Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Iara Del Pilar Solar Diaz / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Guilherme Costa Venturini / Banca: Wilson Malago Junior / Resumo: Características reprodutivas, como a idade à puberdade, são economicamente relevantes para sistemas de produção de carne. A ocorrência de prenhez precoce aos 16 meses (OPP) é considerada um indicador da idade à puberdade e pode ser utilizada como critério de seleção. A busca por mutações potencialmente causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição genômica se forem inseridas em painéis de marcadores genéticos. O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos potencialmente causais em genes candidatos associados a características reprodutivas em novilhas, por meio de dois ensaios. No primeiro, foram sequenciadas regiões dos genes PPP3CA e FABP4 em 380 amostras de DNA provenientes de novilhas Nelore, por meio de equipamento MiSeq® (Illumina, Inc). Nestas sequências foram detectadas duas mutações na região do gene PPP3CA e 13 no gene FABP4. Dentre elas, 14 eram SNP e uma era deleção, sendo esta última homozigota em todas as amostras sequenciadas, o que nos leva a acreditar que possa ser uma mutação fixada na raça Nelore. Um haplótipo constituído por quatro SNP no gene FABP4 não teve efeito significativo ao nível de p<0,05 sobre a característica OPP. Todos os SNP que passaram pelo controle de qualidade também foram analisados, porém nenhum teve efeito significativo sobre a característica OPP (p>0,05). No segundo ensaio, foram analisadas sequências de amostras de RNA de novilhas Brangus com o objetivo de identificar polimorfismos nas regiões de 62... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fertility traits such as age at puberty are economically important for meat production system. Occurrence of early pregnancy (OPP) is considered a good indicator of age at puberty and can be used as selection criteria. The search for causal mutations in candidate genes can helpful to improve the accuracy of genomic prediction if used to design low-density chips. The objective of this study was to identify polymorphism in candidate genes associated with puberty in heifers. DNA sequences were obtained from 380 Nellore heifers from exons sequencing of PPP3CA and FABP4 genes through MiSeq® equipment (Illumina, Inc.). From these sequences were found two SNP in the region of PPP3CA gene and 13 variations in the gene FABP4. Among these 15 variations 12 were SNP and one was a deletion, and this deletion was detected in all samples sequenced, which leads us to conclude that this may be a variation between Nellore and Hereford. One haplotype consisting of four SNP located in the FABP4 and nine SNP, that were analyzed separately, had not a significant effect at the p <0.05 on OPP characteristic. Also were analyzed RNA sequences from Brangus heifers in 62 candidate genes associated with puberty with the aim to discovery SNP in these regions. Were detected 1157 SNP in the region of 46 gene. These SNP were compared with SNP detected from RNA sequences from four breeds, Angus, Brahma, Nellore and Holstein. One hundred and seventy-two SNP were matched in all breeds. From Brangus RNA sequence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A variabilidade individual no temperamento dos bovinos é um importante fator que afeta a rentabilidade das empresas pecuárias, em função dos efeitos negativos na produção, no bem-estar animal e na segurança do trabalhador. Assim, esta característica vem despertando interesse crescente de produtores e pesquisadores, com o objetivo de entender quais os fatores genéticos e ambientais que influenciam a expressão do temperamento e os efeitos sobre o desempenho dos bovinos. Desta forma, esta tese foi desenvolvida com o objetivo de estudar a associação genômica entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) com diferentes indicadores do temperamento de bovinos da raça Nelore. Os objetivos específicos foram: 1) Estudar a associação genômica entre SNP e diferentes indicadores de temperamento; 2) Avaliar a existência de regiões do genoma associadas, simultaneamente, com distintos indicadores de temperamento; 3) Identificar genes e as respectivas funções biológicas que influenciam o temperamento e; 4) Estimar parâmetros genéticos para os diferentes testes de temperamento incluindo a informação genômica. O temperamento dos bovinos foi avaliado entre 2010 e 2015, durante o manejo de pesagem aos 18 meses de idade, utilizando os seguintes indicadores: 1) escore de movimentação (MOV); 2) escore de tensão (TENS); 3) escore de agitação no tronco de contenção (CS); 4) velocidade de fuga (VF) e; 5) escore de temperamento (ET). Os animais foram genotipados utilizando painel de alta densidade com ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The individual variability on cattle temperament is an important factor affecting the profitability of beef cattle enterprises, due to its adverse effects in production, animal welfare and labor safety. Thus, this characteristic has increasing interest of producers and researchers, who aim to understand the genetic and environmental factors affecting the expression of temperament and its effect on cattle performance. Thus, the objective of this thesis was to study the genomic association between single nucleotide polymorphisms (SNP) and temperament indicators of Nellore cattle. The specific objectives were: 1) Study the genomic association between SNP and different indicators of temperament; 2) Assess the existence of genomic regions associated, simultaneously, with distinct temperament indicators; 3) Identify genes and their biological functions that influences temperament and; 4) Estimate genetic parameters for different temperament indicators using genomic information. The temperament was evaluated between 2010 and 2015, during the weighing handling at 18 months of age, using the following indicators: 1) movement score (MOV); 2) tension score (TENS); 3) crush score (CS); 4) flight speed (FS) and; 5) temperament score (TS). The animals were genotyped using a panel with 777,962 SNP (Illumina BovineHD Beadchip). All analyses to estimate variance components and genetic parameters, as well as the genome-wide association study (GWAS), were performed using a single-step procedure... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fabiana Pilarski / Coorientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Marco Antônio de Andrade Belo / Banca: Rogério Salvador / Banca: Fabiana Garcia / Resumo: Com a intensificação da piscicultura brasileira, caracterizada por densidade de estocagem cada vez maior, especialmente em tanques-rede, tem-se observado um número crescente de enfermidades, principalmente de origem bacteriana, ocasionando alta mortalidade e prejuízos econômicos expressivos em todas as fases da criação. Um dos problemas relacionados ao controle de enfermidades na piscicultura é o uso constante e equivocado de antimicrobianos e quimioterápicos nas criações, que provocam problemas de resistência bacteriana e impactos ambientais que comprometem a qualidade do produto final. Assim, a busca por alternativas rápidas e eficazes de diagnóstico são cada vez mais necessárias, uma vez que contribuem para o controle de enfermidades antes que estas provoquem sinais clínicos irreversíveis e taxas de mortalidade elevada. Em vista disso, o diagnóstico molecular, representado pelas técnicas da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e suas variações, tais como sequenciamento e PCR em tempo real, constituem alternativas a serem exploradas. Desse modo, os objetivos deste trabalho foram: a) adaptar a metodologia de PCR de colônia aliada ao sequenciamento do gene 16S rRNA para bactérias que causam doenças em peixes, b) determinar a sensibilidade aos antimicrobianos florfenicol e oxitetraciclina dos gêneros bacterianos de maior frequencia, c) validar testes de PCR em tempo real para detecção e quantificação de Aeromonas hydrophila e Streptococcus agalactiae e avaliar sua especificidade e sensibilidade analítica d) aplicar a metologia validada no diagnóstico de infecções por esses patógenos em grupos de tilapias infectadas experimentalmente. Nas metodologias desenvolvidas, buscou-se redução de custos e tempo para diagnóstico. Os resultados encontrados demonstraram que a PCR de colônia apresentou redução de custos e tempo quando comparada às técnicas tradicionais de isolamento, identificação bioquímica ... / Abstract: With the intensification of the Brazilian fish farming, characterized by increasing density storage, especially in cages, it has been observed a growing number of diseases, mainly bacterial, causing high mortality and significant economic losses in all phases of breedin. One of the problems related to the control of diseases in fish farming is the constant misuse of antibiotics and chemotherapeutics that cause problems of bacterial resistance and environmental impacts which affect the quality of the final product. Thus, the search for rapid and effective diagnostic alternative is increasingly necessary, since they contribute to control of diseases before they cause irreversible clinical signs and high mortality rates. In view of this, the molecular diagnostic techniques represented by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and its variations, such as sequencing and real time PCR, constitute alternatives to be explored. Thus, the objectives of this work were: a) adapting the methodology of colony PCR coupled with sequencing of the 16S rRNA gene for bacteria that cause disease in fish, b) determine the sensitivity to antimicrobial florfenicol and oxytetracycline bacterial genera of higher frequency, c) validate real-time PCR assay for detection and quantification of Aeromonas hydrophila and Streptococcus agalactiae and to evaluate its sensitivity and analytical specificity d) applying the validated Methodology for the diagnosis of infections caused by these pathogens in infected experimentally tilapias groups. In the developed methodologies, we attempted to reduce costs and time to diagnosis. The results showed that: colony PCR showed a reduction of costs and time compared to traditional isolation techniques, biochemical identification, DNA extraction and conventional PCR; the alliance of colony PCR and 16S rRNA gene sequencing allowed identification of all tested bacterial pathogens, not being necessary the design of specific ... / Doutor

Orientador: Antonio de Queiroz Neto / Coorientador: Guilherme de Camargo Ferraz / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Resumo: O transportador de monocarboxilato isoforma 1 (MCT1), presente na membrana das hemácias, e sua proteína auxiliar CD147 têm como função transportar H+ e lactato do plasma para dentro das hemácias, mantendo assim, a homeostase ácido-base e retardando a acidose sistêmica e fadiga muscular. Dessa forma, o objetivo desse estudo foi comparar as quantidades das proteínas MCT1 e CD147 em hemácias de cavalos Árabes e Quartos de Milha com diferentes níveis de desempenho atlético. Além disso, objetivou-se buscar por polimorfismos para os genes MCT1, CD147, DMRT3 e PDK4, a fim de checar associações entre os polimorfismos e o desempenho nas raças. Cavalos Árabes e Quartos de Milha foram divididos em dois grupos de acordo com o desempenho em provas de enduro e provas de corridas, respectivamente. A quantidade de MCT1 e CD147 na membrana plasmática das hemácias foi determinada por western blotting com unidades arbitrárias de densidade óptica (OD) e anticorpos reagentes à espécie humana anti-MCT1 e anti-CD147. Os dados para as quantidades de proteínas foram analisados pelo PROC MIXED do SAS. O modelo incluiu a idade como covariável e os efeitos fixos de sexo, raça e grupo de desempenho dentro de raça. As correlações foram analisadas pelo teste de Pearson pelo procedimento PROC CORR. P-valores <0,01 foram considerados estatisticamente significantes. Os polimorfismos dos genes foram analisados por sequenciamento (MCT1 e CD147), PCR-RFLP (DMRT3) e ARMS-PCR (PDK4). Os pacotes ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Monocarboxylate transporter isoform 1 (MCT1), present in the red blood cell membranes and its ancillary protein CD147 have as function transport H+ and lactate ions from the plasma into the red blood cells, thereby maintaining acid/base homeostasis and retarding systemic acidosis and muscular fatigue. Thereby, the aim of this study was to compare the amount of MCT1 and CD147 proteins in the red blood cells of Arabian and Quarter Horses with different levels of athletic ability. Furthermore, we investigated polymorphisms for MCT1, CD147, DMRT3, and PDK4 genes in Arabian and Quarter Horses in order to check associations between the polymorphisms and the performance in these breeds. Arabian horses were divided into two groups according to their performance in endurance competition and Quarter Horses were separated by its performance in races, determined by Speed Index. The amount of MCT1 and CD147 proteins in the plasma membrane of red blood cells was determined by western blotting analysis with arbitrary optical density units (OD), using a human specific anti-MCT1 and anti- CD147 antibody. Data for the amounts of proteins were analyzed using the PROC MIXED procedure of SAS software. The model for the analysis included the effects of sex, breed and performance group within breed as fixed effect and age as covariate. The correlations were analyzed by Pearson correlation test using the PROC CORR procedure of SAS software. P values <0.01 were considered statistically significant. Polymorphisms of the genes were analyzed by sequencing (MCT1 and CD147), PCR-RFLP (DMRT3) and ARMS-PCR (PDK4) techniques. The statistical packages Genetics, Lattice and GenABEL were used to compare the frequencies of the groups using the software R, with the Fisher's exact test being performed with significance level of 5%. MCT1 and CD147 proteins ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Flávia Maria de Souza Carvalho / Coorientador: Poliana Fernanda Giachetto / Banca: Priscila Lupino Gratão / Banca: Paula Macedo Nobile / Resumo: A cana-de-açúcar é uma cultura fortemente influenciada pela seca, o que é um fator limitante para a produção sucroenergética. No Brasil, esta cultura está se expandindo para regiões com deficiência hídrica bastante acentuada, e uma das formas de contornar este problema é utilizar cultivares que sejam mais adaptadas a este tipo de estresse. Por isso, o objetivo deste trabalho foi analisar o comportamento fisiológico e molecular de plantas de cana-de-açúcar submetidas a distintos períodos de deficiência hídrica, a fim de contribuir com novos conhecimentos na área e auxiliar no desenvolvimento e cultivo de plantas mais bem adaptadas a essa condição. Neste trabalho, foram utilizadas duas cultivares de cana-de-açúcar contrastantes à seca (SP81-3250 e RB855453), tolerante e sensível, respectivamente. As plantas foram cultivadas em casa de vegetação e submetidas a três controlados potenciais hídricos do solo (controle, déficit hídrico moderado e déficit hídrico severo) a partir de 60 dias após o plantio. Essas plantas foram avaliadas molecular e fisiologicamente em três épocas distintas: 30, 60 e 90 dias após a aplicação dos tratamentos, sendo este um dos poucos trabalhos disponíveis até o momento sobre a resposta de plantas de cana-de-açúcar sob déficit hídrico prolongado. A tecnologia de RNA-Seq foi utilizada para obtenção dos transcriptomas de folhas dos dois genótipos de cana. A montagem de novo desses transcriptomas foi realizada, o que permitiu identificar os genes exclusivos ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The sugarcane culture is strongly influenced by drought, which is a limiting factor for sugar and energy production. In Brazil, this culture is expanding to regions with very severe water stress and one way to workaround this issue is to use cultivars that are more adapted to this form of stress. Therefore, the objective of this study has been to analyze the physiological and molecular behavior of sugarcane plants submitted to different periods of water stress in order to contribute to new knowledge in the area and assist in the development and cultivation of better-adapted plants to this condition. In this study, we have employed two cultivars of sugarcane that are contrasting to drought (SP81-3250 and RB855453), tolerant and sensitive, respectively. Plants have been cultivated in a greenhouse and submitted to three controlled potential soil hydric (control, moderate drought and severe water deficit) from 60 days after planting.These plants have been evaluated molecular and physiologically in three different periods: 30, 60 and 90 days after treatment application, which is one of the few studies available to date on the response of sugarcane plants under prolonged drought. RNA-Seq technology has been used to obtain the transcriptomes leaves of the two genotypes of sugarcane.The de novo assembly has been performed which has allowed identifying exclusive genes of both cultivars and analyzing the exclusive tolerant cultivar involved in defense response to prolonged drought. The physiological parameters evaluated have shown significant changes in response to water stress.The de novo assembly resulted in 161,295 isoforms, with 86,087 different genes. To record, the transcripts have been were aligned against sequences of Sorghum bicolor, Arabidopsis thaliana, and sugarcane sequences available in public databases. Through the analysis of differentially ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Maeli Dal Pai / Coorientador: Robson Francisco Carvalho / Banca: Renato Ferreti / Banca: Francis Lopes Pacagnelli / Banca: Tiago Luiz de Russo / Banca: Silvio Assis Oliveira Junior / Resumo: O entendimento dos mecanismos celulares e moleculares envolvidos com os processos de hipertrofia e atrofia muscular têm sido alvo de muitas pesquisas. Tal fato contribui para desenvolvimento de estratégias terapêuticas eficazes para atenuar ou até mesmo bloquear a perda de massa muscular. Neste contexto, fatores miogênicos e microRNAs (miRNAs) têm sido estudados para melhor compreender as respostas adaptativas do músculo esquelético. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar as adaptações morfofuncionais, a expressão gênica de fatores miogênicos, anabólicos e catabólicos e a expressão dos miRNAs no músculo esquelético de ratos submetidos à estimulo atrófico, seguido de treinamento físico, aeróbico e resistido. Foram utilizados 80 ratos Wistar machos (80 dias, 250 a 300 g), divididos em 10 grupos (n=8): C: controle; I: imobilizado; C3: controle 3 dias; R3: recuperado sem exercício 3 dias; T3: treinamento aeróbico 3 dias; TF3: treinamento de força 3 dias; C7: controle 7 dias; R7: recuperado sem exercício 7 dias; T7: treinamento aeróbico 7 dias e TF7: treinamento de força 7 dias. Inicialmente, os animais dos grupos I, R3, R7, T3, T7, TF3 e TF7 foram submetidos a um período de 7 dias de imobilização dos membros posteriores. Foram analisados os músculos plantar (Pl - glicolítico e de contração rápida) e sóleo (Sol - oxidativo e de contração lenta). A atrofia muscular foi confirmada pela análise da área de secção transversal (AST) das fibras nos animais dos grupos I e C. Os grupos T3 e T7, foram submetidos a um programa de recuperação muscular com exercício aeróbico (natação) no período de 3 e 7 dias respectivamente enquanto os grupos TF3 e TF7 foram submetidos a um programa de recuperação muscular com exercício resistido (salto). Ao término do experimento os músculos Pl e Sol foram submetidos às análises: morfológica, histoquímica, bioquímica e molecular. Observamos atrofia muscular em... / Abstract: Understanding the cellular and molecular mechanisms involved in hypertrophy and atrophy processes have been the subject of much research. This fact contributes to development of effective therapeutic strategies to attenuate/block the muscle mass loss. However, myogenic factors and muscle-specific miRNAs have been studied to understand the skeletal muscle adaptive responses. The aim of this study were to evaluate the morphological and functional adaptations, the gene expression of myogenic, anabolic and catabolic factor, and the expression of microRNAs in skeletal muscle of rats submitted to atrophic stimulus followed by physical training. 80 male Wistar rats were used (80 days 250 to 300 g) were divided into 10 groups (n = 8) C: Control; IM: immobilizated; C3: control 3 days; R3: recovered without exercise 3 days; T3: aerobic training 3 days; TF3: strength training 3 days; C7: control 7 days; R7: recovered without exercise 7 days; T7: aerobic training 7 days and TF7: strength training 7 days. Initially, the animals of I, R3, R7, T3, T7, TF3 and TF7 groups were underwent period of hindlimb immobilization by 7 day. Plantaris (Pl - glycolytic and fast twitch) and soleus (Sol - oxidative and slow twitch) muscles were analyzed. Muscle atrophy was confirmed by the analysis of cross-sectional area (CSA) of fibers in groups I and C. The T3 and T7 groups, were underwent a muscle recovery program with aerobic exercise (swimming) 3 period and 7 days respectively while the TF3 and TF7 groups were underwent a muscle recovery program with resistance exercise (jump). At the end of experiment the Pl and Sol muscles were submitted to analysis: morphological, immunohistochemical, biochemical and molecular. Muscle atrophy was observed in both muscles after immobilization, but after 7 days of recovery, only the T7 group showed recovery in CSA. Gene expression data showed: increase in genes involved in muscle atrophy in group I in Sol (MAFbx, PGC-1α and ... / Doutor

Orientador: Silvia Renata Siciliano Wilcken / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Juliana Magrinelli Osorio Rosa / Resumo: O cultivo de gramas no Brasil está em expansão. O maior mercado consumidor de gramados é a indústria do esporte, principalmente campos de futebol e golfe. A qualidade do gramado nessas áreas esportivas é fundamental, principalmente quando se trata de campos de golfe, nos quais, qualquer imperfeição pode prejudicar o resultado do jogo. Os nematoides parasitos de plantas do gênero Meloidogyne, também conhecidos como nematoides formadores de galhas, são considerados os de maior importância econômica devido à intensidade dos danos que causam às plantas cultivadas. As principais espécies associadas às gramas em campos de golfe são M. graminicola, M. graminis, M. marylandi, M. naasi, M. minor e M. sasseri. No Brasil, a ocorrência de espécies de Meloidogyne associadas a gramas restringe-se aos relatos de Meloidogyne sp. em raízes de grama esmeralda (Zoysia japonica) no Estado do Paraná e M. graminicola em raízes de arroz irrigado no Rio Grande do Sul e Santa Catarina. No ano de 2006, a espécie M. graminis foi detectada pela primeira vez na América do Sul, parasitando raízes de grama Tifdwarf bermuda em campo de golfe na Venezuela. Até o momento esta espécie ainda não foi relatada no Brasil. Assim, o objetivo foi identificar o nematoide das galhas encontrado parasitando raízes de gramas de campos de golfe no Estado de São Paulo. Visando a correta diagnose dessa espécie, foram realizados estudos detalhados englobando o conceito de taxonomia integrativa, que incluiu estudos de morfologia, morfometria, biologia, ... / Abstract: Currently, the grasses growing in Brazil is expanding. The biggest consumer market for lawns is the industry of sports, especially football and golf courses. The quality of the lawn in these sports areas is crucial, especially when it comes to golf courses, where any imperfection can prejudice the outcome of the game. The nematode parasites of plants of the genus Meloidogyne, also known the root-knot nematodes, are considered the most economically important because of the intensity of the damage they cause to crops. The main species associated with grasses on golf courses are M. graminicola, M. graminis, M. marylandi, M. naasi, M. minor and M.sasseri. In Brazil Meloidogyne sp. has been reported in esmerald grass roots (Zoysia japonica) in the State of Paraná. The species M. graminicola was detected in rice roots in Rio Grande do Sul and Santa Catarina. In 2006 the species M. graminis, was first detected in South America parasitizing grass roots Tifdwarf shorts on golf course in Venezuela. So far this species has not been reported in Brazil. The objective of this project is to identify the root-knot nematodes found parasitizing roots of grasses of golf courses in the state of Sao Paulo. For this were carried out detailed studies of integrative taxonomy, including morphological and morphometric studies, biology, biochemical, molecular and phylogenetic. All analyzes have confirmed that the species in golf courses in São Paulo state is M. graminis, that characterized the first report of the species in Brazil. / Mestre

Orientador: Jayme Augusto de Souza Neto / Coorientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Luciano Andrade Moreira / Banca: João Trindade Marques / Banca: Ana Cristina Bahia Nascimento / Banca: Robson Francisco Carvalho / Resumo: Dengue é a arbovirose de maior crescimento nos últimos anos, repercutindo em impactos sociais e econômicos devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O dengue tem como principal vetor o mosquito Aedes aegypti, distribuído em toda a faixa tropical e subtropical do planeta. Por apresentar hábito hematofágico antropofílico, rápido desenvolvimento e características comportamentais específicas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle estão restritas à eliminação do mosquito vetor, uma vez que um tratamento específico ou uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos deste arbovírus ainda não estão disponíveis à população. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à fatores genéticos do mosquito bem como à microbiota intestinal do inseto. O presente estudo avaliou fatores genéticos e microbianos relacionados à competência vetorial de populações naturais de Ae. aegypti com diferenças na susceptibilidades ao vírus dengue sorotipo 4 (DENV-4). Para isso, foi avaliada a susceptibilidade à infecção pelo DENV de duas populações naturais deste inseto (Botucatu-SP e Neópolis-SE) através de ensaios de infecção e quantificação relativa por PCR em tempo real. A expressão gênica diferencial, bem como a diversidade microbiana intestinal, foi realizada através do sequenciamento de nova geração (RNA-seq e sequenciamento do gene 16S rRNA) através das plataformas Illumina HiScan™SQ e MiSeq, respectivamente. Verificamos que as populações estudadas apresentam diferenças na susceptibilidades ao DENV-4 onde Botucatu apresentou maior resistência à infecção quando comparada à Neópolis. Pela análise de expressão gênica diferencial verificamos que houve pouca modulação genica na população de Botucatu em resposta a... / Abstract: Dengue is the arbovirosis of greater growth in recent years, reflecting on social and economic impacts due to the high morbidity and mortality rates triggered by infection. Dengue has Aedes aegypti as its primary vector, which is distributed throughout tropical and subtropical regions of the planet. Due to its anthropophilic and haematophagic habit, rapid development and specific behavioral characteristics, it is an excellent dengue virus transmitter. Control measurements are restricted to eliminating the mosquito vector since neither specific treatments nor tetravalent vaccines are yet commercially available. One feature that determines the spread of the disease is the high vector competence of its vector mosquitoes, which has been associated to its genetic factors and to its gut microbiota. The present study evaluated genetic and microbial factors related to vector competence of natural populations of Ae. Aegypti with different levels of susceptibilities to dengue virus serotype 4 (DENV-4). For that, we evaluated the susceptibility to DENV-4 infection of two field collected mosquito populations (Botucatu-SP and Neópolis-SE) through infection assays and relative quantification by qPCR. Differential gene expression and gut microbial diversity analyses were performed using next-generation sequencing (RNA-seq and 16S rRNA gene sequencing) through Illumina HiScanSQ and MiSeq platforms, respectively. The populations presented different susceptibility to DENV-4, of which Botucatu showed higher resistance to infection when compared to Neópolis. Differential gene expression analysis revealed that there was little gene modulation in response to DENV infection in Botucatu, while Neópolis showed consistent modulation on several genes related to immune pathways or digestive processes. When comparing to other studies we found that the Toll immune pathway is being activated in this population after infection. However, the comparison of ... / Doutor

Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Coorientador: Fausto Foresti / Banca: Diego Teruo Hasimoto / Banca: Santiago Montealegre Quijano / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Bruno Leite Mourato / Resumo: A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram... / Abstract: Not available / Doutor

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Coorientador: Alexandre Secorun Borges / Banca: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Aline Maria da Silva / Banca: Mario Henrique de Barros / Resumo: Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR ("clustered regularly interspaced short palindromic repeats") /Cas ("CRISPR associated proteins") de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Abstract: Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / Doutor