Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:19Z : No. of bitstreams: 1 000855233_20170902.pdf: 401917 bytes, checksum: e7c11118f603b9f4ad566ac2209ad7f0 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-09-06T14:01:35Z: 000855233_20170902.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-09-06T14:02:27Z : No. of bitstreams: 1 000855233.pdf: 2952114 bytes, checksum: 6326db3d25695fe62195613e3ac064a8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No Brasil, a cultura da cana-de-açúcar tem se expandido para regiões com prolongados períodos de deficiência hídrica, o que vem limitando a produção sucroenergética. Neste estudo, os perfis de expressão gênica de duas cultivares de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), uma tolerante e outra sensível ao estresse hídrico, foram avaliados através da tecnologia de RNA-Seq. A montagem de novo do transcriptoma de folhas foi realizada visando identificar e analisar os genes diferencialmente expressos entre as cultivares, envolvidos com a resposta molecular durante períodos de estresse hídrico. Para isso, as duas cultivares foram plantadas em casa de vegetação e aos 60 dias após o plantio foram submetidas a três controlados potenciais hídricos do solo (controle, déficit hídrico moderado e déficit hídrico severo) e avaliadas aos 30, 60 e 90 dias após a aplicação dos tratamentos. A partir do método RNA-Seq, foram geradas mais de um bilhão de sequências, as quais permitiram obter um total de 177.509 e 185.153 sequências de transcritos, para as cultivares tolerante e sensível, respectivamente. O conjunto de transcritos expressos foram montados com o auxílio do programa Trinity. Estes transcritos foram alinhados com sequências de Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana bem como sequências de cana-de-açúcar disponíveis em bancos públicos. Esta análise permitiu identificar o conjunto de genes de cana-de-açúcar compartilhados com outras espécies, bem como levou à identificação de novos transcritos ainda não catalogados. Os transcritos foram anotados e categorizados através dos termos do Gene Ontology (GO) em três categorias: componente celular, função molecular e processos biológicos para as duas cultivares. Os termos regulador de enzima e regulador de transcrição que se encontram dentro da categoria função molecular estão em evidência dentro dos termos associados aos... / In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining sugarcane production. In this study, the gene expression profiles of two sugarcane cultivars (Saccharum spp.), one tolerant and other sensitive to water stress, were assessed by the RNA-Seq technology. The de novo assembly of leaves transcriptome was held aiming to identify and to analyze differentially expressed genes between the cultivars involved with molecular response during water stress periods. In order to accomplish this, the two cultivars were planted in a greenhouse and 60 days after planting them, they were submitted to three potential controlled water soil (control, moderate drought and severe water deficit) and evaluated at 30, 60 and 90 days after treatments application. Using the RNA-Seq method were generated over a billion sequences, which allowed to obtain a total of 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. The set of expressed transcripts were assembled using the Trinity program. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of the set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. The transcripts were annotated and categorized by the terms of the Gene Ontology (GO) into three categories: cellular component, molecular function and biological process for the two cultivars. The terms enzyme regulator and transcription regulator that lie within the molecular function category are highlighted within the terms associated with the differentially expressed genes between the contrasting cultivars, suggesting the importance of gene regulation for the studied cultivars. This study found different molecular patterns of the involved ...

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:55:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:01:06Z : No. of bitstreams: 1 000860189.pdf: 924771 bytes, checksum: 86cbef733632ef64b946cc2d2006b9b0 (MD5) / Estudos recentes em indivíduos da espécie humana e camundongos relataram que o exercício físico pode alterar a microbiota intestinal. Evidências indicaram que essa comunidade microbiana está envolvida na homeostase do metabolismo do hospedeiro. Ademais, estudos com substâncias ergogênicas são escassos na literatura sobre a microbiota intestinal. Objetivou-se avaliar o impacto do exercício físico agudo e do condicionamento aeróbio associado a suplementação com cromo ou L-carnitina na microbiota intestinal de potras. Nosso modelo experimental utilizou potras da raça Mangalarga Machador em estágio de condicionamento físico incipiente, distribuídas em 4 grupos: Controle (sem exercício), Exercício, L-carnitina e Cromo. As potras foram submetidas a dois testes de esforço incremental e condicionadas em esteira por 42 dias na intensidade de 70-80% do limiar de lactato. Amostras fecais foram obtidas antes e 48 horas após do exercício agudo e do programa de condicionamento. As populações bacterianas foram caracterizadas pelo sequenciamento da região V4 do gene 16S rRNA por meio da plataforma Illumina MiSeq e um total de 5.224.389 de sequências foi obtido de 48 amostras. Para o total de sequências, os três filos mais abundantes foram Firmicutes (50,22%), Verrucomicrobia (15,13%), seguido por 13,80% de bactérias que não foram classificadas no nível filo. Os gêneros com maior abundância relativa foram: Clostridiales não classificados (17,06%), 5 genus incertae sedis (12,98%) e bactérias não classificadas (12,95%). Nossos resultados indicaram que a atividade física intensa e o condicionamento aeróbio podem alterar a composição e a estrutura da população bacteriana intestinal de potras. O cromo ou a L-carnitina na comparação intra grupos provocaram alterações moderadas na diversidade da microbiota fecal de potras. Entretanto, os resultados dos grupos suplementados não apresentaram alteração em... / Recent studies performed in humans and rats reported that exercise could alter the intestinal microbiota. Evidence indicated that this microbial community is involved in the metabolic homeostasis of the host. Moreover, studies about ergogenic substances are scarce in the literature on intestinal microbiota. This study aimed to assess the impact of acute exercise and aerobic conditioning, associated either with chromium or L-carnitine supplementation, on the intestinal microbiota of fillies. Twelve Mangalarga Marchador fillies in incipient fitness stage were distribuided into four groups: control (no exercise), exercise, L-carnitine and chromium. The fillies underwent two incremental exercise tests, before and after training on a treadmill for 42 days at 70-80% of the lactate threshold intensity. Fecal samples were obtained before and 48 hours after the acute exercise (incremental exercise test). Bacterial populations were characterized by sequencing the V4 region of the 16S rRNA gene using the MiSeq Illumina platform, and 5,224,389 sequences were obtained from 48 samples. The results showed that the three most abundant phyla were Firmicutes (50.22%), Verrucomicrobia (15.13%), followed by bacteria that were not classified at the phylum level (13.80%). The genera with the highest relative abundance were unclassified Clostridiales (17.06%), 5 genus incertae sedis (12.98%) and unclassified bacteria (12.95%). Our results indicated that intense physical activity and aerobic conditioning might change the composition and structure of the intestinal bacterial population in fillies. The intra-group comparison showed that chromium or L-carnitine caused moderate changes in the fecal microbiota of fillies. However, the results of the supplemented groups were not different from the exerciseonly group. Thus, further studies using a larger sampling are needed to further investigate these changes

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-06. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:41Z : No. of bitstreams: 1 000831916_20160206.pdf: 112802 bytes, checksum: ab469a2967fddd117429a39b27723454 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-10T15:55:07Z: 000831916_20160206.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-10T15:55:45Z : No. of bitstreams: 1 000831916.pdf: 3397060 bytes, checksum: 8fdf8471abaa6fa3e7d5431cd8932cbb (MD5) / Com a intensificação da piscicultura brasileira, caracterizada por densidade de estocagem cada vez maior, especialmente em tanques-rede, tem-se observado um número crescente de enfermidades, principalmente de origem bacteriana, ocasionando alta mortalidade e prejuízos econômicos expressivos em todas as fases da criação. Um dos problemas relacionados ao controle de enfermidades na piscicultura é o uso constante e equivocado de antimicrobianos e quimioterápicos nas criações, que provocam problemas de resistência bacteriana e impactos ambientais que comprometem a qualidade do produto final. Assim, a busca por alternativas rápidas e eficazes de diagnóstico são cada vez mais necessárias, uma vez que contribuem para o controle de enfermidades antes que estas provoquem sinais clínicos irreversíveis e taxas de mortalidade elevada. Em vista disso, o diagnóstico molecular, representado pelas técnicas da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e suas variações, tais como sequenciamento e PCR em tempo real, constituem alternativas a serem exploradas. Desse modo, os objetivos deste trabalho foram: a) adaptar a metodologia de PCR de colônia aliada ao sequenciamento do gene 16S rRNA para bactérias que causam doenças em peixes, b) determinar a sensibilidade aos antimicrobianos florfenicol e oxitetraciclina dos gêneros bacterianos de maior frequencia, c) validar testes de PCR em tempo real para detecção e quantificação de Aeromonas hydrophila e Streptococcus agalactiae e avaliar sua especificidade e sensibilidade analítica d) aplicar a metologia validada no diagnóstico de infecções por esses patógenos em grupos de tilapias infectadas experimentalmente. Nas metodologias desenvolvidas, buscou-se redução de custos e tempo para diagnóstico. Os resultados encontrados demonstraram que a PCR de colônia apresentou redução de custos e tempo quando comparada às técnicas tradicionais de isolamento, identificação bioquímica ... / With the intensification of the Brazilian fish farming, characterized by increasing density storage, especially in cages, it has been observed a growing number of diseases, mainly bacterial, causing high mortality and significant economic losses in all phases of breedin. One of the problems related to the control of diseases in fish farming is the constant misuse of antibiotics and chemotherapeutics that cause problems of bacterial resistance and environmental impacts which affect the quality of the final product. Thus, the search for rapid and effective diagnostic alternative is increasingly necessary, since they contribute to control of diseases before they cause irreversible clinical signs and high mortality rates. In view of this, the molecular diagnostic techniques represented by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and its variations, such as sequencing and real time PCR, constitute alternatives to be explored. Thus, the objectives of this work were: a) adapting the methodology of colony PCR coupled with sequencing of the 16S rRNA gene for bacteria that cause disease in fish, b) determine the sensitivity to antimicrobial florfenicol and oxytetracycline bacterial genera of higher frequency, c) validate real-time PCR assay for detection and quantification of Aeromonas hydrophila and Streptococcus agalactiae and to evaluate its sensitivity and analytical specificity d) applying the validated Methodology for the diagnosis of infections caused by these pathogens in infected experimentally tilapias groups. In the developed methodologies, we attempted to reduce costs and time to diagnosis. The results showed that: colony PCR showed a reduction of costs and time compared to traditional isolation techniques, biochemical identification, DNA extraction and conventional PCR; the alliance of colony PCR and 16S rRNA gene sequencing allowed identification of all tested bacterial pathogens, not being necessary the design of specific ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000791601.pdf: 5196368 bytes, checksum: 46c71a27daf8bd5155dd2567bf2fb936 (MD5) / O transcriptoma é o conjunto e a quantidade de transcritos de uma célula em um estágio de desenvolvimento específico ou condição fisiológica. Estudar o transcriptoma é essencial para interpretar os elementos funcionais do genoma e revelar os constituintes moleculares de células e tecidos. Levando em consideração a grande importância do mercado da carne de bovinos e a necessidade e dificuldade de melhoria da qualidade da carne, o presente projeto objetivou traçar um panorama completo do transcriptoma do músculo longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore, bem como identificar genes com diferentes perfis de expressão associados ao crescimento muscular por meio da técnica de RNA-seq. Foram utilizadas amostras de 10 animais da raça Nelore com dois diferentes perfis de crescimento muscular provenientes de um rebanho participante do programa de melhoramento genético. Amostras de mRNA do músculo LD foram coletadas para extração, processamento do RNA, sequenciamento e posterior análise do transcriptoma. No total, foram sequenciados aproximadamente 453 milhões de fragmentos e identificados 14.876 genes conhecidos, 45.938 potenciais novos genes e 10.960 potenciais novas isoformas de transcritos. Foi calculado o nível de expressão de 12.082 genes e 110 tiveram valor de expressão diferencial signicativo entre os grupos (p ≤ 0,01). Por meio da análise de relevância de termos ontológicos foram identificados 52 termos relevantes entre os genes diferentemente expressos, dos quais 12 estavam associados ao desenvolvimento muscular. Neste estudo, foi caracterizado o transcriptoma do músculo longissimus dorsi de bovinos da raça Nelore por meio de sequenciamento de nova geração, fornecendo assim, uma valiosa fonte de entendimento do genoma do boi / The transcriptome is the set and the amount of transcripts in a cell at a specific developmental stage or physiological condition. Understanding the transcriptome is essential for interpreting the functional elements of the genome and to reveal molecular constituents of cells and tissues. Considering the great importance of the beef market, the need and difficulty of improving meat quality, this research aimed to provide an overview of the complete longissimus dorsi (LD) transcriptome of Nellore cattle and to identify genes with differential expression profiles associated with muscle growth using RNA-seq. Ten mRNA samples of Nellore breed steers with two different muscle growth profiles from a herd participating of a breeding program were used. LD muscle samples were collected for RNA extraction and processing, sequencing and subsequent transcriptome analysis. In total, approximately 453 million fragments were sequenced and 14,876 known genes, 45,938 potential new genes and 10,960 potential new transcripts isoforms were identified. The expression levels of 12,082 genes were calculated and 110 have signicant differential expression values between the groups (p ≤ 0.01). The ontology terms relevance analysis identified 52 relevant terms among the differentially expressed genes, which 12 were associated with muscle development. In this study, we obtained the transcriptome of Nellore cattle longissimus dorsi muscle through next-generation sequencing, providing a valuable source of information about the bovine genome

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Vanessa Paes da Cruz / Resumo: No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / Abstract: In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ... / Mestre

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2925990 bytes, checksum: c09f8e05395a813c660d9c2568ea71c5 (MD5) Previous issue date: 2014-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Legume lectins are historically recognized as carbohydrate-binding proteins, and this property is roughly linked to the majority of their biological activities, such as pro and antiinflamatory processes, apoptosis and mitogenic mechanisms. However, several studies have demonstrated the capability of these proteins to bind diverse other compounds, such as phytohormones and hydrophobic molecules, although the biological relevance of these interactions remains elusive. Many biological reactions involve proteins interactions with nucleic acids and the protein interaction with DNA plays a key role in the cellular regulation and all vital functions. In the present work, it is reported the crystal structure of ConM, a lectin isolated from Canavalia maritima seeds, in complex with Interleukine 1β primer. A cubic crystal, belonging to the F23 space group, was obtained by the diffusion vapor method and submitted to X-ray diffraction. In the structure, an electron density map corresponding to four nucleotides from the interleukin-1β primer was found in the interface of ConM non-canonical dimer. The nucleotides stabilization involves H-bonds and electrostatic forces with the amino acids His127, Ser110, Lys114, Ser190, Asp192, Thr194, His51 and Ser190. Based on these crystallographic results and in a molecular docking simulation, it is hypothesized that the lectin may function as a transcription factor, which could help us to understand some of their biological activities. / Lectinas de leguminosas são historicamente reconhecidas como proteínas de ligação a carboidratos e essa propriedade é ligada à maioria das suas atividades biológicas, tais como pró e antiinflamatórias, apoptose e mecanismos mitogênicos. No entanto, vários estudos demonstraram a capacidade destas proteínas de se ligarem a diversos outros compostos, tais como fitohormônios e moléculas hidrofóbicas, embora a relevância biológica destas interações permaneça indefinida. Muitas reações biológicas envolvem a interação de proteínas com ácidos nucleicos e a interação da proteína com o DNA desempenha um papel chave em toda a regulação celular e das funções vitais. No presente trabalho relatamos a estrutura cristalina da ConM, uma lectina isolada de sementes de Canavalia maritima, em complexo com o primer da Interleucina 1β. Um cristal cúbico, pertencente ao grupo espacial F23, foi obtido através do método da difusão de vapor e submetido à difração de raios X. Na estrutura, o mapa de densidade eletrônica correspondente a quatro nucleotídeos do primer da interleucina-1β foi encontrado na interface do dímero não-canônico. A estabilização dos nucleotídeos envolve pontes de hidrogênio e forças eletrostáticas com os aminoácidos His127, Ser110, Lys114, Ser190, Asp192, Thr194, His51 e Ser190. Com base nestes resultados cristalográficos e em uma simulação de docking molecular, é hipotetizado que a lectina pode funcionar como um fator de transcrição, o que poderia nos ajudar a entender algumas de suas atividades biológicas.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-25. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:40Z : No. of bitstreams: 1 000864238.pdf: 3148372 bytes, checksum: a37fda8f4a1502a786d3f1ffe3bda3ff (MD5) / O entendimento dos mecanismos celulares e moleculares envolvidos com os processos de hipertrofia e atrofia muscular têm sido alvo de muitas pesquisas. Tal fato contribui para desenvolvimento de estratégias terapêuticas eficazes para atenuar ou até mesmo bloquear a perda de massa muscular. Neste contexto, fatores miogênicos e microRNAs (miRNAs) têm sido estudados para melhor compreender as respostas adaptativas do músculo esquelético. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar as adaptações morfofuncionais, a expressão gênica de fatores miogênicos, anabólicos e catabólicos e a expressão dos miRNAs no músculo esquelético de ratos submetidos à estimulo atrófico, seguido de treinamento físico, aeróbico e resistido. Foram utilizados 80 ratos Wistar machos (80 dias, 250 a 300 g), divididos em 10 grupos (n=8): C: controle; I: imobilizado; C3: controle 3 dias; R3: recuperado sem exercício 3 dias; T3: treinamento aeróbico 3 dias; TF3: treinamento de força 3 dias; C7: controle 7 dias; R7: recuperado sem exercício 7 dias; T7: treinamento aeróbico 7 dias e TF7: treinamento de força 7 dias. Inicialmente, os animais dos grupos I, R3, R7, T3, T7, TF3 e TF7 foram submetidos a um período de 7 dias de imobilização dos membros posteriores. Foram analisados os músculos plantar (Pl - glicolítico e de contração rápida) e sóleo (Sol - oxidativo e de contração lenta). A atrofia muscular foi confirmada pela análise da área de secção transversal (AST) das fibras nos animais dos grupos I e C. Os grupos T3 e T7, foram submetidos a um programa de recuperação muscular com exercício aeróbico (natação) no período de 3 e 7 dias respectivamente enquanto os grupos TF3 e TF7 foram submetidos a um programa de recuperação muscular com exercício resistido (salto). Ao término do experimento os músculos Pl e Sol foram submetidos às análises: morfológica, histoquímica, bioquímica e molecular. Observamos atrofia muscular em... / Understanding the cellular and molecular mechanisms involved in hypertrophy and atrophy processes have been the subject of much research. This fact contributes to development of effective therapeutic strategies to attenuate/block the muscle mass loss. However, myogenic factors and muscle-specific miRNAs have been studied to understand the skeletal muscle adaptive responses. The aim of this study were to evaluate the morphological and functional adaptations, the gene expression of myogenic, anabolic and catabolic factor, and the expression of microRNAs in skeletal muscle of rats submitted to atrophic stimulus followed by physical training. 80 male Wistar rats were used (80 days 250 to 300 g) were divided into 10 groups (n = 8) C: Control; IM: immobilizated; C3: control 3 days; R3: recovered without exercise 3 days; T3: aerobic training 3 days; TF3: strength training 3 days; C7: control 7 days; R7: recovered without exercise 7 days; T7: aerobic training 7 days and TF7: strength training 7 days. Initially, the animals of I, R3, R7, T3, T7, TF3 and TF7 groups were underwent period of hindlimb immobilization by 7 day. Plantaris (Pl - glycolytic and fast twitch) and soleus (Sol - oxidative and slow twitch) muscles were analyzed. Muscle atrophy was confirmed by the analysis of cross-sectional area (CSA) of fibers in groups I and C. The T3 and T7 groups, were underwent a muscle recovery program with aerobic exercise (swimming) 3 period and 7 days respectively while the TF3 and TF7 groups were underwent a muscle recovery program with resistance exercise (jump). At the end of experiment the Pl and Sol muscles were submitted to analysis: morphological, immunohistochemical, biochemical and molecular. Muscle atrophy was observed in both muscles after immobilization, but after 7 days of recovery, only the T7 group showed recovery in CSA. Gene expression data showed: increase in genes involved in muscle atrophy in group I in Sol (MAFbx, PGC-1α and ...

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000866312.pdf: 1513735 bytes, checksum: ebc1a9c4c91be977c085b13a32f3b8b4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram...

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:07Z : No. of bitstreams: 1 000866061.pdf: 3092347 bytes, checksum: 231b0807cdca7c581bae7f18a5b3c6ac (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dengue é a arbovirose de maior crescimento nos últimos anos, repercutindo em impactos sociais e econômicos devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O dengue tem como principal vetor o mosquito Aedes aegypti, distribuído em toda a faixa tropical e subtropical do planeta. Por apresentar hábito hematofágico antropofílico, rápido desenvolvimento e características comportamentais específicas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle estão restritas à eliminação do mosquito vetor, uma vez que um tratamento específico ou uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos deste arbovírus ainda não estão disponíveis à população. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à fatores genéticos do mosquito bem como à microbiota intestinal do inseto. O presente estudo avaliou fatores genéticos e microbianos relacionados à competência vetorial de populações naturais de Ae. aegypti com diferenças na susceptibilidades ao vírus dengue sorotipo 4 (DENV-4). Para isso, foi avaliada a susceptibilidade à infecção pelo DENV de duas populações naturais deste inseto (Botucatu-SP e Neópolis-SE) através de ensaios de infecção e quantificação relativa por PCR em tempo real. A expressão gênica diferencial, bem como a diversidade microbiana intestinal, foi realizada através do sequenciamento de nova geração (RNA-seq e sequenciamento do gene 16S rRNA) através das plataformas Illumina HiScan™SQ e MiSeq, respectivamente. Verificamos que as populações estudadas apresentam diferenças na susceptibilidades ao DENV-4 onde Botucatu apresentou maior resistência à infecção quando comparada à Neópolis. Pela análise de expressão gênica diferencial verificamos que houve pouca modulação genica na população de Botucatu em resposta a... / Dengue is the arbovirosis of greater growth in recent years, reflecting on social and economic impacts due to the high morbidity and mortality rates triggered by infection. Dengue has Aedes aegypti as its primary vector, which is distributed throughout tropical and subtropical regions of the planet. Due to its anthropophilic and haematophagic habit, rapid development and specific behavioral characteristics, it is an excellent dengue virus transmitter. Control measurements are restricted to eliminating the mosquito vector since neither specific treatments nor tetravalent vaccines are yet commercially available. One feature that determines the spread of the disease is the high vector competence of its vector mosquitoes, which has been associated to its genetic factors and to its gut microbiota. The present study evaluated genetic and microbial factors related to vector competence of natural populations of Ae. Aegypti with different levels of susceptibilities to dengue virus serotype 4 (DENV-4). For that, we evaluated the susceptibility to DENV-4 infection of two field collected mosquito populations (Botucatu-SP and Neópolis-SE) through infection assays and relative quantification by qPCR. Differential gene expression and gut microbial diversity analyses were performed using next-generation sequencing (RNA-seq and 16S rRNA gene sequencing) through Illumina HiScanSQ and MiSeq platforms, respectively. The populations presented different susceptibility to DENV-4, of which Botucatu showed higher resistance to infection when compared to Neópolis. Differential gene expression analysis revealed that there was little gene modulation in response to DENV infection in Botucatu, while Neópolis showed consistent modulation on several genes related to immune pathways or digestive processes. When comparing to other studies we found that the Toll immune pathway is being activated in this population after infection. However, the comparison of ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:09Z : No. of bitstreams: 1 000870502.pdf: 1430602 bytes, checksum: eba1658f28dab4763efaa8eafcf24462 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The eimeriosis is an important parasitic disease in rabbits, that can host 11 species of Eimeria. Cryptosporidiosis is a zoonotic disease that can be transmitted through food, drinking water and by contact with infected animals and people. The objective of this study was to verify the occurrence of Eimeria spp. and Cryptosporidium spp. in fecal samples of rabbits, perform their molecular classification and relate the presence of the parasites to the different categories in the Brazilian farms. Fecal samples (n = 514) were collected from 21 farms. The oocysts were purified and visualized by microscopy. Fifty five samples positive for Eimeria spp. using microscopy were subjected to polymerase chain reaction (PCR) for amplification of a partial fragment of the ITS1 region of the rRNA gene of Eimeria spp. and the 18S rRNA and the gp60 glycoprotein genes of Cryptosporidium spp.. The microscopy revealed positivity of 19.45% (100/514) for Eimeria spp. and 1.56% (8/514) for Cryptosporidium spp.. The PCR identified E. exigua (14.5%), E. flavescens (61.8%), E. intestinalis (16.36%), E. irresidua (16.4%), E. magna (50.9 %), E. media (3.6%), E. perforans (36.4%), E. piriformis (20.0%), E. stiedai (7.3%) and E. vejdovskyi (7.3 %). Higher positivity was observed in mini rabbits 33.17% (69/208), young rabbits 46.67% (35/75) and in lactating females 24.47% (23/94). Seven samples were positive by PCR (12.73%; 7/55) for Cryptosporidium spp.. Molecular analysis revealed Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) and C. cuniculus subtype VbA21 (gp60) in young rabbits and in does