas com informação fenotípica disponível (cenário SI - 43.482 fêmeas), e outro incluindo apenas as fêmeas com genótipo disponível (cenário SII - 1.813 fêmeas). Três iterações foram realizadas no método WssGBLUP, sendo recomputados os efeitos dos animais e dos SNPs a cada iteração. Foi simulada uma população com parâmetros e estrutura similares aos dos dados reais, com dois diferentes níveis de desequilíbrio de ligação (alto e baixo) entre os marcadores adjacentes. No capítulo três, os dados consistiram de 142.878 registros fenotípicos de RP e 2.923 genótipos. Os estudos de associação foram realizados com o método WssGBLUP usando três diferentes pesos (iterações) para os efeitos dos SNPs. Para cada iteração subsequente a variância genética ... / This dissertation was divided in three chapters, the first one is a literature review about the subject that will be discussed in subsequent chapters. In the second chapter, a genome wide association study (GWAS) for age at first calving (AFC) in Nelore cattle was performed, using real and simulated data, aiming to 1) assess if additional phenotypic information from non-genotyped animals affect QTL mapping of AFC; 2) evaluate, by simulation, if this additional phenotypic information contributes to detect QTLs more precisely for a low heritable complex trait, and with few available genotypes. The third chapter presents a GWAS for heifer rebreeding (HR) in Nelore cattle. In chapter two, GWA studies were performed using Bayes C and weighted single step GBLUP (WssGBLUP) methods and the top 10 marker windows (1Mb) that explained the larger proportion of variance for AFC were identified and further explored. Two scenarios were investigated, one including all females with available phenotypic information (SI scenario, with 43,482 females), and the other including just the females with available genotype (SII scenario, with 1,813 females). Three iterations were performed in WssGBLUP, recomputing the animals and SNPs effect in each subsequent iteration. It was simulated a population mimicking the parameters and the structure of the real dataset. Two different disequilibrium linkage levels (low and high) between adjacent markers were simulated. In chapter three, the data consisted of 142,878 HR phenotypic records and 2,923 genotypes. The GWAS was performed with WssGBLUP method using three different weightings (iterations) for the SNP effects. Total genetic variances were calculated for the top 10 1Mb SNP-windows, detected by each iteration. On each subsequent iteration, the genetic variance was distributed for a smaller number of SNPs, and the SNP effects were recomputed. Genes possibly associated with HR were searched to reinforce the suggestive ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-03. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:22Z : No. of bitstreams: 1 000834161.pdf: 716809 bytes, checksum: 0cae0a3abda0df8b6418716966cb1c84 (MD5) / O Brasil se consolidou como um dos principais produtores e exportadores mundiais de carne. Entretanto, diversas culturas (animal/vegetal) têm competido com a bovinocultura por espaço e importância na balança comercial brasileira. Assim, o melhoramento genético animal tem tido, no Brasil, papel fundamental na pecuária de corte de forma a manter crescentes os níveis de produção ocupando o mesmo espaço e a baixo custo. A eficiência alimentar é uma característica produtiva de extrema importância, porém não está sendo considerada nos programas de avaliação genética no país, devido ao fato de a mensuração ser onerosa e tardia. Nesse cenário a genética molecular pode contribuir para a implementação da seleção dessa característica em programas de melhoramento por meio da identificação de genes importantes para eficiência alimentar. O presente estudo objetivou comprovar o padrão de expressão de genes diferencialmente expressos previamente identificados por sequenciamento de RNA (RNA-seq) em animais extremos para eficiência alimentar. Nesse contexto foi adotada a metodologia de PCR quantitativo em tempo real (qPCR) a fim de estabelecer uma relação quantitativa entre nível de expressão gênica e a eficiência alimentar em uma população experimental de 83 animais da raça Nelore avaliados para diferentes medidas de eficiência alimentar. Um subgrupo composto por 20 animais extremos para o consumo alimentar residual (CAR) foi avaliado quanto ao padrão de expressão global pela tecnologia de RNA-seq para identificação de genes diferencialmente expressos (DE). A partir dos genes DE identificados foram selecionados seis genes candidatos (PPP1R26, FABP1, FADS2, RGS2, SLC2A5 e UCP2) com base nos valores de Fold Change e sua função metabólica para a característica em estudo. As qPCR foram realizadas para identificar associações entre o nível de expressão dos seis genes alvo com as medidas de ... / Brazil is one of the leading producer and exporter of meat. However, different livestock and plant production have been competing with cattle for space and importance in Brazilian trade balance. Thus, the animal breeding has played a key role in beef cattle to increase production levels occupying the same space at lower costs. Feed efficiency is a productive trait of extreme importance, but it has not been considered in genetic evaluation programs in our country. This is probably due to the fact that the measurement is costly and late. In this scenario molecular genetics may contribute to the implementation of this trait in breeding programs by identifying candidate genes for feed efficiency. The present study aimed to confirm the differential gene expression levels of candidate genes previously identified by RNA sequencing (RNA-seq) in extreme groups of animals evaluated for feed efficiency. We adopted the real time quantitative PCR methodology (qPCR) to verify a quantitative relationship between the level of gene expression and feed efficiency in an experimental population of 83 Nelore cattle evaluated for different feed efficiency traits. A subgroup composed of 20 animals extreme for Residual Feed Intake (RFI) was evaluated for overall standard of expression by RNA-seq technology to identify genes differentially expressed (DE). From the identified DE genes six candidate genes were selected (PPP1R26, FABP1, FADS2, RGS2, SLC2A5 and UCP2) based on fold change values and its metabolic function related to feed efficiency. The qPCR analyses were performed to confirm association between the expression level of the six target genes with measures of feed efficiency. It was observed association between the FABP1 gene with residual feed intake and dry matter intake (P <0.05). Also, the SLC2A5 gene was associated with Kleiber index measurements and relative growth rate (P <0.05). In both cases an increase in the expression level was associated ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:34Z : No. of bitstreams: 1 000833017.pdf: 1030044 bytes, checksum: 64ce5ae59ac1ab2cf3290652a62b8191 (MD5) / Foram realizados dois experimentos para avaliar o efeito de planos nutricionais sobre o ganho de peso e carcaça, assim como as mudanças na composição corporal de tourinhos Nelore. O experimento 1 foi realizado de julho de 2009 a setembro de 2010, e foi dividido em três fases. As fases I e II foram referentes ao período de recria e a fase III a terminação dos animais. Na fase I os animais receberam 2 suplementos: 1) suplemento proteico (SPI) ou 2) suplemento proteico energético (SPEI). Na fase II os tratamentos foram distribuídos em esquema fatorial 2 x 4, sendo o efeito de dois históricos nutricionais da fase I associados a quatro tratamentos na fase II: 1) sal mineral (SM) 2) suplemento proteico (SPII), 3) suplemento proteico energético (SPEII); 4) suplemento energético (EN). A fase III correspondeu a terminação, sendo os tratamentos distribuídos em esquema fatorial 2 x 4 x 2, com dois históricos alimentares da fase I, quatro da fase II divididos em duas estratégias de terminação: 1) pasto com alto concentrado (PA) ou 2) confinamento (CO). Utilizou-se 129 tourinhos Nelore, com 8 ± 2 meses de idade e peso corporal de 204,6 ± 5,2 kg. O experimento 2 foi realizado de julho de 2011 a setembro de 2012, e foi dividido em três fases da mesma forma que no experimento 1. Na fase I os tratamentos foram: 1) suplemento proteico (SP) ou 2) suplemento proteico energético (SPEI). Na fase II os tratamentos foram distribuídos em esquema fatorial 2 x 2, sendo o efeito de dois históricos nutricionais da fase I associados a dois tratamentos na fase II: 1) sal mineral (SM) 2) suplemento proteico energético (SPEII). Na fase III os tratamentos também foram distribuídos em esquema fatorial 2 x 2 x 2, com dois históricos alimentares da fase I, dois da fase II divididos em dois níveis de fornecimento de ração: 1) 15 g.kg-1 PC ou 2) 20 g.kg-1 PC. Utilizou-se 78 tourinhos Nelore, com 8 ± 2 meses de idade e peso corporal de ... / Two trials were made aiming to evaluate the effect of different nutritional plans on body and carcass gain, as well as changes in body composition of Nelore cattle. The trial 1 started in July, 2009 and finished in September, 2010, and was divided in three phases. The phases I and II corresponded to the growing phase, and the phase III corresponded to the finishing phase. In phase I the animals were randomly assigned to 1 of 2 treatments consisting of: a) protein (PRI) or, b) protein and energy (PEI) supplement. The phase II for each of the phase I treatments, the animals were randomly assigned in factorial (2 x 4) to 1 of 4 treatments including: a) mineral salt (MN), b) protein (PRII), c) protein and energy (PEII) and d) energy (EN) supplement. The phase III for each of the phase I and II treatments, the animals were randomly assigned in factorial (2 x 4 x 2) to 1 of 2 treatments: finishing in 1) pasture (PA) or 2) feedlot (FE), in both treatments the animals were fed high concentrate. 129 young Nelore bulls, were 8 ± 2 months of age and BW of 204.6 ± 5.2 kg were utilized. The trial 2 started in July, 2011 and finished in September, 2012, and was divided in three phases as the trial 1. In phase I the animals were randomly assigned to 1 of 2 treatments consisting of: a) protein (PRI) or, b) protein and energy (PEI) supplement. The phase II for each of the phase I treatments, the animals were randomly assigned in factorial (2 x 2) to 1 of 2 treatments including: a) mineral salt (MN), b) protein and energy supplement (PEII). The phase III for each of the phase I and II treatments, the animals were randomly assigned in factorial (2 x 2 x 2) to 1 of 2 treatments: 1) medium or 2) high feed. 78 young Nelore bulls, were 8 ± 2 months of age and BW of 171.7 ± 6.4 kg were utilized. Measurements of ADG, gain and composition of carcass were made. All the data were analysed as a randomized factorial design using the PROC MIXED of the SAS ...

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:25:58Z : No. of bitstreams: 1 000843038.pdf: 1026203 bytes, checksum: 93ea9075b5fa578b6ff760f8d65a8598 (MD5) / Os escores visuais são usados como critério de seleção com o objetivo de melhorar as características de carcaça. Estas características têm a particularidade de serem atribuídas com base em uma referência relativa, e não absoluta, o que pode trazer dificuldades na estimação de parâmetros e valores genéticos. Dada a importância dos escores, dois estudos foram conduzidos com os seguintes objetivos: 1) determinar se a forma de atribuir os escores, tem consequências na estimação de parâmetros e valores genéticos; e 2) identificar as regiões do genoma associadas com os escores de conformação, precocidade e musculosidade em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro objetivo foi realizado um estudo de simulação, considerando populações com e sem seleção e três tamanhos de grupo de atribuição dos escores (10, 40 e 100 animais), as populações foram acasaladas ao longo de 12 gerações sobrepostas. A cada geração parâmetros e valores genéticos foram estimados usando um modelo de limiar. Os resultados indicaram que as estimativas de parâmetros e valores genéticos não são afetadas pela forma de atribuir os escores, entretanto os valores genéticos estimados são afetados pelo tamanho do grupo, sendo desejável a formação de grupos de avaliação superiores a 40 animais. Para o segundo objetivo foi realizado um GWAS usando dois modelos, BayesC e LASSO Bayesiano com duas classes de variáveis dependentes, o fenótipo dos escores e os valores genéticos desregredidos (dEBV). Nas análises foram utilizados 2873 registros de machos e fêmeas Nelore. Os animais foram genotipados com o painel BovineHD da Illumina, após o controle de qualidade restaram 309.865 SNPs. O critério de associação foi a porcentagem de variância genética explicada por janelas de 1 Mb de comprimento. Após as análises, o modelo BayesC foi o que se ajustou melhor aos dados, porque explicou uma maior proporção de variância fenotípica para... / The visual scores are used as selection criteria in Brazilian cattle and aiming to improve the carcass traits. These traits have the particularity of being attributed depending on relative data and not on absolute references. This property could lead to difficulties in the estimation of genetic parameters and breeding values as well. Considering the importance of the visual scores, two studies were performed with the following objectives: 1) determine if the forms in which these scores are attributed have consequences in the genetic parameters and breeding values estimation, and, 2) identify regions of the genome that are associated with the scores of conformation, finishing precocity and muscling in Nellore cattle. For the first objective, a simulation study was conducted considering populations with and without selection, and three sizes of group attribution scores (10, 40 and 100 animals), these populations were mated for 12 overlapping generations. Genetic parameters and breeding values for each generation were estimated using a threshold model. The results indicate that the estimates of genetic parameters and breeding values are not affected by how the scores are attributed; however, the estimated breeding values are affected by the group size, being recommended the formation of evaluation groups more than 40 animals. For the second objective, a GWAS was conducted using BayesC and Bayesian LASSO models with two types of dependent variable. These variables were the phenotype and the deregressed breeding values (dEBV). In the analyses, a total of 2873 records of males and females from Nellore cattle were used. The animals were genotyped using the chip BovineHD of Illumina, after the quality control, a total of 309,865 SNPs were maintained. The association criterion was the proportion of genetic variance explained by 1 Mb genome windows. After the analyses, the BayesC model was the best fitted the data, as it explained a greater ...

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:48:56Z : No. of bitstreams: 1 000845569.pdf: 527744 bytes, checksum: bc830cf10269bbbd3e93e1f704884651 (MD5) / O perfil de ácidos graxos (AG) intramuscular da carne é importante para a saúde humana, além de ser responsável pelo sabor e suculência da carne. A quantidade total de AGs no Longissimus thoracis é um preditor de palatabilidade e o principal determinante do valor da carcaça de acordo com os padrões internacionais de qualidade da carne. Sabe-se que o tipo de AG tem um impacto maior sobre questões de saúde quando comparado com a quantidade total. Há uma falta de estimativas de parâmetros genéticos para perfil de ácidos graxos da carne em Bos indicus, uma vez que as raças zebuínas são a fonte predominante de carne bovina em regiões tropicais e sub-tropicais. Portanto, os resultados obtidos no presente estudo deve apoiar os agricultores e pesquisadores, a fim de definir critérios de seleção para melhorar a composição de ácidos graxos da carne de gado zebu. Objetivou-se com este estudo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para composição de AG na carne de 937 touros Nelore terminados em confinamento por um período de 90 dias, com idade média de 24 meses e peso de abate entre 500-550kg. Os AG foram analisados no Longissimus thoracis e quantificados por cromatografia gasosa. Os grupos contemporâneos foram organizados de acordo com fazenda de nascimento, safra, e grupo de manejo ao sobreano. Os 14 ácidos graxos seguintes foram quantificados: palmítico (C16:0), esteárico (C18:0), oleico (C18:1 cis-9), linoleico (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), linolênico (C18:3 n3), miristico (C14:0), miristoleico (C14:1), elaidico (C18:1 n9t), vacênico (18:1 t11), eicosatrienoico (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoico (C20:3 n3 cis-11,14,17) e araquidônico (C20:4). As proporções dos AG saturados (AGS), monoinsaturados (AGMI), poli-insaturados (AGPI), n-9, n-6 e n-3 foram calculados usando as concentrações dos AG individuais. O modelo utilizado para a estimação... / The intramuscular fatty acid (FA) profile in beef is important for human health, as well as being responsible for meat flavor and juiciness. The total quantity of FAs in the Longissimus thoracis predicts palatability and is the main determinant of carcass value by international standards of meat quality. It has been known that the type of FA has a larger impact on health issues when compared to the total quantity of such. There is a lack of genetic parameter estimates for beef fatty acid profile in Bos indicus, since the zebu breeds are the predominant source of beef in tropical and sub-tropical regions. Therefore, the results obtained in the present study should support farmers and researchers in order to define selection criteria to improve the beef fatty acid composition in zebu cattle. The objective of this study is to estimate (co)variance components and genetic parameters for beef FA composition in 937 Nellore bulls, previously kept in feedlot for a 90 day period with an average of 24 months of age and 500-550kg of slaughter weight. The FA profile was analyzed in Longissimus thoracis samples using a gas chromatography. The contemporary groups were organized based on farm and year of birth, and management group at yearling. The following 14 fatty acids were quantified: palmitic (C16:0), stearic (C18:0), oleic (C18:1 cis-9), linoleic (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), α-linolenic (C18:3 n3), myristic (C14:0), myristoleic (C14:1), elaidic (C18:1 n9t), vaccenic (18:1 t11), eicosatrienoic (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoic (C20:3 n3 cis-11,14,17) and arachidonic (C20:4). The proportion of saturated (SFA), monounsaturated (MUFA), polyunsaturated (PUFA), n-9, n-6 and n-3 were calculated using the individual fatty acid concentration. The model used for the (co) variance estimation included direct random genetic effect, the fixed effect of the CG, and the animal's slaughter age as a covariable ...