Resumo:A eimeriose é a enfermidade parasitária importante em coelhos, que são hospedeiros de 11 espécies de Eimeria. A criptosporidiose é uma zoonose que pode ser transmitida por meio de alimentos e água contaminados com oocistos eliminados por animais e pessoas infectadas. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência de Eimeria spp. e de Cryptosporidium spp. em amostras fecais de coelhos, realizar a classificação molecular e relacionar a presença dos parasitos às diferentes categorias, em criações brasileiras. Amostras fecais (n = 514) foram colhidas de 21 granjas. Os oocistos foram purificados e visualizados por microscopia. Cinquenta e cinco amostras positivas para Eimeria spp., pela microscopia, foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para amplificação de fragmento parcial da região ITS1 do gene do rRNA de Eimeria spp. e dos genes da subunidade 18S do rRNA e da glicloproteína GP60 de Cryptosporidium spp.. A microscopia revelou positividade de 19,45% (100/514) para Eimeria spp. e de 1,56% (8/514) para Cryptosporidium spp.. A PCR identificou E. exigua (14,5%), E. flavescens (61,8%), E. intestinalis (16,36%), E. irresidua (16,4%), E. magna (50,9%), E. media (3,6%), E. perforans (36,4%), E. piriformis (20,0%), E. stiedai (7,3%) e E. vejdovskyi (7,3%). Maior positividade foi observada em mini coelhos 33,17% (69/208), coelhos jovens 46,67% (35/75) e em fêmeas lactantes 24,47% (23/94). Sete amostras foram positivas pela PCR (12,73%; 7/55) para Cryptosporidium spp.. Pela análise molecular foi possível identificar Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) e C. cuniculus subtipo VbA21 (gp60) em coelhos jovens e matrizes. / Abstract:The eimeriosis is an important parasitic disease in rabbits, that can host 11 species of Eimeria. Cryptosporidiosis is a zoonotic disease that can be transmitted through food, drinking water and by contact with infected animals and people. The objective of this study was to verify the occurrence of Eimeria spp. and Cryptosporidium spp. in fecal samples of rabbits, perform their molecular classification and relate the presence of the parasites to the different categories in the Brazilian farms. Fecal samples (n = 514) were collected from 21 farms. The oocysts were purified and visualized by microscopy. Fifty five samples positive for Eimeria spp. using microscopy were subjected to polymerase chain reaction (PCR) for amplification of a partial fragment of the ITS1 region of the rRNA gene of Eimeria spp. and the 18S rRNA and the gp60 glycoprotein genes of Cryptosporidium spp.. The microscopy revealed positivity of 19.45% (100/514) for Eimeria spp. and 1.56% (8/514) for Cryptosporidium spp.. The PCR identified E. exigua (14.5%), E. flavescens (61.8%), E. intestinalis (16.36%), E. irresidua (16.4%), E. magna (50.9 %), E. media (3.6%), E. perforans (36.4%), E. piriformis (20.0%), E. stiedai (7.3%) and E. vejdovskyi (7.3 %). Higher positivity was observed in mini rabbits 33.17% (69/208), young rabbits 46.67% (35/75) and in lactating females 24.47% (23/94). Seven samples were positive by PCR (12.73%; 7/55) for Cryptosporidium spp.. Molecular analysis revealed Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) and C. cuniculus subtype VbA21 (gp60) in young rabbits and in does / Orientador:Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca:Weslen Fabricio Pires Teixeira / Banca:Paola Moretti Rueda / Banca:Giane Serafim da Silva / Banca:Katia Denise Saraiva Bresciani / Doutor

Adiponectina é um hormônio produzido e secretado em abundância pelo tecido adiposo, que regula o metabolismo melhorando a sensibilidade à insulina pela sua ação hepática e muscular. Diferentemente dos outros hormônios do tecido adiposo, seus níveis séricos diminuem à medida que aumenta a adiposidade e são inversamente correlacionados com a obesidade, resistência à insulina e síndrome metabólica. Variações no gene da adiponectina foram associadas a níveis de adiponectina, resistência à insulina e risco de diabetes. O objetivo deste estudo foi avaliar os níveis de adiponectina e as variantes no gene da adiponectina em crianças e adolescentes obesos e sem obesidade e correlacionar os achados às características antropométricas e metabólicas. Níveis de adiponectina sérica foram mais baixos em obesos e em indivíduos púberes. Em não obesos, os níveis de adiponectina a correlacionaram-se negativamente com a adiposidade, entretanto nos obesos, a resistência à insulina e o desenvolvimento puberal foram os fatores de diminuição dos níveis de adiponectina. Independentemente da adiposidade, da resistência à insulina e da puberdade, menores níveis de adiponectina (abaixo de 10g/mL) correlacionaram-se com maior risco de hipertrigliceridemia, baixo HDLC e síndrome metabólica. Na análise do gene da adiponectina foram identificados os SNPs -11391G>A (rs17300539), -11377C>G (rs822387) na região promotora, +45T>G (rs22411766) no exon 2, +349A>G (rs6773957) no intron 2, Y111H (rs17366743) e a mutação G90S no exon 3. O SNP-11391G>A estava em desequilíbrio de ligação de Hardy-Weinberg. As variantes Y111H e G90S estavam em forte desequilíbrio de ligação com SNP-11377C>G e G90S com SNP+45T>G. Foi observada associação do alelo G do SNP-11377 a maior adiposidade central e menores níveis séricos de glicose. Após construção dos haplótipos com os SNPs -11377C>G, +45T>G e +349A>G observou-se que a presença do alelo G do SNP-11377T>G associou-se a maior obesidade (GTA vs CTA) , enquanto que a presença dos alelos recessivos dos outros SNPs diminuiu essa associação (GTA vs GGG). Na presença do alelo G do SNP+349A>G (CTG vs CTA), foi observada maior freqüência de indivíduos hipertensos, entretanto a associação dos alelos recessivos dos SNPs -11377C>G e +45T>G (CTG vs GGG) diminuiu a freqüência de hipertensão. Os resultados do presente estudo demonstram que níveis de adiponectina diferem em crianças e adolescentes dependendo do grau de adiposidade e puberdade e que níveis mais baixos estão associados às alterações metabólicas de maior risco cardiovascular na obesidade. Variantes no gene da adiponectina podem estar em desequilíbrio de ligação com um SNP funcional ou um pool gênico responsável por maior risco de obesidade e desenvolvimento de alterações metabólicas relacionadas ao aumento da adiposidade / Adiponectin, present in high concentrations in blood circulation is produced in adipocytes. Adiponectin regulates insulin sensibility acting in liver and muscle. Plasma adiponectin decreases as adiposity increases and are inversely related to insulin resistance and metabolic syndrome. Variants in the adiponectin encoding gene have been associated with adiponectin levels, insulin resistance and type 2 diabetes. The aim of this study was to evaluate adiponectin levels, identify variants in the adiponectin gene and determine the relationship between adiponectin levels, genetic variances and anthropometric and metabolic features in obese and non-obese children and adolescents. We found lower adiponectin levels in obese and pubertal individuals. Adiponectin was inversely correlated to adiposity in non-obese. Instead, in obese youngsters, adiponectin levels were negatively associated to insulin resistance and pubertal state. Independent of adiposity, insulin resistance and pubertal stage, lower adiponectin levels (under 10g/mL) were related to lower HDLC, higher triglycerides and higher risk of having metabolic syndrome. We have identified 6 variants in adiponectin gene: SNPs -11391G>A (rs17300539), -11377C>G (rs822387) in promoter region, SNP+45T>G (rs22411766) in exon 2, SNP+349A>G (rs6773957) in intron 2 and SNP Y111H (rs17366743) and G90S mutation in exon 3. We found strong linkage disequilibrium between variant Y111H and -11377C>G SNP and between G90S mutation and -11377C>G and +45T>G SNPs. We detected an association between -11377C>G G allele and higher central adiposity and lower glucose levels. Haplotypes were constructed using the SNPs -11377C>G, +45T>G and +349A>G, and the results showed an association between -11377SNP G allele presence and higher adiposity (GTA vs CTA), whereas the presence of the recessive alleles of SNPs +45T>G and +349A>G was associated to a lower adiposity (GTA vs GGG). Hypertension was more frequent in the presence of +349A>G G allele (CTG vs CTA), whereas the presence of the recessive alleles of SNPs -11377 and +45T>G (CTG vs GGG) was not associated to hypertension. This study suggests that adiponectin levels, in Brazilian children and adolescents, depends on degree of adiposity and pubertal stage and that lower adiponectin concentrations are associated to altered metabolic features and higher cardiovascular risk. Variants in the adiponectin encoding gene can be in linkage disequilibrium with susceptibility regions responsible to higher risk of obesity and metabolic related features

Muitos pesquisadores têm procurado alternativas farmacológicas para diminuir a necrose em retalhos cutâneos isquêmicos. Nesta linha, tem ganho espaço a investigação dos inibidores da fosfodiesterase 5. Com uso difundido no tratamento da disfunção erétil, suas características farmacológicas e perfil de segurança permitem acreditar que possam ser usados também para este fim, de modo que testamos as drogas sildenafil e tadalafil. Esta última apresenta maior seletividade pela enzima fosfodiesterase 5 em relação a sildenafil, alterando o perfil de efeitos adversos, e tem como diferenciação uma maior meia vida. Neste trabalho foram operados 45 ratos Wistar submetidos a procedimento cirúrgico de retalho cutâneo dorsal medindo 10 x 2 cm, de base cefálica, conforme proposto por McFarlane, e divididos em 3 grupos de 15 que receberam os tratamentos por gavagem (administração por sondagem intra-gástrica). Para os ratos do grupo A foi administrado sildenafil 10 mg/kg/dose diluído em água destilada, formando 1 ml de solução, 12/12h; no grupo B foi administrado tadalafil 10 mg/kg/dose – solução de 1 ml - 1x dia, seguido por 1 ml de água destilada 12h após; no grupo C (grupo controle) foi administrado água destilada 1 ml 12/12h. Todos receberam doses administradas por gavage (intra-gástrico) com duração de 7 dias, após o que os animais foram sacrificados em câmara de CO2 e as peças submetidas a análise. Resultados: No momento da retirada das peças, sob medição direta na linha média, o percentual médio de necrose foi 41,8% (0-95,9%), sendo no grupo A 42,3% (23,2-68,1%), no grupo B 39,5% (0-56,1%) e no grupo C 43,5% (0-95,9%) (p=0,861); Na medição da linha média por anátomo-patologia, a necrose percentual média foi 44,6% (0-76%), sendo no grupo A 50,4% (29,3-76,3%), no grupo B 36,1% (0-64,8%) e no grupo C 47,3% (0-64,7%) (p=0,06). Os resultados foram então avaliados pela medição do percentual de área necrótica sobre área total das peças em imagens digitalizadas. O percentual de necrose médio foi 40,4% (0-69%), no grupo A 40,4% (22-69%), no grupo B 43,4% (0-54%) e no grupo C 46,5% (0-65%) (p=0,10). Os resultados não demonstraram diferença consistente entre os grupos. Conclusão: Não ficou evidenciado efeito dos fármacos sildenafil e tadalafil em diminuir a necrose cutânea no modelo proposto. / Several authors have been looking for a way of how to lessen cutaneous flap necrosis. Phosphodiesterase 5 inhibitors, currently marked for treatment of erectile disfunction, are a group of drugs with pharmacologic characteristics and profile of safety that makes it an alternative for that. Sildenafil and tadalafil were tested in this study. The last one has more specificity for phosphodiesterase 5, what gives a different profile of adverse effects, and does have a longer mid-life. For this propose, 45 Wistar rat were used and a McFarlane cephalic based flap was designed on the dorsum of the rat (10 x 2 cm). Rats were divided into 3 groups of 15 each one. Group A received sildenafil 10 mg/kg/dose 12/12h; group B received tadalafil 10 mg/kg/dose at morning and 1 ml of water at night (12 hours after); group C (control group) received water 1 ml 12/12 h. Drug administration was made by gavage (intra gastric), during 7 days long. After that, rats were sacrificed in a CO2 cam and flaps were taken for posterior analysis. Results: When flaps were taken, results of midline necrosis percent under direct view were: mean 41.8% (0-95.9), group A 42.3% (23.2-68.1%), group B 39.5% (0-56.1%), group C 43.5% (0-95.9%) (p=0.861); In anatomo-pathologic results, the mean percent necrosis was 44.6% (0-76%), and on group A 50.4% (29.3-76.3%), group B 36.1% (0-64.8%), group C 47.3% (0-64.7%) (p=0.06). Digital images of the flaps were analyzed by the ratio necrotic area/total area. Mean necrotic percent was 40.4% (0-69%), and on group A 40.4% (22-69%), on group B 43.4% (0-54%), on group C 46.5% (0-65%) (p=0.10). Results didn’t show consistent difference between groups. Conclusion: The use of sildenafil or tadalafil was not effective for treatment of ischemic flap on this model of research.

Submitted by Marcelo Andrade Silva (marcelo.andradesilva@ufpe.br) on 2015-03-09T14:28:37Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-09T14:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / A presença de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) e a expressão variante dos genes das citocinas IFN-α1, IFN-γ e do receptor IFN-α r1 em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite B (HBV), podem ser considerados fatores etiopatogênicos relacionados aos níveis séricos do HBV, resultando em complicações da doença. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo verificar a associação entre as frequências genotípicas e proporções alélicas dos genes IFNG, IFNA1, IFNAR1 em relação aos níveis de expressão desses genes e à carga viral do HBV, em pacientes com infecção crônica pelo HBV sem tratamento antiviral. Foi realizado um estudo de caso-controle com amostras de sangue total de 208 indivíduos (94 pacientes com infecção crônica e 114 indivíduos imunes ao HBV) no período de outubro de 2012 a agosto de 2013, no ambulatório de hepatologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco (HC/UFPE) e no Hospital Escola Dr. Helvio Auto da Universidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas (HEHA/UNCISAL). Para a identificação dos polimorfismos foi utilizada a PCR em tempo real (qPCR) de acordo com técnica de alta resolução de melting (HRM). A quantificação da carga viral e a expressão absoluta dos genes IFNG (-5 A>G), IFNA1 (-2 C>T), IFNAR1 (-97 T>C) foram realizadas por qPCR. Em todos os pacientes com infecção crônica pelo HBV os níveis de expressão foram menores para o gene IFNA1 (mediana=2,56x10-1ηg/μL), em relação aos genes IFNG (mediana=4,54x105ηg/μL) e IFNAR1 (mediana=6,92x109ηg/μL), e a média de carga viral foi de 3,2 log10. Pacientes com genótipo heterozigoto IFNA1(-2) CT e alelo polimórfico IFNA1 (-2) T apresentaram maiores chances de desenvolver proteção pelo HBV quando comparados a indivíduos imunes com genótipo IFNA1(-2) CC e alelo tipo selvagem C, respectivamente (IFNA1 CT/CC: OR=0,45; p=0,01 e IFNA T/C: OR=0,54; p<0,01). Em pacientes com infecção crônica e genótipo tipo selvagem TT do IFNAR1, os baixos níveis de expressão do gene desse receptor, quando comparado aos outros genótipos, explicam em 40% os altos níveis de carga viral desses pacientes (r2=0,40 | p=0,04) conferindo um risco para o desenvolvimento da cronicidade. Para o genes IFNG(-5) não foi observada diferença estatisticamente significante entre os níveis de expressão e os genótipos. Assim, a presença da variante polimórfica do gene IFNA1 (-2) em pacientes com infecção crônica, pode estar associada à proteção da cronicidade quando comparada ao grupo controle. Os altos níveis de expressão do gene IFNAR1 e baixos níveis de IFNA1 podem contribuir para a cronicidade nestes indivíduos. Os pacientes que com genótipo polimórfico IFNA1 (-2) CT e alelo T apresentaram maior proteção para a cronicidade pelo HBV.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-31T11:39:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 845120 bytes, checksum: cda774f351f72a77d5d0898c2b153f7d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-31T11:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 845120 bytes, checksum: cda774f351f72a77d5d0898c2b153f7d (MD5) Previous issue date: 2018-06-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A disponibilidade de uso de informações genômicas trouxe grandes oportunidades de aumento do ganho genético em sistemas produtivos de gado de corte. Apesar dos benefícios já conhecidos, implementação em larga escala nas condições nacionais ainda é um grande desafio principalmente pelo relativo alto custo de genotipagem. Uma alternativa economicamente viável é o desenvolvimento de painéis de marcadores SNP customizados para objetivos de melhoramento estrategicamente estabelecidos para características de interesse. A implementação dessa proposta tem maior impacto para os animais jovens. O objetivo desse estudo foi identificar o menor número necessário de marcadores do tipo SNP para diferenciar animais das raças Hereford, Nelore, Brahman e Braford genotipados com o painel 777K chip HD para bovinos. Adicionalmente, comparou-se o impacto na predição da proporção racial utilizando-se diferentes painéis reduzidos de marcadores do tipo SNP. Para isso, foram utilizados quatro diferentes métodos para a seleção de marcadores altamente informativos para a diferenciação racial. O software Admixture foi utilizado para os cálculos de proporção racial utilizando os painéis customizados. Os resultados observados nesse estudo sugerem a possibilidade de definir indivíduos às respectivas raças utilizando um painel de 24 marcadores do tipo SNP (isto é, 8 marcadores por raça pura). Informações de pedigree são por natureza incompletas e comumente não são bem definidas porque varias das ligações genéticas existentes não são conhecidas. A genômica trouxe grandes oportunidades para o cálculo do parentesco entre os indivíduos de uma população. Um dos principais desafios em implementações genômicas é a correta definição da população referência para o uso simultâneo das informações de pedigree e genômica. O conceito de metafundadores é baseado na definição de pseudo-indivíduos que descrevem os relacionamentos entre e dentre os indivíduos da população base. O objetivo desse estudo foi avaliar os impactos do uso de metafundadores ao estimar valores genéticos e sua habilidade preditiva utilizando a metodologia single- step GBLUP (ssGBLUP) em uma população multirracial. Três diferentes cenários foram adotados nesse estudo para a estimação de componentes de variância e predição dos valores genéticos: BLUP tradicional, ssGBLUP e ssGBLUP com inclusão de metafundadores. Um total de 28 metafundadroes foram definidos no modelo ssGBLUP+metafundadores. De forma geral, os modelos genômicos apresentaram maior habilidade preditiva. Sendo o modelo com inclusão de metafundadores o que apresentou maior habilidade preditiva. O método da máxima verossimilhança restrita (REML) é um método comumente utilizado para a estimação de componentes de variância. Por ser implementado em modelos mistos, apresenta estimativas corrigidas para efeitos de seleção. De forma geral, todos os animais genotipados são utilizados nos cálculos para a predição dos valores genéticos. O objetivo desse estudo foi avaliar quantas gerações são necessárias para acurada estimação de componentes de variância com o algoritmo para animais provados e jovens (APY) em uma população simulada com restrições de seleção. O uso de menor número de gerações reduziu a habilidade do modelo BLUP em estimar a herdabilidade simulada (0.30). A redução na estimação da herdabilidade pelos modelos genomicos são menores do que os modelos baseados em informações de pedigree. Os modelos genômicos apresentaram em média maior correlação que os modelo BLUP. Os resultados desse estudo sugerem que não é necessário grande número de gerações para acurada estimação dos componentes de variância e dos valores genéticos. O algoritmo APY não afeta a estimação dos componentes de variância. Duas gerações extras de animais não genotipados são suficientes para acurado cálculo dos componentes de variância, valores genéticos e também acurácia de predição dos valores genéticos. / The knowledge on breed composition is of major importance under design of breeding schemes. With this respect, the estimation of such parameters must be as accurately as possible. Currently, most of genetic evaluation programs has been predicting breed composition based on pedigree datasets; but, such estimations only accounts for the expected (allele frequency) contributions across ancestors After the development and establishment of single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms on the last decade, an interest in genetic diversity studies has arisen and especially the study of individuals’ origin. The objective of the present study was to evaluate the minimum required number of ancestry informative markers necessary to differentiate Hereford, Nelore, Brahman and Braford breeds genotyped with 777 K Illumina Bovine HD Bead Chip. In addition, we also compared the effects of different panels size on breed composition inference under different AIMs methods. To that, it was used the high-density Illumina Bovine HD BeadChip with more than 777 K SNPs to elucidate the structure of Hereford, Nelore, Brahman and Braford populations. Three different ancestry informative marker methods were used to distinguish such populations. Additionally, random marker selection was considered. Admixture software was used to infer breed composition using very low-density SNP panels assembled with AIMs. Our results suggest that is possible to assign individuals to populations with high confidence using less than 8 SNP markers selected per breed. Although millions of SNP markers have been identified, only few of them are needed to accurately infer ancestry in a cost-effective manner. Pedigree information is by nature incomplete and commonly not well established simply because many of the true genetic ties existent between individuals are not a priori known or they can be even wrong. Genomic era brought new opportunities when calculating relationships between individuals. The challenge under genomic approaches is the correct definition of genetic base by the use of pedigree and genomic data. Genetic base may change as more individuals are included and are inadequately defined if populations are genetically structured. Metafounder concept relies on the definition of pseudo-individuals that describes some level of within and/or across genetic relationship between base population. The purpose of this study was to evaluate metafounder theory to estimate breeding values and the predictive ability under a single-step approach for a multibreed population. Three different scenarios were adopted to estimate variance components and to compute breeding values: pedigree-based model, single- step GBLUP and single-step GBLUP with addition of metafounders. A total of 28 different metafounders were included in the ssGBLUP+metafounder model. In general, it was possible to note that genomic models were able to greater ability to predict the future performance. Among genomic models, the inclusion of metafounder information could increment even more the predictive ability under cross-validation approach. Restricted maximum likelihood (REML) is a popular method for parameter estimation. Because it uses the mixed model equations, it is resistant to selection bias and efficient implementations are currently available. When genomic information is available, two versions of REML may be applicable. When only genotyped animals have phenotypes, genomic REML can be applied with a genomic relationship matrix. When only a fraction of animals is genotyped, a single-step REML is applicable. In general, it is of interest to include many genotyped animals in parameter estimation and into evaluations, to account for genomic selection or pre- selection. The aim of this study was to investigate to what extent generations truncation affects estimates for a simulated population under selection.The use of less generations reduced the ability of pedigree-based model in estimating the benchmark heritability (0.30). The decrease in heritabilities based on genomic information was less than using only pedigree relationships. Genomic models provided greater correlations than pedigree-based model; on average 25 points. Single-step genomic models do not require a deeper pedigree relationship to estimate reliable variance components and breeding values. The use of APY algorithm does not affect the estimation of variance components. An extra of 2 ungenotyped generations are sufficient to compute reliable variance components; as well as breeding values and accuracies.

Orientador: Lilian Maria de Castilho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T17:52:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Credidio_DeboraCastilho_M.pdf: 2805791 bytes, checksum: d7fa60ce846ffb7baee62f0493fdd327 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Discrepâncias na tipagem Rh ocorrem devido à presença de variantes do antígeno RhD, em especial D fraco e D parcial. Diferentes reagentes anti-D monoclonais tem sido desenvolvidos para identificar estas variantes, mas a caracterização molecular pode garantir um resultado mais específico com melhor definição do tipo de variante presente. O fenótipo D fraco ocorre por alterações de nucleotídeos que levam a substituição de aminoácidos na região transmembranar e intracelular da proteína Rh enquanto que o fenótipo D parcial ocorre por alterações de nucleotídeos ou rearranjos gênicos que levam a substituição de aminoácidos na região extracelular da proteína Rh, resultando em fenótipos sorológicos distintos e aloimunização anti-D. Nossos objetivos foram avaliar reagentes anti-D e métodos sorológicos e moleculares na detecção e identificação destas variantes. Foram estudadas 335 amostras de sangue e DNA de doadores e pacientes fenotipados previamente como RhD fraco, ou que apresentaram resultados discrepantes na tipagem RhD. Das 335 amostras estudadas, 215 (64,1%) foram identificadas como D fraco, 89 (26,5%) como D parcial, 3 (1%) como DEL, 11 como RhD-positivo e 17 como RhD-negativo. Entre as amostras D fraco, 76 eram DF1 (35,3%); 75 DF2 (34,9%); 13 DF3 (6,1%); 49 DF4 (22,8%) e 2 DF5 (0,9%). Entre as amostras D parcial, 9 (10,1%) eram DAR, 25 (28,1%) DFR, 6 (6,7%) DBT, 1 (1,1%) DHMi, 1(1,1%) RoHAR, 26 (29,2%) DVI, 14 (15,8%) DVa, 5 DIVb (6,6%) e 2 (2,3%) DVII . Nas amostras DEL, duas foram identificadas molecularmente como RHD(IVS5-38DEL4) e uma como RHD(K409K). Nossos resultados demonstram que a utilização de diferentes reagentes anti-D e métodos na rotina sorológica pode indicar a presença de uma variante do antígeno RhD que deve ser investigada por análise molecular. Esta estratégia pode auxiliar na diferenciação entre D fraco e D parcial e caracterizar as variantes que levam a aloimunização anti-D. Esta distinção é importante na seleção de sangue para pacientes e na prevenção da doença hemolítica do feto e recém-nascido / Abstract: Rh discrepancies are becoming a problem during routine testing due to partial D or weak D phenotypes. Panels of monoclonal antibodies (MoAb) are being developed in order to identify D variants such as partial D and weak D when there are anomalous RhD typing results but molecular characterization offers a more specific grouping of weak and partial D. The weak D phenotype is caused by many different RHD alleles encoding aberrant RhD proteins, resulting in distinct serologic phenotypes and anti-D immunizations. We evaluated currently used serologic methods and reagents to detect and identify D variants and correlated the results with molecular analyses. A total of 335 blood samples from Brazilian blood donors and patients with discrepant results of D typing in routine were analyzed. In total, 215 (64.1%) weak D, 89 (26.5%) partial D, 3 (1%) DEL, 11 RhD-positive and 17 RhD-negative were identified. Among weak D samples, 76 weak D Type 1 (35.3%); 75 weak D Type 2 (34.9%); 13 weak D Type 3 (6.1%); 49 weak D Type 4 (22.8%) and 2 weak D Type 5 (0.9%) alleles were found. Among the partial D samples, 9 (10.1%) DAR, 25 (28.1%) DFR, 6 (6.7%) DBT, 1 (1.1%) DHMi, 1(1.1%) RoHAR, 26 (29.2%) DVI, 14 (15.8%) DVa, 5 DIVb (6.6%) and 2 (2.3%) DVII were observed. Two samples identified as DEL by adsorption/elution were characterized by molecular analyses as RHD(IVS5-38DEL4) and one sample as RHD(K409K). Our results showed that the use of different methods and anti-D reagents in the serologic routine reveal some D variants that can be further investigated. Molecular methods can help to differentiate between partial D and weak D and characterize the weak D types providing additional information of value in the RhD typing. This distinction is important for selection of blood products and to prevent anti-D hemolytic disease of the fetus and newborn / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador: Jose Luiz Donato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T11:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roversi_FernandaMarconi_M.pdf: 7284789 bytes, checksum: 9104ecb7671bb8b4b2288503432576a0 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A farmacogenômica utiliza informações genéticas para orientar a escolha da terapia farmacológica em uma base individual, pressupondo que se podem prever diferenças na resposta a agentes terapêuticos entre indivíduos, a partir de sua constituição genética. Os estudos atuais de farmacogenômica objetivam otimizar a eficácia de uma droga e diminuir os efeitos colaterais e a toxicidade. Os estudos de polimorfismos genéticos podem ter um impacto nos ajustes individuais da dose de um determinado fármaco. Os polimorfismos de genes que codificam transportadores de drogas, como o gene MDR1; das enzimas metabolizadoras de fármacos, como a isoforma 2D6 do citocromo P450 (CYP2D6), e de receptores para drogas, relacionam-se às alterações funcionais no fenótipo, contribuindo na resposta a uma droga. O dextromethorphan é um agente antitússico que atua no centro da tosse. Este fármaco é metabolizado, principalmente pela CYP2D6, no metabólito ativo Dextrorphan e sua absorção sofre interferência da proteína codificada pelo gene MDR1. O presente trabalho teve como objetivo a avaliação do genótipo de uma população de voluntários sadios através da análise dos polimorfismos dos exons mais freqüentes (12, 21, e 26) do gene MDR1, correlacionando-se esses polimorfismos com a farmacocinética do fármaco dextromethorphan e do seu principal metabólito dextrorphan. Após uma seleção dos participantes do estudo, feita através de anamnese, exames físico, neurológico, psiquiátrico e laboratorial, e histórico médico, foram realizados experimentos de fenotipagem através da análise quantitativa da droga dextromethorphan e do seu metabólito dextrorphan na urina, em dois períodos distintos (imediatamente após e 12 horas após a administração da droga), por meio de cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) acoplada à espectrometria de massa (LC-MS-MS) e de genotipagem CYP2D6, classificando os voluntários em metabolizadores rápidos ou lentos. Os 27 indivíduos, identificados como metabolizadores rápidos, foram incluídos num protocolo de avaliação farmacocinética dos compostos, ao longo de um período de 48 horas após a administração do xarope dextromethorphan, por meio do método HPLC / LC-MS-MS. A análise da genotipagem MDR1 foi realizada em três etapas sucessivas: extração de DNA, amplificação do gene MDR1 e seqüenciamento automático. Uma vez determinado o genótipo de cada voluntário, uma correlação entre esses dados genotípicos, a farmacocinética do dextromethorphan e algumas características (idade, altura, peso e índice de massa corpórea) foi estabelecida por meio de análise estatística, usando-se o teste Wilcoxon Rank Sum. Os valores obtidos para as Áreas Sob a Curva (AUCs) 0-4 h, 0-24 h, 0-48 h (± DP) foram significativamente mais baixos para os indivíduos 3435TT (1,18 ± 0,05, 2,11 ± 0,83, 2,12 ± 0,83 ngh/ml) em relação aos indivíduos 3435CC (4,49 ± 3,91, 11,07 ± 9,98, 11,33 ± 10,53 ngh/ml) e 3435CT (3,91 ± 3,22, 8,07 ± 7,41, 8,20 ± 7,57 ngh/ml). Os valores referentes a Concentração Máxima (Cmáx) (± DP) também foram significativamente mais baixos nos indivíduos 3435TT (0,45 ± 0,05 ng/ml) em relação aos indivíduos 3435CC (1,74 ± 1,52 ng/ml) e 3435CT (1,52 ± 1,22 ng/ml). Nenhuma diferença significativa foi observada entre os grupos analisados e os fatores idade, peso, altura e IMC. A distribuição genotípica para o exon 26 do gene MDR1 foi 41 % CC, 44 % CT e 15 % TT. Para os exons 21 e 12 desse mesmo gene, essas distribuições genotípicas foram, respectivamente, 56 % GG, 40 % GT, e 4 % TT e 12 % CC, 38 % CT, e 50 % TT. Desse modo, observou-se uma correlação entre o polimorfismo C3435T ¿ exon 26 do gene MDR1 ¿ e alguns parâmetros farmacocinéticos: a Cmáx e as AUCs do fármaco dextromethorphan, após uma única administração oral, apresentaram valores mais baixos nos indivíduos 3435TT. A existência de uma correlação entre a genotipagem e a farmacocinética demonstra que a implementação de técnicas de biologia molecular pode auxiliar alguns testes clínicos, cujo alvo de interesse é a investigação da absorção e da metabolização de drogas / Abstract: Pharmacogenomics is used to study the effects of genetic basis for interindividual differences in drug response. This genetic information can predict and optimize the drug efficacy and/or safety and can minimize the adverse drug reactions and toxicity. Dextromethorphan shares part of the adverse event profile of opioids and is widely used as a probe drug for CYP2D6 phenotyping and for the assessment of its activity. Dextromethorphan is an antitussigen agent that acts in the center of the cough. This drug is mainly metabolized by the CYP2D6 in the active metabolite dextrorphan and its absorption suffers interference from the protein codified for MDR1 gene. In this present study, we investigated the relationship between the MDR1 genotype and the dextromethorphan (DM) pharmacokinetics in 27 healthy Brazilian subjects and determinated the MDR1 genotype frequency in this population. The MDR1 genotype was determined by PCR-DNA sequencing. After single oral administration of 30 mg DM, plasma concentrations of DM and DX were measured and its pharmacokinetic characteristics were compared according to MDR1 genotype. The area under the plasma concentration-time curve 0-4h, 0-24h and 0-48h was significantly lower in subjects with 3435TT (1.18 ± 0.05, 2.11 ± 0.83, 2.12 ± 0.83 ngh/ml) than in those with 3435CC (4.49 ± 3.91, 11.07 ± 9.98, 11.33 ± 10.53 ngh/ml) and 3435CT (3.91 ± 3.22, 8.07 ± 7.41, 8.20 ± 7.57 ngh/ml). The maximum plasma concentrations were lower in subjects with 3435TT (0.45 ± 0.05 ng/ml) than in those with 3435CC (1.74 ± 1.52 ng/ml) and 3435CT (1.52 ± 1.22 ng/ml). There wasn¿t effect of gender or age on the distribution. The distribution of the MDR1 genotype at exon 26, 21 and 12 was, respectively, 41 % CC, 44 % CT, and 15 % TT, 56 % GG, 40 % GT, and 4 % TT and 12 % CC, 38 % CT, and 50 % TT. In conclusion, DM pharmacokinetics was affected by the genetic polymorphisms of the MDR1 gene in healthy Brazilian subjects. These findings may provide a plausible explanation for interindividual variation in the disposition of DM, although our data couldn¿t explain the exact mechanisms by which the polymorphic MDR1 gene paradoxically reduces the plasma levels of DM. Further evaluation is thus warranted. / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Em um cenário em que a qualidade da informação é essencial para a sustentação do processo de gestão do sistema ou do processo de seleção animal, corretas atribuições de paternidade se tornam importante para a manutenção das informações de pedigree e, consequentemente, para a estimativa dos valores genéticos dos animais em programas de seleção. Com o advento do uso de marcadores moleculares do tipo SNP na seleção genômica e em diferentes painéis de teste de parentesco, maiores estudos se fazem cada vez mais necessários. Dessa maneira esse estudo buscou analisar os ganhos em acurácia dos valores genéticos para características produtivas em um cenário de seleção real entre avaliações genéticas que continham ou não animais com atribuições de paternidade por teste de DNA e além disso, verificar os possíveis conflitos de seleção entre elas. Como resultados foram encontrados ganhos em acurácia principalmente em animais mais jovens, mas de maneira geral todos os animais foram beneficiados e apresentaram ganhos acima de 8% os animais diretamente submetidos ao teste. Conflitos de seleção variaram entre 14 a 52% quando considerada somatória das diferenças de seleção nas duas avaliações genéticas, mostrando também, que existiu uma alteração na ordem de classificação dos animais nas características analisadas. Como o fator custo é um ponto importante quando se fala em avaliação genética e tudo que envolve a nova fase dos marcadores moleculares, um painel de paternidade eficiente é aquele que apresenta o melhor desempenho na determinação da paternidade sob um menor custo. Dessa forma, foram comparados alguns grupos de marcadores e o painel de 195 SNP proposto pelo grupo ISAG se mostrou eficiente, assim como outros, na determinação de paternidade em um grupo especifico de animais. Os resultados deste trabalho indicam também que o teste de parentesco por DNA é uma ferramenta que pode aumentar a precisão do arquivo pedigree por aumentar a conexão dos animais, ou seja, por criar maiores ou mais laços genéticos entre os indivíduos. Assim, poder-se-ia melhorar o desempenho da avaliação genética em um programa de melhoramento genético bovino através de pequenos grupos de marcadores moleculares com um custo-benefício atrativo. / In a scenario where information quality is essential to support a process management system or an animal selection process, correct paternity assignments become important for maintaining pedigree information and hence to estimate animals genetic values in breeding programs. With the advent of the use of SNP molecular markers in genomic selection and different kinship test panels, larger studies are increasingly necessary. Thus, this study investigated the gains in accuracy of breeding values for production traits (in a real selection scenario) between the genetic evaluations of animals with or without parenting assignment by DNA testing. It also verified possible selection conflicts between them. The following results showed gains in accuracy, especially in younger animals. However, in general, all animals benefited having gains greater than 8% where animals were directly impacted. Checking conflicts ranged from 14-52% when the sum of the differences of selection in both genetic evaluations was considered. This also showed that there was a change in the ranking of animals in the analyzed characteristics. As cost is also an important factor in genetic evaluations using new molecular markers, an effective parenting panel would be one that had the best performance in the paternity determination under a lower cost. Therefore, we compared some small marker groups and the 195 SNP panel proposed by ISAG group and determined this was efficient in estimating paternity on a specific group of animals. These results also suggest that kinship testing by DNA is a tool that can increase the accuracy of the pedigree file to increase the animals\' connection, or to create larger or more genetic links between individuals. This study shows that testing with small groups of molecular markers improves the performance of genetic evaluation in a bovine genetic selection program with an attractive cost-benefit.

O Papaya ringspot virus (PRSV) é uma espécie do gênero Potyvirus, sendo que a maioria dos isolados pertence a duas estirpes distintas: "papaya" (P) e "watermelon" (W). O Papaya ringspot virus - estirpe W (PRSV-W) tem sido considerado um dos vírus mais importantes no cultivo de cucurbitáceas pela predominância e pelos prejuízos significativos que causa no Brasil. O controle do mosaico da abobrinha-de-moita, causado pelo PRSV-W, tem sido obtido de forma satisfatória através da premunização com as três estirpes fracas, designadas PRSV-W–1, PRSV-W–2 e PRSV-W-3. O principal objetivo desse estudo foi comparar essas estirpes fracas com estirpes severas PRSV-W-C, PRSV-W-PR e PRSV-W-PE, com base na seqüência de nucleotídeos do gene que codifica a proteína da capa protéica e na mobilidade dessa proteína em SDS-PAGE. A seqüência de nucleotídeos da capa protéica das estirpes fracas PRSV-W-1 e PRSV-W-2 apresentou 100 % de homologia. Quando comparadas com a estirpe fraca PRSV-W-3, a homologia foi de 98 %. As estirpes fracas PRSV-W–1 e PRSV-W–2 apresentaram 95 % de homologia com as estirpes severas PRSV-W-C e PRSV-W-PE. Essas duas estirpes severas, por sua vez, apresentaram respectivamente, 93 e 95 % de homologia com a estirpe fraca PRSV-W-3. O alinhamento das seqüências de nucleotídeos entre as estirpes fracas e as severas evidenciou a inserção de 6 nucleotídeos na região conservada desse gene nas estirpes fracas. Essa inserção refletiu na adição de dois amino ácidos (Asn e Asp) na seqüência de amino ácidos deduzidos dessa proteína. A mobilidade da capa protéica em SDS-PAGE foi semelhante para todas as estirpes estudadas. / Papaya ringspot virus (PRSV), a species of the enus Potyvirus, is classified into two strains: "papaya" (P) and "watermelon" (W). Papaya ringspot virus - type W (PRSV-W) has been considered one of the most important viruses infecting cucurbits in Brazil due to its predominance and significative damage caused on the crops. The control of the disease caused by this virus has been efficiently achieved by means of cross protection with three mild strains, namely PRSV-W-1, PRSV-W-2, and PRSV-W-3. The main purpose of the present study was to compare these mild strains with the severe strains PRSV-W-C, PRSV-W-PR, and PRSV-W-PE, based on the nucleotide sequence of the coat protein gene and on the mobility of the capsid protein in SDS-PAGE. The nucleotide sequence of the coat protein gene of the mild strains PRSV-W-1 and PRSV-W-2 showed 100 % of homology. When compared with the coat protein gene of the mild strain PRSV-W-3, the homology was 98 %. The mild strains PRSV-W-1 and PRSV-W-2 showed 95 % of homology with the severe strains PRSV-W-C and PRSV-W-PE. These two severe strains, otherwise, showed respectively, 93 and 95 % of homology with the mild strain PRSV-W-3. The alignment of the nucleotide sequences of the mild and the severe strains indicated an insertion of 6 nucleotides in the conserved region of the coat protein gene of the mild strains. This insertion reflected on the addition of two amino acids (Asn e Asp) in the amino acid deduced sequence of this protein. The mobility of the coat protein in SDS-PAGE was similar for all the strains studied.

Introdução: Variações genéticas podem influenciar a relação entre ácidos graxos (AG) do plasma e concentração plasmática de biomarcadores inflamatórios. Objetivo: Verificar a associação entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) presentes nos genes da proteína C reativa (PCR), fator de necrose tumoral (TNF) e interleucina (IL)-10 e AG do plasma e seus efeitos sobre a concentração plasmática de biomarcadores inflamatórios em um estudo de base populacional ISACapital. Métodos: Foram coletadas informações sociodemográficas, de estilo de vida, de atividade física (IPAQ longo), hábito de fumar e beber, bem como amostras de sangue de 281 indivíduos (20 a 59 anos), oriundos de um estudo de base populacional (ISA-Capital). A partir do plasma, foram determinadas as concentrações de IL1, IL6, IL8, IL10, TNF, IL12p70, adiponectina, PCR, proteína quimiotática para macrófagos solúvel (sMCP)1, molécula de adesão intercelular solúvel (sICAM)1 e molécula de adesão celular vascular solúvel (sVCAM)1 por meio da técnica multiplex de imunoensaio e o perfil de ácidos graxos por cromatografia gasosa. O DNA genômico foi extraído e realizada a genotipagem dos SNP presentes no gene da PCR (rs1205, rs1417938, rs2808630), TNF (rs1799964, rs1799724, rs1800629 e rs361525) e IL10 (rs1800871, rs1800896 e rs1800872) pela ténica TaqMan Open Array. Foi realizada análise multivariada de cluster com base nos 11 biomarcadores inflamatórios, permitindo agrupar os indivíduos em grupo inflamado e cluster não inflamado. Resultados: Os indivíduos que possuíam os genótipos GA+AA do SNP -238 G>A (rs361525) do gene do TNF- apresentaram concentrações plasmáticas de TNF-, IL-1, IL-6, IL-10 e IL-12 aumentadas quando comparados com indivíduos homozigotos dominantes. Além disso, homozigotos recessivos do SNP e/i boundary C>T (rs1554286) do gene da IL-10 apresentaram maior concentração plasmática de IL-1 e de TNF- e menor de MCP-1 em relação aos indivíduos homozigotos dominantes. O grupo inflamado apresentou idade, circunferência da cintura, pressão arterial significantemente maiores que o grupo não inflamado. Em relação aos AG do plasma, o grupo inflamado apresentou concentração plasmática de AG palmítico (C16:0), razões AG saturados (SFA)/AG ômega-6 (n-6) e SFA/ AG poli-insaturados (PUFA) e atividade estimada da enzima estearoil CoA desaturase (SCD) aumentadas e concentrações plasmática de PUFA, n- 6 e AG araquidônico (AA) e atividade estimada da enzima delta-5-dessaturase (D5D) reduzidas em comparação com o grupo não inflamado. Interações SNP-AG plasmáticos estatisticamente significante foram detectadas entre o SNP +1919 A>T (rs1417938) do gene da PCR e C16:1n-7, SFA/n-6 e SFA/PUFA; entre o SNP +3872 G>A (rs1205) do gene da PCR e C16:1n-7; entre o SNP e/i boundary C>T (rs1554286) do gene da IL-10 e atividade estimada da enzima D6D; e entre o SNP -1082 A>G (rs1800896) do gene da IL-10 e C18:0, C14:0 e atividade estimada da enzima D5D. Conclusão: Os SNP analisados possuem associações com biomarcadores inflamatórios e os ácidos graxos plasmáticos palmítico, SFA/n-6, SFA/PUFA, SCD-18 foram associados positivamente com um padrão inflamatório, enquanto PUFA, n-6, ácido araquidônico e D5D foram negativamente associados. Dentre as interações encontradas, o AG palmitoleico e a razão SFA/PUFA interagiram com +1919 A>T (rs1417938), e os AG esteárico e mirístico e D5D com -1082 A>G.. / Introduction: Genetics variation can influence the relation between fatty acids (FA) and inflammatory biomarkers levels. Objective: To verify the association between Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) in adiponectin, C-Reactive Protein (CRP), Tumor Necrosis Factor (TNF)- and Interleukin (IL)-10 genes and plasma fatty acids and their effects to a systemic inflammatory pattern at a population-based study. Methods: Sociodemographics information, life style, physical activity (IPAQ long form), smoking and drinking habits, as well as blood samples of 281 individuals (20 years 59 years) participants of a population based study (ISA-Capital). Plasma IL1, IL6, IL8, IL10, TNF, IL12p70, adiponectin, CRP, soluble monocyte chemoattractant protein-1 (sMCP-1), soluble intercellular adhesion molecule-1 (sICAM-1) and soluble vascular cell adhesion molecule 1 (sVCAM-1) levels were measured using a multiplex immunoassay and the fatty acid profile was measured by gas chromatography. The DNA was extracted and genotyping of SNP in CPR gene (rs1205, rs1417938, rs2808630), TNF (rs1799964, rs1799724, rs1800629 e rs361525) and IL10 (rs1800871, rs1800896 e rs1800872) was analyzed by TaqMan Open Array. Multivariate cluster analysis was applied on 11 inflammatory biomarkers, allowing to group individuals in inflammatory (INF) or non-inflammatory (NINF) group. Results: Individuals with GA+AA genotypes of SNP -238 G>A (rs361525) of TNF- gene had higher levels of TNF-, IL-1, IL-6, IL-10 and IL-12 compared to GG genotype. Besides that, recessive homozygous of SNP e/i boundary C>T (rs1554286) of IL-10 gene presented higher level of IL-1 and TNF- and lower level of sMCP-1 in relation to dominant homozygous. The INF group had significantly higher age, waist circumference, blood pressure, and total cholesterol than NINF group. Concerning fatty acid profile, INF group had palmitic acid (C16:0), saturated fatty acid (SFA)/omega-6 (n-6) polyunsaturated fatty acid (PUFA) ratio, SFA/PUFA and estimated enzyme activity of stearoyl-CoA desaturase (SCD) levels higher and PUFA, n-6, arachidonic acid and estimated enzyme activity of delta-5 desaturase (D5D) levels lower than NINF group. Significantly interactions were found between of SNP +1919 A>T (rs1417938) of PCR and C16:1n-7, SFA/n-6 and SFA/PUFA; between SNP +3872 G>A (rs1205) of PCR gene and C16:1n-7; between SNP e/i boundary C>T (rs1554286) of IL-10 and estimated enzyme activity of delta-6 desaturase (D6D); and between SNP -1082 A>G (rs1800896) of IL-10 gene and C18:0, C14:0 and estimated D5D activity. Conclusion: The SNP analyzed have associations with inflammatory biomarkers, and plasma palmitic, SFA/n-6, SFA/PUFA, SCD- 18 were positively associated with inflammatory pattern, while PUFA, n-6, arachidonic acid and D5D were negatively associated. Interactions were founded with palmitoleic and SFA/PUFA with +1919.A>T (rs1417938), and stearic and myristic acids and D5D with 1082 A>G.