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Evaluation of Kidney Histological Images Using Unsupervised Deep Learning / 教師なし深層学習を用いた腎病理所見評価手法の開発

Sato, Noriaki 26 September 2022 (has links)
京都大学 / 新制・論文博士 / 博士(医学) / 乙第13501号 / 論医博第2260号 / 新制||医||1061(附属図書館) / 京都大学大学院医学研究科医学専攻 / (主査)教授 小林 恭, 教授 中本 裕士, 教授 黒田 知宏 / 学位規則第4条第2項該当 / Doctor of Medical Science / Kyoto University / DFAM
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Zeitliche und räumliche Analyse histomorphologischer Befunde aus Eigennierenbiopsien im Raum Leipzig über einen Zeitraum von 20 Jahren / Temporal and spatial analysis of renal biopsy data collected in the metropolitan area of Leipzig during a time frame of 20 years

Fahr, Florian 14 December 2016 (has links) (PDF)
Hintergrund und Zielsetzung: Jährlich erkranken in Westeuropa 4% der Gesamtbevölkerung an Akutem Nierenversagen (ANV). Zudem leiden 8,5% der Bevölkerung an einer Chronischen Niereninsuffizienz (CNI). Valide epidemiologische Daten über Erkrankungen der Niere existierten für Deutschland jedoch nicht, da zu diesem Zeitpunkt Erkrankungsfälle noch nicht flächendeckend systematisch erfasst wurden und das Deutsche Nierenregister noch im Aufbau war. Die vorliegende retrospektive Analyse untersucht und dokumentiert räumliche und zeitliche Veränderungen des histomorphologischen Befundspektrums aus Eigennierenbiopsien im Großraum Leipzig über den Zeitraum 1993-2012. Methoden: Als Grundlage der Arbeit dient ein zeitlich und geographisch strukturiertes Nierenbiopsieregister, welches für die vorliegende Arbeit aus den gesammelten histologischen Eigennierenbiopsiebefunden erstellt wurde. Zu jedem Fall wurde zur räumlichen Zuordnung, wenn ermittelbar, die Postleitzahl (PLZ) des Wohnortes des jeweiligen Patienten eingetragen. Bei einer annähernd vollständigen Erfassung der PLZ wurde für den jeweiligen Zeitraum für das Stadtgebiet Leipzig eine Inzidenzberechnung durchgeführt. Für das Leipziger Umland war dies nicht vorgesehen, da von einer unvollständigen Erfassung auszugehen war. Die statistische Auswertung erfolgte über Kontingenztafeln per Chi-Quadrat-Test oder per Varianzanalyse. Ergebnisse: In die Analyse des erstellten Biopsieregisters wurden n=943 Erstbiopsien eingeschlossen, unter vorherigem Ausschluss pädiatrischer Fälle und Folgebiopsien. Die IgA-Nephropathie (IgANP) war mit 19,5% die häufigste gestellte Diagnose, gefolgt von der Hypertensiven Nephropathie (HZNP) bzw. der Fokal-Segmentalen Glomerulosklerose (FSGS) und der Granulomatose mit Polyangiitis (GPA). Die räumliche Verteilung innerhalb der Untersuchungsregion unterlag teilweise großen Schwankungen. Die IgANP wurde im Leipziger Umland 36% häufiger beobachtet als im Leipziger Stadtgebiet. Auch im Zeitverlauf waren Schwankungen zu beobachten. Im Zeitraum 2009-2012 war die HTNP/FSGS mit 18.9% die häufigste Diagnose, gefolgt von der GPA mit 17,8% und der IgANP mit 15,6%. Zudem nahm die Häufigkeit der Glomerulopathie der dünnen Basalmembran (TBMD) bzw. des Alport-Syndroms stark ab. Auch die regionale Verteilung schwankte im Zeitverlauf stark. Auf Basis der ermittelten Postleitzahlen wurden für den Leipziger Stadtraum für den Zeitraum 2001-2009 jährliche Inzidenzen berechnet. Am Häufigsten trat dabei die GPA mit 0,9 (0,0-2,2) Fällen pro 100.000 Einwohner auf, gefolgt von der HTNP/FSGS mit 0,8 (0,2-2,2) und der IgANP mit 0,8 (0,2-1,4). Schlussfolgerung: Das Nephropathiespektrum im Großraum Leipzigs deckt sich, soweit konsolidierte Vergleichszahlen existieren, mit der bestehenden Literatur. In den Vergleichsstudien zeigte sich eine große Heterogenität. Einige Schwankungen, wie bei der HTNP/Alport-Syndrom oder bei der diabetischen Nephropathie (DNP) beobachtet, sind klar auf Variabilitäten in der Indikationsstellung zurückzuführen. Andere mögliche Einflussfaktoren wurden diskutiert. / Background and Objectives: Annually, 4% of Western Europe\'s population fall ill with acute kidney injury (AKI). Furthermore, 8.5% of the same population are affected by chronic kidney disease (CKD). In Germany, valid nationwide epidemiological data on renal pathology didn\'t exist at the time of this study, although progress has been made with creating the German kidney biopsy register. This study analyzes temporal and spatial variances in the histomorphological spectrum of renal diseases of native kidney biopsies in the metropolitan area of Leipzig, Germany, from 1993 through 2012. Methods: For this study, a temporally and spatially structured kidney biopsy register was created from nephro-pathologic biopsy results. Spatial analysis was implemented by giving every entry its corresponding postal code. Unidentifiable entries were omitted. If the postal code was determined for every case within a timeframe, incidences for the city of Leipzig were calculated for the timeframe. Incidence for the surrounding areas were not calculated, because coverage was expected to be incomplete. Statistical analysis was done via Chi-Squared-Test or analysis of variances. Results: For this study n=943 cases were analyzed, omitting pediatric and follow-up biopsies. The leading diagnosis was IgA nephropathy (IgANP) with 19.5% (male: 22.1%, female: 15.4%), followed by hypertensive nephropathy (HTNP) resp. focal-segmental glomerulosclerosis (FSGS) and granulomatosis with polyangiitis (GPA). Spatial variance between the analyzed regions was high. Compared to the city of Leipzig, IgANP was observed one third more frequently in the surrounding regions. High temporal variance was also observed. From 2009 through 2012, HTNP/FSGS became leading diagnosis with 18.9%, followed by GPA with 17.8% and IgANP with 15.6%. Furthermore, frequency of thin base membrane disease (TBMD) resp. Alport\'s syndrome decreased sharply. Variance in spatial distribution was also observed over time. On the basis of determined postal codes, incidences for the city of Leipzig were calculated for the years 2001 through 2009. Highest annual incidence was observed in GPA with 0.9 (0.0-2.2) cases per 100 000 people, followed by HTNP/FSGS with 0.8 (0.2-2.2), IgANP with 0.8 (0.2-1.4). Conclusions: The spectrum of kidney pathology for the metropolitan area of Leipzig is in accordance with the data in literature, as far as consolidated figures were available. Results in compared studies were highly heterogenous. Some differences, e.g. decrease in TBMD resp. Alport\'s Syndrome or fluctuation of DNP, can be attributed to variance in indication for biopsy. External factors were discussed.
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Zeitliche und räumliche Analyse histomorphologischer Befunde aus Eigennierenbiopsien im Raum Leipzig über einen Zeitraum von 20 Jahren: Temporal and spatial analysis of renal biopsy data collected in the metropolitan area of Leipzig during a time frame of 20 years

Fahr, Florian 10 November 2016 (has links)
Hintergrund und Zielsetzung: Jährlich erkranken in Westeuropa 4% der Gesamtbevölkerung an Akutem Nierenversagen (ANV). Zudem leiden 8,5% der Bevölkerung an einer Chronischen Niereninsuffizienz (CNI). Valide epidemiologische Daten über Erkrankungen der Niere existierten für Deutschland jedoch nicht, da zu diesem Zeitpunkt Erkrankungsfälle noch nicht flächendeckend systematisch erfasst wurden und das Deutsche Nierenregister noch im Aufbau war. Die vorliegende retrospektive Analyse untersucht und dokumentiert räumliche und zeitliche Veränderungen des histomorphologischen Befundspektrums aus Eigennierenbiopsien im Großraum Leipzig über den Zeitraum 1993-2012. Methoden: Als Grundlage der Arbeit dient ein zeitlich und geographisch strukturiertes Nierenbiopsieregister, welches für die vorliegende Arbeit aus den gesammelten histologischen Eigennierenbiopsiebefunden erstellt wurde. Zu jedem Fall wurde zur räumlichen Zuordnung, wenn ermittelbar, die Postleitzahl (PLZ) des Wohnortes des jeweiligen Patienten eingetragen. Bei einer annähernd vollständigen Erfassung der PLZ wurde für den jeweiligen Zeitraum für das Stadtgebiet Leipzig eine Inzidenzberechnung durchgeführt. Für das Leipziger Umland war dies nicht vorgesehen, da von einer unvollständigen Erfassung auszugehen war. Die statistische Auswertung erfolgte über Kontingenztafeln per Chi-Quadrat-Test oder per Varianzanalyse. Ergebnisse: In die Analyse des erstellten Biopsieregisters wurden n=943 Erstbiopsien eingeschlossen, unter vorherigem Ausschluss pädiatrischer Fälle und Folgebiopsien. Die IgA-Nephropathie (IgANP) war mit 19,5% die häufigste gestellte Diagnose, gefolgt von der Hypertensiven Nephropathie (HZNP) bzw. der Fokal-Segmentalen Glomerulosklerose (FSGS) und der Granulomatose mit Polyangiitis (GPA). Die räumliche Verteilung innerhalb der Untersuchungsregion unterlag teilweise großen Schwankungen. Die IgANP wurde im Leipziger Umland 36% häufiger beobachtet als im Leipziger Stadtgebiet. Auch im Zeitverlauf waren Schwankungen zu beobachten. Im Zeitraum 2009-2012 war die HTNP/FSGS mit 18.9% die häufigste Diagnose, gefolgt von der GPA mit 17,8% und der IgANP mit 15,6%. Zudem nahm die Häufigkeit der Glomerulopathie der dünnen Basalmembran (TBMD) bzw. des Alport-Syndroms stark ab. Auch die regionale Verteilung schwankte im Zeitverlauf stark. Auf Basis der ermittelten Postleitzahlen wurden für den Leipziger Stadtraum für den Zeitraum 2001-2009 jährliche Inzidenzen berechnet. Am Häufigsten trat dabei die GPA mit 0,9 (0,0-2,2) Fällen pro 100.000 Einwohner auf, gefolgt von der HTNP/FSGS mit 0,8 (0,2-2,2) und der IgANP mit 0,8 (0,2-1,4). Schlussfolgerung: Das Nephropathiespektrum im Großraum Leipzigs deckt sich, soweit konsolidierte Vergleichszahlen existieren, mit der bestehenden Literatur. In den Vergleichsstudien zeigte sich eine große Heterogenität. Einige Schwankungen, wie bei der HTNP/Alport-Syndrom oder bei der diabetischen Nephropathie (DNP) beobachtet, sind klar auf Variabilitäten in der Indikationsstellung zurückzuführen. Andere mögliche Einflussfaktoren wurden diskutiert.:1 Einleitung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1 Sachstand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.1 Die Nierenbiopsie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.2 Äußere Einflussfaktoren auf Nierenerkrankungen . . . . . . . . 3 1.1.3 Das Nierenregister . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2 Fragestellung dieser Arbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 2 Patienten und Methoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.1 Patienten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.1.1 Datenmaterial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.1.2 Datenerhebung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.2 Methoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2.1 Datenstruktur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2.2 Statistische Auswertung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 2.2.3 Eingesetzte Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 3 Ergebnisse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 3.1 Strukturierung der Patientendaten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 3.2 Regionale Verteilung der untersuchten Nierenbiopsiefälle . . . . . . . . 18 3.2.1 Regionale Verteilung der Glomerulopathien . . . . . . . . . . . 19 3.2.2 Regionale Verteilung nicht-glomerulärer Nephropathien . . . . 30 3.2.3 Zusammenfassung der Untersuchungsergebnisse über die regionale Verteilung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 3.3 Zeitlicher Verlauf der untersuchten regionalen Diagnosenverteilung . 31 3.3.1 Zeitliche Dynamik der Glomerulopathien . . . . . . . . . . . . . 34 3.3.2 Zeitliche Dynamik der nicht-glomerulären Nephropathien . . . 48 3.3.3 Zusammenfassung der Untersuchungsergebnisse über die zeitliche Dynamik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 4 Diskussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.1 Beurteilung der Analyseergebnisse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.1.1 Aussagekraft der verwendeten Daten . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.1.2 Evaluierung der Arbeitshypothesen . . . . . . . . . . . . . . . . 55 4.1.3 Ermittelte Inzidenzen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 4.2 Analyse der Validität von Daten und Methoden . . . . . . . . . . . . . 60 4.2.1 Prozess der Datenerhebung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 4.2.2 Methoden der Datenanalyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 5 Ausblick . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 6 Zusammenfassung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 7 Literaturverzeichnis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 A Anhang . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73 / Background and Objectives: Annually, 4% of Western Europe\''s population fall ill with acute kidney injury (AKI). Furthermore, 8.5% of the same population are affected by chronic kidney disease (CKD). In Germany, valid nationwide epidemiological data on renal pathology didn\''t exist at the time of this study, although progress has been made with creating the German kidney biopsy register. This study analyzes temporal and spatial variances in the histomorphological spectrum of renal diseases of native kidney biopsies in the metropolitan area of Leipzig, Germany, from 1993 through 2012. Methods: For this study, a temporally and spatially structured kidney biopsy register was created from nephro-pathologic biopsy results. Spatial analysis was implemented by giving every entry its corresponding postal code. Unidentifiable entries were omitted. If the postal code was determined for every case within a timeframe, incidences for the city of Leipzig were calculated for the timeframe. Incidence for the surrounding areas were not calculated, because coverage was expected to be incomplete. Statistical analysis was done via Chi-Squared-Test or analysis of variances. Results: For this study n=943 cases were analyzed, omitting pediatric and follow-up biopsies. The leading diagnosis was IgA nephropathy (IgANP) with 19.5% (male: 22.1%, female: 15.4%), followed by hypertensive nephropathy (HTNP) resp. focal-segmental glomerulosclerosis (FSGS) and granulomatosis with polyangiitis (GPA). Spatial variance between the analyzed regions was high. Compared to the city of Leipzig, IgANP was observed one third more frequently in the surrounding regions. High temporal variance was also observed. From 2009 through 2012, HTNP/FSGS became leading diagnosis with 18.9%, followed by GPA with 17.8% and IgANP with 15.6%. Furthermore, frequency of thin base membrane disease (TBMD) resp. Alport\''s syndrome decreased sharply. Variance in spatial distribution was also observed over time. On the basis of determined postal codes, incidences for the city of Leipzig were calculated for the years 2001 through 2009. Highest annual incidence was observed in GPA with 0.9 (0.0-2.2) cases per 100 000 people, followed by HTNP/FSGS with 0.8 (0.2-2.2), IgANP with 0.8 (0.2-1.4). Conclusions: The spectrum of kidney pathology for the metropolitan area of Leipzig is in accordance with the data in literature, as far as consolidated figures were available. Results in compared studies were highly heterogenous. Some differences, e.g. decrease in TBMD resp. Alport\''s Syndrome or fluctuation of DNP, can be attributed to variance in indication for biopsy. External factors were discussed.:1 Einleitung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1 Sachstand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.1 Die Nierenbiopsie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.2 Äußere Einflussfaktoren auf Nierenerkrankungen . . . . . . . . 3 1.1.3 Das Nierenregister . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2 Fragestellung dieser Arbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 2 Patienten und Methoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.1 Patienten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.1.1 Datenmaterial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.1.2 Datenerhebung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.2 Methoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2.1 Datenstruktur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2.2 Statistische Auswertung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 2.2.3 Eingesetzte Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 3 Ergebnisse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 3.1 Strukturierung der Patientendaten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 3.2 Regionale Verteilung der untersuchten Nierenbiopsiefälle . . . . . . . . 18 3.2.1 Regionale Verteilung der Glomerulopathien . . . . . . . . . . . 19 3.2.2 Regionale Verteilung nicht-glomerulärer Nephropathien . . . . 30 3.2.3 Zusammenfassung der Untersuchungsergebnisse über die regionale Verteilung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 3.3 Zeitlicher Verlauf der untersuchten regionalen Diagnosenverteilung . 31 3.3.1 Zeitliche Dynamik der Glomerulopathien . . . . . . . . . . . . . 34 3.3.2 Zeitliche Dynamik der nicht-glomerulären Nephropathien . . . 48 3.3.3 Zusammenfassung der Untersuchungsergebnisse über die zeitliche Dynamik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 4 Diskussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.1 Beurteilung der Analyseergebnisse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.1.1 Aussagekraft der verwendeten Daten . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.1.2 Evaluierung der Arbeitshypothesen . . . . . . . . . . . . . . . . 55 4.1.3 Ermittelte Inzidenzen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 4.2 Analyse der Validität von Daten und Methoden . . . . . . . . . . . . . 60 4.2.1 Prozess der Datenerhebung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 4.2.2 Methoden der Datenanalyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 5 Ausblick . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 6 Zusammenfassung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 7 Literaturverzeichnis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 A Anhang . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

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